Taller Técnicas de laboratorio en bioquímica 1:
ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL (3D) DE LAS
PROTEÍNAS
MATERIA: Bioquímica
GRUPO : 4
INTEGRANTES:
- Alejo Campos, Silvia Rocio
- García Alpiste, Nayeli Norit
- Monge Aviles, Angye
- Muñoz Sovero, Eliane Anat
- Nakagawa Meza, Hiromi Fiorella
- Solier Lopez, Katherin
- Tirado Bistolfi, Ariadna
Coordinador:
- Zimic, Mirko
➢ Hemoglobina (1A3N)
La hemoglobina (Hb) es una proteína plasmática presente en los eritrocitos o glóbulos rojos,
que transporta oxígeno (O2) y dióxido de carbono (CO2) a través de la sangre a los tejidos.
Su estructura es más compleja que la de lisozima, veamos por qué.
Preguntas
a) ¿Cuántas cadenas polipeptídicas, monómeros o subunidades observa? ¿Son estos
monómeros iguales o diferentes? Dibuje un esquema de la Hb
En la proteína globular hemoglobina se pueden observar cuatro cadenas polipeptídicas.
Además, presenta cuatro monómeros y son de dos tipos, alfa y beta; dos de ellos tienen la
misma secuencia de aminoácidos (141 aminoácidos) y son diferentes a los dos monómeros
restantes, que poseen 146 aminoácidos.[2]
b) ¿A que proteína es similar cada uno de los monómeros de la Hb? ¿Mediante qué
interacciones se mantienen unidas las subunidades de la Hb?
Cada uno de los monómeros es similar a la mioglobina. La mioglobina es una proteína
presente en el músculo esquelético y al igual que la hemoglobina, tiene como función el
transporte de oxígeno. La mioglobina es similar a la hemoglobina, solo que se trata de una
proteína monomérica, esto quiere decir que solo tiene un grupo hemo. Las subunidades de
la hemoglobina se mantienen unidas por puentes de sal.
c) Dibuje un esquema de los grupos Hemo (HEM). ¿Cuántos grupos Hemo observa? ¿Cuál
es la constitución del grupo Hemo?
Cada cadena polipeptídica presenta un grupo hemo. Por lo tanto, en la hemoglobina se
pueden observar cuatro grupos [Link] grupo hemo tiene una estructura plana y está
formada por un anillo tetrapirrólico, la protoporfirina IX. Además, en la parte central presenta
+2
el átomo de Fe que puede formar hasta seis enlaces. [1, 4]
d) Respecto a las subunidades de la Hb ¿Cuántas alfa hélices posee cada subunidad?
¿Existen hojas beta? ¿puede ver los loops? ¿Cuántos loops puede ver?
Las subunidades de la hemoglobina poseen hélices alfa. Las subunidades alfa poseen siete
hélices alfa y las subunidades beta poseen ocho. Además, no poseen hojas beta en su
estructura. Se puede observar que hay tres loops presentes en cada subunidad de la
hemoglobina.
e) Seleccione los residuos histidina proximal y distal (HIS 58 e HIS 87) del monómero A,
luego haga lo mismo para cada uno de los demás monómeros. Mediante un dibujo sencillo
indique el número y ubicación de estas histidinas y responda:
-¿con qué estructura están interaccionando las histidinas?
+2
La histidina proximal interacciona con el átomo Fe y la histidina distal se une al O 2.
-¿qué tipo de enlaces establecen?
El hierro que se encuentra en el grupo hem forma un puente covalente con la histidina
proximal y el oxígeno se une de forma covalente al grupo hem y a la histidina distal.
-¿Qué estado del hierro puede unir oxígeno (O2) y en qué estado piensas que está el hierro
dentro de la estructura 3D, férrico o ferroso?
+2
El estado del hierro que puede unir oxígeno es el Fe , es decir se encuentra en estado de
oxidación ferroso. El hierro en ese estado le da la capacidad a la hemoglobina de poder
interaccionar con el oxígeno. Puede formar hasta seis enlaces, de los cuales cuatro se
producen con nitrógenos de la porfirina y el quinto con el nitrógeno de la histidina proximal.
Asimismo, el sexto enlace es con el oxígeno, que también se mantiene unido al nitrógeno
de la histidina distal. [1,3,4]
PROBLEMAS PARA DESARROLLAR EN CASA:
➢ Citocromo C (1YCC)
Esta enzima interviene en la cadena transportadora de electrones durante la respiración
celular, llevada a cabo en la mitocondria de las células. Como podrás apreciar su estructura
es simple y a la vez bastante compleja al estar unido al grupo Hemo (HEM). Visualiza
detenidamente la estructura de la proteína ligado a su cofactor, el grupo Hemo.
Preguntas
a) Haga un dibujo esquemático y responda ¿cuántas cadenas polipeptídicas puede
apreciar?
Se puede apreciar una sola cadena polipeptídica. En el panel de control, solo aparece la
letra A a lado de todos los aminoácidos.
b) Ubique el grupo Hemo (HEM). ¿Cuántos grupos tiene la molécula? ¿Posee átomos de
hierro? ¿Cuántos átomos?
