TEMA 1: GENÓMICA Y METAGENÓMICA MICROBIANAS.

1. CONCEPTOS.

• GENOMA: moléculas que guardan y transportan la información genética (DNA en todas las células, DNA
y/o RNA en virus). En procariotas (y algunos eucariotas), el genoma puede estar formado por el/los
cromosomas y plásmidos.

• GEN: unidad básica de información genética. Fragmento de DNA o RNA que codifica la información para
la síntesis de una proteína o un RNA, incluyendo sus zonas reguladoras.

- La expresión de un gen puede suponer únicamente su transcripción (el producto génico es una molécula de
rRNA o tRNA) o su transcripción y traducción (el producto génico es una proteína y existe un mRNA
intermediario).

- ORF (OPEN READING FRAME)

(PAUTA ABIERTA DE LECTURA): son
secuencias de DNA que va a codificar
para una proteína, normalmente
tiene una secuencia reguladora pero
siempre tiene un codón de inicio y
uno de parada, si por ejemplo hay en
medio de ambos codones 200
nucleótidos, ¿es un gen? No porque
no es un múltiplo de 3, a causa de que
cada 3 nucleótidos es un codón. Esto se llama secuencia codificante en fase, es decir, que es un múltiplo de 3
porque cada 3 nucleótidos dan un aminoácido.

• GENÓMICA: ciencia que analiza y compara genomas

completos.

2. HISTORIA:
El avance en la ciencia se produce por dos motivos: el avance
tecnológico y pensar. Sin alguna de ambas no hay ciencia.

▪ 1920: GENe-ChromosOME.

▪ 1975: Invención de la secuenciación manual de

DNA.

▪ 1976: primer genoma vírico de RNA secuenciado.

▪ 1977: primer genoma vírico de DNA secuenciado.

▪ 1995: primer genoma bacteriano secuenciado: Haemophilus influenzae. Esta bacteria es un patógeno
respiratorio. Se secuenció mediante la técnica “whole-genome shotgun and assembly”.

DESARROLLO DE LA BIOINFORMÁTICA.

NUEVAS TECNOLOGÍAS DE SECUENCIACIÓN AUTOMÁTICA.

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Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
 La gráfica es un ejemplo de cómo han ido aumentando el número
de genomas a lo largo de los años.

El número de genomas secuenciados del año pasado a este ha

aumentado en 50 mil más. El año pasado había 150497 proyectos
de secuenciación. En cuanto a genomas completos en
procariotas habían 8243 y en virus 7445.
Si te metes en GOLD (Genomes OnLine Database):
[Link] puedes ver los datos actuales sobre

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investigaciones de genomas entre otras cosas.

La siguiente imagen muestra que el filo más

investigado respecto a genomas es el de bacterias. Las
arqueas, todavía se quedan muy detrás porque hay
muchas arqueas que viven en ambientes extremos y
son difíciles de encontrar y también de cultivar. Las
bacterias se investigan por las enfermedades que
pueden producir.

Las arqueas aparte de encontrarse en ambientes

extremos también hay en el mar, éstas se llaman
Thaumarchaeota (Taumarqueas) y son difíciles de
cultivar.

3. OBTENCIÓN DE SECUENCIAS GENÓMICAS (SHOT-GUN CLONING AND

SEQUENCING).
¿Qué tipos de secuenciación existen?
- Secuenciación manual, se inventó sobre 1970, ya no se usa
- Secuenciación automática, método de Sanger, se inventó sobre 1990 y se sigue utilizando hoy en día.
- NGS (Next Generation Sequencing) empezó empezado el siglo XXI.

¿Qué diferencia hay entre las dos últimas técnicas de secuenciación?

La automática la hace una máquina, puede secuenciar mucho, pero lo hace de uno en uno, puedes tener mil
secuencias, pero se las tienes que dar de una en una. La NGS lo hace todo a la vez, es decir, puede hacer esas
mil secuencias de las que hablábamos a la vez.

¿Qué es clonar? Una copia de algo. En términos moleculares se utilizan plásmidos para clonar.

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 ¿Para qué queremos secuenciar el genoma de un
organismo? El genoma nos da información de cómo es
una bacteria y que produce y con ello lo comparamos con
otros. Es decir, que genes tiene y que hacen.

• PASOS PARA SECUENCIACIÓN:

1. Se obtiene un cultivo puro de un microorganismo.

2. Se extrae su DNA.

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3. Se rompe su DNA (distintas estrategias).

4. Escoger un vector de clonación (por ejemplo, un

plásmido).

5. Insertar cada fragmento genómico en un plásmido

DISTINTO. Se obtiene entonces el plásmido con el
inserto.

6. Los plásmidos se introducen en E. coli, cada célula

incorpora un plásmido con inserto diferente. El proceso
para meter ese plásmido dentro de la bacteria puede ser
por conjugación o transformación. Cada célula da lugar a
una colonia donde cada individuo contiene el plásmido
con inserto (CLONES).

7. Se extraen los plásmidos de cada colonia.

8. Se secuencia el inserto.

9. Se realiza el ensamblaje (assembly) de los reads (los

reads, son las secuencias que corresponden a un
fragmento del genoma del microorganismo a estudiar).

10. Se obtienen una secuencia larga, formada por el

ensamblaje de insertos distintos que son solapantes en
algunas regiones. Esta secuencia es un fragmento del
genoma: un contig. Se obtienen distintos contigs
(distintos fragmentos del genoma del microorganismo).
Los huecos entre contigs, que son los gaps (huecos)
deben cerrarse (gap closing) para obtener el genoma
completo. Hay distintas estrategias para hacer esto.

ASSEMBLY: ensamblaje.
READS: secuencias de lectura, suelen ser cortas.
CONTIGS: secuencias contiguas.

¿Cómo sabes la orientación de los contigs? Se realiza mediante la PCR, la cual amplifica un fragmento de ADN cuya
secuencia nos interesa. Poniendo los cebadores para que se amplifique, si está al revés no se amplificaría, pero si está
bien sí. Si secuencias perfecto un genoma solo saldría un contig.

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 11. ANOTACIÓN: Buscar las ORFs y ver si se parecen a
algo, es decir si el gen que yo he secuenciado se
parece a alguno otro que ya haya en alguna base de
datos, esto es parte de la bioinformática. Lo metes en
una base de datos y te dice con qué porcentaje se
parece el gen que tu descubierto a los que hay en las
bases de datos.

