Instituto Politécnico Nacional
Escuela Superior de Computo
Bioinformatics
Lab Session 9. SNPs
Alumno:
Profesor: Jorge Luis Rosas Trigueros
Fecha de Realización: 9 de Mayo de 2022
Fecha de Entrega: 16 de Mayo de 2022
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1. Marco Teorico
1.1. Protein - peptide
Peptides have recently attracted much attention as promising drug candidates. Rational
design of peptide-derived therapeutics usually requires structural characterization of the
underlying protein-peptide interaction. Given that experimental characterization can be dif-
ficult, reliable computational tools are needed. In recent years, a variety of approaches have
been developed for ’protein-peptide docking’, that is, predicting the structure of the protein-
peptide complex, starting from the protein structure and the peptide sequence, including
variable degrees of information about the peptide binding site and/or conformation. In this
review, we provide an overview of protein-peptide docking methods and outline their ca-
pabilities, limitations, and applications in structure-based drug design. Key challenges are
also briefly discussed, such as modeling of large-scale conformational changes upon binding,
scoring of predicted models, and optimal inclusion of varied types of experimental data and
theoretical predictions into an integrative modeling process. [1]
1.2. Docking
El acoplamiento molecular (conocido como docking) es una técnica de mecánica molecular
ampliamente utilizada para predecir energı́as y modos de enlace entre ligandos y proteı́nas,
información de gran utilidad en el estudio de nuevos compuestos con efectos terapéuticos. No
obstante, los resultados obtenidos mediante esta técnica tienden a la subjetividad, debido a
que los programas utilizados para llevarla a cabo proporcionan más de un criterio de selección
de la mejor pose. En la presente investigación se aplicó el método semiempı́rico PM6 a los
resultados del acoplamiento, obteniendo con ello mejorı́as en el proceso de selección de la
mejor pose pues se obtuvieron poses con alta probabilidad de unión al sitio activo de su
receptor y con energı́as de unión menores a las reportadas por los criterios de selección
ofrecidos por el programa de docking.[4]
2. Material y Equipo
Computadora Personal
Google Chrome
HawkDock
PDB
HPEPDOCK Server
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3. Desarrollo de la Practica
3.1. Docking 1AMY-2IWT
Seleccionamos la proteı́na 1AMY la cadena A para poder hacer Docking 2IWT la cadena B
estos obtenidos del PDB.
En el HawkDock Server en el cual ingresamos los .pdb de ambas proteinas.
Figura 1: HawkDock Server.
En la figura 2 se puede mostrar el resultado del Docking entre 1AMY con 2IWT mediante
el HawkDock Server.
Figura 2: Resultado Docking HawkDock Server.
Se puede notar en la figura 2 el acoplamiento que se tiene con ambas proteı́nas.
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3.2. Docking 6DDF-peptide
Por esta parte los elementos a utilizar serán:
6DDF chain D.
Peptide - YGGFMTSEKSQTPLVTLFKNAIIKNAYKKGE
En esta parte se hará un acoplamiento de un proteı́na con un peptido el cual es la cadena
YGGFMTSEKSQTPLVTLFKNAIIKNAYKKGE, para se utilizara HPEPDOCK Server que
se muestra en la figura 3.
Figura 3: HPEPDOCK Server.
Teniendo la proteı́na y el peptido ingresado en el programa nos arroja el siguiente modelo.
Figura 4: Resultado Docking HPEPDOCK Server.
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4. Conclusiones
En esta practica podemos notar los posibles uniones que pueden tener diferentes proteı́nas
con varias cadenas de las mismas, en especial la parte de el péptido con la cadena del proteı́na
6DDF se me hizo un confuso ya que no entendı́ a los modelos que me arrojaron.
Referencias
[1] M. Ciemny et al., “Protein–peptide docking: opportunities and challenges,” Drug Disco-
very Today, vol. 23, no. 8, pp. 1530–1537, Aug. 2018, doi: 10.1016/j.drudis.2018.05.006.
[2] “HPEPDOCK Server,” Hust.edu.cn, 2018. http://huanglab.phys.hust.edu.cn/hpepdock/.
[3] “HawkDock Server,” Zju.edu.cn, 2018. http://cadd.zju.edu.cn/hawkdock/.
[4] A. El, D. De Fármacos Por Camilo, I. Vega, H. Patrocinante, Gonzalo, and R. Durán,
“LUDIFICACIÓN DE DOCKING MOLECULAR PARA.” [Online].
