TEMA 2: LAS PROTEÍNAS

Las proteínas son polímeros (cadenas lineales) formados por la unión, mediante enlace peptídico (enlace tipo amida =
covalente), de aminoácidos. Se forman mediante combinaciones lineales de 20 aminoácidos, que determinan la estructura
y, por consiguiente, la función (muy variada). Son las macromoléculas más abundantes de la célula, constituyen más 50%
del peso en seco. Además, solo 20 aminoacidos están codificados genéticamente.

1. LOS AMINOÁCIDOS: unidades o monómeros constituyentes de las proteínas. Los aminoácidos son bifuncionales:
grupos amino y carboxilo, ambos unidos al átomo del carbono α (los aminoácidos proteicos son α- aminoácidos).

Disposición espacial de los aminoácidos: Los cuatro enlaces del átomo de Cα central apuntan a los vértices de un
tetraedro. El Cα de todos los aa proteicos es asimétrico, excepto Gly. Las series D y L se establecen por analogía con el
gliceraldehído, sin embargo, los aminoácidos proteicos pertenecen a la serie L.

En cuanto al estado de ionización:

 A ph7 se encuentra en su forma de ión dipolar con carga  A ph básico: forma desprotonada con carga negativa
neta 0  A ph ácido domina la forma protonada con carga positiva.

Funciones de los aminoácidos:

 Glu y Gly son neurotransmisores
 Aminas derivadas con actividad biológica: histamina, serotonina, dopamina, epinefrina y norepinefrina
 Algunas hormonas vegetales: Auxinas

1.1 CLASIFICACION DE LOS AMINOACIDOS

- Protenegénicas: forman proteínas.

 Codificables (20)
oApolares: su radical R es una cadena hidrocarbonada, apolar, lineal o cíclica.

oPolares: su radical R es una cadena hidrocarbonada con grupos funcionales que presentan afinidad por el agua.
 Con carga: ácido /base

 Sin carga
  Modificables

- No protenegenicas: no forman proteínas.,

Aminoácidos esenciales en humanos:

- Arginina - Leucina - Fenilalanina
- Histamina - Lisina - Treonina
- Isoleucina - Metionina - Valina

Aunque los mamíferos sintetizan arginina, hidrolizan la mayor parte para formar urea.

Aminoácidos no esenciales en humanos:

- Alanina - Aspartato - Glutamato - Glicina - Serina
- Asparagina - Cisteína - Glutamina - Prolina - Tirosina

2. EL ENLACE PEPTIDICO: Los aminoácidos se enlazan entre ellos mediante el enlace peptídico. Se trata de un enlace
tipo amida que se establece entre el grupo α-carboxilo de un aminoácido y el grupo α-amino de otro aminoácido, de tal
modo que en la reacción se desprende una molécula de agua. El resultado es un dipéptido. Se trata de un enlace covalente.

Propiedades del enlace peptídico:

 El enlace peptídico es un híbrido de resonancia  Al ser el oxígeno más electronegativo que el nitrógeno,
 El enlace peptídico tiene carácter parcial de doble los electrones deslocalizados están más desplazados hacia
enlace. el oxígeno, quedando éste con carga parcial negativa y el
 El enlace peptídico es plano: el carácter parcial de doble nitrógeno con carga parcial positiva. Por lo tanto, el
enlace impide la rotación libre del enlace C-N (rígido). enlace peptídico es polar.
Los 6 átomos están obligados a permanecer en el mismo
plano: Los ángulos y distancias están fijos. (alrededor del  Como consecuencia, el oxígeno es aceptor de hidrógeno
carbono alfa es posible la rotación). y el nitrógeno es dador de hidrógeno en los puentes de
hidrógeno.

Solo tenemos dos ángulos de giro en los péptidos. El grupo

peptídico se encuentra mayoritariamente en configuración
trans (cuando están lo más alejada posible, configuración
Cis cuando están lo más cercano posible). El enlace peptídico
no suele encontrarse en configuración cis porque se producen
impedimentos estéricos.

Una excepción: el grupo peptídico en configuración cis puede encontrarse cuando participa la Prolina. La prolina se puede
encontrar en las proteínas tanto en configuración cis como en trans.

