Análisis de STR en la Ciudad de México
Análisis de STR en la Ciudad de México
T E S I S
PRESENTA
DIRECTORA DE TESIS
QFB MA. LOURDES VEGA NAVARRETE
FACULTAD DE ESTUDIOS SUPERIORES ZARAGOZA UNAM
ASESORA DE TESIS
M. EN C. LEONOR AGUILAR SANTELISES
FACULTAD DE ESTUDIOS SUPERIORES ZARAGOZA UNAM
0
Agradecimientos
Quiero agradecer a mis padres por todo el apoyo brindado, no solo a lo largo de mi carrera
sino de mi vida.
A mi madre Demetria Flores Pioquinto, quien ha sido mi guía, mi soporte, mi consejera y
mi principal apoyo, gracias por siempre darnos a mis hermanos y a mí tu amor, apoyo y
confianza, en palabras no podría expresarte la admiración que siento hacia ti, gracias por
todo.
A mi padre Félix Ramírez González por apoyarme desde principio a fin y también por
depositar su confianza en mí, gracias por tu apoyo.
A mis hermanos que siempre han estado presentes aconsejándome en cada decisión que he
tomado. Gracias Erendida por tu confianza y apoyo, Misael por siempre escucharme y
Luis (+) por enseñarme lo valioso de la familia, sabes que siempre estas con nosotros.
A mi tía Elena, que me brindo apoyo desde que empecé la carrera, también agradezco a
Pas, Abi, a mis sobrinas Stephanie y Dannae por siempre sacarme una sonrisa y también a
mi abuelita Roberta (+) a quien recuerdo con mucho cariño.
A la maestra Lourdes Vega Navarrete, a quien admiro y respeto. Gracias por brindarme la
oportunidad de realizar esta tesis y de seguir aprendiendo, por sus consejos y sobre todo
por la confianza brindada.
A la bióloga Dora Villegas Carmona que me guió por este camino y me brindó su amistad,
gracias por ser también una maestra para mí.
i
Índice
Índice de abreviaturas ................................................................................... 3
1. Introducción .............................................................................................. 4
2. Marco teórico ............................................................................................ 5
2.1 Componentes y estructura del ADN ........................................................ 5
2.2 Organización del ADN............................................................................. 8
2.3 Transmisión de la información ................................................................ 9
2.4 Alelos y polimorfismos ............................................................................ 10
2.5 Detección de los polimorfismos de longitud ............................................ 11
2.5.1 Minisatélites ......................................................................................... 11
2.5.2 Microsatélites ....................................................................................... 11
2.6 Características deseables de STRs usados en la tipificación de ADN ... 14
2.7 Importancia del análisis estadístico de los STR ...................................... 14
2.7.1 Estudios de paternidad ........................................................................ 14
2.7.2 Criminalística ....................................................................................... 15
2.7.3 Personas desaparecidas...................................................................... 15
2.8 Genética de poblaciones......................................................................... 16
a) Frecuencias alélicas y genotípicas ........................................................... 16
b) Ley de equilibrio de Hardy Weinberg ........................................................ 17
c) Poder de exclusión ................................................................................... 17
d) Poder de discriminación............................................................................ 17
e) Probabilidad de coincidencia aleatoria...................................................... 17
f) Heterocigosidad ......................................................................................... 18
g) Índice de contenido polimórfico ................................................................ 18
h) Índice de paternidad ................................................................................. 18
i) Número efectivo de alelos.......................................................................... 18
2. 9 Población de la Ciudad de México ......................................................... 19
2.10 Loci de estudio ...................................................................................... 20
3. Planteamiento del problema ..................................................................... 21
4. Hipótesis de trabajo .................................................................................. 21
1
5. Objetivos ................................................................................................... 22
6. Metodología .............................................................................................. 22
6.1 Tipo de estudio ....................................................................................... 22
6.2 Población de estudio ............................................................................... 22
6.3 Criterios de inclusión, exclusión y eliminación ........................................ 23
6.4 Variables ................................................................................................. 23
6.5 Material y método ................................................................................... 23
