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TEMA 8: PROTEÍNAS.
1.-INTRODUCCIÓN.

El término proteína deriva del griego "proteos" (lo primero, lo principal) y habla de
su gran importancia para los seres vivos. La importancia de las proteínas es, en un primer
análisis, cuantitativa: constituyen el 50% del peso seco de la célula (15% del peso total) por
lo que representan la categoría de biomoléculas más abundante después del agua.
Sin embargo su gran importancia biológica reside, más que en su abundancia en la
materia viva, en el elevado número de funciones biológicas que desempeñan, en su gran
versatilidad funcional y sobre todo en la particular relación que las une con los ácidos
nucleicos, ya que constituyen el vehículo habitual de expresión de la información genética
contenida en éstos últimos.

2.-COMPOSICIÓN DE LAS PROTEÍNAS.

Desde el punto de vista de su composición elemental todas las proteínas contienen

carbono, hidrógeno, oxígeno y nitrógeno, mientras que casi todas contienen además azufre
(Cabe resaltar que en azúcares y lípidos el nitrógeno sólo aparece en algunos de ellos). Hay
otros elementos que aparecen solamente en algunas proteínas (fósforo, cobre, zinc, hierro,
etc.).
Las proteínas son biomoléculas de elevado peso molecular (macromoléculas) y
presentan una estructura química compleja. Sin embargo, cuando se someten a hidrólisis
ácida, se descomponen en una serie de compuestos orgánicos sencillos de bajo peso
molecular: los αaminoácidos. Este rasgo lo comparten las proteínas con otros tipos de
macromoléculas: todas son polímeros complejos formados por la unión de unos pocos
monómeros o sillares estructurales de bajo peso molecular. Existen 20 α-aminoácidos
diferentes que forman parte de las proteínas.
En las moléculas proteicas los sucesivos restos aminoácidos se hallan unidos
covalentemente entre sí formando largos polímeros no ramificados. El tipo de enlace que los
une recibe el nombre de enlace peptídico. Las cadenas de aminoácidos de las proteínas no
son polímeros al azar, de longitud indefinida, cada una de ellas posee una determinada
composición química, un peso molecular y una secuencia ordenada de aminoácidos.

3.-CLASIFICACIÓN DE LAS PROTEÍNAS.

Las proteínas se clasifican en dos clases principales atendiendo a su composición. Las

proteínas simples u holoproteínas son las que están compuestas exclusivamente por
aminoácidos. Las proteínas conjugadas o heteroproteínas son las que están compuestas por
aminoácidos y otra sustancia de naturaleza no proteica que recibe el nombre de grupo
prostético. Las proteínas conjugadas pueden a su vez clasificarse en función de la naturaleza
de su grupo prostético. Así, se habla de glucoproteínas, cuando el grupo prostético es un
glúcido, lipoproteínas cuando es un lípido, metaloproteínas cuando es un ion metálico,
fosfoproteínas cuando es un grupo fosfato, etc.
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Otro criterio de clasificación de las proteínas es la forma tridimensional de su
molécula. Las proteínas fibrosas son de forma alargada, generalmente son insolubles en agua
y suelen tener una función estructural, mientras que las proteínas globulares forman
arrollamientos compactos de forma globular y suelen tener funciones de naturaleza dinámica
(catalíticas, de transporte, etc).
4.-TAMAÑO DE LAS MOLÉCULAS PROTEICAS.

Las proteínas presentan tamaños moleculares muy variables (desde unos pocos miles
de daltons a más de un millón) (ver Figura 8.1). Algunas proteínas están formadas por una
sola cadena de aminoácidos, mientras que otras, llamadas proteínas oligoméricas, están
formadas por varias cadenas individuales denominadas protómeros o subunidades. Se ha
podido comprobar que en la mayor parte de los casos las cadenas individuales de
aminoácidos presentan pesos moleculares que oscilan entre los 12.000 y los 36.000 daltons,
lo que se corresponde con una longitud de entre 100 y 300 restos aminoácidos. Sin embargo
existen moléculas proteicas más pequeñas como la insulina (51 aminoácidos y 5.700 daltons)
y mucho más grandes como la apolipoproteína B, una proteína transportadora de colesterol,
con 4.536 aminoácidos y 513.000 daltons, que representa la cadena individual de
aminoácidos más grande conocida hasta la fecha. Las proteínas de mayor tamaño están
formadas invariablemente por varias cadenas de aminoácidos.

5.-AMINOÁCIDOS: LOS SILLARES ESTRUCTURALES.

5.1.-CONCEPTO.

Los aminoácidos son compuestos orgánicos que poseen un grupo carboxilo y un

grupo amino. Pueden ser α, β, γ, δ....aminoácidos, según el grupo amino esté unido
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respectivamente al primero, segundo, tercero, cuarto... átomo de carbono contando a partir del
átomo de carbono del grupo carboxilo. En la naturaleza existen distintos tipos de aminoácidos
que desempeñan diferentes funciones, sin embargo, los aminoácidos que forman parte de las
proteínas son todos ellos α-aminoácidos.
Existen 20 α-aminoácidos diferentes que forman parte de las proteínas. Todos ellos tienen
una parte de su molécula en común (formada por el átomo de carbono α unido a los grupos
amino y carboxilo) y difieren entre sí en la naturaleza de la cadena lateral (habitualmente
llamada grupo
R). En la Figura 8.2 aparece la fórmula estructural de un α-aminoácido; en ella "R" representa
la cadena lateral que difiere entre los distintos aminoácidos.

