REFERENCIA:

Rangel-Villalobos H (2019) Identificación Humana (Tema Web 3)

en: Genética clínica, Del Castillo-Ruiz V, Uranga-Hernández RD,
Zafra de la Rosa G,. Ed. El Manual Moderno (2a edición ), S.A. de C.V. pp.
1-42 (ISBN Ebook: 9786074487442).

Tema web 3
Héctor Rangel Villalobos
Identificación humana

ACTUALIZADO 18 DE FEBRERO 2019 (favor de checar actualizaciones)

INTRODUCCIÓN ciones más complejas, como son los casos de mezclas

biológicas en casos de violación, casos de paternidad sin el
padre, casos de hermandad o media hermandad, discernir
la paternidad en casos de incesto, muestras de DNA alta-
La aplicación de la genética y las técnicas de biología mo-
mente degradadas, etc. Después de los aspectos básicos, se
lecular han facilitado la obtención de perfiles de DNA con
describirán en este capítulo los sistemas genéticos más im-
fines de identificación humana, actividad también descrita
portantes usados en genética forense.
como genética forense. Los perfiles genéticos han permitido
sentenciar criminales y exonerar inocentes en casos que has-
ta hace un par de décadas quedaban al margen de los siste-
mas de justicia. Por otro lado, también permiten determinar CONCEPTOS BÁSICOS
de forma sólida diferentes tipos de relaciones de parentesco
antes no imaginadas, como la paternidad sin el padre, la me-
dia hermandad, abuelidad, entre otras. Las repeticiones cor- Lo primero que hay que aclarar es que las pruebas genéti-
tas en tándem, más bien conocidas por sus siglas en inglés cas para identificación humana no indican características
como STRs (short tandem repeats), son los marcadores gené- físicas o enfermedades de la persona, ya que se analizan
ticos de elección para realizar esta tarea, cuyos alelos y geno- secuencias que no codifican proteínas, lo que significa que
tipos se representan por números. Al analizar varios STRs se no tienen una función específica para el organismo, al me-
genera un código numérico que conocemos como perfil ge- nos obvia. Para entender el origen y lo que significa un
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nético o perfil de DNA, el cual sirve para establecer relacio- perfil genético, es necesario comprender las herramientas
nes de parentesco o vincular a un sospechoso con la que ofrece el genoma para llevar a cabo la identificación
evidencia biológica de un crimen (figura 1). humana, que en este caso son los marcadores genéticos o
En identificación humana, poco a poco se han ido in- moleculares, que son las partes del genoma que se analizan
corporado sistemas genéticos que permiten abordar situa- para evaluar la variación genética de un individuo. Se de-

10 12 15 19 20 23 7 9 11 18
Alelo 1 Alelo 2 Alelo 1 Alelo 2 Alelo 1 Alelo 2 Alelo 1 Alelo 2 Alelo 1 Alelo 2

Genotipo Genotipo Genotipo Genotipo Genotipo

STR A STR B STR C STR D STR E

Perfil de ADN

FIGURA 1 Conformación de un perfil de DNA a partir del genotipo para varios STRs.

1
 2 Genética clínica

nominan genéticos por su herencia mendeliana simple y asume que recibió el mismo de ambos padres y se dice que
moleculares por localizarse en la molécula del DNA. Di- es homocigoto (p. ej., 7/7).
chas secuencias son variables, es decir, polimórficas, lo que Con estos antecedentes, un perfil genético se define
significa que en los cromosomas de una población la mis- como el conjunto de genotipos obtenidos para varios STRs
ma secuencia presenta dos o más formas alternas (alelos), que forman un código numérico (6/9, 12/16, 17/21,
lo que eventualmente permitirá diferenciar a dichos cro- 22/23, etc.), el cual permite diferenciar o relacionar bioló-
mosomas e individuos; mientras más alelos tengan los gicamente a un individuo con otras personas (véase figura
marcadores, mejor servirán para estos fines. Cabe recordar 1). Se supone que un perfil genético es único, con excep-
que, como organismos diploides, para cada secuencia del ción de los gemelos monocigotos que compartirían un
genoma una persona tiene dos alelos, uno procedente de la mismo perfil. Por ejemplo, en una pareja de heterocigotos
madre y otro del padre, por lo que, para los marcadores con alelos diferentes se pueden generar cuatro genotipos
genéticos usados en identificación humana, con muchos distintos en sus hijos, lo que muestra cómo es posible dife-
alelos, se espera un número aún mayor de genotipos que renciar individuos estrechamente relacionados como los
logren hacer cada vez más único a cada individuo en una hermanos, ya que la probabilidad de que dos hermanos
prueba de DNA. tengan el mismo genotipo es sólo 0.25 (1/4) (figura 2).
Por lo tanto, se define a un marcador genético como Esto significa que en una prueba de DNA estándar con 15
un polimorfismo que permite diferenciar cromosomas e STRs, la probabilidad de que dos hermanos compartan el
individuos, así como establecer sus relaciones biológicas de mismo perfil es de 0.2515= 9.3 x 10-12, es decir de uno en
parentesco. Los marcadores más empleados para realizar alrededor de mil millones.
una prueba de DNA son los microsatélites, repeticiones
cortas en tándem o STRs antes mencionados. Como su
nombre lo dice, los STRs se componen de secuencias repe- TÉCNICAS Y MARCADORES PARA
tidas cortas (p. ej., GATA) que dan lugar a diversos alelos
que se nombran por el número de veces que se encuentre OBTENER PERFILES GENÉTICOS
la secuencia repetida; por ejemplo, el alelo tres presentará
tres veces la secuencia GATA (es decir, GATA,GATA,
GATA), con la misma lógica para todos los alelos. En la Extracción de DNA. En general, todas las técnicas de bio-
población podrían existir los alelos 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, logía molecular comienzan con la obtención del DNA ge-
13, etc., y un número aún mayor de genotipos (p. ej., 6/6, nómico a partir de diversos tipos de células. Sin embargo, lo
6/7, 6/9; 7/7, 7/9, 10/12, etc.). Hay que señalar que la excepcional en genética forense con respecto a otras áreas
nomenclatura (rango de alelos) de cada STR puede ser como la biomedicina –y que se puede considerar un arte–
diferente entre un marcador y otro. Cuando la persona es que los forenses obtienen DNA de una infinidad de
presenta dos alelos diferentes se dice que es heterocigoto fuentes biológicas muchas veces no imaginadas, como chi-
(p. ej., 6/7); mientras que, cuando tiene un solo alelo se cle, manchas, lápiz labial, una tasa, botella de agua, un pa-

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AGGC AGGC AGGC AGGC alelo 4 AGGC AGGC AGGC AGGC AGGC alelo 5

AGGC AGGC AGGC AGGC AGGC AGGC alelo 6 AGGC AGGC AGGC AGGC AGGC AGGC AGGC alelo 7

Genotipo Genotipo
4/6 5/7

Padre Madre

Hijo

Genotipos posibles en descendencia

4/5 4/7 5/6 6/7

Uso de los marcadores STRs para identificación humana. Los numerosos genotipos permiten diferenciar a un
FIGURA 2 cromosoma de otro en el individuo, por lo que es posible distinguir a un individuo de otro, y establecer sus
relaciones de parentesco.
 Tema web 3 ▌ Identificación humana 3

samontaña, restos calcinados, un rastrillo, cepillo de dientes, genéticos ha mejorado de forma importante, haciéndolos
etc. Una de las más utilizadas en paternidad o muestras de más resistentes a los inhibidores que suelen contener las
referencia es a partir de manchas de sangre seca en papel muestras biológicas encontradas de casos forenses como
FTA o células de mucosa oral (saliva) en hisopos. aquellos propios del suelo, sangre coagulada, tintes de la
Cuantificación de DNA. Para los genetistas forenses ropa, etc. 5) Los amplificados se observan por electrofore-
esta técnica es muy importante porque, además del con- sis capilar (EC) acoplada a detección multifluorescente, lo
texto criminal del que se trate, hay que considerar que cual se explica a continuación.
suelen ser cantidades mínimas donde son limitados los en- Detección de polimorfismos por electroforesis capi-
sayos o repeticiones que se pueden hacer. Por ese motivo, lar (EC). Los alelos STRs se diferencian por el número de
las muestras forenses suelen cuantificarse lo más precisa- veces que se repite una secuencia corta, esto significa que
mente posible, donde destaca la PCR cuantitativa (qPCR) los tamaños de los alelos van a ser diferentes uno de otro.
o PCR tiempo real por su gran precisión, sobre todo para Actualmente, para ver estas diferencias se emplea la EC,
muestras críticas (cabello, hueso, restos humanos, etc.). donde el producto de PCR de cada muestra se separa a
Amplificación por PCR múltiplex. El análisis de los través de un capilar relleno de polímero por acción de un
marcadores STRs para un perfil genético se basa en ampli- campo eléctrico, proceso que dura alrededor de 30 minu-
ficar o generar millones de copias de secuencias del geno- tos por muestra. Como parte de la EC, también se detec-
ma que permiten diferenciar individuos mediante la tan varias fluorescencias que ofrecen una representación
técnica de PCR (en inglés polymerase chain reaction). La gráfica del corrimiento, llamado electroferograma. Para
PCR en genética forense tiene algunas peculiaridades: 1) ello destacan los secuenciadores o analizadores genéticos
se incluyen varios pares de primers para amplificar de 15 a de la marca Applied Biosystems, como el ABI-Prism 310 de
24 marcadores, en la llamada PCR múltiplex. 2) Uno de un capilar, el 3100, 3500 y 3130 con 4, 8 o hasta 16 capi-
los primers de cada par está marcado con un fluorocromo, lares, entre otros.
los cuales sirven para la detección posterior de los amplifi- El proceso de la EC puede describirse en los siguien-
cados. 3) Se utilizan hasta seis fluorocromos, lo que hace tes pasos (figura 3): 1) migración y separación de frag-
posible la detección simultánea de fragmentos de DNA de mentos de DNA: los productos de PCR amplificados se
tamaño sobrelapado. 4) En los últimos años, la química de separan de acuerdo con su tamaño, principalmente; 2) ex-
amplificación de los kits comerciales para obtener perfiles citación y emisión de fluorescencia, los amplificados lle-

En un capilar, por acción de un campo eléctrico, se

Excitación y emisión
separan los amplificados de ADN marcados con
de fluorescencia
diferentes fluorocromos

Láser de
Detección y filtración de
Ión Argón Cámara
fluorescencia
CCD
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matriz

Electroforesis
capilar

Conversión a RFUs

Producto de
PCR múltiplex

Electroferograma

Representación de los pasos que involucra la EC para el análisis fragmentos de DNA por electroforesis capilar
FIGURA 3
(EC). Se representa un perfil genético para el fluorcromo azul en el electroferograma.
 4 Genética clínica

gan a una ventana de detección localizada antes del Determinación del genotipo, aunque esto es un proceso au-
extremo del capilar, por donde pasa un láser de ion Argón. tomatizado que realiza el programa GeneMapper en los
En ese momento, se excitan los fluorocromos de los frag- analizadores genéticos, cabe mencionar que se emplean pa-
mentos amplificados y emiten su fluorescencia. 3) Detec- neles que son regiones sombreadas en el electroferograma
ción y filtración de fluorescencia, los fragmentos acoplados que indican las posiciones en que se espera observar cada
a una molécula fluorescente son detectados por un apara- alelo de cada STR, denominados bins (véase figura 4), ade-
to fotosensible llamado cámara CCD ( por su nombre en más de escaleras alélicas (ladders) de referencia que presen-
inglés coupled charged device) que detecta la señal lumino- tan (casi) todos los alelos reportados para cada uno de los
sa y la filtra con ayuda de un algoritmo de separación de STRs analizados (no mostradas en la figura). 7) Interpreta-
color conocido como matriz. Esta es una matriz matemá- ción del perfil genético del electroferograma se toma la
tica que indica la proporción de sobrelapamiento entre las combinación de números (genotipo) que representan al in-
diferentes fluorescencias con el objetivo de distinguir con dividuo. Se observa como una serie de picos que –de acuer-
precisión qué color/fluorescencia fue llegando al punto de do con su color y posición– indican los alelos (genotipo)
detección durante la EC. 4) Conversión a RFUs, la energía que tiene la persona para cada STR. Si un individuo presen-
luminosa recibida se convierte en una señal electrónica ta uno o dos picos (alelos), indica que su genotipo es homo-
que se mide en unidades de fluorescencia relativa conoci- cigoto o heterocigoto, respectivamente (véase figura 4).
dos como RFUs (por su nombre en inlgés relative fluores- Marcadores STRs. A principios de los años noventa
cent units). 5) Representación gráfica, la señal electrónica hubo un intenso proceso de descripción y búsqueda de un
es recibida por un software y es usada para generar una mayor número de los STRs con fines de identificación hu-
representación gráfica del orden y fluorescencia en que mana. La mayoría de STRs seleccionados con estos fines
fueron llegando los productos amplificados al punto de son tetranucléotidos (p. ej., GATA), pero se usan algunos
detección (figura 3). Se genera entonces un electroferogra- pocos pentanucleótidos, buscando un equilibrio entre el
ma compuesto por varias gráficas, una para cada color, grado de polimorfismo y el tamaño pequeño para amplifi-
donde aparecen máximo dos picos por STR (figura 4). 6) car DNA a pesar de que este parcialmente degrado. En

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Electroferograma del perfil genético de un individuo. El tamaño (pb) y nombre del STR se muestra en la parte
superior de cada carril. Debajo de cada pico se indican los alelos del individuo para cada STR. Para amelogenina
FIGURA 4
se muestra el genotipo XY (varón). La medida del pico en RFUs se muestra en el eje de las Y. Se observa la
presencia de stutters (p. ejem. D12S391 y D13S1358).
 Tema web 3 ▌ Identificación humana 5

este esfuerzo participaron investigadores, agencias de justicia siendo integrados en los nuevos kits comerciales de identi-
como el Federal Boreau of Investigation, FBI (EUA) o el Fo- ficación humana.
rensic Science Service (UK), así como empresas privadas, En los últimos años se integró a la competencia la em-
como Promega (Madison, WI) y Applied Biosystems (Foster presa QIAGEN, quién junto con ThermoFisher Scientific (an-
City, CA), quienes validaron una batería de marcadores úti- tes Applied Biosystems) y Promega [Link] diferentes
les para identificación humana. En noviembre de 1997, el kits de nueva generación. Sin embargo, QIAGEN y Thermo-
FBI seleccionó 13 STRs denominados CODIS (del inglés, Fisher Scientific analizan los mismos STRs apegándose al nú-
Combined DNA Index System), como un núcleo de marca- cleo expandido del CODIS, y requiriendo nuevos sistemas
dores para generar e intercambiar perfiles genéticos en USA de EC (ABI 3500). Por el contrario, los nuevos kits de Pro-
con fines de impartición de justicia y generación de bases de mega pueden analizarse en sistemas de EC tradicional e in-
datos criminales (figura 5). Quince años después, el FBI for- cluyen los Pentas D y E, los cuales quedaron fuera del núcleo
mó el grupo de trabajo llamado CODIS Core Loci Working por no compartir el diseño de sus primers. Los kits que se
Group, cuyas conclusiones fueron publicadas en 2012 y se comercializan en México se presenta en el cuadro 1.
determinaron los STR requeridos y sugeridos en orden de
preferencia, que aplicarán en USA a partir del 2017. De for-
ma análoga, en Europa se cuenta con un European Standard INTERPRETACIÓN DE CASOS CRIMINALES
Set (ESS) de STRs, con algunos STRs compartidos con el
CODIS más D2S1338 y D19S433; aunque los kits comer-
cializados en Europa incluyen además a SE33, un STR alta-
mente polimórfico (véase figura 5). El planteamiento general en los casos criminales es el si-
Kits comerciales para identificación humana. Durante guiente. Por ejemplo, en Jalisco, México, se ha cometido un
más de una década predominaron en México dos kits para crimen por un desconocido, quién deja una evidencia bio-
identificación humana, ambos amplificaban 16 marcado- lógica en la escena del crimen (p. ej., sangre, semen, saliva,
res, 15 STRs y Amely para definir el sexo de la muestra. etc). Después se detiene a un sospechoso que se cree está
Uno es el AmpFlSTR® Identifiler™ kit de Applied relacionado con el crimen. Se obtienen los perfiles genéti-
Biosystems (Foster City, CA), y el otro es el PowerPlex 16 cos de la evidencia y del sospechoso, y se comparan. Si no
de Promega Corp. (Madison, CA). Ambos kits incluyen los coinciden, categóricamente se dice el sospechoso no es la
STRs del CODIS, pero el Identifiler incluye a los STRs fuente de la evidencia; esta conclusión –con raras excep-
europeos D2S1338 y D19S433, mientras el PowerPlex 16 ciones– es incuestionable. El juez, analizando la informa-
incluye dos pentanucleótidos, Penta D y Penta E. Sin em- ción de caso –tanto genética como no genética– podría
bargo, los STRs del núcleo expandido del CODIS ya están exonerar al inculpado de su participación en el crimen. Por

Núcleo expandido de loci STRs STRs del CODIS: Combined DNA Index System

ESS: European Standard Set

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TPOX
D3S1358
TH01
D8S1179
VWA
D2S441 D5S818
D1S1656 SE33
FGA D7S820
D12S391
D2S1338 CSF1PO D10S1248

D13S317
D18S51 D22S1045 DYS391
D16S539
D21S11
D19S433 AMEL AMEL

X Y

Representación de la posición cromosómica de los 13 marcadores STRs del CODIS, los del ESS y los del núcleo
FIGURA 5
expandido de STRs para identificación en USA.
 6 Genética clínica