6.5.1 Material ................................................................................................ 23
6.5.2 Método ................................................................................................. 24
7. Resultados y descripción de resultados .................................................... 26
Figura 7.1 Electroferograma ......................................................................... 28
Tabla 7.1 Frecuencias alélicas...................................................................... 29
Tabla 7.2 Equilibrio de Hardy-Weinberg ....................................................... 30
Tabla 7.3 Parámetros estadísticos calculados .............................................. 31
Figura 7.2 Heterocigosidad ........................................................................... 32
Figura 7.3 Probabilidad de coincidencia aleatoria ......................................... 32
Figura 7.4 Poder de discriminación ............................................................... 33
Figura 7.5 Poder de exclusión ...................................................................... 33
Figura 7.6 Índice de contenido polimórfico.................................................... 34
Figura 7.7 Índice de paternidad .................................................................... 34
Figura 7.8 Número efectivo de alelos ........................................................... 35
Tabla 7.4 Índices combinados ...................................................................... 35
Tabla 7.5 Comparación con los paneles anteriores ...................................... 36
8. Discusión de resultados ............................................................................ 36
9. Conclusiones ............................................................................................ 39
10. Recomendaciones .................................................................................. 40
11. Anexos .................................................................................................... 41
12. Referencias bibliográficas ....................................................................... 42
2
Índice de abreviaturas
A Adenina
ADN Ácido desoxirribonucleico
ARN Ácido ribonucleico
C Citosina
CODIS Sistema de índice Combinado de ADN (Combined DNA
Index System)
EC Electroforesis capilar
G Guanina
3
1.- Introducción
El estudio y caracterización de una población ha tomado una gran importancia,
debido al creciente uso de la tecnología de ADN en el sistema de justicia, por lo
que es necesaria la creación de una base de datos de las frecuencias alélicas de
una población, el objetivo principal al generar una base de datos es encontrar
todos los alelos “comunes” y cuántas veces se repiten estos alelos en múltiples
muestras, con el fin de estimar con fiabilidad los alelos presentes en la población
de estudio y de esta manera establecer el peso estadístico de los perfiles
genéticos, y las confrontas genéticas en la identificación de individuos.(1-4)
En la actualidad, se utilizan marcadores STR (Short Tandem Repeat) para la
obtención de perfiles genéticos, ya que son fácilmente amplificados por la reacción
en cadena de la polimerasa y sin los problemas de una amplificación preferencial.
Esto es debido al hecho de que el tamaño los dos alelos de un individuo
heterocigoto son similares, y el tamaño de repetición es pequeño. El número de
repeticiones en tándem en los marcadores STR puede ser altamente variable
entre los individuos, lo que hace a estos marcadores eficaces para fines de
identificación humana.(5)
La disponibilidad de kits STR que permiten la amplificación multiplex ha impactado
favorablemente la ciencia forense debido a que la probabilidad de coincidencia
puede superar una en varios miles de millones y esto es posible en una sola
amplificación con 1 ng (o menos) de una muestra de ADN. Actualmente los
resultados se pueden obtener en sólo unas cuantas horas en comparación con las
semanas que requerían los métodos de polimorfismo de longitud de fragmentos de
restricción (RFLP) hace unos pocos años.
En el mercado, existen diferentes paneles que contienen marcadores STR y
permiten la amplificación multiplex, tales como los sistemas PowerPlex System y
el sistema AmpF/STR® Identifiler, sin embargo, se han presentado casos de
asociaciones fortuitas o coincidencias aleatorias, por lo que se han desarrollado
nuevos paneles con un mayor número de marcadores polimórficos, aumentando
de esta manera el poder de discriminación y disminuyendo esas asociaciones.
En este estudio se analizó la capacidad del nuevo panel PowerPlex Fusion
System, que integra los loci del CODIS y los loci del conjunto de Estándares
Europeos (ESS) dando como resultado un panel con 24 loci (22 STR, 1 marcador
de cromosoma “Y” y amelogenina)(6). El estudio se centró en el análisis genético
de 200 muestras de individuos de la Ciudad de México, seleccionados
aleatoriamente, no relacionados biológicamente, así como la comparación del
potencial del sistema PowerPlex Fusion con paneles anteriores, para observar si
es una buena herramienta para el sistema de justicia mexicano.
4
2.- Marco teórico
La unidad básica de la vida es la célula, la cual produce las materias primas y la
energía necesaria para mantener la vida. Un ser humano se compone de miles de
millones de células, todas las cuales se originaron a partir de una sola célula.