En la imagen se ven distintos contigs que son las flechas,

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¿cuántas ORFs puede tener una secuencia?
6, porque, por ejemplo, tienes AGCTGCATT, lo primero
que se tendría que buscar es el codón de inicio, pero en este caso nos lo
saltamos, en la primera hebra se podría empezar desde la A, o desde la G, o
desde la C. Es decir, existen 3 posibilidades de comienzo de lectura, en la hebra
de bajo sucede lo mismo (3 posibilidades de la hebra de arriba más 3 de la abajo
= 6), pero en distinta dirección, es decir, la primera hebra se lee en orientación
3’→5’, y la de bajo se lee
5’→3’, esto sucede en la
fase de la secuencia y
finaliza cuando llega al
codón de parada. Una
vez hecho esto se pasa a
aminoácidos. ¿Cómo? Con el código genético, éste te dice
las combinaciones de nucleótidos posibles y qué
aminoácidos obtendrás.

Repetimos el ejemplo de la hebra: AGCTGCATT

TCGACGTAA

¿Por qué tenemos en la imagen dos círculos de genes? Porque el

DNA tiene dos hebras.

¿Qué diferencia hay entre utilizar tecnologías de

primera, automáticas o otras? Pues que básicamente
las de nueva generación hay un paso que no necesitan:
la anotación, en las tecnologías de nueva generación
(NGS) no hace falta.

La tabla muestra las nuevas tecnologías y su precio, es

decir, lo que cuesta secuenciar ciertos pares de bases y
cuántos pares de bases se secuencian, se observa que las NGS secuencian muchas más bases y a un coste muchísimo
menor, antes se secuenciaba poco y era muy caro. PUEDE CAER EN EL EXAMEN.

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 En esta figura lo que se observa es el problema que
tienen lugar hoy en día. Se muestran las distintas
formas de secuenciación que ha habido a lo largo del
tiempo. Se observa en lila que antes era más caro
secuenciar y que ese problema con las NGS se han
hecho muchísimo más baratas, en cambio, la barra
de color magenta muestra los costes de procesado
que eso incluye los ordenadores con gran
almacenamiento que han de tener para las
secuencias y la mano de obra de bioinformáticos que
ordenen esas secuencias antes era barato y ahora es
muchísimo más caro porque se obtienen mayor
cantidad de secuencias de genomas.

Aquí sucede lo mismo, se muestra lo que cuesta por millón de pares de

bases la secuenciación del genoma humano desde el año 2000 al año 2010.
Se observa que ha descendido mucho su valor.

4. CONTENIDO GÉNICO Y TAMAÑO DE

GENOMAS MICROBIANOS.
Se muestra una tabla de donde se muestran los tamaños de los
genomas de lo microorganismo dependiendo de distintas
características, los genomas más pequeños de parásitos
suelen tener un tamaño de 500 kb, los genomas más grandes
llegan a unas 13 Mb. Se
comparan arqueas y
bacterias y suele salir
que los genomas de
arqueas son más
pequeños. Esto si lo
revisaran no estaría
bien porque los dos conjuntos de datos: bacterias y arqueas no son comparable
porque de arqueas se han secuenciado muchos menos
genomas.

TÍPICA PREGUNTA DE EXAMEN. EN EL EXAMEN SE TIENE

QUE DESCRIBIR LO QUE SE VE Y LUEGO INTERPRETAR.

DESCRIPCIÓN: Es una representación en la que se observa en

el eje de coordenadas el tamaño del genoma en Megabases
(Mb) y en el eje de abscisas, una escala logarítmica del número
de proteínas codificadas por genes. Se observa una línea en el
centro y se ha coloreado en negro los microorganismos que son
parásitos simbiontes obligados como el micoplasma. Luego los
circulitos azules con centro blanco muestran los hospedadores
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 asociados, por ejemplo [Link]. por último, se muestra en verde los microorganismos de vida libre. En rojo una bacteria
libre que es la más abundante del océano Pelagibacter ubique.

INTERPRETACIÓN: hay una proporcionalidad entre el tamaño del genoma y la cantidad de genes. Es decir, cuanto más
grande, más genes. ¿Esto siempre es así? No porque por ejemplo en eucariotas no todo el genoma es codificante,
pero en bacterias sí. Lo que se observa en la figura es que las bacterias de vida libre tienen genomas más grandes y las
que viven obligadas en un hospedador, su genoma es más pequeño. Las de vida libre es porque tendrán que sobrevivir
a ambientes más cambiantes y las otras pues con mayor normalidad de sucesos.

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Cuando se secuencia un genoma la gran mayoría de secuencias son
codificantes de proteínas (87%), codificantes de RNA (0.8%) y también
encontramos secuencias reguladoras (esenciales) no codificantes (11%) y
secuencias no codificantes directamente (0.7%).

En nuestras bases de datos podemos listar todas estas secuencias y saber su

función, hay una proporción importante de genes que se llaman: PROTEÍNAS
HIPOTÉTICAS, hay genes que son desconocidos, no se parecen a nada. ¿Por
qué? Porque la base de datos sea incompleta, es decir, que aún no se ha
descubierto cuál es la función de esa proteína. Hay otra parte que sí sabemos
lo que son (el resto de proteínas).

PUEDE SER PREGUNTA DE EXAMEN:

La figura muestra en el eje de coordenadas el porcentaje de genes en distintas categorías funcionales que marca la
leyenda (genes implicados en la replicación del ADN, en la transcripción, etc.) y en el eje de abscisas el tamaño del
genoma.

Se observa que el genoma más grande tiene menos porcentaje de genes de traducción, que los genomas más pequeños,
por ejemplo.

¿Por qué eso es así? Cuantos más genes tengo, menor

proporción de esos genes se dedican a la traducción. Si
el número de genes de una categoría es constante, por
ejemplo, toda la traducción de todos los seres vivos
tiene una cantidad constante de genes como esa
cantidad es constante, al aumentar el tamaño del
genoma, disminuye la proporción porque la traducción
es la misma en todos los seres vivos. La traducción y la
transcripción es específica de cada especie porque son
sus modos de adaptarse al medioambiente. Si el número
de genes de una categoría es constante, por ejemplo:
hay categoría que tienen mayor número de genes fijos,
son más abundantes cuanto menor sea el genoma y al
revés.

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 Se trata de ir fijándose en las líneas que representan las categorías funcionales. Cuanto mayor sea el número de genes,
menor número de genes se dedican a la categoría funcional que quiera, como por ejemplo la traducción. ¿Por qué?
Hay genes que están conservados, son fijos a lo largo de la evolución, como por ejemplo los que se dedican a la
replicación del ADN, como son un número fijo de genes que se dedican a esa función, cuanto mayor sea el número de
genes del genoma, disminuye la proporción de genes que están implicados en ello porque el número del genoma total
es más grande. En cambio, por ejemplo, los genes que se encargan de la traducción y la transcripción son más
específicos de cada cepa porque dependiendo del ambiente en el que esté utilizará unos genes u otros para sobrevivir.
Por lo tanto, cuanto mayor sea el tamaño de genes en el genoma menor

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porcentaje de genes se encargará de esas funciones y cuanto menor sea el
tamaño de genes en el genoma, mayor porcentaje de genes se encargará
de esas funciones.

