Las enzimas son catalizadores biológicos, son que tomó desayuno y tiene una alta concentración

sintetizados por las propias células en base al código de glucosa en la sangre, no necesita hacer
genético, que sintetiza todas las proteínas necesarias, gluconeogénesis, su hígado no necesita generar
incluidas las enzimas. glucosa, por lo tanto, esas mismas enzimas deben
estar inactivas. Las enzimas van a estar activas solo
A diferencia de un catalizador cualquiera,
cuando se necesiten y viceversa; esto se da cuando
principalmente uno inorgánico, es que las enzimas tienen
pienso en la síntesis de glucosa en la diferencia de si
las siguientes características:
estoy en ayuno o estoy bien alimentado, es una
- Selectividad: Son muy selectivas, las enzimas condición fisiológica distinta que ocasiona una
dentro de todas las posibilidades de sustrato que condición metabólica distinta. Esto es una especie
tienen (los miles de moléculas que hay en una célula), de introducción para cuando lleguemos a
actúan sobre 1 o unos cuantos sustratos solamente. metabolismo y tengamos que ver la regulación de
Por ejemplo, la enzima hexoquinasa, es una enzima este; la regulación de las rutas metabólicas es la
que fosforila la glucosa, la fructosa y la manosa regulación de las enzimas. Si la enzima de una
(fosforila un tipo de moléculas llamadas hexosas). Son determinada reacción está inactiva, esta no va a
muy selectivas con su sustrato, podríamos considerar ocurrir; por el contrario, si la enzima está activa, la
que las enzimas son específicas para una reacción, reacción ocurre.
a pesar de que a veces hay más de 1 posibilidad.
- Eficiencia: Las reacciones catalizadas por
enzimas alcanzan una eficiencia alta de conversión Una enzima requiere de una serie de componentes para
de sustrato en producto, cercana al 100%. estar activa.
- Especificidad (dirección): Especificidad en el
camino de la reacción, de la dirección. Esto se refiere
a que las enzimas generan, específicamente, solo un
producto. Hay algunas pocas enzimas que van a
generar 2 productos o un producto principal y un
subproducto, en general tenemos 1 solo; y no solo
esto, sino que el producto tiene una estereoquímica
particular (por ejemplo, generamos el ácido láctico
en su forma L y no en su forma D o generamos la
glucosa en su forma D y no en su forma L), las
reacciones son estéreo específicas,
- Regulación (conformación): Tienen regulación - Sitio activo: El sitio activo es un bolsillo dentro de
de acuerdo con su estructura, de acuerdo a su la estructura de la proteína, donde se produce la
conformación. Las enzimas al ser proteínas regulan su reacción química que está catalizando la enzima.
actividad en base a su conformación, hay una ¿Por qué ocurre en un sitio específico y no en otro
conformación que es más afín con el sustrato y otra lugar de la proteína? Se debe a que los residuos
menos afín, lo que es muy importante en la catálisis. aminoacídicos que están en el sitio activo participan
Pensemos que una persona no ha tomado desayuno en la catálisis. Este sitio activo tiene que ser afín al
(la glucosa estará baja en la sangre y además se sustrato, en ese sitio no cabe cualquier sustrato.
estará ocupando, por ejemplo, en el cerebro), su - Coenzima: Una coenzima es una molécula, es
hígado va a empezar a generar glucosa, por lo aparte de la cadena proteica; puede ser
tanto, las enzimas que están participando en este completamente orgánica o metal-orgánica y lo que
proceso metabólico llamado gluconeogénesis, están hace es participar en la reacción química que está
activas en esta persona. En cambio, en una persona siendo catalizada. La coenzima participa en la
 reacción, es decir, forma algún intermediario o *Cuando se denatura una enzima solo cambio la parte
producto. En lenguaje más coloquial se dice que la proteica, la apoenzima, al resto no le va a pasar nada,
coenzima presta ayuda química. Por ejemplo, si mi pero puede ser que tengan menor afinidad con la
reacción es una óxido-reducción, la coenzima es la enzima. En la enzima hay afinidades, el cofactor está
que realiza la reacción redox, no es la enzima. unido a la enzima y tiene una afinidad por ella, por
Ejemplos de coenzimas que ya hemos visto en el curso ejemplo, puede haber una interacción electrostática; la
son el NAD, FAD, FMN, etc., todas estas moléculas coenzima puede tener puentes de H, efecto hidrofóbico,
participan en la reacción, pero no son la enzima que etc.; el grupo prostético es más fuerte, enlaces
es la parte proteica, la parte formada por covalentes.
aminoácidos. En el caso de que la coenzima esté
unida covalentemente a la enzima, o fuertemente a
la enzima, se le llama grupo prostético (tiene la misma Los cofactores interactúan con el sustrato, estado de
definición, solo cambia el nombre cuando está unido transición o producto. Son iones metálicos, como vemos
fuertemente a la enzima, no se separa de ella). en la siguiente tabla:
*La enzima tiene una coenzima o un grupo prostético,
no ambos (no tendremos una coenzima unida a un grupo
protético)
- Cofactor: Un cofactor es un ion metálico que
participa en la estabilización del sustrato, del estado
de transición o del producto. Participa en la reacción
dando estabilización a alguna de las estructuras, a
diferencia de la coenzima, que participa
directamente de la reacción (dona electrones,
hidruros, recibe hidrógenos, etc.). El cofactor no sufre
un cambio químico, por lo general estabilizan por
cargas.
- Apoenzima: La parte proteica de la enzima se
llama apoenzima, es solo la cadena de residuos Algunas coenzimas transfieren grupos funcionales o
aminoacídicos, solo la cadena polipeptídica, sin átomos de una molécula a otra:
considerar la coenzima ni los cofactores.
- Holoenzima: La holoenzima es el conjunto de
todo, incluye la apoenzima, coenzima, cofactor y
grupo prostético. La apoenzima no tiene actividad
catalítica, en cambio la holoenzima sí; esto se debe
a que la actividad catalítica depende de las
coenzimas y cofactores, si no los tiene, la enzima no
puede actuar.
Algunas ya las habíamos nombrado anteriormente en el
Nota: los términos cofactor y coenzima a veces son curso, como el FAD (transferencia de electrones), NAD
utilizados como sinónimos. Por ejemplo, nosotros clases (transferencia de hidruros) o Coenzima A (transfiere
anteriores (bioenergética) hablamos de cofactores grupos acilo).
redox, pero en realidad son coenzimas (pero todos les
dicen cofactores). Por lo tanto, hay que saber la +
definición, y como se le llama comúnmente en la práctica.
Las coenzimas son muy relevantes en el sentido de que
*La apoenzima solo la tengo cuando la compro para es la coenzima quien realiza muchas veces la reacción
hacer un experimento o cuando la aísle y la purifique de química que cataliza esa enzima, por ejemplo, una
un organismo vivo. oxidorreductasa es una enzima que hace una reacción
de óxido reducción, la alcohol deshidrogenasa, y en ↓
ese caso como es una óxido reducción ¿quién dona y
quién recibe los electrones? no es la enzima, si se ¿Qué hace una enzima para aumentar la velocidad de
pensara que la enzima dona los electrones, entonces la reacción? un catalizador lo que hace es bajar la
alguno de los aminoácidos de la enzima se oxidaría y si energía de activación.
se modifican los aminoácidos de la proteína muchas Aquí tenemos el perfil energético de una reacción no
veces se altera su conformación y su actividad entonces catalizada por una enzima, se tiene un sustrato (S), un
no tiene mucho sentido, en general, salvo quizá unas producto (P) y un estado de transición (ⱡ, barrera
pocas excepciones, los aminoácidos en la enzima no energética que se tiene que superar para transformar el
participan en estas reacciones del tipo redox, entonces
sustrato en producto). El ΔG, en este caso, es negativo
quien dona o acepta los electrones es la coenzima. porque baja en energía.
El NAD+ es un cofactor que dona o recibe hidruros, en
cambio, el FAD dona o recibe electrones o átomos de
hidrógeno, entonces hay una diferencia mecanística en
estos dos cofactores. Hay que recordar que son
coenzimas, pero todo el mundo les dice cofactores
redox.