Dentro del núcleo de las células, existe una sustancia conocida como ADN que
contiene la información para la replicación de la célula y la construcción de
enzimas necesarias. Debido a que este ADN reside en el núcleo de la célula, se
refiere a menudo como ADN nuclear.(1)
Sin embargo existe otro tipo de ADN, el cual es un genoma circular y se encuentra
dentro de las mitocondrias. La cantidad de moléculas de ADN mitocondrial puede
ir de una a 15 copias por mitocondria, considerando que cada célula tiene cientos
de mitocondrias, entonces tendría miles de copias de este ADN, en comparación
con el ADN nuclear que solo hay una copia en el núcleo de cada célula.
El conjunto completo de instrucciones para construir un organismo, es decir, todo
el ADN en una célula, se conoce colectivamente como genoma. El ADN tiene dos
propósitos principales: 1) hacer copias de sí mismo para que las células puedan
dividirse y seguir con la misma información, y 2) llevar las instrucciones para la
síntesis de proteínas. La información codificada en la estructura del ADN se
transmite de generación en generación, teniendo la mitad de la información
genética origen materno y el resto, origen paterno.(1)
5
(9)
Figura 1. Estructura de las bases nitrogenadas.
6
Diámetro 20 Å
Surco
menor
Una vuelta completa
34 Å
Esqueleto azúcar-
fosfato
Surco
mayor
Pares de bases
nitrogenadas
Figura 2.- Modelo de doble hélice propuesto por Watson y Crick. Modificado de Klug SW.,
(8)
Cummings.
8
2.3 Transmisión de la información
9
(21)
Figura 5. Dogma central de la biología molecular.
(21)
Figura 6. Modificaciones del "Dogma Central de la Biología Molecular".
10
podemos encontrar aquellos genes que codifican para los grupos
sanguíneos, el sistema HLA, el análisis de ADN mitocondrial, por mencionar
algunos ejemplos.
2.5.1 Minisatélites
Para los minisatélites la unidad de repetición va de 10 a 100 bases. La mayoría de
los polimorfismos minisatélites se detectan mediante enzimas de restricción, y se
les conoce como VNTR (Número Variable de Repeticiones en Tándem). La
identificación de los VNTR se hace con la utilización de sondas complementarias
sintéticas que hibridan con la secuencia de ADN, propia del VNTR en estudio
(secuencia repetitiva). Estas sondas pueden ser “mono locus”, que hibridan en una
sola región de ADN, y las “multi locus”, que hibridan en forma simultánea con
varias regiones.
Los análisis con minisatélites contienen varias limitaciones, entre las cuales
sobresalen: el tiempo que se invierte en cada estudio (tres semanas), la elevada
concentración de ADN que deben tener las muestras, y la poca eficiencia del
estudio cuando se trata de muestras con ADN degradado, por el mayor tamaño
del ADN que se examina.(28, 29, 30, 31)
2.5.2 Microsatélites
Los microsatélites contienen el mismo tipo de polimorfismo de longitud, pero
varían en el tamaño de la unidad repetitiva. Para los microsatélites, la unidad de
repetición es de 2 a 6 nucleótidos, a este tipo de polimorfismo se les conoce
también como STR (Short Tandem Repeats). La aparición de los STR en el ámbito
forense ocurrió a principios de la década de los 90, gracias al desarrollo del
proceso denominado Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR).(28, 32, 33)
Este tipo de polimorfismo puede ser analizado mediante diversos pasos, los
cuales son:
11
a) Extracción del ADN: Cuando se obtienen muestras biológicas, ya sea una de
un lugar de los hechos o muestras de referencia, contienen además del ADN otras
sustancias que pueden inhibir la habilidad de analizarlo, como son proteínas
celulares que empaquetan y protegen al ADN en el interior de la célula o
inhibidores de la polimerasa en el soporte en el que está contenido el indicio. Por
lo que, se han desarrollado métodos de extracción del ADN para separar las
proteínas y otros materiales que están unidos a las moléculas de ADN. En la
actualidad, se utilizan tres principales técnicas para la extracción del ADN en los
laboratorios forenses: la extracción orgánica, la extracción con Chelex y la
extracción en papel FTA (1,34,35), , además de otros métodos basados en la
aplicación de resinas paramagnéticas cuyo uso se ha extendido en los laboratorios
forenses debido al rendimiento de ADN de alta pureza.
12
los alelos estrechamente espaciados (por ejemplo, alelos TH01 9,3 y 10). Con el
fin de observar las diversas moléculas una de otra, el paso de separación requiere
mover aparte los fragmentos en diferentes tamaños. La separación se realiza
típicamente por un proceso conocido como electroforesis y se lleva a cabo ya sea
en gel o en capilar. (1, 39)
La detección de la muestra se lleva a cabo automáticamente por el instrumento de
Electroforesis Capilar (EC) a través de la medición del intervalo de tiempo de
inyección de la muestra y cuya detección se realiza a través de una CCD camera.