La figura muestra en el eje de coordenadas el número de genes y en el eje

de abscisas el tamaño del genoma de bacterias.

Volvemos a comentarlo, hay una cantidad importante de genes que no se

conoce nada de ellos, a estos les llamados PROTEÍNA HIPOTÉTICAS, porque
no sabemos lo que son, los americanos también les denominan ORPHANS,
que viene de huérfano.

¿Una vez que tienes tu genoma que esperas encontrar ahí? ¿Qué
cosas tiene que tener para que tu sepas que lo has hecho bien? Por
ejemplo, deberíamos encontrar genes que se dediquen a la síntesis de
lípidos, de aminoácidos, de transporte, cosas esenciales para la
bacteria, si la bacteria tiene un flagelo lo normal es que tenga genes
que se dediquen a producir proteínas para producir ese flagelo. Luego
se pueden hacer más cosas como saber de dónde vienen esos genes o
compararlos con otras bacterias…

Haces el trabajo y ya tienes el genoma anotado y secuenciado y lo quieres publicar, ¿qué tienes que mirar para que
esté bien? pues miras a ver si tiene las cosas esenciales, como genes que se encarguen de la respiración, si tiene
flagelo, que tenga genes que lo produzcan. Qué tienen todos los seres vivos, membrana, un sistema productor de
energía…

La imagen que se muestra es el genoma de la primera bacteria extremófila que se secuenció y que se reconstruyó,
reconstruyeron las rutas metabólicas y los genes que lo producían.

Una pregunta interesante es ¿Cuántos genes hacen falta para una célula procariota? ¿Cuál es la dotación genética
mínima? Interesados en conocer cuál es la dotación genética mínima
para que una célula funcione, ¿cómo harías para conseguirlo? cogemos
distintos microorganismos y vemos lo que tienen en común todos ellos
y entonces lo que tengan en común es lo esencial. Esa idea tiene un fallo,
porque por ejemplo lo común entre gusanos y humanos puede ser
esencial, pero a lo mejor no es lo suficiente. Lo común es necesario,
pero no lo suficiente.

Partiendo del genoma más pequeño que se conoce: mycoplasma

genitalum, partiendo de éste, vemos cuales son los genes esenciales,
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 debemos comprobar cuales son los genes de ese organismo que son necesarios, puedes ir mutándolos de forma que
los destruyas y entonces si no crece, es que es necesario. Si sigue viva después de mutarla, es que es innecesario o
menos relevante. Se identificaron 382 genes necesarios de 482 genes que había en total. De los genes esenciales se
vio que casi un tercio de ellos no se sabía que eran, es decir, que son proteínas hipotéticas.

Dentro de las bacterias de vida libre, la mas pequeña se llama

HTCC2181 y tiene un genoma muy pequeño de 1,3 Mb y es
metilotrofo, eso nos dice que tiene un metabolismo
especializado, especializado en un tipo de sustrato que ha de

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estar disponible, sino no crece. Esta bacteria será muy buena en
ese entorno, pero fuera de él no. ¿En un ambiente marino hay
muchos o pocos nutrientes? La respuesta es pocos nutrientes,
normalmente son lugares oligotróficos.

¿Cómo una bacteria marina, tiene un genoma tan pequeño? Un

genoma muy pequeño es síntoma de un organismo
evolucionado, es como una forma de optimización del genoma.
Las bacterias marinas suelen ser pequeñas porque captan los
nutrientes por las envolturas membranosas y cuanto más pequeña sea esta, más captará, porque es más fácil que
entre el alimento.

Intentaron crear una célula sintética, crearon un genoma para meterlo en una célula.

5. PAN-GENOMA:
COSA SUPER IMPOTANTE Y QUE PUEDE ENTRAR EN EL
EXAMEN:

Gráfico BOXPLOT: en la caja tienes una cantidad grande de

puntos, que indica donde está la mayoría.

La figura lo que muestra es 417 genomas de cepa de [Link].

PREGUNTA DE EXAMEN: ¿Tiene sentido hablar del genoma
de una especie?

Antecedentes: [Link] es una enterobacteria gran negativa que

vive en el intestino, con lo que es parte de la microbiota del
intestino, (entre otros lugares), es una bacteria muy
importante porque es un organismo modelo de laboratorio.
Es un indicador de contaminación fecal. Hay algunas cepas de
E. coli que son patógenas: puede causar gastroenteritis o infección de tracto urinario y algunas que producen
meningitis. La mayor parte del tamaño de su genoma está alrededor de 5,2 Mb, pero hay muchas cepas que difieren
en cuanto al tamaño.

¿Tiene sentido hablar del genoma de la especie? Lo que no tienen sentido es decir que las especies bacterianas tienen
el mismo tamaño porque no es así, dentro de una especie procariota hay diferencias en el tamaño del genoma.

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 • ¿QUÉ ES UNA CEPA? Es una población que desciende de un único individuo, esto quiere decir que los
organismos son extremadamente parecidos entre sí.

• ¿QUÉ ES UNA ESPECIE? Son un conjunto de microorganismos, que tienen uno origen común y unos parecidos
fenotípicos y que a nivel del RNA 16 S tienen un porcentaje de similitud del 98,7%. Es decir, no está constituidos
por individuos idénticos.

Cuando se mide el tamaño del genoma de las distintas cepas de [Link], se puede observar que la cepa más pequeña
tienen un tamaño de 4,3 Mb y que la más grande es de 6,2 Mb. Puede haber hasta casi un 30% de diferencia de
tamaño del genoma entre ellas. Dentro de una especie procariota hay cambios en el tamaño del genoma.
Tenemos dos bacterias que son de la misma especie, tendremos
un conjunto de genes que son comunes en ambas, esos genes son
los que le dan a esa bacteria la característica de ser [Link]. Y hay
una parte del genoma que es distinta.

• CORE GENOMA: son los genes compartidos por todas las

cepas, es decir, son los genes comunes entre las cepas de
la especie.

• GENOMA ACCESORIO O FLEXIBLE: el resto de los genes se

llama genoma accesorio o flexible, accesorio es menos
preciso porque parece que no hagan falta, ero el que no
sea necesario para definir la especie puede ser vital para
la cepa. Estos son genes que puede que sean compartidos
por algunas, pero no por todas las cepas o pueden ser
genes presentes solo en una cepa y están ausentes en el resto de ellas.

• PAN-GENOMA: CORE GENOMA + GENOMA ACCESORIO O FLEXIBLE. Lo podríamos definir como el conjunto
de todos los genes de una especie.

Imaginaos que tenemos dos bacterias, una cepa de [Link] que tiene una serie de genes y la otra que tiene otro genes
pero, hay un alto porcentaje de ellos que son lo mismo. A esta parte común es a lo que se le llama CORE GENOMA: la
parte común de las distintas cepas.

