UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
INFORME N°05
PRÁCTICA EN MEGA
DNA
Integrantes:
Dueñas Rodríguez, Adriana Melody
Ticona Vilca, Siory Estefany
Curso:
Biotecnología
Docente:
Dr. Hebert Hernán Soto Gonzales
Ilo, Moquegua, Perú
2022
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
FACULTAD: INGENIERÍA
CARRERA PROFESIONAL: INGENIERÍA AMBIENTAL
NOMBRE DEL CURSO
BIOTECNOLOGÍA
INFORME NRO 5
BIOINFORMÁTICA: PRÁCTICA EN MEGA
ENTREGADO POR:
DUEÑAS RODRÍGUEZ, ADRIANA MELODY
TICONA VILCA, SIORY ESTEFANY
REVISADO POR:
Dr. Herbet Hernan Soto Gonzalez
Junio del 2022
ILO – PERÚ
TABLA DE CONTENIDO
1. INTRODUCCIÓN............................................................................................................................... 3
2. OBJETIVOS ....................................................................................................................................... 3
2.1. Objetivo General ..................................................................................................................... 3
2.2. Objetivos Específicos............................................................................................................... 3
3. JUSTIFICACIÓN ................................................................................................................................ 3
4. MARCO TEÓRICO ............................................................................................................................ 4
4.1. Filogenética ............................................................................................................................. 4
4.2. Filogenia .................................................................................................................................. 4
4.3. Desarrollo de la filogenia ........................................................................................................ 4
4.3.1. Sistema filogénico cladista .............................................................................................. 4
4.3.2. Sistema filogénico hennigiano ........................................................................................ 4
4.4. Dendograma ........................................................................................................................... 5
5. MATERIALES Y MÉTODOS ............................................................................................................... 5
5.1. Materiales ............................................................................................................................... 5
5.2. Metodología ............................................................................................................................ 5
6. RESULTADOS ................................................................................................................................... 9
7. DISCUSIÓN DE RESULTADOS ........................................................................................................... 9
8. CONCLUSIONES ............................................................................................................................... 9
9. CUESTIONARIO .............................................................................................................................. 10
9.1. ¿Qué es el MEGA DNA? ........................................................................................................ 10
9.2. ¿En Ing. Ambiental para que nos servirá el MEGA DNA? ..................................................... 10
9.3. ¿El programa MUSCLE, qué función tiene? .......................................................................... 11
9.4. Indicar y conceptualizar cuales son los genes que se utilizan en taxonomía molecular, Por
ejm, el gen 16S, 23S, entre otros. ..................................................................................................... 12
10. BIBLIOGRAFÍA ............................................................................................................................ 13
1. INTRODUCCIÓN
La bioinformática es la unión de biología, de la computación y de la informática, estudia la
bioinformática, básicamente los datos acumulados sobre secuencias de ácido
desoxirribonucléico (ADN) y aminoácidos, que son proteínas Estas secuencias vienen hacer
como los ladrillos con los que están construidos los seres vivos.
La bioinformática ha permitido organizar y dar a conocer el plan maestro de la genética de los
seres vivos, es decir de su genoma, el cual está constituido por toda la información presente en
sus moléculas de ADN. Hoy en día ya se cuenta con la información existente en genomas
completos y de esa manera, con las herramientas hoy en día disponibles para el estudio del
genoma, estamos en mejores condiciones para lograr ir descifrando cómo funcionan los seres
vivos.
Un alineamiento de secuencias en bioinformática es una forma de representar y comparar dos
o más secuencias o cadenas de ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus
zonas de similitud, que podrían indicar relaciones funcionales o evolutivas entre los genes o
proteínas consultadas.
2. OBJETIVOS
2.1. Objetivo General
- Realizar el análisis y alineamiento de secuencias de ADN de 4 especies diferentes en
base del gen 16S en el programa MEGA DNA
2.2. Objetivos Específicos
- Aprender a usar el programa MEGA DNA y aplicar sus herramientas en el curso de
Biotecnología.
- Construcción del árbol filogenético en base del gen 16S.