La luz de un láser incide en el capilar en una posición fija, en donde se ha
quemado una ventana en la cubierta del capilar. Los fragmentos de ADN son
iluminados a medida que pasan por la ventana en el capilar. Como en los geles,
las moléculas más pequeñas llegan primero al punto de detección, seguidas por
las moléculas más grandes. Los datos obtenidos de la separación están
representados gráficamente en función de la intensidad relativa de fluorescencia
observada a partir de la emisión de fluorescencia de los colores que pasan el
detector. Las señales de emisión fluorescente de los colorantes que están unidos
a las moléculas de ADN se pueden utilizar para detectar y cuantificar las
moléculas de ADN que pasan por el equipo.(1,40,41, 42, 43)
Figura 7. Separación y detección de Fragmentos STRs. Modificadode Butler JM. Forensic DNA Typing:
(1)
biology, technology and genetics of STR markers.
2.7.2 Criminalística
El delito en general, surgió con el hombre mismo, y éste, consciente de la
punibilidad de su acción, siempre ha intentado ocultar la autoría. Y desde siempre
el delito ha venido acompañado de la necesidad de investigarlo, de aclararlo, de
buscar y castigar al culpable.
Con el paso del tiempo se ha ido desarrollando la criminalística, que podemos
definir como la “ciencia aplicada que de acuerdo al ordenamiento jurídico de cada
país, estudia científicamente los indicios y evidencias con objeto de convertirlos en
pruebas formales que puedan ser presentadas ante las autoridades judiciales para
permitir la identificación de víctimas y de los delincuentes y esclarecer las
circunstancias de un probable delito”.(45)
El obtener un perfil es sólo la primera parte del análisis, los perfiles tienen que ser
comparados. Por ejemplo, si un perfil obtenido de una evidencia recolectada de un
lugar de los hechos es comparado con el perfil del probable responsable, se
presentan dos posibles situaciones: los perfiles pueden ser los mismos o pueden
ser diferentes. Si los perfiles son diferentes, la interpretación es simple: la
evidencia recolectada del lugar de los hechos, no pertenece al probable
responsable, y se considera como una exclusión. Si los perfiles son los mismos,
entonces es una inclusión y significa que la coincidencia debe ser estimada.
El primer paso es estimar la frecuencia de cada alelo encontrado en una
población, con esta información las frecuencias genotípicas pueden ser
calculadas. Si tuviéramos una base de datos lo suficientemente grande podríamos
hacerlo de la misma manera en que calculamos las frecuencias alélicas. El
problema con este enfoque es que la ocurrencia de muchos genotipos es baja y
sería difícil hacer estimaciones precisas.
En lugar de conteo directo, se utiliza el modelo de equilibrio de Hardy Weinberg
para predecir la proporción de genotipos. Este modelo, describe cómo se
comportan los alelos o genes en una población ideal. (46)
16
b) Ley de equilibrio de Hardy Weinberg
En grandes poblaciones de apareamiento aleatorio en ausencia de mutación,
migración y selección, las frecuencias génicas y genotípicas permanecen
constantes de generación en generación, pudiendo predecir sus valores para las
futuras generaciones. (1, 30, 55-57)
De acuerdo con la Ley de equilibrio de Hardy-Weinberg, las frecuencias
genotípicas de la progenie están determinadas por las frecuencias alélicas de sus
progenitores.(1, 58, 59)
Si la población está en equilibrio, las frecuencias alélicas son iguales en los
progenitores y en la progenie, de manera que las frecuencias alélicas observadas
en la progenie pueden usarse como si fueran las frecuencias alélicas paternas
para calcular las frecuencias genotípicas esperadas por la Ley de Hardy-
Weinberg. (1)
c) Poder de exclusión
Es la probabilidad de que un sistema genético específico proporcione evidencias
que conduzcan a la exclusión de un probable responsable. (52, 53, 60-62)
Poder de Exclusión (PE) = H2 (1 –(1- H )H2 )
Donde H= Heterocigosidad
d) Poder de discriminación
Es la probabilidad de que dos individuos no relacionados puedan ser diferenciados
genéticamente mediante el análisis de uno o varios marcadores. Depende del
número de loci analizados, de las variables alélicas encontradas y frecuencias de
cada locus en cada población. (1, 52, 53, 62)
PD=1-PI
PI= Probabilidad coincidencia aleatoria
17
f) Heterocigosidad
Es la proporción de individuos heterocigóticos que se espera en la población. Una
alta heterocigosidad significa que existe más diversidad alélica y por lo tanto hay
una menor probabilidad de coincidencia en muestras. (1, 52, 53, 62, 63)
Heterocigosidad (H)=1-Homocigosidad=1- i2
PIC=1- i2 - ( i2)2 + i4
h) Índice de paternidad
Es la probabilidad de que los alelos presentes en el niño apoyen la hipótesis de
que el hombre examinado es el verdadero padre biológico, en lugar de otro
hombre examinado no relacionado biológicamente, tomado aleatoriamente de la
población. (1, 52, 53, 62)
Índice de Paternidad (PI)=
18
2.9 Población de la ciudad de México (68)
Cuadro 1. Se muestran los datos poblacionales de la Ciudad de México y del
país en general.
