UNIVERSIDAD NACIONAL
JOSÉ FAUSTINO SÁNCHEZ CARRIÓN
FACULTAD DE INGENIERÍA INDUSTRIAL, SISTEMAS E INFORMÁTICA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA INFORMÁTICA
BIOLOGÍA GENERAL
TRABAJO
PRACTICA N°03
ESTUDIANTE
Rea Cárdenas, Angelo Joel
DOCENTE
Ing. León Alcántara Eduardo Enrique
Huacho – Perú
2021
UniProt
¿QUÉ ES UNIPROT?
UniProt es el (universal protein resource) o Proteína Universal, un depósito
central de la proteína de datos creada mediante la combinación de Swiss-Prot,
TrEMBL y PIR. Esto lo hace el recurso líder mundial más comprensivo sobre la
información de proteína.
SUS INSTITUCIONES.
➢ National Center for Biotechnology Information (NCBI)
➢ European Bioinformatics Institute (EBI)
➢ National Institute of Genetics
➢ Coordinadas por la International Nucleotide Sequence Database
➢ Collaboration (INSDC)
BASES DE DATOS.
UniProt proporciona tanto datos de secuencia como información funcional
asociada, derivada de una variedad de fuentes.
¿POR QUÉ NECESITAMOS UNIPROT?
Comprender la función de las proteínas es fundamental para la investigación en
muchas áreas de la ciencia, como la biología, la medicina y la biotecnología. A
medida que sigue aumentando el número de genomas completamente
secuenciados, la comunidad investigadora realiza grandes esfuerzos para
comprender tanto como sea posible sobre las proteínas codificadas por estos
genomas. Este trabajo está generando grandes cantidades de datos que se
distribuyen en múltiples ubicaciones, incluida la literatura científica y muchas
bases de datos biológicas.
Mantenerse al día con toda esta información es una tarea abrumadora para la
mayoría de los investigadores. UniProt ayuda con esto de las siguientes
maneras:
➢ Proporciona un cuerpo completo y actualizado de información sobre
proteínas en un solo sitio.
➢ Ayuda al descubrimiento científico al recopilar, interpretar y organizar
esta información para que sea de fácil acceso y uso.
➢ Ahorra a los investigadores innumerables horas de trabajo en el
seguimiento y la recopilación de esta información por sí mismos.
CÓMO ACCEDER Y NAVEGAR POR UNIPROT.
El sitio web de UniProt.
En el sitio web de UniProt, puede navegar y buscar varios conjuntos de datos y
también navegar y usar varias herramientas.
Navegar por los conjuntos de datos de UniProt.
UniProt tiene varios conjuntos de datos en los que puede navegar y buscar.
Puede hacer clic en el menú desplegable a la izquierda del cuadro de búsqueda
para ver estos conjuntos de datos y seleccionar el que le interesa (Figura 10A).
UniProtKB está seleccionado de forma predeterminada.
Navegando por las herramientas de uniprot.
UniProt proporciona cuatro herramientas principales:
➢ La herramienta básica de búsqueda de alineación local (BLAST) para la
búsqueda de secuencias.
➢ La herramienta de alineación de secuencia múltiple "Alinear".
➢ La herramienta "Recuperar / Mapeo de ID" donde puede enviar una lista
de identificadores para recuperar las entradas UniProt correspondientes, o
mapearlas desde o hacia una base de datos externa.
➢ La herramienta "Búsqueda de péptidos" que le permite enviar secuencias
de péptidos cortas de al menos 3 residuos y encontrar todas las secuencias
de UniProtKB que coincidan exactamente con la secuencia de consulta.
CÓMO BUSCAR UNIPROT.
Puede usar la barra de búsqueda en el banner de UniProt en la parte superior de
todas las páginas para buscar los distintos conjuntos de datos de UniProt.
Hay una lista desplegable a la izquierda de la barra de búsqueda que le permite
seleccionar un conjunto de datos. También hay una opción de búsqueda
avanzada en el lado derecho de la barra de búsqueda.
Para buscar uno de los conjuntos de datos de UniProt, proceda de la siguiente
manera:
1) Seleccione el conjunto de datos apropiado (la selección predeterminada
es UniProtKB)
2) Escriba su consulta
3) Pulsa el botón de búsqueda
Tenga en cuenta que el color de fondo alrededor del campo de búsqueda cambia
según el conjunto de datos, para recordarle qué conjunto de datos está
seleccionado.
EXPLORANDO LA PÁGINA DE RESULTADOS DE
UNIPROTKB.
Cuando haga una búsqueda dentro de UniProtKB, verá una página que muestra
todos sus resultados:
MEJORAS QUE PUEDO OFRECERLE A UNIPROT.
Cuando buscamos alguna información que contenga imagen, no todas la tiene,
por eso debería de mejora eso.
Que haiga una traducción para todos los idiomas de mundo o también los
idiomas más comunes.
RESUMEN.
¿Qué es UniProt? Universal Protein Resource (UniProt) es un recurso
completo para la secuencia de proteínas y los datos de anotación.
¿Por qué usar UniProt? UniProt proporciona un cuerpo completo de
información sobre proteínas que se actualiza periódicamente en un solo sitio
con enlaces a más de 150 recursos que brindan acceso a información adicional
relacionada. Ayuda al descubrimiento científico al recopilar, interpretar y
organizar esta información para que sea de fácil acceso y uso.
¿Qué son las bases de datos de UniProt? Hay tres bases de datos de UniProt:
➢ UniProt Knowledgebase (UniProtKB): el eje central para la recopilación
de información funcional sobre proteínas
➢ Clústeres de referencia UniProt (UniRef): proporciona conjuntos
agrupados de secuencias
➢ UniProt Archive (UniParc): una base de datos completa y no redundante
que contiene la mayoría de las secuencias de proteínas disponibles
públicamente.
¿Cómo acceder a UniProt? Se puede acceder a UniProt a través del sitio web
de UniProt.
¿Qué datos proporciona UniProt? UniProt proporciona datos de secuencia,
así como una amplia gama de información de proteínas que cubre áreas como
función, ubicación subcelular, participación en enfermedades, estructura de
subunidades, interacciones con otras proteínas, modificaciones
postraduccionales y mucho más.
¿De dónde provienen los datos de UniProt? Los datos provienen de una
variedad de fuentes que incluyen literatura científica, herramientas de análisis
de secuencias, sistemas internos de anotación automática y otras bases de datos
biológicas.
¿Cómo puedo descargar datos de UniProt? Puede descargar todas las bases
de datos de UniProtKB, UniRef, UniParc y UniMES desde el sitio FTP de
UniProt. Se pueden descargar pequeños conjuntos de datos directamente desde
el sitio web de UniProt siguiendo el enlace de descarga en cualquier página de
resultados de búsqueda. También puede acceder a los datos a través de UniProt
JAPI o UniProt BioMart o programáticamente usando REST.
¿Qué herramientas se proporcionan? UniProt proporciona cuatro
herramientas para el análisis de secuencias de proteínas:
➢ BLAST se proporciona para la búsqueda de similitudes de secuencia
➢ La herramienta "Alinear" le permite alinear dos o más secuencias de
proteínas mediante el programa Clustal Omega
➢ La herramienta "Recuperar / mapeo de ID" le permite enviar una lista de
identificadores para recuperar las entradas UniProt correspondientes o
para mapearlas desde o hacia una base de datos externa
➢ La herramienta "Búsqueda de péptidos" le permite enviar secuencias de
péptidos cortas de al menos 3 residuos y encontrar todas las secuencias de
UniProtKB que coincidan exactamente con la secuencia de consulta.