5.2.-ESTEREOISOMERÍA DE LOS AMINOÁCIDOS.

Los α-aminoácidos son compuestos quirales. En todos ellos, con la única excepción
de la glicocola, el átomo de carbono α (el contiguo al grupo carboxilo) es un carbono
asimétrico, es decir, un átomo de carbono unido a cuatro sustituyentes distintos. Debido a
esta circunstancia, cada α-aminoácido puede existir en dos formas estereoisómeras cada una
de ellas con una diferente ordenación espacial de los cuatro sustituyentes que rodean, en
disposición tetraédrica, al carbono α (Figura 8.3). Estas dos formas estereoisómeras son
además enantiómeros (imágenes especulares no superponibles una de la otra). La
nomenclatura de las formas estereoisómeras de los α-aminoácidos se establece por convenio
relacionando sus fórmulas en proyección de Fisher con la de un compuesto de referencia que
es el gliceraldehido. Así, la forma D de un αaminoácido es la que, en la fórmula en
proyección de Fisher, tiene el grupo amino hacia la derecha (por analogía con el grupo
hidroxilo del D-gliceraldehido), mientras que la forma L es la que lo tiene hacia la izquierda
(ver Figura 8.3). Aunque existen en la naturaleza aminoácidos con configuración D que
desempeñan diferentes funciones en las células, todos los aminoácidos presentes en las
proteínas presentan configuración L.
Los α-aminoácidos, como todos los compuestos quirales, presentan actividad óptica,
es decir, hacen girar en uno u otro sentido el plano de vibración de la luz polarizada. Así,
algunos α-aminoácidos en disolución hacen girar dicho plano de vibración hacia la derecha, y
se dice que son dextrógiros (+), mientras que otros lo hacen hacia la izquierda, y se dice que
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son levógiros (). El carácter dextrógiro o levógiro de un α-aminoácido es independiente de la
configuración D o L que presente.

5.3.-COMPORTAMIENTO ÁCIDO-BASE.

Los aminoácidos son compuestos sólidos, cristalinos, que presentan un punto de

fusión y una solubilidad en agua muy superiores a lo que cabría esperar dado su peso
molecular. Ello se debe a que los aminoácidos existen en disolución, y cristalizan a partir de
las disoluciones, en forma de iones dipolares (Figura 8.4). A pH neutro el grupo carboxilo
cede un protón y queda cargado negativamente y el grupo amino capta un protón y queda
cargado positivamente. Así, los aminoácidos pueden comportarse como ácidos o como bases
según el pH del medio; se dice que son sustancias anfóteras. Existe un valor de pH llamado
punto isoeléctrico (pI) para el cual el aminoácido está compensado eléctricamente (carga
neta = 0).
Las curvas de titulación de los aminoácidos son más complejas que las de los pares
conjugados ácido-base
corrientes. Esto se debe a
que cada aminoácido posee
dos grupos funcionales
capaces de aceptar o ceder
protones (amino y
carboxilo), cada uno de los
cuales tiene su propio pK y
comportamiento ácidobase
característico. Por otra parte, algunos aminoácidos presentan cadenas laterales (R) con grupos
funcionales que son potenciales dadores o aceptores de protones, y que por lo tanto también
influyen de manera determinante en sus propiedades ácido-base.
El comportamiento ácido-base de los aminoácidos reviste una gran importancia
biológica, ya que influye a su vez en las propiedades de las proteínas de las que forman parte.
Además, las técnicas para separar y analizar los aminoácidos componentes de una proteína se
basan en gran medida en su comportamiento ácido-base.

5.4.-CLASIFICACIÓN DE LOS AMINOÁCIDOS.

Existen distintos criterios para clasificar los α-aminoácidos de las proteínas. Sin
embargo, el más utilizado, dada su relación con la determinación de la estructura
tridimensional de las mismas, es el que se basa en la naturaleza polar o no polar, con carga
eléctrica o sin ella de su cadena lateral o grupo R. Así se distinguen:
a) Aminoácidos con grupo R no polar (alifáticos y aromáticos).
b) Aminoácidos con grupo R polar sin carga .
c) Aminoácidos con grupo R con carga positiva.
d) Aminoácidos con grupo R con carga negativa.

