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Un aminoácido é formado por un carbono alfa C que posee un grupo amino y
otro grupo ácido (denominado como grupos funcionales) + un H y una cadena
lateral “R”
Las características de cada aminoácido son de las cadenas laterales “R”. Las
cadenas laterales son lo que aportan cargas a los aa.
El carbono alfa es un centro quiral (es otorgado la capacidad de formar
isómeros ópticos)
Aminoácidos- No polares De cadena alifática o De núcleo
aromático
Aminoácidos- Polares Sin carga neta o Con carga neta (-
ácidos, o monoamino dicarboxílicos; + básicos, o diamino
monocarboxílicos)
Isomería enantiómeros
El carbono alfa es un centro quiral porque está unido a 4 sustituyentes
diferentes (puede desviar la luz o a la izquierda denominados L-aminoácidos o
a la derecha denominados D-aminoácidos).
Los aminoácidos que forman parte de las proteínas son los L-aminoácidos.
Los aa tienen la capacidad de ceder (desprotonando lo grupo amino) o captar
(protonar a lo grupo ácido) protones (en la forma zwitterionica).
Soluciones capaces de ceder o captar protones pueden actuar como buffers
(que mantiene constante un pH de una solución).
Cada enlace peptídico tiene carácter parcial de doble enlace. Un enlace simple
tiene la capacidad de rotar, mientras que un enlace doble no puede rotar. Lo
que permite que lo enlace peptídico quede en un plano. La nube electroestática
contribuye con la repulsión entre las moléculas, lo que ayuda con la rotación,
pasando de una posición no eclipsada, bajando la repulsión.
Resonancia- cuando hay un carbono con dos átomos muy electronegativos el
doble enlace de un átomo puede saltar al otro lado electronegativo
(ej. O=C-N/ O-C=N)
Curvas de titulación
A lo aminoácido que se va a titular se agrega pequeñas cantidades de OH
(base/oxidrilo), en el medio se coloca un colorante que cambia de color con una
mudanza brusca de pH, a medida que se agrega cantidad de bases se puede
dibujar la curva de titulación.
A un pH ácido el aa está totalmente protonado, cuando se va agregando OH el
grupo oxidrilo va interaccionar con el protón del grupo ácido (se pierde 1 protón
para formar otra especie.
Las especies que se forman son equivalentes.
pK equivale a la concentración de mitad de ambas las especies, la que dona
protones y la que recibe protones (es el equilibrio químico de la reacción entre
ambas las especies). El pK es el pH a partir de cual se puede sacar un protón a
partir de un ácido. El pH por encima de pK está protonado y por debajo de pK
está desprotonado.
Las constantes del pH se encuentran en las zonas buffers (no hay cambios
importantes cerca de los valores de la zona buffer) (la capacidad buffer está en
torno de los pKs).
Punto isoeléctrico es el valor del pH al cual el aa presente carga neta cero (pH
por debajo de la carga neta pl será positiva[ácido]; pH por encima de la carga
neta pl será negativa[base])
Calculo de pl en aa neutros: pl= (pKa1+pKa2) / 2
Calculo de pl en aa ácido: pl= (pK1+pKR) / 2
Calculo de pl en aa básico: pl= (pKR+pK2) / 2
Enlace peptídico
Es formado por condensación del OH de un grupo ácido de un aa con un H de
un grupo amino de otro aa (se pierde una molécula de agua), forma un grupo
amida (ese grupo amida que es el enlace peptídico) (el enlace amida de doble
enlace, no gira)
Estructura primaria: unión covalente por la condensación con pérdida de una
molécula de agua de los distintos aminoácidos para forman una cadena
polipeptídica, las uniones amidas no permite que la estructura gire por el doble
enlace que posee. (los grupos R quedan de un lado y del otro de la cadena).
Estructura secundaria: es un plegamiento local de la cadena polipeptídica
(estabilizada principalmente por puentes de hidrogeno), con residuos que se
encuentran cerca. Se encuentra 3 tipos distintos de estructuras primarias, uno
es la hélice alfa (estructura de hélice que se enrosca en su eje longitudinal
hacia la izquierda, estabilizada por puentes de hidrógeno entre 4 aa de
distancias), la estabilización por puentes de hidrógeno genera dipolos, que
hace que la hélice tenga un extremo + y otro -, dependiente de los tipos de aa
que se interactúan entre si.
Hoja plegada B – la cadena polipeptídica esta más extendida, formando
hexágonos y estabilizados por puentes de hidrógenos, hay de dos tipos
paralelas (siguen el mismo sentido) y antiparalelas (cuando siguen direcciones
contrarias).
Giros beta – son giros o dobleces dentro de la cadena constituidos de 4
residuos de aa, estabilizados por puentes de hidrógenos, hay de tipo 1 y tipo 2
(dependiente del sentido), están localizados en las regiones de interacción de
las hojas plegadas.
Estructura terciaria- Plegamiento tridimensional de la proteína, donde distintas
regiones de la proteína se interaccionan entre si para formar un plegamiento
final y funcional de la proteína. Estabilizado por interacciones hidrofóbicas de
los grupos R, puentes de hidrógeno, interacciones electroestáticas, grupos
aromáticos, puentes disulfuro.
