FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS

DEPARTAMENTO ACADEMICO DE
CIENCIAS BIOMEDICAS Y BIOTECNOLOGÍA

INFERENCIA FILOGENETICA
Laboratorio de Bioinformática 006- pág. 1-4 Versión: 1.0 CB&B-FCB-UNAP-BQ-POE- 008- 2018
Elaborado por: Martha E. Rengifo Pinedo
Aprobado por: Martha E. Rengifo - Dirección de Departamento Académico de Ciencias Biomédicas y Biotecnología

PROCEDIMIENTO OPERATIVO ESTANDARIZADO (POE)

CODIGO: CB&B -FCB-UNAP-BQ-POE- 006- 2022

NOMBRE DE LA ASIGNATURA BIOINFORMATICA

PLAN DE CÓDIGO DE LA
POE-T DURACIÓN
ESTUDIOS ASIGNATURA
008 2015 10044 4 horas
REVISIÓN Versión Nro. Fecha de Revisión Descripción Modificación
HISTÓRICA Versión 1.0 09 de octubre 2018 Aprobado por: M. Rengifo No aplica

1 ANTECEDENTES

INFERENCIA FILOGENETICA

La filogenia tiene como objetivo el trazar la relación ancestro descendiente de los organismos (árbol
filogenético) a diferentes niveles taxonómicos, incluyendo el árbol universal, haciendo de esta una
reconstrucción de esta relación en base a los diferentes caracteres homólogos (adquiridos por
ascendencia directa), tanto morfológicos como moleculares. Las hipótesis filogenéticas resultantes
son la base para hacer predicciones (inferencias) sobre propiedades biológicas de los grupos revelados
para la filogenia mediante el mapeo de caracteres sobre la topología (hipótesis evolutiva)

Relación entre filogenética y evolución molecular

FILOGENETICA EVOLUCION MOLECULAR
Traza la relación ancestro descendiente de Estudia mecanismos y procesos que han
los organismos (árbol filogenético) llevado a la formación de dichos caracteres,
desde el nivel de posición de un codón,
organización, estructura genómica y
anatómica de un organismo, en un marco
de biología comparada en contexto tanto
de poblaciones (especies) como de linajes
(supra especifico).
Ho: son las resultantes y base para Requiere la hipótesis evolutiva de
predicciones (inferencia filogenética) sobre relaciones entre entidades reveladas por la
propiedades biológicas mediante mapeo de filogenia
caracteres sobre la topología evolutiva
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En el DNA la A se empareja complementariamente con T

G C
Son Purinas A y G Son pirimidinas C, U, T
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Pueden ser:
Autapomorfía Sinapomorfía Simplesiomorfía

----- ------ A A A
B
B
C

D
Inferencia Filogenética
Se basa en métodos
1. Métodos basados en distancias: 1.1. Pair wise distance matrix UPGMA
1.2. Ajuste de longitudes de rama de árbol para
adaptarse a la matrix de distancia
1.2.1. Minimum square (mínimos cuadrados)
1.2.2. Neighbor joining (vecino más próximo)
2. Carácter basado en métodos 2.a. Parsimonia (MP)
2.b. Maximum likelihood or model-based evolution (ML)

Árbol filogenético. Es una estructura matemática que es usado como modelo para realizar la
historia evolutiva de un grupo de secuencias de organismos. El árbol consiste en nodos
conectados por ramas.
Ancestro. Nodo raíz del árbol

Grupo interno. Hipotéticamente

representa un ancestro en ese grupo

Grupo en estudio. Nodo terminal.

representa secuencias problemas

• Cada circulo representa un nodo- Unidad taxonómica Operacional - OTU

• Tipos de arboles: con raíz y sin raíz.
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Como se construye un árbol a partir de un alineamiento múltiple UPGMA

A
A. ACTTGTCTGTTACGAT
B. ACTTGTCCGAAACGAT B
C. ACTTGACCGTTTCCTT
D. AGATGACCGTTTCGAT C
E. ACTACACCCTTATGAG
D

E
F
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Nomenclatura IUPAC de Nucleótidos y aminoácidos

2 COMPETENCIA
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Al término de la asignatura el/la estudiante habrán logrado realizar descarga del programa
Mega 7.0.9 y de la base de datos a utilizar, para aplicarlo en el desarrollo del árbol filogenético
de las especies y reconocer la inferencia filogenética.
CAPACIDADES
• Desarrolla la capacidad de buscar y seleccionar la base de datos y el formato a utilizar.
• Crea el árbol filogenético, mediante la aplicación del programa Mega 7.0.9.
• Interpreta los resultados generados en la construcción del árbol filogenético.