En la Tabla 8.1 se representan las fórmulas estructurales de los 20 α-aminoácidos

presentes en las proteínas en las formas iónicas en las que aparecen a pH fisiológico. Todos
los αaminoácidos tienen, además de sus nombres sistemáticos, nombres simplificados
apropiados para su uso común, que, en algunos casos, provienen de la fuente biológica de la
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cual fueron aislados inicialmente; así, la asparagina se encontró por primera vez en el
espárrago, el ácido glutámico se aisló del gluten de trigo, la tirosina fue identificada en el
queso (del griego tyros = queso), y la glicocola debe su nombre a su sabor dulce (del griego
glycos = dulce).
Además de los 20 α-aminoácidos que son comunes a todas las proteínas existen en
algunas de ellas otros aminoácidos, denominados aminoácidos no estándar. Todos ellos
derivan de alguno de los 20 aminoácidos estándar través de transformaciones químicas
sencillas que se operan una vez el aminoácido de origen ha sido incorporado a la proteína.
Entre ellos cabe citar la hidroxiprolina, la N-metil-lisina y la desmosina.
Por otra parte, se han encontrado en las células vivas alrededor de otros 300 aminoácidos
que desempeñan diferentes funciones pero que no forman parte de las proteínas. Algunos de
ellos presentan configuración D y no todos son α-aminoácidos.

6.-EL ENLACE PEPTÍDICO. LOS PÉPTIDOS.

Los aminoácidos se enlazan para formar proteínas mediante enlace peptídico. Los
péptidos son compuestos formados por la unión de aminoácidos mediante enlace peptídico.
El enlace peptídico es una unión covalente tipo amida sustituida que se da al reaccionar el
grupo amino de un aminoácido con el grupo carboxilo de otro aminoácido con
desprendimiento de una molécula de agua (Figura 8.5)
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Cuando dos aminoácidos reaccionan para formar un enlace peptídico el compuesto
resultante recibe el nombre de dipéptido. Por ser el enlace peptídico una unión "cabeza-cola"
(grupo amino con grupo carboxilo) un dipéptido conserva siempre un grupo amino libre, que
puede reaccionar con el grupo carboxilo de otro aminoácido, y un grupo carboxilo libre, que
puede reaccionar con el grupo amino de otro aminoácido. Esta circunstancia permite que
mediante enlaces peptídicos se puedan enlazar un número elevado de aminoácidos formando
largas cadenas que siempre tendrán en un extremo un grupo amino libre (extremo amino
terminal) y en el otro un grupo carboxilo libre (extremo carboxi-terminal).
Los péptidos se clasifican según el número de restos de aminoácidos que los forman.
Así los péptidos formados por 2, 3, 4,.... aminoácidos se denominan respectivamente
dipéptidos, tripéptidos, tetrapéptidos... En general cuando el número de aminoácidos
implicados es menor o igual a 10 decimos que se trata de un oligopéptido, cuando es mayor
que 10 decimos que se trata de un polipéptido. Es también frecuente el uso del la expresión
cadena polipeptídica en lugar de polipéptido. Cuando una cadena polipeptídica tiene más de
100 restos de aminoácidos (es un límite arbitrario y que no hay que tomar al pie de la letra)
decimos que se trata de una proteína. Sin embargo hay que tener en cuenta que existen
proteínas, llamadas oligoméricas, que están formadas por varias cadenas polipeptídicas, por
lo que los términos cadena polipeptídica y proteína no pueden considerarse sinónimos en
todos los casos.

Aunque en los sucesivo nos ocuparemos fundamentalmente de proteínas formadas por

centenares de residuos de aminoácidos, es conveniente resaltar que algunos péptidos cortos
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presentan actividades biológicas importantes. Entre ellos cabe citar algunas hormonas como
la oxitocina (nueve residuos aminoácidos), que estimula las contracciones del útero durante el
parto, o la bradiquinina (nueve residuos), que inhibe la inflamación de los tejidos. También
son dignas de mención las encefalinas, péptidos cortos sintetizados en el sistema nervioso
central que actúan sobre el cerebro produciendo analgesia (eliminación del dolor). Los
venenos extremadamente tóxicos producidos por algunas setas como Amanita phaloides
también son péptidos, al igual que muchos antibióticos.

7.-PROTEÍNAS: CONFORMACIÓN TRIDIMENSIONAL.

Las proteínas, como ya se dijo anteriormente, no son polímeros al azar de longitud

indefinida, sino que cada una de ellas tiene una determinada composición en aminoácidos y
estos están ordenados en una determinada secuencia. Hay que añadir a ello que en las células
vivas las cadenas polipeptídicas de las proteínas no se encuentran extendidas ni plegadas al
azar adoptando estructuras caprichosas o variables, sino que cada una de ellas se encuentra
plegada de un modo característico, que es igual para todas las moléculas de una misma
proteína, y que recibe el nombre de estructura o conformación tridimensional nativa de la
proteína. Una clara evidencia en favor de esta idea la constituye el hecho de que las proteínas
puedan cristalizar, ya que la disposición ordenada de la materia cristalina sólo es posible
cuando las unidades moleculares individuales que componen el cristal son idénticas. Desde
que en 1926 James Sumner consiguió obtener cristales del enzima ureasa, centenares de
proteínas han sido obtenidas en estado cristalino.
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El plegamiento de una cadena polipeptídica se realiza mediante rotaciones de los
enlaces simples del esqueleto. En principio, los sustituyentes de los átomos que se encuentran
a ambos lados de un enlace simple pueden adoptar infinitas posiciones (conformaciones)
mediante simples rotaciones de dicho enlace. Dado que el esqueleto de una cadena
polipeptídica consta de centenares de enlaces simples, cabría esperar que dicha cadena
pudiera adoptar un número elevadísimo de conformaciones diferentes. Sin embargo, existen
una serie de restricciones a la libertad de giro de estos enlaces (la mayoría de ellas derivadas
de la interacción de la cadena polipeptídica con las moléculas de agua que la rodean) las
cuales determinan que sólo sea posible una conformación tridimensional estable.
La conformación tridimensional de una proteína es un hecho biológico de una gran
complejidad: existen distintos niveles de plegamiento que se superponen unos a otros. Debido
a ello, para sistematizar el conocimiento acerca de este fenómeno, se establecen una serie de
niveles dentro de la estructura de la proteína que se conocen como estructuras primaria,
secundaria, terciaria y cuaternaria (Figura 8.6). Los continuos avances en la comprensión
de la estructura y el plegamiento de las proteínas han hecho necesaria en los últimos años la
definición de dos niveles estructurales adicionales: la estructura supersecundaria y el
dominio.