CUADRO 1. Sistemas genéticos basados en

STRs autosómicos para identificación humana.
Se muestran sólo algunos de los más utilizados Razón de verosimilitud (LR). Se calcula una
en México razón o índice de verosimilitud, ampliamente conocida
MARCA, kit 24 STRs incluidos
por sus siglas en inglés como LR (likelihood ratio ) donde
THERMOFISHER D3S1358, VWA, D16S539, CSF1PO, se comparan las probabilidades de dos hipótesis: la del
AmpFlSTR Global TPOX,Y indel, D8S1179, D21S11, fiscal (E|Hf) contra la de la defensa (E|Hd). La primera
Filer Kit D18S51, DYS391, D2S441, D19S433, (E|Hf) se podría leer como "la probabilidad de la evidencia
QIAGEN TH01, FGA, D22S1045, D5S818, dada la hipótesis del fiscal", e indica la probabilidad de
Investigator D13S317, D7S820, SE33,D10S1248,
que hayan concordado los perfiles genéticos del sospechoso
24plex QS Kit D1S1656, D12S391, D2S1338, Amelogenin
PROMEGA Amelogenin, D3S1358, D1S1656,
y la evidencia biológica (E) bajo la hipótesis del fiscal, es
PowerPlex Fusion D2S441, D10S1248, D8S1179, D12S391, decir, que el sospechoso fue el que dejó la muestra en la
System D19S433, FGA, D22S1045D16S539, escena del crimen; en otras palabras, él sí estaría implicado
D18S51, D2S1338, CSF1PO, Penta D, en el caso. Entonces, asumiendo ésto, la probabilidad sería
Penta E, D13S317, TH01,VWA, D21S11, igual a uno (100%), es decir: Pr(E|Hf) = 1. La segunda
D7S820, D5S818, TPOX, DYS391
hipótesis (Hd), "probabilidad de la evidencia dada la
MARCA, kit 21 STRs incluidos hipótesis de la defensa", asume que el sospechoso no está
PROMEGA Amelogenin, D3S1358, D1S1656,
PowerPlex 21 D6S1043, D13S317, Penta E, D16S539,
implicado en el caso, alguien más dejó la evidencia, de
System D18S51, D2S1338, CSF1PO, Penta D, manera que la probabilidad que haya coincidido al azar
TH01, VWA, TPOX, D8S1179, D12S391, con la evidencia (E) es representada por la frecuencia del
D19S433, FGA,D21S11, D7S820, D5S818 perfil genético en la población, o su probabilidad de
MARCA, kit 15 STRs incluidos coincidencia al azar (PCA). Lo anterior entonces se puede
THERMOFISHER D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, resumir así:
AmpFlSTR D3S1358, TH01, FGA, D18S51
GlobalFiler Kit Amelogenin, D5S818, VWA, TPOX,
QIAGEN D13S317, D16S539, D2S1338, LR= Pr (E|Hf)/Pr(E|Hd) = 1/PCA
Investigator D19S433, D8S1179, D21S11, D7S820, LR= 7.59 E+7 (Figura 6)
IDplex plus CSF1PO, D3S1358, TH01, D13S317,
PROMEGA D16S539, Amelogenin, D5S818, FGA, El LR es un valor numérico que representa el peso de la
PowerPlex 16 Penta D VWA, TPOX, D18S51, Penta E
System
evidencia genética; mientras más grande el LR, más poten-
te es la evidencia genética para relacionar al inculpado con
la evidencia y/o con el crimen. En el ejemplo arriba descri-
el contrario, cuando coinciden los perfi les de la evidencia y to, el LR indica a cuántas personas se tendría que
el sospechoso, comienza un proceso de interpretación que analizar para encontrar un perfil genético igual al del
primero responde a la pregunta, ¿cuál es la probabilidad sospechoso.
de encontrar ese perfil genético en la población general?, Cabe mencionar la importancia de este valor en el
con lo que se puede estimar la probabilidad de involucrar contexto forense, ya que hasta hace algunas pocas

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a un inocente en el crimen. La respuesta requiere décadas el perito juzgaba la importacia de las evidencias
aplicar algunos conceptos de genética poblacional, ya que a partir de su experiencia personal, de forma subjetiva,
para la estimación se requiere saber las frecuencias alélicas de
afirmándo o descartándo hipótesis de forma categórica.
los STRs empleados en la prueba de DNA en la población
donde ha ocurrido el crimen, en el ejemplo, Jalisco, México. Esto resultaba en una gran cantidad de erróres en la
Con las frecuencias alélicas se estima la frecuencia de cada impartición de justica. Lo que vemos ahora con la PCA
genotipo del perfi l genético, en el que para heterocigotos se o el LR, es que éstos valores permiten al perito evaluar la
aplica la formula 2pq, y para homocigotos la fórmula p2. Las incertidumbre de la prueba genética, o la posibilidad de
fórmulas derivan del equilibrio Hardy-Weinberg (EHW), lo error -por mínimo que sea- para cada una de las
cual se explica en el capitulo de "Genética de Poblaciones" de hipótesis. Aunque en genética forense éstos valores
este mismo libro. Luego se aplica la llamada regla del pueden ser virtualmente 100%, la estimación de la
producto, es decir, se multiplican las frecuencias de los incertidumbre es una tendencia que sirve como control
genotipos estimados para cada STR, lo cual resulta la
de calidad del trabajo del perito forense. El juez -por su
frecuencia del perfil genético. Esta frecuencia suele ser un
parte- debe ser capaz de tomar esos valores para dar su
valor muy pequeño que se conoce como Probabilidad de
Coincidencia al Azar (PCA), o random matching probability veredicto añadiendo información adicional del caso,
(RMP) por sus siglas en inglés. En la figura 6 se describe un para lo cual se puede utiliar el Teorema de Bayes, como
ejemplo basado en el color negro del electroferograma. se explicará a continuación.
 Representación del proceso de evaluación de un caso criminal, donde se compara el perfi l genético de la evidencia con el del sospechoso, que en el
FIGURA 6 ejemplo son iguales. Abajo la evaluación estadística de perfi l genético usando los marcadores con fl uorocromo color negro, aplicando el equilibrio
Hardy-Weinberg (EHW), las frecuencias alélicas y la regla del producto para obtener la probabilidad de coincidencia al azar (PCA) y el LR.
 Tema web 3 ▌ Identificación humana 7

Teorema de Bayes. La recomendación de organismos a favor de Hd por demostrar que no estaba en la ciudad, es de
internacionales para integrar la evidencia genética en un cir: Pr (Hf|I)= 0, donde el símbolo “│” significa “dado
caso legal es aplicar la estadística bayesiana. Ésta sirve para que”. Por lo tanto, el odds posteriori es cero (Cuadro 2).
estimar una probabilidad final de un evento a partir de una 2) El juez considera que no hay nada adicional relevante
probabilidad inicial, pero añadiendo nueva evidencia, en que evaluar, por lo que asigna la misma probabilidad para
este caso la prueba de DNA expresada en el LR, que se ambas hipótesis (Hf/Hd= 0.5/0.5 = 1); el odds posteriori es
calcula con la siguiente fórmula: el mismo que el LR o evidencia genética (E). 3) El juez le
asigna un valor de 1 000 en favor de Hf por ciertos ante-
Odds = LR (DNA) x odds (información no cedentes del caso, lo cual aumenta proporcionalmente el
posteriori a priori genética) odds posteriori. Si se prefiere describir el odds posteriori
como probabilidad o porcentaje se usa esta fórmula: Pr
Para entender la genética bayesiana cabe aclarar dos diferen- (Hf|E, I) = [LR x Pr (Hf|I)] / {LR x Pr (Hf|I) + [1-Pr
cias fundamentales respecto con la estadística clásica o fre- (Hf|I)]}, la cual fue aplicada al ejemplo y presentada en la
cuentista: 1) ODDS: la probabilidad de los eventos se mide columna izquierda del cuadro 2.
a manera de apuesta, denominados odds. Un odds mide Cuestionamientos a la prueba de DNA en casos cri-
cuántas veces es más probable una propuesta (hipótesis) res- minales. Un problema surge cuando no existe la base de
pecto a la otra, donde ambas son exhaustivas (no hay más) y datos del lugar donde sucedió el crimen o a la cual perte-
excluyentes una de la otra; por ejemplo: ganar/perder; cul- nece el acusado, ya que al usar una diferente se obtienen
pable/inocente; paternidad/no-paternidad, etc. Un ejemplo frecuencias del perfil genético más bajas, con lo que se
sencillo, ¿cuáles son los odds de ganar al tirar un dado, consi- sobrevalora la evidencia. Esto va en contra de las recomen-
derando que gano si me sale tres? Se expresaría así: odds (3/ daciones del NRC (National Research Council, USA) de
no 3)= 1/5, es decir, sólo hay una opción de ganar y cinco de ser “conservativo”, es decir, tratar de no perjudicar con la
perder. Otra forma de decirlo es que tienes cinco veces más interpretación al acusado. En México esta situación podría
posibilidades de perder que de ganar. 2) La estadística baye- surgir en casos donde el inculpado es originario de algún
siana es subjetiva, de hecho también se le llama subjetivista grupo cerrado como algunos grupos indígenas o extranje-
porque a diferencia del ejemplo del dado, donde ganar tiene ros (menonitas, judíos, etc.) donde se espera un incremen-
una probabilidad definida (1/6), en la estadística bayesiana to de homocigosidad por subestructura poblacional.
se asignan probabilidades. Por ejemplo, si preguntan ¿cuál es Cuando no se dispone de la base de datos sugerida
la probabilidad de que gane el equipo de fútbol Barcelona para interpretar el perfil genético, el NRC recomienda
(España) jugando contra el de las Chivas (México)?. Enton- usar la de la población general, pero aplicar un factor de
ces se asignaría un odds de 20 a uno, a favor de que gana corrección (Θ, theta) al estimar la frecuencia de genotipos
el Barcelona. Es decir odds (gana/pierde) = 20/1. Por el del perfil de DNA. Se recomiendan valores de Θ = 0.1 y
contrario, los odds de que ganen las Chivas sería lo 03; en grupos indígenas mexicanos dependería de que tan
contrario, es decir 1/20 = 0.05. Sin embargo, un fan de las cerrado sea el grupo del que es originario el inculpado.
Chivas podría haber asignado unos odds a favor de que Para homocigotos, la p2 se convierte en: p2 + p (1-p)Θ,
ganan las Chivas, por ejemplo 5/1, y para él sería válido. mientras para heterocigotos la formula 2pq se convierte
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en 2pq (1-Θ). Aplicando la corrección Θ= 0.01 en un

En el cuadro 2 se aplica el Teorema de Bayes usando ejemplo, para TPOX la frecuencia de un homocigoto 8/8
el LR calculado en la figura 6 (7.59 E+9), donde se sería p2= (0.427)2= 0.18233; cambiaría a: 0.18233 +
plantean tres situaciones: 1) el juez no piensa que el (0.427*0.573*0.01) = [Link] su parte, un heteroci-
sospechoso sea culpable por una información (I) no goto 8/11 sería 2pq= 2* 0.427*0.213= 0.1819; corregido
genética presentada, y le asigna un valor de cero (0) a fa- sería: 0.18008. Sin embargo, con la potencia que ofrecen

CUADRO 2. Aplicación del Teorema de Bayes para integrar la evidencia genética (LR) a la
probabilidad inicial para obtener la una probabilidad final
Odds a priori
Prueba DNA Información no genética (I)
Probabilidad (%) Odds posteriori
LR (E) Asignada por juez Ejemplo de la situación
Pr (Hf|I)
0% 0 7.59 E+7 0 1) El sospechoso demuestra que NO
estaba en la ciudad
> 99.99999% 7.59 E+7 7.59 E+7 1 (odds 0.5/0.5) 2) Ni a favor ni en contra

~ 100 % 7.59 E+10 7.59 E+7 1000 3) Hay antecedentes, evidencias

adicionales que incriminan al acusado
 8 Genética clínica

los kits actuales de identificación humana, ya sea usando nivel nacional y con poblaciones de Latinoamérica y El
la base de datos de población adecuada o de una pobla- Caribe (cuadro 3). Se presenta un ejemplo de los paráme-
ción cercana (o no cercana), o aplicando el factor de co- tros forenses estimados en la población de Jalisco (cuadro
rrección del NRC, al final, la conclusión no va a cambiar. 4). A continuación, se explica la importancia y lo que sig-
Bajo esta perspectiva, en algunos países con mayor subes- nifica cada uno de ellos en identificación humana.
tructura poblacional, como los grupos raciales de USA, Frecuencias alélicas. Las frecuencias alélicas se calcu-
algunos genetistas forenses ofrecen su dictamen interpre- lan dividiendo el recuento de cada alelo entre el total de
tándolo con las principales bases de datos disponibles (p. alelos de la población. La frecuencia del alelo x se expre-
ej., caucásico, hispano, africano y asiático-americano), para saría como f(x)= x/N, donde N es número total de x. Una
que el juez decida cuál tomar, al fin al, t odos l levan a l a frecuencia va de 0 a 1, pero pueden ser representadas tam-
misma conclusión. Sin embargo, no hacer la interpretación bién en porcentaje (%). En este apartado cabe señalar las
lo más correcta posible, bajo estándares internacionales, frecuencias alélicas mínimas (FAM). En un estudio pobla-
debilita un dictamen y puede hacerlo –inclusive- inadmi- cional la frecuencia de alelos raros suele estar mal estima-
sible. Siempre hay que hacerlo. da. Por tal motivo, se sugiere determinar las FAMs y no
usar frecuencias menores a este valor. El NRC propone la
siguiente fórmula: FAM= 5/2N, donde N es el número de
VALIDACIÓN POBLACIONAL DE individuos de la muestra, bajo la lógica de que para que
una frecuencia esté bien estimada debe haberse observado
PARÁMETROS FORENSES al menos cinco veces en la muestra.
Equilibrio Hardy-Weinberg (EHW). Establece que
cuando en la población los apareamientos son al azar, y no
Con lo revisado hasta ahora, es claro que se requieren es- tienen efectos significativos la mutación, migración, selec-
tudiar a las poblacionales previo a la generación de los per- ción, ni deriva génica, principalmente, las frecuencias de
files genéticos, para poder interpretarlos de manera alelos y genotipos permanecerán constantes de generación
adecuada. Estos estudios de validación forense-poblacio- en generación. Sin embargo, la aplicación más importante
nal surgen a partir de base de datos con perfiles genéticos. del EHW para la genética forense es que permite estable-
Aunque esto lo pueden hacer internamente los genetistas cer una relación matemática entre frecuencias de alelos y
forenses o laboratorios de paternidad, lo deseable es que genotipos mediante la fórmula del binomio al cuadrado:
los datos estén publicados en la literatura científica. En (p + q)2 = p2 + 2pq + q2, donde p y q representan la fre-
México ya se han reportado una gran cantidad de estudios cuencia de los alelos A y a, mientras p2 y q2 representan a
para diferentes poblaciones y sistemas genéticos, que se los genotipos homocigotos AA y aa, respectivamente,
presentan en el cuadro 3. mientras 2pq indica la frecuencia de heterocigotos en la
La validación forense-poblacional se realiza a dos ni- población. La aplicación de estas fórmulas en identifica-
veles, la primera es intrapoblacional, se estiman las fre- ción humana permite calcular la frecuencia de los genoti-
cuencias alélicas y frecuencias alélicas mínimas (FAM), se pos que constituyen un perfil de DNA a partir de las
determina el equilibrio Hardy-Weinberg (EHW) de cada frecuencias de los alelos involucrados, como se hizo en la

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marcador y se confirma el equilibrio de ligamiento (DL) figura 6. Para dudas adicionales sobre el EHW se sugiere
entre pares de STRs. Además, se estiman diferentes pará- revisar y hacer los ejercicios del apartado de genética de
metros forenses que –a priori–, es decir antes de emplearse poblaciones de este libro.
en pruebas reales, indican la diversidad y utilidad que Desequilibrio de ligamiento (DL). En la etapa final de
aportará cada marcador con diferentes fines, ellos son: he- la estimación de un perfil de DNA se aplica la regla del
terocigosidad (Het), poder de discriminación (PD), poder producto al multiplicar las frecuencias estimadas de cada
de exclusión (PE), contenido de información polimórfica genotipo, como se aprecia en la figura 6. Sin embargo, para
(PIC) e índice de paternidad típico (IPT). ello se debe demostrar que los alelos de cada par de STRs
La segunda validación forense-poblacional es interpo- no están asociados entre sí. Esto significa que la presencia de
blacional, donde se analizan principalmente las relaciones un determinado alelo no está condicionada por la presencia
genéticas y estructura de la población estudiada con res- de otro alelo en un locus diferente. Aunque esta prueba en
pecto a otras poblaciones –por lo general– cercanas. Esto realidad evalúa el equilibrio de ligamiento, es más común
suele ser importante porque, una vez establecidas regiones encontrar que se describe como prueba de desequilibrio de
geográficas sin diferenciar, es posible compartir bases de ligamiento (DL). A continuación, se describen los diferen-
datos entre poblaciones vecinas que no cuenten con una tes parámetros forenses a priori, que estiman el potencial
base de datos STR propia. Inclusive, a partir de estas bases que aporta un marcador o un sistema genético para resolver
de datos es posible estimar los ancestros de las poblaciones diferentes situaciones forenses en la población.
mestizas (europea, indígena y africana, principalmente), Parámetros de diversidad a priori. Se estiman de for-
como se ha hecho en dos estudios donde se han recopilado ma individual, por marcador o para todo un sistema genéti-
datos STRs de varias poblaciones en un análisis global a co. 1) Heterocigosidad (Het), representa la probabilidad de
 Tema web 3 ▌ Identificación humana 9