¡OJO! el valor del ΔG no tiene nada que ver con si la

barrera energética es más alta o más baja, ni con la
energía de activación, por lo tanto, una enzima no
modifica el valor del ΔG, en cambio, cuando se tiene
una reacción catalizada por una enzima se ve que la
Otra diferencia es que la flavina adenina dinucleótido
energía del estado de transición baja, o sea, la energía
(FAD) se encuentran unidos a las proteínas, o sea, se
de activación de la reacción baja y es por eso que se
podría decir que son grupos prostéticos y se llaman
produce un aumento en la velocidad, mientras menor
flavoproteínas las proteínas que tienen el cofactor
sea la energía de activación más rápida es la reacción,
flavínico), en cambio, el NAD+ no está unido a la
sin cambiar el valor de ΔG ya que este se ve entre el
proteína, el NAD+ entra al sitio activo, ocurra la reacción
sustrato y el producto y esa diferencia sigue siendo igual.
y después se. Por último, la coenzima A es muy relevante
Así que, una enzima nunca va a hacer favorable una
en muchas reacciones, hay muchas rutas metabólicas
reacción que no es favorable termodinámicamente,
que ocupan en reacciones la coenzima A. Es una
solamente la va a hacer más rápida, pero la reacción
molécula bastante grande, tiene un nucleótido fosfato
tiene que ser favorable.
de adenina, el ácido pantoténico y lo importante es que
el grupo reactivo es un grupo tiol (SH), dado esto la
coenzima A normalmente en una reacción se ve como
CoASH y está representando el grupo tiol que es el
grupo reactivo en las reacciones y ahí se va a producir
un enlace covalente con diversas moléculas.
¿Por qué baja la energía de activación? La razón es que complejo enzima-sustrato muy estable, en este
se forma un complejo entre la enzima y el sustrato, modelo entonces ¿cómo se explica que el sustrato
llamado complejo enzima-sustrato (ES), incluso en “quiera” transformarse en los productos? la lógica nos
muchos casos, pero no en todos, se forma también dice que el sustrato va a preferir quedarse así ya que
complejo enzima-producto (EP). Entonces un complejo lo su estructura está estabilizada en la enzima.
que hace es estabilizar el sustrato o el producto, pero
Entonces este modelo no nos explica cómo ocurre la
en realidad lo que se estabiliza es el estado de
catálisis, no hay forma de entender fácilmente cómo
transición (ⱡ), cuando se habla de estabilizar significa
llego de ES a E+ P1 y P2. Pero si explica la alta
que baja la energía, entonces este descenso se debe
afinidad (selectividad,) que hay entre el sustrato y la
a la estabilización de los cambios que ocurren en el
enzima porque son complementarios.
sustrato en la enzima y esa estabilización es por puentes
de hidrógeno, efecto hidrofóbico, interacciones
electrostáticas, pueden haber otros efectos también,
pero esos tres son los más importantes, o sea, algo muy
similar a cuando vimos cómo se estabiliza una proteína,
pero ahora está hablando de cómo se estabiliza el
complejo enzima-sustrato (ES).
- Modelo del acoplamiento inducido: más
cercano a la realidad, dice que el sitio activo no es
complementario al sustrato como ocurre en el otro
No en todos los casos se forma este complejo enzima- método, sino que el sitio activo es complementario al
producto (EP) que se estabiliza y luego se rompe, en estado de transición, por lo tanto, la unión del
algunos casos pasamos directo del complejo enzima- sustrato a la enzima fuerza a que se alcance el
sustrato (ES) a los productos y esto se verá en cinética, estado de transición y de ES a E+ P1 y P2 muchas
entonces este es un mecanismo general, pero no es el veces solo hay que romper un enlace o reordenar
único mecanismo de reacciones catalizadas por enzima, algún grupo para generar los productos.
hay más, hay mecanismos donde no está el complejo
enzima-producto, otros donde tenemos dos complejos Entonces aquí sí se explica como ocurre la catálisis y
enzima-sustrato porque tenemos dos sustratos distintos, es porque la enzima está forzando a que el sustrato
algunos mecanismos son al azar porque los dos sustratos adopte una estructura similar al estado de transición,
se unen al azar o en algunos mecanismos los sustratos se hay que imaginarse que con las manos se está
unen de manera ordenada, un sustrato primero, ocurre tomando el sustrato y modificando sus enlaces, por
algo y luego el segundo. Entonces existe una gran ejemplo, tomar el sustrato de un lado, de un grupo
variedad de mecanismos y este es muy general, no se carbonilo y del otro lado se toma de un grupo
aplica a todas las reacciones. hidroxilo y estirarlos, literalmente eso es lo que es una
enzima, pero a través de sus aminoácidos forma un
puente hidrógeno por aquí y por acá y estira la
¿Qué pasa con los modelos ahora que explican como molécula, ¿qué se ocasiona con eso? al estirar los
la enzima se une al sustrato y realiza la catálisis? en ese enlaces se están debilitando, se facilita una
sentido hay dos modelos: reacción, por ejemplo, un ataque nucleofílico, un
reordenamiento, a lo mejor alguna reacción redox
- Modelo llave-cerradura: bastante conocido y donde tenga que esperar algún hidruro, etc. Eso es
antiguo, pero al mismo tiempo no es lo más cercano lo que literalmente hace una enzima, toma el sustrato
a la realidad. en este modelo se postula que el por todos lados y lo va desarmando, un grupo lo
sustrato tiene una estructura que es complementaria mueve para acá y otro grupo lo mueve para allá,