Debido a que está impedida la rotación libre alrededor del enlace C-N son posibles dos configuraciones:
 Configuración trans: la cadena polipeptídica entra y sale  Configuración cis: los átomos de Cα de los aa adyacentes
del rectángulo, formado por los átomos del enlace se encuentran más próximos y salen por las dos esquinas
peptídico, por las esquinas opuestas. del mismo lado, de ahí que esta configuración sea más
inestable ya que se provocan repulsiones estéricas y
espaciales.

¡OJO! Hay que distinguir bien la diferencia entre estos dos términos:

CONFORMACIÓN: se refiere a la disposición espacial CONFIGURACIÓN. Disposición en el espacio de una

de los grupos sustituyentes de las moléculas orgánicas, que molécula orgánica derivada de la presencia de dobles
son capaces de adoptar diferentes posiciones en el espacio, enlaces, que no permiten libertad de giro ó a la existencia
sin rotura de ningún enlace, debido a la libertad de giro de centros quirales alrededor de los cuales se disponen los
alrededor de sus enlaces C-C. grupos sustituyentes de una forma específica.
2.1 ISOMEROS DE CONFIGURACION
• Isómeros geométricos: difieren de la ordenación de sus • Isómeros ópticos: son los que poseen un centro quiral y
grupos en torno a un doble enlace rígido. Pueden ser cis o presentan dos formas isoméricas o enantiómeros. Ambas
trans. Cada uno de estos compuestos son bien definidos y son imágenes especulares no superponibles y que se
pueden aislarse de forma pura. diferencian en el sentido al que desvían el plano de la luz
polarizada (D y L).

La característica que identifica a los isómeros de configuración es que no pueden interconvertirse sin romper uno ó más
enlaces covalentes.

El esqueleto peptídico es una secuencia de planos articulados. La cadena peptídica tiene dos extremos diferentes, por lo que
existe una diferencialidad. El péptido aa1-aa2-aa3 es distinto del péptido aa3-aa2-aa1.

3. LOS PEPTIDOS: Los péptidos son cadenas cortas de aminoácidos que se forman por enlace peptídico. Cada
aminoácido recibe el nombre de residuo, para remarcar que se pierde una molécula de agua.

 2 residuos: Dipéptido  12-20 residuos: Oligopéptidos

 3 residuos: Tripéptido  +20 residuos: Polipéptido

3.1 FUNCIONES: existen péptidos con diversas funciones.

- Hormonas - Cofactores
- Neuropéptidos - Toxinas
- Antibióticos sin uso clínico - Péptidos sintéticos con interés industrial

Diversos péptidos regulan funciones muy variadas en el ser humano:

 Ingesta de alimentos: insulina, glucagón, leptina,  Venenos neurotóxicos, hemolíticos, etc: calciseptina,
neuropéptido Y… agatoxina, apamina, conotoxinas, amanitina…
 Presión sanguínea: vasopresina (ADH) Producción de  Antibióticos: producida por microorganismos como la
leche y contracciones del parto: oxitocina valinomicina, gramicidina, ...
 Sensación de dolor: sustancia P, bradiquinina, péptidos  Edulcorantes: aspartamo
opiáceos (Leu-encefalina, Met-encefalina)  Inmunogénicos: vacunas sintéticas
 Estado redox de las células: glutatión

4. ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS

4.1 ESTRUCTURA PRIMARIA: La estructura primaria consiste en la secuencia de aa codificada por la secuencia de
nucleótidos del DNA, estabilizada por enlaces peptídicos (covalentes).
 Determina los demás niveles estructurales
 Establece relaciones evolutivas (las proteínas homólogas son aquellas que tienen un origen evolutivo común y realizan la
misma función es distintas especies)

Esta secuencia es única para cada proteína, pues la información necesaria para constituirla se encuentra codificada en el
ADN. Los cambios en la secuencia (estructura primaria) pueden tener grandes consecuencias estructurales y funcionales.

Conociendo la estructura primaria, se pueden hacer modelos sobre la conformación de las proteínas. Estudiando la
estructura primaria se pueden deducir relaciones evolutivas entre las proteínas.
La estructura primaria es mantenida por el enlace peptídico, tan estable que solo se puede romper por la hidrólisis acida o
enzimática, lo que implica la destrucción de la proteína y la liberación de los aminoácidos que la integran.

