Los cromosomas
Estructura cromosómica en eucariotas
En los organismos eucariotas el material genético nuclear se encuentra
formando parte de los cromosomas donde cada uno contiene una única y
larga molécula lineal de DNA (107-109 kpb aproximadamente). Los
cromosomas constituyen el estado de máxima condensación de la
cromatina, la cual es una entidad dinámica formada por DNA y proteínas que
varia su apariencia durante las diferentes fases del ciclo celular.
Existen dos tipos de cromatina que difieren en su grado de condensación, la
heterocromatina y la eucromatina.
Heterocromatina: cromatina densamente empaquetada, cambia poco el
grado de condensación a través del ciclo celular. Aquí el material genético es
transcripcionalmente inactivo.
Eucromatina: cromatina poco condensada (se encuentra relativamente
dispersa en el núcleo y ocupa la mayoría de la región nuclear). Aquí el
material genético es transcripcionalmente activo. El nivel de condensación de
la eucromatina varía a través del ciclo celular.
En la interfase las células tienen dos clases de heterocromatina, la
constitutiva y la facultativa, cada una tiene un tipo de secuencia y en
ninguna el DNA se transcribe.
Constitutiva: región de la cromatina que no se expresa. Incluye secuencias
cortas repetidas (DNA satélite) y puede tener un papel estructural en el
cromosoma. Se localiza en lugares característicos, por ejemplo, en
centrómeros y telómeros.
Facultativa: toma la forma de cromosomas enteros que son inactivos en una
línea celular, aunque pueden ser expresados en otra. El cromosoma X de
mamíferos, por ejemplo, el cual es enteramente inactivo en las hembras lo
que compensa el que haya dos en la hembra y uno en el macho. El
cromosoma inactivo es perpetuado en estado heterocromático y el activo
forma parte de la eucromatina.
La condensación del material genético esta asociado a su inactividad pero lo
contrario NO es cierto. Aunque los genes activos se encuentran en la
eucromatina solo una pequeña minoría se transcribe, o sea, que esta es una
condición necesaria pero no suficiente.
La cromatina puede estudiarse teniendo en cuenta varios niveles de
organización. La subunidad fundamental de la cromatina, tiene el mismo tipo
de designio en todos los eucariotas, el nucleosoma. Este contiene
aproximadamente 200 bp de DNA asociado a un octámero de proteínas
llamadas histonas, las que constituyen un poco más de la mitad de la masa
total de la cromatina.
Se han descrito 5 clases de histonas, H1, H2A, H2B, H3 y H4:
H3 y H4: son las más conservadas en la evolución. Por ejemplo, en las H4 de
especies tan alejadas evolutivamente como la vaca y los guisantes se han
encontrado diferencias en tan solo dos residuos de aminoácidos. Esto sugiere
que la función de esta proteína es idéntica en todos los organismos
eucariotas.
H2A y H2B: pueden ser reconocidas en todos los eucariotas pero muestran
apreciables diferencias en su secuencia según la especie.
H1: incluye un conjunto de varias proteínas relacionadas estrechamente
secuencialmente. Las H1 muestran una apreciable variación entre tejidos y
entre especies.
Las histonas pueden sufrir modificaciones postraduccionales (metilaciones,
acetilaciones y fosforilaciones) en residuos específicos lo que conlleva a
disminuir su carga positiva alterando así la interacción histona-DNA. Esto
pudiera servir de alguna manera para modular la expresión génica
eucariótica.
Se han encontrado también proteínas no histonas que incluyen el resto de las
proteínas de la cromatina. Presentan una mayor variación entre tejidos y
especies y constituyen aproximadamente el 10 % de las proteínas
cromosómicas. Su función está relacionada con el mayor nivel de
organización de la cromatina y con la expresión de los genes.
El nucleosoma, primer nivel de organización de la cromatina
Evidencias experimentales obtenidas en estudios de la estructura de la
cromatina (difracción de rayos X, microscopia electrónica, tratamiento
enzimáticos, entre otros), permitieron concluir que existe una entidad que se
repite a lo largo de las fibras de cromatina, el nucleosoma.
