Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Teoría 6:
Aminoácidos,
Péptidos y Proteínas.
Generalidades
• Los aminoácidos son biomoléculas que se unen entre si por enlaces peptídicos para
formar polímeros que alcanzan grandes dimensiones.
• Si estos polímeros contienen menos de 100 aminoácidos se denominan Péptidos,
mientras que si son mayores se denominan Proteínas. Estas biomoléculas son de alto
peso molecular y desempeñan numerosas funciones en el organismo.
Proteínas
Péptidos
Aminoácidos
Serán:
• L-aminoácidos los que estructuralmente derivan
de L-gliceraldehído,
• D-aminoácidos los derivados del D-gliceraldehído.
(L)-α-Aminoácido
Química Orgánica II - A. Concellón 5
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Aminoácidos
[Link]ón:
La cadena lateral es no polar, H o alquilo
*
NO POLAR
*
Química Orgánica II - A. Concellón 6
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Aminoácidos
*
POLAR SIN CARGA
*AA esenciales
ESENCIALES NO ESENCIALES
1 Arginina (Arg) Alanina (Ala)
2 Isoleucina (Ile) Asparagina (Asn)
3 Leucina (leu) Ac. Aspártico (Asp)
4 Lisina (Lys) Ac. Glutámico (Glu)
5 Metionina (Met) Cisteína (Cys)
6 Fenilalanina (Phe) Glicina (Gly)
7 Treonina (Thr) Glutamina (Gln)
8 Triptofano (Trp) Prolina (Pro)
9 Valina (Val) Serina (Ser)
10 Histidina (His) (en niños) Tirosina (Tyr)
Química Orgánica II - A. Concellón
Histidina (His) (en adultos) 9
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Aminoácidos
4. ¿Donde están? Proteína vegetal (cada 100g)
Proteína animal (cada 100g) ESPIRULINA SOJA LENTEJAS
57g 36g 28g
MANI POROTO
25g 22g
GARBANZO QUINOA
CARNES ROJAS POLLO PESCADOS 19g
SEITAN 14g
en general 24-25g MARISCOS 19g
18-25g 18-25g
NUECES AVENA
14g 12g TOFU
QUESO HUEVOS
9g
26g 14g
BROCOLI PALTA
4g 2g
YOGURT
LECHE Y
GRIEGO
YOGUR
9g
4g VENTAJAS DE LAS PROTEINAS VEGETALES frente a las de
origen animal.
VENTAJAS DE LAS PROTEINAS ANIMALES •Tienen menos purinas, • No tienen colesterol
frente a las de origen vegetal. por lo que se filtran mejor • Tienen fibra
• Mayor y mejor calidad de aminoácidos (esenciales). • Grasas insaturadas (más • Facilidad de digestión
• Son más nutritivas sanas) • Son más baratas
Química Orgánica II - A. Concellón 10
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Aminoácidos
5.¿Cómo los obtengo?
Hidrólisis
Proteína alimentaria en
el aparato digestivo
Aminoácidos
Química Orgánica II - A. Concellón 11
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Aminoácidos
¿Cómo era?
[Link] Acido-Base:
AH A- + H+ pKa
A +
N H N + H
+
pKa
ácido Base conj Ácido conj base
Ácidos carboxílicos: Aminas:
O O O N
H C HO C F C H H
H
C OH
H
C OH
F
C OH pKa (Ác)=9,3 H
H pKa=4,76 H pKa=3,83 F pKa=-0,23 N
H3C H
O Cl O O H
pKa (Ác)=10,6
C C C
OH OH OH N
Cl pKa=4,52 pKa=4,05 Cl pKa=2,86 H3C H
CH3
pKa (Ác)=10,0
O O O
N
C C C H3C CH3
OH OH OH CH3
H3C pKa (Ác)=9,7
O H O2N
pKa=4,46 pKa=4,19 pKa=3,41
HOO pKa1 ∼ 2
C
pKa2 ∼ 9-10 H2N C H
R pKaR ?
