Genomica: ¿Qué es?
Caso de Nicloas Volker: gen XIAP ligado a X ocasionaba respuesta inflamatoria.
Revolución genómica: en los 70’s se aisla DNA, enontes se aisalaba un gen y se secuenciaba,
clonaba y se hacían mutaciones clásicas. en los 80’s se empezaron a secuencias genomas
completos
Genoma humano: empezó en 1990 ytermino en 2001. Hoy en diaeste proceso se hace en un día.
Surge la explosión de info y se puede aplicar a investigación bscia o aplicada.se generaron mapas.
Se hizo la secuenciación de los 24 cromosomas de forma automática. Primero se hizo conla
secuenciascion de Sanger…se rompe el dna en muchos pedazos , se secuencia, se solapan unos
con otros para obtener una secuencia. Se secuenciapara localizar gener es un genoma o para
conocer todo el genomade un individuo. Hoy en día existen nuevos métodos y se inicia con la
construcción de librerías genómicas, plásmidos, bacteriofagoso cromosomas artificiales y
propagarlos en bacterias y levaduras.
Pasos de secuenciascion:
1. Las moléculas de dna deben preparase para que eesten lobres de fragmentos.
2. Millones de fragmentos de dna individulaes
Secuenciacion de segunda generación Illumina.
1. Construir una librería de dna de un organismo de interés, en piezas pequeñas y se añaden
adaptadores.
Métodos de siguientes generación. Tercera.
Estos métodos pueden leer fragmentos mucho mas grandes en menor tiempo y a menor costo.
Fue desarrollado en Oxford.
Bioinformatica: El manejo de datos biológicos.
La síntesis de proteínas inicia con metionina
AUG, codon complementari es TAC. Donde este TAC puede ser un ORF(tiene la info de las
secuancias iniciadoras y terminadoras) y que tenga tripletes de terminación (UAG, UAA y UGA) los
complenentarios en dna son atc, act y att, secuencia que codifica para una proteína. Sirven para
saber cuales son las posibles proteínas que se van a hacer.
Evidencia directa de secuencias de cDNA: BLAST.
Estructura del genoma himano: el 45% del genoma humano es repetitivo originado por
pseudogenes (secuencias que debieron hacr protinas pero por alguna mutación ya no la hacen).
Otras secuenicas: RNA no codificantes, solo el 1 % del genoma humano es codificante para
proteínas.
Genomica cimparativa: tiene por objetivo saber como la especies divergen.
Filogenia: ¿q
El 80% de lo genes de ratón son otrologos (que tienen un ancestro en común) homólogos
Sintenia: conservación del orden genico en los cromosomas, es importante en los dos mapas de
ratón y humanos.
Con todo esto se puede hacer una genómica comparativa entre chimpancés y humanos,
importante para la medicina.
20 preguntas de genómica?
1. ¿Cuál es el objetivo de la genómica comparativa?
tiene por objetivo saber cómo las especies divergen.
2. ¿Cuál es la diferencia entre ortólogos y homólogos?
Si bien los genes homólogos pueden ser similares en secuencia, secuencias similares no son
necesariamente homólogas. Los ortólogos son genes homólogos donde un gen diverge después de
un evento de especiación, pero el gen y su función principal se conservan
3. ¿Qué es la filogenia?
es la relación de parentesco entre especies o taxones en general
4. ¿Qué son los pseudogenes?
es un segmento de ADN que estructuralmente se asemeja a un gen, pero que no es capaz de
codificar una proteína. Los pseudogenes en su mayoría derivan de genes que han perdido su
capacidad de codificar proteínas debido a mutaciones acumuladas que se han producido a lo largo
de la evolución.
5. ¿Qué métodos de secuenciación fueron desarrollados en Oxford?
Métodos de secuenciación de tercera generación
6. ¿Dónde se encuentra el ORF?
Donde este TAC y haya tripletes de terminación.
7. ¿Para qué sirve el ORF?
Sirven para saber cuales son las posibles proteínas que se van a hacer.
8. ¿Qué es la bioinformatica?
Es el análisis del contenido de información de genomas completos. Esta información incluye la
cantidad y los tipos de genes y productos génicos, así como la ubicación, la cantidad y los tipos de
sitios de unión en el ADN y el ARN que permiten producir productos funcionales en el momento y
lugar correctos.
9. ¿Cuál es el codón complementario de AUG?
ATC
10. ¿Cuál es el método clásico de secuenciación?
Método de Sagner
11. ¿En qué consiste la secuenciación de Illumina?
La secuenciación por medio de Illumina se caracteriza básicamente por la ejecución de los
siguientes procesos:
a. La amplificación de los fragmentos de ADN para la generación del clúster (colonias del mismo
fragmento) se realiza mediante el método de PCR en puente.
b. La detección de bases en la secuenciación se hace a través de etiquetas fluorescentes.
12. ¿Cuál es la ventaja de los métodos de secuenciación de tercera generación?
Estos métodos pueden leer fragmentos mucho más grandes en menor tiempo y a menor costo.
13. ¿Por qué el 45% del genoma humano es repetitivo?