¿Qué pasaría si a las dos bacterias que teníamos le añadiéramos otra que comparte genes con una de las dos
anteriores, pero con la otra no? El core genoma va a depender de qué cepas estemos comparando, de forma que si
añadimos una cepa que no comparte genes con alguna de las otras dos cepas, el core genoma disminuirá ¿Qué
sucedería con el core genoma, se estabilizaría, disminuiría…? Al aumentar el número de cepas, el core genoma no
puede aumentar, disminuye o se estabiliza, si siguiera disminuyendo, no tendríamos al final nada en común.
Disminuye hasta que llega un momento en el que se estabiliza.
En la figura se muestras cepas de [Link], en rojo (línea inferior) se
muestra el core genoma y en azul, (la línea superior) se muestra el Pan-
genoma. El core disminuye hasta que se estabiliza, pero el pan genoma
aumenta. Es decir, que el core genoma disminuye porque cuantas más
cepas introduzcas, menor parte común poseerán, en cambio, respecto
al Pan-genoma: éste aumentará porque hay mayor cantidad de genes
totales.

¿De dónde salen esos genes que hacen que aumente el Pan-genoma?
Por ejemplo, desde los virus, o desde genes que se van incorporando
del medioambiente o de otros microorganismos.

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 Se muestran más gráficos como el anterior de distintas
especies los colores significan lo mismo, pero no todos
tienen la misma forma, no todos los Pan-genomas se
comportan igual. ¿De qué depende? Del número de cepas y
de lo bueno que sea el muestreo.

¿Qué factores pueden estar contribuyendo a que distintas

bacterias tengan distinto Pan-genoma (uno es el factor
experimental), o tendrían que tener todas el mismo?

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En el ejemplo que se ha puesto antes de la bacteria
metilotrofa que era muy específica del ambiente donde vive,
¿Qué se espera que cada vez haya más genes distintos o
que no cambien mucho? que no cambien mucho.

Ahora ponemos el ejemplo de una bacteria con distintas

habilidades patogénicas, es decir que infecta distintas partes
del cuerpo por ejemplo, esa bacteria tendrá más
movimiento de genes.

• PAN-GENOMA: todos los genes que

componen una especie. No son
comunes a todos los miembros de la
especie, no son esenciales para todos
los miembros de la especie pero si que
puede serlo para algunos.

• PAN-GENOMA ABIERTO: el tamaño

del pan genoma de las especies crece
con el número de cepas secuenciadas.
Después de secuenciar un elevado
número de cepas, el número de genes
dispensables en un pan genoma
abierto es mucho mayor que el
tamaño del core genoma. En la figura
se mostraría como la línea que aumenta.

• PAN-GENOMA CERRADO: el tamaño del pan genoma de las especies se satura rápidamente. En la figura se
muestra como la línea que permanece recta.

El tamaño del pan genoma de las especies crece con el número de cepas secuenciadas.

EJEMPLO CON PREGUNTAS:

Tienes distintos grupos taxonómicos:

Dentro de estos grupos taxonómicos, ¿cuál de ellos va a tener el core genoma

más grande? lo tiene [Link], porque al ser una especie, tendrá mayor cantidad
de genes comunes.

Dentro de estos grupos, ¿cuál de ellos tiene el pan-genoma más grande? lo

tendrá lo más diverso que es el filo.

¿Como afectaría el añadir un genoma no acabado o de mala calidad al tamaño del core genoma? ¿Si yo en este
análisis le meto un genoma que no es bueno, que le pasa al core y al pan-genoma? El core disminuiría porque ese
gen saldría del core y el pan genoma aumentaría porque aumenta el número de genes.

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 En la figura se muestra la cantidad de genes iguales
que tenemos con otros eucariotas y la parte de bajo,
los genes que comparte una cepa de [Link] con otras.
Si se comparan los genes de humanos y los
comparamos con los chimpancés, compartimos el
99% de genes, con los pollos 76%, los gusanos el
55% y levaduras 28%, se parecen porque todos son
organismos eucariotas.

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Si nos vamos a los procariotas y comparamos cepas
de [Link] y siendo del mismo lugar, al irse a otro, ya
no son iguales siendo de la misma cepa inicial.
Miembros de la misma especie, pueden compartir
una parte del genoma pequeña, tienen contenido genético distinto.

6. ANÁLISIS GENÓMICO DE LA DIVERSIDAD

INTRAESPECÍFICA – MICRODIVERSIDAD:
• PROCHLOROCOCCUS:
- Es el microorganismo (cianobacteria) fotoautótrofo más abundante del
planeta (40°N-40°)- hasta 106 por mL.
- Constituye 20-50% de la biomasa fotosintética oceánica.
- Es un coco alargado (0,4 x 0,8 µm; es el microorganismo fotoautótrofo
más pequeño; picofitoplancton).
- Posee un tamaño del genoma de 1,7-2,6 Mb.
- Viven en zonas oligotróficas.
- Posee clorofila a y b modificada (divinilclorofila) y no posee ficobilisomas.
Hasta 200 metros.
- Existencia de ECOTIPOS.

• ECOTIPO: una especie que hay en dos sitios ecológicamente distinguible, subpoblaciones que están mas
especializadas en unas condiciones específicas de forma que si les cambio de sitio no sobrevivirían.

ARTÍCULO DE 1995:

Describió la existencia dentro de una misma especie de ecotipos

Que hicieron: cogieron muestras De dos sitios (Sargazo y Golfo), en ambos sitios de
muestreo, hicieron un perfil oceánico y midieron varios parámetros, además cogieron
una muestra de mar a 100 metros en ambos sitios.

La figura muestra el perfil oceánico que obtuvieron en ambos lugares (a la

izquierda el Golfo y a la Derecha Sargazo). Lo que se ve es que en ambos
sitios hay un pico de clorofila que se llama DCM (Profundidad de clorofila
máxima). Lo que mide la máquina es fluorescencia, ¿Qué tiene que ver con
las clorofilas? que las clorofilas son fluorescentes, ¿Por qué hay clorofila?
Porque hay organismos que tienen clorofila. La temperatura baja y hay una
termoclina, en la de la izquierda no está clara, pero en la derecha sí. Se
cogen muestras de aguas de ambos puntos de muestro y se pasa por citómetro de flujo, es un sistema que pasa todas

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 las células de una muestra una a una y hay un detector
que te mide el tamaño y la fluorescencia: la luz
reflejada y la emitida.

Hay una población que tiene una cantidad de clorofila

alta y hay otra que está en ambas muestras que tiene
fluorescencia baja, ¿A qué se debe esto? Dependerá
de a qué tipo de luz están adaptadas, alta luz poca
clorofila y viceversa.

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Entonces piensan: a lo mejor estos son ecotipos, pero
no lo sé. Tienen la suerte que están bacterias se
pueden cultivar y tienen una colección de
aislados de ambos sitios, seleccionan 4, dos
de cada lugar. Tienen dos de alta luz cada
una de un sitio y dos aislados de baja luz de
ambos sitios.