Química Orgánica II - A. Concellón 12
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Aminoácidos
[Link] Acido-Base:
Característica
Nombre Abr. Cadena lateral (-R) pKa1 pKa2 pKaR pI
por grupo R
Glicina Gly -H 2,34 9,6 6,0
Alanina Ala -CH3 2,34 9,87 6,0
Valina Val -CH(CH3)2 2,29 9,74 6,0
Leucina Leu -CH2CH(CH3)2 2,33 9,74 6,0 NO POLAR
Isoleucina Ile -CH(CH3)CH2CH3 2,32 9,76 6,0
Fenilalanina Phe -CH2C6H5 2,20 9,31 5,5
Prolina Pro -CH2CH2CH2- 1,95 10,64 6,3
Serina Ser -CH2OH 2,19 9,21 5,7
Treonina Thr -CH(OH)CH3 2,09 9,1 5,6 Hidroxilados
Tirosina Tyr -CH2-C6H4OH 2,20 9,21 10,46 fenol 5,7
Cisteína Cys -CH2SH 1,92 10,7 8,37 sulfhídrico 5,0 POLAR
Azufrados
Metionina Met -CH2CH2SCH3 2,13 9,28 5,7 SIN CARGA
Asparagina Asn -CH2CONH2 2,14 8,75 5,4
Nitrogenados
Glutamina Gln -CH2CH2CONH2 2,17 9,13 5,7
Neutros
Triptófano Trp -CH2C8H6N 2,46 9,41 5,9
Ácido aspártico Asp -CH2COOH 1,99 9,90 3,90 β-COOH 2,8
Ácidos
Ácido glutámico Glu -CH2CH2COOH 2,10 9,47 4,07 γ-COOH 3,2
POLAR CON
Lisina Lys -(CH2)4NH2 2,16 9,06 10,54 ε-Amino 9,7
CARGA
Arginina Arg -(CH2)3NH-C(NH)NH2 1,82 8,99 12,48 Guanidino 10,8 Básicos
Histidina His -CH2-C3H3N2 Química 1,80
Orgánica II9,33 6,04 imidazol
- A. Concellón 7,6 13
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Aminoácidos
6. Propiedades Acido-Base:
• La presencia de un grupo ácido y un grupo amino en los AA, hace que prevalezca la
estructura dipolar o zwitteriónica y la estructura sin carga esté en una proporción
muy baja o despreciable
–
HO O O O
C C Las sustancias con naturaleza
+ dual se denominan también
H2N C H H3N C H
anfotéricas o anfolitos.
R R
zwitterión
Medio ácido O
–
O HO O • y una base
(H+) +
C
+
C
H3N C H H3N C H
R R
Química Orgánica II - A. Concellón 14
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Aminoácidos
6. Propiedades físicas y Acido-Base:
Ejemplo Glicina:
Las propiedades físicas de los aminoácidos
están influenciadas por los estados iónicos
–
HO O O O
C C de sus grupos ionizables.
+
H2N C H H3N C H
H H
zwitterión Glicina: Apariencia sólido blanco
3
estructura que prevalecerá Densidad 1,607 g/cm
disuelta en agua
Masa molar 75,07 g/mol
Esencial No
HO O pKa1 O O pKa2 OO
A pH bajo o ácido: C C C A pH básico:
prevalece la especie H3N C H = 2,34 H N C H = 9,6 H N C H prevalece la especie
con carga + 3 2
con carga –
H H H
pH < pKa1 pH = pI pH > pKa2
Punto isoeléctrico (pI): pH al cual el aminoácido se encuentra como zwitterión
(especie con carga cero) y en el cual posee la menor solubilidad.
NaOH
HO O pKa1 O O pKa2 O O 𝐶𝐶𝐵𝐵
C C C 𝑝𝑝𝑝𝑝 = 𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝 + log �𝐶𝐶
𝐴𝐴
H3N C H = 2,34 H3N C H = 9,6 H2N C H Ecuación de Henderson-Hasselbalch
H H H Capacidad Buffer CB/CA entre 0,1 y 10
Carga [-1]
[+1] [0]
formal
AA
OO pK2 O O
Cuando se comienza a titular desde C C
un pH por debajo del pK1, en el que H3N C H H2N C H
prevalece la estructura catiónica H H
(+), empieza a formarse la
[0] [-1]
estructura zwitteriónica (0).
