BIOLOGÍA GENERAL 2022
Docente: Isabel Cristina Castellanos Taller - Encuentro Final
CRONOGRAMA DE ACTIVIDADES
HORA ACTIVIDAD ESTRATEGIAS DE APRENDIZAJE
8am Bienvenida Cada participante realiza la práctica de
manera remota
8:30am Introducción DNA – Genes y Genomas Cada participante realiza de manera
Bases de datos – DNA, formato de archivo individual el taller al tiempo se desarrolla
FASTA. cada temática.
Practica No 2. Genoma COVID 19 - Plantas Apoyo por parte de docentes
transgénicas
10am Break
10:30am Introducción Proteínas y Estructura Apoyo por parte de docentes
tridimensional Cada participante realiza de manera
Bases de datos – Proteínas, formato de archivos individual el taller al tiempo se desarrolla
PDB cada temática.
Practica No 3. Albinismo en Gorilas, calculo
computacional de estructuras tridimensionales.
12:30pm Finalización Trabajo autónomo para terminar taller.
TOPICOS EN BIOINFORMATICA
Nombre del estudiante: _Oscar Edgar Vargas Neira__________
Pregrado: __INGENIERIA EN SISTEMAS__________________________
ADN - RNA
1. Ingrese a la base de datos de NCBI y localice en la base datos GENOME el genoma del
retrovirus COVID 19. Revise la información general del mismo y complete la siguiente
tabla:
Nombre completo del “organismo” Síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 aislado
Wuhan-Hu1
Número de nucleótidos (bases) 29903 – 29.9 kb
% GC (porcentaje Guanina – 38.0
Citocina)
Número de genes 11
Fecha de publicación 18.07.2022
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2. Ingrese a la base de datos de NCBI y localice en la base datos GENE el gen con ID
AT3G52905. Revise la información general del mismo y complete la siguiente tabla:
tamaño, organismo, posición en el genoma, posible función en la célula de la proteína que
codifica, los codones de inicio y terminación del gen, el número de intrones y gráficamente
su posición en el gen.
Propiedad Descripción
Tamaño del gen (nt) 1748
Organismo al cual pertenece Arabidopsls thallana
Hebra codificante ANTISENTIDO
Posición en el genoma 19,614,007 hasta 19,615,754
Número de Exones 7
Función de la proteína que codifica y ubicación dentro de la ACTIVIDAD TRANSFERASA -
célula (Núcleo, citoplasma, membrana celular) CITOPLAMA
Número de acceso a la base de datos del mRNA y de la NM_001084805.3 – NP_001078274.1
proteína del gen.
3. La predicción computacional del número de intrones para el gen con ID AT3G52905 del
punto 1 será realizada con el paquete de software dotmatcher. El procedimiento general que
seguiremos en la práctica se muestra en el siguiente diagrama.
✓ Obtenga la secuencia de nucleótidos del gen y del mRNA en formato FASTA.
>ref|NM_001084805.3|:1-751 Arabidopsis thaliana Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein
(AT3G52905), mRNA
GTGCTTGCTTGCTTCAATCGCGAAGACATTTAGCAGAACCATTTGTCGTTTCCTCTCGCCAGATTCCGTG
CTCCGGAGCCAGAAAGTTTCCGCCTTTAAAGAAATGAAGTATGTGAAGCCATTGAGCTTATTGGGTAATG
CGCTGAAGACCAAAGTGTCAGTCCCTGGTCGGTTTCTGGGTTTAGATGTTGGTGATAAGTATGTTGGATT
AGCTATCTCAGATCCTTCAAATATGGTTGCTTCTCCATTGAGTGTTTTGCTCAGAAAGAAATCAAACATT
GACCTGATGGCTACAGATTTCCAGAACCTGGTCAAAGCATTTTCTGTGTCGGGATTAGTCGTTGGTTATC
CATTTGGCAAACTGAACAATGTAGAGGATGTTGTCACTGTGAATCTTTTCATTGAGGAACTTCGTAAGAC
CGAAAAACTCAAGGATGTGAAATACACATATTGGGACGAGCGATTATCATCAAAGACCGTTGAACTGATG
TTGAAGCCCTTGAATTTGCATCCTGTTCAAGAGAAGACAATGTTGGACAAGTTAGCCGCAGTAGTTATAC
TTCAGGAGTATTTAGATTACGCGAACAGGTATGTAAACACTGAGCCAGCAGAGTAAAAGGAAACGGGTAA
TGACAAAATAGGGAAGCCGCTAGTTTCGGATATATGAATATAATGATGCTTGATTTGTTTTGACATTATC
TATGTGTACAAAGACATCTTGCATCTTTTAAGAAATTCGTTTTTCGCTGCA
>ref|NP_001078274.1|:1-170 Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Arabidopsis thaliana]
MKYVKPLSLLGNALKTKVSVPGRFLGLDVGDKYVGLAISDPSNMVASPLSVLLRKKSNIDLMATDFQNLV
KAFSVSGLVVGYPFGKLNNVEDVVTVNLFIEELRKTEKLKDVKYTYWDERLSSKTVELMLKPLNLHPVQE
KTMLDKLAAVVILQEYLDYANRYVNTEPAE
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✓ Abra el software Dotmatcher disponible on line.
✓ En la primera casilla pegue la secuencia del mRNA, en la segunda casilla pegue la
secuencia del gen.
✓ Ajuste los siguientes parámetros para mejorar el cálculo:
✓ Pegue aquí una captura de pantalla del resultado.
✓ Un dotplot es una representación gráfica de las regiones de similaridad que presentan dos
secuencias y que se visualizan como líneas diagonales. Para este ejercicio las zonas en
común entre el mRNA y el gen corresponden a los exones. Recuerde que los intrones en el
proceso de splicing son removidos para dejar únicamente los exones. ¿Cuántos exones y
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cuantos intrones contiene el gen de acuerdo al Dotplot? ¿Concuerda con el reporte del gen
en la base de datos del ncbi?
4. Realizar la traducción del gen a proteína en los 6 marcos de lectura usando el software
TRANSLATE en el siguiente vinculo: [Link]
Pegue una captura de pantalla del resultado obtenido.
✓ Identifique el marco de lectura que con mayor probabilidad la célula traducirá a
proteína, exponga las razones por las cuales realizó su elección.
Es en el marco numero 2 (5’3 Frame 2)
✓ ¿Cuántos aminoácidos tendrá la proteína que traduce el gen?
Cuenta con 170 aminoácidos
5. A continuación, consultará el genoma humano, para ello acceda a la base de datos de
genomas con la entrada Homo sapiens. Tome una captura de pantalla.
✓ Tome una captura de pantalla para mostrar gráficamente el tamaño y número de
cromosomas.
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✓ En esta entrada consulte la siguiente información: en general cual es el rango de %
de abundancia de los nucleótidos GC: es 50.8
✓ . En una nueva ventana localice el genoma de E coli; % GC: es de 50.6
✓ ¿El genoma de E coli contiene cromosomas? Explique su respuesta.
No cuenta con cromosomas, solo cuenta con un cromosoma
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