BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR

Estructura de las proteínas

Equipo 2:
Brenda Decireth Cantú González
Claudia Betsabe Castro de Leon
Josué Chipuli Ordóñez
Naida Nereida Corpus Gallegos
Diego Antonio Dávila Aguilar

 JOSUÉ ORDÓÑEZ

Estructura de las
proteínas
• La secuencia lineal de los
aminoácidos enlazados contiene la
información que se necesita para
generar una molécula proteica
tridimensional única que
determina la función.
• Para entender mejor la
complejidad de las proteínas se
consideran 4 niveles de
organización.

Estructura primaria

• A una secuencia de aminoácidos en una

proteína se le llama estructura primaria.
• Comprender estas estructuras es
importante debido a que, muchas
enfermedades gen ticas resultan en
prote nas con secuencias anormales de
amino cidos.
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 Enlace peptídico

• Para formar las prote nas, • Estos enlaces son

los amino cidos se unen resistentes a las
de manera covalente a condiciones que
través de Enlaces desnaturalizan las
pept dicos. Estos son proteínas, como el calor o
uniones amida entre el las altas concentraciones
grupo alpha-carboxilo de de urea.
un aminoácido y el alpha-
amino de otro.
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Nomenclatura de
péptidos
• N-terminal se escribe a la izquierda
• C-terminal se escribe a la derecha
• La union de >50 aminoácidos
resulta en una cadena denominada
polipéptido o proteína.
• Cuando se le da nombre a un
péptido se cambian los su jos de
todos los residuos de los
aminoácidos exceptuando el
aminoácido C-terminal

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 Características del
enlace peptídico
• Nota: Los enlaces peptídicos que
incluyen prolina pueden tener una
con guraci n cis.
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 Determinación de la
composición de aminoácidos
de un polipéptido
• Se hidroliza una muestra puri cada con acido
fuerte a 110°C por 24 horas. Esto rompe los
enlaces peptídicos y libera los aminoácidos
individuales.
• Por medio de cromatografía de intercambio
catiónico se separan los aminoácidos
individuales. Después se liberan los aminoácidos
mediante la elución.
• Los aminoácidos se cuanti can mediante su
calentamiento con ninhidrina
• Al nal la cantidad de aminoácidos se
determinara de manera espestrofotometrica, es
decir midiendo la cantidad de luz absorbida por
el derivado de ninhidrina.
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 Secuenciación de un péptido desde

su extremo N-terminal
• La secuenciación es un proceso en pasos para identi car el aminoácido especí co
en cada posición de la cadena pept dica.
• El fenilisotiocianato, conocido como reactivo de Edman, se usa para marcar el
residuo amino terminal bajo condiciones levemente alcalinas.
• El PTH introduce una inestabilidad en el enlace, de esta forma puede hidrolizarse
sin romper los demás enlaces pépticos. Es entonces que la identidad del
aminoácido puede determinarse.
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 Degradación del
polipéptido en
fragmentos más pequeños
• Las grandes moléculas pueden
romperse en sitos especí cos y
secuencias entonces los
fragmentos resultantes.
• Al usar mas de un agente de
ruptura sobre muestras separadas
de polipéptido puri cado, pueden
generarse fragmentos que se
superponen y que permiten
ordenar en forma adecuada los
fragmentos secuenciados, y
proporcionan así la secuencia
completa de un gran polipéptido.
• Las enzimas que hidrolizan los
enlaces péptidos se llaman
peptidasas.
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 Determinación de la estructura
primaria de una proteína por
secuenciación del ADN
• La secuenciación directa de las • Posee la limitación de no ser capaz
proteínas es una herramienta en de predecir las posiciones en los
extremo importante para enlaces disulfuro en la cadena
determinar el carácter verdadero dohlada y de no identi car los
de la secuencia primaria de aminoácidos que se hayan
muchos polipéptidos. modi cado después de su
incorporación en el polipéptido.
• La secuencia de nucleótidos
especi ca la secuencia de
aminoácidos de un polipéptido.
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 BRENDA CANTÚ

Estructura secundaria
• El esqueleto polipeptídico no • Cada una se estabiliza mediante
asume una estructura puentes de hidr geno entre los
tridimensional al azar sino que, en tomos del esqueleto peri dico.
lugar de ello, forma acomodas
regulares de amino cidos que se
localizan cercanos entre s en la
secuencia lineal.
• Estos denominan "estructura
secundaria" del polip ptido.
• La h lice a, la lámina B (o giro B) y
el doblez B son ejemplos de
estructuras secundarias que se
suelen encontrar en las prote nas.
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 Hélice a

