“ImageJ: Descripción de procesamiento

de imagen digital”
TALLER I

Natalia Junco Hernández Nicolás

Ruiz Díaz

Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia

Tunja - Boyacá
2020
“ImageJ: Descripción de procesamiento
de imagen digital”
TALLER I

Natalia Junco Hernández Nicolás

Ruiz Díaz

Presentado a:

Javier Humberto Cuervo A.

GEOMATICA

Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia

Tunja - Boyacá
2020
 “ImageJ: Descripción de
procesamiento de imagen digital”
T A L L E R I

TABLA DE CONTENIDOS

VENTANA DE IMAGEJ .................................................................................................................

8
Comandos de Menú ..........................................................................................................................
8
Menú Archivo: ............................................................................................................................. 8
New (Nuevo): ...........................................................................................................................
9
Open (Abierto): ......................................................................................................................
10
Open Next (Abrir siguiente): ..................................................................................................
10
Open Samples (Muestras abiertas): ........................................................................................
11
Open Recent (Recientemente abierto):...................................................................................
11
Import (Importar): ..................................................................................................................
12
Close (Cerrar): ........................................................................................................................
14
 Close All (Cerrar Todo): ........................................................................................................
14
Save (Guardar): ......................................................................................................................
14
Save All (Guardar todo): ........................................................................................................
15
Revert (Revertir): ...................................................................................................................
15
Page Setup (Configuración de la página): ..............................................................................
16
Print (Impresión): ...................................................................................................................
17
Quit (Dejar): ...........................................................................................................................
17
Menú Editar: ............................................................................................................................... 17
Undo (Deshacer): ...................................................................................................................
17
Cut (Cortar): ...........................................................................................................................
17
Copy (Copiar): ........................................................................................................................
17
Copy to System (Copiar el Sistema): .....................................................................................
18
Paste (Pegar): ..........................................................................................................................
18
Paste Control (Panel de Control): ...........................................................................................
18
Clear (Limpiar): ......................................................................................................................
18
Clear Outside (Limpiar a fuera): ............................................................................................
18
Fill (Rellenar): ........................................................................................................................
18
Draw (Dibujar): ......................................................................................................................
18
Invert (Invertir): ......................................................................................................................
19
Selection (Selección): .............................................................................................................
19
Options (Opciones): ...............................................................................................................
19
Menú Imagen: ............................................................................................................................ 20
Type (Tipos): ..........................................................................................................................
20
 Adjust (Ajuste): ......................................................................................................................
21
Properties (Propiedades): .......................................................................................................
24
Color: ......................................................................................................................................
25
Stacks (Pila): ..........................................................................................................................
28
Hyperstacks: ...........................................................................................................................
30
Crop (Recortar): .....................................................................................................................
30
Duplicate (Duplicar): ..............................................................................................................
31
Rename (Renombrar): ............................................................................................................
31
Scale (Escala): ........................................................................................................................
31
Transform (Transformar): ......................................................................................................
32
Zoom: .....................................................................................................................................
33
Overlay (Cubrir): ....................................................................................................................
33 Lookup Tables (Tabla de
búsqueda): ..................................................................................... 34
Menú Procesos: ..........................................................................................................................
35
Smooth (Liso): ........................................................................................................................
35
Sharpen (Afilar): ....................................................................................................................
35
Find Edges (Encontrar Bordes): .............................................................................................
36
Find Maxima (Maximos): ......................................................................................................
36
Enhance Contrast (Mejoramiento de Contraste): ...................................................................
37
Noise (Ruido): ........................................................................................................................
37
Shadows (Oscuridad): ............................................................................................................
39
Binary (Binario): ....................................................................................................................
40
 Math (Matematicas): ..............................................................................................................
42
FFT: ........................................................................................................................................
44
Filters (Filtros): ......................................................................................................................
47
Batch (Lote): ..........................................................................................................................
51
