Introducción
Transcripción: Síntesis de ARN a partir de regiones específicas del ADN.
Diferencias con la replicación
Semejanzas con la replicación
-Síntesis de novo (no cebador)
-El molde es ADN -Menor fidelidad
-Sentido 5’ → 3’ -Polimerasas de ARN
-Inicio en puntos específicos del -rNTPs y no dNTPs
ADN -No todo el ADN es transcrito
-Se pueden generan muchas copias de
cada ARN
*A pesar de tener menor fidelidad, se pueden generar varios transcritos por lo que no es un problema.
Transcripción en eucariotas: conceptos básicos
− La transcripción de un gen concreto tiene lugar solamente desde una de las dos
cadenas de ADN.
− Siempre ocurre en sentido 5’→ 3’
− Localización del promotor → Determina que cadena se transcribirá: Cadena
molde.
− La cadena que no se transcribe es la cadena no molde: misma secuencia que el
ARN (pero con uracilo en vez de timina)
− Genes FORWARD o con sentido (Gen A) y genes REVERSE o antisentido (Gen
B)
Tipos de ARN polimerasas
− Las ARN polimerasas son complejos
multiproteicos que reconocen la región promotora del
gen a transcribir y llevan a cabo la transcripción.
− En humanos existen 3 tipos de ARN polimerasas
(RNA-pol I, II y III), cada una se encarga de transcribir
una clase de ARN diferente. Se clasifican según el
promotor que reconozcan y por tanto el gen que pueden
transcribir
ARN Polimerasa Tipo ARN Función
ARN pol I ARN ribosomal (rRNA) Estructura y función
grande ribosomas
ARN pol II ARN mensajero (mRNA) Codificante de proteínas
ARN nucleolar pequeño Procesamiento y
(snoRNA) ensamblaje del ARNr
ARN pol III ARN ribosomal (rRNA) Estructura y función de los
pequeño ribosomas
ARN transferente (tRNA) Transporte de aminoácidos
ARN pol II, ARN pol III ARN nuclear pequeño Maduración del pre-
(snRNA) ARNm
Micro ARN (miRNA) Regulación de la expresión
del ARNm
Ejemplo del significado de la tabla: ARN pol II→ reconoce y transcribe promotores de
ARN nucleolares pequeños (snoRNA), que tienen como función procesar y ensamblar
el ARNr.
*Las de eucariotas son mucho más complejas que las de procariotas.
Transcripción de los genes estructurales
Definición: Genes que son transcritos por la ARN polimerasa II, generando ARN
mensajeros que se traducen a proteínas.
Etapas: iniciación, elongación y terminación de la transcripción.
Estructura:
Posición +1: posición del nucleótido de inicio.
Hacia la izquierda de +1 decimos que vamos corriente arriba y al contrario decimos
corriente abajo.
Unidad transcripcional: secuencia de ADN copiada a ARN, incluyendo exones
e intrones (desde la unidad +1 hacia delante).
Promotor núcleo: secuencia reconocida por la maquinaria de transcripción.
Ocupa entre -50 y +40.
Región reguladora: incluye un promotor regulador y otras secuencias
distanciadas respecto al gen (intensificadores, silenciadores). Ocupa entre -200 y
-50.
Regulador distal: se localiza normalmente corriente arriba pero también existen
corriente abajo, más allá del terminador.
Terminador: secuencia que indica dónde debe finalizar la transcripción
Promotor núcleo o central
El promotor núcleo o central es una secuencia de ADN que es reconocida por la
maquinaria de transcripción basal Suele encontrarse en el surco mayor o en el menor.
Cumple dos funciones principales:
Indica cuál de las cadenas actúa como molde (sentido de la transcripción).
Contiene el sitio de iniciación de la transcripción (sitio +1)
BRE: TFIIB recognition element (TF: factor de transcripción; Factor II: trabajan
con ARN pol II; B: diferenciarlo de otros). Secuencia consenso (Posición entre -
37 y -32): G/C G/C G/A CGCCC
TATA: suele estar entre -26 y -31. La secuencia es TATA A/T A A/T. Es rica en
adenina y timina porque este enlace es más débil que G-C, por tanto la hebra se
abrirá por aquí.
Inr: initiator element. Su secuencia es C/T C/T AN T/A C/T C/T.
DCE: downstream core element, participan en el reconocimiento del promotor.
DPE: downstream promoter element, participan en el reconocimiento del
promotor.
Las secuencias del promotor son reconocidas por factores de transcripción que guían a la
ARN polimerasa, regulando la transcripción. Estos pueden ser:
-Promotor fuerte: promotor que se transcribe más
-Promotor débil: le cuesta más transcribirse
Esto depende de los elementos que tenga en el promotor → Cuanto más se aleje de la
secuencia consenso, más débil será el promotor.