7.1.-ESTRUCTURA PRIMARIA.

La estructura primaria de una proteína es su secuencia de aminoácidos, es decir,

vendría especificada por los aminoácidos que la forman y el orden de colocación de los
mismos a lo largo de la cadena polipeptídica. La secuencia de aminoácidos de una proteína se
escribe empezando por el extremo amino terminal y finalizando por el carboxi-terminal.

Si analizamos en detalle la estructura primaria de una proteína (ver Figura 8.7)

observaremos, dado que el enlace peptídico implica a los grupos amino y carboxilo de cada
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aminoácido, y que éstos están unidos a su vez al mismo átomo de carbono (C α), el esqueleto
de la cadena polipeptídica es una sucesión monótona de estos tres tipos de enlace:
C α ------- C carboxílico
C carbox --- N amino(enlace peptídico)
N amino ---- C α

También observamos que las cadenas laterales o grupos R de los distintos restos
aminoácidos, que no están implicadas en el enlace peptídico, surgen lateralmente a uno y otro
lado de este esqueleto monótono (ver Figura 8.7).
Los estudios realizados acerca de la estructura primaria de proteínas procedentes de
diferentes especies de seres vivos revelan que aquellas proteínas que desempeñan funciones
similares en diferentes especies tienen secuencias de aminoácidos parecidas entre sí. Por otra
parte, se ha comprobado que cuanto más emparentadas evolutivamente estén dos especies
mayor es el grado de similitud entre las secuencias de aminoácidos de sus proteínas
homólogas. Estos datos sugieren que debe existir algún tipo de relación entre la secuencia de
aminoácidos y la función de las proteínas.

7.2.-ESTRUCTURA SECUNDARIA.

La estructura secundaria de una proteína es el modo característico de plegarse la

misma a lo largo de un eje. Es el primer nivel de plegamiento, en el que los distintos restos de
aminoácidos se disponen de un modo ordenado y repetitivo siguiendo una determinada
dirección. En las proteínas fibrosas (aquéllas cuyas cadenas polipeptídicas están ordenadas
formando largos filamentos u hojas planas) las estructuras primaria y secundaria especifican
completamente la conformación tridimensional; estas proteínas no presentan por lo tanto
niveles superiores de complejidad
Fue precisamente en las proteínas fibrosas, dada su mayor simplicidad estructural,
donde fue estudiada inicialmente la estructura
secundaria; particularmente en dos tipos de proteínas de
origen animal muy abundantes: las queratinas y los
colágenos. Ambas son proteínas insolubles que
desempeñan importantes funciones de tipo estructural en
los animales superiores. Existen dos tipos de queratinas
de diferente dureza y consistencia, las α-queratinas (por
ejemplo las que
abundan en el
pelo o en las
uñas) y las β-
queratinas
(telas de araña,
seda, etc.).
El
análisis de la
estructura
secundaria de las proteínas fibrosas fue abordado
inicialmente mediante la técnica de difracción de
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rayos X (basada en la capacidad de los átomos de difractar los RX en función de su tamaño).
Esta técnica es aplicable al análisis de estructuras cristalinas, sin embargo, la microscopía
electrónica reveló que las proteínas fibrosas
presentaban
estructuras repetitivas que eran susceptibles de análisis mediante esta técnica.
Los primeros análisis de difracción de rayos X de las queratinas, realizados por
Willian Atsbury (Figura 8.8)en la década de los años 30, proporcionaron datos acerca de
estructuras que se repetían con una periodicidad fija a lo largo de sus cadenas polipeptídicas,
siendo estas periodicidades diferentes según se tratase de α o de β-queratinas. Dado que las
cadenas polipeptídicas extendidas no presentan estructuras repetitivas que puedan dar lugar a
estas periodicidades, se concluyó que dichas cadenas debían encontrarse plegadas de un
modo regular que era diferente en cada tipo de queratinas. Pocos años más tarde, L. Pauling y
R. Corey (Figura 8.9), dos
investigadores norteamericanos, obtuvieron con gran precisión la longitud de estas
periodicidades (0,56 nm en las α y 0,70 nm en las β-queratinas).
Por otra parte, aplicando la técnica DRX a pequeños péptidos (dos o tres residuos
aminoácidos) en estado cristalino Pauling y Corey pudieron conocer la estructura íntima del
enlace peptídico.
Observaron que este enlace
era ligeramente más corto
de lo que sería un enlace
simple C-N, lo que les
permitió deducir que poseía
un carácter parcial de doble
enlace. Ello es debido a que
el nitrógeno del
grupo peptídico
posee un orbital vacante
que le
permite compartir en
resonancia un par de
electrones del doble enlace
C-O. El carácter parcial
de doble enlace
impide que el
enlace peptídico
pueda girar sobre sí mismo;
los cuatro átomos del grupo peptídico son coplanares, estando el oxígeno y
el hidrógeno en posición trans (Figura 8.10). Esta falta de libertad de giro supone una
primera
restricción en el número de conformaciones posibles de la cadena polipeptídica, que estaría
entonces constituida por una serie de planos rígidos formados por los diferentes grupos
peptídicos, los cuales podrían adoptar diferentes posiciones unos con respecto a otros
mediante giros de los enlaces sencillos que flanquean cada uno de estos planos (ver Figura
8.11).
Pauling y Corey construyeron modelos moleculares de gran precisión (con bolas y
varillas) hasta que encontraron unos que encajaban con los datos experimentales, es decir,
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hasta que encontraron modelos que, respetando las restricciones de giro del enlace peptídico,
explicaban las periodicidades obtenidas. A la vista de estos modelos pudieron observar
(suponemos que con gran regocijo) que no sólo eran posibles, sino que, de ser reales,
presentarían una gran estabilidad, ya que todos los grupos peptídicos del esqueleto quedaban
colocados en la relación geométrica adecuada para poder establecer puentes de hidrógeno
entre ellos, circunstancia esta que proporcionaría una gran estabilidad a la estructura.

