TEMA 2.
AMINOACIDOS, PEPTIDOS Y
PROTIDOS
1. INTRODUCCIÓN.
-Concepto de Proteína
-Funciones de las Proteínas
Parte A
Concepto de Proteína:
-Las biomóleculas más abundantes: en todas las cels y en todas partes cel
(en una sóla cel miles de clases de prot ≠ con gran diversidad de func biológicas)
-Biopolímeros de (20) aminoácidos (aa) unidos mediante enlaces peptídicos
(covalentes) en secuencia lineal
Nomeclatura
-La unión de un bajo número de aminoácidos da lugar a un péptido
*Si el nº de aa que forma la molécula < 10, se llama oligopéptido
*Si nº de aa > 10 se llama polipéptido
-Cuando el nº de aa > 50 se habla ya de proteína
-Residuo = aa en las proteínas o péptidos
Funciones de las proteínas:
En general involucradas en todas las funciones de la célula:
1- Catalizadores: aceleran las reacciones varios órdenes de magnitud.
2- Estructural: gracias a su estructura fibrosa.
3- Movimiento de las células: como es el caso de los músculos.
4- Transmisión del impulso nervioso: el receptor es una proteína.
5- Transporte: uniéndose a sustancias más pequeñas como la
hemoglobina y el oxígeno.
6- Almacén: en la hemoglobina el O es estable unido al Fe.
7- Defensa: los anticuerpos son proteínas.
8- Reguladores: regula expresión del DNA, tiene un papel importante en
el crecimiento y diferenciación de las células.
2. AMINOÁCIDOS.
2.1. Clasificación de los α-aminoácidos según las cadenas laterales:
-Apolares.
-Polares.
-Sin Carga.
-Cargados: Ácidos y Básicos.
2.2. Propiedades de los aminoácidos.
a. Actividad óptica.
b. Propiedades ácido-base.
2.3. Ecuación de Henderson-Hasselbalch: curvas de valoración de
aminoácidos
-Cálculo del punto isoeléctrico
-Técnicas de separación de proteínas por pI
AMINOÁCIDOS
Clasificación de los α-aminoácidos según las cadenas laterales
Estructura general de un
aminoácido, a pH=7.0
Grupo R o cadena lateral
Propiedades de los aminoácidos: Actividad óptica
Glicina: no posee carbonos quirales
(no presenta estereoisómeros)
C quirales
Enantiómeros:
Estereoisómeros de Imágenes especulares
no superponibles entre sí
Alanina
Posibilidad de presentar más de un C quiral
2 carbonos quirales (22= 4 estereoisómeros)
Nomenclatura especial para
especificar la configuración absoluta:
sistema D,L
Con los C alineados y el C quiral en el centro,
carboxilo arriba y R abajo:
*L-aa con el α-amino a la izda.
*D-aa con el α-amino a la dcha.
Fórmulas en perspectiva
Todos los aa de las proteínas son
exclusivamente esteroisómeros L
Fórmulas en proyección
Clasificación según la cadena lateral
No polar
Polar sin
carga
Carga
+
Carga
-
NO POLAR
Tyr y Trp significativamente más polares que Phe
Proline
Aminoácidos no estándar: presentes en proteínas
Protombina
Prot. unen Ca2+
Pared vegetal
Colágeno
Colágeno
Miosina Elastina
Modificación durante síntesis
Aminoácidos no estándar: NO presentes en proteínas
Intermediarios en biosíntesis de Arg y en el ciclo de la urea
GABA
Tiroxina
Otros aa
NO proteicos
Propiedades ácido-base de los aa
aa disuelto en agua: ión dipolar
zwitterión (ión híbrido)
De naturaleza dual son
anfolitos
Aceptor de protones (base) Dador de protones (ácido)
Valoración de un aminoácido monoamino-monocarboxílico
Siendo la reacción:
Carga 1+ 0 1- Keq=Ka
pKαCOOH pKαNH 3 AH A- + H+
pK es el pH en el que la concentración de
ambas especies (protonada y desprotonada)
es la misma
La ecuación de Henderson-Hasselbalch
relaciona el pH con el pK y el grado de disociación
Cálculo del pH isoeléctrico (pI)
pH característico en que carga neta es 0
pKαCOOH + pKαNH 3
pI =
2
Grupo principal
Tabla de pKa más α-COOH: <3
usuales
Dependen de la temperatura, la
fuerza iónica del medio, α-N+H3: 10
del microambiente…
Cadena lateral:
Є-N+H3 (Lys) 10 Guanidíneo (Arg) 12
COOH (Asp, Glu) 4 Tyr 10
Sulfhidrilo (-SH) (Cys) 8.5 Imidazol (His) 6
Efecto del entorno químico en el pKa
Ejemplo de aplicación de ecc Henderson-Hasselback
para el Acido Acetilsalicilico: Ka=3.10-4 /// pKa=3.5
COOH COO-
pKa = 3.5
OCOCH3 OCOCH3
LIPOSOLUBLE HIDROSOLUBLE
-En estomago (pH<3), se absorbe rápidamente la forma liposoluble que a ese pH es
mayoritaria, al pasar a sangre (pH=7), la forma mayoritaria es la hidrosoluble que se
transporta unida a albúmina hasta el hígado donde debe actuar.