3 RESPONSABILIDADES
El profesor (a) y el Jefe de Práctica monitorean el POE, desde la planificación (preparación,
evaluación de equipos y materiales a utilizar) hasta la culminación de la misma. Así mismo,
el Ayudante de Práctica contribuye a la ejecución de esta. El Técnico de Laboratorio asume el
control de los materiales entregados y al final asegura la devolución de estos. El Estudiante
está informado sobre el contenido del instructivo facilitado por el profesor; además mantiene
el orden y demuestra responsabilidad en los procedimientos.

4. DEFINICIONES Y ABREVIATURAS
Cladística. Método empleado para construir clasificaciones naturales (patrones naturales) para
presentar la Hipótesis filogenética
Monofilético. Descendiente de una única especie original
Polifilético. Muchos descendientes
Homología. Relación entre dos caracteres que descienden de un ancestro común inferido.
Analogía. Relación existente entre dos caracteres. cuando están aún siendo similares han heredado
convergencia a partir de caracteres ancestrales no relacionados en términos genealógicos.
Ortólogos. Ancestro común, evento de especiación
Paralogo. Ancestro común, evento de duplicación.
Xenología. Distorsiona fuertemente la filogenia de la especie, evento de trasferencia horizontal
entre linajes.
Homoplasia. Un carácter se desarrolla independientemente a partir de un ancestro
a. Paralelismo
b. Convergencia

5. PROCEDIMIENTO EXPERIMENTAL
a. Materiales Equipos Material de apoyo
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➢ Cuaderno para bitácora ➢ Laptop 8 RAM 64 bit ➢ POE 8

➢ Programas en línea
MEGA X
➢ GOOGLE

b. Desarrollo del procedimiento

Descarga
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1. DESCARGA DE LA BASE DE DATOS

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
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Dos formas de ingresar secuencias:

a. Secuencia disponibles en internet sin crear doc
• Copiamos las secuencias con el simbolo de fasta
Pristimantis danae voucher IDLR 4825 16S ribosomal RNA gene, partial sequence; mitochondrial
GenBank: EU192272.1

GenBank Graphics PopSet

>EU192272.1 Pristimantis danae voucher IDLR 4825 16S ribosomal RNA gene, partial sequence; mitochondrial

CGCCTCTTGAAATCATTAGAGGTCCAGCCTGCCCTGTGACTCTTGTTTAACGGCCGCGGTATATTAACCG

TGCGAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTCTAAATAGAGACTAGTATGAAAGGCATCACGAGGGTTTAACTG

TCTCCTCTATCTAATCAGTGAACCTAATCTCCCCGTGAAAAAGCGGGGATTCTAACATAAGACGAGAAGA

CCCTATGGAGCTTAAAACATCTACACGTGCCATTTAAATTTTCCCCCTCACACCTCAGGCACGATGATTT

TATGTTTTTGGTTGGGGTGACCACGGAGAAAACCTCATCCTCCGTAGTGAAAGGAGCTACTCCTTAACAA

CAAACTACAACTTTATGTATTAACATATTAACACCTATTGACCCAATAAATTGACTAATGAACCAAGTTA

CCCTAGGGATAACAGCGCAATCCACTTTCAGAGCTCCTATCGTCAAGTGGGCTTACGACCTCGATGTTGG

ATCAGGGTATCCTAGTGGTGCAGCCGCTACTAAGGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAACCCC

……
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sombreamos las secuencias fasta de interés