CUADRO 3. Estudios en poblaciones mexicanas para validar en uso de sistemas genéticos basados en STRs
autosómicos para identificación humana
Población Sistema genético Referencia

Jalisco, 3 etnias mexicanas 3 VNTRs, 4 STRs Rangel-Villalobos et al. 1999

Rangel-Villalobos et al. 2000
Nuevo León 13 STRs (CODIS) Cerda-Flores et al. 2002a

Chihuahua Identifiler (15 STRs) Martínez-González et al. 2005

México DF Profiler (9 STRs) Luna-Vázquez et al. 2003

Valle de Mexico DF Identifiler Luna-Vázquez et al. 2005

Región Central Identifiler Hernández-Gutiérrez et al. 2005

Campeche (Choles) Identifiler Sánchez et al. 2005

Veracruz Profiler Licea-Cadena et al. 2006

Meztitlán, Hidalgo Identifiler Gorostiza et al. 2007

Ciudad de México Identifiler Juárez-Cedillo et al. 2008

Mayas (Yucatán y Guatemala) Identifiler Ibarra Rivera et al. 2008

Huastecos Identifiler González-Martín et al. 2008

Jalisco, Puebla y Yucatán Identifiler Rubi-Castellanos et al. 2009

Contexto Nacional * CODIS-13 STRs Rubi-Castellanos et al. 2009

Guanajuato, Veracruz PowerPlex-16 Rangel-Villalobos et al. 2010

Nayarit, Yucatán PowerPlex-16 González-Herrera et al. 2010

Etnias de Oaxaca Identifiler Quinto-Cortés et al. 2010

Jalisco 9 STRs (Geneprint Silver) Rangel-Villalobos et al. 2010

Purépechas, Mayas y Triquis Identifiler Martínez-Cortes et al. 2010

Nayarit Identifiler Álvarez-Cubero et al. 2012

Región Centro Identifiler Noris et al. 2012

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Macías Vega et al. 2013

México, DF PowerPlex Fusion Ramírez-Flores et al. 2013

Amerindios Norte y Oeste (8) Identifiler Rangel-Villalobos et al. 2013

Amerindios Mesoamerica Identifiler Rangel-Villalobos et al. 2014

Occidente de México PowerPlex 21 Martínez-Sevilla et al. 2015

Contexto Latinoamericano* CODIS-13 STRs Salazar-Flores et al. 2015

39 grupos indígenas mexicanos Identifiler Rangel-Villalobos et al. 2016

Monterrey, NL (Noreste) PowerPlex Fusion, Globalfiler Ramos-González et al. 2016

Occidente de México PowerPlex Fusion Aguilar-Velázquez et al. 2016

* Análisis global a lo largo del territorio mexicano.

encontrar a un individuo heterocigoto en la población, o lo Poder de Exclusión (PE), es la probabilidad de excluir a un

que es lo mismo, de que dos alelos tomados al azar de la individuo falsamente implicado en una prueba de paterni-
población sean distintos. 2) Poder de discriminación (PD), dad; es decir, que su genotipo no concuerde con el hijo en
es la probabilidad de que dos individuos tomados al azar disputa. 4) El contenido de información polimórfica o PIC
tengan un genotipo diferente para el sistema genético. 3) por sus siglas en inglés polymorphism informativity content,
 10 Genética clínica

CUADRO 4. Estudio de 9 STRs autosómicos en una muestra de población mexicana (n= 150)
para validar su uso en identificación humana
Alelo CSF1P0 TP0X TH01 F13A01 FESFPS vWA D16S539 D7S820 D13S317

3.2 0.2270

4 0.1135

5 0.0031 0.2239

6 0.0031 0.2761 0.1472 0.0092

7 0.0061 0.0061 0.3037 0.2546 0.0031 0.0092

8 0.0123 0.5798 0.0644 0.0153 0.0061 0.0061 0.1012 0.0951

9 0.0337 0.0399 0.1472 0.0031 0.0123 0.1074 0.0736 0.1779

9.3 0.1718

10 0.2362 0.0399 0.0337 0.2423 0.1687 0.2730 0.0920

11 0.3221 0.2331 0.4479 0.2791 0.2822 0.2209

12 0.319 0.095 0.202 0.3098 0.2086 0.2485

13 0.064 0.003 0.003 0.077 0.0031 0.1135 0.0429 0.1288

14 0.006 0.003 0.009 0.0399 0.0153 0.0337

15 0.006 0.1043 0.0031

16 0.003 0.3313

17 0.2699

18 0.1718

19 0.0767

20 0.0031

Parámetros forenses
PD 0.8712 0.7881 0.9036 0.9196 0.8602 0.9154 0.9150 0.9148 0.9387

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PIC 0.6862 0.5511 0.7402 0.7681 0.6450 0.7348 0.7378 0.7522 0.7987

PE 0.4864 0.2638 0.5832 0.6762 0.3904 0.5177 0.4864 0.5609 0.7003

IP típico 1.90 1.18 2.40 3.13 1.54 2.04 1.90 2.26 3.40

Het 0.7362 0.5767 0.7914 0.8405 0.6748 0.7546 0.7362 0.7791 0.8528

Prob. 0.0870 0.25650 0.06850 0.2430 0.5050 0.60800 0.7690 0.2835 0.87750
(EHW)
Valor de probabilidad de la prueba de EHW; Heterocigosidad (Het); Poder de Discriminación (PD); Poder de exclusión (PE). Frecuencia alélica mínima= FAM=
5/300= 0.01667.

valora el polimorfismo en el contexto de mapeo de genes y INTERPRETACIÓN CASOS

diagnóstico indirecto. Si un marcador está ligado a un gen,
DE PATERNIDAD
sus alelos frecuentemente permiten identificar el cromoso-
ma mutado responsable de una enfermedad en una familia
o parentela. 5) Índice de paternidad (IP) típico, es un pará-
metro a priori que representa el IP promedio que se espera Índice de paternidad (IP) y probabilidad de paternidad
obtener cuando se aplica el marcador en las pruebas de pa- (W). En las pruebas de paternidad se valora esta relación
ternidad donde concuerda el supuesto padre e hijo. Más de parentesco entre lo que llamaremos un supuesto padre
detalles sobre el IP se explicarán en el siguiente apartado. (SP) y un hijo (H), participando o no la madre (M). Cuan-
 Tema web 3 ▌ Identificación humana 11

do existe esta relación biológica de parentesco, al compa- su hijo es 50%, ya que 15 es uno de los dos que tiene (½).
rar los perfiles genéticos de SP y H se espera que para cada En el denominador, la probabilidad de que H haya recibi-
STR compartan al menos un alelo. En la gran mayoría de do el alelo paterno, asumiendo que SP no es padre, se esta-
los casos se observan tres resultados: 1) no comparten nin- blece por la frecuencia de dicho alelo, que es la probabilidad
gún alelo SP y H para dos o más STRs, por lo que se esta- de encontrarlo al azar en la población. Se presenta a mane-
blece una exclusión de paternidad. Este resultado –con ra de resumen la combinación de genotipos y fórmulas
algunas consideraciones– generalmente es incuestionable para estimar el IP en los casos estándar (cuadro 5). Des-
(ver apartado de exclusiones). 2) No concluyente, por di- pués se explicarán en detalle cada uno de ellos. Nótese que
versas causas no se llega a una confiabilidad aceptable para siempre se parte del genotipo del hijo, lo cual es importan-
establecer la paternidad. 3) Para todos los STRs del perfil te para entender su lógica.
genético el SP y H comparten un alelo, por lo que no se Paternidad trio: Es el caso ideal donde participan am-
puede excluir la paternidad y se puede interpretar como bos padres. Se expone un ejemplo donde ambos padres
que SP es el padre biológico de H. Antes de llegar a esta son 15/16 y H es 15/15 (figura 7). Numerador: asumien-
conclusión se debe hacer una valoración estadística, que do paternidad (X), la probabilidad que SP herede el 15 a
surge de contestar la siguiente pregunta: ¿qué tan proba- H es 0.5, la misma que M herede el otro alelo 15 (X=
ble sería que el perfil de DNA de cualquier persona, que 0.5*0.5). Denominador (Y): Asumiendo la hipótesis de
NO sea el padre biológico, hubiera coincidido por azar no paternidad (Y), entonces la probabilidad de que H
con el perfil de DNA del hijo en disputa? Análogo a la haya recibido el alelo 15 de “otro” individuo, es la frecuen-
interpretación en casos criminales, se estima un LR que cia del alelo 15 en la población (p15). Como de M no se
compara la hipótesis de paternidad (X), que SP es el padre duda (no es prueba de maternidad), entonces la probabi-
biológico de H, contra la hipótesis de no-paternidad (Y), lidad de que M le haya dado el otro 15 queda igual que en
es decir: LR= X/Y. Sin embargo, en paternidad el LR es el numerador 0.5 (Y= p15*0.5). Se simplific a la fórmula
descrito como índice de paternidad (IP) y así, en lo sucesi- eliminando 0.5 en numerador y denominador y se
vo. El IP indica cuántas veces es más probable haber en- obtiene la fórmula del Cuadro 5: 1/2a.
contrado la concordancia SP-H asumiendo que sí es el
padre biológico, respecto a que hubiera concordado un
individuo tomado al azar de la población. CUADRO 5. Combinaciones de genotipos
y fórmulas para estimar el IP en casos
Siguiendo la lógica de la interpretación de casos crimi- estándar de paternidad
nales, se usa el Teorema de Bayes para evaluar la paternidad
(odds a posteriori = LR x odds a priori). Sin embargo, en la Paternidad trío
gran mayoría de los casos el odds a priori no modifica al IP Hijo (H) Madre (M) S. Padre IP (X/Y)
porque suele asignarse la misma probabilidad a favor y en (SP)
contra de la paternidad, lo que signifi ca que puede obviarse
AA AA, AB AA 1/a
al ser igual a uno (odds a priori= pat/no pat= 0.5/0.5= 1). AB, AC 1/2a
Por lo tanto, el odds posteriori es igual al IP. Ahora, el IP AB AA, AC BB 1/b
puede ser transformado a probabilidad de paternidad, des-
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AB, BC, BD 1/2b

crita como W, inicial de la palabra wahrscheinlichkeit (pro- AB AB AA, BB, AB 1/(a+b)
babilidad en alemán). Para ello, se usa la fórmula antes AC 1/2(a+b)
aplicada en el cuadro 2 para un caso criminal, pero que se
Paternidad duo
simplific a p or e l u so d e u na p robabilidad i nicial d e 0 .5,
quedando como: W= IP/ IP + 1. Por ejemplo, un IP de Hijo Progenitor IP (X/Y)
1000 se convierte en W= 99.9% (IP=1000/1001 =0.999).
AA AA 1/a
Conceptos básicos para estimar el IP. Al interpretar la AB 1/2a
relación de paternidad se asume que se cumplen varios
AB AA 1/2a
supuestos: ambos progenitores (SP y M) no están empa- AB (a+b)/4ab
rentados, la población está en EHW, los marcadores son AC 1/4a
codominantes, se heredan de forma mendeliana y son in-
Caso de identificación
dependientes entre sí, además, no existen mutaciones ni
alelos silentes (null). También vale la pena aclarar cómo se Hijo S. madre-padre IP (X/Y)
estiman las probabilidades de transmisión del alelo del SP AA AA-AA 1/a 2
a H, ya que son fundamentales para entender cómo se es- AA-AB 1/2a2
tima el IP. Para el numerador, donde se asume la paterni- AB-AB, AB-AC 1/4a2
dad (X), si el SP es homocigoto (p. ej., 9), la probabilidad AB AA-BB 1/2ab
de que herede el alelo 9 a H es 1 (100%), ya que es el AA-AB, AA-BC 1/4ab
único que tiene. Mientras cuando el SP es heterocigoto AB-AB 1/4ab
AB-AC, AC-AB, AC-BD 1/8ab
(ejem. 15/16), la probabilidad de que herede el alelo 15 a
 12 Genética clínica

Inferencia de la fórmula de IP en trío. La flecha (→) indica que un progenitor “hereda” cierto alelo STR descrito
FIGURA 7
como un número.

Paternidad dúo: no participa uno de los progenitores, (equivalente a un IP de 400) que se traducía como “pater-
por lo general la madre. No es lo ideal, ya que puede haber nidad prácticamente probada”. Dados los alcances que la
exclusiones no detectadas. Por ejemplo, si el SP es 11/12 y tecnología ofrece actualmente, este límite sería franca-
H es 12/13, cómo no se cuenta con la madre se asume que mente insuficiente. Aunque desde el punto de vista legal
el 12 lo recibió del padre. Sin embargo, esto sería falso si la no se ha establecido dicho límite en todos los países; valo-
mamá fuera 12/12, ya que el padre biológico debería tener res recomendables van de 99.9 (IP= 1000) a 99.99% (IP=
el alelo 13. De hecho, los IPs por marcador tienden a ser 10 000). Con los kits de paternidad menos potentes que
menores que en los casos trío, inclusive pueden ser meno- analizan 15 STRs, en general no hay problemas para alcan-
res a uno, lo que estadísticamente favorece la hipótesis de zar esos niveles.
que “otro” es el padre biológico y no el SP. Esto sucede Los valores de IP de una prueba de DNA pueden dis-
cuando el alelo concordante entre SP y H tiene una fre- minuir por varios motivos, como presencia una mutación,
cuencia muy alta (p. ej., > 50%). alelos silentes (null), resultados parciales por degradación
Casos de identificación: en estos casos se duda de la de la muestra, o la no inclusión de la madre, como uno de
relación de parentesco de ambos progenitores con respec- los más comunes. De hecho, la combinación de dos de es-
to a un hijo en duda donde se aplican fórmulas del cuadro tos factores puede declarar un resultado inconcluso, al no
5. Esta situación surge, por ejemplo, en hospitales cuando llegar al límite establecido por el laboratorio (p. ej., 99%).
se cree que el hijo recién nacido ha sido cambiado en el Con base en la experiencia, la combinación de tres facto-
hospital por algún descuido, por su fenotipo, por presentar res que llevan a obtener valores relativamente bajos (W<
algún problema de salud, etc. Esta situación también sur- 99%): 1) presencia de mutaciones o alelos silentes; 2) ca-
ge; por ejemplo, cuando a una pareja busca a un hijo desa- sos dúo, que son la mayoría de casos en nuestro laboratorio
parecido y se piensa que unos restos óseos pudieran ser los (77%) donde -por lo general- no participa la madre; 3) uso

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de su familiar. En los casos de identificación, los IP estima- de sistemas genéticos tradicionales de 15 STRs. En esta
dos son más elevados que en los casos trío y dúo, ya que es situación simplemente se puede reportar el valor obtenido
más difícil que el par de genotipos de una pareja concuer- y sugerir que se integre a la madre al estudio, si se quiere
den al azar con el genotipo de una persona tomada al azar, aumentar la confiabilidad (IP o W). Esto sería válido para
por lo que se llega a conclusiones muy sólidas. los laboratorios privados, quienes pueden limitarse a re-
W e IP combinado: las fórmulas antes descritas sirven portar el valor de W e IP obtenido a partir del sistema ge-
para estimar el IP para cada marcador empleado en la nético ofertado. Por el contrario, los laboratorios del estado
prueba de paternidad. Con estos valores se aplica la regla pueden incrementar el número de marcadores o sistemas
del producto para obtener un IP combinado, que a su vez genéticos analizados hasta llegar a obtener valores útiles
sirve para estimar la probabilidad de paternidad [W= IP/ en el contexto de la impartición de justicia.
(IP+1)]. Para notar las diferencias entre los IP y W que se Otra posibilidad en el contexto legal para manejar los
generan en los tres casos de parentesco dúo, trío e identifi- IPs relativamente bajos es por parte del juez, quién tiene
cación, se presenta una comparativa a partir de los mismos la facultad de cambiar el odds a priori tradicional de uno, y
perfiles de DNA en los participantes (cuadro 6). Sobre el aplicar el Teorema de Bayes para llegar a conclusiones de-
nivel de confianza requerido para establecer una paterni- finitivas; como se hizo para evaluar el LR en el cuadro 3.
dad, se han propuesto varios enunciados para interpretar Por ejemplo, si se considera que la pareja involucrada ya
la probabilidad de paternidad (W). Entre los más famosos vivía junta, tienen más hijos o viven en una comunidad
están los postulados de Hummel, que incluso a la fecha muy aislada, el juez podría asignar un odds a priori de 10 a
son citados por algunos laboratorios en sus reportes. En los uno a favor de la paternidad, con lo que un IP de 100
postulados de Hummel el límite máximo era W≥ 99.73% se convierte en 1000, cambiando W de 99 al 99.9%.
 Tema web 3 ▌ Identificación humana 13

CUADRO 6. Estimación del IP individual, IP combinado y W en casos estándar de paternidad: tío, dúo e
identificación
Marcador Genotipos Frecuencias IP Trío IP dúo IP
STR hijo Identificación
SP Madre Hijo/a