Image Calculator (Calculadora de Imagen): ..........................................................................
52
PSubtract Background : ..........................................................................................................
52
Repeat Command (Repita el Comando):................................................................................
52
Menú Analizar ............................................................................................................................
52
Measure (Medida): .................................................................................................................
53
Analyze particles (Analizar Partículas): .................................................................................
53
Summarize (Resumir): ...........................................................................................................
54
Distribution (Distribución): ....................................................................................................
54
Label (Etiqueta): .....................................................................................................................
54
Clear results (Resultados claros): ...........................................................................................
54
Set Measurements (Establecer mediciones): ..........................................................................
54
Set scale (Establecer escala): ..................................................................................................
55
Menú complementos: .................................................................................................................
59
Macros: ...................................................................................................................................
60
Shortcuts (Atajos): ..................................................................................................................
61
Utilities (Utilidades): ..............................................................................................................
61
New (Nuevo): .........................................................................................................................
63
Menú Ventana ............................................................................................................................
64
 Show all (Mostrar todo): ........................................................................................................
64
Put behind (Poner detrás): ......................................................................................................
64
Cascade (Cascada):.................................................................................................................
64
Tile (Azulejo): ........................................................................................................................
64
Menú Ayuda ...............................................................................................................................
65
ImageJ Website (Sitio web de ImageJ): .................................................................................
65
ImageJ News (Noticias ImageJ): ............................................................................................
65
Documentation (Documentación) ..........................................................................................
65
Installation (Instalación) .........................................................................................................
65
Mailing List (Lista de correo): ...............................................................................................
65
Dev Resources (Dev. Recursos) .............................................................................................
66
Pligins (Complementos): ........................................................................................................
66
Macros: ...................................................................................................................................
66
Macro Functions (Funciones macro):.....................................................................................
66
Update ImageJ (Actualizar ImageJ): ......................................................................................
66 Refresh menus (Actualizar
menús): ....................................................................................... 66
About plugins (Acerca de los complementos): ......................................................................
66
About ImageJ (Acerca de ImageJ): ........................................................................................
66
Barra de Herramientas ....................................................................................................................
66
Herramienta de selección rectangular: .......................................................................................
66
Herramienta de selección ovalada ..............................................................................................
66
Herramienta de selección poligonal: ..........................................................................................
66
 Herramienta de selección a mano:..............................................................................................
67
Herramienta de selección: ..........................................................................................................
67
Herramienta de ángulo: ..............................................................................................................
67
Herramienta de puntos: ..............................................................................................................
67
Herramienta varita ......................................................................................................................
67
Herramienta de texto: .................................................................................................................
67
Lupa: ...........................................................................................................................................
67
Herramienta de desplazamiento: ................................................................................................
67
Selector de color: ........................................................................................................................
67
Menú de desarrollador ................................................................................................................
68
Menú de pilas .............................................................................................................................
68
Cepillo de recubrimiento ............................................................................................................
69
Llenadora de inundaciones: ........................................................................................................
69
Flecha: ........................................................................................................................................
70
Barra de Estado (BAR): .................................................................................................................
70
Cuadro de Control: .........................................................................................................................
70
TALLER DE IMAGES ..................................................................................................................
71
IMAGEN 19r ..............................................................................................................................
71
Imagen Inicial: ........................................................................................................................
71
Imagen Final: ..........................................................................................................................
76
IMAGEN 20r ..............................................................................................................................
77
Imagen Inicial: ........................................................................................................................
77
 Imagen Final: ..........................................................................................................................
81
REFERENCIAS .............................................................................................................................
82
 1VENTANA DE IMAGEJ