El nucleosoma constituye el primer nivel de organización de la cromatina y
esta formado por dos copias de las histonas H2A, H2B, H3 y H4 las cuales
forman un octámero alrededor del cual se asocian aproximadamente 200 bp
de DNA. La función de la histona H1 parece diferir de las del resto ya que no
se encuentra formando parte del núcleo de histonas sino que se ubica en el
exterior de la partícula.
Una digestión de la cromatina con la nucleasa micrococal, enzima que corta
las dos hebras de DNA, da lugar a nucleosomas individuales unidos a la H1,
los llamados cromatosomas. Si estos cromatosomas se someten
nuevamente a digestión parte del DNA es cortado y se libera la H1, quedando
una estructura llamada núcleo del nucleosoma formado por una cadena de
DNA de aproximadamente 146 bp que rodean al núcleo de histonas. Por ello
se puede dividir el DNA del nucleosoma en dos tipos:
DNA nuclear (core DNA): consta de 146 bp y es relativamente resistente a la
digestión con nucleasas.
DNA de enlace (linker DNA): comprende el resto del DNA, su longitud varía
de 8 hasta 114 bp según el tejido y la especie, aunque por lo general es de
aproximadamente 55 bp. Es susceptible a la digestión con nucleasas (Fig.1).
La estructura de rayos X de la partícula núcleo reveló que esta es un disco
con simetría binaria de 70 A de espesor y 110 A de diámetro. El tetrámero
formado por (H3)2 (H4) 2 constituye el núcleo del octámero de histonas el cual
es completado por la unión al tetrámero por la parte superior e inferior del
dímero [Link] DNA-B envuelve al octámero de proteínas con 1,67
vueltas arrolladas a la izquierda (Fig.2). Esta trayectoria superhelicoidal no es
uniforme ya que el DNA tiene tendencia intrínseca a doblarse, zonas ricas en
A-T se localizan donde el surco menor hace contacto con el octámero
mientras que zonas ricas en G-C se ubican donde el contacto con el
octámero es menor (Fig.3). Se propone que la H1 se une al DNA
nucleosomal en una cavidad formada por el segmento central y los
segmentos entrante y saliente del DNA en la partícula del núcleo. Una posible
consecuencia funcional de esta estructura es que dos puntos alejados 80 bp
puedan estar cerca en el nucleosoma.
En el ensamblaje del nucleosoma participan otras proteínas accesorias que
se unen a las histonas que conforman el octámero. La nucleoplasmina (N1),
proteína ácida aislada de huevos de Xenopus laevis se une a H2A y H2B y la
N1 se une a H3 y H4. Estas proteínas actúan como chaperonas moleculares
controlando la unión del DNA a las histonas. Estas proteínas al ser ácidas
reducen la densidad de carga positiva de las histonas (proteínas básicas) y
por tanto la posibilidad de formación de otro complejo inespecífico que resulte
de la afinidad DNA-histonas. Aquí también participa la topoisomerasa I
proporcionando al DNA el grado de superarrollamiento adecuado.
Los nucleosomas pueden ensamblarse in vitro sin tener en cuenta ninguna
secuencia pero in vivo no ocurre así. Digestiones de la cromatina con
nucleasa micrococal y enzimas de restricción han mostrado que el núcleo de
histonas se ensambla teniendo en cuenta la secuencia de DNA de dos
maneras:
Intrínseca: el nucleosoma se deposita en una secuencia determinada del
DNA.
Extrínseca: el primer nucleosoma es preferencialmente ensamblado en un
sitio particular a partir del cual son ensamblados los demás. Esto se
condiciona por la presencia de proteínas no histonas que interactúan con la
cromatina. Esto provee un límite que restringe posiciones disponibles para
nucleosomas adyacentes. Así, una serie de nucleosomas pueden ser
ensamblados secuencialmente en una longitud definida.
Una vez ensamblado el nucleosoma estos se organizan en la llamada fibra
de 10 nm, su nombre es debido a la medición correspondiente al largo de la
fibra cuando es analizada la cromatina por microscopía electrónica. La fibra
de 10 nm es esencialmente una cadena continua de nucleosomas donde las
caras de los discos están en contacto unas con otras. Esta estructura es
obtenida a baja fuerza iónica y no requiere de la histona H1.
Filamento de 30 nm, segundo nivel de organización de la cromatina.