HO O pK1 O O
C C
H3N C H H3N C H O O
C
H H
H3N C H
[+1] [0] H [0]
Lisina:
pH
HO O pKa1 OO pKa2 OO O pKaR O 12
C C C C
10
H3N C H 2,16 H3N C H 9,06 H2N C H 10,54 H2N C H
8
CH2 CH2 CH2 CH2
6 [0]
CH2 CH2 CH2 CH2
4
CH2 CH2 CH2 CH2 2
CH2 CH2 CH2 CH2 0
NH3 NH3 NH3 NH2 0 0,5 1 1,5 2 2,5 3 3,5
Eq OH
[+2] [+1] PI=9,8 [0] [-1]
Ac Aspártico: pH
pKa1 pKaR pKa2 12
HO O O O O O O O
C C C C 10
H3N C H 1,99 H3N C H 3,90 H3N C H 9,90 H2N C H 8
[0]
CH2 CH2 CH2 CH2 6
4
C C C C
O OH O OH O O O O 2
0
[+1] PI=2,9 [0] [-1] [-2] 0 0,5 1 1,5 2 2,5 3 3,5
Eq OH
Química Orgánica II - A. Concellón 18
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Aminoácidos:
7. Electroforesis: utiliza una corriente eléctrica controlada con la finalidad de separar
biomoléculas según su tamaño y carga eléctrica.
Cátodo Ánodo
-1
A igual tamaño, migra más
la molécula más cargada -2
Tipos de soporte:
-2 -No restrictivo: tamaño del poro >>> moléculas,
A igual carga, migra más la
molécula menor tamaño no opone impedimento al paso →separación
-2 sólo por carga
Ej: acetato de celulosa, papel, agar
-Restrictivo: tamaño del poro ∼ moléculas,
opone impedimento al paso →separación por
tamaño (tamiz molecular)
Ej: acrilamida
Química Orgánica II - A. Concellón 19
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Aminoácidos:
7. Electroforesis horizontal: No restrictivo: Se mueven sólo por carga
O O O
H3N H3N H3N
O O O
O Asp Lys Ala
NH3
Inicio:
Siembra a pH 6
Final:
Luego de aplicar
campo eléctrico y
revelar por tinción
La Lys+ se mueve El Ala no El Asp- se mueve hacia el
hacia el electrodo - se mueve electrodo +
Inicio:
-Se prepara el gel.
-Se lo coloca en la
cubeta.
-Siembra de la muestra
Las moléculas
más pequeñas
se mueven más
Menor peso
molecular
• Los AA, péptidos y/o proteínas se separan por su punto isoeléctrico (pI, pH en el que la carga es = 0)
Si pH > pI: carga (-)
Si pH < pI: carga (+)
• Gel de poliacrilamida (PAGE) con gradiente de pH (solución de anfolitos).
A pI=6 [+]
B pI=7
[-]
Siembra Desarrollo y
revelado
O O O
+ -
R H H3O R H R1 OH R H R1
C O C OH + C O
H3O
NH3 NH3 NH3
O
O -
O O
R H OH R H R1 Cl R H
O O O +HCl
C C C
NEt3
NH3 NH2 HN R1
O HO O
O N
OH R R H
OH CO2 3H2O
OH Leu
NH2 OO O
O
Ninhidrina α-AA Ala
Color Azul-Violeta
Glu
λ = 570 nm
Revelado de TLC
Otra utilidad: determinación de la concentración Revelado de de αA-A
de proteínas por análisis de aminoácidos. huellas dactilares
• A cada uno de los aminoácidos que forman el dipéptido le queda libre o el grupo amino o el
grupo carboxilo.