Se presenta la ventana de ImageJ y se divide en 4 barras las cuales son Comandas de menú,
Barra de herramientas, Barra de estados y Cuadro de control que se explicaran más a detalle en el
desarrollo del documento.

4
1
2
3

Figu ra 1. Ventana de ImageJ.

1.1Comandos de Menú
En esta barra se presentan los diferentes comandos que ofrece ImageJ. Estos se clasifican en
ocho menús: File (Archivo), Edit (Editar), Image (Imagen), Process (Procesos), Analyze
(Análisis), Plugins (Complementos), Window (Ventana) y Help (Ayuda)

Menú Archivo: Aquí encontramos las herramientas necesarias para abrir, cerrar, guardar e
imprimir imágenes en todos los formatos existentes en ImageJ. Más adelante ahondaremos en
cada una de las funciones que este contiene este menú.

Figura 2. Menú archivo.

11
New (Nuevo): Esta ventana despliega las opciones de nueva imagen, hyperstacks y ventana de texto
que nos permite iniciar de ceros cualquier proyecto que deseemos emprender.

Figura 3. Submenú New.

Image (Imagen): Nos permite crear una imagen o pila. Se despliega un cuadro de texto donde
podemos meter las especificaciones de la imagen ya sea el Titulo, ancho y ancho y tipo de
imagen si es a blanco y negro 8 bits, escala de grises de 16 bits (sin signo), escala de grises de 32
bits (flotante) o color RGB.

Figura 4. Cuadro de texto de imagen.

- Hyperstack: Es otra forma de crear imágenes este comando facilita la creación de imágenes
con datos más específicos.

12
 Figura 5. Cuadro de texto de Hyperstack.

- Text Window (Ventana de texto): Crea una ventana de texto.

- Internal Clipboard (Porta papeles): Esta ventana guarda todo lo que es eliminado, también lo
que se ha cortado, pegado o copiado.
- System Clipboard (Porta del sistema): Da acceso al contenido del sistema operático de los
archivos copiados, cortados y pegado.

Open (Abierto): Abre una imagen o crea una nueva ventana donde se puede visualizar estas
imágenes deben tener formatos TIFF, GIF, JPEG, DICOM, BMP, PGM o FITS . También se
pueden abrir tablas y archivos de texto. Esto se puede realizar con el comando Ctrl+O y lo
direcciona a la carpeta de documentos del computador allí se debe seleccionar el documento a
exportar.

Open Next (Abrir siguiente): Este nos da la opción de abrir otra imagen o archivo sin cerrar el
anterior y trabajar simultáneamente los dos archivos.
Open Samples (Muestras abiertas

13
Open Recent (Recientemente abierto):

Figura 7. Submenú de Open Recent.

Import (Importar): Contiene un submenú el cual se encuentra complementos del lector de imágenes
instalados.

Figura 8. Submenú de Import.

- Image Sequence (Secuencia de imagen): Este tiene la función de abrir una serie de imágenes
según se le ordene esto se le llama Pila.

14
 Figura 9. Opciones de Secuencia de Imagen.
 Number of Images (Numero de imágenes): Se dé especificar el número de
imágenes que se quieren abrir de la pila.
 Starting Image (Imagen de inicio): Se debe decir en que numero de imagen
se inicia a cargar la pila.
 Increment (Incremento): Son los intervalos que se desea para que se abran
las fotos. Es decir si tengo una pila de 12 y el intervalo es de 3 se abrirán
solo 4 imágenes.
 Scale Images (Escala de imagen): Es recomendable abrirla a un 100% ya
que menos de este los datos de la imagen empezaran a reducirse.
 File Name Contains (Nombre del archivo): Este contiene un espacio para
ponerle el nombre al archivo dado respectivamente por cada usuario.
 Convert to RGB (Convertidor a RGB): Esta opción nos permite abrir una
pila de imágenes en RGB y escalas de grises. Si se tienen desmarcada esta
opción y la primera imagen es en 8 bits las demás se convertirán en 8 bits.
 Sort Names Numerically (Ordenar Numéricamente el Nombre): Nos brinda
la opción de abrir las imágenes No por orden alfabético sino numérico y lo
mejora ya que tiene en cuenta los valores del número de imagen y el
número de serie.

15
  Use Virtual Stack (Usar Pila Virtual): Cuando se marca esta opción las
imágenes se transforman a un archivo virtual de lectura. Esto se usa para
guardar las imágenes en la RAM y que utilicen menos espacio en este
proceso se pierden muchos datos cuando se vuelven abrir con Virtual Stack
Opener plugin.
- LUT: Tiene la función de abrir tablas sin formato, en formato LUT o en formato ImageJ. Los
archivos LUT sin procesar contienen 768 bytes de largo y contienen 256 rojos, 256 azules y
256 verdes.
- Text Image (Imagen de Texto): Tiene la capacidad de abrir imágenes que están comprimidas en
texto. Los archivos deben ser de 32 bits o menos para que los tabuladores puedan replicarla
como una imagen real, el tamaño de la imagen está delimitado por el número de palabras y de
líneas que se encuentran en el archivo.
- Text File (Archivo de Texto): Abre los archivos de texto esta misma acción se puede realizar
dirigiéndose directamente a la carpeta y arrastrando el archivo al programa.
- Results (Resultados): Se encarga de abrir cualquier pestaña o archivo de texto que se determine
por comas.
- Tables (Tablas): Abre todos los archivos de ImageJ que contengan tablas.
- URL: Nos permite abrir imágenes y archivos que no se encuentren en el computador sino en la
red usando una URL. También cuenta con la opción de abrir archivos ZIP con URL que
contiene diversas imágenes DICOM.