DISTRITO MÉXICO
FEDERAL (TOTAL)
8,851,080
Población total, 2010 112,336,538
(1/12)
Población total hombres, 2010 4,233,783 54,855,231
19
2.10 Loci de estudio
En este estudio se analizará el potencial del sistema PowerPlex Fusion que
permite la co-amplificación y detección fluorescente de 24 loci (23 STR y
amelogenina), incluyendo los loci del CODIS y los loci del conjunto de Estándares
Europeos (ESS). (70)
Figura 9. Configuración del sistema PowerPlex Fusion. Este sistema permite la co-amplificacion de
Amelogenina, D3S1358, D1S1656, D2S441, D10S1248, D13S317 y Penta E marcados con fluoresceína;
D16S539, D18S51, D2S1338, CSF1PO y Penta D marcados con JOE; TH01, vWA, D21S11, D7S820,
D5S818, TPOX y DYS391 marcados con TMR-ET; y D8S1179, D12S391, D19S443, FGA y D22S1045
marcados con CXR-ET. El estándar interno (ILS 500) está marcado con el colorante CC5 y contiene 21
fragmentos de ADN de 60, 65, 80, 100, 120, 140, 160, 180, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425,
(30)
450, 475 y 500 bases.
20
3.- Planteamiento del problema
El uso de la tecnología del ADN se ha vuelto más frecuente por lo que, cada vez
se exigen resultados más confiables y precisos que eviten asociaciones fortuitas y
nos permitan enfrentar los desafíos que representa el trabajar muestras
severamente comprometidas, ya que de esto dependen situaciones importantes
como el hallazgo de una persona desaparecida entre una gran cantidad de restos
humanos. Se conocen actualmente sistemas que incluyen un mayor número de
marcadores con el fin de aumentar el poder de discriminación y disminuir la
probabilidad de coincidencia aleatoria. En este estudio se determinaron diversos
parámetros como el poder de discriminación, la probabilidad de coincidencia
aleatoria, Heterocigosidad, índice de contenido polimórfico, índice de paternidad y
número efectivo de alelos del panel PowerPlex Fusion para la población de la
Ciudad de México con el objetivo de demostrar si este panel es una buena
herramienta para atender las demandas que impone la actual situación de nuestro
país. Así también se determinó si las frecuencias alélicas de todos los loci estan
en equilibrio de Hardy-Weinberg para que puedan ser utilizadas en los cálculos
estadísticos.
Por lo que el planteamiento central es si las frecuencias alélicas están en equilibrio
y pueden ser utilizadas al determinar parámetros estadísticos y si el panel
Powerplex Fusion, el cual es el más reciente sistema de identificación humana
lanzado al mercado, provee más certeza estadística al momento de realizar las
confrontas de perfiles genéticos.
4.- Hipótesis
21
5.- Objetivos
6.- Metodología
Observacional
Prospectivo
Transversal
Descriptivo
22
6.3 Criterios de inclusión, exclusión y eliminación
INCLUSIÓN:
Muestras sanguíneas de individuos no relacionados biológicamente de la
Cd. de México.
EXCLUSIÓN:
Individuos relacionados biológicamente.
ELIMINACIÓN:
Muestras contaminadas.
6.4 Variables
INDEPENDIENTE:
El genotipo de cada individuo de la muestra poblacional.
DEPENDIENTES:
Las frecuencias alélicas.
Índice de heterocigosidad y homocigosidad.
Poder de discriminación del panel.