enlace
Cisteína oxidación
disulfuro
Cistina
reducción
Cisteína
N-terminal C-terminal
Arg-Ala-Gly-Arg-Glu-Ala-Met-Lys
1. Hidrólisis Total: R1 R3 R5
R1 O R3 O R5 OH OH OH
H H HCl 6N H3N H3N H3N
N N OH O O O O O
H3N N N
H H 100°C H3N H3N
O R2 O R4 O OH OH
R2 R4
H3N+-- --COOH
R1 R1 R1 R1
H H H H
N + AH N + H O N N + AH
H3N H3N 2 H3N H3N
O R2 OH R2 H2O OH R2 HO OH R2
A A
R1 R1 H H H H R1 R1
H
N + AH N N + OH O + AH
H3N H3N H3N H3N
HO OH R2 HO OH R2 A
R2 OH OH
Se protona inmediatamente
Química Orgánica II - A. Concellón 30
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Péptidos:
[Link]álisis y secuenciación:
S R1 O R3 O R3
C H 1 Base N
N N O ) S O H3N OH
H3N N N
H 2) HCl N H
O R2 O R2 O
H R1
Feniltiohidantoína 1) Base
2) HCl
R3
S N O OH
H3N
N
H R2 O
Feniltiohidantoína
-
Se pueden secuenciar hasta 30 40 AA
Limitaciones: no se puede aplicar
a péptidos con amino bloqueado
S R1 O R3 S R1 O R3
C H Base H
N N O N O
H3N N N N N
H H H H
O R2 O O R2 O
. -
2 Ruptura del enlace amida AA1 AA2 y f ormación de un ciclo tiazolona por ciclación del S al C=O:
SO H H O R3
N O HCl N S O
HN N H3N O
H N N
N R2 O H
H R1 R1 R2 O
Tiazolona
. er ura e an o azo ona or e ec o e c o rec c ac n ara ormar una en o an o na:
3 Ap t d l ill ti l p f t d l á id y i l ió p f f ilti hid t í
H
H S S O
N O N Cl
S N O
N N
R1 R1 Feniltiohidantoína
H N
H
Cl Cl H R1
Química Orgánica II - A. Concellón 33
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Péptidos:
[Link]álisis y secuenciación:
3. Determinación de extremo C-terminal:
3.1. por Hidrazinólisis:
R1 O R3 R1 R3
H H O
H2N N O N O
NH2 H2N N H2N NH2 H2N NH2 H2N
H N
O R2 O O H O
R2
El péptido se hace reaccionar con hidrazina (NH2-NH2) provocando El AA C-terminal aparece como AA libre y
la ruptura de todos los enlaces peptídicos por conversión de todos puede ser identificado con facilidad (ej.
los AA, excepto el AA C-terminal, en hidracidas. cromatografía).
(El reactivo rompe enlaces amida en los NR de la Asn y Gln)
4.2. Hidrólisis enzimática : Enzimas (proteasas o peptidasas) que catalizan la ruptura hidrolítica de los
enlaces peptídicos. Son muy selectivas, ya que algunas proteasas cortan el enlace peptídico adyacente
a un residuo de AA en particular.
•Tripsina: enzima digestiva que cataliza la hidrólisis de los enlaces peptídicos internos que contienen un grupo
carbonilo aportado por uno de los aminoácidos básicos con carga positiva (Lys o Arg)
•Quimotripsina: enzima que cataliza la hidrólisis de los enlaces peptídicos internos que contienen un grupo
carbonilo aportado por uno de los aminoácidos aromáticos (Phe, Tyr, Trp)
R1 O R3
H
N O
H2N N
H
O R2 O
Lys Phe
Arg tripsina Tyr quimotripsina
Trp
Ejemplo: ¿Cuál es la estructura de un nonapéptido que produce los siguientes fragmentos al ser hidrolizado.
- Hidrólisis con tripsina: Val-Val-Pro-Tyr-Leu-Arg y Ser-Ile-Arg.
