Johana Carolina Soto Sedano. MSc.
PhD
[email protected]
Biología. Oficina 207
Octubre 11 – noviembre 30 (8 semanas)
Calificación:
Actividades y talleres 50%
Seminario Mapas genéticos 20%
Parcial del módulo 30%
Módulo II
Temas modulo II
1. Ligamiento genético
2. Determinaciòn sexual
3. Desviaciones de la herencia Mendeliana
4. Interacciones génicas
5. Fuentes de variación: alelos y su generación
Mutaciones
6. Mapas genéticos y físicos
7. Genética de poblaciones EHW
Ligamiento genético
Johana Carolina Soto Sedano MSc, PhD
[email protected] Biología. Oficina 207
Ligamiento genético
Al sexo y entre genes
Dos conceptos diferentes!!
sex-determining region Y
60 genes aprox.
900 genes aprox.
Ubicación cromosomal de los genes y sus alelos
Ligados y no ligados
Los alelos de genes ligados tienden a
heredarse juntos
Los genes están juntos tanto en los cromosomas como en los descendientes.
Griffiths, 2015
Antecedentes del ligamiento genético
Teoría cromosómica de la herencia
Theodor Boveri y Walter Sutton. 1902
Brachystola magna Ascaris sp, Erizo Drosophila
Meiosis-herencia Centrosoma 1987 Posición, recombinación
Antecedentes del ligamiento genético
Concepto introducido por Thomas Morgan 1910
Propuso que el color de ojos de Drosophila melanogaster, estaba
«ligado» al sexo «cromosoma sexual»
Morgan descubrió una mutación que afectaba el color de los ojos de la
mosca. Observó que la mutación fue heredada de forma diferente por las
moscas macho y hembra.
¿Que vio Morgan?
Cruces recíprocos
Mutación recesiva
1 1:1
Cruces recíprocos
F2
3:1 1:1
Antecedentes del ligamiento genético
Thomas Morgan y sus estudiantes
Universidad de Columbia 1910-1913
Diferentes rasgos, miles de moscas
Inducían mutaciones
Evaluó los patrones de herencia de las mutaciones
Identifico fenotipos recombinantes con frecuencias variables! En
pares de mutaciones
P1
F2
Test cross
Ligamiento genético
Morgan propuso:
1. Los cromosomas
homólogos pueden
entrecruzarse y
recombinar
2. La frecuencia de
recombinación entre
dos loci esta
relacionada con la
distancia entre ellos
3. Cercanos = < P. de
recombinación
4. Lejanos= > P. de
recombinación
Antecedentes del ligamiento genético
Thomas Morgan y Alfred Sturtevant 1913
Si la distancia entre loci es
relativa a su frecuencia de
recombinación (FR), esta
información es útil para
ubicar los genes en
cromosomas
Sturtevant mapeó loci ligados al X
Identificando recombinantes entre ellos
Ligamiento genético
escenarios
1-B
2-B
Genes 1 y 2 Es posible la
relativamente recombinación entre
alejados. Gametos con nuevas
ellos
combinaciones no
presentes en los
padres
https://learn.genetics.utah.edu/
Ligamiento genético
escenarios
Genes 3 y 4 MUY Gametos con 3A y 4A juntos y 3B
Poco probable la
cerca y 4B juntos.
recombinación entre
ellos 3 y 4 están ligados
Gametos con genotipo parental
https://learn.genetics.utah.edu/
Ligamiento entre genes
Y si A y B están cerca
en el mismo cromosoma?
