Resumen Biología

PROTEÍNAS
 Son macromoléculas esenciales para el funcionamiento celular.
 Unidad básica>> AMINOÁCIDOS
 Dan la forma y estructura celular, además de ser el principal instrumento de reconocimiento
molecular.
 Son la mayoría del peso seco de las células.

FUNCIONES

 Estructura y soporte celular>> en la membrana plasmática, crean canales y bombas para el traspaso
de moléculas chicas dentro y fuera de la célula.
 Transporte de sustancias y mensajes.
 Movimiento.
 Defensa inmunológica>> anticuerpos.
 Integradora de señales>> desde membrana hasta el núcleo de otra célula.

FORMA

 Orden y secuencia de aminoácidos >> determina las funciones que tendrá la célula.

 Hay 20 tipos de aminoácidos en una proteína.

 Molécula de proteína esta formada por una larga cadena de aminoácidos, cada uno unido por un
enlace covalente peptídico.

 Por eso, proteínas son también conocidas como polipeptídicos.

 Cada proteína tiene una secuencia única.

 20 cadenas laterales>> dan a los aminoácidos sus características propiedades. Algunas son apolares e
hidrofóbicas y otras están cargadas positiva o negativamente.

 El requerimiento de que dos átomos no se solapen reduce el número de disposiciones

tridimensionales posibles, pero aun así puede plegarse un número enorme de posibilidades distintas.

 Hay globulares>> forma global redondeada, con su cadena plegada de forma compacta, con
superficie irregular.

 Fibrosas>> cadena extendida, estructura sencilla y alargada. (abundantes fuera de la célula)

 Familia de proteínas fibrosas>> a-queratina> pelo, cuernos y uñas.

 Algunas proteínas tienen sus cadenas muy desestructuradas (elastina), para que puedan estirarse y
encogerse sin romperse.
ESTRUCTURA

 Átomo central de carbono (carbono α), con dos grupos funcionales>> amino (-NH2) y carboxilo
(-COOH), además de un hidrogeno y un grupo R (varia y distingue a los 20 distintos aminoácidos)

 AMINOACIDOS>> se unen por unión covalente (2 átomos NO metálicos)>>

enlace peptídico entre el grupo carboxilo del primer aminoácido con el grupo
amino del segundo aminoácido.

 Ocurre por Condensación>> libera molécula de agua> crea enlace.

Hidrolisis>> consume molécula de agua> rompe enlace.
 FORMA>> globulares, fibrilares, tubulares.

 Adoptan estructuras tridimensionales>> por pliegues que pasan por

intersecciones intermoleculares.

 Está dada por un conjunto de propiedades derivadas de la secuencia y naturaleza de los aminoácidos
que la componen.

ESTRUCTURA PRIMARIA>> secuencia lineal de aminoácidos en cadena peptídica.

ESTRUCTURA SECUNDARIA>> aminoácidos tienen pliegues estabilizada por puentes de

hidrógeno
(hélices α, láminas β, etc.)

ESTRUCTURA TERCIARIA>> disposición tridimensional que tienen los componentes de una

estructura secundaria. Cuando se sintetizan en ribosomas, las proteínas se van plegando y adoptan su
forma 3D y obtienen su función.

ESTRUCTURA CUATERNARIA>> proteínas con mas

de una cadena polipeptídica.

Además de los cuatro niveles anteriores, existe otro

DOMINIO PROTEICO>> cualquier parte de la cadena que es capaz de plegarse independientemente del
resto, y forma una estructura compacta y estable.

 Tienen entre 40 y 350 aa.

 Unidad modular de donde se construyen muchas proteínas mayores.
 Diferentes dominios>> diferentes funciones de una proteína.
 Proteínas pequeñas>> un dominio.
 Proteínas grandes>> decenas de dominios, conectados por segmentos cortos de cadena polipept.
relativamente desestructurados.
 Su estructura tiene un núcleo formado por hebras de láminas beta, del que salen cadenas menos
ordenadas.
 Pueden ser fácilmente integrados a otras proteínas.
 Algunos dominios pueden compartirse en especies, tales como en humanos, mariposas, gusanos y
levaduras.

FORMACIÓN

Formación de estructuras proteicas

 Estado nativo>> -forma plegada de mayor estabilidad y permite buen funcionamiento.

 -estructura plegada final es la que tiene su conformación con menos energía libre.

 Cadenas laterales>> imponen restricciones claves y dan propiedades únicas a los aminoácidos.
EJEMPLO>> cadena lateral grande> evita que una parte se empaquetara estrechamente con otra.