a la estructura del sitio activo, por lo tanto, se estira un enlace, acorta otro y lo deja en una
produce un complejo enzima-sustrato que es muy conformación que es muy cercana al estado de
estable. Para dar paso a los productos se tiene que transición y, por lo tanto, desde el estado de
sortear una gran barrera energética al ser un
 transición se forma el producto fácilmente, es acuoso, ¿dónde está el sustrato? el sustrato está afuera,
energéticamente favorable. en el agua, entonces tiene que ser capaz de entrar, por
lo tanto, este sitio activo es como más abierto y cuando
se une el sustrato se cierra un poco, pero no es un
cambio de estructura importante en la enzima, el cambio
más importante es el cambio de estructura que se
produce en el sustrato. Este tipo de apertura y cierre del
sitio activo quizá es algo común para que el sustrato
pueda ingresar, pero también previene que el sustrato
Resumiendo: el modelo llave-cerradura explica la después salga, este queda unido a la enzima hasta que
selectividad sustrato-enzima, pero no explica la catálisis, ocurre la catálisis y es ocasionado por el cierre.
el modelo del acoplamiento de inclusión dice que el
sustrato no es complementario al sitio activo, sino que es
el estado de transición el que es complementario al sitio
Cuando se habla de catálisis, se habla de mecanismos,
activo y eso explica por qué ocurre la catálisis con tanta
entonces ahora se van a analizar mecanismos reales de
facilidad.
algunas enzimas. Es bueno partir definiendo qué tipos de
catálisis pueden ocurrir en estos mecanismos. Los tres
tipos de catálisis más importantes, pero son los únicos
Esta es una imagen real, criptografía de la enzima
son :
hexoquinasa sin glucosa en A y con glucosa en B. ¿Qué
se puede observar? que la forma de la enzima es distinta, - Catálisis general ácido-base: se va a dar
en A está más abierta y en B está más cerrada, eso es cuando en el mecanismo de reacción ocurra una
lo que produce el acoplamiento inducido, cuando el transferencia de protones desde el sustrato a la
sustrato se une la enzima como que se cierra alrededor enzima o desde la enzima al sustrato, a eso se le
del sustrato, se acomoda y el sustrato por supuesto llama catálisis ácido-base. Cuando se está donando
también se acomoda al sitio activo de la enzima un protón al sustrato para generar el producto es una
formando esta esta estructura muy cercana al estado de catálisis ácida, en cambio, cuando se está
transición. Entonces esto es lo real, son estructuras abstrayendo un protón desde el sustrato para
cristalográficas más cercanas a un acoplamiento generar el producto va a ser una catálisis básica, o
inducido. sea, depende de si se donan o aceptan protones si
es ácida o básica. Entonces la catálisis en general
es ácido-base, pero hay que ser capaces de definir
en el mecanismo que se va a presentar sí la catálisis
es ácida o básica.
Lo otro que es importante recalcar es que se le va a
llamar catálisis general cuando algún residuo
aminoacídico en la enzima sea el que dona o
acepta protones. Cuando el agua es el que dona o
¿La enzima cambia de formas en el sitio activo o sólo acepta los protones, que también es bastante común
cambia al sustrato? la enzima completa, por decirlo de en estos mecanismos, se le llama catálisis específica.
alguna manera, no es que cambie su estructura, o sea, Entonces hay una pequeña diferencia que se tiene
no piensen en algo como, por ejemplo, denaturación que ver en el mecanismo para saber cuál se aplica,
que cambiaba la forma de la enzima y en ese caso se general o especifica.
podía decir que perdía la actividad, en este caso más
que un cambio tan grande, se acomoda al sustrato, los Hay que mencionar dos cosas súper importantes, no
aminoácidos están un poquito más separados en el sitio es que una enzima trabaje por uno de estos
activo porque tienen que generar una cavidad en mecanismos, sino que las enzimas tienen varios pasos,
contacto con el agua, afuera hay agua, es un medio por ejemplo, un mecanismo puede tener 10 pasos y
dentro de esos 10 pasos, por decir un número, a lo La catálisis redox no está definida como uno de estos
mejor un paso va a ser catálisis ácido-base y otro tres tipos, pero va a ocurrir cuando haya transferencia
paso va a ser catálisis ión metálico u otro paso va a de electrones o átomos de hidrógeno o hidruro entre el
ser una reacción redox, por lo tanto, se puede dar el sustrato y las coenzimas. En algunos casos puede ser
caso que sea una reacción redox y catálisis general también que el metal cambia de estado de oxidación,
ácido-base, se pueden dar juntos, pero el nombre hay algunas enzimas que tienen, por ejemplo, hierro (III) y
general o específico solamente se aplica a la se reduce a hierro (II) o se oxida a hierro (III) con la
catálisis ácido-base. No se va a tener una catálisis consecuente reducción u oxidación del sustrato.
redox especifica o general, no se va a tener una
catálisis ión metálico específica o general, eso es
solo para las ácido-base, pero se puede tener las Antes de ver los ejemplos que involucran catálisis ácido-
tres catálisis, incluso las redox en un mismo mecanismo. base se menciona brevemente esta tabla donde se
Esto va a quedar más claro al ver un mecanismo y ver muestran residuos típicos que participan en catálisis
que no solamente existen estas 3 catálisis, sino que ácido-base. Destacando en particular, la histidina.