Estructura cuaternaria- Proteínas constituidas por más de una cadena
polipeptídica, es la interacción entre esos monómeros, está estabilizado por las
mismas interacciones de la estructura terciaria.
Pérdida de estructura: desnaturalización e hidrólisis
Es la perdida de la estructura cuaternaria, terciaria y secundaria, manteniendo
la estructura primaria.
Desnaturalización ocurre por agentes desnaturalizantes físicos o químicos.
Físicos: - Ultrasonido
- Microondas
- Radiaciones ionizantes
- Temperaturas extremas (calor o frío)
Los agentes físicos alteran los estados vibracionales de los enlaces llevando la
desestabilización de la estructura.
Químicos: - Sales concentrados y agentes caotrópicos (interactúan con el
agua, y desestabiliza la relación de la proteína con el agua)
- Detergentes (afecta las interacciones hidrofóbicas, forman micelas con
las partes hidrofóbicas de la proteína desestabilizando ese tipo de
interacción)
- Solventes orgánicos
- Cambios de pH (cambia los estados de ionización de los aa, afectando
las interacciones entre ellos)
- Sustancias reductoras, alquilantes, oxidantes
Hidrólisis- el proceso de hidrólisis tiene que ser con ácidos o bases en
presencia de calor (ocurre la perdida de la estructura primaria) (también ocurre
por las enzimas, como las proteasas digestivas que rompen los enlaces
peptídicos).
La desnaturalización puede ser tanto reversible como irreversibles.
Reversibles- cuando los agentes desnaturalizantes se sacan del medio, la
proteína vuelve a plegarse a su estado nativo. Porque las informaciones para
que ocurra la conformación se da por los aa (se pierde sólo por hidrólisis)
Una proteína desnaturalizada pierde su capacidad catalítica
Clasificación de proteínas- Simples y conjugadas (con base en su composición)
- Globulares y fibrosas (con base en su conformación)
Simples- Compuestas solamente por aa.
Conjugadas- Compuestas por aminoácidos y otra sustancia de naturaleza no
proteica que recibe el nombre de grupo prostético (lipoproteínas,
glicoproteínas, hemoproteínas, nucleoproteínas, fosfoproteínas, flavoproteínas,
metaloproteinas, fitocromos, citocromos).
Globulares- esferoidal, de ovillo, casi esférica/ de cadena plegada/ solubles/
tiene función metabólica, unen moléculas, transportes.
Fibrosas- longitudinal, alargadas/ de cadena estirada/ insolubles/ tiene función
estructural y estática.
Técnicas de cuantificación
- Espectrofotometría (proceso por lo cual se mide la luz que absorbe una
sustancia) hay sustancia que pueden absorber la luz a una cierta
longitud de onda (que tiene doble enlace conjugados) (aa aromáticos)
(fenilalanina, tirosina y triptófano tiene la capacidad de absorber la luz
UV) (la proteína se mide a una longitud de 280nm nanómetros)
- Ley de lambert-Beer (relación de la absorbancia con la concentración de
la solución que se ve)
Técnicas de separación y purificación
Por carga:
- Electroforesis (es una técnica de separación que se puede realizan en
condiciones nativas o desnaturalizantes [desnaturalizantes: detergentes
y un agente reductor], se puede realizar sobre distintos soportes, de
papel o gel[poliacrilamida]) (se siembra una proteína sobre un soporte
de papel o gel, y se aplican un campo eléctrico de un lado cargado
positivamente y del otro lado cargado negativamente, a un cierto pH las
proteínas tendrán cierta carga y migraran, o al campo + o al campo -, se
trabaja a un pH 8,6 [donde las proteínas están cargadas negativamente],
migran hacia el polo +, y desde hay se separan de modo carga/masa
[las mas pequeñas van a correr más rápido al polo + y las mas grandes
y pesadas van a quedar retenidas en el soporte])
- Cromatografía de intercambio iónico
Por tamaño:
- Diálisis
- Cromatografía de exclusión molecular
Por afinidad:
- Cromatografía de afinidad
Electroforesis de la proteína de la sangre- se obtiene de las proteínas séricas,
se extrae la sangre del paciente en ausencia de anticoagulante, se deja
coagular la sangre, separando la sangre del suero de la sangre (no contiene las
proteínas de coagulación). Para la electroforesis de la sangre se utiliza el suero
de la sangre, se siembra en un papel a pH 8,6 (para que todas las proteínas se
carguen negativamente, y migren hacia el polo +), se aplica un campo eléctrico
y las proteínas se van a migrar a lo polo +.
La corrida de la electroforesis de las proteínas séricas tiene la forma de la
albumina, α 1, α 2, β , e γ . (La albumina es solo una proteína y las otras son
bandas de conjuntos de proteínas que tienen movilidades parecidas).
Los colores se mostrarán más brandas.
La albumina constituye 53-65% de las proteínas esféricas de suero humano, la
γ está constituida por todas las inmunoglobulinas lgG, lgA, lgM 11-19% de
suero humano, es una banda ancha y bien difusa.
La albumina es la proteína más pequeña y mayoritaria del plasma.