En presencia de una elevada fuerza iónica y la histona H1 la fibra de 10 nm
se puede enrollar en un solenoide que gira a la izquierda y contiene seis
nucleosomas por vuelta organizados radialmente, con un paso de rosca de
110 A (el diámetro de un nucleosoma), dando lugar a la fibra de 30 nm. Aquí
los nucleosomas interactúan a través de la molécula H1, la cual estabiliza la
estructura solenoidal (Fig.4)
Tercer nivel de organización de la cromatina.
Cuando son observados los cromosomas metafásicos desprovistos de
histonas, se observa un esqueleto central de proteínas fibrosas rodeado de
un extenso halo de DNA. Se observa que el DNA forma bucles o lazos que
entran y salen del esqueleto prácticamente por el mismo punto. Micrografias
electrónicas de cortes transversales de cromosomas metafásicos sugieren
que las fibras de cromatina se encuentran dispuestas radialmente. Se
propone que estas fibras correspondan a los bucles que a su vez están
formados por la fibra de 30 nm (Fig. 5). No se conoce exactamente como
están dispuestas las fibras de 30 nm para formar los bucles radiales ni como
se convierten entre si los cromosomas metafasicos y los interfásicos, mucho
mas dispersos estos últimos. Seguramente las proteínas no histonas que
constituyen aproximadamente el 10 % de las proteínas cromosomitas deben
intervenir en estos procesos.
Centrómeros y telómeros
Cuando la cromatina se encuentra bien empaquetada antes de que tenga
lugar la división celular se puede distinguir una zona hacia el centro del
cromosoma llamada centrómero. Esta región del cromosoma esta
involucrada en la segregación de los mismos durante la mitosis y meiosis. La
región que rodea el centrómero es rica en DNA satélite y contiene
cantidades considerables de heterocromatina constitutiva. En el centrómero
se distinguen una región llamada cinetocoro el cual esta involucrado
directamente en la unión a los microtúbulos durante la división celular.
Un estrecho rango de 120 bp esta involucrado en la función del centrómero:
CDE-I: secuencia de 9 bp que se encuentra en el límite izquierdo de todos los
centrómeros. Esta muy conservada.
CDE-II: secuencia de 80-90 bp rica en A-T. También se encuentra en todos
los centrómeros. Su composición de bases puede provocar distorsión en la
doble hélice.
CDE-III: secuencia de 11 bp altamente conservada en el extremo derecho de
los centrómeros.
Mutaciones en CDE-I y CDE-II reducen pero no inactivan la función del
centrómero mientras que en CDE-III lo inactivan completamente.
El hecho de que los cromosomas eucarióticos sean lineales hace que estos
deban presentar extremos especiales que le confieran estabilidad. Los
telómeros son largas secuencias de DNA compuesta por secuencias cortas
repetidas en tandem que se encuentran al final de moléculas lineales de
DNA. Una de las cadenas contiene la secuencia Cn(A/T)m donde n>1 y m=1-
4, la otra tiene un extremo protuberante en 3’Gn(T/A)m).
¿Qué característica de los telómeros le confiere estabilidad al final del
cromosoma?
La siguiente figura muestra un lazo el cual es formado cuando el extremo
protuberante 3’OH del telómero (TTAGGG)n desplaza a una misma
secuencia mas arriba en el telómero. Esto convierte a una región duplex en
una parecida a lazo D donde una serie de repeticiones TTAGGG son
desplazadas para formar una región simple cadena, y la cola del telómero se
aparea con su homólogo correspondiente (Fig. 6)
Estructura cromosómica en procariotas
Aunque en las bacterias no se observan estructuras con las distintas
características morfológicas de los cromosomas eucarióticos, su genoma se
encuentra organizado en cuerpos definidos. El material genético puede ser
visto como un grupo bastante compactado o una serie de grupos llamado
nucleoide, que ocupa aproximadamente un tercio del volumen de la célula
(Fig. 7).
Cuando células de [Link] son lisadas las fibras de DNA son liberadas en
forma de lazos. El DNA en estos lazos no es encontrado en forma de doble
hélice extendida si no que se encuentra compactado asociado a proteínas.
Se han aislado de [Link] muchas proteínas de unión al DNA con un cierto
parecido a las proteínas de cromosomas eucarióticos, pero ninguna de las
candidatas satisface aun la condición de que puedan jugar un papel
estructural en el nucleoide.