Los modelos encontrados fueron denominados respectivamente hélice α (que es la

estructura secundaria de las α-queratinas) y conformación β (que es la estructura secundaria
de las β-queratinas). Con posterioridad se descubrió la estructura secundaria del colágeno, la
cual se denominó hélice del colágeno.
En la hélice-α (ver
Figura 8.12) el esqueleto de
la cadena polipeptídica se
encuentra arrollado de
manera compacta alrededor
del eje longitudinal de la
molécula, y los grupos R de
los distintos restos
aminoácidos sobresalen de
esta estructura helicoidal,
que tiene forma de escalera
de caracol. Cada giro de la
hélice abarca 3,6 residuos
aminoácidos, ocupando unos
0,56 nm del eje longitudinal,
lo que se corresponde con la
periodicidad observada por
DRX. El rasgo más
sobresaliente de esta
estructura es que todos los
grupos peptídicos de los
diferentes restos
aminoácidos quedan
enfrentados en la relación geométrica adecuada para formar puentes de hidrógeno entre sí;
estos puentes se establecen entre el oxígeno del grupo carboxilo de cada residuo aminoácido
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y el hidrógeno del grupo amino que se encuentra cuatro residuos más allá en dirección
carboxi-terminal (algo más de una vuelta completa de hélice). Así, cada vuelta sucesiva de la
hélice α se mantiene unida a las vueltas adyacentes mediante varios puentes de hidrógeno
intracatenarios que, actuando cooperativamente, proporcionan a la estructura una
considerable estabilidad.

En la conformación β, también llamada hoja plegada, el esqueleto de la cadena

polipeptídica se dispone en zig-zag con los grupos R de los distintos aminoácidos
proyectándose alternativamente a uno y otro lado de dicho esqueleto (ver Figura 8.13). Cada
zig-zag representa 0,70 nm de longitud de la cadena, coincidiendo con la periodicidad
observada por DRX. Muchas de estas cadenas colocadas paralelamente unas a otras forman
una estructura que recuerda a una hoja de papel plegada, en la que los grupos R de los
aminoácidos se encuentran sobresaliendo por ambas caras de dicha hoja. En este caso, los
grupos peptídicos de los diferentes restos aminoácidos establecen puentes de hidrógeno con
los de las cadenas vecinas (puentes de hidrógeno intercatenarios).

La hélice del colágeno es un tipo de estructura secundaria que sólo aparece en esta
proteína. Se trata de un arrollamiento helicoidal con tres residuos aminoácidos por vuelta en
el que la cadena polipeptídica se encuentra más extendida que en la hélice α (Figura 8.13).
Tres de estas hélices se encuentran a su vez arrolladas en una estructura superhelicoidal que
da lugar a la molécula de tropocolágeno, que es la unidad que se repite a lo largo de las fibras
de colágeno.
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La hélice-α y la conformación β son las estructuras secundarias más frecuentes no
sólo en la proteínas fibrosas
sino en todo tipo de
proteínas. Existen otros tipos
de estructura secundaria cuya
presencia se encuentra
limitada a algunas proteínas
especializadas.
Recientemente se ha
descubierto una
estructura secundaria,
denominada giro o codo β
(Figura 8.15), que está
presente en muchas proteínas
diferentes allí donde la
cadena polipeptídica
cambia abruptamente de
dirección. El codo β consta
de cuatro residuos
aminoácidos que forman
un bucle cerrado con los
grupos peptídicos que lo flanquean unidos por puente de hidrógeno.
Ahora bien, )qué es lo que determina que una cadena polipeptídica adopte una u
otra de estas posibles estructuras secundarias conocidas? Los estudios realizados acerca de la
estructura de cadenas polipeptídicas formadas por un solo tipo aminoácido (poliaminoácidos),
así como diversas consideraciones teóricas (basadas en el tamaño o carga eléctrica de los
grupos R de los distintos aminoácidos de una cadena), llevaron a la conclusión de que es la
secuencia de aminoácidos, es decir, la estructura primaria, lo que determina el modo en
que una cadena polipeptídica ha de plegarse a lo largo de un eje, es decir, su estructura
secundaria. Es la naturaleza y posición de los grupos R a lo largo de la cadena, es decir, su
secuencia, lo que propicia o impide el plegamiento según uno u otro modelo.
7.3.-ESTRUCTURA TERCIARIA.