Proteínas homólogas son aquéllas que tienen un origen evolutivo común y realizan generalmente la misma función en
distintas especies. Cuanto más próximas en la evolución estén dos especies, mayor identidad de secuencia entre sus
proteínas homólogas.

En el proceso de traducción se pasa de un código de tripletes de bases

nitrogenadas a un código de aminoácidos.

*Insulina: Posee dos cadenas polipeptídicas, es una proteína altamente

conservada a lo largo de la evolución. Sanger y colaboradores secuenciaron la insulina en la década de los años cincuenta.
Se pueden hacer alineamientos múltiples de las insulinas de varias especies y ver las regiones conservadas en la evolución.
4.2 ESTRUCTURA SECUNDARIA: La estructura secundaria es el modo en que una cadena polipeptídica se dispone en
el espacio a lo largo de un eje. Las cadenas polipeptídicas se pliegan en disolución acuosa. Un péptido tiene muchas
conformaciones según los ángulos Phi (Φ) y Psi (𝜋). Adoptará la más favorable desde el punto de vista energético (menor
impedimento estérico y menor repulsión electrostática).

Los aminoácidos Gly y Pro son importantes para la conformación de las proteínas.

 Gly: permite mucha libertad de giro, y combinaciones de  Pro: tiene muy poca movilidad en el ángulo fi, al estar
ángulos imposibles para otros aminoácidos. Proporciona unido el grupo amino en alfa con la cadena lateral.
flexibilidad. Frecuente en los giros de la cadena. Elimina flexibilidad.

HÉLICE-α: La cadena polipeptídica se enrolla sobre sí misma (en sentido de las agujas del reloj). La
hélice está establecida por enlaces de H que se forman entre el grupo amino de un aminoácido y el
grupo carboxilo de otro. Las cadenas laterales se disponen hacia el exterior de la hélice.

El nº de puentes disulfuro determina la rigidez de la fibra (si es elevado, las fibras son rígidas  uñas
y pico. Si no es elevado, la fibra es menos rígida  lana). Mediante la aplicación de agentes reductores
y de calor húmedo se puede cambiar el patrón de enlaces disulfuro entre las distintas cadenas
polipeptídicas. Aplicando agentes oxidantes, una vez que el cabello se ha moldeado según la forma
deseada, se consigue que se establezca un patrón de puentes disulfuro diferente y el cabello queda
ondulado de modo "permanente".

Dependiendo del sentido del giro puede ser dextrógira (∝-queratina: pelo, uñas, piel) o levógira
(colágeno: fibras extracelulares y tejidos de sostén).

LÁMINA β: La cadena polipeptídica adopta una disposición en zigzag y varias

cadenas se disponen formando una lámina plegada. Se establecen enlaces de H
entre los grupos OH y NH de las cadenas paralelas. Las láminas beta pueden ser
paralelas o antiparalelas. Los enlacen de H en las láminas paralelas se encuentran
de forma oblicua, en cambio en las antiparalelas, aparecen perpendiculares a la
cadena polipeptídica.

Las láminas antiparalelas se ven más favorecidas enérgicamente ya que es más fácil
unirse entre ellas debido a que sus enlaces son perpendiculares. Para conectar láminas-β adyacentes, se generan bucles:
pequeños entre antiparalelas y extensos entre paralelas. Ej.: Fibroína de la seda. Lamina beta, extracelular. Se repite de
forma regular la secuencia. Los residuos de Gly de cadenas contiguas quedan hacia el mismo lado.

TRIPLE HÉLICE DE COLÁGENO: La triple hélice de colágeno es una molécula con forma de varilla rígida larga y
muy estrecha en la que dominan tres aminoácidos la prolina, la glicina y la hidroxiprolina. La unión entre las tres hebras
se hace a través de puentes de hidrógeno de NH con los CO peptídicos entre las hebras. La triple hélice del colágeno es muy
compacta.

COLÁGENO: Hélice exclusiva, levógira.