En caso de "úlcera estomacal" se pueden usar "protectores" (bicarbonatos), que impiden
la absorción estomacal al "alcalinizar el medio", produciéndose la absorción a nivel
intestinal (pH=5), más lentamente, aunque al ser más abundante la forma hidrosoluble se
favorecería más la excreción por orina.
Curva de valoración del Glu: monoamino dicarboxílico
Carga 1+ 0 1- 2-
Cálculo del pH isoeléctrico (pI)
R = COOH lateral
pKαCOOH + pK RCOOH
pI = = 3,22
2
Curva de valoración de la His: diamino-monocarboxilico
2+ 1+ 0 1- Carga
Cálculo del pH isoeléctrico (pI)
R = IMIDAZOL
pK IMIDAZOL + pKαNH 3
pI = = 7,59
2
3. EL ENLACE PEPTÍDICO
EL ENLACE PEPTÍDICO y sus características
Formación del enlace peptídico
H2O 1. Enlace tipo amida:
covalente, muy estable
aa1 + aa2 Dipéptido
Los polímeros de aa son lineales (no se ramifican) y su secuencia se escribe
desde el aa Amino-terminal (N-terminal) hasta el Carboxilo-terminal (C-terminal)
Cada aa se denomina “residuo”
Resonancia enlace peptídico
2.- Naturaleza parcial de
doble enlace
Enlace peptídico Enlace peptídico
TRANS CIS
Isomería configuracional H R H R R´ H
CIS-TRANS del enlace H
αC1 αC1 αC 1+1
peptídico
C´ N C´ N
O αC 1+1 H
O
R´ H
3. Enlace rígido sin capacidad de giro, existiendo isomería configuracional
La configuración TRANS es la más estable (CIS impedimento estérico)
Solo Pro (R anillo) presenta forma CIS equivalente en estabilidad a la TRANS
DIPEPTIDO
H
O
N
Ri
C´
αCi
4. Los átomos del enlace petídico se hallan en un mismo plano.
Los planos de enlaces peptídicos sucesivos pueden girar entre sí sólo a nivel del Cα
Enlaces peptídicos separados por Cα
5. Cada enlace peptídico presenta dos grupos capaces de intervenir
en la formación de puente de hidrógeno:
C=O (aceptor) y N-H (dador)
*excepto Prolina que no tiene N-H libre como dador
Estados de protonación y carga de un tri-péptido
Lys-Asp-His
H N + - CH - CO - NH - CH - CO - NH - CH - COOH
4 3 1
NH3+ COOH IMIDAZOL+
5 2 3
pH=0 Aumento del pH pH=14
pK pK1 pK2 pK3 pK4 pK5
Carga (3+) (3+)(1-) (3+)(2-) (2+)(2-) (1+)(2-) (2-)
0 1-
3+ 2+ 1+ 2-
Forma isoelectrica
pK IMIDAZOL + pKαNH 3
pI =
2
4. ESTRUCTURA DE LAS PROTEÍNAS
4.1. Estructura Primaria
4.2. Estructura Secundaria
4.3. Estructura Super-Secundaria
4.4. Estructura Terciaria
4.5. Estructura Cuaternaria
Niveles de estructuras en las proteínas
El esqueleto covalente de una proteína se compone de centenares de
enlaces individuales, con un altísimo número de conformaciones posibles.