Poder de exclusión del panel
Contenido de índice polimórfico
6.5.1 Material
Analizador automático de biología molecular 3100-Avant Genetic Analyzer
de AppliedBiosystem.
Termociclador GENEAMP® SYSTEM 9700.
Campana de Bioseguridad Air Clean600 PCR Workstation
Micropipeta Eppendorf de 10µL.
Micropipeta Eppendorf de 100µL.
Micropipeta Eppendorf de 1000µL.
Vortex, Sarstedt.
Puntas para pipeta de 10µL.
Puntas para pipeta de 100µL.
Puntas para pipeta de 1000µL.
Harris Micro-Punch para papel FTA
Guantes de nitrilo.
Tubos Eppendorf de 1.5mL.
23
Placa de 96 pozos
Tapas de goma, para charola de 96 pozos. (septa)
Tapas para charola de amplificación
Lancetas
Papel FTA
Torundas
PowerPlex® Fusion System
Hi-DiTMformamide
Pop-4
Cubrebocas
Micropipeta multicanal Eppendorf
Congelador Revco
Refrigerador Revco
Alcohol etílico al 70%
Encendedor
6.5.2 Método
Obtención de la muestra
Se pidió a cada donante que rotulara una tarjeta FTA, posteriormente se limpió el
área de punción para la obtención de sangre con una torunda con alcohol al 70%.
Se Puncionó con una lanceta y se depositaron aproximadamente 5 gotas de
sangre sobre la tarjeta FTA
Amplificación
El panel utilizado fue el PowerPlex® Fusion System, el Kit se mantuvo en
congelación hasta el momento de su uso.
Se determinó el número de reacciones incluyendo el control positivo y negativo, se
preparó la mezcla de reacción en un tubo eppendorf (dando vortex por 15
segundos a cada uno de los tubos de reactivo).
La mezcla se agitó y se fraccionó en una placa de 96 pozos, de acuerdo al número
de muestras a amplificar, posteriormente se cortó un disco de papel FTA con
muestra con ayuda del perforador Mini-Punch Harris de 1.2 mm de diámetro y se
colocó el disco en el pozo correspondiente.
La amplificación se llevó a cabo en el termociclador GENEAMP® SYSTEM 9700
siguiendo el protocolo recomendado por el fabricante, el cual se muestra a
continuación:
24
Protocolo de Amplificación
96°C por 1 minuto
94°C por 10 segundos
59°C por 1 minuto
72°C por 30 segundos
Por 25 ciclos, después:
60°C por 20 minutos
4°C (Se conserva a 4°C hasta el
momento de su análisis).
Electroforesis Capilar
El Kit se conservó en el congelador hasta el momento de su uso. Se preparó una
mezcla de Formamida e ILS en un tubo eppendorf, las cantidades de cada
reactivo fueron de acuerdo al número de muestras, la proporción de cada reactivo
se calculó de la siguiente manera:
[(1.0μl CC5 ILS 500) × (#muestras)] + [(10.0μlHi-Di™ formamida) × (#muestras)]
La mezcla se agitó durante 15 segundos y enseguida se fraccionó en una placa de
96 pozos. Posteriormente se colocó 1.5 µL de cada producto de PCR en el pozo
correspondiente y 1μL of PowerPlex® Fusion Allelic Ladder Mix en cada uno de
los pozos destinados para este. La placa se selló con una septa y se procedió a
realizar la hoja de corrida en el software Data Collection, y comenzar con el
corrimiento electroforético.
Los resultados fueron analizados con ayuda del software GeneMapper ID V.3.2
Análisis Estadístico
En el presente estudio, además de analizar el potencial del panel PowerPlex
Fusion, se realizó la base de datos de la Ciudad de México; con los datos
obtenidos, y mediante el método de conteo de genes se determinaron las
frecuencias alélicas. Una vez obtenidos los datos de las frecuencias alélicas se
aplicó la prueba de bondad de ajuste (chi cuadrada) para determinar si los loci se
encontraban dentro del equilibrio de Hardy-Weinberg. Adicionalmente se
determinaron los parámetros estadísticos: poder de discriminación, poder de
exclusión, índice de contenido polimórfico, índice de paternidad, probabilidad de
coincidencia aleatoria, número efectivo de alelos, heterocigosidad y
homocigosidad.
Además se compararon los parámetros con paneles anteriores para determinar el
avance o las diferencias que tiene entre sí.
25
7. Resultados
Descripción de resultados
27
Figura 7.1. Electroferograma.