Extracelular. Rica en Gly y Pro. (Gly-X-Y)n. El
colágeno forma grandes fibras extracelulares (forma
parte de la matriz extracelular), en tejidos
conjuntivos, de sostén: Piel, huesos, tendones,
cartílago, dientes.

Tiene una estructura primaria muy repetitiva. La

forma típica de colágeno contiene 1/3 de Gly y cerca
de ¼ Pro. Las superhelices se asocian en paralelo, con
un desfase de unas con respecto a otras, de forma
escalonada.

Clasificación de proteínas en función de su forma y solubilidad:

 Fibrosas: Estructura lineal en la que predomina un tipo de
estructura secundaria, insoluble en agua, por lo que
tiene función estructural, resistencia de tipo mecánico.
- ∝-queratinas: hélice alfa (es más compacta, presenta una
secuencia sin torsiones). Intracelular. Presente en pelos,  Globulares: Estructura esférica compacta con un grado de
uñas y piel. plegamiento superior, soluble en agua (los aminoácidos
- Fibroína de la seda: lamina beta (disposición muy hidrofóbicos se encuentran hacia dentro) por lo que tiene
extendida). Extracelular. (Gly-Ser-Gly-Ala-Gly-Ala)n. gran variedad de funciones. Ej.: mioglobina.
- Elastina (disposición al azar): disposición al azar.
Extracelular. Presente en vasos sanguíneos y piel.  Proteínas de membrana: Los residuos hidrofóbicos se
- Colágeno: hélice exclusiva, levógira. Extracelular. encuentran hacia fuera, son insolubles en agua, pero
Presente en la piel, huesos, tendones, etc. Está rica en pueden ser solubilizadas con detergente.
Gly y Pro.

4.3 ESTRUCTURA TERCIARIA: La estructura terciaria es la forma en que la estructura secundaria se pliega y
repliega en el espacio, adoptando una disposición espacial más o menos esférica.

Las proteínas globulares poseen estructura terciaria. Son proteínas con plegamiento tridimensional importante. Presentan
una disposición esferoidal, de manera que residuos alejados en la estructura primaria pueden quedar próximos en la
estructura terciaria. Exponen a la superficie principalmente residuos polares. Son proteínas con funciones muy variadas a
diferencia de las proteínas fibrosas. En ellas se van alternando tramos con estructura de hélice-α y le lámina-β, que se
pliegan, adquiriendo una forma más compacta y esférica. Ej. Mioglobina.

Factores que determinan la estructura de las proteínas globulares: la disposición espacial se estabiliza principalmente por
interacciones débiles.

 Efecto hidrofóbico: El aumento de entropía del  Puentes salinos: Estabiliza la estructura compacta de la
disolvente cuando las cadenas apolares pasan al interior proteína globular mediante la interacción de cadenas
de las proteínas genera una parte significativa de la laterales ionizadas de aa.
energía que dirige el plegamiento.  Fuerzas de van der Waals: Enlace muy débil entre
 Puentes de H: Estabilizan la conformación plegada de grupos no cargados en el interior de la proteína. La suma
una proteína, pero no generan la energía suficiente para su de todos estos enlaces estabiliza la estructura.
plegamiento.  Interacciones covalentes: Puentes disulfuro entre Cys
que se forman después del plegamiento de la proteína para
mayor estabilidad.

Las cadenas se pliegan espontáneamente porque la estructura plegada corresponde a un mínimo de energía libre del
polipéptido en condiciones fisiológicas. Contribuye a la energía libre del plegado de las proteínas globulares:

 Cambio de entropía conformacional desfavorable: el

plegamiento disminuye la entropía.
 Cambio de entropía favorable del enterramiento de  Cambio de entalpía favorable de las interacciones
residuos hidrofóbicos en el interior de la proteína (efecto internas entre cadenas laterales (disminuye la entalpia).
hidrofóbico).

Existen estructuras de conexión que permiten cambiar el sentido de las cadenas polipeptídicas y suelen encontrarse en la
superficie de las proteínas, son los giros β. Implican a cuatro residuos que cambian el sentido de la cadena polipeptídica.
El primer grupo peptídico y el tercero forman un enlace de hidrógeno. Los giros beta conectan a menudos las láminas beta
antiparalelas. Los giros beta del tipo I y II difieren entre sí por una rotación de 180° del plano peptídico central.

