Un Virus: Por Conchita Fraguas Bringas Y Jakob Nilsson
Un Virus: Por Conchita Fraguas Bringas Y Jakob Nilsson
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UN VIRUS
LÍNEA DE CRÉDITO
que las regiones de proteínas no duraderas, estamos empezando a apreciar la naturaleza transitoria y compleja de
las proteínas y las redes de señalización que construyen. la base de la biología
estructuradas no solo eran abundantes, sino celular tal como la conocemos.
Interacciones fuertes y a menudo duraderas, como en la formación de complejos proteicos. Interacciones débiles y transitorias
Delgado
la ayuda de técnicas novedosas como la cristalografía de rayos X y la estos plantearon un nuevo desafío para los biólogos de proteínas: ¿Cómo
espectroscopia de resonancia magnética nuclear. Pero si bien estas podemos estudiar proteínas tan desestructuradas si no hay una estructura que
interacciones a menudo fuertes entre regiones de proteínas bien resolver? ¿Donde empezamos?
estructuradas sin duda ocupan un lugar crítico en la biología, el enfoque en Volviendo a la bioinformática, los investigadores descubrieron muchas
ellas pasó por alto innumerables regiones no estructuradas que existen en interacciones dentro de las regiones de proteínas desordenadas, y la
el proteoma. Todo eso cambió a fines de la década de 1990 cuando quedó mayoría de las interacciones tienen lugar entre tramos cortos de solo 2 a 10
claro que estas regiones de proteínas no estructuradas no solo eran aminoácidos: SLiM, un término acuñado en 2006 por un grupo en el
© SCOTT LEIGHTON
abundantes, sino que mediaban funciones celulares importantes. Instituto de Biomolecular de University College Dublin Conway. y Ciencias
Este cambio en nuestro pensamiento, junto con nuevas herramientas bioquímicas y Biomédicas.2En comparación con otros tipos de interacciones, estos motivos
computacionales, dio como resultado el reconocimiento de una nueva clase de proteínas se unen débil y transitoriamente, a menudo a bolsas conservadas en
que no están estructuradas o están intrínsecamente desordenadas. Pero proteínas globulares. (Vea la ilustración en la página 32.)
Las proteínas celulares se unen y restrinjan la producción de proteínas. Debido a que los
Viral G3BP a través de ΦxFG SLiM en
ARN virus necesitan la maquinaria celular para producir sus
gránulos de tensión
proteínas virales y proliferar, la respuesta al estrés
ΦxFG
G3BP
ΦxFG
Núcleo
proteína restringida
límites de producción
proliferación viral
INFECCIÓN POR SARS-COV-2
En el caso del SARS-CoV-2, encontramos en células humanas que la proteína N puede unirse a las proteínas G3BP a través de un ΦxFG SLiM, posiblemente para localizar la
replicación viral en gránulos de estrés en la infección temprana. A medida que los niveles de la proteína N del SARS-CoV-2 aumentan en las etapas posteriores de la infección,
el N desplaza de manera efectiva todas las proteínas celulares de las G3BP y altera los gránulos de estrés citoplasmático. En última instancia, esto promueve la proliferación
SARS-CoV-2
entra en la celda
El virus prolifera
Se alcanzan altos
niveles de proteína N
SARS-CoV-2 norte
proteína competitivamente
se une a las proteínas G3BP
(G3BPs) y localiza
para estresar gránulos
Proteínas celulares
son desplazados
y no puede
ΦxFG vincular G3BP
SARS-CoV-2 norte
G3BP
gránulos de estrés
están interrumpidos
© SCOTT LEIGHTON
ESTRÉS OBJETIVO
FORMACIÓN DE GRÁNULOS
Con base en estos hallazgos, diseñamos un inhibidor
peptídico que contiene SLiM similares a ΦxFG que se
G3BPi se une fuertemente a
G3BPs, desplazando al unen fuertemente a G3BP, evitando la unión de la
Proteína N del SARS-CoV-2
proteína N del SARS-CoV-2 en células humanas. Este
péptido (G3BPi) inhibió la proliferación viral en una
ΦxFG Viral línea celular de mono que se usa comúnmente en los
proliferación
estudios de SARS-CoV-2, aunque aún quedan por
inhibido
G3BPi
dilucidar los mecanismos posteriores específicos.