Figura 10. Espacio de inversión de URL.

- Stack From List (Lista de Pilas): Tiene la propiedad de abrir pila o pila virtual por medio de
archivos de texto o de URL conteniendo la misma ruta de archivos de imagen. Estas imágenes
deben ser del mismo tipo y tamaño.
- TIFF Virtual Stack (Pila virtua TIFF): Abre archivos TIFF como pila virtual.

16
 - AVI: Es utilizada una versión avanzada para abrir archivos tipo AVI. También abre (JPEG o
PNG comprimido o sin comprimir) como una pila o virtual Esta opción recuera la velocidad de
la animación de la imagen.
- XY Coordinates (XY Coordenadas): Importa archivos con 2 columnas creados como XY
Coordinates. Se crea cuna sección de polígono sobre la imagen actual.

Close (Cerrar): Cierra la imagen activa sin guardar los cambios que se han realizado.

Close All (Cerrar Todo): Cierra todas las imágenes abiertas antes de cerrar muestra un aviso de
advertencia y hay cambios sin guardar.

Save (Guardar): Guarda las imágenes en formato TIFF que es el formato predeterminado por ImageJ.
Save All (Guardar todo): Da la opción de guardar los archivos en el formato deseado como
imágenes en TIFF, GIF, JPEG, AVI hasta tablas de búsqueda, resultados de medición, secciones
y Coordenadas XY.

17
 Figura 11. Submenú de Save All.

Revert (Revertir): Es un atajo de volver abrir la imagen, pila o hyperstack sin los cambios que
se realizaron anteriormente, vuelve y deja la imagen con el último estado guardado. No en todos
los casos funciona y más si es de un formato no nativo abiertos a través de complementos como
OME.

Page Setup (Configuración de la página): Nos permite configurar las opciones de impresión.

Figura 12. Opciones de Page Setup.

- Scale (Escala): Los valores inferiores a 100% reducen la imagen y mayor a 100%, El
100% corresponde a 72 ppi (pixeles por pulgada) y este es el tamaño en la pantalla sin
zoom.
- Draw border (Dibujar borde): Si es una imagen de ImageJ se imprimirá con un borde
negro de aproximadamente un pixel de ancho en la periferia de la imagen.
- Center on page (Centrar en la página): Si es una imagen se encuentra marcada se
imprimirá en el centro de la hoja en vez de la esquina superior izquierda.
- Print title (Imprimir título): Si es una imagen se encuentra marcada se imprimirá el título
en la parte superior de la página.
- Rotate 90◦ (Girar 90°): Si la imagen se encuentra marcada esta se rotara 90° a la izquierda
antes de ser impresa.

18
 - Print actual size (Imprimir tamaño actual): Se considera la información DPI que contiene
el encabezado de la imagen para así ser analizada y convertida en unidades de pulgada.

Print (Impresión): Imprime directamente la imagen actual las configuraciones se realizan con la Page
Setup ya anterior hablada.

Quit (Dejar): Sale un aviso emergente que solicita guardar todas las imágenes trabajadas antes de salir
del programa también puede salir de ImageJ con el botón X del cuadro de control.

Menú Editar: Aquí encontramos las herramientas necesarias para poder modificar de mejor
manera los archivos como el poder deshacer pasos, cortar, copiar y modificar el panel de control
que nos ayuda acomodar a gusto el programa para que sea de nuestro agrado.

Figura 13. Submenú Edita.

Undo (Deshacer): Es usado para deshacer una acción o rehacer.

Cut (Cortar): Ejecuta la acción de copiar en el porta papeles interno la imagen actual, también se
copia el color del fondo actual.

19
Copy (Copiar): Se encarga de copiar el contenido actual en el portapapeles interno. Si se tiene
seleccionada una parte de la imagen será esta la que se copia y los datos de dicha imagen serán
mostrados en la barra de estado bar.
Copy to System (Copiar el Sistema): Copia el contenido de la imagen completa o sección en el porta
papeles del sistema también copia archivos de texto y de resultados de medidas entre otros.