Alta luz significa que tienen poca

fluroescencia = poca clorofila. Baja luz,
mayor fluorescencia=clorofila.:

Si son ecotipos, los de alta luz y baja luz

tienen que ser ecotipicamente distintos.
¿Qué haríamos con esos 4 aislados?, ver si
son muy parecidos filogenéticamente o no.

Se podrían hacer experimentos de RNA 16S,

les salió el árbol filogenético de la figura: se
observa que los aislados de alta luz (HL High
Light) de ambos lugares, tiene una identidad entre genes mediante la técnica de medir el RNA 16S del 99,7%. Se
observó que los aislados de ambos lugares de baja luz (LL Low Light) tienen una identidad entre genes mediante RNA
16S del 99,2%, es decir, menor que en el caso anterior. Si comparamos
ambos valores y la diferencia de porcentaje, parece ser que sí hay ecotipos:
de baja y de alta luz.

Tenemos dos cepas de alta luz (las dos de arriba) y varias de baja (las cuatro
de bajo) luz, cuando veo amarillo es alta luz al igual que el verde, pero son
cepas distintas.

Luego los investigadores hicieron un

muestreo global desde Reino Unido por todo
el Atlántico hasta Sud América, las 3 estrellas es donde hacen un perfil vertical donde
cogen muestras a distintas profundidades y también recogiendo datos paramétricos
como por ejemplo la temperatura.

La siguiente figura muestra las poblaciones de las distintas cepas en el transecto

global que hicieron, hay que fijarse en los colores: la cepa de color amarillo y la
verde son las dos cepas de Alta luz y las 4 cepas restantes son las de baja luz.

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 En la figura se observan las distintas cepas mencionadas a distintas latitudes
donde se tomaron muestras, en el eje de coordenadas se muestra la
profundidad de en metro y en el eje de abscisas se muestra la cantidad de
céluas/mL. Se observan las distintas cepas menos una que es la rosa que nos
les apareció.

Que es lo que se observa: la cepa de color rojo y la azul (cepas de baja luz)
a altas profundidades hay muy poca cantidad de células y conforme
disminuye en profundidad hay un pico y luego la cantidad disminuye, pero
no bruscamente. A 48° la cantidad de la cepa roja se mantiene
relativamente igual y la cepa azul no hace pico y conforme aumentamos en
profundidad desciende un poco.

En cuanto a las cepas de alta luz (la de color verde y amarillo) se observa
que, a menor profundidad, hay mayor cantidad de células/mL en ambos
casos, pero conforme aumentamos en profundidad el número de células
desciende.

¿Qué deducimos? Cepas del mismo ecotipo no son idénticas.

¿Qué característica ambiental puede estar

determinando que el verde o amarillo sea la
población dominante? Esta es la temperatura.
Los dos ecotipos pese a ser ambas cepas de alta
luz, muestran diferencias de cantidad de
población en cuanto a la temperatura.

Se observa que la amarilla siempre crece mejor a

partir de 15°C, pero llega un momento en que
llega a su máximo de crecimiento a causa de la temperatura y desciende. En cambio,
la verde, a menores temperatura crece, no aumenta tanto el número de individuos
de la población a temperaturas cálidas y deja de crecer a una temperatura menor
que en el caso de la cepa amarilla. Esto que nos dice: dentro del mismo ecotipo, las
cepas tienen diferencias entre sí.

En la figura se observan ambos genomas de las dos cepas

de alta luz tal y como muestra la leyenda, en el eje de
coordenadas se encuentra la cepa: MIT9312 y en el eje
de abscisas la cepa MED4. Es una comparación de los
genomas de cada cepa. Son cepas distintas que
pertenecen al mismo ecotipo, presentan un porcentaje
de identidad en cuanto al RNA 16S del 99,2%, comparten
1574 genes.

¿Cómo determinamos si un gen está presente en dos

organismos? Se mira la identidad del ARN 16S, coges
todos los genes y coges de todos ellos, uno y lo comparas
con el otro y si supera un cierto porcentaje de identidad,
serán iguales.

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 PREGUNTA DE EXAMEN: DESCRIBE LA FIGURA:

En la figura se observa una comparación del genoma de dos cepas de Prochlorococcus, cada una en un eje: en el de
coordenadas se muestra el genoma de MIT9312 y en el de abscisas el de MED4, esto nos permite ver en qué posición
se encuentra un gen en ambos genomas. Si el gen es el mismo y se encuentra en la misma posición, ese gen caerá en
la diagonal, es decir, se representa en la DIAGONAL.

- GENES QUE CAEN EN LA DIAGONAL: son los

genes que están en ambas cepas que están en

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ambas cepas y, además, en la misma posición.

- RESTO DE LA GRÁFICA: son los genes que están

en ambas cepas, pero se encuentran en
posiciones distintas el genoma.

- GENES DE LOS EJES: son los genes que se

presentan en una cepa, pero la otra no los
presenta, por ejemplo: ¿dónde se representan
los genes que posee MED4 pero no MIT9312?
En el eje donde se encuentra MED4, es decir, en
el de abscisas.

- TAMAÑO DEL GENOMA: se muestra en los ejes,

hay que observar si están ambos en las mismas
unidades. En nuestro caso ambas cepas tienen un tamaño muy similar.

- SINTENIA: se produce cuando dos cepas tienen dispuestos los genes en el mismo orden, es decir, tienen la
misma posición relativa en ambos genomas. Dos genomas distintos presentan el mismo orden relativo=
genomas sintónicos. ¿La sintenia es síntoma de microorganismos cercanos entre sí o lejanos? Cercanos.

- INVERSIÓN: son genes que en una cepa están en un sentido y en la otra cepa están en el otro. ¿Por qué sé
que la cruz, o la línea perpendicular es una inversión? En la parte de bajo se muestra un ejemplo de inversión,
en la primera fila mostramos la posición de los genes, en la segunda fila mostramos como sería el orden del
genoma habitual, en la tercera fila muestra una inversión, que es un cambio en el sentido (orden de los
genomas), esta inversión puede ser de un fragmento del genoma o incluso todo entero.

1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 → POSICIÓN.

A, B, C, D, E, F, G → GENOMA.

A, B, G, F, E, D, C → INVERSIÓN.

¿Qué diríamos como conclusión? Los genomas de estas dos bacterias son muy parecidos en tamaño y en posición, la
mayoría son singénicos y algunos son específicos de cepa. ¿Esos genes específicos de cepa están distribuidos por todo
el genoma? Pues no porque hay zonas del genoma donde se acumulan las diferencias, estas zonas se denominan ISLAS
GENÓMICAS O ZONAS HIPERVARIABLES.

