Tarea de Ensayos Biotecnológicos

Tema 02: Extracción, Cuantificación y Purificación de proteínas. Técnicas de detección e

identificación de proteínas. Bioinformática
Silvia Fernández de la Puebla Gavin

Actividad 1.- Con la actividad 1 y 2 se pretende que el alumno practique la búsqueda de

información de proteínas en las bases de datos de Internet, en concreto se utilizará la base
de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) de EEUU.

La secuenciación de una proteína da el siguiente resultado:

MALWMRLLLALLALWGPDPAGAAFVDQHLCGSHLVEALYTLVCGERGFFPKTRKEAEDLQVGQVQLG
GGPGAGSLMQPLALEGSLQRRGIVEQCTSICSLYQLE

(a)- De los resultados obtenidos escoger el que tiene más coincidencias (el primero de las
secuencias encontradas) e indicar:

(a.1)- El número de identificación de la secuencia en la base de datos, de qué proteína se

trata y en qué organismo se encuentra.

El numero de identificación de la proteína encontrada es QMS45324.1. se trata de la

insulina isoform en el homo sapiens

(a.2)- El número de aminoácidos en la secuencia buscada (Query) y la secuencia encontrada

(Sbjct).

El número de aminoácidos en la secuencia buscada es 104 aa

El número de aminoácidos en la secuencia encontrada es 149 aa

(a.3)- La numeración en cada una de las secuencias.

En la secuencia buscada es 1-104

En la secuencia encontrada es 44-149

(a.4)- El número y porcentaje con una cifra decimal, de huecos generados en el alineamiento
entre las dos secuencias.

Huecos generados: 0 (0%)

(a.5)-Especificar, en la secuencia encontrada, número y porcentaje con una cifra decimal, de

aminoácidos idénticos, positivos, distintos y huecos con respecto a la secuencia buscada.

Aminoácidos idénticos: 93 (85%)

Aminoácidos positivos: 0 (0%)
Aminoácidos distintos: 4 (3.7%)
Huecos: 8 (7%)

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(b)- Copiar el alineamiento, dado por el programa Blast, entre la secuencia buscada (Query)
y la secuencia encontrada (Sbjct), y sombrear las diferencias entre las dos secuencias. Escribir
con letra "Courier", para que queden las letras alineadas una debajo de la otra, en las dos
secuencias.

Query 1 MALWMRLLLALLAL--WGPDPAGAAFVDQHLCGSHLVEALYTLVCGERGFF--PKTRKEA 56
MALWMRLL L L WGPDPA AAFV+QHLCGSHLVEALY LVCGERGFF PKTR+EA
Sbjct 44 MALWMRLLPLLALLALWGPDPA-AAFVNQHLCGSHLVEALY-LVCGERGFFYTPKTRREA 101

Query 57 EDLQVGQVQLGGGPGAGSLMQPLALEGSLQRRGIVEQC-TSICSLYQLE 104

EDLQVGQV+LGGGPGAGSL QPLALEGSLQ+RGIVEQC TSICSLYQLE
Sbjct 102 EDLQVGQVELGGGPGAGSL-QPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLE 149

(c)- Indicar las diferencias entre las secuencias, completando la tabla siguiente (añadir las filas
necesarias).

Secuencia Posición/Entre Aminoácido/Hueco Secuencia Posición/Entre Aminoácido/Hueco

posiciones posiciones
Buscada 9 Leucina (L) Encontrada 53 Prolina (P)
Buscada 10 Alanina (A) Encontrada 54 Leucina (L)
Buscada 12 Leucina (L) Encontrada 56 Alanina (A)
buscada 13 Alanina (A) Encontrada 57 Leucina (L)
Buscada 15-16 Hueco Encontrada 59 Alanina (A)
Buscada 15-16 hueco Encontrada 60 Leucina (L)
Buscada 22 Glicina (G) Encontrada 66-67 hueco
Buscada 27 Acido aspártico (D) Encontrada 71 Asparagina (N)
Buscada 41 Treonina (T) Encontrada 84-85 hueco
Buscada 50-51 hueco Encontrada 94-95 hueco
Buscada 50-51 hueco Encontrada 94-95 hueco
Buscada 65 Glutamina (Q) Encontrada 111 Acido glutámico
(E)
Buscada 76 Metionina (M) Encontrada 121-122 hueco
Buscada 87 Arginina ( R) Encontrada 132 Lisina (K)
Buscada 94-95 hueco Encontrada 140 Cisteina (C)

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(d)- Mostrar imágenes claras de capturas de pantalla de cada paso realizado en la búsqueda
anterior, donde aparezca la pantalla del ordenador completa, mostrando la fecha y la hora,
sin recortar nada, como la imagen mostrada a continuación. Mostrar todas las imágenes
agrupadas solo en este apartado, no intercaladas por el informe.