Paste (Pegar): Inserta el contenido del portapapeles interno (en caso que este portapapeles este
vacío se insertaran archivos guardados en el portapapeles del sistema) en la imagen activa. Esta
imagen o archivo quedara seleccionada para ubicarse en el lugar adecuado para finalizar la acción
es enserio hacer clic en la imagen actual.

Paste Control (Panel de Control): Este es el panel de control después de haber pegado el
archivo este nos permite controlar como se transfiere. Excepto para Blend y Transparent, los
pixeles de estas imágenes se calculan por defecto haciendo que se mezclen los pixeles
negros/blancos se vuelven trasparentes y los otros se copian sin cambios.

Figura 14. Submenú Paste Control.

Clear (Limpiar): Borra el contenido de la sección por el tono que se tiene de fondo. Las teclas
Supr y Backspace son atajos para este comando. En caso de la Pila nos aparece un mensaje
emergente que nos da la opción de borrar la sección en todas las imágenes, si se desea saltar este
mensaje se debe usar la tecla Backspace.

Clear Outside (Limpiar a fuera): Borra el color de fondo de la imagen actual.

Fill (Rellenar): Rellena la sección seleccionada con el color de primer plano actual, Con la pila
se aparece un cuadro de dialogo dando la opción de rellenar la sección de todas las imágenes de
la misma, para evitar el dialogo solo oprime la tecla F.

20
Draw (Dibujar): Debe seleccionarse una parte de la imagen y el contorno será demarcado con el color
de primer plano actual y el ancho de line delimitado. Los colores de fondo también se pueden
configurar con el comando de editar. En la sección de Pila nuestra un cuadro de dialogo el comando a
usar es Ctrl+D.

Invert (Invertir): Genera una imagen invertida, similar a un negativo fotográfico en la sección
seleccionada o en la totalidad de la imagen.

Selection (Selección): Nos muestra todas las formas de selección.

Figura 15. Formas de selección del Menú Selection. Tomada (Ferreira y Rasban, 2012)

Options (Opciones): La mayoría de configuraciones de este submenú son de preferencia del usuario e
ImagenJ.

21
 Figura 16. Submenú Options.
Menú Imagen: Aquí encontramos comandos que nos ayudan a configurar a la imagen
según la necesidad del usuario nos permite modificarle el color, tamaño, tipo, superposiciones,
colores, canales entre muchas otras que a continuación explicaremos con más detalle.

22
 Figura 17. Menú Image.

Type (Tipos): Este submenú es usado para determinar el tipo de imagen o para convertirla a otro tipo.

Figura 18. Submenú Type.

- 8–bit: Convierte a escala de grises de 8 bits. ImageJ convierte imágenes de 16 bits y 32 bits a 8
bits.
- 16–bit: Convierte a escala de grises sin signo de 16 bits.
- 32–bit: Convierte a escala de grises de 32 bits s con signo.

23
 - 8–bit Color: Convierte a color indexado de 8 bits utilizando la cuantificación de color de corte
medio de Heckbert.
- RGB Color: Convierte a color RGB de 32 bits.
- RGB Stack: Se convierte en una pila de 3 cortes (rojo, verde, azul). La imagen activa debe ser
RGB.
- HSB Stack: Se convierte en una pila de 3 cortes (matiz, saturación y brillo). La imagen activa
debe ser de color RGB.

Adjust (Ajuste): Este submenú contiene comandos que ajustan el brillo / contraste, los niveles de
umbral y la imagen.

Figura 19. Submenú Adjust.

- Brightness/Contrast (Brillo / Contraste): Esta herramienta es usada para alterar interactivamente

el brillo y el contraste de la imagen. Con 8 bits las la imagen se cambian al actualizar la tabla de
búsqueda de la imagen (LUT), los valores de los píxeles no cambian. Con imágenes de 16 bits
y 32 bits, la pantalla se actualiza al cambiar la asignación de los valores de píxeles a los valores
de visualización de 8 bits, por lo que los valores de píxeles de píxeles tampoco se modifican.

24
 Figura 20. Opciones de B&C de la imagen FlurescentCells.

- Window/Level (Ventana / Nivel): (B&C) es redundante ante (W&L) ya que tiene una función
de contraste muy similar pero la segunda es más usada en caso médico para contrastar áreas
más específicas.

