UNIDAD II
Estructura y función de proteínas
ARREGLO TRIDIMENSIONAL DE LAS PROTEÍNAS
Estructura terciaria Estructura cuaternaria
• El plegamiento o acomodo en 3D de TODOS • Algunas proteínas contienen dos o más
los átomos en una proteína. cadenas polipeptídicas separadas, o
• Incluye no solo el esqueleto carbonado de la subunidades que pueden ser iguales o
cadena polipeptídica sino también los grupos diferentes. El arreglo de estas subunidades
R. de proteínas en complejos tridimensionales
constituye la estructura cuaternaria.
Puente diS
Subunidad 1
Subunidad 2
ESTRUCTURA TERCIARIA
1. Plegamiento o acomodo tridimensional de la proteína.
2. Residuos que se encuentran muy alejados en la secuencia del polipéptido pueden interactuar.
3. La función de una proteína depende de esta estructura. Si se pierde la estructura terciaria,
se pierde la actividad.
4. Está dada por la manifestación de las interacciones de los grupos R de los aminoácidos.
Puente de H entre un
grupo R y el O del
carboxilo del enlace Puente salino, iónico.
peptídico. Interacciones
hidrofóbicas y
fuerzas de Van der
Puente de H entre dos Waals.
grupos R vecinos. Puente diS.
ESTRUCTURA TERCIARIA
1. Es una consecuencia de la estructura primaria y es por tanto, específica.
2. Es estable, pero flexible.
3. Los grupos polares tienden a estar en la superficie.
4. Los grupos hidrofóbicos tienden a mantenerse internamente (efecto hidrofóbico).
Residuos Residuos no polares
polares
“Core” o núcleo Los residuos polares se localizan en
hidrofóbico contiene la superficie de la proteína
los residuos no plegada, donde pueden formar
polares puentes de H con el H2O.
Proteína desplegada Proteína plegada en ambiente acuoso
ESTRUCTURA TERCIARIA: PATRONES DE PLEGAMIENTO
Para entender la estructura 3D de una proteína debemos analizar sus patrones de plegamiento.
Motivo (también llamado estructura supersecundaria o plegamiento) es un patrón de plegamiento
reconocible que involucra dos o más elementos de estructura secundaria y las conexiones entre ellos.
Describe una pequeña parte de una proteína o una cadena polipeptídica.
Motivo Hélice 4- Meandro (
Llave griega
hairpin)
Motivo Barril Dedo de Zn Zipper de Leu
(coiled coil)
ESTRUCTURA TERCIARIA: PATRONES DE PLEGAMIENTO
Dominios: Son regiones compactas de las proteínas que forman una unidad estructural dentro de la cadena
polipeptídica. Muchos dominios se pliegan independientemente y son estructuras termodinámicamente
estables. En muchos casos, los dominios individuales poseen funciones separadas.
✓ Proteínas pequeñas (menos de 100 aa’s) poseen por lo general un solo dominio (el dominio es la
proteína).
✓ Interacciones hidrofóbicas contribuyen a la estabilidad de los dominios.
✓ Generalmente se componen de varios motivos.
Dominio Característica
Formado casi por completo por - hélices y loops.
Únicamente compuesto por plegadas y loops/giros.
/ Contiene estructuras supersecundarias como el motivo
+ Agrupamientos de - hélices y plegadas en regiones separadas de la proteína.
ESTRUCTURA TERCIARIA: DOMINIOS
: Albúmina de suero humano β: CD8
ESTRUCTURA TERCIARIA: DOMINIOS
/β: Alcohol deshidrogenasa GFP
de sorgo
ESTRUCTURA CUATERNARIA
✓ Es la estructura que se forma cuando
dos o más polipéptidos se unen entre sí Hemoglobina
para formar una proteína con una
función biológica. Fe Grupo hemo
✓ Los polipéptidos que forman una
proteína se llaman subunidades u Cadena Cadena
oligómeros. Éstos pueden ser idénticos o
diferentes (homo/ hetero).
✓ Las interacciones que unen a los
oligómeros pueden ser hidrofóbicas,
puentes de Hidrógeno, iónicas o puentes
diS.
✓ Puede haber proteínas diméricas,
triméricas, tetraméricas… Glóbulo Rojo
✓ Las proteínas con estructura Cadena Cadena
cuaternaria pueden ser: globulares o
fibrosas (aunque también las proteínas - hélice
con sólo estructura terciaria pueden ser
globulares) .
✓ No todas las proteínas forman
estructuras cuaternarias.
ESTRUCTURA CUATERNARIA
DÍMERO
DÍMERO TRÍMERO
TRÍMERO TETRÁMERO PLANAR
TETRÁMERO
TETRÁMERO PENTÁMERO
PENTÁMERO HEXÁMERO PLANAR
ESTRUCTURA CUATERNARIA
HEXÁMERO
HEPTÁMERO OCTÁMERO
TRÍMERO DE DÍMEROS
ESTRUCTURA CUATERNARIA
• Fibrosas • Globulares
• Cadenas polipeptídicas arregladas en hebras • Cadenas polipeptídicas plegadas en forma
u hojas muy largas. esférica o globular.