D8S1179 8 14 10 13 8 10 0.172 0.262 2.9070 1.4535 2.7738

D21S11 29 30 28 29 28 30 0.365 0.277 1.8051 0.9025 1.2363

D7S820 10 12 9 12 9 10 0.331 0.066 7.5758 3.7879 5.7219

CSF1PO 10 12 10 12 0.277 0.241 3.6101 1.8051 7.4899

D3S1358 15 16 16 18 16 0.289 1.7301 1.7301 2.9933

TH01 6 9.3 7 9.3 7 9.3 0.073 0.023 5.2083 10.8696 74.4491

D13S317 9 12 11 14 11 12 0.012 0.276 1.8116 0.9058 37.7415

D16S539 9 12 11 12 12 0.435 1.1494 1.1494 1.3212

D2S1338 17 19 22 25 19 22 0.293 218 1.7065 0.8532 0.0020

D19S433 13 15 13 13.2 13 0.153 3.2680 3.2680 10.6797

VWA 16 17 16 17 16 17 0.787 0.165 1.0504 1.8328 1.9252

TPOX 8 11 8 8 0.427 1.1710 1.1710 2.7423

DS18S51 12 15 13 17 12 13 0.224 0.073 2.2321 1.1161 7.6443

D5S818 12 13 11 12 12 0.107 4.6729 4.6729 21.8360

FGA 21 19 20 19 21 0.069 0.444 2.2523 1.126126 8.1603

AMELY X Y X X X X IP combinado IP combinado IP combinado IP combinado

W 99.99977% 99.9838% 99.9999996%

Exclusiones. Existen dos tipos básicos de exclusiones. den llegar a conclusiones más seguras, para tranquilidad
Aquellas denominadas de segundo orden, que son aque- del cliente y el laboratorio.
llas donde SP y H son homocigotos para alelos diferentes. Las recomendaciones de la International Society of
Prácticamente todas las demás serían de primer orden, Forensic Genetics (ISFG) indican que cada laboratorio es
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cuando además de no compartir alelos SP y H, al menos responsable de definir sus criterios de exclusión, preferen-
uno de ellos es heterocigoto. Esta clasificación tiene por temente bajo un umbral de IP. Aunque de forma clásica se
objetivo diferenciar a las exclusiones que tienen menos establecía la no-paternidad con más de una exclusión de
peso por ser relativamente frecuentes, ya que las de segun- primer orden, o más de dos de segundo orden, la
do orden pueden tener un origen técnico-biológico sin im- tendencia es actuar de forma menos categórica en estos
plicar la no-paternidad, al ser explicables por mutaciones casos. También la ISFG ha propuesto considerar hasta
puntuales o deleción en el sitio donde anilla el primer, lo tres exclusiones, que en IP equivalen a 4600 a favor de
que impide su amplificación por PCR. De manera que el la no paternidad.
SP, si fuera el padre de H, le estaría heredando un alelo Mutaciones. En un caso típico de mutación en una
silente o “invisible” que los convierte en falsos homocigo- prueba de DNA, se observaría que para todos los STRs
tos tanto al SP como a H (figura 8). analizados comparten alelos SP y H, excepto para un STR
En un caso de paternidad trío analizando 15 STRs, es que constituye una exclusión aislada y sugiere que se trata
típico encontrar de 7 a 10 exclusiones, lo que no significa de una mutación. Un dato útil para valorar si se trata de
que no se puedan encontrar en un caso con sólo 2 o 3 una mutación o es una verdadera exclusión, indicativa
exclusiones, u otros con 12. Sin embargo, en casos de pa- de no paternidad, es conocer cómo mutan los STRs. En
ternidad dúo, con un solo progenitor, el número de exclu- general, desde hace tiempo es bien aceptado el modelo
siones típico es menor, entre 4 y 5, por la información de mutación de paso discreto, el cual se describirá por sus
genética que se pierde y reduce el número de exclusiones siglas en inglés como SMM (single-step mutation model).
que se espera encontrar. Como se mencionó antes, au- Este modelo plantea que las mutaciones en STRs se origi-
mentando el número de marcadores investigados se pue- nan por deslizamiento de la DNA polimerasa, que al repli-
 14 Genética clínica

Se muestran los perfiles de DNA para tres STRs en una paternidad trío con dos situaciones. VWA presenta una
FIGURA 8 exclusión de 1er orden. TPOX y D18S51, muestran exclusiones de 2do orden al ser homocigotos SP y H para
alelos diferentes.

car secuencias repetidas en el DNA incluye algunos yente, y solicitar que se incluya a la madre (en su caso) o
repetidos de más o de menos, por lo que los cambios se recomendar la ampliación de la prueba analizando más
dan –preferentemente– paso a paso, la probabilidad de pa- STRs o sistemas genéticos alternos. Por otro lado, si alguna
sos mayores se ha estimado que disminuye 1/10 del paso exclusión aislada se puede interpretar como una mutación
previo. De hecho, el fenómeno de sttuter en los electrofe- asumiendo la paternidad, se procede a estimar los IPs co-
rogramas de perfiles genéticos es congruente con el mode- rrespondientes. La tasa de mutación se representa con el
lo SMM (véase figura 4). Por ejemplo, sin contar los alelos símbolo mu (μ) y se ha estimado tanto para los STRs au-
maternos, la presencia de un alelo 12 en el SP y 15 en H es tosómicos en forma general, como por STR individual,
una exclusión muy potente que favorece la hipótesis de con rangos que van desde 0.01166% (TPOX) hasta
no-paternidad, ya que no se ajusta a la forma en que mu- 0.635% (SE33). Los valores de μ parece que no difieren
tan los STRs. Por el contrario, si para un STR el SP es 12 y entre poblaciones, pero si presentan variaciones según el
H es 13, y además es la única exclusión, se puede tratar de tamaño de muestra empleado para hacer la estimación. Lo
una mutación y se debe evaluar estadísticamente. que si se ha confirmado son diferencias entre hombres y

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En breve, algunos criterios para pensar que ciertas ex- mujeres, donde –en general– los varones presentan tasas
clusiones observadas son en realidad mutaciones, es decir de mutación más elevadas.
que existe un vínculo de paternidad, son: 1) exclusiones ais- Se han descrito varias fórmulas para estimar IP en ca-
ladas, por lo general uno o dos; 2) valorar exclusiones de se- sos de mutación, inclusive algunas considerando el SMM.
gundo orden; 3) si son exclusiones de primer orden, que se Sin embargo, una de las más sencillas es la sugerida por la
apeguen al SMM; y 4) en casos trío, esto se confirma al cal- American Association of Blood Banks (AABB): IP= μ/PE.
cular el IP con las demás concordancias entre SP y H, cono- La lógica de este IP es que compara la probabilidad de
cido como IP residual, que es muy elevado. 5) En casos dúo paternidad explicada por mutación (μ) en el STR involu-
las exclusiones aisladas (1 o 2) tendrían menos peso por la crado, entre el PE del marcador que representaría la pro-
probable existencia de exclusiones adicionales no evidentes. babilidad de que un hombre al azar tenga un genotipo
Si las exclusiones observadas, considerando los crite- inconsistente con paternidad. Las estimaciones de µ para
rios anteriores, llevan a determinar la exclusión definitiva los STRs usados en identificación humana están disponi-
de paternidad, no es recomendable reportar el IP residual, bles en los reportes anuales de la AABB (p. ej., http://
el cual genera incertidumbre de la prueba, pero se puede [Link]/sa/facilities/Documents/[Link]) y
estimar como control interno. En casos de exclusión tam- un resumen se puede consultar en la página del NIST, si-
poco es recomendable estimar IP individuales. Algunos glas en inglés de National Institute of Standards and Tech-
laboratorios ponen cero en el IP combinado para evitar nology ([Link]
suspicacias. En los casos con bajo número de exclusiones Por su parte, el PE está disponible en estudios poblaciona-
(2 o 3), el IP residual es útil para que el laboratorio o ana- les como los descritos en los cuadros 3 y 4. La ventaja de
lista tome la decisión de declarar un resultado no conclu- esta propuesta es que se pueden generar con antelación
 Tema web 3 ▌ Identificación humana 15

tablas de IP en casos de mutaciones para todos los STRs, y CUADRO 7. Fórmulas para calcular el índice de
cuanto se requiera aplicarla al STR mutado. Para TPOX paternidad cuando se infiere presencia de alelos
con la μ arriba mencionada y el PE correspondiente al cua- silentes en una exclusión de segundo orden
dro 4, este IP sería 0.000442 (0.0001166/0.2638).
Genotipos Índice de paternidad (IP)
Sobre el impacto de este IP para mutaciones en un caso
real, vamos a sustituir el IP de TPOX del cuadro 6 para el SP M H Fórmula
caso dúo (IP= 1.171), por el IP para mutación (0.000442). Trío A B B o(b+o)/(a+2o) [(b+o)2+bo]
Esto disminuye el poder de la prueba de la siguiente manera:
IP total= 6172 a 2.33, y W= 99.98 a 69.967%. Por el contra- Trío A BX B o/(a+2o)(b+o)
rio, en un caso trío la disminución sería la siguiente: IP total= sin madre A - B o/(a+2o)(b+2o)
433931 a 164, y W= 99.9998 a 99.39%.
Alelos silentes (null). Recordando, en una prueba de o= frecuencia de alelos silentes = FAM.
paternidad donde se infiere la presencia de un alelo silente
se observa como una exclusión aislada donde SP y H son
paternidad se enfrentan a casos complejos donde los STRs
“falsos” homocigotos para alelos distintos (figura 8). Aun- autosómicos son poco informativos, independientemente
que en los últimos años ha disminuido el impacto de los del número de marcadores empleados. Por tal motivo, ac-
alelos silentes debido a la modificación de primers o uso tualmente la mayoría de laboratorios de genética forense
de primers degenerados en los kits de identificación huma- disponen de marcadores de linaje como el DNA mitocon-
na, si se siguen observando y hay que tenerlos en cuenta. drial (mtDNA), el cromosoma Y, y recientemente han in-
De ser posible, es recomendable confirmar la presencia de troducido a los STRs del cromosoma X (X-STRs) a la
un alelo silente aplicando otro kit, o amplificando el STR batería de marcadores disponibles para análisis de rutina.
en cuestión con otro par de primers. Las formulas son rela- Los polimorfismos en el mtDNA son heredados directa-
tivamente sencillas y se muestran en el cuadro 7. Tal vez lo mente (sin recombinar) de las madres a todas sus hijas,
más complicado es estimar la frecuencia de alelos silentes, formando linajes maternos. Su contraparte, el cromosoma
para lo cual se recomienda usar las frecuencias alélicas mí- Y, se hereda de padres a hijos varones, formando linajes
nimas (FAM), la cual es fácilmente estimable con el tama- paternos (figura 9). De manera que todos podemos asegu-
ño de la base de datos del estudio (FAM= 5/2N). rar que nuestro mtDNA es igual al de nuestra madre,
abuela, bisabuela, etc., y los varones que su cromosoma Y
es prácticamente igual al de su padre, hermanos, abuelo,
IDENTIFICACIÓN HUMANA CON EL etc. Exceptuando los cambios o mutaciones que se acu-
CROMOSOMA Y mulan en cada generación. A esta gran cantidad material
genético que se hereda en bloque se le llama haplotipo
Conceptos generales de marcadores de linaje. Aunque los mitocondrial y del cromosoma Y, respectivamente. Debi-
STRs autosómicos son los marcadores de elección para do al ligamiento o herencia en bloque, tanto para el mtD-
identificación humana, eventualmente los laboratorios de NA como para el cromosoma Y, la frecuencia alélica de los
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Comparación de la linajes paternos (cromosoma Y) y maternos (mtDNA) respecto a los autosómicos. Mientras los
FIGURA 9 autosómicos se mezclan por recombinación en cada generación, el cromosoma Y se pasa directo de padres a
hijos varones, y el mtDNA (circular) sólo es transmitido por las mujeres.
 16 Genética clínica

polimorfismos no puede multiplicarse para obtener la fre- Por este motivo, en lo que resta del capítulo nos referire-
cuencia de los haplotipos (regla del producto). Por este mos exclusivamente a marcadores localizados en la región
motivo, los haplotipos del mtDNA y cromosoma Y no son no recombinante del cromosoma Y (figura 10).
tan discriminativos como los obtenidos tradicionalmente La herencia del cromosoma Y es aprovechada para
con STRs autosómicos, sin dejar de ser útiles para resolver abordar distintas situaciones en identificación humana. En
casos que antes se hubieran almacenado sin respuesta. forense, su potencial es obvio considerando que la gran
Esto además obliga a obtener las frecuencias haplotí- mayoría de casos en contra de la libertad sexual (99%) y
picas por el método de conteo para interpretar los casos crímenes violentos (93%) son llevados a cabo por varones.
criminales o de parentesco, a diferencia de los perfiles con Entre las ventajas que aportan los haplotipos del Y pode-
STRs autosómicos donde la aplicación del equilibrio Har- mos mencionar las siguientes: 1) casos de violación, per-
dy-Weinberg y la regla del producto facilitan estimarlos mite resolver mezclas de DNA femenino y masculino en
indirectamente. Por fortuna, ya se cuentan con bases de casos de violación, aún con una baja proporción de éste
datos de gran tamaño para obtener ambas frecuencias ha- último se obtiene el perfil genético exclusivo del perpetra-
plotípicas y aprovechar las propiedades de estos sistemas dor. De manera similar permite obtener perfiles a partir de
genéticos que se describen en este capítulo. Para terminar, evidencia mínima con células del atacante (p. ej., uñas). Es
se describirán en este apartado a los marcadores STRs del útil en casos de azoospermia o sin semen, donde no se
cromosoma X (X-STRs), cuya variabilidad y herencia puede hacer extracción diferencial de espermatozoides.
particular también facilitan abordar casos complejos de Permite estimar el número de agresores en violaciones tu-
paternidad antes fuera del alcance de la batería de marca- multuarias, debido a que se espera para la mayoría de Y-
dores que hemos descrito hasta ahora. STRs un solo alelo. Ofrece gran capacidad de discriminación
Características y aplicaciones del cromosoma Y. El y permite indagar sobre el origen o relación patrilineal del
cromosoma Y determina del sexo masculino en el huma- perpetrador. 2) Paternidad y personas desaparecidas, en
no. La mayor parte de este cromosoma (~95%) se hereda casos donde el hijo es varón, se puede determinar la pa-
de padres a hijos varones de manera directa, sin recombi- ternidad o relación de parentesco sin el padre biológico,
nar, lo que establece una herencia paterna. El 5% restante mediante el análisis de parientes vía paterna (figura 11).
en los extremos del cromosoma Y si recombina con su Permite confirmar paternidades en casos dudosos por la
homólogo el cromosoma sexual X, por lo que le conoce presencia de dos o tres mutaciones con STRs autosómicos
como región pseudoautosómica del cromosoma Y (RPA), y ofrece gran capacidad de exclusión. 3) Análisis histórico
y es de poco interés con fines de identificación humana. de genealogías, permite analizar la pertenencia de un indi-

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Regiones no recombinante y pseudoautosómica (RPA) del cromosoma Y. Se representa un ejemplo de haplotipos

FIGURA 10
Y-STRs.
 Tema web 3 ▌ Identificación humana 17

Uso de SNPs y STRs del cromosoma Y para establecer una paternidad sin el padre, comparando el haplotipo con
FIGURA 11
varones emparentados vía paterna.