3. JUSTIFICACIÓN
La bioinformática es una ciencia ampliamente interdisciplinaria que comprende herramientas
conceptuales prácticas para el entendimiento, generación, procesamiento y propagación de la
información biológica. Las secuencias de ADN y proteína definen la función de las proteínas
en los seres vivos. Cuando más similares sean dos secuencias más similares tenderán a ser las
funciones de las proteínas codificadas por ellas. Las secuencias de un mismo gen en un conjunto
de especies serán más distintas cuanto más alejadas filogenéticamente están las especies
comparadas.
Con el programa MEGA podemos alinear secuencias de ADN en simples pasos y
posteriormente construir un árbol genealógico. Las secuencias alineadas se escriben con las
letras (representando aminoácidos o nucleótidos) en filas de una matriz en las que, si es
necesario, se insertan espacios para que las zonas con idéntica o similar estructura se alineen.
Secuencias muy cortas o muy similares pueden alinearse manualmente.
4. MARCO TEÓRICO
4.1. Filogenética
La filogenética es una rama de la biología evolutiva que se encarga en trazar la relación ancestro
descendiente de los organismos a diferentes niveles taxonómicos con base a diversos caracteres
homólogos tanto morfológicos como moleculares. Una de las maneras más utilizadas para
representar la historia evolutiva de los organismos es a través de una filogenia.
4.2. Filogenia
Una filogenia describe la historia evolutiva del flujo hereditario a distintos niveles
evolutivos/temporales, desde la genealogía de genes en poblaciones (micro-escala) hasta el
árbol universal de la vida(macro-escala)
4.3. Desarrollo de la filogenia
Charles Darwin, creador de la teoría evolutiva, fue la primera persona en plantear un sistema
de clasificación de los seres vivos de acuerdo a su origen.
Dicha clasificación fue plasmada en su libro El origen de las especies con la ilustración de un
árbol cuyo tronco remite al origen común de los seres vivos. A partir de allí, surgen una serie
de ramificaciones que representan a las diferentes especies conocidas hasta entonces.
Por ello, a este tipo de esquemas se le conoce también como árbol de la vida o árbol filogenético.
Fue en 1966 cuando el biólogo alemán Willi Hennig sentó las bases del análisis filogenético y
creó la sistemática filogenética, de la cual se desprendieron dos ramas, la sistemática hennigiana
y la sistemática cladista, o cladismo. Cada una de ellas defiende la idea de estudiar a las especies
según diversos parámetros.
4.3.1. Sistema filogénico cladista
Se ocupa de estudiar a los grupos monofiléticos, es decir, a los grupos de especies que tienen
un ancestro común. Para los cladistas, la filogenia solo debe analizarse a partir de grupos
monofiléticos, también conocidos como clados. Un ejemplo de grupo monofilético son las aves
y los reptiles, ya que hasta ahora, se cree que provienen de un ancestro común.
4.3.2. Sistema filogénico hennigiano
Estudia a los grupos parafiléticos, que son grupos de especies con un ancestro y algunos
descendientes comunes. Como excluye algunos elementos, no se considera un grupo natural,
sino un grupo creado con fines metodológicos. Un ejemplo de grupo parafilético son los reptiles
actuales, cuya clasificación considera a las aves como otro grupo descendiente de un ancestro
común.
La sistemática hennigiana también estudia a los grupos polifiléticos, que son grupos de especies
en los que no se considera al ancestro común más reciente. Es, también, un grupo artificial,
creado a partir de la unión de ramas que se encuentran dispersas en el árbol filogenético.
4.4. Dendograma
Un dendrograma es un diagrama que muestra las distancias de atributos entre cada par de clases
fusionadas de manera secuencial. Para evitar cruzar líneas, el diagrama se expone gráficamente
de tal modo que los miembros de cada par de clases que se fusionan son elementos próximos.
5. MATERIALES Y MÉTODOS
5.1. Materiales
5.1.1. Materiales de Escritorio
- Laptop
5.1.2. Programas utilizados
- Mega
- Mega web browser
5.2. Metodología
- Para la construcción de un dendograma, se hará uso del programa MEGA, donde se
iniciará dirigiéndonos la pestaña ALIGN<SHOW WEB BROWSER y seleccionamos
para dirigiros a la pestaña de búsqueda web.
- Ya estando en el NIH, en el buscador escribimos 16s, en el cual nos aparecerán muchas
opciones en las cuales sólo seleccionaremos una para poder así solo trabajar con una tipo de
bacteria.