• Principalmente un solo tipo de estructura • Frecuentemente contienen diferentes tipos
secundaria, por lo tanto la estructura de estructuras secundarias.
terciaria es relativamente simple.
• Enzimas y proteínas reguladoras.
• Proporcionan soporte, forma y protección
externa. • Solubles
• Insolubles.
FIBROSAS
✓ Proporcionan flexibilidad y fuerza a las estructuras en las que se encuentran presentes.
✓ Repeticiones de una sola estructura secundaria.
✓ Gran concentración de aa’s hidrofóbicos en el interior y exterior de la proteína.
✓ Pocas han sido cristalizadas.
✓ Estructura terciaria: Una sola
cadena polipetídica super
enrollada.
✓ Dos cadenas super enrrolladas:
Estructura cuaternaria.
✓ Puentes diS.
✓ Ala, Val, Leu, Ile, Phe y Met
-queratina: Hélice de -hélices.
FIBROSAS
Colágeno Fibroína de la seda
✓ Estructura secundaria única: 3 ✓ Cadenas .
aa’s por vuelta. ✓ Ricas en Ala y Gly.
✓ Gly-X-Pro o Gly-X-4-Hyp ✓ Suave porqué se estabiliza
principalmente por puentes de H.
GLOBULARES
✓ Muy compactas.
✓ Gran variedad de funciones: Enzimas, transportadores, inmunoglobulinas, proteínas reguladoras…
✓ Combinación de estructuras secundarias.
Mioglobina, primera
estructura 3D
obtenida por rayos X
GLOBULARES
✓ Pueden contener -hélices y plegadas.
✓ Eficientemente empacadas, poco espacio en el interior.
Concavalina A. Cadenas antiparalelas, Ca2+ y Mg2+. Anhidrasa carbónica. -hélices y plegadas, Zn+.
PÉRDIDA DE LA ESTRUCTURA 3D DE UNA PROTEÍNA:
DESNATURALIZACIÓN
Los péptidos se van plegando en el ribosoma hasta tomar su conformación nativa.
Proteína en Conformación
Actividad biológica termodinámicamente
estado nativo
más estable.
Pérdida de la estructura
Proteína en estado terciaria, y en las que la tienen,
Sin actividad
desnaturalizado de la cuaternaria
• pH extremos (puentes de H y salinos)
• Temperaturas extremas (puentes de H y salinos)
AGENTES • Fuerzas iónicas elevadas ((puentes de H y salinos)
DESNATURALIZANTES: • Detergentes (interacciones hidrofóbicas)
• Solventes orgánicos (interacciones hidrofóbicas)
• Agentes reductores (puentes diS)
PÉRDIDA DE LA ESTRUCTURA 3D DE UNA PROTEÍNA:
DESNATURALIZACIÓN
Estado nativo:
catalíticamente activa
Adición de urea y Algunas proteínas
Desnaturalización
mercaptoetanol vuelven a adoptar la
conformación del
estado nativo si
regresan a las
Estado desplegado: condiciones en las
Inactiva, reducción de cuales dicha
puentes diS conformación es
estable. Por ejemplo,
la ribonucleasa.
Remoción de urea y
Renaturalización
mercaptoetanol
Estado nativo: catalíticamente
activa, regeneración de puentes
diS
EL PLEGAMIENTO DE UNA PROTEÍNA NO ES UN PROCESO
AZAROSO
Plegamiento por pasos: Vilina.
Estructura secundaria, Dominios, Conformación
nativa
Colapso hidrofóbico: estabilización posterior
EL PLEGAMIENTO DE UNA PROTEÍNA NO ES UN PROCESO
AZAROSO
Chaperonas/ Chaperoninas: Previenen la agregación de péptidos no plegados.
Formación de microambientes
ENFERMEDADES RESULTADO DEL MAL PLEGAMIENTO DE
PROTEÍNAS.
Diabetes tipo 2.
Enfermedad de Alzheimer. Amiloidosas
Enfermedad de Huntington.
Enfermedad de Parkinson. PrP
Enfermedad Priónica
Proteína PrP: Normal en cerebro pero de función
desconocida (podría ser una proteína señalizadora).
Conformación PrPSc, interactúa y cambia la conformación
de la otra: Efecto dominó.
DINÁMICA DE PROTEÍNAS Hemoglobina
Las proteínas son moléculas dinámicas
cuyas funciones prácticamente dependen
en su totalidad de las interacciones que
tienen con otras moléculas (ligandos).
Dichas interacciones son específicas, el
sitio de unión es complementario al ligando
en tamaño, forma, carga o carácter
hidrofóbico/hidrofílico.
La unión de una proteína a su ligando,
provoca un cambio conformacional que Afinidad O2 Afinidad O2
puede ser sutil hasta muy dramático. Por
lo general estos cambios son esenciales
para la función de la proteína.
En las proteínas compuestas de múltiples
subunidades el cambio conformacional con
frecuencia afecta la conformación de las
otras subunidades.
DINÁMICA DE PROTEÍNAS
Ajuste inducido de un antígeno a IgG Contracción muscular
Sin antígeno
Con antígeno