28
Tabla 7.1. Frecuencias alélicas obtenidas de los 22 Loci del Panel PowerPlex Fusion
LOCUS D3S1338 D1S1656 D2S441 D10S1248 D13S317 PENTA D16S539 D18S51 D2S1338 CSF1PO PENTA TH01 Vwa D21S11 D7S820 D5S818 TPOX D8S1179 D12S391 D19S433 FGA D22S1045
ALELO E D
2.2 0.01
5 0.0325 0.0025
6 0.3125
7 0.055 0.0075 0.3575 0.005 0.065
8 0.075 0.0275 0.01 0.005 0.0125 0.045 0.105 0.535 0.0125
8.3 0.0025
9 0.005 0.005 0.2425 0.005 0.0975 0.0175 0.195 0.06 0.0375 0.06 0.06 0.005
9.3 0.2175
10 0.4675 0.1075 0.035 0.2 0.2525 0.245 0.005 0.2575 0.035 0.03 0.1375 0.0025
11 0.0325 0.295 0.0025 0.1725 0.0425 0.2875 0.0025 0.2875 0.1225 0.315 0.51 0.2375 0.0475 0.01 0.04
11.2 0.0025
11.3 0.025
11.4 0.005
12 0.065 0.04 0.0325 0.2075 0.16 0.28 0.1325 0.3775 0.1825 0.2325 0.2525 0.1375 0.1125 0.05 0.005
12.1 0.0025
12.2 0.015
13 0.01 0.0925 0.01 0.23 0.1275 0.0575 0.1125 0.0975 0.055 0.165 0.045 0.075 0.2825 0.2175 0.005
13.2 0.115
14 0.065 0.1175 0.135 0.415 0.0675 0.095 0.01 0.1725 0.005 0.055 0.055 0.0025 0.0025 0.23 0.2375 0.0325
14.2 0.0375
14.3 0.0025
15 0.455 0.1375 0.02 0.21 0.125 0.0025 0.17 0.0025 0.06 0.14 0.005 0.1475 0.52
15.2 0.0025 0.0975
15.3 0.03
16 0.2925 0.2125 0.0025 0.085 0.105 0.105 0.0325 0.385 0.0275 0.0325 0.0425 0.35
16.2 0.0225
16.3 0.04
16.4 0.005
17 0.1325 0.065 0.02 0.095 0.185 0.1725 0.2875 0.005 0.06 0.0025 0.0025 0.0425
17.3 0.1575 0.005
17.4 0.0025
18 0.04 0.0025 0.0225 0.05 0.04 0.175 0.165 0.0125 0.0025
18.3 0.04 0.0075
19 0.0025 0.0325 0.03 0.2325 0.035 0.3025 0.0725 0.0025
19.3 0.005 0.0175
20 0.0425 0.015 0.1225 0.0025 0.23 0.085
21 0.025 0.02 0.0375 0.07 0.0875
22 0.02 0.01 0.08 0.05 0.15
22.2 0.0025
23 0.005 0.005 0.2075 0.0275 0.135
24 0.0025 0.0025 0.0325 0.0175 0.155
25 0.0025 0.03 0.0075 0.1425
26 0.0075 0.0025 0.105
27 0.005 0.0075 0.0425
28 0.09 0.005
29 0.1725
29.2 0.005
30 0.285 0.0025
30.2 0.01
31 0.0675
31.2 0.1275
32 0.025
32.2 0.1375
33.1 0.0025
33.2 0.065
34.2 0.005
29
Con las frecuencias alélicas se aplicó la prueba de chi cuadrada para observar si los loci
se encontraban en equilibrio de Hardy-Weinberg, teniendo resultados de la tabla 7.2:
2 2
LOCUS X CALCULADA X TABLAS (α=0.05) RESULTADO
30
Tabla 7.3 Parámetros estadísticos calculados.