Figura 21. Opciones de W&L de la imagen FlurescentCells.

- Color Balance (Balance de Color): Este panel realiza ajustes en el brillo y el contraste de un
solo color de una imagen RGB estándar (8 bits por canal de color).

25
 Figura 22. Color Balance de la imagen FlurescentCells.

- Threshold (Limite): Utilice esta herramienta para establecer de forma automática o interactiva
los valores de umbral inferior y superior, segmentando imágenes en escala de grises en
características de interés y fondo.
- 5 Color Threshold (Umbral de 5 colores.): Umbrales Imágenes RGB de 24 bits basadas en
saturación de tono y brillo (HSB), rojo verde y azul (RGB), componentes CIE Lab o YUV. Los
rangos de los filtros se pueden configurar manualmente o basado en los componentes de valor
de píxel de un ROI definido por el usuario.

Figura 23. Submenú 5 Color Threshold (Ferreira y Rasban, 2012)

- Size (Talla): Tiene la propiedad de ajustar la imagen a un ancho y alto en pixeles específicos
mantiene la relación del aspecto original. Es una manera muy eficaz de cambiarle el tamaño a
la imagen sin perder datos importantes de la misma.

26
 Figura 24. Submenú Size

- Line Width (Grosor de línea): Como dice el nombre de la herramienta sirve para ajustar el
grosor de línea de los pixeles, se abre de manera más imple dando doble clic sobre sección de
línea.
- Show Info (Mostrar información): abre una ventana emergente con un archivo de audio que nos
especifica todos los datos pertenecientes a la imagen.

Properties (Propiedades): Este comando es usado cuando se requiere establecer varias propiedades de
la imagen o pila.

Figura 25. Opciones de Propertues

Color: Brinda al usuaria la capacidad de modificar y jugar con los colores de las imágenes aparte de
fragmentarlas y también compaginarlas en sus tonalidades de RGB.

27
- Split Channels (Division de canales): Esta opción nos permite dividir una imagen RGD en sus
tres principales cada una de 8-bits correspondientes a 3 colores Verde, Rojo y azul.

Figura 26. Difracción en 8bits de la imagen FlurescentCells.

- Merge Channels (Fusionar canales): Permite Fusionar de 2 a 7 imágenes que estén en RGB
para crear una imagen compuesta multicanal.
- Channels Tool (Herramienta de Canales): Nos permite habilitar los canales existentes de la
imagen sin necesidad de fragmentarla o eliminar uno de estos.

Figura [Link] de Channels Tool .

28
 Figura 28. Combinacion de canales de la imagen FlurescentCells.

- Stack to RGB (Pila a RGB): Transformas la Pila de 2 o 3 cortes en una sola imagen RGB. Para
esta opción la Pila de be estar organizada en forma de R, G y B. Estas imágenes deben ser de 8
a 16 bits en escalas de grises.
- Make Composite (Descomponer): Transformas una imagen RGB en una pila de 2 a 7 imágenes
identificando hyperstack de una imagen compuesta.
- Show LUT: Muestra una tabla de colores de los cuales se compone la imagen o pila actual
describe el color que se muestra para cada uno de los 256 posibles valores de píxeles para
imágenes de 16 y 32 bits.

Figura [Link] de colores y valores ShowLUT de la imagen FlurescentCells.

.

29
 - Edit LUT (Editor LUT): Trabaja solo con imágenes que se encuentre en el rango de 8 a 32 bits,
Mostrando una tabla en donde se representan todos los colores involucrados en la imagen o en
la pila. Estos pueden ser modificados.

Figura [Link] de colores de la imagen FlurescentCells.

- Color Picker (Sector de Color): Permite al usuaria cambiar los colores de fondo como de primer
plano, También rellenar, editar, dibujar entre otros comandos.

Figura [Link] de colores Color Picker.

Stacks (Pila): Este submenú contiene tiene comandos específicamente para la aplicación en la Pila.