- ISLAS GENÓMICAS O ZONAS HIPERVARIABLES: son las zonas del genoma donde se acumulan las diferencias
entre las cepas.

COMENTA ESTA GRÁFICA Y RELACIONALA CON EL PANGENOMA, GENOMA ACCESORIO… (PUEDE PREGUNTARLO ASÍ
EN UN EXAMEN):

GENOMA CORE: son los genes comunes son los que se encuentran dentro de los ejes.

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 GENOMA ACCESORIO: son los genes que están en los ejes y las islas

Si se observa la leyenda vemos que el porcentaje de identidad entre las dos cepas mediante la técnica de medir el ARN
16S es muy alto, un 99,2%.

En la figura se muestran dos cepas de

distinto ecotipo (en el caso anterior eran dos
cepas del mismo ecotipo). Aún ser de distinto
ecotipo, se parecen un poco los genomas

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porque se ve una estructura en cruz que está
formada a causa de las inversiones. El
tamaño de los genomas de las cepas es
distinto y el material genético también en
parte a causa de la diferencia de tamaño, se
observa que la sintenia se pierde.

En la figura se observa una comparación de los genomas de Escherichia coli (eje

de coordenadas) y Vibrio cholerae (eje de abscisas). ¿Qué tienen en común
ambas? Son gamma proteobacterias, filogenéticamente son bastante cercanas.
Se observa lo mismo que antes, una estructura en cruz que indica cierto parecido
entre ambas bacterias.

• EJEMPLO DE Salinibacter ruber:

Salinibacter ruber es una bacteria extremófila extrema que fue la primera
bacteria que se vio que habita en ambientes hipersalinos donde sólo se
pensaba que habitaban arqueas. Es un bacilo quimioorganotrofo aerobio.
Posee como pigmento la xantorrodopsina,
acumula K+ intracelularmente por
halorrodopsina. Se encuentra en todas las
partes del mundo, se hizo un estudio de las dos
cepas mas cercanas de esta especie y se observó
que son idénticas en el gen del ARN 16S.

Se estudió su ARN 16S de dos cepas (M13 y M8)

cercanas de la misma especie y se observó que poseían un 100% de
identidad en su rRNA 16S. En la figura se observa otra forma de
alineación de genomas de dos especies, cada raya une un gen de
una cepa con su homólogo con el gen de la otra cepa. Los genomas
son muy similares, pero no son idénticos porque hay trozos en
blanco que no tienen unión, esos trozos en blanco son las ISLAS
GENÓMICAS O ZONAS HIPERVARIABLES.

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 En la figura se muestra la misma representación que la
figura anterior (comparación del genoma de dos cepas
distintas, pero de la misma especie) pero de otra forma
distinta, en el eje de coordenadas se encuentra la cepa
M13 y en el eje de abscisas se encuentra la cepa M8. Se
observan discontinuidades (ISLAS GENÓMICAS) en la
línea en diagonal, esos genes que no están en la diagonal
están en el eje de abscisas (el eje de la cepa M8), son los

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genes que se presentan en la cepa M8, pero no se
presentan en la cepa M13.

¿Si estudiaras este caso, que pregunta te harías? ¿Qué

efectos tienen esas diferencias? ¿Qué harías para
contestarla? Puedes ver la distribución de esas cepas en la zona, dónde crece y donde
no.

También es importante ver qué hay en las islas genómicas de las que hablamos. En
las islas hay genes que son distintos, muchos genes tienen que ver con componentes
de la pared celular, con virus, con transportadores de membrana, en las islas suele
haber genes que nos indican cómo interaccionan los virus con las bacterias (porque los
virus reconocen a las bacterias por los componentes de la pared de estas) y cómo se
relaciona la bacteria con el ambiente. En las islas no hay genes esenciales, porque esos
genes pertenecen al genoma core. Por lo tanto, los elementos que hay en las regiones
hipervariables son los que se presentan en la tabla de al lado. ESTUDIARLO →

Además de estudiar los genes que hay y que hacen esos genes, hay otras formas, que
nos indican que existen diferencias entre genomas de cepas.

En la siguiente figura se muestra una comparación del genoma de dos cepas de la misma especie, se muestra a la cepa
M8 en el eje de abscisas y a la cepa M13 en el eje de coordenadas, además, en este último eje, se comparan una serie
de características: el uso de codones y el contenido en GC en cada gen.

- USO DE CODONES: (sólo miras el genoma de

M8 en ese plot, es decir, solo te indica el uso
de codones que posee la cepa del eje de
abscisas) es una idea de por qué codones
tienen preferencia la bacteria (sabemos que
para un mismo aminoácido puedo tener
varios codones), si a lo largo de todo el
genoma usara siempre el mismo tipo de
codones, tendría una línea recta, si va
cambiando (hay descensos) tienes
modificaciones. Es decir, se calcula un
número que tiene que ver con la frecuencia
con la que usa la bacteria cada codón, vas
gen por gen y calculas esa frecuencia, los que
no están en la media (es decir, los que no
siguen la línea, son los que poseen
frecuencias más bajas). Los ÓPTIMOS (los que siguen la línea) son los que se han usado a lo largo de la
evolución porque les han funcionado.

- CONTENIDO EN GC: (sólo miras el genoma de M8 en ese plot, es decir, solo te indica el uso de codones que
posee la cepa del eje de abscisas) se realiza cogiendo un gen y mirando su contenido (G= guanina y C=

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 citosina). Se observa que el plot (o la línea) no es constante a lo largo del genoma, las ISLAS GENÓMICAS, son
las caídas de la línea que se observan, que si se mira con las gráficas anteriores se observa que esas caídas
coinciden.

- SIMILITUD DE AMINOÁCIDOS: se realiza la comparación del genoma

del eje de abscisas con el genoma de la otra cepa que se muestra en
el eje de coordenadas. Esto muestra cuánto se parecen ambas cepas
en cuanto a los aminoácidos que poseen los genes de ambas cepas
(si son iguales se presenta una línea recta). Se observa que no es una
línea continua, es decir, presenta discontinuidades. Esas
discontinuidades nos indican que los aminoácidos que presenta la
cepa M8 no están en la cepa M13.

¿Cómo evolucionan los microorganismos? Evolucionan a causa de la

transferencia génica horizontal y por mutaciones.

En la figura se representan los genomas de distintas cepas

de Escherichia coli, por ejemplo, se representa la cepa K12
que no es patógena y algunas como la 536 o la 073 que sí
lo son y en concreto son uropatógenas. En azul se
representan los genes específicos de la cepa 536. En
naranja se representan los genes de 536 y 073 con
localización distinta en ambas cepas. En rojo se
representan los genes que se encuentran presentes en
ambas cepas. En verde se representan los genes del core.
También se observa que el tamaño del genoma de las
distintas cepas es diferente. Tienen islas que se llaman
ISLAS DE PATOGENICIDAD, algunas cepas poseen esas
islas pero otras no. Las aplicaciones de este tipo de figura
es observar las distintas formas de virulencia de las cepas
de una misma especie, esto por ejemplo se utilizaría en el hospital. Hay cepas que son enteropatógenas que provocan
gastroenteritis y hay otras cepas que provocan patologías en el tracto urinario, es decir, son uropatógenas, la gran
mayoría de las infecciones del tracto urinario son a causa de esas cepas. Estamos trabajando y tenemos que identificar
que cepa de Escherichia coli tenemos en el paciente, ¿qué haríamos? Buscar esas ISLAS DE PATOGENICIDAD.