también incluye, por ejemplo, la redox.
- Catálisis covalente: implica la formación de un
enlace covalente transitorio entre un residuo
aminoacídico y el sustrato, entonces ese es el punto
clave, en alguna parte del mecanismo hay que ver
que se formó un enlace covalente entre la enzima y
el sustrato, es un enlace covalente transiente o
transitorio porque obviamente cuando se forma el
producto ese enlace se rompe, sino el producto
nunca se podría liberar de la enzima y eso no pasa
ya que entra el sustrato, se forma el producto y el
producto sale, luego entra a otros sustratos, se forma
el producto y sale. Así va ocurriendo la catálisis,
entonces el paso de la formación de un enlace
covalente transiente es clave.
Hay que mencionar que puede ser covalente y La histidina es un residuo aminoacídico típico que
ácido-base, pueden estar las dos juntas, solo hay participa en catálisis ácido-base y es el único residuo
que saber identificarlas. aminoacídico en que su grupo R tiene un pKa cercano
al pH fisiológico, el pKa del grupo imidazol es 6 cercano
- Catálisis ión metálico: implica la participación de a 7, mientras que en todos los otros pKa son muy
un ión metal (cofactor) en la reacción, entonces es distintos, en los aminoácidos básicos estamos en un pH
muy fácil de identificar porque se va a ver al cobre, 10-12, la cisteína en pH 8 y tirosina cercano a 9 y la
el hierro o el zinc participando en la reacción. ¿Qué histidina es el único que tiene este pH muy cercano, por
es lo que hace este ión metálico? Estabiliza, lo tanto, a pH 7 o cercano a 7 se va a tener un equilibrio
generalmente, la carga en el estado de transición, entre la forma general ácida (protonada) y general
cuando tiene carga positiva, estabiliza cargas básica (desprotonada), por lo tanto, la histidina puede
negativas. También puede participar en fijar el participar en catálisis ácida donando un protón o en
sustrato del sitio activo o incluso estabilizar el catálisis básica aceptando un protón y por eso que es
producto, pero algo tiene que hacer ese ión muy frecuente que participe.
metálico, de alguna manera tiene que estar
interaccionando con el sustrato o el estado de No es el único caso, un aminoácido ácido también
transición. puede participar en catálisis ácida, puede donar un
protón o si está en su forma básica puede aceptar un
protón, lo mismo con los aminoácidos básicos, la metabolismo del alcohol que ocurre en el hígado? en
cisteína, etc. La serina, quizás se dejaría fuera porque el algunos casos se podría quemar y eso depende de en
alcohol desprotonado en realidad no existe, para llegar qué condición metabólica yo este, se podría dar, pero
a esa estructura se debería tener un pH muy muy básico, no es el destino principal quemarlo como uno quema la
o sea, sacarlo a lo mejor con alguna base muy fuerte en glucosa o las grasas. El acetato se transforma en grasas,
una reacción de química Orgánica, pero en medio es como que fuera un ácido graso, pero muy cortito (2
fisiológico a pH 7 eso no va a ocurrir. En un ejemplo se átomos de carbono).
verá que cuando sale este protón de la serina en
realidad no queda el oxígeno con carga negativa, sino
que el oxígeno inmediatamente forma un enlace
covalente con alguien, con el sustrato en ese caso.
Ejemplos: Se verá una enzima conjugada que se llama
alcohol deshidrogenasa y una enzima simple que es la Dependiendo de la condición metabólica en la cual yo
quimotripsina. este, si es que hay requerimiento energético o no los
tengo, lo más probable es que este etanol, que muchas
veces viene en exceso, por ejemplo, si me como un trago,
se transforme en grasas. Así que los tragos light no existen,
Es una enzima típica que se estudia su mecanismo de
tendrán menos azúcar, pero el alcohol se transforma en
reacción, no es un mecanismo tan complejo y para llegar
grasas, a menos que lo queme, por ejemplo, tomo algo,
a entender su mecanismo primero hay que entender cuál
pero estoy haciendo actividad física, bailando, voy a
es el rol fisiológico del alcohol deshidrogenasa en los
tener requerimiento energético, por lo tanto, a lo mejor
mamíferos.
se puede transformar ese alcohol en energía y quemarlo,
La alcohol deshidrogenasa participa en el metabolismo en cambio, si tomo el mismo trago, pero estoy sentado
del alcohol que es ingerido en la alimentación. El rol conversando lo más probable es que el alcohol vaya a
natural de esta enzima es detoxificar el alcohol que está grasas, esos son los destinos naturales que tiene.
presente naturalmente en alimentos, por ejemplo, en la
fruta fermentada de las cuales los animales se alimentan,
por lo tanto, tenemos una base natural para tener esta
enzima, no confundir, no es su rol natural para procesar
el alcohol que se toma recreativamente, pero la Si la enzima aldehído deshidrogenasa no está
tenemos. funcionando bien o si la cantidad de alcohol que le
¿Qué es lo que hace con el alcohol? transforma el estoy dando para que procese es mucho, se nos va a
etanol, que comúnmente es llamado alcohol, en acumular el acetaldehído y eso va a producir los
acetaldehído y el acetaldehído es muy reactivo, es síntomas asociados a la intoxicación con alcohol.
tóxico por supuesto si se acumulan y, por lo tanto, el
acetaldehído es lo que produce los síntomas asociados
a una intoxicación por alcohol, el típico enrojecimiento,
las náuseas, etc.