viduo a cierto linaje paterno, lo cual se puede contrastar Y-SNPs permite indagar el origen geográfico vía paterna
con el análisis de apellidos paternos. 4) Estudios evoluti- del individuo (europeo, nativo americano, africano, asiáti-
vos y de migración humana. Ha permitido confirmar el co, etc.), lo que puede ser de interés en investigaciones
origen, proceso de migración y poblamiento del planeta criminales. Sin embargo, debido a que el haplogrupo po-
por parte del H. sapiens. dría no tener relación –en absoluto– con las características
Entre sus desventajas destaca la necesidad de confir- fenotípicas del individuo, su uso en identificación humana
mar con STRs autosómicos la concordancia encontrada es muy limitado. Por el contrario, en investigaciones histó-
del inculpado con la evidencia criminal o de parentesco. ricas y antropología molecular, junto con el mtDNA, han
Esto se debe a que los haplotipos del Y se comparten entre sido una herramienta valiosa que ha evidenciado aspectos
parientes de un linaje paterno, los cuales suelen agruparse relevantes sobre la historia y evolución humana.
dentro de las poblaciones de formas muy particulares de Por otro lado, los marcadores multialélicos representa-
acuerdo con sus historias. En su defecto, se debería tratar dos por los Y-STRs, con mayor polimorfismo y tasa de mu-
de descartar esta posibilidad. En paternidad, una desventa- tación, constituyen los marcadores de elección –ligados al
ja muy obvia es que no aplica para relaciones padre-hija, Y– en identificación humana. Los perfiles genéticos del
éstas últimas sin dicho cromosoma. cromosoma Y se generan a partir de Y-STRs con las mis-
Marcadores del cromosoma Y. Existen dos tipos bási- mas técnicas que los STRs autosómicos, involucrando
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cos de marcadores en el cromosoma Y según su grado de PCR multiplex y EC con detección multifluorescente.
polimorfismo, tasa de tasa de mutación (μ) e información El número de Y-STRs empleados en genética forense
que ofrecen para identificación humana. Por un lado, se se ha modificado durante el tiempo. Aunque se han iden-
tienen los marcadores bialélicos, que incluye inserciones tificado más de 700 Y-STRs a lo largo del cromosoma Y
deleciones (indels) y SNPs de cromosoma Y, a los cuales humano, sólo un número limitado de ellos se emplean
por simplicidad describiremos genéricamente como Y- para obtener perfiles genéticos. En 1997 se recomendó el
SNPs. Los Y-SNPs tienen una tasa de mutación muy baja uso de 9 Y-STRs para obtener perfiles genéticos de varo-
(1x 10 E-9), lo que los hace eventos únicos o casi únicos e nes: DYS19, DYS385, DYS389I y II, DYS390, DYS391,
irrepetibles durante el transcurso de la evolución humana. DYS392, DYS393, que constituyeron el llamado haplo-
Las combinaciones de Y-SNPs determinan haplotipos evo- tipo mínimo, al que luego fueron añadidos DYS438 y
lutivamente estables, llamados haplogrupos, siguiendo la DYS439. Estos Y-STRs son los mejor caracterizados en
nomenclatura sugerida por expertos del Y-Chromosome condiciones de PCR, nomenclatura y estructura de su se-
Consortium (YCC, 2002) (véase figura 2). La estabilidad y cuencia, así como en sus frecuencias alélicas a nivel mun-
tipo de herencia de los Y-SNPs ha facilitado la reconstruc- dial. Ellos forman el núcleo del Y-chromosome haplotype
ción de sus relaciones ancestrales, describiendo cómo y reference database, más bien conocido como YHRD
dónde se han diversificado durante el proceso de migra- ([Link] y fueron seleccionados por el Scientific
ción y poblamiento del planeta. Las relaciones entre los Working Group on DNA Analysis Methods (SWGDAM)
principales haplogrupos nombrados de letra A a la T están para análisis forense de DNA en USA y Europa. Desde
definidas en un árbol filogenético actualizado cada año entonces, el incremento en el número de Y-STRs analiza-
([Link] De manera que el análisis de dos ha estado ligado a su implementación en kits comer-
 18 Genética clínica

ciales, por la facilidad de análisis. Dentro de los avances Se muestra un electroferograma que muestra un haplotipo
más significativos en cuanto los Y-STRs empleados en del kit PowerPlexY-23 (figura 12).
genética forense se encuentra un panel de Y-STRs de En la mayoría de Y-STRs sólo se observa un alelo (pico),
mutación rápida (RM Y-STRs) identificado en el 2010. a excepción del locus DYS385 que muestra una combina-
Este panel está compuesto por 13 marcadores con tasas ción alélica parecida a un genotipo, que lo hace altamente
de mutación por arriba de 1x10-2, alta respecto a la ma- discriminativo. Cabe aclarar DYS385 es considerado como
yoría de Y-STRs usados en forense, con tasas cercanas a dos Y-STRs en cuanto al número de loci que reportan los
1x10-3. Después se demostraron sus aplicaciones en ge- kits. En los kits más recientes, PowerPlex Y-23 y Y-filer plus,
nética forense, debido a su mayor diversidad haplotípica se incluyen dos y seis RM Y-STRs, respectivamente, los cua-
y capacidad de discriminación. Dicho panel de RM Y- les deben ser tomados en cuenta en casos donde se usen los
STRs ofrece el poder de diferenciar cerca del 50% de los kits para establecer vínculos de parentesco vía paterna, para
dúos padre-hijo y 60% de hermanos, respecto al 7.7 y evitar falsas exclusiones. Además, el Y-filer plus incluye algu-
8% que ofrece el kit Y-filer, que se describe en el siguien- nos marcadores de copia única, es decir que no varían en
te apartado. tamaño, pero su amplificación permite detectar deleciones
Kits para obtener haplotipos Y-STRs. El kit Power- en algunas regiones del cromosoma Y.
Plex Y (Promega Corp), fue la primera alternativa amplia- En un estudio comparativo de los cuatro kits Y-STRs
mente comercializada para el análisis de Y-STRs debido a se analizaron 948 varones (N) y se determinaron los si-
que obtenía el haplotipo mínimo antes descrito. Después, guientes valores de capacidad discriminatoria (# haploti-
se integró el kit Y-filer (Applied Biosystems) que por su ma- pos diferentes/N): PowerPlex Y= 86.08% (816/948);
yor informatividad desplazo en gran medida al anterior y Y-filer= 98.1 % (930/948); PowerPlexY-23= 99.68 %
fue la referencia en identificación humana durante varios (945/948); Y-filer plus= 99.79 % (946/948). Como con-
años. En el 2012 se lanzó el kit PowerPlex Y-23, y al si- clusión, a partir del sistema con 17-STRs se observan ca-
guiente año el Y-filer plus, los cuales aportan mayor infor- pacidades elevadas de discriminación, mientras entre los
matividad a los haplotipos Y-STRs, ya que analizan 23 y dos kits de nueva generación su capacidad, ya cercana al
27 Y-STRs, respectivamente. Se describen los Y-STRs que 100%, no cambia de manera importante.
conforman cada uno de estos kit comerciales (cuadro 8). Interpretación del cromosoma Y. En un caso criminal
con alguna evidencia biológica (p. ej., mancha de semen) o
caso de paternidad padre-hijo donde se obtienen correcta-
CUADRO 8. Kits más importantes para el análisis mente haplotipos Y-STRs, hay tres resultados posibles: 1)
de Y-STRs. Se indica nombre, marca y número de exclusión: si no concuerdan, se excluye al individuo como
los marcadores que incluyen fuente de la evidencia o como padre del hijo en disputa. 2)
Marca, kit Marcadores de cromosoma Y No concluyente: para estos sistemas, por la tasa de muta-
N° Y-STRs incluidos ción un poco mayor de los Y-STRs y que los haplotipos se
PROMEGA DYS19, DYS389I, DYS389II, DYS390, heredan en linajes paternos, suele ser más común que no
PowerPlex Y DYS391, DYS392, DYS393, DYS385a/b, se pueda concluir un resultado definitivo, principalmente
12 Y-STRs DYS43, DYS439 y DYS437 (Haplotipo en casos de parentesco. 3) No se puede excluir: comienza

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mínimo) el proceso de interpretación estadística que requiere cono-
Applied Biosystems DYS19, DYS389I, DYS389II, DYS390, cer la frecuencia del haplotipo para estimar la razón de
Y-filer DYS391, DYS392, DYS393, DYS385a/b, verosimilitud (LR).
17-Y-STRs DYS439, DYS437, DYS456, DYS635,
Debido a la falta de recombinación entre Y-STRs, la
DYS438, GATA-H4, DYS448.
frecuencia haplotipica requiere ser obtenida de conteo di-
PROMEGA DYS19, DYS389I, DYS389II, DYS390,
recto de haplotipos en una muestra poblacional o base de
PowerPlex Y-23 DYS391, DYS392, DYS393, DYS385a/b,
23 Y-STRs DYS439, DYS437, DYS456, DYS635, datos. Sin embargo, debido al gran polimorfismo de los ha-
DYS438, GATA-H4, DYS448, DYS481, plotipos Y-STRs, la mayoría de haplotipos observados en
DYS549, DYS553, DYS643*, DYS458, los estudios poblacionales son únicos. Esto significa que
DYS570, DYS576 habría muchos haplotipos no detectados. En otras pala-
Applied Biosystems DYS19, DYS389I, DYS389II, DYS390, bras, el tamaño sí importa, ya que el tamaño de la base de
Y-filer plus DYS391, DYS392, DYS393, DYS385a/b, datos hace la diferencia cuando se trata de estimar la fre-
26-Y-STRs DYS439, DYS437, DYS456, DYS635, cuencia de un haplotipo Y-STR. Por tal motivo, se han ge-
DYS438, GATA-H4, DYS448, DYS481,
DYS549, DYS553, DYS458, DYS570,
nerado diversas bases de datos que han acumulado miles
DYS576, DYS627, DYS518, DYS449, de haplotipos Y-STRs, donde destaca la del YHRD que se
DYS387S1a/b explicará en el siguiente apartado. Con la frecuencia del
**DYS460, **DYS553, **DYS481 haplotipo estimada en la base de datos se obtiene el LR (p.
En negritas se especifican Y-STRs de mutación rápida (RM Y-STRs). ej., 1 en 100 000; LR= 100 000 = 1 E+5). Se ha propuesto
* DYS643, marcador omitido en el kit Y-filer plus. integrar este valor al LR obtenido con STRs autosómicos
** Marcadores de copia única, útiles para evaluar deleciones cromosómicas.
(p. ej., LR= 1 E+9), multiplicando ambos valores (LR
 Tema web 3 ▌ Identificación humana 19

Electroferograma con el sistema PowerplexY-23 (Promega Corp.)

FIGURA 12
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combinado= 1 E+14). Sin olvidar que el IP es un LR, por la YHRD de origen europeo (Y-chromosome haplotype refe-
lo que también aplica a situaciones de parentesco. rence database), que destaca por su fácil acceso, control de
Sobre esta la propuesta de combinar LRs (autosómico calidad y cribado de la información para disminuir
x cromosoma Y), han surgido críticas debido a que el ha- errores, además de representatividad con 265,324
plotipo se comparte en un linaje paterno, por lo que se haplotipos (última visita: noviembre 2018), entre ellos once
podría involucrar también al hermano, padre, primo, tío, poblaciones mestizas mexicanas y varias de Latinoamérica.
abuelo, etc. Además, suele desconocerse la historia de di- Además, ofrece herramientas adicionales para casos
cho linaje en las poblaciones, lo cual en grupos pequeños forenses (mezclas) como parentesco ([Link] A
o cerrados podría ser más crítico y debería ser tomado en continuación se describe el proceso para consultar.
cuenta. Sin embargo, también han surgido defensores del Búsqueda. El proceso comienza seleccionando el kit
procedimiento, argumentando que, al menos que alguna empleado para generar el haplotipo Y-STR, desde el ha-
circunstancia lo indique, no hay razones ni lógicas ni lega- plotipo mínimo hasta el Y-filer plus. Aunque se puede in-
les para cambiar la hipótesis del fiscal que involucra al acu- gresar un conjunto de haplotipos, por lo general y en el
sado, por una hipótesis que involucre a su parentela vía ejemplo (figura 13) se captura de manera individual los
paterna. En breve, hay que confirmar que los varones vía alelos, donde existen variaciones: 1) alelos estándar (p. ej.,
paterna no se vinculan al caso. 14); 2) alelos intermedios (p. ej., 17.2); 3) alelo duplicado
Base de datos YHRD. A la fecha se han generado diver- o triplicado (p. ej., 13,14); 4) “0” que equivale a alelo silen-
sas bases de datos de haplotipos Y-STRs, la mayoría de USA te (null); 5) locus en blanco “__”, significa cualquier alelo;
por parte de empresas que venden los kits u ofrecen el servi- 6) locus duplicado como DYS385 (p. ej., 11,14); 7) Enter
cio para genotipado de ancestría. Sin embargo, se describirá en el botón “Search” (figura 13).
 20 Genética clínica

Busqueda

Resultado

Información
ancestral
(haplotipo mínimo)

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FIGURA 13 Búsqueda de un haplotipo y resultados generados en la página de YHRD ([Link]

 Tema web 3 ▌ Identificación humana 21

Resultado. Se genera un reporte por cada muestra (en relación entre dos varones con varias generaciones de por
inglés sample) con dos resultados. 1) Frecuencia observada medio, lo que implica una mayor probabilidad de muta-
(método de conteo), la cual en una gran de ocasiones es ciones. Tiene la limitante de que sólo considera mutacio-
cero: “Found no match in 160,693 Haplotypes”. 2) Frecuen- nes de un paso entre haplotipos. Por otra parte, para el
cia esperada (extrapolación), también conocido como fre- trabajo de rutina forense, YHRD ofrece la capacidad de
quency survey method, se basa en la similitud y relaciones calcular el LR de que un sospechoso esté relacionado con
en las frecuencias observadas entre haplotipos ya incluidos una evidencia en casos de mezcla, incluyendo el haplotipo
en la base de datos (valor kappa). El objetivo de este mé- Y-STR de la evidencia (mezcla) y del sospechoso, pudien-
todo es tratar de asegurar que haplotipos raros mantengan do incluir un haplotipo conocido que haya contribuido a
su poder como evidencia, aun cuando la base de datos usa- la mezcla, si se tiene ([Link]
da para la estimación sea de tamaño moderado. Una limi- Estudios poblacionales en México con marcadores
tante del método de extrapolación es que sólo ofrece del cromosoma Y. Se han desarrollado en México diferen-
resultados confiables para metapoblaciones bien represen- tes estudios con Y-STRs que están reportados en la literatu-
tadas en cuanto haplotipos específicos por población, lo ra (cuadro 9). Desgraciadamente, varios de ellos con
cual no sucede para México ni Latinoamérica. De hecho, sistemas caseros que no incluyen –al menos– al haplotipo
debido a que en la mayoría de búsquedas no se observan mínimo, y otros no reportan su base de datos al
los haplotipos, se suele usar la frecuencia esperada que ge- YHRD. Lo anterior hace complejo tomar esos haplotipos
nera YHRD aplicando un factor de corrección (n+1/N+1); como referencia para estimar la frecuencia haplotípica.
donde n indica el número de veces que se observa el ha- Para aportar una base de datos al YHRD, se requiere
plotipo y N el tamaño de la base de datos. pasar un control de calidad, donde ellos te envían cinco
Más información. En el botón “add features to this re- muestras, las analizas y reportas por correo electrónico
port”, se puede generar información ancestral del haploti- los haplotipos en una base de datos de Excel. Si todo
po basado en el haplotipo mínimo o Y-filer (figura 13). coincide a la perfección, se aprueba el control de calidad y
Además, podemos especificar la búsqueda del haplotipo te dan una clave para ingresar tu base de datos. Hay un
en una base de datos particular, ya que hay varias opcio- proceso de curado para descartar haplotipos in-
nes: base de datos completa (Whole database), metapopu- completos, errores de dedo o de nomenclatura, entre
lation (European, Asiatic, Admixed-Mestizos, etc.), National otros.
(México, Perú, Argentina, etc.), e inclusive se podría acotar Entre los estudios realizados en México destaca la re-
a poblaciones o ciudades específicas incluidas en el YHRD, visión global de Salazar-Flores et al. (2010), porque
que en caso de México incluye: México DF, Aguascalien- además de reportar cinco poblaciones mexicanas hace un
tes, Jalisco, Guanajuato, Chihuahua, Chiapas, Yucatán, análisis global con las poblaciones estudiadas a la fecha,
Monterrey (cuadro 9), aunque las primeras dos sólo inclu- donde se analiza su diversidad, relaciones genéticas,
yen al haplotipo mínimo (PowerPlex Y). estructura y ancestría, entre otras.
Como se ha visto, elegir la base de datos es una pre-
gunta difícil ya que, aunque lo ideal es que se tome una
población específica, el tamaño es una limitante crucial, IDENTIFICACIÓN HUMANA
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por lo que hay varias opciones al hacer la búsqueda en

poblaciones mal representadas en el YHRD, como la
CON EL CROMOSOMA X
mexicana: 1) buscar en la base de datos nacional, conside-
rando el haplotipo mínimo, aunque se haya empleado un
sistema más potente; 2) buscar en la metapoblación apro- Conceptos generales. A pesar de la informatividad de los
piada, que pudiera ser Mestizo/Admixed o European; 3) diferentes sistemas genéticos disponibles actualmente en los
buscar en la base de datos completa (Whole database). Es laboratorios forenses, como los STRs autosómicos, Y-STRs y
muy probable que la frecuencia sea baja o mínima en to- mtDNA, hay casos complejos de paternidad donde ninguno
das las búsquedas (n<2). Dada la gran diversidad de haplo- aporta la información suficiente que permita solucionarlos.
tipos Y-STRs y lo mal representado que están los haplotipos Dependiendo del tipo de parentela disponible para el análi-
de nuestros países, posiblemente la tercera opción se acer- sis y el sexo de los individuos involucrados, el problema pue-
caría a la real en la mayoría de los casos. Sin embargo, an- de ser resuelto con marcadores con diferentes modos de
tecedentes del caso como el origen del individuo podrían herencia. En particular, los STRs del cromosoma X (X-
ser relevantes. Por ejemplo, la opción 3 podría aplicarse en STRs) han demostrado ser eficaces en casos de paternidad
ciudades grandes (cosmopolita) mientras las opciones 1 y deficientes donde éste involucrada una mujer en el análisis.
2 en ciudades respectivamente más pequeñas para tratar Para ello hay que entender su modo de herencia. Hombres y
de ser más conservativos. mujeres recibimos un cromosoma X recombinado de nues-
Índice de parentesco y mezclas. Otra estimación que tra madre, igual que como recibimos cualquier cromosoma
ofrece la base de datos del YHRD es el cálculo del índice autosómico. Sin embargo, lo interesante viene cuando el va-
de parentesco ([Link] para evaluar la rón hereda su -único- cromosoma X, ya que lo hace a todas
 22 Genética clínica

CUADRO 9. Estudios de haplotipos Y-STRs en poblaciones mexicanas

Población Y-loci Referencia

Jalisco 6 Y-STRs Rangel-Villalobos et al. 2001 AMR

Jalisco 6 Y-STRs Rangel-Villalobos et al. 2001 RIC

Jalisco-Etnias DXYS156 Torres-Rodríguez et al. 2005 Leg Med

México, DF 12 Y-STRs Campos-Sánchez et al. 2006 Hum Biol

Grupos indígenas 6 Y-STRs Páez-Riberos et al. 2006 Legal Med

3 Mestizos y grupos indígenas 2 Y-SNPs Rangel-Villalobos et al. 2008 AJPA

6 Y-STRs
Grupos indígenas 9 Y-STRs Barrot et al. 2007 J Forensic Sci

Chihuahua* 17-YSTRs Gutiérrez-Alarcón et al. 2007 Leg Med

* Mexico DF, Jalisco*, 12 Y-STRs Luna-Vázquez et al. 2009 FSI-Genet

Guanajuato*, Yucatan*, Aguacalientes*, Chiapas* 12/17 YSTRs Salazar-Flores et al. 2010