Dentro de los genomas procariotas, tenemos los orgánulos que tiene las
células eucariotas que derivan de las células procariotas, ambos todavía
conservan sus genomas de cuando eran procariotas.

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 7. -ÓMICAS:
- GENÓMICA: es el estudio de los genomas, estudio del DNA (Orna-
VIRUS). La genómica te dice lo que podría hacer el
microorganismo, cuáles son sus posibilidades, pero no te dice
que hace en un momento determinado. Para saber lo que hace en
un momento determinado se hace uso de la GENÓMICA
FUNCIONAL. Dentro de la genómica funcional existen las
siguientes:

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- TRANSCRIPTÓMICA: es el estudio de la transcripción, es decir, el
estudio del RNA.
- PROTEÓMICA: es el estudio de la traducción, es decir, de las
proteínas.
- METABOLÓMICA: es el estudio de las reacciones
enzimáticas, es decir, de los metabolitos.

En la tabla se muestra el cuadro de todas las -ómicas. Si se

analiza el material genético de los virus se denomina
metaviroma o metagenoma vírico. Si se analiza
específicamente el conjunto de RNAs o proteínas o
metabolitos de una comunidad se llama
metatrasncriptoma o metaproteoma o metaboloma.
Podemos hablas o bien del estudio del genoma de
organismos aislados, o bien si hablamos del genoma de las
comunidades se denomina METAGENÓMICA

• TRANSCRIPTÓMICA: qué haríamos para saber qué genes se expresan

experimentalmente. Como veríamos que genes se expresan: extraer el RNA,
para secuenciar el DNA se hace mediante la transcriptasa inversa que pasa el
RNA a ADN.

¿Qué experimento haríamos para saber qué genes se están expresando?

Partimos de un matraz con un cultivo, lo primero que realizamos es la
extracción, para extraer los ácidos nucleicos de las células que tendríamos que
hacer, lisarlas. Si las lisas, obtienes DNA, RNA, RNAm, RNAr… ahora secuencias
todo, y los RNA los pasas a DNAc. Tienes DNA contaminando tu muestra, con lo
que estaría mal el trabajo, para quitar el DNA utilizas unas enzimas que son las
DNAsas, compruebas que no te quede DNA y secuencias lo que te quede.
Estos pasos en realidad también estarían mal, realmente lo que has de hacer
para contestar la pregunta es: secuencias el genoma de DNA, una vez realizado, eliminas el DNA y pasas el
RNA a DNAc y aquí ya lo secuencias y sabes qué genes se están expresando.

• RNAseq: que realmente es DNAseq porque secuencias DNAc, hace años se utilizaban microarrays. ¿Qué es un
microarray? Es un sporte físico con agujeros en los que en su interior tienes en cada uno moléculas, es decir,
en cada punto tienes fijadas moléculas que quieres comprobar si hibridan con tu DNAc. Los chips pueden están
hechos a mano, o lo puede hacer un robot que hace miles más. En los microarrays puedes hacer muchas
hibridaciones ahí. Es un sistema de miniaturización.

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 • PROTEOMA: como se estudian las proteínas, se hace una electroforesis de las proteínas,
para ello se suelen utilizar geles de poliacrilamida, que tiene un tamaño de poro más
pequeño. Es el estudio del conjunto de proteínas que se están produciendo en una
célula en un momento dado. Cada punto de la grafica es una proteína, es un gel
bidimensional. En un gel se mueven las proteínas por su punto isoeléctrico (pI) (se ve
mejor en TEM). Estas proteínas puedes separarlas por su pI o por su tamaño
molecular.

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METABOLOMA: es el estudio de los metabolitos, se realiza con espectrofotometría de
masas (se explica en TEF) que te permite ver todos los compuestos que produce un determinado
organismo.

• INTERACTOMA: es el estudio de la interacción entre proteínas o

proteínas y metabolitos, es decir, es el estudio de cómo interaccionan esas
moléculas.

8. METAGENÓMICA:
MUY IMPORTANTE. La metagenómica ha
permitido avanzar en el estudio de los
organismos in vivo. Sabemos que hay un
problema a la hora de cultivar microorganimos,
este problema se denomina: LA GRAN
ANOMALÍA DEL RECUENTO EN PLACA. Lo que
sucede es que cuando tú miras microorganismos
en el microscopio obtienes un número y que
cuando los cultivas y luego los cuentas, obtienes
otro que es menor que el primero.

La explicación a este problema es que hay

microorganismos de la muestra natural que no
crecen bien en placa. A veces lo que crece en
placa no es ni lo relevante, eso es así menos en
los patógenos, que crecen bastante mejor en
placa, pero no siempre es así. ¿Qué hacemos si queremos conocer los genomas de los organismos en la naturaleza?
eso se llama METAGENÓMICA, básicamente hay dos grandes aproximaciones. Ahora no estamos hablando de
aislados, porque sabemos que los aislados no representan la diversidad. Trabajamos pues con comunidades. No vamos
a usar cultivos. De la misma manera que para estudiar el genoma de un aislado se extrae el DNA y lo secuencias, se
utiliza una aproximación para estudiar el genoma de las comunidades. Primero se extrae el DNA de la comunidad y se
secuencia, puede que te haga falta clonar o que no, pero en la
actualidad con las NGS (Next Generation Sequence) no hace falta
clonar. Esto se llama METAGENÓMICA, meta=comunidad. La otra
aproximación se verá en el TEMA 4.

¿Como estudiamos las comunidades microbianas in vivo, mediante

una aproximación sin cultivarlas? Hacemos metagenómica,
necesitamos su DNA. Es lo mismo que la genómica, pero más
complejo, todo el proceso es igual, pero más difícil, en vez de tener un
genoma, vas a tener muchos genomas. PREGUNTA DE EXAMEN:
¿Para estudiar el genoma del estanque de los patos, que harías? Vas
al estanque de los patos, coges agua y esas muestras tienen que tener
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 unas bases de calidad. Vamos con el bidón al laboratorio, que hacemos con eso, miramos al microscopio por si acaso
y haces un recuento y así tienes un número. Si te interesa la fracción procariota sólo, haces una filtración, en el caso
de los virus el protocolo cambia, una vez que tienes las células en el filtro haces la extracción del DNA. Se secuencia
todo y ya está.

