PRACTICA 1
UNIVERSIDAD POLITECNICA DEL VALLE DE MÉXICO.
DIVISION EN NANOTECNOLOGIA 2023 – 1
INGENIERIA EN BIOTECNOLOGIA.
ALUMNA: ARANA LOPEZ KENYA JOSELINE ID: 1121095929
PROFESOR: Dr. JORGE RETANA
MATERIA: BIOINFORMATICA
ENTREGA: DOMINGO 19 DE FEBRERO DEL 2023
1.- Realice una búsqueda de artículos relacionados a la proteína “Beta-catenina”
a) Explique qué base de datos utilizo para la búsqueda y ¿por qué?
b) Muestre los resultados de artículos de revisión para ambos genes
c) ¿Cuantos artículos de estos genes, se publicaron en el año 2010?
A. Introduje en el buscador de la base de datos del NBCI el nombre de la proteina, el
resultado de la pagina de busqueda obtuvo tanto articulos como investigaciones
realizadas por cientificos y personal especializado en el tema. En la busqueda resulto
que la proteina tiene 3 tipos; homosappiens, armadillo, ranas, entre otros.
Algunos de los títulos que se
pueden observar en la imagen son;
formación del complejo, proteína
en PUB.MED, señalización de la
beta-catenina, y también de la
degradación de la proteína.
Utilice este medio de búsqueda ya
que ha sido una base de datos muy
útil, segura y utilizada de manera
internacional por su certeza en las
respuestas, en las búsquedas, en
la información y sus derivadas.
Los autores quienes realizan y
comparten los diferentes articulos
son especialistas cuyos
conocimientos e investigaciones
han ayudado a estudiantes, profesores, colegas e incluso a sí mismos para el desarrollo y
continuación de sus descubrimientos y estudios.
B.
TAXONOMIA: (Mongolian gerbil), species, rodents
TAXONOMIA: (African clawed frog), species, frogs & toads
C. 1,628 Articulos han sido publicados en el año 2010
3.- Contesta a las preguntas que aparecen en este documento Accede a la secuencia de ambos genes y
contesta a las siguientes preguntas:
a) ¿Cuál es su símbolo?
Su símbolo genético por la HGNC es CTNNB1
b) ¿Cuál es su código de acceso?
NM_001904
c) ¿Cuál es su longitud total? (Con exones e intrones)
1 a 3488 PB
d) ¿Cuál es su posición (Locus)?
NM_001904
e) En la base de datos Nucleotide ¿Cuál es la fuente?
HOMO SAPIENS
f) En la base de datos Nucleotide ¿A que se refiere con tipo?
PROTEINA
g) ¿Cuántos exones tiene?
2,352..3,661
h) ¿Cuál es el más largo?
780
i) ¿Cuántos intrones tiene?
3256
j) ¿Cuál es su tamaño después de madurar el mRNA?
3661 pb
k) Si quiere una copia del último artículo publicado ¿A quien tiene que contactar?
A la base de datos a la cual queremos solicitar la copia, ya que se pueden checar, descargay y
leer artículos de manera gratuita en NCBI
l) ¿Cual es la secuencia FASTA? Muéstrela.
>NM_001904.4 Homo sapiens catenin beta 1 (CTNNB1), transcript variant 1, mRNA
AAGCCTCTCGGTCTGTGGCAGCAGCGTTGGCCCGGCCCCGGGAGCGGAGAGCGAGGGG
AGGCGGAGACGG
AGGAAGGTCTGAGGAGCAGCTTCAGTCCCCGCCGAGCCGCCACCGCAGGTCGAGGACGG
TCGGACTCCCG
CGGCGGGAGGAGCCTGTTCCCCTGAGGGTATTTGAAGTATACCATACAACTGTTTTGAAAA
TCCAGCGTG
GACAATGGCTACTCAAGCTGATTTGATGGAGTTGGACATGGCCATGGAACCAGACAGAAAA
GCGGCTGTT
AGTCACTGGCAGCAACAGTCTTACCTGGACTCTGGAATCCATTCTGGTGCCACTACCACAG
