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Guia Practica Clustal y Mega

Este documento proporciona instrucciones para realizar alineamientos múltiples y pareados de secuencias proteicas utilizando los programas Bioedit y Mega. Explica cómo descargar las secuencias de cistein sintasas de una base de datos, alinearlas usando ClustalW en Bioedit o Mega, y analizar los resultados para evaluar la conservación entre las secuencias. También describe cómo realizar un alineamiento pareado entre dos secuencias seleccionadas para obtener métricas de identidad y similitud.

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Este documento proporciona instrucciones para realizar alineamientos múltiples y pareados de secuencias proteicas utilizando los programas Bioedit y Mega. Explica cómo descargar las secuencias de cistein sintasas de una base de datos, alinearlas usando ClustalW en Bioedit o Mega, y analizar los resultados para evaluar la conservación entre las secuencias. También describe cómo realizar un alineamiento pareado entre dos secuencias seleccionadas para obtener métricas de identidad y similitud.

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BIOINFORMÁTICA Y BIOESTADÍSTICA 2023-1 Dr.

LUIS JARAMILLO
10.04.23

Uso de Clustal / Bioedit

1. Descargar el programa Bioedit en: [Link]

A. Alineamiento Multiple

2. Se realizará el alineamiento de cistein sintasas (CisK).


a. Con este fin hemos seleccionado 5 secuencias de la base de datos en formato txt ([Link]) con las

que realizaremos el alineamiento múltiple.

b. Inmediatamente abierto el archivo en formato txt, las secuencias se dispondrán en la ventana del

programa, pero aún no están alineadas.

c. Para aplicar el algoritmo ClustalW se va a la barra de herramienta en Accesory/Application y se

elige ClustalW/Multiple aligment.

d. Inmediatamente se abre una ventana en la cual se indican por defecto algunos parámetros, los

cuales pueden ser elegidos según criterio del investigado, entre ellos lo recomendable es

seleccionar la opción Output Clustal format clustal consensus.

e. Y luego s Run ClustalW, haciendo clic en el link de la parte inferior del panel.

f. Para finalmente obtener el alineamiento de las secuencias proteicas de interés.

Observe la línea que dice Clustal Consensus (última línea del alineamiento), allí puede ver 3 opciones, que

significan:

• Asterisco (*), indican que en dicha posición los residuos son 100% idénticos.

• Dos puntos (:), indican posiciones en las que se han realizado sustituciones conservativas.

• Punto (.), indican sustituciones menos conservativas.

La secuencia consenso nos da una muy buena idea acerca de las características de nuestro alineamiento,

en última instancia lo que queremos evaluar con un alineamiento múltiple es el nivel y lugar de

conservación de nuestras secuencias.

B. Alineamiento entre dos secuencias

a. Seleccionar dos secuencias del alineamiento anterior y abrir en Sequence y elegir la matriz a usarse

Biosum62.

b. Luego elegir Pairwise alignment y elegir Align two sequences.

c. Se obtendrá los resultados de identidad y similitud entre las dos secuencias comparadas.

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BIOINFORMÁTICA Y BIOESTADÍSTICA 2023-1 Dr. LUIS JARAMILLO

Uso de Mega

1. Descargar el programa Mega en: [Link] . Admitir como student of

University.

2. Abrir el programa y aplicar Align, luego Edit/Build Aligment, se abrirá la ventana de Alignment Editor

y se debe seleccionar Retrieve a sequence from a file. Elegir el archivo ([Link]).

3. Se cargaran las secuencias proteicas en la ventana MX: Alignment Explorer.

4. Para aplicar el algoritmo ClustalW se va a la barra de herramienta en Alignment y se elige Align by

ClustalW.

5. Para finalmente obtener el alineamiento de las secuencias proteicas de interés. Exportar el

alineamiento en formato Mega y guardar.

6. Ir en la barra de Herramienta en Distance y aplicar Compute Pairwise Distance y seleccionar el archivo

guardado en Mega.

7. Discutir los parámetros y analizar los resultados.

8. Explorar las herramientas disponibles.

[Link]

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