Sin embargo cada proteína posee una estructura tridimensional única
(conformación funcional y plegada: nativa)
ESTRUCTURA PRIMARIA
N-Ala-Val-Ile-Pro-Phe-Arg-Lys-Cys-Asp-Glu-Tyr-Thr-Met
S Met
S Met
Met Asn-Gln-His-Cys-Glu-Tyr-Thr-Ala-Cys-Ile-Pro-Phe-Arg- Phe
Ile S
Val S
Phe Ala-Val-Gly-Cys-Phe-Arg-Lys-C Insulina
Secuencia de aa incluyendo la información sobre la localización de las
Cys que intervienen en la formación de puentes disulfuro
ESTRUCTURAS SECUNDARIAS
Estructuras sustentadas por puentes de hidrógeno
entre grupos dadores y aceptores del enlace peptídico
(primer nivel de plegamiento)
Patrones de plegamiento regulares comunes
Pro
2 H
O
N
R´ Ri
R´´ C´
1
3
αCi
Pauling y Corey
determinaron cuales eran
las conformaciones más
probables
Hélice alfa
Hélice enrollada alrededor eje longitudinal
-Hélice dextrógira de 3,6 aa por vuelta (5,4 Å)
-Cadenas R orientadas hacia fuera de la hélice.
-Gran cantidad de enlaces por pte de H
intracatenarios (cada 3-4 aa), paralelos al eje de
la hélice: no hay capacidad de estiramiento.
-A menudo aa cargados cerca
de los extremos N- y C-terminal
(últimos 3 o 4) estabilizan
Algunos aa incompatibles con la hélice α:
*Secuencias ricas en Asp y Glu inestabilizan
(repulsión cadenas R (carga -)). Idem Lys y/o Arg
*Thr e Ile, dificultan (por ramificación en su Cβ).
*Pro produce giros en la dirección de la cadena rompiendo la estructura helicoidal (y no ptes. H).
*pocas Gly: “demasiada” flexibilidad conformacional
Hoja beta
conformación de aspecto laminar: esqueleto extendido en zig-zag
-Ptes de H perpendiculares
al eje de las cadenas, entre
segmentos adyacentes
cercanos (también entre
segmentos muy alejados o
de diferentes cadenas) Hoja beta
-Las cadenas R se antiparalela
disponen alternativamente
hacia arriba y abajo de la
lámina (TRANS).
-Los aa deben ser de R
pequeno: Gly, Ala, (Ser)
Hoja beta puede ser Hoja beta
paralela o antiparalela paralela
Giros: La proteína se pliega sobre si misma, ha de cambiar de dirección
… y ser estable
Giros beta
4 aa sustentado por un puente de H
entre C=O del 1º y el N-H del 4º
Suelen contener Gly y Pro
Es el más frecuente
Pro
Menos frecuente… 2 H
Giro Gamma O
3 aa, siendo el 2º una Pro, N
R´ Ri
Puente de H entre el C=O del 1º y el N-H del 3º R´´ C´
1 3
αCi
Otros C
Sin Pro
ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS
Asociaciones entre estructuras secundarias (dominios estructurales),
se pliegan de modo independiente durante la síntesis de proteínas y definen patrones estructurales comunes
Conexiones Conexiones
Lazo β-α-β Vértice α-α típicas en los sobrecruzadas
motivos todo β (no observadas)
Conexiones Conexiones
dextrogiras entre levogiras entre
Hoja β
cadenas β cadenas β Barril β distorsionada
(muy escasas)
Dominios más grandes se generan a partir de otros
más pequeños
Lazo Barril
ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS
Motivos de unión al DNA
Dedos de Zinc
Cremallera de Leucina
ESTRUCTURAS TERCIARIAS 3.- Interacciones
Mantenida por interacc entre cadenas laterales: se pliega hidrofóbicas entre
Fuerzas que las sustentan cadenas laterales
2.- Interacciones iónicas entre cadenas laterales
(puentes salinos)
4.-Fuerzas de Van der Waals
(interacciones entre superficies
hidrofóbicas de la proteína)
1.- Puentes de H
entre cadenas laterales 5.-Puentes disulfuro (covalentes)
ESTRUCTURAS CUATERNARIAS
Son proteínas oligoméricas,
constituidas por varias subunidades o
monómeros (cadenas proteicas
distintas), que no suelen tener
funcionalidad por separado.
Se sustentan mediante las mismas
interacciones que la estructuras
terciarias (interacc hidrofóbicas),
pero no suelen interaccionar
covalentemente entre monómeros
(no puentes disulfuro)
