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Instalar Gromacs en Ubuntu desde Windows

El documento describe dos formas de instalar Gromacs en Ubuntu. La forma 1 implica usar el comando "sudo apt-get install gromacs" en la terminal. La forma 2 implica actualizar Ubuntu, instalar compiladores y cmake, descargar e instalar Gromacs desde su sitio web compilándolo desde código fuente. Esto requiere varios pasos como descomprimir el archivo, crear una carpeta build, ejecutar cmake y make, e instalar el paquete.

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LEONARDO DAVID HERRERA ZUÑIGA
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El documento describe dos formas de instalar Gromacs en Ubuntu. La forma 1 implica usar el comando "sudo apt-get install gromacs" en la terminal. La forma 2 implica actualizar Ubuntu, instalar compiladores y cmake, descargar e instalar Gromacs desde su sitio web compilándolo desde código fuente. Esto requiere varios pasos como descomprimir el archivo, crear una carpeta build, ejecutar cmake y make, e instalar el paquete.

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Instalar Ubuntu en Win

Es posible instalar Ubuntu desde la Tienda de Microsoft:


Ir a Microsoft Store.
Busca Ubuntu y seleccione el primer resultado, «Ubuntu», de fabricante Canonical
Group Limited.
Pulse en el botón Instalar.

Actualizar ubuntu
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install build-essential

INSTALACIÓN DE GROMACS
Durante toda la instalación se debe contar con conexión a Internet y contar con
clave de súper-usuario; el procedimiento consiste de dos partes:

FORMA 1
Se debe poner en la terminal para ububtu
$sudo apt-get install gromacs

FORMA 2
PARTE 1.
• Instalar/actualizar Ubuntu (se recomienda la versión más actual):
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo update-manager -d
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libfftw3-dev

• Instalar/actualizar gfortran (Compilador Fortran):


sudo apt-get install gfortran
• Instalar/actualizar g++ (Compilador C++):
sudo apt-get install g++
• Instalar/actualizar gcc (Compilador C):
sudo apt-get install gcc
• Instalar/actualizar cmake
sudo apt-get install cmake

PARTE 2.
• Descargar la versión más reciente de Gromacs del sitio
[Link]
wget [Link]
• Abrir una terminal e ir a la carpeta donde se aloja el archivo descargado (en
este ejemplo es [Link]). Lo más probable es que se encuentre en la
carpeta “Descargas” (o “Downloads”); es conveniente crear una carpeta “lib” en el
directorio del súper-usuario y trasladar el archivo a “lib”, para trabajar desde
ahí.
• Ejecutar, en el orden indicado, cada una de las siguientes instrucciones:
tar xfz [Link]
cd gromacs-5.1.2
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
• Agregar la última línea al archivo .bashrc en el directorio default del usuario
(o ejecutarla al iniciar Gromacs).
• NOTA: la compilación del paquete (con “make”) tomará alrededor de una hora

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