CARRERA(S): Medicina Humana
PRÁCTICA DE LABORATORIO
CURSO: Genética
PROFESORES: - Malpartida Garay, Kattherine
- Alvarez Alvarez, Felix Javier
INFORME DE PRÁCTICA
PRÁCTICA N°: 1
TÍTULO: Bases de datos y polimorfismo
INTEGRANTES:
● Avila Veneros, Fernanda Piedad - [email protected]
● Barrera Barrientos, Camila Estefanya -
[email protected] ● Bendezú Ochoa, Josué Alessandro -
[email protected] Sección: 4G1- Hora: 17:10 – 19:00 pm
HORARIO DE PRÁCTICA
FECHA DE ENTREGA DEL INFORME: 30/08/2023
Introducción :
En la era actual de la información, los avances tecnológicos han provocado
un aumento masivo en la generación y recopilación de datos en diversas
áreas del conocimiento. En este contexto, el análisis de datos se ha
convertido en una herramienta esencial para extraer información valiosa,
descubrir patrones ocultos y obtener conocimientos significativos.
Específicamente, en el campo de la genética y la biología molecular, el
estudio de las variaciones genéticas, conocidas como polimorfismos, ha
adquirido una importancia crucial para comprender la diversidad genética y
su impacto en la salud, la evolución y otros procesos biológicos.
Este informe se enfoca en explorar las bases de datos relacionadas con el
genoma humano, con el propósito de obtener información sobre
enfermedades hereditarias y variaciones genéticas humanas a través de
marcadores genéticos y moleculares. En la primera sección, se destaca la
importancia actual de la gestión de datos y cómo su análisis puede
proporcionar información valiosa en diversas áreas, incluida la investigación
científica, utilizando el National Center for Biotechnology Information como
ejemplo. Luego, se profundiza en el concepto central de la biología molecular,
analizando las secuencias de ARNm para identificar posibles secuencias de
proteínas. Finalmente, se aborda la cuestión de los polimorfismos genéticos y
se explora cómo estas variaciones en la secuencia de ADN pueden tener un
impacto significativo en la biología humana y en la evolución de las especies.
A medida que progresemos en este informe, exploraremos cómo la gestión
de datos y los polimorfismos están estrechamente relacionados para generar
un entendimiento más completo y para respaldar decisiones informadas en
diversas áreas. Desde la genómica hasta la patología, estos conceptos
desafían las restricciones convencionales y fomentan enfoques más
abarcadores y multidisciplinarios.
Desarrollo y resultados:
➔ Actividad 1
En esta actividad se usó la plataforma con nombre NCBI
En NCBI exploramos las herramientas :
¿Cuál de ellas le parece más difícil y más fácil de usar?
-Navegando por cada uno de los accesos, la más fácil de usar ha sido PUBCHEM, aquí se
puede buscar diferentes compuestos químicos como también algunos medicamentos, y
obtener información concisa de lo que se compone y su accionar. En el caso de la más difícil,
ha sido el uso de la parte de la taxonómica, el uso que requiera los nombres científicos
dificulta la investigación en cierto sentido debido a que hay demasiados organismos lo cual
nos dificulta la investigación de tal.
➔ Actividad 2
En esta actividad se hará uso de una de las herramientas, BLAS, la opción nucleotide
BLAST.
Analizaremos la hemoglobina que está conformada por las subunidades alfa y beta.
Globina-A1 mRNA:
Globina B mRNA:
El resultado del análisis de la secuencia de ARNm de la subunidad alfa y beta usando el
nucleotide BLAST nos dan una similitud con Homo sapiens, “Evalue” señala que existe otro
genéticamente idéntico pero no es el mismo y Per.ident nos da la similitud, tenemos que
tener en cuenta que mientras más abajo se encuentre del listado menor será la coincidencia.
➔ Actividad 3
En esta actividad usaremos la plataforma EXPASY, para poder realizar un marco de lectura,
lo cual consiste en la secuencia de aminoácidos que codifica una proteína funcional , el
primer aminoácido es Metionina y ; último codón es un codón de término o STOP; lo cual
denominaremos como traducción.