*Lo normal es que haya una caja TATA o un Inr en cada gen pero pueden no estar.
Promotor regulador
La mayoría de los genes de bacterias con el promotor núcleo van sobrados. En
eucariotas se necesitan otros elementos que ayuden a fijar la polimerasa en el lugar del
promotor núcleo.
Ejemplo: La caja CG, tiene una
secuencia GGGCGG que reconoce a un
factor que es el SP1
Cada promotor regulador
presenta distintas combinaciones
de elementos → Unión de
distintas combinaciones de
factores activadores →
Regulación precisa y diferencial
de la expresión de cada gen.
Ejemplo: Si se nos pide buscar
la caja CAAT iremos desde la
posición -50 hasta los -200, y si
tiene esta secuencia estará ahí.
El promotor SV40 puede
reconocer cajas GC y afianzar
que la polimerasa se quede ahí y
no se suelte.
Complejo mediador
Mediador: Complejo proteico que permite la comunicación entre el aparato de
transcripción basal (unido al promotor núcleo) y las proteínas activadoras o represoras
(que se van a unir a los promotores reguladores). En algunos casos, requiere además un
coactivador para establecer la comunicación → depende de si la distancia es muy grande
Va a servir de transmisor de
la señal.
El ADN también formará bucles para acercar este mediador a los factores de transcripción.
Reguladores distales: silenciadores e intensificadores
Son elementos reguladores, pero están localizados mucho más lejos, pueden estar
corriente abajo y corriente arriba.
Existen dos tipos de reguladores distales:
− Silenciadores (silencers): Secuencias de ADN reconocidas por proteínas
represoras que disminuyen la tasa de transcripción. Mientras las secuencias
silenciadores no estén reconocidas por ninguna proteína no van a ejercer ningún
efecto sobre el promotor regulador.
− Intensificadores (enhancers): Secuencias de ADN reconocidas por proteínas
activadoras que aumentan la tasa de transcripción.
Secuencias aisladoras
Aisladores (insulators): Secuencias de ADN que delimitan el área de acción de los
intensificadores, ya que a ellas se unen proteínas que sirven de pantalla.
Los intensificadores (enhancers) pueden ejercer su función sobre todos los genes a su
alcance:
Sin embargo, la presencia de un aislador (insulator) bloquea la acción del intensificador:
Mediante este mecanismo, los genes localizados a ambos lados de un intensificador
pueden tener distintos patrones de expresión.
INICIACIÓN: Interacción de la ARN pol II con el promotor núcleo
El primer paso es eliminar al nucleosoma.
1) La caja TATA es reconocida por el factor de
transcripción TFIID, a través de la subunidad TBP
(TATA binding protein).
2) Se reclutan otros factores de transcripción general
(TFIIA, TFIIB).
3) El factor TFIIF atrae a la ARN polimerasa II hacia
el complejo de transcripción.
4) Se unen otras proteínas activadoras de la
transcripción (TFIIE, TFIIH), lo cual estimula la
desnaturalización del ADN del promotor.
5) La fosforilación del dominio carboxilo terminal
(CTD) de la ARN polimerasa II permite el inicio de la
transcripción. Esta cola está formada por 7 aas en
tándem, entre ellos la serina, que puede ser
fosforilada.
*Hay muchos fenómenos abortivos de la ARN polimerasa hasta que arranca y sale
disparada. Se cree que es porque la polimerasa se va cargando de energía (como cuando
encendemos un generador).
ELONGACION: Fosforilaciones del CTD
6) La ARN polimerasa abandona el promotor y
comienza la elongación, dejando atrás a los
factores de transcripción.
7) El dominio C-terminal (CTD) cambia el patrón
de fosforilación y atrae a la guanilil transferasa
(capping enzyme), encargada de modificar al
extremo 5’ del mRNA. Una vez el ARNm llegue
a unos 15 nt, estas enzimas capadoras saltarán al
transcrito.
8) Se unen al CTD más proteínas de la
maquinaria de procesado (splicing), necesarias
para la maduración del mRNA.
9) También a través del CTD se reclutarán los
factores de corte y poliadenilación, que no
actuarán hasta llegada la terminación (se usa
otro patrón de fosforilación para atraer a la
poliadenilasa).
*La cola CTD va reclutando enzimas a medida que se
sintetiza el transcrito.
Procesamiento del mRNA (I)
1. Adición de la caperuza 5’ (5’ -CAP):
I. La guanilil transferasa añade una G al extremo 5’ del mRNA,
mediante enlace 5’ → 5’ (enlace muy particular).
