IBMC – 2020
Tutorial para el uso de
Molecular Workbench desde casa.
Esta presentación los ayudará a realizar la experiencia del Molecular Workbench en casa.
Molecular Workbench es un compendio de simuladores online para aprender ciencia.
Comenzaremos con la instalación del software y luego iremos revisando cada uno de los links trabajados en clase.
Lic. Julián Cardozo - 2020
1- Cómo instalar el programa: Buscar “Molecular Workbench” en Google y hacer click en “Download”
2- Hacer click en “Install MW” y guardar el archivo de instalación en la computadora.
3- Este programa funciona en Java y es muy importante que tengas instalada la versión más actualizada.
Se puede verificar esto en https://www.java.com/es/download/manual.jsp
Correr el programa MW.jnlp. Java lo abrirá y pedirá autorización para ejecutarlo. Hacer click en “Ejecutar”.
También permitir que el Firewall realice excepciones con el programa ya que utilizará internet para funcionar.
La instalación también agregará un acceso directo en el escritorio.
4- Ésta es la interfase del Molecular Workbench que usaremos. Es similar a un navegador de
internet donde podremos “pegar” los links de cada simulador que usemos.
5- Éstos son los links para “pegar” en el Molecular Workbench. Cada uno lleva a un simulador diferente.
1) Disociación de puentes (molécula tipo O2) 6) Solvatación de moléculas polares
http://mw2.concord.org/public/student/reaction/bonddissociation.cml http://mw2.concord.org/public/student/solution/solvation.cml
2) Nubes de electrones 7) Hidrofílico vs hidrofóbico
2-1) http://mw2.concord.org/public/part1/electroncloud/page2.cml http://mw2.concord.org/public/student/solution/hydrophobic.cml
2-2) http://mw2.concord.org/public/part1/electroncloud/page3.cml
8) Sal + H2O
3) Uniones polares http://mw2.concord.org/public/student/solution/dissolve.cml
http://mw2.concord.org/public/part1/electroncloud/page4.cml
9) Ósmosis
4) Agua y puentes hidrógeno http://mw2.concord.org/public/student/motionandforce/simpleosmosis.cml
http://mw2.concord.org/public/student/solution/waterNew.cml
5) Hielo
http://mw2.concord.org/public/student/solution/ice.cml
6- En ésta ventana deberás “Pegar” el link correspondiente a cada simulador que quieras usar. Luego deberás
apretar “Enter”.
7- Aquí aparece ejecutado el primer link (1). Este simulador muestra átomos (Hidrógeno) cuyo estado más estable es
cuando se encuentran asociados. Controlando la temperatura se le puede agregar energía cinética al sistema verificando
que el aporte de energía los puede mantener separados (situación energéticamente desfavorable). Podemos manipular
también la energía de disociación de las partículas y ver cómo los cambios de temperatura afectan su estado.
Aquí está pegado el
link
8- Funcionamiento del simulador: todos los simuladores tendrán un botón que dará inicio a la simulación. Tener en
mente hacer esto al comenzar a usar cada uno.
Dos partículas
unidas Deslizador (Arriba/Abajo)
que controla la energía
que debe ser dada al
sistema para disociar dos
partículas unidas. Cuanto
mas abajo esté el
deslizador, mayor será la
energía que habrá que
entregarle al sistema para
que ocurra la disociación.
Botón de Inicio Deslizador
De la Simulación (Arriba/abajo) que
Permite el control de
La temperatura (K)
9- En el segundo link (2-1) podemos ver cómo la nube electrónica responde a núcleos con carga positiva (los atrae),
negativa (los repele) y neutra (difunden)
Nube de
electrones El círculo pequeño representa al
núcleo (en este caso con carga
positiva). Al iniciar la simulación
podrás ver cómo la nube electrónica
(siempre negativa) se acomoda al
núcleo dependiendo de su carga
(positiva, neutra o negativa).
Haciendo click y arrastrando, podrás
mover el nucleo a cualquier parte del
plano.
Tildando en cada una de estas tres
opciones, podrás elegir la carga del
núcleo.
Botón de Inicio
De la Simulación
10- En el siguiente link (2-2) podemos ver cómo se comparte la nube electrónica en un enlace covalente controlando la
distancia interatómica
Nube electrónica
compartida entre
los dos átomos
Núcleos positivos
de ambos átomos
formadores del
enlace covalente
Deslizador horizontal para
controlar la distancia
Botón de interatómica. Probar distintas
Inicio distancias y observar cómo
De la afecta la forma de la nube
Simulación electrónica
11- En el link 3 podemos ver cómo se distribuye la nube electrónica en un enlace polar (es el que está formado por átomos
de diferentes electronegatividades). Podemos cambiar la electronegatividad de los átomos y observar su efecto sobre la
nube electrónica.
Núcleos positivos de los átomos A y B
formadores del enlace covalente Nube electrónica
compartida entre
los dos átomos
Deslizador horizontal
que controla la Deslizador horizontal
electronegatividad del que controla la
átomo A electronegatividad del
átomo B
Botón de Inicio
De la Simulación
12- En el simulador del link 4, vemos cómo interactúan moléculas de agua entre sí. Podemos mostrar las densidades de
carga y los puentes de hidrógeno. Modificando la temperatura vemos cómo el sistema gana Energía cinética y los puentes
son mas efímeros.