Intercambio de un segmento de DNA entre los dos cromosomas homólogos
durante la meiosis (Final profase I)
Resultado es una combinación nueva de material genético en el gameto
Crossing over
Recombinación homologa durante la meiosis
Replicación del ADN
Entrecruzamiento
(intercambio)
Profase I
Meiosis I
Nuevas Meiosis II
combinaciones
Gametos
El entrecruzamiento se da entre
cromátides hermanas no entre
cromosomas
Khan academy
Griffiths, 2015
No siempre ocurre entrecruzamiento
entre los genes
Griffiths, 2015
Ligamiento y frecuencia de recombinación (RF)
Varía entre 0 y 0,5 (0 %– 50%)
FRAB = 0 genes completamente ligados
FRAB > 0 < 0,5 genes ligados parcialmente
FRAB = 0,5 genes no ligados, segregan independientemente
Cromátides recombinantes
50%
¿Porque la FR entre dos loci no supera el 50%?
A B 1 A B C 1
A B 2 A B C 2
No FR
3 3
= 0%
a b 4
a b c 4
a b a b c
A B 1 FR 1-3 y FR 2-4 = 100%
A B 2
FR 1-4 =50%
3 o
a b 4 FR 2-3 = 50% Dobles cruzamientos de 4 cromátides
Teóricamente los recombinantes
a b exceden 50%
A B 1 Estos quedan equilibrados por mas
A B 2 recombinantes entre 2 cromátides
FR 1-3 =50%
3 o
FRprom=
a b 4
FR 2-4 = 50%
(0%+50%+50%+50%+50%+100%)/6)=50%
a b
Ligamiento y frecuencia de recombinación RF
• Individuo AB/ab 2 loci
Gametos proporciones (644 gametos)
• AB = 226
• Ab = 202 recombinante
• aB = 114 recombinante
• ab = 102
RFAB = (202 + 114)/(226 + 202 + 114 + 102) = 0,49
Muy alejados? Segregación independiente?
Fases de ligamiento entre genes
• Cis (acoplamiento) o trans (repulsión)
• Dependiendo de como estén combinados los alelos de cada
uno de los genes.
Entrecruzamiento
https://genmolecular.com/ligamiento/
Fases de ligamiento
En A B Gametos
acoplamiento A B Parentales= AB y ab
Recombinante = Ab y aB
a b
a b
A b Gametos
En A b Parentales= Ab y aB
repulsión
Recombinante = AB y ab
a B
a B
¿Como se comprueba el ligamiento entre dos genes?
1. Probando independencia
2. Probando ligamiento
completo
3. Identificando recombinantes
Test cross (cruce prueba)
Cruce con homocigoto recesivo
(aabb)
Igual # de recombinantes Igual # de recombinantes
1:1:1:1 1:1:1:1
Khan academy
¿Como se comprueba el ligamiento entre dos genes?
1. Se compara el # de individuos de las clases fenotípicas
observadas con los esperados en una segregación independiente
Cruce= AABB x aabb
F1 = AaBb 100% ab Fenotipo Relación
Test cross= AB/ab X aabb AB AaBb Parental 1
Ab Aabb Recombinante 1
aB aaBb Recombinante 1
Gametos AB ab ab aabb Parental 1
Ab
aB
ab
Ejemplo: De 720 moscas contadas, espera que de cada clase
fenotípica tenga 180 moscas = los genes no están ligados
# de individuos con fenotipo parental igual que recombinantes =No ligamiento
¿Como se comprueba el ligamiento entre dos genes?
2. Si hay muchos mas individuos con fenotipo parental que
recombinantes sospechamos de ligamiento
Cruce= AABB x aabb
F1 = AaBb 100%
ab Fenotipo Relación
Test cross= AB/ab X aabb
AB AaBb Parental 340
Ab Aabb Recombinante 10
Gametos AB ab aB aaBb Recombinante 20
Ab ab aabb Parental 350
aB
ab
De 720 moscas contadas, 30 recombinantes, 690 con
fenotipo parental = Hay ligamiento
Entre menos recombinantes con respecto a los fenotipos
parentales, mayor será el ligamiento
• Si conozco las frecuencias de recombinación entre cada par de genes
(mutaciones, loci o marcadores)… puedo ordenarlos en grupos de
ligamiento.