Am J Hum Biol, Análisis global**
Zacatecas 17 Y-STRs Vallin-Reza et al. 2012 Arch. Med

Grupos indígenas 17 Y-STRs Sandoval et al. 2012 Hum Genet

Valle de México 17 Y-STRs Santana et al. 2014 Hum Biol

* Base de datos incluida en el YHRD.

sus hijas (y no a sus hijos), y además será idéntico a cómo él ba de paternidad con marcadores del X. Hermandad y
lo recibió de su madre (figura 14). media hermandad en mujeres. Los varones heredan
Aplicaciones. Entre sus diversas aplicaciones se el único cromosoma X que tienen a todas sus hijas, de
encuentra abordar casos complejos (figura 14): Abuelidad manera que al comparar dos hermanas o medias
vía paterna. Debido a que el padre transmite hermanas hijas del mismo varón, se espera que para
directamente el cromosoma X que recibe, de su madre todos los X-STRs ellas compartan al menos un alelo (fi-
(abuela) a sus hijas (nietas), se espera que la abuela gura 15). Si no comparten al menos un alelo para un
paterna comparta al menos un alelo con sus nietas X-STR, se puede descartar que provengan del mismo
para todos los X-STRs que se utilicen en la prueba; es padre. Aquí se ejemplifica como es posible llegar a
decir, la abuela toma el lugar del padre al realizar la prue- conclusiones definitivas, mientras que los casos de

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Patrón de herencia del cromosoma X. Nótese como la mujer hereda a sus hijos cromosomas recombinados,
FIGURA 14 análogo a los marcadores autosómicos, mientras el varón lo hereda de forma directa a todas sus hijas, más no a
sus hijos.
 Tema web 3 ▌ Identificación humana 23

FIGURA 15 Casos complejos de parentesco con pedigrís incompletos que pueden ser resueltos mediante haplotipos X-STRs.

hermandad analizada con STRs autosómicos ofrece sólo la mamá, ya sea 11 o 12 lo recibió del papá, entonces sa-
valores probabilísticos. bemos que el papá es 11 o 12, aunque no participe. En
De forma similar, se observan los beneficios de los X- este caso, si la hija es 12/14, se infiere que el 12 lo recibió
STRs para analizar casos de incesto (figura 15). Por ejem- de su mamá. Por tanto, su padre biológico le dio el 14, que
plo, cuando un padre e hijo se involucran con una misma no lo tiene su abuelo (él era 11 o 12), descartando el inces-
mujer, se puede llegar a resultados definitivos debido a que to. Éstos son sólo algunos de muchos otros casos comple-
ellos no comparten el mismo cromosoma X, de manera jos donde no participan parientes en línea directa, que
que el parentesco no influye para nada en la prueba. De pueden ser resueltos con X-STRs. Esta situación es común
emplear sólo STRs autosómicos en estos casos, el coefi- en casos de identificación de restos humanos en desastres
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ciente de endogamia tan elevado entre padre-hijo (F= masivos o personas desaparecidas, así como casos de inmi-
0.5), incrementa la posibilidad de que erróneamente se le gración, donde la inclusión de X-STRs a la batería de
involucre a uno cuando el segundo es el padre biológico, y marcadores del laboratorio de genética forense puede in-
viceversa. Algo similar sucede cuando dos hermanos se in- crementar de forma importante su eficiencia.
volucran con la misma mujer. Aunque ambos hermanos En casos de paternidad dúo es común que se observen
reciben un cromosoma X de su madre, se espera que estos paternidades con deficiencia (IP< 99%), muchas de ellas
cromosomas X no sean idénticos. De hecho, lo más proba- por la presencia de mutaciones y/o alelos silentes, lo que
ble es que no lo sean debido al proceso de recombinación puede llevar al laboratorio a declarar una paternidad como
en los gametos, lo que a su vez genera una buena posibili- no concluyente. En estos casos, donde al menos participe
dad de descartar sin lugar a duda al hermano no involucra- una mujer (madre-hija, madre-hijo y supuesto padre-hi-
do. De nuevo, se pueden ofrecer resultados concluyentes, ja), los X-STRs pueden servir para aumentar el IP y llegar
donde los STRs autosómicos no pueden hacerlo. a obtener una conclusión definitiva. Inclusive, los X-STRs
Existe un caso particular de incesto donde los X-STRs ofrecen un mayor poder de exclusión (PE) que los STRs
demuestran su potencial, es cuando se quiere descartar un autosómicos en la relación supuesto padre-hija, como se
probable incesto, pero no participa el supuesto padre acu- fundamenta de manera estadística en la figura 16. Recor-
sado, sólo la madre e hija resultado del probable incesto dando, el poder de exclusión es la capacidad de un sistema
que se está evaluando (figura 15). Las exclusiones definiti- genético de evidenciar a un hombre falsamente implicado
vas se evidencian fácilmente cuando la hija (resultado del en una paternidad. Finalmente, en casos de violación los
incesto) porta algún alelo diferente al de su madre. Por X-STRs sirven para encontrar el componente femenino
ejemplo, la mamá es 11/12 y a hija es 12/14. Un alelo de en muestras con gran componente masculino.
 24 Genética clínica

Comparación del poder de exclusión (PE) ofrecido en una paternidad trío con un marcador bialélico autosómico
respecto a uno del cromosoma X (p=q=0.5). La estimación a la derecha surge al multiplicar el número de alelos
FIGURA 16
1(p) y 2(q) incluidos en los genotipos de los padres, pero sólo el alelo de la hija no compartido con el padre
(exclusión).

Sin embargo, no todos son ventajas, por ejemplo, los

X-STRs no aportan información a la prueba de paterni-
dad cuando el hijo en disputa es varón (~50% de los ca-
sos), dado que a ellos les hereda el cromosoma Y. Por su
parte, en casos criminales la capacidad de discriminar va-
rones es menor que los STRs autosómicos, al basarse en
un sólo cromosoma X.
Sistemas de identifi cación con X-STRs. A pesar de
la gran cantidad de X-STRs disponibles, destacan dos
sistemas de identificación humana, analizados con las
técnicas estándar en genética forense: PCR múltiplex y
EC multifluorescente. El primero es el sistema de 10 X-
STRs desarrollados por el grupo de Leonor Gusmao, el

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cual fue optimizado en un estudio multicéntrico
organizado por el Grupo Español Portugués de la
International Society of Forensic Genetics (GEP-ISFG).
Los 10 X-STRs de este sistema y su representación
cromosómica se describen en la figura 17.
El impacto del Decaplex deriva de ser un sistema
genético no-comercial cuyos detalles de implementa-
ción están disponibles en la literatura (primers, condi-
ciones de PCR, muestras de referencia, etc.). Además, se
ha expandido su uso precisamente gracias al trabajo de
optimización interlaboratorios con poblaciones de la Pe-
nínsula Ibérica y Latinoamérica, donde se generaron da-
tos sobre sus tasas de mutación, frecuencias
poblacionales y se verificó la robustez del análisis multi-
plex para su uso de rutina en genética forense. La otra Representación de la posición cromo-
ventaja de este sistema es que no presentan desequili- sómica de los marcadores que constitu-
brio de ligamiento (DL) o este es mínimo, por lo que – FIGURA 17
yen los dos sistemas genéticos X-STRs
en general– se pueden emplear las frecuencias alélicas más empleados para identificación
para la interpretación, y posteriormente la regla del pro- humana: Decaplex e Identificator Argus
X-12 (QIAGEN).
ducto para estimar perfiles genéticos en casos criminales
 Tema web 3 ▌ Identificación humana 25

o de paternidad. Sólo para los loci DXS6809 y DXS6789 es el Investigator Argus X-12 (QIAGEN) que analiza 12
(figura 17), por su cercanía física, se recomienda usar marcadores en cuatro grupos de ligamiento, donde cada
frecuencias haplotípicas para las interpretaciones. Tanto grupo de tres X-STRs conforma un haplotipo (figura 17).
en México como en Latinoamérica, existen estudios La gran ventaja del Argus X-12 es ser un kit comercial,
para los X-STRs del Decaplex, por lo que se puede em- por lo que incluye escaleras (ladders), controles, paneles,
plear confiablemente en el ámbito forense. En breve, con entre otros que facilitar su rápida implementación en ca-
el sistema Decaplex se simplifica la interpretación esta- sos de rutina (figura 18).
dística de casos forenses, análoga a los STRs autosómi- Durante los últimos años el kit Argus X-12 se ha esta-
cos, considerando que hablamos de 10 marcadores en el do incorporando en laboratorios de justicia y privados en
mismo cromosoma. En contraste, su desventaja es que México. Sin embargo, debido al ligamiento genético de
los genetistas forenses difícilmente se dan tiempo de es- los 12 X-STRs, su implementación en identificación
tandarizar kits caseros, por lo cual prácticamente no es humana no ha sido fácil, se han tenido que desarrollar:
utilizado, al menos en México. 1) modelos matemáticos para estimar el LR,
También han evolucionado algunos kits comerciales considerando tanto el DL como ligamiento genético
para analizar X-STRs, el primero se denominó Mentype entre loci; 2) mapeo de los marcadores, para establecer
Argus® X-UL (2003), que solo amplificaba cuatro mar- con precisión el ligamiento genético entre sus grupos,
cadores: DXS7132, DXS7423, DXS8378 y HPRTB, más ya que debe ser considerado para la interpretación; 3)
amelogenina para establecer el sexo de la muestra. En el desarrollo de un software que aplique los –complejos–
2005, a este kit se le añaden cuatro X-STRs: DXS10074, modelos desarrollados para estimar fácilmente los LR en
DXS10101, DXS10134, DXS10135, y se nombra Men- los casos resueltos con X-STRs. Para ello se implementó
type® X-8 Argus. El kit que se comercializa actualmente el programa Fam LinkX; 4) determinación de frecuencias
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FIGURA 18 Electroferograma del sistema Investigator Argus X-12 (QIAGEN).

 26 Genética clínica

haplotípicas requeridas para las estimaciones del CUADRO 10. Diferencias básicas entre el
programa FamLinkX. Actualmente ya se han estudiado DNA nuclear y mtDNA
varias poblaciones del mundo, entre ellas México (Cortés- DNA nuclear mtDNA
Trujillo et al. 2018), cuya base de datos se encuentra
disponible en el formato del programa FamlinkX (http:// DNA Lineal DNA Circular (libre efecto de
exonucleasas)
[Link]/fx_download.html) para facilitar su uso en
3200 millones pb 16,569 pb
identificación humana.
Diploide Haploide
DNA MITOCONDRIAL (mtDNA)
Herencia biparental Herencia materna

Características Recombina No recombina

Empaquetado (histonas) No empaquetado (expuesto

El mtDNA humano, también descrito como mitogenoma, a moléculas reactivas)
tiene una herencia exclusivamente materna; las mitocon- Baja tasa de mutación Alta tasa de mutación (5 a
drias que lleva el espermatozoide durante la fecundación 10 veces mayor)
no aportan a la constitución genética del cigoto, eventual- 23 pares de cromosomas / 100 a 10 000 copias por
mente individuo. Se sabe que ingresan mitocondrias es- célula célula
permáticas al óvulo, pero sobreviven unas horas y existen
mecanismos para eliminarlas. Además, la cantidad de
mtDNA que aporta el óvulo (10E+5) es mucho mayor a pio genoma en grandes cantidades de cientos a miles.
las que porta el espermatozoide (50). Esto resulta en que Aunque se conoce su tamaño, puede tener ciertas variacio-
todos los hermanos de una familia son prácticamente co- nes por inserciones o deleciones, y se caracteriza por tener
pias mitocondriales de la madre, pero solo las hijas perpe- una cadena con mayor cantidad de guaninas, por lo que se
tuarán ese linaje en la descendencia (figura 19). El mtDNA denomina pesada (H; heavy), respecto a la otra denomina-
presenta varias características peculiares respecto al DNA da ligera (L; light). Tiene diferentes genes relacionados con
genómico, que se aprovechan para estudios en genética la fosforilación oxidativa, pero la secuencia interesante
forense. Se describen algunas de ellas (cuadro 10). para identificación humana es la región control, la cual
Las mitocondrias, orgánulos productores de gran can- mide 1 122 pb y es no codificante, por lo que acumula
tidad de energía química para la célula, contienen su pro- mayor variabilidad (figura 19).

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Genoma circular del mtDNA. Se señalan las regiones hipervariables (HVI, HVII y HVIII) en la región control. Las
FIGURA 19
primeras dos son las secuencias blanco para el análisis forense.
 Tema web 3 ▌ Identificación humana 27

Debido a que la replicación del mtDNA comienza Aplicaciones y análisis del mtDNA
con la hebra H en la región control, también se conoce
como displacement loop o D-loop. Las posiciones de nu- Debido a que el análisis con STRs no siempre es exitoso,
cleótidos en el mitogenoma son nombradas del 1 al 1659, particularmente en muestras que han pasado por ciertos
usando como referencia la posición 1 de la cadena L, nom- procesos de degradación, los forenses han buscado otras
brada arbitrariamente por ser un sitio de restricción en la opciones. Quizá la más exitosa es el mtDNA, debido a la
región control. Las regiones de mayor interés forense son cantidad de mitocondrias por célula, y a que cada mito-
condria tiene a su vez hasta centenas de DNA circular. Es
las regiones hipervariables I (HVI) y II (HVII) en la región
evidente que este número de copias aventaja por mucho al
control, aunque ocasionalmente se analiza una tercera
DNA genómico, por lo que se facilita la obtención de perfi-
(HVIII) para obtener información adicional de una mues-
les a partir de cantidades de DNA pequeñas, como las pro-
tra. En conjunto las posiciones de las regiones HVI y HVII venientes de hueso, diente y cabello, así como aquellas muy
analizan un fragmento de 610 pb (figura 19). viejas o degradas. Aunque su análisis no es tan fácil ni ofrece
Los polimorfismos en el mtDNA se describen a partir tanta discriminación con los demás sistemas, muchas veces
de cambios respecto a una secuencia de referencia, la cual es lo único que se puede obtener. Algo es mejor que nada.
se obtuvo inicialmente en 1981 y fue denominada como Partiendo de DNA correctamente extraído, el análisis
Cambridge Reference Sequence (CRS), aunque también es del mtDNA se realiza mediante PCR de las regiones HVI
conocida como secuencia de Anderson, por ser el primer y HVII, pero requiere de un proceso de purificación debi-
autor del grupo de investigación que publicó el hallazgo do a que los productos de PCR sirven como molde para la
(aunque fueron nombrados en orden alfabético). Durante reacción de secuenciación que le sigue. Existen variaciones
casi 20 años fue la referencia para describir cambios en el en cuanto a los primers usados en la PCR, con el objetivo
mtDNA, hasta que en 1999 se volvió a secuenciar y pe- de amplificar fragmentos más pequeños que faciliten el
queños errores fueron corregidos, por lo que se le llamó éxito en muestras degradadas. Por su parte, la secuencia-
ción es un proceso de replicación in vitro similar a la PCR.
revised Cambridge Reference Sequence (rCRS), y a la fecha
Sin embargo, se diferencia porque se usa un solo primer y
sirve para este propósito. Cabe mencionar que en 2012 se
añade dideoxi-nucleósidos trifosfatados (ddNTPs), los
propuso una nueva secuencia de referencia llamada RSRS cuales sirven como terminadores y, debido a su marca
(Reconstructed Sapiens Reference Sequence), y algunas bases fluorescente específica para cada ddNTP, permitirán esta-
de datos la consideran; sin embargo, la ISFG (International blecer la secuencia de nucleótidos después de la EC en los
Society of Forensic Genetics), sugirió seguir utilizando la mismos analizadores genéticos que los empleados para el
rCRS, por lo que sigue siendo la referencia obligada. análisis de STRs (figura 20). La secuenciación se hace en
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Proceso de secuenciación del mtDNA (circular) incluyendo ddNTPS que sirven con “terminadores” específicos por
FIGURA 20 nucleótido, que al estar marcados con diferentes fluorocromos evidencian la secuencia de nucleótidos al finalizar
la electroforesis capilar.
 28 Genética clínica

ambas cadenas (H y L) usando los primers de la PCR en mas de este tipo, por el mayor número de copias. En particu-
reacciones separadas. lar, se sugiere procesar por separado la muestra de referencia
Después del corrimiento en la EC, el software sequencig (sospechoso o pariente vía materna) y por otro, la muestra
analysis de los analizadores genéticos asigna las bases para de la evidencia, como restos óseos, hueso, entre otros.
comprobar el éxito de la secuenciación; donde se recomien- Nomenclatura. Una vez obtenida y verificada la secuen-
da revisar algunas zonas de policitocinas (poli-C) en las re- cia del mtDNA, se hace la comparación alineando la secuen-
giones HVI y HVI. Después, con algún software de edición cia obtenida con la rCRS para evidenciar las diferencias
como Sequence navigator a SeqScape se verifican las se- existentes y definir el haplotipo mitocondrial (cuadro 11).
cuencias base por base mediante la comparación de las cade- Existe una estricta nomenclatura a seguir para descri-
nas H y L, secuenciadas independientemente, como control bir las mutaciones. Se exponen sencillos ejemplos:
de calidad (figura 21). Otro aspecto técnico relevante son los
cuidados que se deben tener en el laboratorio para evitar • Sustituciones (transición o transversión): Una mu-
contaminación, ya que el mtDNA es más sensible a proble- tación de un nucleótido en el mtDNA, por ejemplo

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Proceso de verificación comparando las secuencias H y L de la misma muestra y detectar posibles inconsistencias.
FIGURA 21
En parte superior Sequence navigator muestra un (-) donde las bases son idénticas y un (*) donde difieren.