Naturalmente lo que debiera pasar con este

acetaldehído es que otra enzima, que es la aldehído
deshidrogenasa, lo transforme en acetato y ¿en qué se
transforma el acetato? ¿cuál es el destino final del
En cambio, si la cantidad de alcohol que estamos La diversidad de residuos aminoacídicos que hay en el
procesando es muy baja, lentamente se va a transformar sitio activo además de un ión metálico que es el zinc,
en acetaldehído y el acetaldehído se va a transformar eso no ocurre en todas las enzimas, ocurre en esta.
en acetato.

Esto tiene mucho que ver con cinética química, pero

aplicada a enzimas, yo no puedo esperar, es una
enzima y la enzimas tienen un sitio activo, cuando se une
un sustrato ya no se puede unir un segundo sustrato. Si
una molécula de alcohol entra, todas las moléculas de Aquí se ve la estructura completa, pero el sitio activo
alcohol que están afuera tienen que esperar a que está en la marca.
ocurra la catálisis para que pueda entrar otra molécula,
entonces si se satura la enzima, no se va a poder
procesar el alcohol. ¿Cómo ocurre la catálisis? en este caso el mecanismo
que se está mostrando es el mecanismo inverso de
acetaldehído a etanol, la reacción es reversible. Lo que
¿Qué pasa con el mecanismo? el mecanismo requiere un se comentó anteriormente era de etanol a
ión zinc+2 (en verde), un residuo de histidina (H72) que acetaldehído, pero es la misma reacción.
está unido al zinc, es decir, el rol de la histidina no es ¿Cuándo tiene sentido en esta dirección la reacción? a
catálisis ácido-base, sino que está participando en la lo mejor en una levadura que va a producir etanol,
fijación de zinc a lo mismo que estás cisteínas (C50 y nosotros no producimos etanol, eso se llama
C16-en amarillo), están uniendo covalentemente ese fermentación alcohólica y nosotros somos capaces de
zinc, o sea, ese zinc no sale, es el cofactor. El NAD (en procesarlo, pero no producirlo.
naranjo) es la coenzima y, por lo tanto, por ahí se va a
unir el sustrato y ahí va a ocurrir la catálisis, ese es el sitio
activo.
Aquí está el sustrato que sería el acetaldehído, el grupo tenemos un rol de la coenzima NADH y tenemos un rol
carbonilo interactuando con el zinc, el mismo unido a las del zinc.
cisteínas y las histidinas. También tenemos la coenzima
¿Qué rol está cumpliendo el zinc en la catálisis, o sea,
NADH que esta reducido.
qué tipo de catálisis es basado en las tres nombradas
1. Ocurre un movimiento electrónico en el NADH, anteriormente? El zinc participa en catálisis ión metálico
podemos pensar que estamos partiendo desde el anillo, y está haciendo dos cosas, primero está fijando el
este par electrónico no compartido sobre el nitrógeno sustrato, pero también está estabilizando el estado de
forma un doble enlace, se mueve este par electrónico transición que se genera que es un oxianión, podríamos
hacia el carbono que hay en extremo superior y eso decir que tiene esos dos roles.
ocasiona que esta posición sea rica en electrones y, por
¿Qué está haciendo el NADH? aquí no tiene un nombre
lo tanto, puede salir un hidruro, el hidruro es el hidrógeno
la catálisis, y el H no es un protón, es un hidruro, por lo
con los dos electrones, el par electrónico, se va
tanto, esta es una reacción redox y NADH lo que está
completo.
haciendo es reducir al acetaldehído, por ende, se está
oxidando a NAD+.
¿Qué rol tiene el protón que viene del agua? forma el
grupo alcohol del etanol con el intermediario que es el
oxígeno con carga negativa (este se protona para
formar el alcohol), ¿qué tipo de catálisis podríamos decir
que es esta? Una catálisis ácida específica.

2. El hidruro ataca al carbonilo y se produce un

movimiento electrónico del doble enlace del carbonilo
en el cual uno de esos enlaces se posiciona sobre el
oxígeno, por lo tanto, vamos a tener un estado de
transición, donde el oxígeno va a tener carga negativa
y eso está estabilizado por el zinc, ese es el rol del zinc.

En un mecanismo hay varios tipos de catálisis, no es que

haya una sola, hay una reacción redox, catálisis ión
metálico y catálisis ácida específica. Depende de a
quien se esté analizando.
Recapitulando:
¿Y qué pasó? El NADH (coenzima o cofactor reducido) 1. ¿De dónde partimos? parte con un
al eliminar un hidruro se transforma en NAD+ (coenzima o reordenamiento electrónico en el NADH, ese
cofactor oxidado). reordenamiento electrónico en el anillo deja esta
posición en el anillo rica en electrones, por lo tanto, es
¿Qué pasó con el acetaldehído? el acetaldehído al
fácil que salga un hidruro, eso no va a ocurrir con
recibir un hidruro se reduce y tenemos un carbono con
cualquier molécula, es una gracia que tiene el NADH.
dos hidrógeno, uno de ellos venía del hidruro y el
oxígeno, que en este estado de transición tiene carga
2. Sale el hidruro y ataca a un carbonilo del
negativa) toma un protón del medio, o sea, del agua y
acetaldehído, se produce el estado de transición, el
se transforma en el grupo alcohol.
cual está estabilizado por el zinc, si el zinc no estuviera
Este mecanismo es muy simple con respecto al que ahí sería mucho más difícil generar el estado de
vamos a ver después que es de 7 a 10 pasos. Aquí transición y por eso tiene que estar.
 3. Finalmente, el intermediario se protona con un ¿Para decidir si es ácido o básico no se mira el sustratos?
protón del medio, no es un aminoácido en este caso el Exactamente, no se mira el sustrato, sino que yo miro si es
que dona el protón, por eso que no es catálisis general, que un residuo aminoacídico esta donando los protones
sino que el agua lo dona y forma el alcohol. Esto no es o si es que es el agua, como en este caso. Ahora el
estable, por eso nadie podría pensar que podría salir sustrato puede donar o puede aceptar protones, no
con un producto con ese oxígeno con carga negativa importa. Si es un residuo aminoacídico es general, sí es el
entonces se protona y forma el alcohol. agua es específica.
Cuando digo no es estable siempre estoy pensando
que es a pH fisiológico.

La quimotripsina hidroliza en el intestino delgado.