Mapa de ligamiento
Un mapa genético es un arreglo lineal de loci o marcadores sobre un
cromosoma o grupo de ligamiento, el cual indica la posición relativa
existente entre estos expresada en cM.
Centimorgan cM: Es la unidad de los mapas genéticos de ligamiento
se basa en la recombinación entre loci
Equivale a un 1% de frecuencia de recombinación, o lo que es lo
mismo, a 1 unidad de mapa.
Los loci en el mismo cromosoma con baja recombinación están
ligados (1cM = 1% de recombinación)
Unidades de mapa genetico o de ligamiento
Entre dos loci
cM = (# recombinantes / total población)*100
Mapeando...distancia genética entre l, s y g
¿Por qué no es 25.4 cM?
Mapeando...distancia genética entre A, B y C
Khan academy
Redescubriendo el crossing over
20 años después de Morgan (1931)
1947. Barbara McClintock in lab 1983. McClintock giving speech
at Nobel Conference
Barbara McClintock
Mucho mas que transposones…
1902-1992
Redescubriendo el crossing over
20 años después de Morgan (1931)
Redescubriendo el crossing over
20 años después de Morgan (1931)
El nudo del cromosoma 9 Mapa genético de maíz 1950
Le siguió la pista
en meiosis
Redescubriendo el crossing over
Mas recombinantes
entre C y yg
24/253 muestras
FR= 0,09
Recombinantes
entre Sh y C
6/253 muestras
FR= 0,02
¿Qué significa? ¿están o no ligados?
Gametos parentales
(Ab y aB)
Cruce prueba
F1 A b X a b
a B a b
ab Fenotipo Relación
AB AaBb Recombinante 106
Ab Aabb Parental 408 RF
aB aaBb Parental 392
ab aabb Recombinante 94
20 cM
Morgan´s experimental crosses
1. Cuántos individuos observó con fenotipo parental?, ¿´cuántos recombinantes?
2. ¿Cuál es la FR ente w y m
3. ¿A que distancia se encuentran los genes?
1. Ejercicio en grupo
De un cruce dihibrido Ab/aB x aa/bb (cruce prueba), se
obtienen los siguientes descendientes
• 502 Ab_ _
• 41 ab _ _
• 19 AB _ _
• 253 aB _ _
a. Haga el cuadro de Punet y complete los genotipos de los
descendientes
b. ¿Los genes en cuestión están ligados? Sustente su respuesta
c. ¿Los genes están en repulsión o en acoplamiento?
d. De estar ligados. ¿A qué distancia en cM se encuentran los
genes?
Doble recombinante
Griffiths, 2015
Interferencia y coincidencia genética
• Fenómeno por el cual, tras un entrecruzamiento cromosómico,
disminuyen las probabilidades de que se den otros
entrecruzamientos cercanos.
• La coincidencia es el complemento de la interferencia
(Coincidencia + Interferencia = 1.0)
• Si la interferencia es completa (1.0), no se observarán
entrecruzamientos dobles y la coincidencia tendrá un valor de
cero.
• Por el contrario, cuando se observan todos los entrecruzamientos
dobles esperados, la coincidencia es uno y la interferencia cero.
Coincidencia e Interferencia genética
Ejemplo:
Dadas las distancias de mapa A – B = 20 u.m y B – C 30 u.m, entonces se espera
0.2 X 0.3 = 0.06 o 6% de entrecruzamientos dobles si no hay interferencia.
Suponga que se observa 1.3% de entrecruzamientos dobles en una cruza de prueba
experimental.
Coincidencia = 1.3/6.0 = 0.2.
Esto significa simplemente que sólo se observa el 20% de los entrecruzamientos
dobles que se esperan sobre la base de combinar las probabilidades independientes
(distancias de mapa).
Interferencia = 1.0 – 0.2 = 0.8.