Posee un solo grupo HEM. El grupo HEM posee un átomo de hierro en el centro.
c) ¿Qué tipo de estructuras secundarias se encuentran en el citocromo C, albergando al
grupo Hemo? ¿Cuántas de estas estructuras puedes apreciar?
Se observan 5 estructuras alfa helice (rojo) y 2 hojas beta plegadas (amarillo).
d) Determina, haciendo click en la libreta de notas bajo la barra de herramientas, a qué
organismo pertenece la proteína, qué método se usó para determinar la estructura 3D y con
qué resolución.
Pertenece a Saccharomyces cerevisiae, un tipo de levadura. El método que se usó fue la
difracción de rayos x y la resolución fue de 1.23 Angstroms.
e) Compara las estructuras del citocromo C en su forma cristalizada (1YCC) y el que se
encuentra en disolución (1J3S) resuelta por RMN. Cite 2 diferencias estructurales y sugiera
una explicación de dichas variaciones.
La primera diferencia estructural que se observa es la ausencia de hojas beta plegadas en
el citocromo c en disolución, a comparación del citocromo C que sí podemos encontrar
hojas beta plegadas .
La segunda diferencia es la ausencia de un sulfato (S042-) en el citocromo c en disolución,
en cambio en el citocromo C cristalizado está presente el (S042-).
➢ Hexoquinasa humana (1QHA)
Esta enzima interviene en la conversión de glucosa a glucosa 6 fosfato dentro de la célula
para que de esa forma el azúcar sea degradado mediante el proceso de glucólisis hasta
piruvato.
Revisa con cuidado la estructura de la proteína y observa los sitios de unión a glucosa,
donde se lleva a cabo la reacción enzimática.
Preguntas
a) Haga un dibujo esquemático y responda ¿Cuántas cadenas polipeptídicas puede
apreciar?
En la Hexoquinasa humana se puede apreciar dos cadenas polipeptídicas, según el panel
de control del programa, se encuentra la cadena A y B
b) Ubique a la glucosa (GLC) y la glucosa-6 fosfato (G6P). ¿Puede ver cuántas unidades
catalíticas posee la enzima?
Poseen 8 unidades catalíticas, 4 unidades de glucosa (GLC) y 4 de glucosa - 6 - fosfato
(G6P)
c) Ubique al análogo del ATP (ANP). ¿En qué parte de la enzima se ubica? ¿Qué función
tiene?
Un análogo es un compuesto de estructura similar, en este caso, en estudio tenemos al
péptido natriurético atrial. Este se ubica en la zona de acción de la enzima y causa el
aumento de la producción de la orina, también reduce la inflamación renal. El estudio de la
ANP es un tema controversial en el ámbito médico por las diferentes acciones beneficiosas
que se podrían realizar a partir de su estudio.
d) ¿Qué tipo de interacciones establecerán la glucosa y el ATP con la proteína?
Desempeñan un papel crítico en el transporte; puesto que, la hidrólisis del ATP ofrece la
reserva energética necesaria en el transporte activo usado en el mantenimiento de la
gradiente concentración. Por otro lado, la glucosa se forma a través del proceso
denominado “gluconeogénesis”, la cual se da especialmente en células encontradas en el
riñón e hígado. Es un proceso anabólico que se forma a partir de la descomposición de la
proteína, reutilizando sus aminoácidos.
e) Determine, usando la libreta de nota bajo la barra de herramientas, a qué organismo
pertenece la proteína, cuál fue el método empleado para determinar la estructura y con qué
resolución se determinó.
En este caso la enzima Hexoquinasa humana (1QHA) pertenece al organismo Homo
sapiens, el cual el método empleado fue DIFRACCIÓN DE RAYOS X para determinar la
estructura a una resolución de 2.25 ANGSTROMS
Referencias:
1. Espinos, D. (1986) El transporte de oxígeno por la hemoglobina y su patología. Instituto de
España. Real academia nacional de medicina. Recuperado de :
[Link]
moglobina+oxigeno&ots=hbF0Zg_PwH&sig=sUrSzyOHzCntBE4iVurcRzkMY2U#v=onepage&
q=hemoglobina%20oxigeno&f=false
2. Brandan, N.; Aguirre, M.; Giménez, C.;(2008) Hemoglobina. Cátedra de Bioquímica.
Facultad de Medicina UNNE. Recuperado de:
[Link]
3. Reguera, A., Fernández e., Yee, H. CARACTERIZACIÓN DE COMPLEJOS DE
HEMINA POR DIFRACCIÓN DE RAYOS-X. Revista Cubana de Química, vol. XVII,
núm. 2, 2005, pp. 20-31 [Link]
4. Peñuela, Oscar Andrés. (2005). Hemoglobina: una molécula modelo para el
investigador. Colombia Médica, 36(3), 215-225. Retrieved September 29, 2021, from
[Link]
13&lng=en&tlng=es.
