2002 DNA Structure A B and Z DNA Helix Families Es
2002 DNA Structure A B and Z DNA Helix Families Es
Z del ADN
● Introducción
● Espina dorsal de fosfato
● Base Pares
David W Ussery, Universidad Técnica Danesa, Lyngby, Dinamarca ● Propiedades estructurales de la hélice del ADN
● Hélices derechas
● Hélices Z zurdas
Existen tres grandes familias de hélices de ADN: ADN-A, ADN-B y ADN-Z. La estructura
● Biología del ADN A, B y Z
helicoidal del ADN es variable y depende tanto de la secuencia como del entorno.
● Resumen
● Agradecimientos
Introducción
Las imágenes de la doble hélice del ácido
desoxirribonucleico (ADN) son tan comunes que todo el
mundo está familiarizado con ellas.
con su forma y estructura generales (figura 1a).
estructura se conoce como ADN-B, y representa una basándose en la secuencia. Por ejemplo, un trozo de
conformación media del ADN, basada en estudios de ADN de 200 pb puede correr como si fuera de más de
difracción de fibras. Sin embargo, es muy poco 1000 pb en un gel de acrilamida, si tiene la secuencia
probable que esta forma media del ADN exista dentro correcta. La doble hélice no tiene la misma estructura
de las células de los organismos vivos, por varias uniforme. La estructura (y la función) del ADN depende
razones. En primer lugar, simplemente no hay espacio de su secuencia. Existen tres familias de hélices de
suficiente para que el ADN se estire en una ADN: El ADN-A, que puede formarse fácilmente dentro
conformación perfecta y lineal de ADN-B. En casi de ciertos tramos de purinas (por ejemplo, GAGGGA);
todas las células, desde las simples bacterias hasta las el ADN-B, que se ve favorecido por secuencias mixtas
complejas eucariotas, el ADN debe compactarse más de (aunque la conformación exacta depende de la
mil veces para que quepa dentro de la célula o el secuencia particular de nucleótidos, como se describe
núcleo. Además, la resolución refinada de la estructura más adelante); y el ADN-Z, que se ve favorecido por
del ADN, basada en la cristalografía de rayos X de pasos alternantes de pirimidina y purina (por ejemplo,
piezas cortas sintéticas de ADN, ha demostrado que CGCGCG). Las familias de ADN-A y ADN-B son hélices
existe una variación considerable de la estructura derechas, mientras que la familia de ADN-Z tiene una
helicoidal del ADN, forma de hélice derecha.
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Figura 1 Diferentes vistas de la hélice de ADN. (a) La estructura del ADN-B propuesta por Watson y Crick en 1953, basada en estudios de difracción
de fibra. Modificado de Sinden et al. (1998). (b) ADN-A, B y Z, vistos desde el lado de la hélice (arriba) y mirando hacia abajo por el eje de la hélice (abajo).
Las estructuras se dibujaron a partir de las estructuras cristalinas, utilizando el programa Cn3D, disponible en la página web del NCBI.
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Estructura del ADN: Familias de hélices A, B y Z
del ADN
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H H
N
C
N165C7 N
8C H
2
C34C 9
H N N
O O O
5'
O P O P O P O CH2 O
O- O- O- 4' H H1 '
H 3' 2' H
(a) HO H
H H
N
Adenina
N C
N
H
CH
N N H
O- N
H
H
O P O CH2 O H Citosina
O-
N
5' Extremo H N
fosfato
O
O O
P O CH2 O
N H
O N
O- H Guanina
H
H N N N
O H
O
O P O CH2 O H
O- H2C H
Espina dorsal de N
fosfato con carga O Timina
negativa
P O H N O
O
O-
CH2 O H
O
(b) 3' Extremo hidroxilo H
Figura 2 Estructura química del ADN. (a) Estructura química del nucleótido trifosfato de adenosina (ATP). (b) Espina dorsal fosfodiéster de la secuencia
d(ACGT). Modificado de Sinden et al. (1998).