30
 Figura 32. Submenú de Stacks.

- Add Slice: Inserta segmentos blancos antes de un segmento seleccionado, Con Hyperstacks, un
mensaje de diálogo permite insertar un canal, un corte en Z o un marco en T.
- Delete Slice Improved: Elimina el sementó que se siente seleccionado y Con Hyperstacks,
puede eliminar un canal de actual.
- Previous Slice: Muestra un segmento específico el usuario debe insertar un número de
segmentos mayor a uno y menor o igual al número de Slice de la Pila.
- Images To Stack: Se crea una pila nueva de imágenes que se mostraran en ventanas separadas.
- Stack To Images: Convierte los sectores en la pila actual para separar las ventanas de imagen.
- Make Montage (Hacer montajes): Genera una sola imagen de cuadricula que contiene las
imágenes individuales que componen Stacks and [Link] puede ser útil a la hora de comparar
dos galerías diferentes de imágenes.
- Reslice: Inserta uno o más cortes ortogonales a través de volumen de la pila o del hyperstack.
- Orthogonal Views (Vistas Ortogonales): Genera una visualización ortogonal de la pila de
imágenes trabajadas.
- Z Project (Proyecto Z): Se proyecta una pila de imágenes a lo largo del eje horizontal.
- 3D Project (Proyecto 3D): Crea la proyección de volúmenes giratorios Cada cuadro en la
secuencia de animación es el resultado de proyectando desde un ángulo de visión diferente.

31
- Plot Z-axis Profile (Trazar el perfil del eje Z.): Traza el valor gris medio de selección de ROI
frente al número de segmento. Requiere una selección de punto o área.
- Label (Etiqueta): Se encarga de añadir una secuencia de números o etiquetas a una pila o
hiperstack.
- Animation (Animación): Es un submenú en el cual encontramos las opciones para poner en
marcha, frenar y adecuar las animaciones.
 Start Animation (Incio de Animación): Da acción a la pila, poniéndola en movimiento
haciendo que sus imágenes pase en secuencia.
 Stop Animation (Fin de Animación): Da fin a la secuencia de las imágenes de pila
finalizando el movimiento que generan.
 Animation Options (Opciones de Animación): Sirve para establecer la velocidad de la
secuencia de la pila por segundo y si se desea que oscile la acción.
- Tools (Herramientas): Se encarga de añadir una secuencia de números o etiquetas a una pila o
hiperstack.
 Combine (Conjunto): Combina 2 pilas haciéndola volumétrica usando una matriz para
combinar los pixeles que esta contenga.
 Concatenate (Concatenar): Concatena diferentes imágenes o pilas. Las pilas deben
tener el mismo número de sectores para formar 4D Hyperstacks, si se marca Abrir como
imagen 4D.
 Reduce (Reducir): Reduce el tamo de pilas y hyperstacks haciendo que esta sea de un
menor peso del que tiene.
 Reverse (Contrarrestar): Es un sinónimo de la herramienta Imagen.
 Insert (Incertar): Inserta una imagen en una hubicacion especifica dad por medio de
ordenadas X, Y.
 Montage to Stack (Montaje para apilar): Inserta una imagen en una hubicacion
especifica dad por medio de ordenadas X, Y.
 Montage to Stack (Montaje para apilar):Convierte una imagen de montaje en una pila
de imágenes teniendo en cuenta un numero de columnas y filas especificas cuidando los
bordes a lo ancho.

32
  Make Substack (Hacer Substack): Trae las imágenes de la pila actual y las organiza en
una nueva ventana en orden de lista o rango. Este corte se eliminan de la fuente. Esta
función no es apta para hiperestacks.
 Grouped Z Project (Proyecto Z Agrupado.): Agrupa el tamaño de pila teniendo como
resultado los segmentos en Z.
 Remove Slice Labels ( Eliminar etiquetas Slice.): Elimina las etiquetas de corte de las
pilas.

Hyperstacks: Este submenú contiene herramientas útiles para Hiperstacks, imágenes que tienen 4D
y 5D.

Figura 33. Submenú de Hyperstack

- New Hyperstack (Nuevo Hyperstack.): Nos permite crear un nuevo Hyperstack. Nos abre un
cuadro de opciones el cual nos sirve para darle los parámetros que requiera el usuario.
- Stack to Hyperstack (Pila a Hyperstack): Transforma una pila en un Hyperstack, cuando se
tiene una pila en RGB esta se verá modificada a tres canales de Hyperstack.
- Hyperstack to Stack: Convierte un Hyperstack en una pila.
- Reduce Dimensionality (Reduce la dimension.): Reduce la dimensión de un Hyperstack
creando uno nuevo.

Crop (Recortar): Recorta la imagen o la pila en función de la selección rectangular.