- Vamos a mega

- Ruta: ALIGN – Construir alineamiento -Se abre una Ventana y

Brinda opciones – presionamos donde dice crear alineamiento luego
aceptamos presionando en OK
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- Tipo de secuencia: nucleotides o aminoacidos

- Aparece cuadradito escrito sequence

Entramos FILE – EDIT… opciones elijo PASTE. Alli ingresa todas las
secuencias
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Con ello se pega las secuencias

Otra formas para pegar

En vez de paste Ctrol + V (en la segundo Ventana)

Cuando termina de pegar las secuencias. No olvide borrar la

secuencia 1. Osea final. el prog lo tenia . Es una secuencia que nos
deja una fila vacia. Sombreamos la fila y le damos delete o borrar y
listo

ALIGMENT muscle
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2da forma

b. Crear documento con secuencias y convertir de formato .txt a .fas.

Para que mega pueda reconocerlo

Nota: si no cuenta con un notepad descarque uno sencillo (block de

texto)

Abrimos y pegamos (paste) las secuencias a grabar doc y damos

nombre al block de texto fasta-xxxxxx.txt

Mega
Alig - retrieve….. ----- ingreso al directorio de Archivos y
busco el archive de secuencias que tiene la extension.txt
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Mega solicita doc en fasta

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Todos marco o seleccono y open y me d una conversion

No reconoce formto de
Archive epecificdos a mega

TATA -- OPEN -- FILE BUSCO MI TEXTO .xtx Y LISTO.

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Estamos en set convertidor de formato y veo mi archive .txt y

cambiamos .fas --- file --- save as
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Mega file aligm build retrieve ok buscamos y localizamos

.fas importante el programa esta reconociendo tiene un icono M
Open

Rotule las secuencias

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ALINEAMIENTO DE SECUENCIA CON MEGA

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Guardar alineamiento con SAVE AS y escribe un nombre que usted

recuerde es un align
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CONSTRUCCION DEL ARBOL FILOGENÉTICO

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No
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ARBOL DE CONSENSUS

INTEPRETACIÒN
SE HA ESTABLECIDO UNA MULTUPLE SECUENCIA DE ALINEAMIENTOS BAJO SIGNIFICADO BIOLOGICO DE LA
HIPOTESIS: HOMOLOGÌA DE MULTIPLES SECUENCIAS (ANCESTRO COMUN)
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MUSCLE

VAMOS AL PROGRAMA MEGA X (710509-X86-64)

Alineamos
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c. Cálculos y Resultados
Todos los resultados enviados en la corrida. Serán considerados en la evaluación de las competencias
asumidas. Enviarlas por el aula virtual CLASSROOM junto a su análisis
D Limitación del procedimiento
No aplica

5 INTERPRETACIÓN Y CONCLUSIONES

El estudiante demuestra capacidad para interpretar las secuencias y concluir explicando la

definición de homología basada en similitud de secuencias de acuerdo a su procedimiento

6 ANEXOS
CUESTIONARIO
No aplica

8 MECANISMOS DE EVALUACIÓN:
Instrumento de Evaluación Rúbrica. Peso de la práctica 5 %

9 MEDIDAS DE SEGURIDAD Y SALUD OCUPACIONAL

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- Los participantes deben emplear la disposición de residuos sólidos y líquidos generados

hasta su eliminación .

10 DISPOSICIÓN DE DESECHOS BIOLOGICOS

No aplica.

7 REFERENCIAS
https://www.youtube.com/watch?v=cvvSF-nmGy8
https://www.youtube.com/watch?v=XannpT3lOWM
https://www.youtube.com/watch?v=t1vAhQvukRY
https://www.youtube.com/watch?v=wPRCLnF2NYk
https://www.youtube.com/watch?v=xLgOl0b78OE
https://www.youtube.com/watch?v=OSKwuOccAak
https://www.youtube.com/watch?v=zXgSUdjsA_8
https://www.youtube.com/watch?v=6_XMKmFQ_w8
https://www.youtube.com/watch?v=Dg6yciMwiNA
https://www.youtube.com/watch?v=QVJD8adhISU
https://www.youtube.com/watch?v=vDp97ZljF9c
https://www.youtube.com/watch?v=OSKwuOccAak