Ataque del hidruro → Formación del estado de

transición → Protonación → Formación del
producto.
Mecanismo al revés Se ve la estructura terciaria de la quimotripsina, la alfa
El etanol y el NAD+ serían los que se unen al sitio activo, hélice, hojas beta, etc. Es una enzima que trabaja en el
ahora es el etanol el que liberaría el hidruro, el cual tracto intestinal, específicamente a nivel del intestino
atacaría al NAD+ y generaría el NADH, movimiento delgado, por lo tanto, es una de las enzimas digestivas;
electrónico que neutralizaría la carga positiva. ¿Qué es en el estómago tenemos la pepsina y a nivel de intestino
lo que ocasionó que pudiera salir un hidruro ahora la quimotripsina y la tripsina como unas de las más
desde el etanol? es que tenemos el zinc al lado, se importantes.
desprotona, sale el protón que iba a salir hacia el agua, Su rol es hidrolizar a otras proteínas, lo que hacen las
el oxígeno que va a quedar con carga negativa se enzimas digestivas es tomar las proteínas, hidrolizar los
estabiliza momentáneamente con el zinc y esa carga enlaces peptídicos y, por lo tanto, generar primero
luego va a formar el doble enlace. Entonces primero se péptidos y después los aminoácidos libres. Esto se
tiene que desprotonar, se tiene que formar el doble produce por una combinación de muchas proteasas.
enlace para que pueda salir el hidruro, sino no va a salir Proteasa en general hace referencia a una enzima que
desde el etanol. Básicamente es la misma reacción, pero hidroliza enlaces peptídicos.
mirada al revés.
Se ve también la estructura primaria de quimotripsina,
La reacción es reversible, pero no confundir, en el con la estabilización por puentes disulfuro. La
hígado esa reacción ocurre sólo desde etanol a quimotripsina es una enzima que no trabaja dentro de la
acetaldehído, no ocurre al revés.
célula, sino que trabaja en el tracto intestinal, fuera de distinto es que reconocen distintos residuos
la célula. Las enzimas o proteínas que están fuera de la aminoacídicos.
célula tienen que ser más estables ante cambios de pH
Ejemplo: -- Phe -- Ala -- Gly -- Lys -- Ser –
y condiciones en el medio, que son distintas a las que
tenemos dentro de la célula. La quimotripsina posee 5 Imaginemos que esta es la secuencia de una proteína,
puentes disulfuro, que ayudan a mantener esta estructura la quimotripsina reconoce un residuo de fenilalanina o
terciaria más estable. En este lugar el pH es más básico, tirosina, por lo tanto, la enzima tiene un bolsillo
cercano a 8. hidrofóbico, donde cabe (de manera perfecta) la
fenilalanina. También puede ser que reconozca una
Tiene 3 residuos aminoacídicos que podemos destacar,
tirosina (ya que es muy parecida a la fenilalanina). La
la histidina 57, el aspartato o ácido aspártico 102 y la
quimotripsina en la secuencia va a reconocer donde
serina 195. Estos 3 residuos son fundamentales para la
está la fenilalanina mediante la asociación al bolsillo
catálisis, están presentes en el sitio activo. En la
hidrofóbico y va a cortar el siguiente enlace:
estructura primaria se ven muy separados, pero en
realidad están juntos. Estos 3 residuos son lo que llevan --Phe -- Ala -- Gly -- Lys -- Ser --
a cabo la catálisis que va a realizar esta enzima.
Solo corta donde haya una fenilalanina o una tirosina,
La quimotripsina es una enzima de la familia de las serín ningún otro lugar. La tripsina reconoce un residuo de
proteasas. lisina y la elastasa un residuo de alanina.
La combinación de muchas proteasas acaba con cortar
la proteína y transformarla, primero, en péptidos,
quedando con cadenas polipeptídicas más pequeñas
que ya no son proteínas, hasta llegar a los residuos
aminoacídicos, los cuales utilizamos para fabricar
nuestras propias proteínas. Algo que no siempre se tiene
claro es que no importa la proteína que estemos
consumiendo en nuestra alimentación, nosotros la vamos
La quimotripsina no es la única proteasa que existe, a degradar y fabricar nuestras propias proteínas; por lo
existen muchas más. Tenemos una familia llamada “Serín tanto, si la proteína es de origen vegetal o animal, da
proteasas”, formada por la tripsina, la quimotripsina y la igual, la única diferencia está en el contenido
elastasa. Específicamente vamos a analizar en detalle el aminoacídico que nos van a aportar. Hay proteínas que
mecanismo de la quimotripsina, pero vamos a mencionar son más ricas en ciertos aminoácidos. Por ejemplo, es
las otras que forman parte de la misma familia. común consumir colágeno hidrolizado, principalmente
Serín proteasa: Una proteasa hidroliza proteínas, serín para el envejecimiento, el fundamento de eso es que
proteasa se refiere a que en el sitio activo hay un residuo teniendo los aminoácidos bases del colágeno,
de serina, que es fundamental para la catálisis, que abundante en glicina, prolina y otros, el cuerpo fabrica
participa en el mecanismo de catálisis. su propio colágeno, no es que, al consumir colágeno,
este vaya a el organismo directamente.
Las diferencias entre las 3 enzimas de la imagen son: el
residuo de serina está en posiciones distintas y qué ¿Qué sucede con las cremas de colágeno? En el caso
residuo aminoacídico reconocen para saber dónde del colágeno, lo más común es el colágeno hidrolizado,
hidrolizar. no es la proteína, sino que son péptidos y aminoácidos
que vienen del colágeno que se hidroliza
Todas las serín proteasas tienen el residuo de serina que enzimáticamente. Nosotros absorbemos eso, tomamos
es fundamental en la catálisis. En cambio, otras estos aminoácidos y fabricamos nuestra propia proteína,
proteasas tienen, por ejemplo, residuos de glutamato o no necesariamente se va a fabricar solamente
aspartato en su sitio activo, otras cisteínas, etc. “Serín” colágeno, sino que cualquier proteína que requiera de
significa que la serina va a realizar la catálisis, y es lo que esos aminoácidos. Nosotros sintetizamos todas nuestras
tienen el común este tipo de proteasas. Lo que tienen proteínas, no hay alguna que ingiramos en la dieta y
vaya a cumplir una función en el organismo. Entrando en (que es una proteína), en la imagen se muestra solo el
un tema más farmacéutico, la piel es una barrera residuo de fenilalanina y se representa una cadena
impermeable, por lo que una crema debe tener ciertas larga que va en ambos sentidos, hacia el carboxilo
condiciones, ciertos excipientes, para que logre ingresar terminal y amino terminal. En la imagen se muestra solo
a la dermis. donde va a ocurrir la reacción.
¿La enzima corta por ambos lados? No se corta por Tenemos el enlace peptídico que va a ser hidrolizado y
ambos lados del aminoácido, el enlace peptídico que los 3 residuos aminoacídicos que vimos en la estructura
se corta es el que “viene después”, el que está hacia el de la quimotripsina, la serina 195, la histidina 57 y el
extremo carboxilo terminal. aspartato 102. Estos 3 residuos forman la llamada “triada
catalítica”, que hace referencia a que no es solo un
residuo el que participa en la catálisis, sino que en este
caso son 3. Acá el residuo clave es la serina, debido a
que es el que realiza un ataque nucleofílico sobre el
carbonilo del enlace peptídico; luego van a ocurrir
reordenamientos, se van a formar estados de transición,
Este es el enlace peptídico que van a romper las etc., para ir formando los productos, pero este es el
enzimas, dependiendo del grupo R es la enzima que va primer paso, que va a favorecer la ruptura del enlace,
a realizar el corte. por lo tanto, la hidrólisis. La histidina abstrae un protón
de la serina, realiza su rol de base (catálisis ácido-base,
básica específicamente). El aspartato no participa
La base del mecanismo enzimático de la quimotripsina directamente en la catálisis, pero forma un puente de H
es la triada catalítica (Ser-His-Asp) con la histidina (que no está puesto en la imagen), la
estabiliza y aumenta su basicidad.
*Con respecto al puente de Hidrógeno entre el
aspartato y la histidina: La carga negativa en el oxígeno
del aspartato y el doble enlace no están localizados en
las posiciones que se muestran, sino que están
deslocalizados, en una estructura resonante, por lo
tanto, si tuviéramos que dibujar el puente de H, sería de
la siguiente forma:

Primero hay que entender que pasa en el sitio activo

con el carbonilo hacia arriba y el oxígeno negativo
generalmente, el mecanismo en realidad tiene cerca de
hacia la derecha (contrario a como está en la imagen),
10 pasos. En la imagen vemos la quimotripsina y su sitio
pero en la realidad la carga está deslocalizada.
activo. En el sitio activo tiene un bolsillo hidrofóbico el
Cuando pensamos en un puente de Hidrógeno,
cual es afín con la fenilalanina (como se muestra en la
pensamos en un grupo aceptor, y vemos más como
imagen) o la tirosina. Por tamaño e hidrofobicidad son
aceptor al carbonilo y no al oxígeno con carga
las que se acoplan bien en ese bolsillo; si bien no son
negativa.
los únicos residuos hidrofóbicos, existen muchos más,
debe tener un cierto tamaño, no es solo que se apolar. El pKa de los residuos aminoacídicos no es el mismo
En este caso el bolsillo está moldeado solo para cuando tenemos los aminoácidos libres que cuando
fenilalanina o tirosina. En este bolsillo se fija el sustrato tenemos el residuo aminoacídico en una proteína. El
entorno químico hace que cambie el pKa, el hecho de fenilalanina; todo lo que se ve en azul oscuro dentro del
tener una serina al lado de la histidina y el hecho de círculo, es el sitio activo. Entonces acá entra la proteína,
tener la histidina al lado del aspartato, hace que pero no entra en cualquier lado, sino que el residuo de
cambie su pKa. El pKa de la histidina como aminoácido fenilalanina queda justo en este bolsillo, lo que permite
es 6, pero el pKa del residuo aminoacídico de histidina que el enlace peptídico, específicamente el carbonilo,
57 es mucho más básico, hasta 11 puede llegar a ser quede ubicado justo donde está la serina 195, que a
(quizás este valor es sospechosamente alto, en general su vez está interactuando con la histidina 57 y con el
los cambios son de 1 o 2 unidades de pKa). A lo que aspartato 102; no queda ni antes ni después, el
queremos llegar es que es mucho más básico de lo que carbonilo queda justo al lado de la serina. Esto se
normalmente sería si considero al aminoácido solo. Esto consigue mediante este reconocimiento, este bolsillo; si
es importante porque la histidina ahora tiene que ser no estuviera el bolsillo, no habría especificidad, la serina
mucho más básica para abstraer un protón de un grupo reaccionaría con el carbonilo que encontrara y no es lo
alcohol de una serina. El protón de la serina no es ácido, que queremos. La quimotripsina es específica para la
por lo tanto, no cualquier base va a sacar a ese protón, fenilalanina (y tirosina a veces). Entonces, lo primero es la
se requiere esta configuración que aumente la entrada del sustrato.
basicidad de la histidina. Y no solo esto, también va a
ser favorecido por el ataque nucleofílico sobre el
carbonilo.
¿Qué ocurre primero? Pensando en reglas básicas de
estabilidad, lo que ocurre primero es el ataque
nucleofílico y luego la abstracción del protón, ya que no
sería estable generar un intermediario de oxígeno con
carga negativa. El puente de H nunca va a cambiar a
lo largo de todo el mecanismo, el aspartato siempre está
formando el puente de H.

2. Luego, la serina realiza un ataque nucleofílico

sobre el carbonilo, ocurre un movimiento electrónico, los
electrones del doble enlace pasan hacia oxígeno,
formando un intermediario, oxianión (un oxígeno con
carga negativa), debido a que el carbono solo forma 4
enlaces, si realizamos un ataque nucleofílico y se forma
un enlace, tenemos que realizar este movimiento
electrónico hacia el oxígeno. Además, el hidrógeno que
era parte del alcohol de la serina se transfiere hacia la
histidina. Estos dos pasos ocurren casi de forma
simultánea: ataque nucleofílico al carbonilo y
abstracción del protón por la histidina. Algo importante
es que se formó un enlace covalente entre el oxígeno
de la serina (que es parte de la enzima) y el carbono
1. Partimos con la unión del sustrato, que es una
proteína (la enzima es una proteína y su sustrato también del carbonilo del sustrato. La serina está realizando una
lo es), que tiene un residuo de fenilalanina donde se va catálisis de tipo covalente, forma un enlace covalente
con el sustrato, el cual se va a romper, por lo tanto,
a producir la hidrólisis. Ojo que en la imagen el sustrato
cumplimos con la condición de que es transitorio. La
está escrito al revés, el amino terminal está hacia la
derecha. Tenemos el sitio activo, que es mucho más histidina está realizando una catálisis general básica
grande que solo el bolsillo hidrofóbico donde cabe la (podríamos decir que es una catálisis general ácido-
base, pero es un poco menos correcto que decir que es
una catálisis general básica), en el sentido de que
abstrae el protón, no lo está donando, al menos en este
paso. Solo en este paso de la reacción de la
quimotripsina tenemos tipos de catálisis, ácido base
general, específicamente básica general y catálisis
covalente. No quedarse con la idea de que las enzimas
son de un tipo de catálisis, las enzimas no son de un
tipo de catálisis.