• De las diversas h lices

polipept dicas en la naturaleza, la
h lice a es la m s com n.
• Se trata de una estructura r gida,
en espiral hacia la derecha, que
consta de un esqueleto
polipept dico central
estrechamente compactado y
enrollado, con las cadenas laterales
de los amino cidos componentes
que se extienden hacia afuera
desde el eje central para evitar la
interferencia est tica entre s .
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Hélice a
1. Puentes de hidrógeno: la h lice se estabiliza por la formaci n extensa de
puentes de hidr geno entre los ox geno del grupo carb nico y los hidr geno del
grupo amiga presentes en el enlace peri dico, los cuales van constituyendo al
esqueleto polipeptídico.
2. Los puentes de hidr geno son d biles de forma individual, pero de manera
colectiva sirven para estabilizar la h lice.
3. Aminoácidos por vuelta: cada vuelta de una h lice a contiene 3.6 amino cidos.
En consecuencia, los amino cidos espaciados por tres o cuatro residuos en la
secuencia primaria est n m s cercanos desde el punto de vista espacial cuando
se pliegan en una h lice a
4. Aminoácidos que alteran una hélice a: el R de un amino cido determina su
propensi n a formar parte de una h lice a. La propina altera la h lice a porque su
grupo amino secundario r gido no es geom tricamente compatible con la espiral
hacia la derecha de la h lice a. La glicina, con el hidr geno como su grupo R,
con ere alta exibilidad.
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 Lamina B
• La l mina B es otra forma de
estructura secundaria en la cual todos
los componentes del enlace peptidico
est n implicados en los puentes de
hidr geno.
• Dado que las super cies de las l mina
B parecen doblarse o formar
"pliegues", con frecuencia se les llama
l mina B plegadas.
• Los pliegues se deben a que los
carbonos a sucesivos se encuentran
ligeramente por arriba o por debajo
del plano de la l mina.
• Sus ilustraciones de la estructura
proteica con frecuencia muestran a las
cadenas B como echas gruesas.
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 Lamina B

1. Formación: una l mina B est 2. Comparación entre hélices a y

formada por dos o m s cadenas láminas B:
peptídicas (cadenas B) alineadas 1. En las l minas B:
de manera lateral y estabilizados
por puentes de hidr geno entre 1. - Las cadenas B est n casi por
los grupos carboxilo y amino de completo extendidas y los
los amino cidos que se puentes de hidr geno entre
las cadenas son
encuentran alejados en un solo
perpendiculares al esqueleto
polipeptidico (enlaces polipept dico.
intracadena) o en cadenas
polipeptidicas diferentes 2. En las h lices a:
(enlaces intercadenas). Las
1. - El polip ptido est enrollado
l minas B no son planas y tienen y los puentes de hidr geno
un enrollamiento haca la derecha son paralelos al esqueleto.
( torcimiento) esto cuando se
observan a lo largo del esqueleto
polipept dico.
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 Dobleces B

• Los dobleces B, tambi n • Glicina (con el grupo R m s

denominados giros inversos y peque o que igual se
giros B, invierten la direcci n encuentra con frecuencia en
de una cadena polipept dica y los dobleces B.
la ayudan a tomar una forma
compacta y globular. • Estos se estabilizan por la
formaci n de puentes de
• Los dobleces B reciben este hidr geno entre el primero y el
nombre porque con frecuencia ltimo residuos en el doblez.
conectan cadenas sucesivas de
l minas B antiparalelas.
• Estos suelen estar compuestos
de 4 amino cidos:
• Uno puede ser propina (el
amino cido que causa un
doblez en la cadena
polipeptidica.
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 Estructura secundaria no repetitiva

• Cerca de la mitad de una • El t rmino espiral aleatoria se

prote na globular promedio re ere a la estructura
est organizada en estructuras desordenada obtenida
repetitivas, como la h lice a y cuando se desnaturalizan las
l mina B. prote nas.
• Se describe como poseedora
de una conformaci n en asa o
en h lice.
• No se presentan al azar, m s
bien tienen una estructura
menos regular.
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 Estructuras supersecundarias
• Las prote nas gl bulos se construyen por combinaci n de elementos
estructuras secundarios, incluidas h lices a, l minas B y espirales, lo cual
produce patrones geom tricos espec cos o dise os.
• Estos forman sobre todo la regi n central (interior) de la mol cula.
• Las estructuras supersecundarias por lo general se producen por un
empaquetamiento estrecho de las cadenas laterales de los elementos
estructurales secundarios. Ej. Las h lices a y l minas B que están
adyacentes en la secuencia de amino cidos tambi n suelen estar (aunque
no siempre) adyacentes en la prote nas de la prote na nal plegada.
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 NAIDA CORPUS