 Cadena lateral (+)>> atrae segmentos (-)

 Requerimiento de que dos átomos no se solapen>> -limita número de ángulos
-reduce disposiciones tridimensionales
pero aun así puede plegarse un número enorme de posibilidades distintas.

 Proteínas se pueden unir por enlaces covalentes de disulfuro>> estabilizan la proteína.

 Cuando se forman estructuras supramoleculares (ribosomas, virus, membranas) se usan ensamblajes
no-covalentes de muchas moléculas subunidades.
 Esto es muy ventajoso, se usa menos información genética, usan poca energía, al ser subunidades
pequeñas, se minimiza el error a la hora de sintetizar, nuevamente por ser subunidades pequeñas.
 Algunas subunidades pueden auto-ensamblarse. No todas, hay otras que utilizan enzimas u otras
proteínas que las ayudan, pero que no aparecen en la estructura final.

PLEGAMIENTO

Determinado por distintos enlaces no covalentes débiles (30 a 300 veces más débiles que un enlace covalente)

 Enlaces H.
  Atracciones electroestáticas.
 Atracciones de Van de Walls.
 Fuerzas hidrofóbicas.

 Dan pliegue a las proteínas (no es rígida)

 Enlaces débiles juntos pueden determinar la estabilidad de la forma plegada de la proteína.
 Resultado de todas estas interacciones, la mayoría de las proteínas tienen una estructura particular,
determinada por el orden de los residuos aminoacídicos de su cadena.
 Cadenas apolares hidrofóbicas> aglomeran en el centro de la molécula, evitan contacto con el agua.
 Cadenas polares>> están en los bordes para tener contacto con el agua y formar enlaces hidrógenos.

 C. Anfinsen (1960)>> evidencia suficiente (estudios en vitro sobre repliegamiento)> una proteína
necesita estar codificada por aminoácidos para que se pliegue correctamente.

 Perturbaciones químicas>> rompen interacciones débiles no covalentes

estabilizan estado nativo

perdida estructura terciaria

tratamientos con solventes>> desnaturaliza la proteína :(

(rompen enlaces covalentes)

DESNATURALIZACION>> desarma estructura de una proteína (puede incluir estructura 2 y 3)

Motivos> -calor

-pH extremos (altera

carga cadenas
laterales)

-químicos
desnaturalizantes
(desarman
 Tratamientos agentes reductores> rompe puentes de sulfuro
(uniones covalentes entre cadenas laterales de 2 aa)>>> se
destabilizan las proteínas.
 Bajo desnaturalización> población molecular plegada se
desestabiliza> convierte en conjunto de moléculas no
plegadas (desnaturalizadas)> no actividad biológica (inútiles)

 Estudio>> el plegamiento de las proteínas en tubos de ensayo. El tratamiento con solventes que
rompen las interacciones no covalentes (que la mantienen plegada) desnaturaliza la proteína.
 Tratamiento transforma a la proteína a una cadena polipeptídica sin forma
 Usualmente, cuando se elimina el solvente desnaturalizante, la proteína vuelve a su estado nativo
espontáneamente (renaturaliza)
Este estudio indica que la secuencia de aminoácidos de la cadena tiene toda la información necesaria para
especificar la forma tridimensional de la proteína.

 La proteína puede tener problemas a la hora de plegarse cuando interactúa con otras moléculas de la
célula.

RENATURALIZACIÓN>> eliminar agente desnaturalizador

 Proteínas se pliegan y renaturaliza (vuelve estado nativo y sus funciones biológicas)

 Info de estructura primaria> suficiente para repliegarse

A pesar de que las proteínas son capaces de plegarse sin ninguna ayuda exterior existen unas auxiliares
llamadas chaperonas. Se unen parcialmente y las ayudan a plegarse, usando la vía energéticamente más
favorable.

Se necesita un método más efectivo y rápido para plegar las proteínas a sus formas correctas, sin ellas, se
gastaría mucha energía en errores y tener que destruir los deficientes >>> ahí salen las CHAPERONAS.

PROTEINAS CHAPERONAS

Compuesta por la unión de varios aa.

Forman una cadena larga que se pliega en una forma tridimensional.

Agilizan proceso de pliegues (evita gasto de energía y destrucción de las no funcionales o plegadas
incorrectamente)

 Las células tienen mecanismos de este tipo>> 95% de las proteínas presentes dentro de las células
han mostrado encontrarse en forma nativa.
 Células sintetizan un conjunto de proteínas, llamadas chaperonas, que facilitan el plegamiento
adecuado de las proteínas nacientes
 Chaperonas se han conservado durante la evolución.
 EN TODOS LOS ORGANISMOS (bacterias hasta seres humanos)
 Retiene a las proteínas en el retículo plasmático para que se plieguen correctamente.