Existen proteínas
cuya conformación tridimensional no
puede especificarse totalmente
considerando sólo sus estructuras
primaria y secundaria. Son las
llamadas proteínas globulares
cuyas cadenas polipeptídicas se
hallan plegadas de un modo
complejo formando
arrollamientos globulares compactos
que tienden a adoptar una forma
aproximadamente esférica.
La proteínas globulares son
generalmente solubles en agua y
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desempeñan un gran número de funciones biológicas (por ejemplo los enzimas son proteínas
globulares). Se conoce como estructura terciaria el modo
característico de plegarse una cadena polipeptídica para formar un arrollamiento
globular compacto.
El estudio de la estructura terciaria de las proteínas globulares se abordó también
mediante la aplicación de la técnica de difracción de rayos X. Un paso previo necesario fue la
obtención de proteínas globulares en estado cristalino muy puro a partir de disoluciones, ya
que la técnica DRX sólo se puede aplicar a estructuras cristalinas o "paracristalinas" (como
las proteínas fibrosas). Una
vez solventado este
problema pudo conocerse
la estructura terciaria de
algunas proteínas
globulares (tras años de
trabajo para
conseguir interpretar los
complejos difractogramas
de RX que estas proteínas
producían. Véase la Figura
8.16). Los cristalógrafos
ingleses John Kendrew y
Max Perutz (Figura 8.16b)
obtuvieron grandes éxitos
en la elucidación de
la estructura tridimensional
de proteínas globulares. La
primera proteína cuya estructura terciaria fue conocida fue la mioglobina (una
proteína que transporta oxígeno en el músculo), concretamente la del cachalote (ver Figura
8.17). En ella se pueden apreciar ocho segmentos rectilíneos con estructura secundaria en
hélice α separados por curvaturas sin estructura secundaria aparente. Alrededor del 70% de la
cadena polipeptídica se
encuentra en las regiones
plegadas en hélice α. La
molécula es muy compacta,
sin apenas espacio para
moléculas de agua en su
interior. Los grupos R
de residuos
aminoácidos con carácter
polar o iónico se proyectan
hacia la periferia de la
molécula, mientras que los
de carácter no polar se
encuentran enterrados en el
interior de la
misma, aislados del
contacto con el agua. La
estructura se encuentra
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estabilizada por diferentes tipos de interacciones débiles entre los grupos R de diferentes
aminoácidos; estas interacciones son de largo alcance, afectando a grupos R de residuos
aminoácidos que pueden ocupar posiciones muy alejadas en la cadena
polipeptídica. En los últimos años se ha podido descifrar la estructura terciaria de centenares
de proteínas globulares. De estos estudios se deduce que el caso de la mioglobina representa
sólo una de las múltiples posibilidades de plegamiento de una proteína globular. La variedad
de estructuras terciarias posibles es inmensa. Sin embargo se pueden hacer algunas
generalizaciones interesantes. En todas ellas...
a) La cadena polipeptídica está plegada de un modo muy compacto, sin
apenas espacio para moléculas de agua en el interior del plegamiento.
b) Existen tramos rectilíneos que presentan estructura secundaria en
hélice-α o en conformación β; en la mayoría de las proteínas estudiadas
coexisten zonas con uno y otro tipo de estructura (Figura 8.18) Estos
tramos están separados por curvaturas sin estructura secundaria
aparente en unos casos o por codos β en otros. Las cantidades relativas
que representan los diferentes tipos de estructura secundaria varían
considerablemente de unas proteínas a otras.
c) Se han detectado agrupamientos estables de estructuras secundarias
que dan lugar a motivos estructurales que se repiten en multitud de
proteínas diferentes. Entre estos agrupamientos, denominados
estructuras supersecundarias, cabe citar el "barril α/β", la "silla β",
el "haz de cuatro hélices", el "lazo βαβ" o el "sandwich ββ".
d) En algunas proteínas se han detectado dos o más regiones globulares
densamente empaquetadas que se hallan conectadas entre sí por un
corto tramo de cadena polipeptídica extendida o plegada en hélice α.
Estas regiones globulares, denominadas dominios, presentan una gran
estabilidad, y aparecen repetidas en muchas proteínas diferentes.
e) Los restos de aminoácidos con grupos R polares o con carga se
proyectan
hacia el exterior de la estructura, expuestos al contacto con las
moléculas de agua.
f) Los restos de aminoácidos con grupos R no polares (hidrófobos) se
encuentran en el interior de la estructura, aislados del contacto con el
agua y ejerciendo interacciones hidrofóbicas entre sí.