Obtendremos las posibles combinaciones de aminoácidos que se pueden leer, tomando en
cuenta si la lectura es de 3’ a 5’ o de 5’ a 3’.
El resultado final del marco de lectura será aquel que cumpla con el primer aminoácido
Metionina hasta llegar a un codón de término señalizado por un guión.
➔ Actividad 4:
- Cargue la página de protein BLAST y seleccione la opción de uso de dos secuencias
(aparece esta opción como en nucleotide BLAST).
- Realice el alineamiento de las secuencias de aminoácidos de la subunidad beta y de la
hemoglobina S (HbS) cuyas secuencias se encuentra a continuación:
>Globina-B prot
MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTP
DAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPEN
FRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
>Globina-S prot:
MVHLTPVEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTP
DAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPEN
FRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
- Realice el protein BLAST, anote los resultados y preséntelo en el informe
Figura 1
Comparación de globina-B y globina-S utilizando el protein BLAST
Figura 1. Alineamiento de las secuencias de la globina-B y globina-S, observamos la secuencia de aminoácidos,
comparando ambas cadenas.
En la figura 1 observamos la comparación entre la globina-B y globina-S, con respecto a su
secuencia de aminoácidos. La globina-S,al ser una mutación de la globina-B, causa a lo que
se conoce como anemia falciforme, esta mutación es localizada en el aminoácido número 7
de la globina-S.
>Globina-B prot: MVHLTPEE
>Globina-S prot: MVHLTPVE
Las mutaciones de la beta globina pueden producir una pérdida parcial o completa de la
función de la globina beta, por ello se considera que dada la mayor frecuencia de genes de
globina-S,esta es responsable de causar anemia falciforme y beta-talasemia. A continuación
daremos una breve explicación de los cambios morfológicos de dichas enfermedades que se
producen a causa de esta mutación:
➔ Anemia falciforme: En la anemia falciforme los glóbulos rojos en lugar de presentar
su forma de disco, tienen forma de medialuna o también conocida como forma de hoz,
por lo que estos no se desplazan con facilidad, causando obstrucción en el flujo
sanguíneo. Así mismo por dicha forma anormal de los glóbulos rojos estos son
reconocidos como extraños o defectuosos, por lo que son eliminados por el bazo de
manera acelerada, causando la anemia.
➔ Beta-talasemia: La beta-talasemia es causada por una producción disminuida de
globina-B, debido a mutaciones o deleciones en el gen de esta, lo que conduce a una
producción de hemoglobina A alterada, causando una anemia grave en el paciente e
hiperactividad de la médula ósea.
➔ Actividad 5:
- Usaremos una nueva base de datos: GeneCards. Esta base de datos fue creada en 1997
y recopila la información de los genes humanos, su estructura y variantes, genes
involucrados con enfermedades y las vías metabólicas en donde podemos encontrar al
producto génico. Una vez dentro de la página observaremos una caja de búsqueda
señalada como en la Figura 11, introduzca el nombre del siguiente gen: SHOX y haga
enter. Explore toda la página resultante y complete la siguiente tabla:
Descripción Respuesta
Abreviatura del gen SHOX
Nombre completo del gen SHOX Homeobox, o también proteína
homeobox de estatura baja
Código OMIM 312865 y 400020
Cromosoma y Banda citogenética Cromosoma Y y X, Xp22.33 y Yp11.32
Tamaño del gen y de la proteína 35.068 bases y 292 aminoácidos
Localización subcelular ● Nucleoplasma
● Vesículas
Enfermedades asociadas a este gen ● Discondrosteosis Leri-Weill
● Displasia mesomélica de Langer
● Estatura corta, idiopática, X-Linked
● Estatura corta relacionada con el
shox
● Enfermedad del tejido conectivo
Variantes por cada enfermedad asociada Discondrosteosis Leri-Weill:
● NM_000451.4 (SHOX): c.805del
(p.Ser269fs), variante de cambio de
cuadro, variante intron.