En las proteínas con estructura terciaria, es frecuente la repetición de combinaciones espaciales, muy estables y compactas,
de hélice-α y lámina-β que se llaman dominios estructurales. Estos dominios, al estar provistos de una geometría muy
concreta, desempeñan funciones importantes en la actividad biológica de las proteínas, como es el caso de los centros
activos de las enzimas. Están asociados a determinadas funciones, la G3PDH tiene dos dominios: uno de unión NAD+ y
otro de unión al G3P.

La estructura tridimensional nativa de una proteína puede desorganizarse si cambian las condiciones del entorno. Es lo que
llamamos desnaturalización. Cuando una proteína se desnaturaliza pierde su actividad biológica.

4.4 ESTRUCTURA CUATERNARIA: Consiste en el ensamblaje de dos o más cadenas polipeptídicas independientes,
que se unen mediante interacciones no covalentes o covalentes. El conjunto se llama oligómero y sus cadenas polipeptídicas
monómeros o subunidades. Los monómeros de una proteína oligomérica pueden ser idénticos o distintos en sus estructuras
primarias, secundarias y terciarias.

Poseen estructura cuaternaria las proteínas que están formadas por la asociación de varias cadenas polipeptídicas, cada
una de las cuales, a su vez, presenta una estructura terciaria. Las proteínas con estructura cuaternaria se denominan
oligométricas. Cada una de sus cadenas polipeptídicas se llama subunidad o protómero.

El plegamiento de las proteínas se produce espontáneamente. Se lleva a cabo con la información contenida en la estructura
primaria: depende solo de la secuencia de aminoácidos. Se debe en gran medida a las interacciones hidrofóbicas entre
residuos apolares.

La conformación espacial cuaternaria de los prótidos es la responsable de su actividad biológica, esta función se
puede ver alterada cuando hay modificación de la secuencia de aminoácidos o estructura primaria.

5. PLEGAMIENTO PROGRESIVO DE LAS PROTEINAS DESDE UN ESTADO DESORDENADO AL ESTADO

NATIVO: Los plegamientos locales iniciales facilitan la obtención de la estructura nativa. En el plegamiento de muchas
proteínas intervienen proteínas conocidas como chaperonas moleculares que permiten que las cadenas se plieguen por
separado:

- Chaperonas Hsp70
- Chaperoninas, Hsp60: protegen la cadena recién formada - GroEL y GroES de Escherichia coli
de interacciones indeseables con otras moléculas.

Pero también pueden intervenir otras proteínas:

• Proteína disulfuro isomerasas • Peptidil prolil cis trans isomerasas

6. LA DESNATURALIZACION: La desnaturalización proteica consiste en la perdida de la conformación nativa de la
proteína, lo que implica la pérdida de su funcionalidad. Las proteínas se desnaturalizan cuando quedan sometidas a
variaciones de pH, aumento de la temperatura o presencia de determinadas sustancias. La desnaturalización no implica la
ruptura de los enlaces peptídicos ni la perdida de la estructura primaria, pero si provoca cambios en la forma que disminuye
la solubilidad de la proteína; por eso, la desnaturalización suele ir acompañada de precipitación. La desnaturalización
puede ser:

• Desnaturalización irreversible: la proteína, una vez • Desnaturalización reversible: la proteína recupera su

desnaturalizada, es incapaz de recuperar su conformación nativa y su funcionalidad cuando se
conformación nativa; por tanto, no recupera su restablecen las condiciones fisiológicas iniciales. Este
funcionalidad. proceso se llama renaturalización.

¿Todas las proteínas que creamos son plegables? No, porque se pueden dar plegamientos erróneos. La importancia del
plegamiento correcto de las proteínas es que el comportamiento de una proteína depende drásticamente de su disposición
espacial y una mutación puntual en una posición crítica puede tener resultados catastróficos.

El síndrome de las vacas locas: se generaba un cambio en la estructura de la proteína, que se denominó prion, modificaban
la proteína y se convertían en lamina beta. No eran proteínas funcionales, se le dio a las vacas harina de pescado (resto de
pescados).