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Ranura principal
H
- + N
O H
N
+
H N
N
N
Azúcar N + O- Azúcar
N H
Giro de la hélice
H
G Ranura menor C
Ranura principal
H - CH3
+
O
NH
N
+
-
H N
N
N N
Azúcar N O
Azúcar
Giro
(a) A Ranura menor T (b)
Figura 3 Propiedades de las bases del ADN. (a) Los pares de bases guanina-citosina (G.C) y adenina-timina (A.T). (b) Ángulo de torsión para el
dinucleótido A.A, y torsión de hélice para un par de bases A.T. Modificado de Sinden et al. (1998).
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del ADN
planas, se apilan unas sobre otras para formar un
Es probable que esto se deba en parte a la torsión en
"miniambiente" más hidrófobo. Las bases se retuercen
hélice de las bases (Figura 3b), que provoca tensiones
ligeramente para maximizar sus interacciones
en los enlaces H.
hidrófobas entre sí, y es esta torsión de las bases
apiladas lo que da lugar a una hélice. Las moléculas de
Otras formas de emparejamiento de bases adenina libres, por sí solas, se apilan espontáneamente
sobre sí mismas para formar hélices monocatenarias en
Lo ideal es que el emparejamiento de bases sea
solución. Así pues, la razón de la hélice en el ADN se
siempre del tipo Watson-Crick, aunque son posibles
debe principalmente a las interacciones hidrofóbicas de
otros tipos de emparejamiento. Para las bases
apilamiento de las bases.
nucleotídicas individuales (no limitadas por una doble
hélice), existen varias opciones de emparejamiento. Es
posible rotar una de las bases y obtener una unión
"Watson-Crick inversa". Otra forma de emparejamiento
de bases se conoce como pares de bases Hoogsteen,
pero en esta conformación el par de bases G.C sólo es
estable en condiciones ligeramente ácidas (pH 4-5),
debido a la protonación necesaria de la citosina. Estos
son sólo ejemplos de muchas formas alternativas de
emparejamiento de bases en el ADN; la mayoría son
raras, pero podrían ser inducidas por cambios en el
entorno (por ejemplo, pH bajo), y el resultado del
diferente emparejamiento de bases serían mutaciones
en la secuencia de ADN recién replicada.
La forma Watson-Crick de los pares de bases tiene
la misma anchura para los pares de bases A.T, T.A,
G.C y C.G, y todos encajan fácilmente en el esqueleto
de fosfato de la doble hélice del ADN. Cabe señalar
que algunas enzimas de reparación del ADN escanean
el ADN y comprueban la anchura de la hélice en busca
de protuberancias (probablemente debidas a pares de
bases purina-purina) o depresiones (quizás debidas a
pares de bases pirimidina-pirimidina). Además, es
probable que el emparejamiento Watson-Crick inverso
y otras formas de emparejamiento de bases
alternativas en el contexto del ADN dúplex provoquen
una distorsión de la hélice, que la enzima de reparación
podría detectar.
Hélices derechas
ADN-A
La forma A del ADN se identificó por primera vez a
partir de estudios de difracción de fibras de ADN a
una humedad relativa "baja" (75%). Más
recientemente, los estudios de cristales han identificado
secuencias específicas que pueden adoptar
estructuras de tipo A-ADN (Figura 1b). En general, el
ADN-A de cualquier secuencia se ve favorecido en
condiciones de deshidratación, y ciertos tramos de
purina favorecerán una conformación A, incluso en
casos de niveles de hidratación más elevados.
Parece que al menos cuatro purinas (o pirimidinas)
seguidas son suficientes para establecer una hélice
local A-ADN, aunque por supuesto ciertos tramos de
purina tienen más probabilidades de formar A-ADN
que otros. (Por ejemplo, la secuencia AAAA cristaliza
como ADN-B, no en la hélice A.) Así pues, es posible
tener una secuencia de ADN que contenga algunas
regiones en la forma A en el contexto de una
conformación principalmente B.