Displasia mesomélica de Langer:
● NM_000451.4v (SHOX):
c.352_353dup (p.Arg119fs), variante
de cambio de cuadro
Estatura corta, idiopática, X-Linked::
● NM_000451.4 (SHOX): c.528G > C
(p.Glu176Asp), variante de missense
Estatura corta relacionada con el shox:
● NM_000451.4 (SHOX): c.544 + 1G
> A, variante donante de empalme
Enfermedad del tejido conectivo:
● NM_000451.4 (SHOX): c.348del
(p.Lys116fs), variante de cambio de
cuadro
- Reporte la Tabla de la actividad 5 con los datos del gen SHOX y realice otra tabla
similar usando al gen APP (alzheimer)
.
Descripción Respuesta
Abreviatura del gen APP
Nombre completo del gen Proteína precursora beta amiloide o también
P05067-A4_HUMAN
Código OMIM 104760
Cromosoma y Banda citogenética 21q21.3
Tamaño del gen y de la proteína 290.586 bases y 770 aminoácidos
● Membrana celular; Proteína de
membrana tipo I de paso único
● Membrana; Proteína de membrana
tipo I de paso único
● Pericarion
● Proyección celular, cono de
Localización subcelular crecimiento
● Membrana, fosa recubierta de
clatrina
● Endosoma temprano
● Vesícula citoplasmática
Las enfermedades asociadas con APP
Enfermedades asociadas a este gen incluye angiopatía amiloide cerebral
relacionada con APP y enfermedad de
Alzheimer familiar 1
● NM_000484.4(APP):c.2145_2146de
linsTG (p.Ile716Val) | variante sin
sentido.
● NM_000484.4(APP):c.2077G>C
(p.Glu693Gln) | variante sin sentido.
Variantes por cada enfermedad
asociada ● NM_000484.4(APP):c.2149G>A
(p.Val717Ile) | variante sin sentido.
● NM_000484.4(APP):c.2149G>T
(pág.Val717Phe) | variante sin
sentido.
● NM_000484.4(APP):c.2150T>G
(p.Val717Gly) | variante sin sentido.
Cuestionario de investigación:
- Haga una búsqueda de la enfermedad de la hemofilia A usando GeneCards y OMIM:
obtenga información relevante de esta enfermedad como definición, gen, proteínas,
las variantes o polimorfismos del gen afectado en la hemofilia A, entre otros. Además
discuta a partir de la siguiente pregunta:
----------------------------- OMIM GeneCards
Definición La hemofilia A (HEMA) La hemofilia A (HEMA)
constituye un trastorno de representa un trastorno de
coagulación hereditario la coagulación hereditario
ligado al cromosoma X, relacionado con el
ocasionado por una cromosoma X. Se
insuficiencia en la función caracteriza por presentar
del factor VIII de niveles de coagulación
coagulación. Esta inferiores al 1% de lo
afección exhibe habitual. Las personas con
diversidad clínica debido hemofilia leve tienden a
a su gravedad variable, experimentar sangrados
que está relacionada con excesivos principalmente
los niveles en sangre del después de lesiones o
factor VIII de procedimientos
coagulación. En su forma quirúrgicos, mientras que
leve, los niveles oscilan aquellos con hemofilia
entre el 6 y el 30% de los grave sufren alrededor de
valores normales; en la 20 a 30 episodios de
moderada, fluctúan entre sangrado espontáneo en
el 2 y el 5%; y en la un año.
grave, se ubican por
debajo del 1% de los
valores normales.
Gen Se emplea un símbolo Gen NCBI: Este gen es
numérico (#) en esta responsable de la
descripción debido a que producción del factor VIII
la forma tradicional de de coagulación, el cual
hemofilia, también desempeña un papel
conocida como hemofilia crucial en la capacidad de
A (HEMA), surge a raíz coagulación de la sangre.
de una alteración en el Mutaciones en este gen
gen encargado de producir conllevan al desarrollo de
el factor VIII de la hemofilia A, un
coagulación (F8; 300841), trastorno de coagulación
localizado en la región hereditario vinculado al
Xq28 del cromosoma X. cromosoma X en forma
recesiva y que es
frecuente.