Estructura terciaria
• El termino terciaria se re ere tanto al doblez B. Interacciones estabilizantes
de los dominios (las unidades b sicas de
estructura y funci n) como al acomodo nal • La estructura tridimensional nica de
de los dominios en el polip ptido cada polip ptido se determina por su
secuencia de amino cidos. Las
• La estructura terciaria de las prote nas interacciones gu an el plegamiento del
globulares en la soluci n acuosa es polip ptido para formar una estructura
compacta, con alta densidad de los compacta.
tomos en el centro de la mol cula.
Hay 4 tipos de interacciones que cooperan
A. Dominios para estabilizar las estructuras terciarias de
las prote nas globulares.
• Los dominios son las unidades
funcionales estructurales fundamentales
y tridimensionales de los polip ptidos.
Cada dominio tiene las caracter sticas de
una prote na globular peque a que
desde el punto de vista estructural es
independiente de otros dominios en la
cadena polipept dica.

Polip ptido: Sustancia que contiene

muchos amino cidos
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 1. Enlace disulfuro
• Un enlace disulfuro (- • Por ejemplo: Es
S-S-) es un enlace posible encontrar
covalente formado muchos enlaces
por el grupo disulfuro en prote nas
sulfhidrilo (-SH) de como las
cada uno de dos inmunoglobinas
residuos de ciste na secretadas por las
para producir un c lulas.
residuo de cistina.
• Inmunoglobinas: Las
• Un enlace disulfuro inmunoglobulinas
contribuye a la tambi n se conocen
estabilidad de la como anticuerpos.
forma tridimensional Los anticuerpos son
de la mol cula prote nas fabricadas
proteica y evita que por el sistema
esta se desnaturalice inmunitario para
en el medio combatir g rmenes
extracelular. como virus y
bacterias.
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 2. Interacciones hidrófobas

• Los amino cidos con cadenas

laterales apolares tienden a
localizarse en el interior de la
mol cula polipept dica, donde se
asocian con otros amino cidos
hidr fobos.
• Los amino cidos con cadenas
laterales polares o cargadas
tienden a localizarse en la
super cie de la mol cula en
contacto con el disolvente polar.
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 3. Puentes de hidrógeno
e interacciones iónicas
• Puentes de hidrógeno: Las cadenas laterales
de amino cidos que contienen hidr geno
unido a ox geno o nitr geno, pueden formar
puentes de hidr geno con tomos ricos en
electrones, como el ox geno de un grupo
carboxilo o el grupo carbonilo de un enlace
pept dico. La formaci n de enlaces de
hidr geno, entre los grupos polares en la
super cie de las prote nas y el solvente
acuoso mejora la solubilidad de la prote na.
• Interacciones iónicas: Los grupos con carga
negativa, como el carboxilato (- COO¬)de la
cadena lateral de aspartato o glutamato,
pueden interactuar con grupos de carga
positiva como el amino (-NH3+) en la cadena
lateral de lisina.
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 Plegamiento de proteínas

• El plegamiento de prote nas, que ocurre

dentro de la c lula en segundos a
minutos, implica v as no aleatorias y
ordenadas. A medida que se dobla un
p ptido, se forman estructuras
secundarias, impulsadas por el efecto
hidrof bico; los grupos hidr fobos se
unen a medida que se libera agua.
• Se estabilizan la estructura secundaria e
inician la formaci n de la estructura
terciaria. En la ltima etapa, el p ptido
alcanza su forma por completo doblada y
nativa (funcional), caracterizado por un
estado de baja energ a.
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 Desnaturalización de proteínas
• La desnaturalizaci n deriva en el
desdoblamiento y la desorganizaci n de las
estructuras secundarias y terciaria de una
prote na sin la hidr lisis de los enlaces
pept dicos. Los agentes desnaturalizantes
incluyen calor, urea, solventes org nicos,
cidos o bases fuertes, detergentes e iones de
metales pesados como el plomo. La mayor a
de las prote nas esta desordenada de modo
permanente una vez desnaturalizadas. Las
prote nas desnaturalizadas con frecuencia son
insolubles y forman precipitados separ ndose
de la soluci n.
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 El papel de las chaperonas en el
plegamiento de las proteínas