G3BP
En los años 90 y principios de la década de 2000, las investigaciones Las G3BP se han relacionado con la señalización inmunitaria innata y
sobre SLiM vincularon estos motivos con muchas funciones celulares son efectores conocidos en el ensamblaje de gránulos de estrés, estructuras
importantes en eucariotas superiores, incluida la localización de proteínas, la dinámicas compuestas de proteínas y ARN que se forman en respuesta a
expresión génica, el control del ciclo celular y la degradación de proteínas a diversas tensiones celulares, como las infecciones virales. Durante la
través del proteasoma. Los SLiM funcionan junto con dominios de proteínas respuesta de los gránulos de estrés, las células limitarán su gasto de energía
estructuradas para garantizar el mantenimiento de las redes de señalización y, entre otras funciones, restringirán la producción de proteínas. Debido a
celular. Dada su importancia, no sorprende que los SLiM a menudo estén que los virus necesitan maquinaria celular para producir sus proteínas
desregulados en enfermedades como el cáncer. Los esfuerzos virales y proliferar, los gránulos de estrés pueden obstaculizar esta
computacionales en curso ayudan en el descubrimiento de motivos y cooptación. Pero los virus han desarrollado un contraataque.
ayudan a hacer crecer las bases de datos que compilan proteínas no
estructuradas y su creciente número de interacciones conocidas. Una
predicción reciente estima que el número de SLiM en el proteoma humano
supera los 100 000, y ese número se dispara a casi un millón cuando se
Los SLiM ofrecen una versatilidad que los
consideran las modificaciones postraduccionales.3 dominios de proteínas estructuradas no
Debido a que son tan cortos, los SLiM pueden surgir fácilmente a través de la mutación. Por
lo tanto, ofrecen una versatilidad que los dominios de proteínas estructuradas no pueden lograr
pueden lograr por sí solos, proporcionando
por sí solos, proporcionando una base rápida y simple para nuevas interacciones de proteínas y, una forma rápida y sencilla para que surjan
por lo tanto, permiten que los organismos se adapten rápidamente a su entorno cambiante. Sin
embargo, esta característica también hace que estos motivos sean objetivos fáciles para que los
nuevas interacciones de proteínas.
patógenos accedan a la biología del huésped.
secuestro viral Varios estudios han descrito múltiples proteínas virales que pueden
Las secuencias de proteínas virales que imitan a los SLiM celulares reclutar G3BP1/2 y otros componentes de gránulos de estrés para
interfieren con una variedad de procesos del huésped, explotan la interrumpir la formación de gránulos de estrés o facilitar la replicación viral.
maquinaria de transporte celular, manipulan las vías de señalización y se Un trabajo más reciente ha revelado que la proteína SARS-CoV-2 N
sienten como en casa. En 2018, por ejemplo, nuestro grupo demostró que la interactúa con las proteínas G3BP y que esto conduce a la interrupción de
nucleoproteína del virus del Ébola imita a un SLiM que se une a una los gránulos de estrés.7,8Estos estudios incluso señalaron que el dominio
fosfatasa del huésped para facilitar la transcripción viral.4Y la proteína LMP1 aminoterminal de la proteína N, donde encontramos el SLiM que interactúa
del virus Epstein-Barr contiene un SLiM que imita un motivo en CD40, una con G3BP, es central en este papel. Por lo tanto, sospechamos que este
proteína involucrada en la activación de las células presentadoras de SLiM, llamado ΦxFG SLiM, donde Φ representa un aminoácido hidrofóbico, x
antígenos, lo que permite que el virus interfiera con la defensa inmunitaria representa cualquier residuo y F y G representan fenilalanina y glicina,
del huésped.5 respectivamente, podría ayudar a promover la replicación viral frente a un
Hace varios años, nuestra colega de la Universidad de Uppsala, Ylva estrés celular. respuesta. (Vea la ilustración en la página 32.)