Proteínas Denson y su equipo en La condición de hemofilia
1969 propusieron la A surge debido a la
existencia de dos presencia de niveles
categorías distintas dentro reducidos de una proteína
de la hemofilia A: una denominada... ocasionada
caracterizada por la por modificaciones en el
ausencia de cualquier gen F8.
proteína demostrable
desde una perspectiva
inmunológica, y otra en la
que había presencia de
proteína en un estado
inmunológicamente
normal pero con
problemas en su función
hemostática. En un
estudio paralelo, Hoyer y
Breckenridge en 1968
también identificaron
variabilidad en la proteína
F8 en el contexto de la
hemofilia A.
Variantes o En 1975, Ratnoff y Lewis En este caso, la página de
polimorfismos documentaron el caso de GeneCards nos brinda en
una familia que la sección de
presentaba una rara publicaciones una gran
anomalía hemorrágica diversidad de artículos
relacionada con el sobre la Hemofilia A y
cromosoma X, la cual entre estas, polimorfismos
posiblemente constituye del gen intragénico del
una forma distinta de factor Vlll, es decir, va
hemofilia A. Dieron a este fuera de la información
trastorno el nombre de propia que nos puede
enfermedad de brindar la página sobre
Heckathorn, en variantes o
reconocimiento a una de polimorfismos.
las personas afectadas por
esta afección.
¿Cuál de las dos bases de datos elegiría usted para su futuro estudio del
componente genético de las enfermedades?
Como grupo, a nuestro punto de vista, usaríamos con más frecuencia la plataforma de
OMIM, ya que llegamos a la conclusión que es una herramienta valiosa para
investigar enfermedades y su respectiva base molecular contando con una cobertura
exhaustiva, actualizaciones constantes y detalles moleculares, además que nos brinda
una comprensión completa y precisa de los temas de interés. Sin embargo, es
importante destacar que GeneCards también tiene sus propias fortalezas, como su
enfoque más amplio que incluye información sobre genes, proteínas y relaciones
funcionales. GeneCards puede ser más adecuado si hay interés en una visión más
general de la información genética y proteica, y si se desea una plataforma que aborde
tanto enfermedades monogénicas como enfermedades complejas y multigénicas.
Conclusiones:
- Luego de todo lo observado, podemos concluir que las mutaciones en los genes
causan una traducción de proteínas diferente, como vimos con la comparación de la
globina-B y globina-S. Así mismo estas mutaciones pueden ocasionar patologías en el
ser humano, causando cambios morfológicos en nuestro organismo.
- A partir de lo expuesto anteriormente, utilizando la plataforma GeneCards, pudimos
analizar los genes SHOX y APP, dándonos a conocer las características esenciales de
cada uno de estos genes, así como sus variantes y las enfermedades relacionadas a
estas. Por lo tanto concluimos que cada gen tiene datos específicos, importantes para
reconocer, su ubicación y estructura normal a comparación de las variantes presentes
en estos que causan patologías.
- Teniendo en cuenta el análisis expuesto, las plataformas NCBI, Expasy Translation,
Genecards y OMIM juegan roles fundamentales y complementarios en el ámbito de
las investigación cientifica, especialmente en la genómica, proteómica y el estudio de
enfermedades genéticas. Cada plataforma ofrece herramientas y recursos valiosos que
permiten a los investigadores acceder, analizar y comprender la información genética
y molecular de manera eficiente y precisa.
- Gracias a todo lo visto en lo anterior en base entre las plataformas de OMIM y
GeneCards, se dió por determinado la decisión de emplear con mayor regularidad
como herramienta principal la plataforma de OMIM, ya que brevemente podemos
concluir que brinda una mayor información precisa, detallada y actualizada.
Referencias Bibliográficas:
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MSD versión para profesionales. Retrieved August 29, 2023, from
https://www.msdmanuals.com/es-pe/professional/hematolog%C3%ADa-y-oncolog%
C3%ADa/anemias-causadas-por-hem%C3%B3lisis/enfermedad-por-hemoglobina-s-b
eta-talasemia
● ¿Qué es la enfermedad de células falciformes? (n.d.). NHLBI, NIH. Retrieved August
29, 2023, from https://www.nhlbi.nih.gov/es/salud/enfermedad-de-celulas-falciformes
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C3%ADa/anemias-causadas-por-hem%C3%B3lisis/talasemias
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