CUADRO 11. Alineamiento de las secuencias de mtDNA obtenidas con la rCRS (posición 16290 y 16319) para
determinar su haplotipo y posible relación de parentesco
Posición mtDNA 16290 16300 16310 16320 16330

rCRS ACAAACCTAC CCACCCTTAA CAGTACATAG TACATAAAGC CATTTACCGT

Madre (M) ACAAACCTAT CCACCCTTAA CAGTACATAG TACATAAAAC CATTTACCGT

Restos óseos (R) ACAAACCTAT CCACCCTTAA CAGTACATAG TACATAAAAC CATTTACCGT

Haplotipo M-R: 16290T 16319A

 Tema web 3 ▌ Identificación humana 29

A→G en la posición 16415, se podría poner como haplotipos que comparten algunos polimorfismos y que
A16415G, o simplemente como 16415G. tienen un origen común. Son definidos por letras y núme-
• Deleción. Una deleción de una adenina (A) en la ros (p. ej., A1, B2 C2, etc.), aunque no se detallarán en este
posición 248, se podría escribir de varias formas: capítulo.
248del, 248DEL, A248del, A248DEL, 248- o Heteroplasmia. Es la presencia de uno o más tipos de
A248-. Es importante no usar solo la letra D o d, ya mtDNA en un individuo, los tipos “silvestres” o normales,
que tiene otros significados en código UIPAC (ver más otras que incluyen una mutación. Para la designación
Tabla 6). de la heteroplasmia puntual o de secuencia es utilizada la
• Inserción. La inserción de una C en posición 239 se nomenclatura UIPAC (cuadro 13).
indicaría como: 239.1C, -239.1C. Las heteroplasmias son frecuentes debido a la mayor
• Indels en tramos (stretch) homopoliméricos. Por ejemplo, tasa de mutación del mtDNA, que resulta en una tasa de
en la región 302 ACCCCCCCTCCCCC 315(rCRS), la evolución 6 a 17 veces mayor que los genes nucleares de
siguiente inserción 302 ACCCCCCCTCCCCC315C, se copia única, con predisposición de algunos puntos calien-
podría como 315.1C. Si fueran dos inserciones 302 tes a mutar (hotspots). De hecho, se sabe que todos los in-
ACCCCCCCCTCCCCC315C, se pondría como dividuos somos heteroplásmicos en cierta medida, muchos,
309.1C 315.1C. Dos inserciones en el mismo tramo 302 por debajo de los límites detectados por secuenciación. A
ACCCCCCCCCTCCCCC315C, se describirán como nivel celular, las heteroplasmias se pueden clasificar en tres:
309.1C 309.2C 315.1C. intercelular, intracelular e intramitocondrial (figura 22). A
nivel del individuo, la heteroplasmia puede observarse de
Para realizar los alineamientos de secuencia de la muestra diferentes formas: 1) El individuo tiene más de un tipo de
problema con la rCRS, se han reportado algunas diferen-
cias en la asignación del haplotipo entre software. Va un
ejemplo con las muestras antes alineadas en el cuadro 11,
pero con deslizamiento, lo que genera diferentes haploti-
pos a pesar de que la secuencia es la misma (cuadro 12).
Afortunadamente, la base de datos EMPOP que se descri-
birá adelante ha desarrollado un algoritmo que convierte
la secuencia en una línea de nucleótidos libre de alinea-
mientos, eliminando que secuencias idénticas sean no re-
conocidas. El programa se conoce por sus siglas como
SAM ([Link]
Los diferentes polimorfismos encontrados en el ha-
plotipo mitocondrial también sirven para que se le asigne
un haplogrupo, los cuales se definen como conjuntos de
FIGURA 22 Esquema de los tres tipos de heteroplasmia.
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CUADRO 12. Diferencias en la asignación de haplotipos durante el alineamiento de las secuencias con la rCRS.
En este caso por deslizamiento
Posición mtDNA 16290 16300 16310 16320

rCRS ACAAACCTAC CCACCCTTAA CAGTACATAG TACATAAAGC

Madre (M) ACAAACCTAT CCACCCTTAA CAGTACATAG TACATAAAAC

Restos óseos (R) ACAAACCTA TCCACCCTTAA CAGTACATAG TACATAAAAC

Haplotipo M: 16290T 16319A;

Haplotipo R: 16290del 16291T 16292.1C 16319A

CUADRO 13. Nomenclatura UIPAC para describir heteroplasmias

Simbiolo R Y M K S W

Significado GoA ToC AoC GoT GoC AoT

Simbiolo H B V D N

Significado AoCoT GoToC GoCoA GoAoT GoAoCoT

 30 Genética clínica

mtDNA en un mismo tejido; 2) El individuo puede tener Las heteroplasmias reportadas son tanto de secuencia
un tipo de mtDNA en un tejido y diferente tipo en otro como de longitud. Las de longitud a menudo ocurren en
tejido; (iii) individuos pueden ser heteroplásmicos en una tramos homopoliméricos de más de ocho residuos (C-stret-
muestra de tejido y homoplásmicos en otra muestra de te- ches), se atribuye a deslizamiento de la polimerasa y en los
jido. Cabe mencionar que se han descrito diferencias en la electroferogramas se describe que ofrecen lecturas borrosas.
tasa de mutación entre tejidos, donde destacan cerebro, hí- Se reportan a menudo en la región HVI en las posiciones 16
gado y musculo-esquelético como mayor heteroplasmia. 184, a 16 193 y HVII en las posiciones 303 a 310. Por otro
La nomenclatura para describir las heteroplasmias tiene lado, la heteroplasmia de secuencia normalmente se detecta
varias especificaciones, para profundizar al respecto se reco- por la presencia de dos nucleótidos en el mismo sitio, que en
mienda la cuidadosa lectura de las recomendaciones de la el electroferograma se observan como picos de diferentes
ISFG (2014). Como ejemplo, se describe la más sencilla so- colores sobrelapados en la misma posición (figura 23). A pe-
bre heteroplasmias de secuencia (sustituciones e indels), la sar de los problemas de interpretación y nomenclatura que
cual es sencilla y se puede resumir de manera breve al usar pudieran representar las heteroplasmias, pueden ayudar a
minúsculas. En el cuadro 14 se muestran algunos ejemplos. lograr la identificación de una muestra. Por su menor fre-

CUADRO 14. Uso de nomenclatura para nombrar heteroplasmias de secuencia

Heteroplasmia Secuencia con y sin Secuencia con Secuencia con y sin Secuencia con
deleción transición, con y sin inserción transición, y con y sin
deleción inserción
Posición rCRS 146 146 239 239
ACAAACCT ACAAACCT CAACT CAACT
Linaje 1 ACAAACCT ACATACCT CAACGT CAGGCT

Linaje 2 ACA - ACCT ACA - ACCT CAACT CAG CT

Nomenclatura a146 146t 239.1g 239G 239.1g

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FIGURA 23 Heteroplasmia de secuencia detectada en un electroferograma.

 Tema web 3 ▌ Identificación humana 31

cuencia, tienen a ser de gran valor estadístico para favorecer Cuando no se puede excluir, comienza el proceso de
la hipótesis de relación de parentesco, como fue el caso de la evaluación estadística que requiere la frecuencia de haplo-
investigación de la Familia Romanov. tipos observada mediante el método de conteo. Al igual
que con el cromosoma Y, debido al gran polimorfismo del
Interpretación de resultados con mtDNA mtDNA, el tamaño sí importa para estimar adecuadamen-
te la frecuencia de los haplotipos mitocondriales, ya que se
Las secuencias de las muestras de interés, por ejemplo, estima que para la mayoría de haplotipos (60 %) no se
madre (M) y restos óseos (R) son revisadas y comparadas, conoce su frecuencia real por presentarse sólo una vez en
Este proceso se aplica normalmente a los 610 nucleótidos la base de datos. Se han desarrollado diferentes esfuerzos
que son parte de HVI y HVII. Basado en la comparación para crear bases de datos con haplotipos mitocondriales,
de secuencias del mtDNA, por ejemplo entre M y R, los basados principalmente en diferencias para HVI y VII con
resultados pueden ser los siguientes: 1) exclusión, cuando la rCRS Entre ellos se encuentra Mitosearch ([Link]
existen dos o más nucleótidos diferentes entre dos mues- [Link]/) que examina bases de datos del FBI bus-
tras o individuos, como se observa en la comparativa de cando haplotipos, indicando el número de veces que fue
un electroferograma entre un caso M y R para una se- observado el haplotipo. La contraparte europea es el EM-
cuencia HV2 (figura 24); 2) no exclusión, cuando no se POP (siglas en inglés de European DNA Profiling Group mi-
encuentra ningún nucleótido diferente entre dos mues- tocondrial DNA Population database Project). Este proyecto
tras o individuos (cuadro 11); 3) no concluyente, cuando se han esforzado durante más de una década en construir
hay una diferencia de un nucleótido entre dos muestras una base de datos de alta calidad en cuanto a las secuen-
y/o individuos. Esto se debe a la probabilidad de muta- cias de mtDNA que lo integran y puede ser consultados
ción entre madre-hijo; aunque con frecuencia se incorpo- de forma gratuita previo registro ([Link]
ran más parientes vía materna a la comparación con el fin análogo al YHRD para el cromosoma Y. Además de las
de aclarar cómo habría sido la mutación y establecer la frecuencias de haplotipos y haplogrupos del mtDNA,
relación de parentesco. EMPOP ofrece diferentes herramientas de búsqueda, ali-
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Comparación de electroferogramas en una porción de la región HVII entre muestras problema (madre y restos
FIGURA 24 óseos) para verificar diferencias (en fondo azul) en las secuencias detectadas mediante el alineamiento con la
rCRS.
 32 Genética clínica

neamiento y comparación, además de bibliografía, organi- similar en diferentes grupos raciales, y que se podrían
zación de cursos y eventos académicos. requerir bases de datos más pequeñas para la evaluación
Una vez que se obtiene la frecuencia observada me- estadística de casos criminales y de paternidad.
diante el método de recuento: f(x)= x/n, se aplica un factor Los SNPs e INDELs ofrecen diversas ventajas respecto
de corrección de la siguiente forma: p ± 1.96 √p(1-p) / n, a otros sistemas genéticos utilizados en identificación hu-
donde p es la f(x) arriba estimada. El objetivo es corregir mana, tales como: 1) son abundantes a lo largo de todo el
errores de muestreo en la base de datos y no sobrevalorar genoma; 2) presentan bajas tasas de mutación en el orden
la evidencia, para lo cual se considera el límite superior de magnitud 10 E-8, respecto a los STRs con tasas de 10
estimado. Por ejemplo, si p = 0.043; el intervalo será E-3, por lo que son particularmente apropiados para con-
0.027 y 0.059 (0.043 ± 0.016). También se sugiere usar firmar o descartar casos de paternidad dudosa por la pre-
la corrección de Balding y Nichols (x+2/n+2), útil cuan- sencia de mutaciones en uno o varios STRs; 3) el tamaño
do no se observa el haplotipo en la base de datos. Final- de los productos amplificados es pequeño (50-150 pb), lo
mente, el LR que aporta el haplotipo mitocondrial es el cual facilita el análisis de muestras degradadas, antiguas o
inverso de la frecuencia estimada; para el ejemplo arriba con DNA escaso (manchas de sangre, tejido, uñas, cabellos
descrito: LR= 1/ 0.059 = 17. Considerando un odds a etc.) ; 4) no generan picos stutter en el análisis, típicos de
priori de 1 (0.5/0.5), este LR se traduciría en un 94.4% los STRs, facilitando la interpretación de muestras con más
de probabilidad de la hipótesis relación de parentesco de un DNA; 5) presentan alta capacidad de análisis me-
vía materna. Recordando, se usó para ello la fórmula LR/ diante PCR multiplex (30-40 loci) con primers acoplados a
(LR+1). Sin embargo, ya no sería necesario realizar todo diferentes fluorocromos, cuidando que los rangos alélicos
este proceso debido a que las bases de datos como EM- no se sobrepongan; 6) pueden incluirse en plataformas de
POP suelen generan una estimación no sesgada de la fre- genotipado masivo para la generación de grandes bases de
cuencia del haplotipo. datos; 7) tienen potencial como marcadores informativos
de ascendencia biogeográfica conocidos como AIMs (del
inglés, ancestry informative markers); 8) poblacionalmente,
SNPS E INSERCIONES-DELECIONES son más fáciles de validar que los STRs, ya que las frecuen-
cias alélicas requeridas para la interpretación forense pue-
(INDELS) den obtenerse a partir de un número menor de muestras.
9) Pueden analizarse en la misma plataforma que los STRs
(p. ej., ABI-Prism 310 o 3130), disponibles en la mayoría
CARACTERÍSTICAS Y VENTAJAS de laboratorios de genética forense del mundo. A manera
de resumen, se describen las ventajas que ofrecen los SNPs
Los STRS autosómicos ofrecen un análisis robusto y fiable e INDELs en identificación humana (cuadro 15).
en genética forense, con un alto poder informativo, aun-
que se trate de un número limitado de marcadores (n=
15). Sin embargo, los STRs presentan algunos inconve- Sistemas basadas en SNPs
nientes al tipific ar m uestras c omplejas, y a s ea a ntiguas o

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degradas, generando ambigüedades como pérdida o ga- A la fecha, son contados los ensayos para desarrollar kits
nancia de algunos alelos (drop-out y drop-in, respectiva- basados en SNPs para identificación humana. Entre ellos,
mente) y la aparición de bandas stutter durante la PCR.
Además, el tamaño relativamente grande de los amplifica-
dos (150-400 pb) hace que la mayoría de ellos no sean CUADRO 15. Ventajas de los SNPs e INDELSs en
Identificación humana
aptos para analizar DNA degradado, por lo cual se han
creado análisis genéticos alternativos. Por ejemplo, los Abundantes en el genoma No generan sttuter ,como los
humano STRs
mini-STRs con amplificados menores a 150 pb, así
como los SNPs e INDELs de los que se hablará en este Bajas tasas de mutación Útil para confirmar mutaciones
en paternidades
capítulo, cuyos amplificados pueden ser mucho más
cortos (<50 pb) han aumentado de manera significativa Amplicones pequeños(50 a Útil para DNA escaso,
150pb) degradado o antiguo
la probabilidad de éxito en muestras críticas.
Se estima que alrededor de 50 SNPs/INDELs no liga- Fácil análisis por PCR Fácil incorporar en genotipado
multiplex masivo
dos proporcionan el mismo poder de discriminación que los
15 STRs que hasta hace poco tiempo se utilizan en la mayo- Posibilidad de incorporar AIMs Fácil de validar frecuencias
alélicas
ría de pruebas de paternidad con DNA. Se puede
predecir que los mejores SNPs para identificación humana Posibilidad de analizarse en los mismos equipos que los STRs
(p ejem. ABI Prism 310)
deben tener una elevada heterocigosidad (~50 %), y bajos
niveles de diferenciación interpoblacional (valores Fst), para INDELs: La EC es directa después de la amplificación (análogo
al análisis de STRs)
predecir que la informatividad del sistema genético será
 Tema web 3 ▌ Identificación humana 33

destaca el panel del SNPforID consortium, conformado por cer el balance costo-beneficio no ha sido favorable para
laboratorios europeos, quienes desarrollaron un ensayo su implementación.
para analizar 52 SNPs. Para ello, se amplifican 52 SNPs en Similar a los esfuerzos del SNPforID consortum, el
una sola PCR, seguido de dos reacciones SBE (del inglés, NIST en EUA ([Link]
single base extensión) o minisecuenciación y EC para de- [Link]) seleccionó un panel de 70 SNPs con fines de
tectar el perfil genético en plataformas convencionales de identificación humana; todos ellos transiciones C/T anali-
los laboratorios forenses. Una de las desventajas de la pro- zados por SNaPshot en 11 reacciones de 6plex y una 4plex
puesta es precisamente la técnica, descrita comercialmen- con sus correspondientes reacciones SBE (minisecuencia-
te como SNaPshotckit (Applied Biosystems), ya que es ción). En el reporte determinaron el número de SNPs ne-
recomendable una electroforesis convencional y purifica- cesarios para diferenciar a 189 individuos de tres grupos
ción antes de la minisecuenciación, y luego una segunda raciales de este país, lo cual se logró con los 12 SNPs que
purificación previo a la EC (figura 25). Sin embargo, ade- presentaron mayor heterocigosidad. De forma análoga, con
más del mayor manejo de las muestras, lo que aumenta el sólo cuatro STRs del CODIS se pudo diferenciar a los in-
riesgo a contaminación, la técnica genera imbalance de dividuos de la muestra. El impacto forense de estos SNPs
picos y cierto ruido de fondo, haciendo todo un reto la ha sido limitado, más aún por el gran número de reacciones
implementación rutinaria de la técnica, además de la in- SBE respecto a la propuesta del SNPforID consortium.
terpretación final de resultados. El otro esfuerzo que vale la pena mencionar es el del
Como alternativa al SNaPshot, se desarrolló un en- grupo de Kidd et al. (2006), debido a que hizo una cuida-
sayo basado en el sistema de genotipado Genplex (para dosa selección de SNPs basada en altos niveles de informa-
48 SNPs y amelogenina) con una modificación de la quí- tividad (He= ~50%) y poca diferenciación entre poblaciones
mica SNPlex (Applied Biosystems) usando oligo-ligandos (bajo Fst). Este grupo hizo una selección inicial de 195
de DNA preamplificado, marcaje con sondas de detec- SNPs y logro definir un panel de tan sólo 19 SNPs que
ción y movilidad modificada. Sin embargo, esta técnica ofrecen una probabilidad de concordancia al azar (PCA)
también presenta mayor complejidad en cuanto al nú- promedio de 10 X E-7 en la mayoría de 40 poblaciones en
mero de pasos y reactivos que el análisis de STRs con- las que fueron estudiados (~2 100 individuos), y no mayor
vencional, y además conlleva varios pasos críticos de a 10 x E-6 en poblaciones aisladas y endogámicas. Se espe-
pipeteo que llevan a sugerir el uso de unidades robotiza- ra que con estos criterios de selección se generen paneles
das para desarrollar el proceso. Aunque robusta, al pare- de SNPs más útiles en identificación humana.
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Pasos de la técnica de minisecuenciación SNaPshot (Applied Biosystems) que incluye PCR multiplex, electroforesis
FIGURA 25
y tinción convencional, EC y dos pasos intermedios de purificación.
 34 Genética clínica