D3S135 D1S165 D2S44 D10S124 D13S31 PENTA D16S53 D18S5 D2S133 CSF1P PENT D21S1 D7S82 D5S81 D8S117 D12S39 D19S43 D22S104
vWA TH01 TPOX FGA
8 6 1 8 7 E 9 1 8 O AD 1 0 8 9 1 3 5
Ho 0.66 0.87 0.61 0.7 0.81 0.93 0.74 0.87 0.865 0.74 0.77 0.715 0.78 0.865 0.775 0.715 0.665 0.83 0.82 0.87 0.92 0.565
Ho: Heterocigosidad Observada, He: Heterocigosidad Esperada, PD: Poder de Discriminación, PE: Poder de Exclusión, PIC: Índice de Contenido Polimórfico, PC: Probabilidad de
Coincidencia, NEA: Número Efectivo de Alelos, IP: Índice de Paternidad
31
1
0.914
0.875 0.865 0.845 0.882
0.9 0.830 0.836 0.845
0.823 0.815
0.776 0.813
0.8 0.766
0.722 0.730
0.708 0.7216
0.684 0.673
0.7 0.661
0.634
0.602
0.6
0.5
0.4
0.3
0.2
0.1
0.25
0.2136
0.2 0.1858
0.1607
0.1522 0.1471
0.1438 0.1437
0.15
0.1188
0.109
0.1 0.093
0.0825
0.068
0.0541 0.065
0.0532 0.0493 0.049
0.0443
0.05 0.0322
0.03025 0.0357
0.01835
32
1.2
0.6
0.4
0.2
0.9
0.8 0.7754
0.6926 0.7061
0.7 0.6724
0.6361 0.619 0.6354
0.6089 0.5962 0.58
0.6 0.579
0.5218 0.5061
0.5 0.4458 0.445
0.4275 0.457
0.3986 0.3863
0.4 0.3727
0.3428 0.3107
0.3
0.2
0.1
33
1
0.9078
0.9 0.8628 0.85 0.8699
0.8082 0.8175 0.8275
0.8277 0.7989
0.788 0.7924
0.8 0.7415 0.7284
0.6792 0.6878
0.7 0.6345 0.6535 0.6722
0.6224 0.6186
0.6 0.5854
0.5328
0.5
0.4
0.3
0.2
0.1
0
5.8148
6
5
4.2292
4.004
4 3.7001
3.2388 3.0513 3.2308
2.9479 2.8258
3 2.6994
2.3161 2.6725
2.2379
2 1.5819 1.7989 1.7106 1.7958
1.8562 1.4769
1.5311 1.2581
1.366
1
34
14
11.6296
12
10
8.4584
8.008
8 7.4002
6.4777 6.1027 6.4615
5.8958 5.6517
6 5.3988
4.4758 5.3451
4.2721
3.5979 3.4211 3.7125
4 3.1638 3.5916 2.9539
3.0622 2.5162
2.7319
2
Tabla 7.4. Resultados de los índices combinados del panel PowerPlex Fusion.
Índice Valor
Het 0.8
PD 3.88x1024
PE 0.99999998
Probabilidad de coincidencia
2.57396E-25
aleatoria
Índice de Paternidad 228,483,328.8
Het: Heterocigosidad, PD: Poder de Discriminación, PE: Poder de Exclusión
35
Tabla 7.5. Comparación de índices obtenidos del panel PowerPlex Fusion con paneles
anteriores como el PowerPlex 21 y PowerPlex 16.
PowerPlex
PowerPlex 21 PowerPlex 16
Fusion (Cd de
(Cd. De México) (Hispanos)
México)
No. Marcadores 22 20 15
No se cuenta
Het 0.8 0.8
con el dato
PD 3.88x1024 2.698x1021 2.94x1017
8. Discusión de resultados
9.- Conclusiones
Las frecuencias alélicas de los 22 marcadores STR del panel PowerPlex® Fusion se
encuentran en equilibrio de Hardy-Weinberg, lo cual fue comprobado mediante la prueba
de chi cuadrada.
La heterocigosidad del panel que fue del 80%, en combinación con su poder de
exclusión del 99.999997%, poder de discriminación de 3.88x1024 y de su probabilidad de
coincidencia aleatoria del 2.57396E-25, hacen del panel PowerPlex® Fusion una gran
herramienta para el sistema de justicia en México
Además el panel PowerPlex® Fusion contiene al locus Penta E, que es uno de los
marcadores que aportan mucho peso estadístico en los parámetros calculados, siendo
uno de los más importantes del panel en términos de la identificación humana y pruebas
de parentesco.
De acuerdo con estos parámetros estadísticos, los datos obtenidos pueden ser útiles
para la investigación genética de poblaciones, para la identificación humana y para
pruebas de parentesco.
El Sistema PowerPlex Fusion reúne las características que lo hacen ser buen candidato
para lidiar con las nuevas demandas de identificación humana que impone la situación
actual de nuestro país.
39
10.- Recomendaciones
40
11. Anexos
Donante
41
12. –Referencias bibliográficas
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