¿En el caso de los virus que haríamos? primero quitas las demás
células y luego concentras tus virus porque te interesa el
metaviroma. Secuenciamos todos los genomas víricos de una
muestra. Para concentrar hay máquinas que concentran los virus.

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
Luego puedes hacer una ultracentrifugacion, ultra es a mucha
velocidad, extraes el DNA de los virus y lo secuencias, pero puede
ser que haya alguna bacteria que se haya roto y haya
contaminado la muestra con su DNA, ¿qué haríamos? Lo mismo
que antes, tratarlo con DNAsas.

La primera vez que se hizo un estudio de

metagenómica fue en el año 1991, en el 2004 se
petaron las bases de datos metagenómicas.

La imagen de la izquierda es el nombre de una base de

datos de genomas donde el año pasado había 14679
proyectos de secuenciación relacionados con la
metagenómica.

• EL PRIMER GRAN ÉXITO DE LA

METAGENÓMICA:
En la metagenómica partes de una muestra natural,
qué hay que hacer luego, puedes clonar y secuenciar o
con las nuevas tecnologías no hace falta clonar. Es lo
mismo que la genómica, pero partes de una muestra
más grande, de una comunidad y es una muestra natural.
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 El primer gran éxito de la metagenómica ocurrió en el año 2000. Este articulo se hizo trabajando con una
genoteca, metagenoteca marina, cogió trozos de DNA de organismos del mar, tenían trozos que habían
clonado con plásmidos. En esa época se sabían cosas de la diversidad marina mediante técnicas del RNA 16S,
había secuencias de bacterias que eran idénticas. Sabían que había un grupo de bacterias marinas super
abundante pero no estaba cultivado, este grupo era SAR86, tenían un trozo de DNA clonado y lo secuenciaron
y cogieron un gen del RNAr 16S y, encontraron un gen que no encontraban, se encontraron con un gen que
era de arqueas, este gen codificaba para una proteína que se parecía a las rodopsinas, las rodopsinas son
una proteína que esta presente en algunas membranas de arqueas y es una forma de fotosíntesis que actúa
como una bomba de protones. Estos protones son energía. He encontrado en un trozo de un genoma de
bacterias de mar, un gen que se parece al de arqueas que codifica para un parecido de rodopsina, qué está
haciendo ese gen, tu sabes
que se parece al de la
rodopsina pero realmente
qué está haciendo, si es una
bomba de protones es una
cosa importante pero no se si
hace eso sólo con la
secuencia, ¿cómo sabes si
realmente lo hace? lo
expresas, coges el gen lo
metes en [Link] y esperas que
funcione y vieron que sí
codificaba para esa proteína.
¿Cuál es la conclusión
biológica? Nadie antes había
visto en el mar un organismo capaz de utilizar la luz sin clorofilas, es
un nuevo tipo de fotosíntesis. Lo ven y descubren que gran parte de
los microorganismos del mar lo utilizan y se ha averiguado
simplemente secuenciando un fragmento de DNA. ¿Qué palabras
utilizaríais para resumir el artículo, es decir que palabras clave
usaríais? DNA, metagenómica, secuenciación, 16S, bacteria no
cultivada…
En resumen, se utilizaron los siguientes pasos:
1. Se cogió una muestra marina para realizar una extracción de
DNA.
2. Se realizó una secuenciación y ensamblaje, ahí se vio un gen del
RNA 16S de una bacteria marina que era abundante pero no había sido cultivada, esa bacteria era SAR
86. En esa bacteria vieron en gen que codificaba para una rodopsina.
Esta nueva rodopsina:
- Era codificada por un gen homólogo a la bacteriorrodopsina de arqueas halófilas extremas.
- Funcionaba como una bomba de protones dependiente de la luz.
- Transforma energía luminosa en Fuerza Protón Motriz: FOTOTROFÍA.
- Como SAR 86 es una proteobacteria, la nueva proteína se llamó PROTEORRODOPSINA.

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 • EJEMPLOS DE PROYECTOS METAGENÓMICOS
IMPORTANTES:
En 2004 se colapsaron las bases de datos de
metagenómica, fue a partir de este artículo y
con él incluido. Se hizo en el mar de los
Sargazos, se cogieron muestras de agua de
superficie y se analizaron.

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Luego se hicieron más
trabajos del mismo tipo,
es decir, coger el agua de
superficie del mar, pero a
nivel global.

• FRAGMENT RECRUITMENT:
- Fragment recruitment: es el cruzamiento de fragmentos, es una
forma de obtener información del metagenoma. En la imagen
se coge una muestra natural, por ejemplo, agua de mar, se
SECUENCIA y se obtienen reads de Pelagibacter sp. y hay otros
reads, que pueden ser de otros organismos, o de virus, etc. Con
esos reads puedes hacer dos cosas: una es ensamblar y la otra
es buscar reads que pertenezcan o se parezcan a organismos
cultivados. ¿para qué? Para ver si son abundantes en la
muestra, para ver microdiversidad,etc.

Si decides hacer FRAGMENT RECRUITMENT, posees un

genoma de referencia y un saco de reads del metagenoma
y quieres ver cuánto se parecen. Pues vas probando y habrá
reads que serán idénticos, otros serán similares y otros no
se parecerán en nada al genoma de referencia.

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si lees esto me debes un besito

 Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
En las anteriores imágenes se ve el proceso que se ha mencionado
de comparación de reads con el genoma de referencia para ver el
porcentaje de identidad (es decir, lo que se parecen los reads al
genoma de referencia).

- Los que se parecen un 100%, son reads que proceden de una

cepa ambiental idéntica a la cultivada o de cepas ambientales
distintas con zonas idénticas a la cepa cultivada.
- Los que se parecen un 95% son reads que proceden de una
cepa ambiental similar, pero no idéntica a la cepa cultivada.
- Los que se parecen un 5% son los reads que pueden
pertenecer a zonas más o menos similares del genoma de otras
cepas o especies.
- Los que se parecen un 0% son reads del genoma de otros organismos distintos, o del genoma accesorio de
otra cepa de la misma especie.

La figura representa lo que se ha hablado del Fragment

recruitment, nos muestra los genomas con su porcentaje de
identidad al genoma de referencia. Se observan también ISLAS
GENÓMICAS, que son los espacios vacíos que marca como MG1,
MG2 Y MG3.

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 •UN CASO ESPECIAL: SINGLE-
CELL GENOMICS:
A través de un citómetro de flujo que provoca
que pasen las células de una en una a causa de
una corriente de agua. Esta técnica permite
coger una única célula y estudiar su genoma. Es
decir, van pasando células una a una y se va

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secuenciando cada una de ellas. ¿Para qué sirve
esto? Es una forma de sacar genomas casi
completos de muestras naturales, y digo casi
porque puede haber fallos subtécnicos del
aparato.

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