Muestra las densidades de Muestra los puentes de
carga de las moléculas hidrógeno entre la moléculas
El botón izquierdo
desciende la
temperatura y el
derecho la
aumenta. Probar
el efecto que esto
tiene en el
movimiento de
las moléculas Los puentes de
(Energía cinética) hidrógeno se ven
como líneas
punteadas
Molécula de agua: en rojo aparece el
átomo de oxígeno y en blanco los dos
átomos de hidrógeno
Botón de Inicio
De la Simulación
13- En el link 5 podemos ver el ordenamiento de las moléculas de agua en un cristal de hielo. Al iniciar el simulador las
vemos moverse un poco a causa de la energía cinética que aún tienen. Podemos acercarnos usando la rueda del ratón y
contar la cantidad de puentes de hidrógeno que tiene cada molécula. Vemos cómo las de afuera tienen menos enlaces que
las retienen, por lo cual estas moléculas son las que tienden a cambiar de estado primero.
Una vez que está corriendo el simulador (las Molécula de agua: en rojo aparece el
moléculas vibran) podemos hacer click con átomo de oxígeno y en blanco los dos
el ratón y arrastrar para mover la red de átomos de hidrógeno
moléculas tridimensionalmente.
La rueda del ratón nos permite alejarnos y
acercarnos
Cada puente de hidrógeno está
representado por una línea punteada
Botón de Inicio
De la Simulación
14- En el link 6 simularemos la solvatación de moléculas polares. Entendemos la solvatación como la interacción de un
solvente (agua en este caso) con un soluto (aquí representado por una molécula polar enorme). Podemos ver cómo las
moléculas de agua acomodan sus densidades de carga contra las densidades de carga opuestas presentes en la molécula.
Cuidado: éste simulador aumenta la temperatura espontáneamente y puede hacer que el programa colapse. En caso que
ocurra eso deberán iniciarlo nuevamente.
Botones de control de la temperatura
Muestra las densidades de
carga de las moléculas Cada puente de hidrógeno está
representado por una línea punteada
Observar en las zonas recuadradas
Molécula de agua: en rojo aparece el cómo se acomodan las moléculas
átomo de oxígeno y en blanco los dos de agua con respecto a las
átomos de hidrógeno densidades de carga en la
superficie de la molécula.
Molécula polar (en color naranja,
enorme con respecto a las moléculas
de agua). Observar que tiene
diferentes densidades de carga
(positivas/negativas) en su superficie, Botón de Inicio
representadas por símbolos +/- De la Simulación
15- En el simulador del link 7 podemos ver partículas hidrofóbicas (violetas) y moléculas de agua cohabitar. Podemos
modificar la temperatura y ver como se mezclan a mayor temperatura o como se separan en dos fases a menor temperatura.
Molécula de agua: en rojo aparece el
átomo de oxígeno y en blanco los dos
átomos de hidrógeno
Muestra las interacciones de Van der
Waals como líneas punteadas y las
cargas como símbolos +/-
Haciendo click el las flechas roja
y azul, hará subir y bajar
(respectivamente) la
temperatura del sistema.
A mayor temperatura, habrá
Molécula hidrofóbica mayor movimiento, mayor
energía cinética, lo que hará que
las moléculas se mezclen más.
Proponemos que bajen la
temperatura y observen qué
sucede con la distribución de las
moléculas luego de un
momento.
Botón de Inicio
De la Simulación
16- En el simulador del link 8 podemos ver un cristal de Cloruro de Sodio. El cristal se mantiene ordenado por interacciones
electroestáticas entre los átomos de sodio catión (violetas, carga neta positiva) y los de cloruro (verdes, carga neta negativa).
La idea del simulador es romper con estas interacciones agregando al sistema moléculas de agua, cuyos puentes de
hidrógeno se intercalarán entre los átomos de Cloruros y Sodio, desorganizándolos. Para eso agregaremos agua presionando
el botón “Add water”.
Los círculos violetas representan el
sodio catión y los verdes, el cloruro
Agrega el
agua
Muestra las interacciones
Botón de Inicio electroestáticas como líneas
De la Simulación punteadas y las cargas como
símbolos +/-
17- Una vez que aparece el agua, veremos cómo los puentes de hidrógeno del agua interaccionan con las cargas del cloruro y
el sodio catión. Si dejamos correr el simulador por un tiempo largo veremos cómo el cristal de cloruro de sodio desaparece y
los iones quedan disueltos entre las moléculas de agua.
Observar en las zonas recuadradas
cómo se acomodan las moléculas
de agua con respecto a los iones
cloruro y sodio
18- En el simulador del último link (9) veremos cómo aparece una membrana biológica que separa el sistema en dos
compartimentos. Ninguna de estas moléculas puede atravesar la membrana. Existe únicamente un canal selectivo para
moléculas de agua. Sólo las moléculas de agua pueden atravesarlo. Si observan el simulador durante un tiempo verán que
las moléculas de agua pasan hacia ambos lados, pero más frecuentemente hacia el compartimento donde hay menos agua.
Membrana biológica / Canal selectivo para
bicapa lipídica moléculas de agua
Molécula de agua
Molécula de soluto
Botones de control de la
temperatura.
Podrán encontrar muchos simuladores mas apretando el botón “Home” en el programa.
Cualquier consulta operativa pueden escribir a
[email protected]
[email protected]