Ivarsson, y sus colaboradores demostraron que la visualización de péptidos Transfectamos células humanas cultivadas con la proteína SARS-CoV-2
proteómicos (ProP-PD), una técnica útil para detectar otras interacciones N, que contenía el motivo ΦxFG o un motivo mutado, y usamos microscopía
proteicas, puede ayudar a identificar interacciones proteicas basadas en de células vivas para obtener imágenes de G3BP1 y, por lo tanto, visualizar
SLiM.6En pocas palabras, este enfoque involucra una biblioteca de la formación de gránulos de estrés en respuesta a un factor estresante
bacteriófagos que están diseñados para mostrar péptidos en su proteína de introducido, el compuesto arsenito. Descubrimos que los gránulos de estrés
cubierta expuesta. Luego, los fagos se presentan a las proteínas cebo, se interrumpieron en las células que expresan la proteína N con un ΦxFG
algunas de las cuales se unirán a los péptidos mostrados. Luego, los fagos intacto pero no con la proteína N mutada en SLiM. Luego, infectamos células
unidos se secuencian para descubrir qué motivos peptídicos interactuaron de mono (comúnmente utilizadas en estudios de SARS-CoV-2 y otros virus)
con qué proteínas cebo. Para aplicar esto a los SLiM, los investigadores con SARS-CoV-2 y examinamos la localización de G3BP1, la proteína N y el
diseñaron fagos para presentar regiones proteicas no estructuradas. ARN viral mediante inmunofluorescencia. Curiosamente, cuando los niveles
Usando esta tecnología, nosotros y nuestros colaboradores diseñamos de SARS-CoV-2 N eran relativamente bajos, vimos una formación normal de
una biblioteca ProP-PD única, con fagos que muestran casi 20 000 regiones gránulos de estrés, con las tres moléculas agrupadas en los gránulos. Pero a
no estructuradas de más de mil proteínas virales de 229 virus de ARN, medida que avanzaba la infección y aumentaban los niveles de proteína N
incluidos 23 coronavirus. Los presentamos a dominios globulares conocidos viral, ya no pudimos detectar ningún gránulo de G3BP1. Esto nos hizo
de proteínas humanas que se habían vinculado previamente a interacciones sospechar que la proteína viral N está aprovechando la maquinaria de los
virales-huésped, descubriendo un total de 117 interacciones de proteínas gránulos de estrés en las primeras etapas de la infección, pero una vez que
humano-coronavirus basadas en SLiM.1 se alcanza un nivel umbral de proteína viral N, los gránulos de estrés se
Centrándonos en el SARS-CoV-2, descubrimos que un péptido que interrumpen.
contenía una región no estructurada de la proteína N viral se unía a un Aún así, el mecanismo por el cual todo esto sucede no estaba claro. Nos
dominio específico en las proteínas humanas G3BP1 y G3BP2. preguntamos qué proteínas celulares podrían estar usando este SLiM
asociadas a gránulos de estrés. Debido a que la proteína N es la proteína factor huésped y el coronavirus revela vulnerabilidades y mecanismos específicos del SARS-
la ayuda de investigaciones previas sobre la unión de G3BP a proteínas la visualización proteómica de fagos y péptidos utilizando peptidomas de fagos virales y
De manera emocionante, a principios de este año, un grupo de investigación del G3BP para desmontar los gránulos de estrés y facilitar la producción viral".
toro de ciencia, 66:1194–204, 2021.
departamento de bioquímica de la Universidad de California, Riverside, resolvió la
9. T. Schulte et al., "La evidencia estructural, bioquímica y celular combinada demuestra
estructura de G3BP1 unida a SARS-CoV-2 N, lo que confirma que esta interacción
que ambos motivos FGDF en el alfavirus nsP3 son necesarios para una
molecular está mediada en gran medida por ΦxFG SLiM.10 replicación eficiente".Biología Abierta, 6:160078, 2016.
Los resultados revelaron que SLiM ocupa un bolsillo conservado en el 10. M. Biswal et al., "La proteína de la nucleocápsida del SARS-CoV-2 se dirige a un surco
dominio globular de G3BP1, lo que valida nuestras conclusiones y arroja luz superficial conservado del dominio similar a NTF2 de G3BP1"J Mol Biol,434:167516, 2022.