En la Tabla 2 se indican algunos de los parámetros
helicoidales del ADN-A. La hélice del ADN-A es un
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del ADN
ADN-B
El ADN-B es la forma Watson-Crick de la doble hélice
con la que la mayoría de la gente está familiarizada
(Figura 1). Se identificó por primera vez en fibras con
una humedad relativa del 92%. Se ha descubierto que
varias secuencias cristalizadas a alta resolución adoptan
la conformación del ADN-B. Aunque en promedio la
conformación del ADN-B es la misma en cristales que
en solución, la estructura local depende en gran
medida de su secuencia local. La Tabla 1 enumera
algunos de los diferentes parámetros estructurales del
ADN-B en función de la secuencia de dinucleótidos. La
tabla también muestra los parámetros medios, que están
muy próximos a los valores obtenidos en los estudios
de difracción de fibras. De las tres familias de hélices
de ADN, el ADN-B es la más común, y también la más
variable en estructura.
Hélices Z zurdas
Una de las primeras secuencias de ADN cristalizadas
fue el oligómero d(GCGCGC), como se muestra en la
Figura 1b. Para sorpresa de muchos, esta estructura
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esporulantes, hay una proteína que puede unirse al
la Estructura
mayoríadelde
ADN:las
Familias
otrasde hélices A, B y Zformarán
secuencias
del ADN una hélice diestra. La hélice Z es más ADN en la conformación B e inducir un cambio a la
fácilmente
hélice A-ADN. Otra ocurrencia biológica común de
estrecha que las conformaciones A y B, y tiene 12 pb
secuencias que pueden formar fácilmente ADN-A se
por vuelta. En comparación con el ADN-A y el ADN-B,
encuentra en las repeticiones terminales largas (LTR)
en el ADN-Z las bases nucleotídicas están invertidas
de elementos transponibles. Estas regiones suelen
con respecto a la espina dorsal de fosfato.
contener tramos de purina que favorecen la
conformación A-ADN. De hecho, la secuencia de ADN
utilizada para la secuencia de la estructura cristalina del
Biología del ADN A, B y Z ADN-A que se muestra en la Figura 1b procede de una
LTR del virus de la inmunodeficiencia humana. Es
probable que estas regiones estén implicadas en la
Biología del ADN-A recombinación. Los tramos cortos de purinas que
Las hélices de conformación A son comunes en los pueden formar conformaciones de ADN-A existen en
híbridos ADN-ARN, así como en el ARN bicatenario; los genomas en mucha mayor abundancia de lo que
además, la conformación A se ve favorecida en el cabría esperar a partir de la composición
ADN triplex. Se ha postulado que durante la mononucleotídica, desde aproximadamente una cuarta
transcripción se produce una transición de ADN-B a parte del genoma en bacterias hasta cerca de la mitad
ADN-A, en la que el híbrido ARN-ARN sería más del ADN en cromosomas eucariotas.
estable en la conformación A. El ADN-A también
interviene en algunos procesos en los que no Biología del ADN-Z
interviene el ARN. Por ejemplo, en las bacterias
bastante controvertido, pero ahora se acepta Secuencias que pueden ADN-Z no son
generalmente que formar esencialmente
ciertas secuencias de ADN (en particular los tractos en eucariotas complejos. Un ejemplo notable es
encontrados en Escherichia coli, y sin embargo el
están
alternantes purina-pirimidina) pueden formar Z-ADN sobrerrepresentados
zurdo, mientras que
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Estructura del ADN: Familias de hélices A, B y Z
del ADN
Islas CpG, que potencialmente podrían formar ADN-Z, se unen al ADN en una conformación helicoidal y
especialmente cuando está En un escenario fuerzan el
metilado. ADN a adoptar una conformación diferente, como las
complicado, una proteína responsable de la edición del proteínas
ARNm se activa al unirse al Z-ADN zurdo aguas arriba que se unen al ADN-B y pueden conducirlo hacia el
También se ha postulado que el ADN-Z
de un gen. Además, ADN-A o Z-.
desempeña
como potenciador de la un ypapel formas. En las células vivas, la mayor parte del ADN se
en la diferenciación terminal. encuentra en una mezcla de A-
transcripción,
En algunos genomas eucariotas, el 10% o más del y las conformaciones del ADN-B, con algunas
genoma
contiene secuencias capaces de formar ADN-Z. pequeñas regiones
capaz de formar ADN-Z.