Por otra parte se observó

que en todas las proteínas
estudiadas existe una serie de
fuerzas intramoleculares que
tienden a estabilizar la
estructura terciaria (Figura
8.19). Estas fuerzas son de dos
tipos: a) enlaces
covalentes (puentes
disulfuro entre los grupos -SH
de los restos de cisteína); b)
interacciones débiles entre los
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grupos R de distintos aminoácidos que ocupan posiciones muy distantes a
lo largo de la cadena polipeptídica
(puentes de hidrógeno,
interacciones iónicas, fuerzas de Van der Waals)

A la vista de estos datos se llegó a la conclusión de que es la naturaleza (polar o no

polar) de los distintos grupos R, las posibilidades de formación de interacciones débiles o
covalentes entre los mismos, y su posición en la cadena polipeptídica, es decir, la secuencia
de aminoácidos lo que determina el hecho de que ésta adopte una u otra disposición en el
espacio, o lo que es lo mismo, una determinada estructura terciaria. Hay que tener en
cuenta que en su estado nativo las moléculas proteicas se encuentran en el seno del agua y
que, por lo tanto, el plegamiento de la cadena polipeptídica será una respuesta a la interacción
de los distintos grupos R (polares o no polares) con las moléculas de agua; además, la
posibilidad de que se establezcan interacciones que estabilicen la estructura entre los distintos
grupos R a lo largo de la cadena polipeptídica también dependerá de la naturaleza y posición
de los mismos en la cadena. En la actualidad todo parece indicar que las interacciones
hidrofóbicas entre los grupos R no polares enterrados en el interior de la estructura
constituyen la verdadera fuerza directriz del plegamiento de una cadena polipeptídica,
contribuyendo los demás tipos de interacciones débiles y covalentes a su mayor estabilidad.
Vemos, pues, que, al igual que sucede con la estructura secundaria, la estructura
primaria determina la estructura terciaria de las proteínas globulares.

7.4.-ESTRUCTURA
CUATERNARIA.

Existen proteínas que

están formadas por
varias cadenas polipeptídicas:
son las llamadas
proteínas oligoméricas.
En ellas, la proteína
completa (oligómero) está
formada por un número
variable de subunidades o
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protómeros. Los oligómeros pueden ser dímeros, trímeros, tetrámeros, pentámeros,
hexámeros...., según estén formados por 2, 3, 4, 5, 6.... protómeros. Los oligómeros más
frecuentes están formados por un número par de cadenas polipeptídicas.
En estas proteínas las distintas
subunidades están asociadas de un
modo característico al que llamamos estructura
cuaternaria.
El estudio de la estructura cuaternaria de las proteínas oligoméricas también fue
abordado mediante la aplicación de la técnica DRX tras la obtención de las mismas en estado
cristalino puro. En este caso la interpretación de los difractogramas de RX resultó tan
compleja que algunos cristalógrafos de proteínas emplearon en este esfuerzo hasta 25 años de
trabajo antes de poder publicar resultados.
La primera proteína cuya estructura cuaternaria fue conocida (Figura 8.20) fue la
hemoglobina humana (la proteína encargada de transportar el oxígeno en la sangre).
También se pueden hacer algunas generalizaciones acerca de la estructura cuaternaria
de algunas proteínas oligoméricas conocidas. En todas ellas.....
a) Cada una de las subunidades o protómeros presenta una estructura
terciaria determinada con rasgos similares a los de las proteínas
globulares formadas por una sola cadena polipeptídica.
b) La estructura terciaria de las diferentes subunidades de una proteína
oligomérica es muy semejante a la de proteínas globulares que
desempeñan la misma o parecida función (la estructura terciaria de
cada una de las subunidades de la hemoglobina es casi idéntica a la
estructura terciaria de la mioglobina. Ambas proteínas desempeñan la
función de transportar oxígeno, una en la sangre, la otra en el
músculo). Se percibe pues una clara relación entre estructura y
función.
c) Las distintas subunidades se encuentran asociadas de un modo
característico, estableciéndose entre ellas puntos de contacto que son
los mismos para todas las moléculas de una misma proteína. Estos
puntos de contacto se ven estabilizados por interacciones débiles
(puentes de hidrógeno, fuerzas de Van der Waals, interacciones
iónicas) entre los grupos R de determinados aminoácidos.
A la vista de estos resultados se dedujo que también en este caso es la naturaleza y
posición de los grupos R de los distintos aminoácidos en las diferentes subunidades la que
determina cuáles han de ser los puntos de contacto entre las mismas, y, por lo tanto, el modo
característico de asociarse unas con otras, es decir, la estructura cuaternaria; los puntos de
contacto vendrán dados por las posibilidades de formación de interacciones débiles del tipo
de las citadas y éstas a su vez de la naturaleza y posición de los distintos grupos R.
Deducimos, pues, que es la estructura primaria de las distintas subunidades la que
determina la estructura cuaternaria de una proteína oligomérica.
Como conclusión podemos afirmar que la secuencia de aminoácidos (estructura
primaria) contiene la información necesaria y suficiente para determinar la
conformación tridimensional de una proteína a sus diferentes niveles de complejidad
(estructuras secundaria, terciaria y cuaternaria).