FUNCIONES

 Plegar a las proteínas recién sintetizadas a conformaciones funcionales.

 Volver a plegar proteínas mal plegadas o desplegadas a sus conformaciones funcionales.
 Desensamblar agregados de proteínas potencialmente tóxicos que se forman durante el plegamiento
inadecuado de estas moléculas.
 Ensamblar y desmantelar grandes complejos multi proteicos.

 En la cél. eucarionte, se unen a las proteínas diana para asistir al plegamiento.

 Distintos tipos, todas usan Unión a la TP y su hidrólisis para facilitar plegamiento.

TIPOS (dos grandes familias)

  CHAPERONAS MOLECULARES>> se unen a segmento corto de sustrato proteico y estabilizan
proteínas desplegadas, evitando que se agreguen y se degraden.
 CHAPERONINAS>> forman pequeñas cámaras para que la proteína quede secuestrada, y tenga
tiempo optimo para que se pliegue adecuadamente.

 Chaperonas necesarias para que no se agreguen proteínas no plegadas. Proteínas desnaturalizadas

tienen a agregarse en masas grandes, insolubles en agua>> hace que sea muy difícil que la proteína
se disocie y pueda plegarse correctamente.
 Agregación pasa porque cadenas laterales hidrofóbicas no alcanzan a ocultarse en núcleo de proteína
plegada. Estas cadenas se pegarán entre sí debido al efecto hidrofóbico y promoverán, de este modo,
la agregación.

Dominio proteico>unidades
estructurales que se pliega
independiente del resto de la cadena.

Proteínas>> entre 50 y 2000 aa de largo.

Proteínas grandes>> varios DOMINIOS PROTEICOS diferentes (40-350 aa)

Diferentes DD, diferentes funciones

EJEMPLO>> dominio SH2 y SH3

Propiedades biológicas de una molécula dependen de la interacción física con otras moléculas. (ejemplo>
anticuerpos se unen a virus y bacterias como señal de su destrucción.)

Todas las proteínas se unen a otras moléculas>> uniones muy fuertes o débiles y transitorias. Unión siempre
pasa por gran especificidad>> cada proteína puede unirse a solo una molécula o unos cuantos tipos de
moléculas entre los millares.

De entre la gran cantidad de cadenas polipeptídicas posibles, solo unas cuantas son útiles. La secuencia de
aminoácidos de una proteína es la necesaria para que logre su función, por lo que no es necesario tener
muchas conformaciones diferentes.

Ligando> sustancia que se une a la

La capacidad de una proteína para unirse a un ligando>> depende
proteína se le denomina el “ligando”
de la formación de una serie de enlaces débiles no covalentes
de esta proteína.
(hidrogeno, atracciones electrostáticas y van de walls) >>> enlaces
tienen baja energía> se necesitan varios de estos.

El lugar de unión consiste en una cavidad de la superficie de la Lugar de unión> región de una
proteína formando por el orden especial de los aminoácidos. >> aa proteína que se asocia al ligando.
pueden pertenecer a diferentes regiones de la cadena
polipeptídica, y quedaran cerca cuando la proteína se pliegue.
Interacción en áreas vecinas de la proteína prohíbe el paso de agua a los lugares de unión>> agua forma
enlaces hidrogeno que pueden competir con los ligando y robarse los puestos.

Hay tres maneras de que se unan las proteínas entre si

 Superficie-asa>> la superficie de una se une al asa extendida (una cuerda) de la otra.

 Dos hélices>> se unen dos hélices, uno de cada proteína formando una hélice sobreenrrollada.
 Acoplamiento preciso entre dos superficies rígidas de cada proteína. (más típica, son muy fuertes,
muy específicas.)

Además, hay lugares de la proteína que actúa como asa para situar la proteína en un lugar especifico de la
célula.

 Región de la superficie de una proteína que interactúa con otra a través de enlaces para formar
estructuras mayores.
 Puede haber varios lugares de unión,
 Lugar de unión reconoce una segunda proteína, puede volverse una estructura mayor>> subunidad
proteica.
 Muchas proteínas tienen dos o mas tipos de cadenas polipeptídicas.
 Subunidades unidas>> forma una hélice, no se unen de forma recta.
 Hélices son estructuras comunes (ejemplo, aa son hélices alfa) y sencillas, solo son subunidades
unidas en forma de escalera de caracol.