- Posteriormente de la selección de la bacteria escogida, se seleccionarán 5 diferentes bases de
datos en los que las secuencias rondan los 1500 a 2000 para evitar la presencia de huecos en la
secuencia.
- Se seleccionará ADD TO ALINGNMENT y se completará el cuadro para por último
seleccionar OK y obtener la secuencia transcrita en el programa.
- Luego, realizamos la misma acción con la misma bacteria en 5 bases de datos distintas
y procedemos a seleccionar otra bacteria. Se repite la acción 4 veces, para obtener así
20 secuencias de 4 bacterias distintas.
- Al tener el cuadro ya presentado, oprimimos la opción MUSCLE<ALING DNA
- Una vez alineadas las 20 secuencias de ADN, guardamos el archivo en los tres formatos
posibles en el programa. Oprimiendo DATA<EXPORT ALIGNMENT
- Finalmente, para obtener el dendograma, presionamos
PHYLOGENY<CONSTRUCT/TEST UPGMA TREE.
6. RESULTADOS
7. DISCUSIÓN DE RESULTADOS
- Observando el árbol Filogenético podemos ver que la especie Pseudomona aeruginosa
es muy diferente genéticamente a la especie Mycobacterium tuberculosis, en cambio la
especie Pseudomona aeruginosa es muy similar genéticamente o comparten caracteres
a la especie Acinetobacter baumannii.
8. CONCLUSIONES
- El uso y manejo de programas afines con la biología molecular es de gran importancia
académica debido a que al igual que el programa BIOEDIT, el programa MEGA
facilita la identificación de la familia de una bacteria a base de su secuencia
nitrogenada. A su vez.
9. CUESTIONARIO
9.1. ¿Qué es el MEGA DNA?
El MEGA DNA es un software diseñado para el análisis comparativo de secuencias de
genes homólogos, ya sea de familias multigénicas o de diferentes especies, con especial
énfasis en inferir relaciones evolutivas y patrones de evolución de ADN y proteínas.
MEGA soporta varios formatos de secuencias de ADN y proteínas, incluyendo
FASTA, GCG, PIR/NBRF, PHYLIP y Clustal W. La aplicación puede utilizarse para
construir alineaciones de secuencias, estimar tiempos de divergencia, inferir historias
filogenéticas, diagnosticar mutaciones, estimar tasas de evolución molecular y probar
hipótesis evolutivas.
9.2. ¿En Ing. Ambiental para que nos servirá el MEGA DNA?
Con la identificación del ADN de una es que podemos ver por ejemplo la genética de
algunas especies invasoras que amenazan la biodiversidad y el potencial de un
microorganismo a través de su ADN para ser utilizado en alguna práctica de
remediación.
Por otro lado, otra prueba de la buena herramienta que es el MEGA DNA nos lo
muestra otro artículo titulado “Científicos estudiarán el ADN ambiental para
monitorear el efecto del cambio climático en sitios marinos del Patrimonio Mundial”
En la cual podemos resaltar el estudio del ADN ambiental.
9.3. ¿El programa MUSCLE, qué función tiene?
El algoritmo MUSCLE avanza en tres etapas: el borrador progresivo, el progresivo
mejorado y las etapas de refinamiento. En la etapa de borrador progresivo, el algoritmo
produce un borrador de alineación múltiple, enfatizando la velocidad sobre la precisión.
En la etapa progresiva mejorada, la distancia de Kimura se utiliza para volver a estimar
el árbol binario para crear la alineación de borrador, lo que a su vez produce una
alineación múltiple más precisa. La etapa de refinamiento final refina la alineación
mejorada realizada en el paso dos. Hay varias alineaciones disponibles al final de cada
etapa. En las dos primeras etapas del algoritmo, la complejidad temporal es O (N 2 L
+ NL 2), la complejidad espacial es O (N 2 + NL + L 2). La etapa de refinamiento
agrega a la complejidad del tiempo otro término, O (N 3 L). MUSCLE se usa a menudo
como un reemplazo de Clustal , ya que generalmente (pero no siempre) da mejores
alineaciones de secuencia, dependiendo de las opciones elegidas. Además, MUSCLE
es significativamente más rápido que Clustal, más aún para alineaciones más grandes.