- Hidrólisis con quimotripsina: Leu-Arg y Ser-Ile-Arg-Val-Val-Pro-Tyr. Ser-Ile-Arg-Val-Val-Pro-Tyr-Leu-Arg
tripsina tripsina
quimotripsina 35
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Péptidos:
[Link]álisis y secuenciación:
reducción
Cistina Cisteína
Ejemplo
Se tiene un péptido desconocido al que se le efectuaron las siguientes determinaciones
1. Reacción de Sanger se obtuvo N-(2,4-dinitrofenil)glicina. Gly …………
2. Hidrólisis con la enzima carboxipetidasa: alanina libre. …………..Ala
3. Hidrólisis parcial: un tripéptido y un dipéptido, cuyas
composiciones fueron: Val2, Gly y Ala, Gly Gly Gly
Val Ala
respectivamente. Val
4. A estos fragmentos se les hizo reacción Edman: Gly
Gly-Val-Val Gly-Ala
marcada.
Gly-Val-Val-Gly-Ala
Química Orgánica II - A. Concellón 37
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Péptidos:
3. Síntesis de Péptidos:
O O O O
1) NaOH H HBr
H3N O N CO2 H2N
O X O OH CH2 OH
+ o
tert-butiloxycarbonilo CH3 2) H O CH3 CH3
BOC F3CCOOH
BOC
X= Cl, N3 , OC(CH3)3
R=Me, Et
OH O O CH3
O + H2/ Pd/C
H
H3N H3N H3N
O O OH
H H H
Alcohol bencílico
Formación del enlace peptídico en presencia del activador del grupo carboxílico(Y):
Pasos 3 y 4: N,N'-diciclohexilcarbodiimida (DCC)
N
C
O O N O H
H H
O N H3N O N O
OH O N
H
O CH3 H O CH3 O
O
C Diciclohexilurea
N N
H H
. Mecanismo- de formación del enlace peptídico en presencia del activador del carboxílo(Y):
1 Formación de la O acilisourea (Paso 3):
O N O N
H H
O N C O N
O O NH
N
O CH3 H O CH3
DCC
. -
2 Adición del grupo amino a la O acilisourea para f ormar un intermediario tetrahédrico (Paso 4):
H
O N H O O N
H H
O N HN O N
O NH O O NH
O CH3 H O H3C N H
O
. O
2 Eliminación de la diciclohexilurea y f ormación del enlace peptídico:
H
O N
H O H O
O N H
O NH O N O C
N N N
O H3C N H H H H
O CH3 O
O
Química Orgánica II - A. Concellón 43
O
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Péptidos:
3. Síntesis de Péptidos: en fase sólida (Merrifield)
poliestireno
Arg-Ala-Gly-Arg-Glu-Ala-Met-Lys
. -
1 Anclaje del AA C terminal a la resina, antes se debe proteger el grupo amino con BOC:
O O
H H
O N O N
O Cl O
. es ro O H - erm na anc a o a aOres na H
2D p t ecc n e ru
ió d l g p o am no e
i d l AA C t i l l d l i
O O
H
O N HBr H3N
O O
O H H
. ormac n e en ace e -
3F ió d l l p ptídi co en presenc i d DCC, entre el AA C terminal anclado a la resina y
a e
-
el AA N terminal con el grupo amino previamente pretegido con BOC:
O O O CH3 O
H H
O N H2N NCN N
O O O N O
H
. O CH3 - H O H
4 Desprotección del AA N terminal del péptido anclado a la resina:
O CH3 O CH3 O
H H
N HBr N
O N O H3N O
H
. O H O H
5 Liberación del péptido anclado a la resina:
CH3 O CH3 O
H H
N HF N
H3N O H3N OH
O H O H
Química Orgánica II - A. Concellón 45
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Péptidos:
4. Ejemplos de péptidos:
SH
O O
H H
N N O
H3N N N
H H
O O O
- REACCIÓN DE
BIURET
Tripéptido o mayor
(al menos 2 uniones
2+
Cu2+/OH- peptídicas)
(excepto Histidina)
Reactivo de Biuret
Péptido (púrpura-violáceo)
(azul)
Si contiene
AA azufrados
- REACCIÓN CON aminoácidos OH-
péptidos azufrados + (CH3COO-)2 Pb SPb Cys
ACETATO DE PLOMO Met
proteínas (negro)
NIVELES ESTRUCTURALES
Estructura Estructura Estructura Estructura
Primaria Secundaria Terciaria Cuaternaria
Es la secuencia de Describe cómo los Describe cómo toda la Describe cómo las moléculas
AA que componen la segmentos del molécula de proteína se de proteínas diferentes se
proteína. Cuales, esqueleto del enrolla en una forma integran para producir
cuantos y en que péptido se tridimensional global. estructuras agregadas
orden están en la orientan en un grandes.
cadena. patrón regular.