HELICES A Y LAMINAS B

 Aunque cada conformación es única, hay dos tipos de plegamiento que se repiten — hélice alfa (α)
— lamina beta (β)
 Hélice alfa>> encontrado en la proteína α-queratina (abundante en piel, uñas y pelo)
 Laminas beta>> encontrada un año después, en la proteína fibroína, principal constituyente de la
seda.
 Son comunes porque están en la unión de N-H Y C—O por enlaces de hidrogeno, sin que
intervengan las cadenas laterales>>> eso hace que muchas secuencias de aminoácidos sean capaces
de formar estas estructuras.
 Núcleo de muchas proteínas tiene inmensas regiones de lamina b. una lamina b puede estar
compuesta por cadenas polipeptídicas paralelas (cadenas vecinas en la misma dirección) y
antiparalelas (cadena plegada una y otra vez, con sus secciones mirando en diferentes direcciones) lo
que le dan una estructura muy rígida, que se mantiene unida por los enlaces peptídicos de cadenas
vecinas.
 Hélice alfa>> cuando una cadena polipeptídica se enrolla sobre si y forma una forma cilíndrica.
 Cada 4 enlaces peptídicos> se forma un enlace hidrogeno, uniendo C-O de un enlace con el N-H de
otro.
 Proteínas en membranas celulares, como transportadores o receptores, tienen abundantes regiones
con hélices alfa. Las proteínas que atraviesan la bicapa lipídica lo hacen en forma de hélice alfa de
aminoácidos de cadenas laterales apolares.
  Hélice alfas enrolladas una sobre otras>>> superhélice o hélice sobreenrrollado. Pasa cuando dos o
tres hélices tiene sus cadenas lat. apolares hacia un lado, haciendo que se enrollen y dejen las
cadenas en el centro. Ejemplo>> armazón de proteínas alargadas esta formado por largas
superhélices fibrosas.

FAMILIAS

 Cuando algunas secciones de la cadena son idénticas a las de otra cadena, se consideran proteínas
dentro de una misma familia.
 A pesar de pertenecer a la misma familia, no significa que tengan las mismas funciones.
 25% de similitud>> comparten la misma estructura global

RESUMEN DE LA FORMA Y ESTRUCTURA

La secuencia de aminoácidos de las moléculas de proteínas determina su conformación tridimensional.

Interacciones no-covalentes entre diferentes zonas de la cadena polipeptídica estabilizan su estructura

plegada.

Los aa cuyo residuo es hidrofóbico se agrupan en el interior de la molécula y las interacciones por enlaces de
hidrogeno entre enlaces peptídicos forman hélices alfa y laminas betas.

Proteínas se forman por unidades modulares, que son regiones globulares conocidas como dominios.

Dominios contienen entre 40 y 350 aa.

Proteínas pequeñas un dominio, grandes docenas de ellos unidos por tramos de la cadena polipeptídica.

Proteínas pueden unirse entre sí, tienen lugares de unión en la superficie en donde se pueden ensamblar,
formando estructuras grandes con fuerzas no-covalentes.

ENZIMAS

 Clase de proteína importante.

 Necesita mas pasos que solo unirse a otra para obtener su función.
 Determinan todas las transformaciones químicas, rompen enlaces covalentes en células, entre otras.
 Se unen a uno o más ligandos>> sustratos que luego se transforman en productos.
 Enzimas aceleran reacciones>> catalizadores> células generen o rompan enlaces covalentes de
forma controlada.
 Cada tipo de enzima es especifica, cataliza un solo tipo de reacción.
 Trabajan en equipo, el producto de una enzima se convierte en el sustrato de la enzima siguiente.>>>
resulta en una red de vías metabólicas que dan energía a la célula y generan cantidades de moléculas
que necesita la célula.

 Catálisis>> primer paso> unión del sustrato.

  Eficiencia de velocidad>> enzima incrementa concentración de moléculas de sustrato en su lugar
adecuado para que se realice más rápidamente la reacción.
 Estabilizar un estado de transición acelera la velocidad de reacción.
 Energía de activación> una enzima acelera enormemente una reacción al disminuir la energía de
activación requerida.

 Catálisis acida y básica>> enzima son las únicas que lo logran simultáneamente. Ejemplo> enlaces
peptídicos pueden ser hidrolizados en ausencia de una enzima cuando es expuesto a una base o ácido
fuerte.

 Unión entre enzima-sustrato deber ser muy precisa, para no tener consecuencias negativas.