4. Ahora entra el agua al sitio activo (el sitio activo

está en contacto con el medio acuoso exterior). La
posición que adopta el agua es formando un puente
de H con el anillo imidazol de la histidina (el cual estaba
desprotonado porque cedió su protón) y el oxígeno
queda cercano al carbono del carbonilo, favoreciendo
nuevamente un ataque nucleofílico.

3. La histidina le dona un protón al sustrato,

específicamente al nitrógeno que era del enlace 5. Luego ocurre un ataque nucleofílico desde el
peptídico con el cual está formando un puente de oxígeno del agua al carbonilo, ocurre un movimiento
Hidrógeno (la histidina 57 le dona un protón al sustrato, electrónico y nuevamente se forma un oxianión. La
al grupo NH del enlace peptídico). Al mismo tiempo, el histidina abstrae un protón del agua (en el primer paso
oxianión, que no es estable, vuelve a formar el doble abstraía un protón de la serina y en este paso, abstrae
enlace, se vuelve a formar el carbonilo y se rompe el un protón del agua). Nos quedó la histidina protonada
enlace peptídico entre el carbono del carbonilo y el NH. y un intermediario (oxianión) que tiene unido un hidroxilo
Estas tres cosas ocurren en este paso de la catálisis: La que venía del agua. La histidina nuevamente realiza
histidina dona un protón al sustrato (NH del enlace una catálisis básica, la histidina está haciendo catálisis
peptídico), se vuelve a formar el doble enlace con el básica general, pero si pensamos en el agua, que está
oxígeno (C=O) y se rompe el enlace peptídico. donando un protón, podríamos pensar que es catálisis
Generamos acá el primer producto, que es toda la específica, depende de a quien analice, las dos están
secuencia de la proteína hasta antes del enlace correctas: es correcto decir que la histidina realiza una
peptídico que está contiguo a la fenilalanina. Nos catálisis básica abstrayendo un protón del agua y
queda todo el resto de la proteína unida también que el agua realiza una catálisis específica
covalentemente a la serina. La catálisis que realiza la donando un protón a la histidina. Lo que no es correcto
histidina en este paso es catálisis general ácida es decir que el agua realiza una catálisis general. En este
(notar que es distinta al paso anterior, la histidina tiene paso aún tenemos formado el oxianión y el enlace
los 2 roles), la serina no sufre ningún cambio en este paso. covalente con la serina.
 En el fondo la reacción es tomar una proteína, le
adicionamos agua (ya que es una hidrólisis) y generamos
2 péptidos. Estos péptidos si siguen teniendo residuos
de fenilalanina o tirosina se siguen hidrolizando. También
son sustratos de la enzima, por lo tanto, la proteína se va
volviendo cada vez más pequeña hasta que en
conjunto con las otras proteasas generamos los
aminoácidos libres.

Conocer el mecanismo de acción enzimática nos ayuda

6. El oxianión que no es estable, nuevamente
a diseñar fármacos.
vuelve a formar el doble enlace (se vuelve a formar el
carbonilo), y se rompe el enlace con la serina (el que
habíamos formado al inicio del mecanismo). Como se
rompe el enlace con la histidina, el oxígeno recupera el
protón de la histidina (dicho de otra forma, la histidina
nuevamente dona el protón a la serina). Quedamos con
la triada catalítica intacta, igual que al inicio, la serina
intacta formando un puente de H con la histidina y la
histidina formando un puente de H con el aspartato. Acá
tenemos el segundo producto, un péptido, está el
carboxilo terminal de este péptido.

El virus del VIH tiene proteasas (como muchos otros virus),

entonces, el material genético del virus se replica en la
célula, genera estas especies de poliproteínas (varias
proteínas, enzimas juntas, que no tienen actividad y una
proteasa). La proteasa corta la cadena polipeptídica y
genera las especies activas de las enzimas y proteínas
que necesita el virus (pueden ser proteínas del
envoltorio, involucradas en el reconocimiento, enzimas,
etc.). En el caso del VIH es un retrovirus, por lo tanto,
necesita sintetizar la transcriptasa reversa, la enzima que
transforma el RNA en DNA para poder infectar la célula.
Si bloqueamos la proteasa el virus se sigue copiando,
pero no dejamos que las proteínas y enzimas pasen a su
7. Finalmente, el péptido sale del sitio activo y este forma activa, por lo tanto, no vamos a generar virus en
queda vacío y listo para recibir a otra proteína, la cual su forma activa capaz de seguir copiando e infectando.
nuevamente se va a posicionar con el residuo Vemos brevemente el mecanismo de la proteasa.
hidrofóbico en la posición adecuada, se genera la Tenemos residuos de ácido aspártico, por lo tanto, no
catálisis y salen los 2 péptidos. En la imagen se ve que es una serín proteasa como en el caso anterior. También
sale el péptido con el carboxilo protonado, pero es una hidrólisis con agua, pero los residuos que
estamos a pH 7 (fisiológico), por lo tanto, se va a participan son distintos. La clave está en el paso del
desprotonar porque su pKa se encuentra alrededor de medio, en este mecanismo se genera un intermediario, así
2. El protón que sale del grupo carboxilo se neutraliza como en el caso anterior, que es un oxianión; tenemos
en el medio, hay que imaginar el medio biológico como un residuo de prolina que es donde se produce el corte
un buffer (se transforma en agua).
y un residuo de fenilalanina (hidrofóbico). Los fármacos
que se utilizan para inhibir la proteasa tienen una forma
particular, todos tienen un carbono con un grupo
hidroxilo y otro carbono con un anillo aromático (o 2
anillos aromáticos). Estos fármacos simulan el estado de
transición, recordando que la enzima es afín con el
estado de transición (más que con el sustrato y/o
producto), por lo tanto, simula una estructura parecida
al estado intermedio, es muy afín con el sitio activo de la
enzima; en esta línea, bloquea el sitio activo de la
enzima, no deja que entre la proteína que debe ser
hidrolizada. Así funcionan muchos fármacos.
*El fármaco entra en el sitio activo y no hay reacción,
queda bloqueado el sitio activo. El fármaco no tiene los
mismos grupos químicos que la proteína (sustrato), por lo
tanto, la proteasa no va a actuar ya que no existen los
grupos para los cuales la enzima está preparada.
*El efecto hidrofóbico y puentes de H ayudarían a
estabilizar los inhibidores en el sitio activo de la enzima.
Si conozco cómo actúa la enzima, me permite diseñar
fármacos.