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Actividad 2.-

(a)- Buscar y escribir la secuencia completa en formato FASTA de la enzima amilasa de la

especie Drosophila melanogaster (amylase drosophila melanogaster) e indicar el número de
aminoácidos que la forman.

>NP_001286518.1 amylase proximal, isoform B [Drosophila melanogaster]

MFLAKSIVCLALLAVANAQFDTNYASGRSGMVHLFEWKWDDIAAECENFLGPNGYAGVQVSPVNENAVKD
SRPWWERYQPISYKLETRSGNEEQFASMVKRCNAVGVRTYVDVVFNHMAADGGTYGTGGSTASPSSKSYP
GVPYSSLDFNPTCAISNYNDANEVRNCELVGLRDLNQGNSYVQDKVVEFLDHLIDLGVAGFRVDAAKHMW
PADLAVIYGRLKNLNTDHGFASGSKAYIVQEVIDMGGEAISKSEYTGLGAITEFRHSDSIGKVFRGKDQL
QYLTNWGTAWGFAASDRSLVFVDNHDNQRGHGAGGADVLTYKVPKQYKMASAFMLAHPFGTPRVMSSFSF
TDTDQGPPTTDGHNIASPIFNSDNSCSGGWVCEHRWRQIYNMVAFRNTVGLDEIQNWWDNGSNQISFSRG
SRGFVAFNNDNYDLNSSLQTGLPAGTYCDVISGSKSGSSCTGKTVTVGSDGRASIYIGSSEDDGVLAIHV
NAKL
La forman 494 aminoácidos.

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(b)- Buscar y escribir la secuencia completa en formato FASTA de la enzima amilasa de la

especie Homo sapiens (amylase homo sapiens) e indicar el número de aminoácidos que la
forman.

La forman 511 aminoacidos

>AAA51724.1 amylase [Homo sapiens]

MKFFLLLFTIGFCWAQYSPNTQQGRTSIVHLFEWRWVDIALECERYLAPKGFGGVQVSPPNENVAIYNPF
RPWWERYQPVSYKLCTRSGNEDEFRNMVTRCNNVGVRIYVDAVINHMCGNAVSAGTSSTCGSYFNPGSRD
FPAVPYSGWDFNDGKCKTGSGDIENYNDATQVRDCRLTGLLDLALEKDYVRSKIAEYMNHLIDIGVAGFR
LDASKHMWPGDIKAILDKLHNLNSNWFPAGSKPFIYQEVIDLGGEPIKSSDYFGNGRVTEFKYGAKLGTV
IRKWNGEKMSYLKNWGEGWGFVPSDRALVFVDNHDNQRGHGAGGASILTFWDARLYKMAVGFMLAHPYGF
TRVMSSYRWPRQFQNGNDVNDWVGPPNNNGVIKEVTINPDTTCGNDWVCEHRWRQIRNMVIFRNVVDGQP
FTNWYDNGSNQVAFGRGNRGFIVFNNDDWSFSLTLQTGLPAGTYCDVISGDKINGNCTGIKIYVSDDGKA
HFSISNSAEDPFIAIHAESKL

(c)- Realizar el posible alineamiento, de forma manual, entre los 50 últimos aminoácidos de
las dos secuencias (sin herramienta Blast) con el mismo formato de la base de datos de
GenBank y sombrear las diferencias entre ellas

444 GTYCDVISGSKS-GSSCTG-KT-VTV-GSDGRASIYIGSSEDDGVLAIHVNAKL 494

GTYCDVISG K G CTG K V G SI ED AIH KL
461 GTYCDVISGDKINGN-CTGIKIYVSDDGKAHF-SISNSA-EDPFI-AIHAESKL 511

(d)- Mostrar imágenes claras de capturas de pantalla de cada paso realizado en la búsqueda
anterior, donde aparezca la pantalla del ordenador completa, mostrando la fecha y la hora,
sin recortar nada. Mostrar todas las imágenes agrupadas solo en este apartado, no
intercaladas por el informe.

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