El material genético de [Link] consiste en una molécula de DNA de doble
hélice circular cerrada que constituye el único cromosoma de este
microorganismo. Estudios con agentes intercalantes y nucleasas han
revelado que el DNA se encuentra organizado en dominios independientes,
donde cada dominio consiste en un lazo de DNA. Existen 100 dominios por
genoma, cada uno con aproximadamente 40 kb, organizados en fibras mas
compactas cuya estructura no ha sido caracterizada aun (Fig.8).
La existencia de dominios separados pudiera permitir diferentes grados de
superarrollamiento en diferentes regiones del genoma. Esto pudiera ser un
factor que explique la diferencia en la susceptibilidad de promotores
particulares al superarrollamiento.
Control de la estructura de la
cromatina.
El grado de empaquetamiento del material genético (nucleosomas) evita la
trascripción de los genes ya que las regiones involucradas en el inicio de la
transcripción (promotores) e muestran inaccesibles a las moléculas
involucradas en el proceso. Entonces la activación de los genes requiere
cambios en la cromatina por lo que la estructura local de esta es parte del
control de la expresión genética.
En la cromatina se encuentran sitios los cuales son muy susceptibles a la
digestión con DNAasa I, llamados sitios hipersensibles, los cuales son
encontrados en los promotores de genes expresados. Estos sitios son
creados por el desplazamiento del núcleo de histonas, de ahí su elevada
sensibilidad a la acción de la enzima. Sin embargo esto no significa que el
DNA se encuentra libre de proteínas ya que sería vulnerable al daño. Se
piensa que en estos sitios existan proteínas específicas reguladoras (ya que
se encuentran en secuencias promotoras) que excluyan a los nucleosomas y
que ofrecen de alguna manera protección a esta zona del DNA.
El proceso general que induce cambios en la estructura de la cromatina es
nombrado remodelación de la cromatina. Este proceso permite el
desplazamiento del núcleo de histonas en un proceso activo que requiere de
ATP. Una vez que ha sido desplazado el nucleosoma los factores de
trascripción pueden unirse entonces a la región específica de DNA.
El complejo de remodelación de la cromatina puede actuar de varias
maneras(Fig. 9)
• El octámero de histona puede ser deslizado a lo largo del DNA cambiando a
relación entre el DNA y las proteínas alterando la posición de una secuencia
articular en la superficie del nucleosoma.
• El espacio entre octámeros de histonas puede ajustarse de manera que se
altere la posición de una secuencia relativa a la presencia de proteínas.
• El nucleosoma puede ser desplazado enteramente del DNA creando una
zona libre de nucleosoma.
El complejo de remodelación no tiene especificidad por un determinado sitio
blanco. Sin embargo se ha encontrado asociación entre el complejo de
transcripción y las proteínas involucradas en la reorganización del DNA, lo
cual sugiere que el remodelaje de la cromatina y el reconocimiento de
promotores puede ocurrir de manera coordinada con la participación de un
único complejo. Se plantea que el complejo de remodelación puede actuar a
partir del reclutamiento por un activador o represor que se ha unido
previamente a un sitio especifico del nucleosoma.
Modificaciones de las histonas controlan el estado de la cromatina
Si bien pueden ocurrir cambios locales en la cromatina que afecten la
expresión de un gen específico, regiones tan largas como un cromosoma
completo pueden estar afectadas. os cambios en la estructura de la
cromatina están dados inicialmente por modificaciones en la cola N-terminal
de las histonas (H3 y H4). Estas pueden ser modificadas en muchos sitios por
introducción de grupos acetilos, metilos y fosfatos los cuales disminuyen la
carga de la proteína. Estos cambios pueden directamente cambiar las
características del nucleosoma o crear sitios de unión de proteínas no
histonas que provocan un cambio en las propiedades de la cromatina.
La metilación esta relacionada con la cromatina inactiva y la acetilación con la
cromatina activa sin embargo esta regla no es general ya que se han
encontrado regiones metiladas en la cromatina activa. La especificidad de
estas modificaciones esta dada por el hecho de que las enzimas relacionadas
tienen sitios blancos individuales en histonas específicas.