8.-PROTEÍNAS. RELACIÓN ESTRUCTURA-FUNCIÓN.

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Las proteínas son las

macromoléculas más versátiles de
cuantas existen en la materia viva:
desempeñan un elevado número de
funciones biológicas diferentes.
Cada proteína está especializada en
llevar a cabo una determinada
función.
Entre las funciones de las
proteínas cabe destacar las
siguientes: catalíticas, estructurales,
de transporte, nutrientes y de
reserva, contráctiles o mótiles, de
defensa, reguladoras del
metabolismo, y otras muchas que
determinadas proteínas desempeñan
en organismos concretos.
La función de una proteína
depende de la interacción de la
misma con una molécula a la que
llamamos ligando (en el caso
particular de los enzimas el ligando
recibe el nombre de sustrato). El ligando es específico de cada proteína. A su vez, la
interacción entre proteína y ligando reside en un principio de complementariedad
estructural: el ligando debe encajar en un hueco existente en la superficie de la proteína (el
centro activo) tal y como lo haría una llave en una cerradura (ver Figura 8.21). Sólo aquel o
aquellos ligandos capaces de acoplarse en el centro activo de la proteína serán susceptibles de
interactuar con ella.
Hay que tener en cuenta que este acoplamiento no es meramente espacial, sino que la proteína
"ve" en su ligando, además de la forma, la distribución de cargas eléctricas, sus distintos
grupos funcionales, y, en general, las posibilidades de establecer interacciones débiles con él
a través de los grupos R de los aminoácidos que rodean el centro activo (el ligando "atraca"
en el centro activo como lo haría un barco en un muelle, se establecen entre ambos "amarras"
en forma de interacciones débiles que hacen más estable la asociación).
De lo anteriormente expuesto es fácil deducir que para que una proteína desempeñe su
función biológica debe permanecer intacta su conformación tridimensional nativa. Si se
pierde dicha conformación, y por lo tanto se altera la estructura del centro activo, ya no habrá
acoplamiento entre proteína y ligando (no se "reconocerán") y la interacción entre ambos, de
la que depende la función, ya no tendrá lugar. Como corolario de este razonamiento podemos
afirmar que la función biológica de una proteína depende de su conformación
tridimensional.
En resumen, la secuencia de aminoácidos de una proteína determina su
conformación tridimensional, y ésta, a su vez, su función biológica.

9.-DESNATURALIZACIÓN DE LAS PROTEÍNAS.

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Se entiende por desnaturalización de una proteína la pérdida de la conformación

tridimensional nativa de la misma, pérdida que suele ir acompañada de un descenso en la
solubilidad (las cadenas polipeptídicas de la proteína desnaturalizada se agregan unas a otras
y forman un precipitado que se separa de la disolución). Durante el proceso de
desnaturalización se rompen las interacciones débiles que mantienen estable la conformación
pero se mantienen los enlaces covalentes del esqueleto polipeptídico, es decir, se pierden las
estructuras secundaria, terciaria y, en su caso, cuaternaria, pero permanece intacta la
secuencia de aminoácidos.

La desnaturalización puede ser provocada por diferentes causas o agentes

desnaturalizantes de tipo físico o químico. Destacaremos dos de ellos: uno físico (aumento
de temperatura) y otro químico (alteración del pH).
a) Aumento de temperatura.- Los aumentos de temperatura provocan una mayor
agitación molecular que hace que las interacciones débiles que mantienen estable
la conformación de la proteína terminen por ceder con la consiguiente
desnaturalización.
b) Alteración del pH.- Estas alteraciones causan variación en el grado de ionización
de distintos grupos funcionales (carboxilo, amino, hidroxilo, etc.) implicados
en interacciones débiles que estabilizan la conformación. Estas variaciones
provocan la rotura de dichas interacciones (sobre todo enlaces iónicos y
también puentes de hidrógeno) y por lo tanto la desnaturalización (debido a
ello son tan importantes los tampones que mantienen estable el pH de los
fluidos biológicos).
El proceso de desnaturalización, si se lleva a cabo en condiciones suaves (variaciones
moderadas y graduales de temperatura o pH), es reversible: la proteína puede recuperar su
conformación tridimensional nativa si se restituyen las condiciones iniciales. Este proceso
recibe el nombre de renaturalización. En la Figura 8.22 se ilustra el proceso de
desnaturalización reversible del una cadena polipeptídica. Se ha comprobado en multitud de
experimentos que el proceso de renaturalización conlleva una recuperación de la función
biológica de la proteína (que se había perdido durante la desnaturalización), lo cual constituye
una prueba irrefutable de la singular relación existente entre la secuencia de aminoácidos, la
conformación tridimensional, y la función biológica de una proteína: la secuencia de
aminoácidos, que es lo único que permanece al final del proceso de desnaturalización,
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contiene la información suficiente para que se recupere la conformación tridimensional, y con
ella la función biológica, en el proceso de renaturalización.