CTCCTTCTC
TGAGTGGTAAAGGCAATCCTGAGGAAGAGGATGTGGATACCTCCCAAGTCCTGTATGAGT
GGGAACAGGG
ATTTTCTCAGTCCTTCACTCAAGAACAAGTAGCTGATATTGATGGACAGTATGCAATGACTC
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AGGGTACGAGCTGCTATGTTCCCTGAGACATTAGATGAGGGCATGCAGATCCCATCTACAC
AGTTTGATG
CTGCTCATCCCACTAATGTCCAGCGTTTGGCTGAACCATCACAGATGCTGAAACATGCAGT
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GATTAACTATCAAGATGATGCAGAACTTGCCACACGTGCAATCCCTGAACTGACAAAACTG
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GAGGACCAGGTGGTGGTTAATAAGGCTGCAGTTATGGTCCATCAGCTTTCTAAAAAGGAAG
CTTCCAGAC
ACGCTATCATGCGTTCTCCTCAGATGGTGTCTGCTATTGTACGTACCATGCAGAATACAAAT
GATGTAGA
AACAGCTCGTTGTACCGCTGGGACCTTGCATAACCTTTCCCATCATCGTGAGGGCTTACTG
GCCATCTTT
AAGTCTGGAGGCATTCCTGCCCTGGTGAAAATGCTTGGTTCACCAGTGGATTCTGTGTTGT
TTTATGCCA
TTACAACTCTCCACAACCTTTTATTACATCAAGAAGGAGCTAAAATGGCAGTGCGTTTAGCT
GGTGGGCT
GCAGAAAATGGTTGCCTTGCTCAACAAAACAAATGTTAAATTCTTGGCTATTACGACAGACT
GCCTTCAA
ATTTTAGCTTATGGCAACCAAGAAAGCAAGCTCATCATACTGGCTAGTGGTGGACCCCAAG
CTTTAGTAA
ATATAATGAGGACCTATACTTACGAAAAACTACTGTGGACCACAAGCAGAGTGCTGAAGGT
GCTATCTGT
CTGCTCTAGTAATAAGCCGGCTATTGTAGAAGCTGGTGGAATGCAAGCTTTAGGACTTCAC
CTGACAGAT
CCAAGTCAACGTCTTGTTCAGAACTGTCTTTGGACTCTCAGGAATCTTTCAGATGCTGCAAC
TAAACAGG
AAGGGATGGAAGGTCTCCTTGGGACTCTTGTTCAGCTTCTGGGTTCAGATGATATAAATGT
GGTCACCTG
TGCAGCTGGAATTCTTTCTAACCTCACTTGCAATAATTATAAGAACAAGATGATGGTCTGCC
AAGTGGGT
GGTATAGAGGCTCTTGTGCGTACTGTCCTTCGGGCTGGTGACAGGGAAGACATCACTGAG
CCTGCCATCTGTGCTCTTCGTCATCTGACCAGCCGACACCAAGAAGCAGAGATGGCCCAG
AATGCAGTTCGCCTTCACTATGGACTACCAGTTGTGGTTAAGCTCTTACACCCACCATCCC
ACTGGCCTCTGATAAAGGCTACTGTTGGATTGATTCGAAATCTTGCCCTTTGTCCCGCAAAT
CATGCACCTTTGCGTGAGCAGGGTGCCATTCCACGACTAGTTCAGTTGCTTGTTCGTGCAC
ATCAGGATACCCAGCGCCGTACGTCCATGGGTGGGACACAGCAGCAATTTGTGGAGGGG
GTCCGCATGGAAGAAATAGTTGAAGGTTGTACCGGAGCCCTTCACATCCTAGCTCGGGAT
GTTCACAACCGAATTGTTATCAGAGGACTAAATACCATTCCATTGTTTGTGCAGCTGCTTTA
TTCTCCCATTGAAAACATCCAAAGAGTAGCTGCAGGGGTCCTCTGTGAACTTGCTCAGGAC
AAGGAAGCTGCAGAAGCTATTGAAGCTGAGGGAGCCACAGCTCCTCTGACAGAGTTACTT
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ACAAGCCACAAGATTACAAGAAACGGCTTTCAGTTGAGCTGACCAGCTCTCTCTTCAGAAC
AGAGCCAATGGCTTGGAATGAGACTGCTGATCTTGGACTTGATATTGGTGCCCAGGGAGA
ACCCCTTGGATATCGCCAGGATGATCCTAGCTATCGTTCTTTTCACTCTGGTGGATATGGC
CAGGATGCCTTGGGTATGGACCCCATGATGGAACATGAGATGGGTGGCCACCACCCTGGT
GCTGACTATCCAGTTGATGGGCTGCCAGATCTGGGGCATGCCCAGGACCTCATGGATGGG
CTGCCTCCAGGTGACAGCAATCAGCTGGCCTGGTTTGATACTGACCTGTAAATCATCCTTT
AGGTAAGAAGTTTTAAAAAGCCAGTTTGGGTAAAATACTTTTACTCTGCCTACAGAACTTCA
GAAAGACTTGGTTGGTAGGGTGGGAGTGGTTTAGGCTATTTGTAAATCTGCCACAAAAACA
GGTATATACTTTGAAAGGAGATGTCTTGGAACATTGGAATGTTCTCAGATTTCTGGTTGTTA
TGTGATCATGTGTGGAAGTTATTAACTTTAATGTTTTTTGCCACAGCTTTTGCAACTTAATAC
TCAAATGAGTAACATTTGCTGTTTTAAACATTAATAGCAGCCTTTCTCTCTTTATACAGCTGT
ATTGTCTGAACTTGCATTGTGATTGGCCTGTAGAGTTGCTGAGAGGGCTCGAGGGGTGGG
CTGGTATCTCAGAAAGTGCCTGACACACTAACCAAGCTGAGTTTCCTATGGGAACAATTGA
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GCTTTGAAGTAGCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAGTAACTGTTTTTTAAGTCTCTC
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