Por los pseudogenes
14. ¿Con qué aminoácido inician las proteínas?
Metionina
15. ¿Cuántos años se necesitaron para completar el proyecto del genoma humano?
11 años (1990-2001)
16. ¿En qué consiste la secuenciación de Sagner?
Método de productividad baja que se usa para determinar una porción de la secuencia de
nucleótidos del genoma de un individuo. Para este método se utiliza amplificación por reacción en
cadena de la polimerasa (RCP) de las regiones genéticas de interés seguidas por secuenciación de
los productos de la RCP. El método de secuenciación de Sanger se basa en la acción de las ADN
polimerasas. Estas enzimas tan importantes para nuestras células son capaces de unirse a una
cadena de ADN a la que se le haya unido un fragmento corto de ADN complementario (cebador)
previamente e ir añadiendo nucleótidos. De este modo, a partir de una cadena simple, podemos
obtener una doble cadena. Este proceso que ocurre de forma natural en nuestras células es el que
ocurre también en la secuenciación de Sanger, salvo por un ingenioso detalle: la presencia de
didesoxinucleótidos. Cuando una polimerasa inserta un didesoxinucleótido, la síntesis de la nueva
cadena se detiene.
17. ¿Qué es la sintenia?
Los genomas humano y de ratón contienen conjuntos similares de genes, a menudo dispuestos en
un orden similar. Este orden de genes conservado entre especies se conoce como synteny.
18. ¿Para qué se usa BLAST?
Los genes candidatos predichos por las técnicas anteriores a menudo se pueden verificar
comparándolos con todas las demás secuencias de genes que se han encontrado. Una secuencia
candidata se envía como una "secuencia de consulta" a bases de datos públicas que contienen un
registro de todas las secuencias de genes conocidas. Este procedimiento se denomina búsqueda
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). La secuencia se puede enviar como una secuencia de
nucleótidos (una búsqueda BLASTn) o como una secuencia de aminoácidos traducida (BLASTp).
19. ¿Qué es la genómica?
La genómica es un campo interdisciplinario de la función, estructura, evolución, mapeo y edición
de genoma.
20. ¿Qué es la genómica funcional?
Es el uso de una variedad cada vez mayor de métodos, incluida la genética inversa, para
comprender la función de los genes y las proteínas en los procesos biológicos.
Regulación de la expresión por rna no codificantes.
RNA no codificantes: investigar, son 10 rna que no hacen proteínas, todos los demás participan en
que si se hagan o no se haga la proteína, son importantes para la protección de los genomas contra
los virus y egt.
RNAi son cortos, de 20 o 30 nucleotidos e impiden la traducción o inducen la destrucción de mRNA
maduros, estos son para el control de la expresión genética.
miRNA: sirven para stem cells, células sanguenas, cancer, metabolismo, apoptosis, secreción de
insulina. Puden regular la traducción pero también la estabilidad de las rna mensajeros.
Un microrna se une con el rna mensajero y se forma risc, estos pueden regular muchos rna
siempre que contengan una secuencia UTR corta y común.
El rna de interferencia se genera con la presencia de rna de doble cadena atrae el complejo DICER
(este corta y forma le complejo con el argonauta). La misma de los miRNA que corta RNA en 23n
siRNA y se unen a argonauta y otros componentes de RISC. Estos rna también pueden funcionar
como cebadores para producir mas copias de doble cadena y luego serán cortados, con ello
prosigue progenie celular. Estos se pueden propagar como frangemtos en las plantas lo que las
hace resistentes a los virus. Se pueden producir por diferentes vías.
Los rna de interferenci también pueden inducir la formación de heterocromatina, formando esto
no se hace la traducción. Cuando la eucromatina( se transcribe adna, función) se compacta se
transforma en heterocromatina, existen dos tipos: facultativa (puede convertirse en eucromatina) y
constitutiva (se queda compactada toda la vida).
Los complejos RITS atraen las rpoteinas e inducen la formación de heterocromatina.
losiRNA forman parte de los entromeros.
RNA PIWI; están en….
RNA lagos no codificantes: Xist, de la telomerasa, sirven para proteger al cromosoma, controla la
activación de las transcripciones.
1000 mirna los que regulan 1/3 de la exp de genes
15 preguntas de RNA no codificantes:
1. ¿Por qué son importantes los RNA no codificantes?
son importantes para la protección de los genomas contra los virus y egt.
2. Mencione los 10 tipos de rna no codificantes.
Trna, microrna, ren ribo, poli, sis,crnra, maduración, inter, pi, piwi
3. ¿Para qué se usan los RNAi?
4. ¿Cuál es el tamaño de los RNAi?
5. Mencione 5 usos de los miRNA
6. ¿Cómo se genera el RNA de interferencia?
7. ¿Qué es EGT?
8. ¿Cuáles son los tipos de heterocromatina?
9. ¿Cómo se forma un miRNA?
10. ¿Cuáles son las funciones de los iRNA?
11. ¿Qué hacen los complejos RITS?
12. ¿Dónde se encuentran los RNA PIWI?
Ale: 20 + 10 = 30
Pedro: 20 + 11 =31