Estructura y función del ADN-B Agradecimientos
Como ya se ha mencionado, la estructura del ADN-B Este trabajo ha sido financiado con una subvención de
depende en gran medida de su secuencia. Así, algunas la Fundación Nacional Danesa de Investigación.
secuencias que pueden fundirse fácilmente (por ejemplo,
TATA) pueden situarse estratégicamente para abrir la Lecturas complementarias
hélice de ADN para el inicio de la transcripción. Otras
secuencias que son más rígidas (o flexibles) pueden servir Calladine CR y Drew HR (1997) Understanding DNA, 2ª edn. San
Diego, CA: Academic Press.
como sitios para la unión de proteínas y la formación de
Centre of Biological Sequence Analysis (2001) [Link]
complejos específicos. Tanto en bacterias como en dave/[Link] [Lista de más de 100 libros sobre el ADN].
eucariotas, las secuencias anteriores a los sitios de Centro de Análisis de Secuencias Biológicas (2001)
inicio de la transcripción contienen regiones que son [Link] services/GenomeAtlas/A_DNA.html
más rígidas y se fundirán más fácilmente. Además de Frank-Kamenetskii MD (1993) Desentrañando el ADN. Cambridge,
las tres conformaciones helicoidales diferentes del Reino Unido: VCH Publishers (UK) Ltd.
ADN, existen otras numerosas estructuras de ADN, Gagna CE, Kuo H y Lambert WC (1999) Terminal differentiation and
left-handed Z-DNA: a review. Cell Biology International 23: 1-5.
como la curvatura del ADN, las cruciformes, el ADN de
Herbert A y Rich A (1999) Left-handed Z-DNA: structure and
triple cadena, el ADN tetraplex y el ADN de cadena function. Genetica 106: 37-47.
paralela, que pueden formarse en diversas condiciones. Malinia L, Fernandez LG, Huynh-Dinh T y Subirana JA (1999)
Así pues, la estructura del ADN es mucho más que la Structure of the d(CGCCCGCGGGCG) dodecamer: a kinked A-
mera conformación Watson-Crick B-DNA. DNA molecule showing some B-DNA features. Journal of Molecular
Biology 285: 1679-1690.
National Center for Biotechnology Information (2001) http://
[Link]/entrez/[Link]?db=Structure [teclee A-
Resumen ADN, por ejemplo, para obtener una lista de estructuras cristalinas
de A-ADN].
Si una secuencia de ADN estará en el ADN A, B o Z Ng H, Kopka ML y Dickerson RE (2000) The structure of a stable
depende de al menos tres condiciones. El intermediate in the A-DNA helix transition. Actas de la Academia
primero es el entorno iónico o de hidratación, que Nacional de Ciencias de [Link]. 97: 2035-2039.
puede Saenger W (1984) Principios de la estructura del ácido nucleico. New
facilitar la conversión entre diferentes formas York: Springer.
helicoidales. A- Sinden RR (1994) Estructura y función del ADN. San Diego:
El ADN se ve favorecido por una baja hidratación, Academic Press.
mientras que el ADN-Z puede Sinden RR, Pearson CE, Potaman VN y Ussery DW (1998) DNA:
ser favorecido por la sal alta. La segunda condición es el structure and function. Avances en biología del genoma 5A: 1-141.
ADN
secuencia: El ADN-A se ve favorecido por ciertos
tramos de
purinas (o pirimidinas), mientras que el ADN-Z puede
ser más
se forman fácilmente alternando pasos de purina-
pirimidina.
La tercera condición es la presencia de proteínas que
puedan
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[Link]