ANTES DE LA ALINEACIÓN DESPUÉS DE LA ALINEACIÓN
- Elaborar un mapa conceptual en base al artículo:
Link del artículo: http://www.scielo.org.mx/pdf/agro/v50n2/1405-3195-agro-50-02-
00133.pdf
Link del mapa conceptual:
https://docs.google.com/presentation/d/1Q8Y71svTpR14gTgdXaA_U8lMlSSXc8cLa
-zU-jSosao/edit?usp=sharing
9.4. Indicar y conceptualizar cuales son los genes que se utilizan en taxonomía molecular,
Por ejm, el gen 16S, 23S, entre otros.
Los genes de RNA ribosomal se consideran la herramienta idónea para la clasificación
taxonómica molecular ya que son genes altamente conservados y evolutivamente
estables, pero que contienen regiones hipervariables. Algunos de ellos son:
16S: Este gen también se designa 16S rDNA, pero la Sociedad Americana de
Microbiología (American Society for Microbiology, ASM) ha decidido utilizar el
término “16S rRNA” para uniformizar la información. Tiene una secuencia
aproximada de 1.550 pb de longitud y contiene regiones variables y conservadas con
secuencias de oligonucleótidos únicas para cada grupo filogenético(18,19). La
comparación de las secuencias del gen 16S rRNA de bacterias desconocidas con
secuencias conocidas en las bases de datos es de gran ayuda para clasificar a las
bacterias a nivel de género e incluso se ha llegado a identificar especies en algunos
casos.
5S: Es un gen de aproximadamente 120 nucleótidos de longitud, se encuentra
prácticamente en todos los ribosomas con excepción de los mitocondriales, de algunos
hongos, de animales superiores y de la mayoría de protistas. Aunque la secuencia de
este gen está altamente conservada, la fiabilidad de este gen como marcador está
cuestionada debido a que su longitud es muy pequeña y por lo tanto no ofrece la
suficiente resolución para contribuir significativamente a comprender relaciones
filogenéticas entre taxones.
23S: Es un gen de aproximadamente 3,000 nucleótidos de longitud que se localiza en
la subunidad grande de los ribosomas en procariotas. Este gen presenta inserciones y
deleciones más grandes que el gen 16S rRNA. Las inserciones estables y deleciones de
algunas bases en el gen 23S rDNA son características comunes en algunas clases y
subclases de bacterias. Estos cambios complican los análisis, ya que las diferentes
posiciones no pueden considerarse para realizar clasificaciones filogenéticas correctas
(22) . El gen 23S rDNA se ha utilizado en conjunto con el 16S rRNA para la
clasificación taxonómica de bacterias no cultivables. Además, se ha utilizado el
espaciador intergénico (ITS) localizado en la región 16S-23S, la cual es una región
muy variable para diferenciar entre dos cepas pertenecientes a la misma subespecie.
18S: Es la macromolécula equivalente. Dado que los ARNr 16S y 18S proceden de las
subunidades pequeñas de los ribosomas, el acrónimo ARNr SSU (del inglés, small
subunit) se utiliza para ambos. Los ARNr SSU se encuentran altamente conservados,
presentando regiones comunes a todos los organismos, pero contienen además
variaciones que se concentran en zonas específicas.
10. BIBLIOGRAFÍA
- Introducción a la filogenética. (2015, octubre 6). Conogasi.
https://conogasi.org/articulos/introduccion-a-la-filogenetica/
- Significado de Filogenia. (2020, mayo 6). Significados.
https://www.significados.com/filogenia/
- Costa, E. A., Finger, C. A. G., Fleig, F. D., Hess, A. F., & Marangon, G. P. (2016).
DENDROGRAMA DE MANEJO DA DENSIDADE PARA UMA FLORESTA
INEQUIÂNEA DE ARAUCÁRIA. Floresta, 46(2), 173.
https://doi.org/10.5380/rf.v46i2.43449
- (S/f). Cinvestav.mx. Recuperado el 6 de junio de 2022, de
https://www.tamps.cinvestav.mx/~ertello/bioinfo/sesion12.pdf
- (S/f-b). Ulpgc.es. Recuperado el 6 de junio de 2022, de
https://accedacris.ulpgc.es/bitstream/10553/54060/2/0751067_00000_0000.pdf