Así, el 80% de los entrecruzamientos dobles no se formó debido a la interferencia.
Ejercicio 1
• Sean v, ct y cv tres genes ligados en Drosophila cuyos datos
de recombinación son: RF entre v-ct = 0.132 y entre ct-cv
=0.064.
a. ¿si no hay interferencia cual deberia ser la frecuencia (en
porcentaje) de dobles recombinantes?
b. ¿Y en una población de 1448 moscas?
c. ¿que se puede concluir si aparecen 8 recombinantes dobles?
d. Calcule la interferencia. ¿Que necesita calcular primero?
e. Calcule el coeficiente de coincidencia (c.o.c)
c.o.c = # dobles recombinantes obervados / # dobles
recombinantes esperados
f. ¿Ahora de cuanto es la interferencia entre los genes v, ct y cv?
g. ¿Que significa biológicamente?
Respuestas
a. La frecuencia de dobles recombinantes esperados es
0.132 × 0.064 = 0.0084 (0.84%)
b. En una muestra de 1448 moscas será: 0.0084 × 1448 = 12 dobles
recombinantes
c. Las dos regiones no son independientes, es decir existe algun tipo
de interferencia que hace que un entrecruzamiento no permita que se
den todos los entrecruzamientos en regiones adyacentes
d y e. El coeficiente de coincidencia I=1-c.o.c
Proporción entre recombinantes dobles observados y esperados.
8/12 = 0.66
f. 1-0,66 = 34%
2. Ejercicio en grupos
Sean a, b y c tres genes ligados al cromosoma 2 de
Arabidopsis thaliana, cuyos datos de recombinación son:
RF entre a y b = 0,172
RF entre b y c = 0,037
a. Bajo el supuesto de no interferencia genética, ¿cuál debería
ser la frecuencia de dobles recombinantes?
b. ¿Cuál es el número de dobles recombinantes en una
población de 5320 plantas?
c. Calcule la interferencia genética entre los genes a, b y c, de
presentarse 33 dobles recombinantes
d. Interprete biológicamente los resultados
1. Imagine que usted es un experto en D. melanogaster y observa un
comportamiento extraño en algunos individuos, ya que estos tiemblan y
tiemblan. Usted decide estudiar a profundidad a qué se debe este cambio
comportamental, y descubre una mutación a la cual decide llamar
espástica (sps) Y que está asociada a un gen de herencia autosómica
recesiva. Usted quiere determinar si el gen que codifica esta mutación
está vinculado al gen recesivo de las alas vestigiales (vg). Por lo cual, usted
cruza una mosca homocigota para los rasgos espásticos y vestigiales con
una mosca homocigota para los rasgos silvestres, luego utiliza las hembras
de la filial 1 en un testcross y obtiene:
vg + sps + = 230; vg sps =224; vg sps + =97; vg + sps =99. Total: 650
Responda:
a. ¿Los genes que causan las alas vestigiales y la mutación espástica están
ligados? Realice una prueba de independencia de chi cuadrado para
determinar si los genes están segregando de forma independiente.
Prueba contraste de hipótesis
Chi2
• Probar qué tan bien una muestra de datos
categóricos se ajusta a una distribución teórica.
• Hipotesis nula (Ho): no hay diferencias significativas
entre lo observado y lo esperado bajo un modelo nulo
• Hipotesis alterna: hay diferencias significativas entre lo
observado y lo esperado bajo un modelo nulo
Que quiero aceptar?, que quiero rechaza?
Prueba contraste de hipótesis
Chi2
Regla de decision: chi2 calculado menor al chi2
tabulado Se acepta la Ho
Para calcular el valor de p se realiza:
p = 1 – Nivel de significancia
Ejemplo: p = 1 – 0.01 = 0.99
Prueba contraste de hipótesis
Chi2
Regla de decision: chi2 calculado menor al chi2
tabulado Se acepta la Ho
6.224 calculado
6.635 tabulado