¿En serio?
- Puente S-S entre Cys son los
responsables de la
ondulación del pelo.
Puente disulfuro
- Gly y Ala (residuos
no es parte de la
pequeños) están en mayor %
estructura en la seda y no en la lana.
primaria
- reemplazo de Glu por Val en
la hemoglobina es causa de
anemia falciforme.
¿Cómo se inicia?
• La transcripción de ADN a ARN: de esta manera el ARNm
traslada la información genética del ADN del núcleo hasta los
ribosomas en el citoplasma.
• La traducción de ARN a proteínas: en los ribosomas, se
convierte la información de una secuencia de bases del ARNm
en una secuencia de aminoácidos que conforman una proteína.
- Hay codones que indican el INICIO y FIN de la síntesis de
proteínas.
- Luego de que los AA están ya ordenados, una enzima los une
químicamente.
Química Orgánica II - A. Concellón 51
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Proteínas:
3. Estructura SECUNDARIA:
• Es la disposición espacial local del esqueleto proteico Puentes de hidrógeno NH Amida
(Donor de H) y C=O Amida (Aceptor de H)
• Existen fundamentalmente 2 tipos de estructuras secundaria: α -hélice y Lamina β-plegada
ALFA HÉLICE:
Mioglobina
Colágeno
Química Orgánica II - A. Concellón 54
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas
Proteínas:
5. Estructura CUATERNARIA:
• Solo está presente si hay mas de una cadena polipeptídica. Con varias cadenas
polipeptídicas, la estructura cuaternaria representa su interconexión y organización.
• La estructura cuaternaria considera:
1) El número y la naturaleza de las distintas subunidades o cadenas polipeptídicas
que integran la proteína completa y;
2) La forma en que se asocian entre sí para dar lugar a dicha proteína completa.
Las fuerzas que las mantienen unidas resultan de la presencia de ciertos aminoácidos en
posiciones definidas.
• Una proteína desnaturalizada cuenta únicamente con su estructura primaria. Por este motivo, en
muchos casos, la desnaturalización es reversible.
• El proceso mediante el cual la proteína desnaturalizada recupera su estructura nativa se llama
renaturalización.
• Esta propiedad es de gran utilidad durante los procesos de aislamiento y purificación de proteínas,
ya que no todas la proteínas reaccionan de igual forma ante un cambio en el medio donde se
encuentra disuelta.
• En algunos casos, la desnaturalización conduce a la pérdida total de la solubilidad, con lo que la
proteína precipita. La formación de agregados fuertemente hidrofóbicos impide su renaturalización,
y hacen que el proceso sea irreversible.
Renaturalización de la ribonucleasa A.
Cuando los investigadores añadían agentes
desnaturalizantes como urea o β-
mercaptoetanol, la proteína se desnaturalizaba.
Si estos agentes eran retirados, la proteína volvía
a su conformación nativa y podía desempeñar su
función con una eficiencia de 100 %.
CLASIFICACION DE PROTEINAS
FUNCIÓN
Enzimas Prot. transportadora Prot. contráctiles
ADN polimerasa Hemoglobina Actina, miosina
Replica y repara Transporta O2 a las Provoca la
el ADN células contracción de los
músculos
Prot. protectoras
Anticuerpos Hormonas
Complejo con Insulina Reserva
proteínas externas Regula el Ovoalbúmina Lactoalbúmina
metabolismo En clara En leche
de la glucosa de huevo
Toxinas
Veneno de serpiente
Incapacita a la presa