• Las chaperonas tambi n • Las Chaperonas, facilitan el

conocidas como prote nas plegamiento correcto de las
de choque t rmico (PCT), prote nas al unirse a y
interaccionan con un estabilizar las regiones
polip ptido en diversas hidr fobas, con tendencia a
etapas durante el proceso formar agregados y
de plegamiento. Algunas expuestas en polip ptidos
chaperonas unen regiones en formaci n y
hidr fobas de un desnaturalizados, lo cual
polip ptido extendido y son evita el plegamiento
importantes para mantener prematuro.
la prote na sin doblar hasta
que se completa su s ntesis.
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 BETSABE CASTRO

Estructura cuaternaria
• Es el acomodo de subunidades polipept dicas en la
prote na.
• Constan de dos o m s cadenas polipept dicas que
pueden ser id nticas o no tener relaci n alguna.
• Se mantienen juntas por interacciones no covalentes,
incluidos puentes de hidrogeno, enlaces i nicos e
interacciones hidr fobas.
• Pueden funcionar de modo independiente o de forma
cooperativa.
• Ejemplo de esto:
• La hemoglobina, en la cual la uni n de oxigeno a una
subunidad del tetr mero incrementa la a nidad de otras
subunidades por el ox geno.
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Plegamiento erróneo de las

proteínas
• En ocasiones se deriva en mol culas con dobleces
inadecuados.
• Estas prote nas mal dobladas por lo general se marcan y
degradan dentro de la c lula.
• Este sistema de control no es perfecto y pueden
acumularse conglomerados, intracelulares extracelulares,
de prote nas mal dobladas, en particular, a medida que las
personas envejecen.
• La acumulación de proteínas mal dobladas se asocian con
un gran número de enfermedades.
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 Enfermedad Amiloide
• Puede ocurrir de manera • La acumulaci n de estos
espontanea o ser producto de una agregados insolubles de prote nas
mutaci n en un gen particular lo brosas, llamados amiloides, se ha
que produce una prote na alterada. implicado en trastornos
neurodegenerativos como la
• Algunas prote nas de apariencia enfermedad de Alzheimer (EA) y la
normal pueden, despu s del enfermedad de Parkinson.
rompimiento proteol tico anormal,
tomar una conformaci n nica que • El componente dominante de la
conduce a la formaci n placa amiloide que se acumula en
espontanea de conjuntos de la EA es β-amiloide (βA), un
prote na brilar que constan de p ptido extracelular que contiene
l minas β-plegadas. 40 a 42 residuos amino cidos con
una estructura secundaria de
lamina β-plegada de brillas sin
rami car.
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 • Este p ptido, • La mayor a de los

cuando se agrega casos de EA no
en conformaci n tiene bases
de l mina β- gen ticas, aunque
plegada, es por lo menos 5%
neurot xico y es de los mismos es
el evento hereditario.
pat geno central
que conduce a la • Factor biol gico:
de ciencia Acumulaci n de
cognitiva nudos
caracter stica de neuro brilares
la enfermedad. dentro de las
neuronas.
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 Enfermedad por priones

• Se asocian con diversas enfermedades. • Una forma no infecciosa de PrPC

(C=celular), esta presente en los
• La prote na del prion (PrP) es el agente cerebros normales de mam feros sobre
causal de las encefalopat as la super cie de las neuronas y las c lulas
espongiformes transmisibles (EET), de la gl a. Es una prote na del
incluida la enfermedad de Creutzfeld- hospedero.
Jakob en los humanos, la tembladera de
ovejas (scarpie) y la encefalopat a • La clave para convertirse en infecciosa se
espongiforme bovina, llamada de modo encuentra en los cambios de la
popular “enfermedad de las vacas locas”, conformaci n tridimensional de PrPC.
en el ganado.
• Los estudios han demostrado que un
• El agente que causa la tembladera en las gran n mero de h lices α presentes en
ovejas se asocia con una sola especie de la PrPc no infecciosa es remplazado por
prote na que no formaba complejos con laminas β en la infecciosa.
cidos nucleicos detectables, la cual,
esta prote na infecciosa se designa
PrPSc (Sc=tembladera)
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• El agente infeccioso es una

versi n alterada de una
prote na normal, la cual act a
como patr n para convertir la
prote na normal a la Mecanismo propuesto
para la multiplicaci n de
conformaci n pat gena. los priones infecciosos.
PrP, prote na del pri n;
• Las EET son invariablemente PrPC, prote na del pri n
fatales y en la actualidad no celular; PrPSc, prote na
existe un tratamiento que del pri n de la
pueda alterar este resultado. tembladera (scrapie).
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