II. La enzima guanina metiltransferasa introduce un grupo metilo
(transfiere un grupo metilo): 7-metilguanosina. Además, se
metilará otras bases en el extremo 5’.
Esto genera la caperuza de tipo 0, pero también hay ARNm con caperuzas de tipo 1, cuando
además se metila la posición 2 prima del primer nucleótido de la primera base, y caperuzas
tipo 2 cuando se metila el segundo nucleótido.
La función de esta caperuza es proteger al ARNm de la degradacion (RNasas),
reconocimiento para el transporte y es fundamental para el inicio de la traducción.
2. Maduración o splicing: proceso de eliminación de intrones y unión de exones
El 95% de los intrones de los genes poseen secuencias
consenso necesarias para que sean reconocidas durante el
proceso de splicing:
Secuencia del punto de ramificación: la adenina es esencial en esa posición.
GU(A/G)AGU →secuencia consenso del inicio del intrón
Y11NCAG → secuencia consenso del final del intrón
YNYURAY → secuencia de ramificación
Los exones suelen empezar con una G y acabar en (C/A)G
*Y = pirimidina; N = cualquiera; / = uno u otro ; A = impepinable ; U = purina
1) La A localizada en el punto de ramificación (branching point) ataca a la primera
G del intrón en 5’.
2) Se forma un nuevo enlace con la A – G (mediante el 2’OH), quedando 3
nucleótidos unidos a la A y generándose una estructura en lazo.
3) La última base del exón anterior queda con un 3’OH libre y ataca al enlace
fosfodiéster del último núcleotido del intrón.
4) Se libera el intrón en forma de lazo y quedan los 2 exones unidos.
*Ocurren reacciones de transesterificación.
Spliceosoma o madurosoma: Complejo formado por snRNA ricos en uracilo (snuRNA)
+ proteínas → ribonucleoproteínas ó snuRNPs.
Snurp U1 → tiene una molécula de RNA y una
parte proteica
5) El snurp U1 se une al sitio de splicing
5’, y el complejo U2AF-BBP
(Branchpoint Binding Protein) se une al
sitio de splicing 3’ y al sitio de
ramificación.
6) Se recluta el snurp U2, que desplaza
a BBP en el sitio de ramificación. Causa
que la A quede extruida y 2’-OH
expuesto.
7) Se recluta a los snurps U4, U5 y U6,
que causan la salida de U1 y U2AF. Se
reorganiza el spliceosoma para acercar
los tres sitios de splicing.
8) La salida del snurp U4 permite la
interacción entre U2 y U6,
desencadenando la primera reacción de
transesterificación y formando el lazo.
9) El snurp U5 cataliza la segunda
reacción: el sitio 5’ ataca al 3’ para unir
los dos exones (y liberar el complejo
unido al intrón)
*La secuencia a la que se une el snurp U2 es de 7, pero la U2 tiene 6 nucleótidos, dejando a la A
pepinante sin unirse, para que posteriormente pueda atacar al extremo 5 prima del intrón.
3. Adición de la cola poli-A (poliadenilación en 3’)
1) Los factores CstF (Cleavage stimulation factor) y CPSF (Cleavage and
polyadenylation specificity factor) reconocen las señales poly-A (AAUAAA).
2) El factor CstF estimula el corte del mRNA por parte del factor CPSF, y abandona
el complejo.
3) CPSF recluta a la polimerasa PAP (Poly-A polymerase), capaz de añadir adeninas
sin necesidad de molde.
4) A medida que PAP extiende la cola poly-A, se van uniendo proteínas que protegen
la región 3’.
5) Tras añadir unas 200 As, PAP y CPSF abandonan el mRNA
TERMINACIÓN: liberación de ARN mensajero primario
En la terminación se transcribe la señal polyA, marcando el punto de corte del mRNA.
El ARN es escindido, liberando una molécula de mRNA prematuro (pre-RNA), mientras
la ARN polimerasa sigue transcribiendo.
Liberación de la ARN pol II:
− Modelo torpedo: una RNasa (Rat1, Xrn2 en humanos) degrada el RNA que queda
unido a la polimerasa, en dirección 5’ a 3’, alcanzando a la ARN pol II y cesando
la transcripción.
− Modelo alostérico: la ARN pol II es desestabilizada al liberarse factores de
elongación o por unión de factores de terminación.
RESUMEN PROCESAMIENTO DEL mRNA
Ejemplo de secuencia de un gen eucariota
RNA mensajero procesado → zona azul
Exón 2 → tenemos el inicio del codón ATG