Uniones de las proteínas>> proteínas utilizan pequeñas moléculas no proteicas para realizar funciones que
sean imposibles solo con aa. (ejemplo, hemoglobina> átomo hierro a grupos hemo.)

Moléculas pequeñas se unen covalentemente a las proteínas (unión permanente).

Enzimas tienen una pequeña molécula (a veces llamadas coenzimas) anclada que ayuda a sus funciones
catalíticas.

Algunas reacciones químicas catalizadas producen intermediarios inestables, por eso se forman túneles
moleculares que conectan sitios para que el intermediario sea procesado rápido, sin que salga de la enzima.
(ejemplo amoniaco, se escaparía fácilmente, se canaliza en estos túneles por lo mismo.)

¿Cómo se aumenta la velocidad sin aumentar concentración de sustancias? Reúne diferentes enzimas metidas
en las reacciones y forman un complejo multienzimático. Productos enzima A pasa directo a productos enzima
B>> aumenta velocidad.

Intervienen en todos los aspectos del metabolismo.

Célula regula actividades catalíticas>>

 controla cuantas moléculas de cada enzima fabrica, regulando el gen que codifica la enzima.
 Crea compartimientos subcelulares, encerrando a las enzimas.
 Velocidad de degradación proteica.
 Unión de enzima de una molécula diferente del sustrato, en lugar diferente al activo (regulación
negativa)
 Regulación positiva> actividad de enzima no es prohibida, si no estimulada por molécula reguladora.
 Proteínas unen covalentemente de pequeña célula a las cadenas laterales (adición grupo fosfato)
 Proteínas quinasas> regulan actividad.

Fosforilación>> transferencia, catalizada enzimáticamente, del grupo fosfato de un ATP al grupo hidroxilo
dela cadena lateral.

Proteínas quinasas >>son un tipo de enzimas que modifican otras moléculas, mediante fosforilación.

Proteína fosfatasa>> cataliza reacción inversa de la desfosforilación> eliminación del fosfato.

Células contienen cientos de proteínas quinasas distintas>> cada una es responsable de la fosforilación de
distintas proteínas.

Están organizadas por redes de vías señalizadoras que ayudan a coordinar actividades celulares, dirigen ciclo
celular y transmiten señales.

PROTEÍNAS MOTORAS

 Maquinas motoras que generan fuerzas para la contracción

muscular y de los movimientos de células.
 Producen movimientos intracelulares de menor escala>>
desplazamiento de cromosomas a los extremos (mitosis), mueven
orgánulos a través de pistas moleculares, mueven enzimas a lo
largo de la hebra de ADN.

¿Cómo se mueven unidireccionalmente?

 Hidrolisis de una molécula de ATP unida a proteína

 Elevada energía libre que se libera cuando se hidroliza el ATP
 Unión del ATP provoca transición de la proteína motora, ATP es hidrolizado a ADP y fosfato
inorgánico. Finalmente, libración del ADP y fosfato inorgánico devuelve la proteína a su primer
estado. Transición ocurre por energía liberada por la hidrolisis del ATP.
 Ciclo unidireccional e irreversible.
 Molécula proteína avanza, por ejemplo, solo a la derecha.

Funciones complejas>> hechas por conjuntos de proteínas (10 o más)>> maquinas proteicas.

Funciones complejas>> Replicación ADN

Síntesis de proteínas

Formación de vesículas

Señalización transmembrana

RESUMEN FUNCIONES DE LAS PROTEÍNAS

Proteínas pueden formar maquinas químicas sofisticadas, funciones dependen de propiedades químicas de
superficie.
Lugares de unión para ligando son cavidades de la superficie, localizados de forma precisa para que las
cadenas laterales se peguen por plegamiento. >> cadenas, normalmente no-activas, se activan y crean o
rompan enlaces.

Enzimas son proteínas catalíticas que aceleran enormemente las reacciones químicas, uniéndose a los estados
de transición de alta energía.

Enzimas pueden desarrollar catálisis básica y acida, simultáneamente.

Velocidades de las reacciones son tan rápidas, que solo están limitadas a difusión.

Enzimas pueden ser incluso más rápidas si forman complejos proteicos.

Proteínas cambian reversiblemente su conformación si algunos ligandos se unen a su superficie.

La utilización de energía puede dirigir unidireccionalmente a las proteínas. Hidrolisis de ATP, las proteínas
desarrollan movimiento a largas distancias a una sola dirección o fuerzas mecánicas.

Se forman maquinas proteicas altamente eficientes, se forman por la unión de subunidades diferentes,

Ellas realizan la mayoría de las reacciones mas importantes de las células.