Aplicación de INDELs Se hizo una comparativa de la utilidad que ofrecen el

38plex y el DIPplex en identificación humana bajo dife-
Un poco después del análisis de SNPs, se propuso el análisis rentes perspectivas. Destacó que el DIPplex presenta un
de INDELs para identifi cación humana. La ventaja de imbalance de informatividad entre grupos raciales, favo-
los INDELs es que sus alelos son diferentes en tamaño reciendo a las poblaciones europeas, lo que explica su ma-
por la presencia o ausencia de una secuencia corta de yor rango de PCA (10 E-10 a E-15), mientras el rango fue
nucleótidos, por lo que se pueden detectar directamente mucho menor para el 38plex (10 E-14 a 10-15). Sin em-
después de la PCR en los analizadores genéticos bargo, el porcentaje de éxito en detección de INDELS en
disponibles en prácticamente todos los laboratorios de muestras parcialmente degradadas fue 100% para los kits
genética forense. Esto facilita su implementación en DIPplex y mini-fi ler (10 STRs), mientras fue 87%, para el
identificación humana, con las ventajas de los SNPs 38plex y 33% para el Identifiler (15 STRs). Se secuencia-
(cuadro 15), pero sin la complejidad múlti-pasos que ron algunos alelos con cambio de movilidad, lo que per-
requiere el análisis de SNPs (figura 25). Existen dos mitió detectar una deleción de 5pb en el marcador D84,
principales sistemas genéticos para análisis de INDELs, el y una transición G→A en D97 del kit DIPplex. Otro dato
38plex y el Investigator DIPplex (QIAGEN), sistema importante es la evaluación de recombinación entre los
genético comercial que permite analizar 30 INDELs. INDELs de ambos kits con otros STRs incluidos en los
Ambos se describen a continuación. kits convencionales y en sistemas miniSTRs, ya que esto
El sistema 38plex fue descrito por Pereira et al. (2009) impacta a la aplicación de la regla del producto cuando se
y permite la amplificación simultanea de 38 INDELs dis- utilizan en conjunto. Por último, el mejor balance de picos
tribuidos en los 22 cromosomas autosómicos; se caracteri- al generar genotipos por marcador se obtiene con el kit
za por incluir INDELs cortos (2 a 5 pb) no codificantes, DIPplex, lo cual es relevante para el análisis de mezclas.
distribuidos a lo largo del genoma humano a una distancia Ambos kits han sido estudiados en diferentes po-
considerable entre ellos para evitar desequilibrio de liga- blaciones mestizas-mexicanas (Martínez-Cortés et al. 2015;
miento (DL), mostrando un rango de frecuencias ≥0.25 y 2016), por lo que se podrían usar en laboratorios de
una heterocigosidad promedio >0.40. El marcaje fluores- genética forense de México.
cente es importante porque permite la detección simultá-
nea de un mayor número de INDELs en los sistemas de
EC, a pesar de que se sobrelapen sus rangos de tamaño
(pb) como se observa en un electroferograma (figura 26A).
SECUENCIACIÓN MASIVA PARALELA
A partir del año 2017, el 38plex se puede adquirir comer- (MPS)
cialmente con la empresa Genómica (Madrid, España), lo
que facilitará su implementación en laboratorios de gené-
tica forense. CARACTERÍSTICAS Y VENTAJAS
Por su parte, el kit Investigator DIPplex (QIAGEN)
permite la amplificación simultánea de 30 INDELs, des- Las plataformas MPS (del inglés, massive parallel sequen-
critos también como DIPs (del inglés, deletion-insertion po- cing), al inicio, englobadas como NGS (del inglés, next ge-

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lymorphisms), que se localizan en 19 cromosomas neration sequencing), permiten el análisis masivo de datos
autosómicos, además del marcador sexual amelogenina. genéticos, ofreciendo ventajas para el análisis de STRs de
Los primers del kit contienen cuatro fluorocromos que interés forense. La MPS da un alto rendimiento de secuen-
permiten la detección simultánea de diferentes alelos en ciación por loci, sino que supera algunas limitaciones inhe-
sistemas de EC convencional. Los DIPs de este kit están rentes a los métodos tradicionales. De inicio, la MPS
localizados a una distancia de al menos 10 Mb de cual- detecta de manera simultánea diferentes polimorfismos
quier STR incluido en otros kits comerciales, con el fin de como STRs autosómicos, Y-STRs, X-STRs, SNPs, indels,
que sean sistemas independientes. En términos de inter- entre otras; tanto en el número de repetidos de los STRs
pretación, esta separación permite aplicar la regla del pro- como en su secuencia nucleótidica interna y en las regio-
ducto para obtener la probabilidad de coincidencia al azar nes flanqueantes. Esto incrementa de modo potencial, el
(PCA) y el LR. número de alelos posibles en cada loci, y por lo tanto la
Se describe al kit Investigator DIPplex® como altamen- variabilidad del marcador (figura 27), como lo demuestra
te sensible, ya que permite obtener perfiles completos y un estudio de población danesa (n= 197) donde se obser-
con buena resolución usando solo 62 pg de DNA y perfiles varon 53 alelos diferentes para D12S391 con NGS, mien-
parciales con 16 pg. Los fragmentos amplificados tienen tras que el método convencional sólo detectó 15 alelos.
tamaños menores a 150 pb, lo que facilita el análisis de Por ese motivo, recientemente se han generado datos po-
DNA altamente degradado de manera robusta (figura blacionales NGS de EUA (caucásicos, africanos e hispa-
26B). Este kit comercial representa una herramienta com- nos) para 22 STRs autosómicos usados en forense, e
plementaria e incluso alternativa de tipificación de DNA incluso se ha duplicado el número de alelos por secuencia
en estudios de identificación humana. que por longitud para: D12S391, SE33, D2S1338,
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Tema web 3 ▌ Identificación humana

FIGURA 26 Electroferogramas del sistema 38 plex (A) kit del Identificator DIPplex (Qiagen) (B).

35
 36
Genética clínica
FIGURA 27 Ejemplo de alelos de la misma longitud para un locus STR, los cuales se distinguen por la variación en su secuencia.
Modificado de Illumina, 2015; la química SBS de Illumina se ofrece con fines forenses por Verogen).

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 Tema web 3 ▌ Identificación humana 37

D21S11, D8S1179, vWA, and D3S1358 (cuadro 16). Por dor de 200 marcadores genéticos, con 27 STRs autosómicos,
otra parte, esta información permite diferenciar entre un 24 Y-STRs, 7 X-STRs, y 95 SNPs que proporcionan infor-
pico stutter y el alelo de un contribuyente menor en una mación sobre la atribución de una muestra: 22 SNPs que
muestra con mezclas de ADN, lo cual es de gran relevancia predicen características fenotípicas como la estatura física,
en casos criminales. el color de ojos, piel y cabello, y 56 SNPs de ancestría bio-
Para nombrar a los STRs obtenidos de la NGS, la ISFG geográfica (Børsting et al. 2014; Churchill et al., 2016).
apoyada por el National Institute of Standards and Techno- Cabe señalar que, aunque las plataformas NGS generan
logy (NIST), ha creado una nomenclatura compatible con información genética que al inicio es de interés forense, la
las bases de datos actuales para consolidar la relación entre misma pueden tener gran interés biomédico y antropoló-
los datos basados en PCR-EC y la NGS. Destaca la plata- gico cuando se pretende caracterizar a una población.
forma NGS desarrollada por Illumina, que incluye alrede-
Plataformas comerciales y procedimiento
CUADRO 16. Comparación de variabilidad alélica de STRs
detectados por longitud (EC) y por secuencia (NGS).
Entre las plataformas NGS disponibles para forense, des-
Locus Número de alelos detectados
tacan el Ion Torrent S5 (Thermofisher) y el Miseq FGx
Forensic Genomics System (Illumina). Sobre las diferencias
STR EC NGS Incremento entre plataformas, aunque Ion S5 proporciona informati-
(%) vidad de la secuencia interna y cercana de los STRs (hacia
D1S1656 18 26 44 los primers flanqueantes), se necesitan adquirir diferentes
kits para cada sistema: STRs, Y-STRs, X-STRs, phenoty-
TPOX 11 11 0 ping SNPs y ancestria (AIMs), lo que encarece su aplica-
ción. Por su parte, Miseq FGx ofrece una mezcla de
D2S441 13 25 92
reacción donde se pueden analizar simultáneamente cerca
D2S1338 18 51 183* de 200 marcadores genéticos: 27 STRs autosómicos, 24
Y-STRs, y 7 X-STRs, además de 95 SNPs que proporcio-
D3S1358 16 34 113* nan información las características fenotípicas, como el
color de los ojos y cabello, y ancestría biogeográfica. Cabe
FGA 43 50 16
señalar que la plataforma Miseq FGx ha sido validada por
D5S818 13 16 23 el SGWDA (Scientific Working Group on DNA Analysis
Methods). Por este motivo, se describirá en este capítulo
CSF1PO 12 14 17 sólo la plataforma Miseq FGx como referencia de la tec-
SE33 50 152 204* nología NGS, la cual consiste en cuatro pasos principales
(figura 28):
D6S1043 18 22 22

D7S820 9 9 0
1. Preparación de Bibliotecas. Se realiza mediante am-
plificación en dos pasos. El primer paso consiste en
D8S1179 13 26 100* realizar una amplificación mediante pares de ceba-
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D10S1248 13 14 8
dores específicos de secuencia que producirán am-
plicones de cada región blanco. En el segundo paso
TH01 15 15 0 se agregan índices y adaptadores a estos amplicones.
vWA 17 38 124*
2. Generación de grupos. Se inyecta la biblioteca en una
celda de flujo, donde los fragmentos son capturados
D12S391 24 84 250* por oligos, que se amplifican para formar grupos
D13S317 10 10 0
clonales mediante amplificación en puente.
3. Secuenciación. Lo cual se hace mediante el uso de
Penta E 27 30 11 bases nitrogenadas marcadas con un fluoróforo par-
D16S539 11 11 0 ticular, las cuales son detectadas conforme se incor-
poran a la cadena molde de DNA.
D18S51 33 36 9 4. Análisis de datos. Las secuencias se alinean a un ge-
D19S433 24 25 4 noma de referencia para su identificación y poste-
rior análisis.
D21S11 37 91 146*

Penta D 15 15 0 El perfil genómico obtenido por Miseq FGx incluye los

alelos en longitud y secuencia de los diferentes tipos de
D22S1045 13 13 0 STRs que son reportados en un archivo Excel, el cual in-
* Loci que han duplicado su diversidad alélica.
cluye diferentes SNPs. Sin embargo, estos últimos también
son empleados para inferir el fenotipo de color de cabello
 38 Genética clínica

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FIGURA 28 Pasos generales de la técnica MPS en la plataforma Miseq FGx. (Modificado de Illumina; la química SBS de
Illumina se ofrece para aplicaciones forenses por Verogen).
 Tema web 3 ▌ Identificación humana 39

e iris de los ojos, así como ancestría biogeográfica, los cua- den ser obtenidos por personal no-experto. A estos equi-
les son descritos en un reporte único (figura 29). pos solo se les pone la muestra biológica (p. ej., hisopo con
El impacto en el área forense de la vasta información saliva o mancha de sangre), y éstas realizan todo el proceso
obtenida por las plataformas genómicas esta por ser eva- de forma automática, es decir, extracción de DNA, PCR
luada en los próximos años. Entre estos temas destaca la multiplex, EC y lectura del electroferograma. Aunque hay
nomenclatura (antes eran diferencias de tamaño, ahora son disponibles algunas de estas plataformas automáticas en el
de secuencias), interpretación y comparativa entre mues- mercado, la gran diversidad de muestras que llegan a los
tras. Debido a que la técnica exige la creación de bibliote- laboratorios forenses, hacen que la experiencia -casi arte-
cas genómicas de las muestras problema, también falta por sanal- de extraer DNA de una gran diversidad de muestras
evaluar que tanto limita este aspecto al trabajo de rutina. biológicas colectadas de los casos criminales, no pueda ser
Por otra parte, el costo-beneficio tendrá que ser evaluado reemplazada. Por último, la capacidad de interpretación es
con respecto a los sistemas tradicionales (PCR y EC), los algo que tampoco se compra con un kit, requiere expe-
cuales además de robustos existen prácticamente en todos riencia y capacitación, lo cual debe considerarse por parte
los laboratorios de genética forense del mundo, por lo cual, de los laboratorios que adquieren estos equipos.
posiblemente no serán reemplazado a corto plazo. En bre-
ve, en este momento, el costo-beneficio no lo justifica.
Fenotipado
Aunque este resultado se genera en plataformas genómi-
OTROS SISTEMAS GENÉTICOS Y cas, hay sistemas genéticos que permiten obtener el feno-
PERSPECTIVAS tipo para color del cabello e iris de los ojos en las
plataformas tradicionales (PCR y EC). Destaca en siste-
ma denominado Hirisplex que analiza 24 SNPs en genes
funcionales, cuyos resultados pueden analizarse en una
PLATAFORMAS AUTOMATIZADAS plataforma en internet ([Link]
que evalúa mediante dos modelos la interacción entre
En los últimos años se han diseñado equipos que facilitan SNPs para facilitar la predicción del fenotipo. Por su par-
la obtención automatizada de perfiles genéticos que pue- te, la empresa SNaPshot en USA ([Link]

Resultados de color de cabello Resultados de color de ojo

Intermedio

Café Rojo Negro Rubio Café

Azul
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Resultados biogeográficos de ascendencia

Mixtos americanos
Africanos
Este de Asia
Europeos
Centriodes
Muestra

FIGURA 29 Perfil de ancestría y fenotipo de un individuo obtenido en una plataforma Miseq FGx.
 40 Genética clínica

[Link]/) ya ofrece el servicio de fenotipado implicado en un delito. Durante los últimos años, se ha es-
para rasgos faciales, color de piel y origen biogeográfico con tado evaluando el potencial de este sistema para identificar
fines de administración de justicia, principalmente. Con lo individuos, dado los cambios acumulados en el fenotipo
que, a partir de una muestra biológica, le pueden dar una por diferentes factores, entre los que destaca la edad, la
muy aproximación al rostro y características del individuo complexión física (delgado vs. robusto), entre otros.

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 Tema web 3 ▌ Identificación humana 41

PREGUNTAS DE AUTOEVALUACIÓN

1. Los marcadores genético-moleculares permiten di- A. Razón de verosimilitud (LR)

ferenciar lo siguiente: B. Random matching probability (RMP)
A. Cromosomas C. Probabilidad de exclusión (PE)
B. Individuos D. Probabilidad de paternidad (W)
C. Poblaciones 7. La probabilidad de paternidad (W) a partir de un
D. Todos los anteriores IP: 2 680, considerando un odds a priori del 50%
2. Una pareja con genotipos 12/13 y 15/21, puede te- sería igual a:
ner un hijo con diferentes genotipos, excepto: A. 99.9627%
A. 12/21 B. 99.9999%
B. 13/15 C. 99.2879%
C. 15/21 D. 98.3271%
D. 13/21 8. ¿Con qué sistema puede abordar una paternidad don-
3. Las siglas en inglés STRs indican lo siguiente: de no participe el padre pero si el abuelo paterno?
A. Serial total repeats A. STRs
B. Serial tandem repeats B. X-STRs
C. Short total repeats C. Y-STRs
D. Short tandem repeats D. mtDNA
4. En un caso criminal, la probabilidad de coinciden- 9. ¿Con qué sistema puede abordar una paternidad don-
cia al azar (PCA) es el inverso de_______________ de no participe el padre pero si la abuela paterna?
A. La razón de verosimilitud (LR) A. STRs
B. El random matching probability (RMP) B. X-STRs
C. La probabilidad de discriminación (PD) C. Y-STRs
D. El índice de paternidad (IP) D. mtDNA
5. El LR a partir de tres genotipos STRs cuyas fre- 10. ¿Con qué sistema se puede abordar un caso forense
cuencias son (0.11, 0.21 y 0.13) sería igual a: de identificación con restos óseos altamente degra-
A. 0.003 dados donde sólo participa la madre?
B. 333 A. STRs
C. 0.45 B. X-STRs
D. 2.2 C. Y-STRs
6. Se puede decir que un índice de paternidad (IP) es D. mtDNA
un tipo de____________ que se aplica a casos de
paternidad
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D 10.
B 9.
C 8.
A 7.
A 6.
B 5.
A 4
D 3.
C 2.
D 1.

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