Duplicate (Duplicar): Crea una nueva ventana con la información de la imagen o pila actual.

33
 Figura 34. Cuadro de texto Duplicate.

Rename (Renombrar): Abre una ventana de texto donde se encuentra un espacio para poner el
nuevo nombre de la imagen o pila.

Figura 35. Cuadro de texto Rename.

Scale (Escala): Cambia el tamaño de la imagen o sector que se encuentre demarcado, al

escoger esta herramienta nos abre un cuadro de texto el cual nos brinda opciones para un
mejor manejo de la imagen.

Figura 36. Cuadro de texto Scale.

Transform (Transformar): Este submenú contiene comandos que realizan la transformación
de imágenes geométricas en la imagen o pila.

34
 Figura 37. Submenú de Transform.

- Flip Horizontally (Voltear Horizontalmente): Reemplaza la imagen o selección con una

imagen de espejo X del original.
- Flip Vertically (Voltear Verticalmente): Da vuelta la imagen o selección espejo en Y.
- Flip Z: Invierte el orden de los sectores en una pila.
- Rotate 90 Degrees Right (Rotar 90° a la derecha): Rota toda la imagen o apila 90 ° en
sentido horario.
- Rotate 90 Degrees Left (Rotar 90° a la izquierda): Rota toda la imagen o apila 90 ° en
sentido antihorario.
- Rotate (Gira): Usa el cuadro de dialogo para rotar la imagen en sentido horario los grados
que se requieran
- Translate (Translator): Traslada una imagen en la dirección Y o X por un número
determinado de pixeles con las pilas puede trasladar una imagen toda la pila.
- Bin: Tiene la propiedad de disminuir la imagen al agrupar pixeles de forma específica
según el usuario lo requiera.
- Image to Results (Resultados de imagen): Procesa toda la imagen borrando resultados
anteriores e imprimiendo secciones de área marcada por la tabla de [Link] de
una imagen una tabla de resultados.
- Results to Image (Resultados de imagen): Tabula los resultados de una imagen
convirtiéndola en una imagen de 32bits.

Zoom: Este submenú contiene comandos que realizan la transformación de imágenes

geométricas en la imagen o pila.

35
 Figura 38. Submenú de Zoom.
- In: Aumenta el porcentaje de escala de la imagen en muchos casos también aumenta el
tamaño de la ventana.
- Out: Disminuye el porcentaje de la escala que se está manejando y si es requerido se
disminuye también la ventana que se está trabajando.
- • Original Scaleut: Retorna a la escala original La imagen que se esté trabajando.
- View 100%: Muestra la imagen con un aumento del 100%.
- To Selection: Acerca la imagen a la sección demarcada.
- View 100%: Muestra la imagen con un aumento del 100%.
- Set: Acerca la imagen a un valor exacto determinado por el usuario.

Overlay (Cubrir): Como se mencionó anteriormente, este submenú contiene comandos para
crear y trabajar con superposiciones de imágenes no destructivas.

Figura 39. Submenú de Overlay.

- Add Selection (Añadir sección): Se agrega inmediata mente la sección de superposición
esto se puede realizar con ctrl+B.

36
 - Add Image (Anadir Imagen): Combina dos imagen abiertas superponiendo una ante la
otra al ser mescladas estas pueden tomar cualquier tipo.
- • Hide Overlay (Ocultar superposición): Hace que el programa esconda la

superposición para poder divisar la imagen que se encuentra en la parte posterior.

- How Overlay (Mostrar Superposición): Esta hace la acción contraria a la anterior es decir
vuelve a poner la imagen superpuesta dejando la otra how Overlay vez en la parte
posterior.
- From ROI Manager: Genera una superposición de la basa en el administrador x ROI.
- • To ROI Manager: Tiene la función de guardar en el administrador Roi todas las
imágenes.
- Remove Overlay (Elimina Superposición): Elimina permanentemente la superposición
para que no pueda volver a ser mostrada por la función How Overlay.
- Flatten: Crea una nueva imagen RGB representada por datos de pixeles.
- Labels (Tiquetas): Este nos da la opción de Etiquetar todas las superposiciones.
- Overlay Options (Opciones de superposición): Use este comando para definir el color de
trazo de superposición predeterminado, el ancho del trazo y el color de relleno.

Lookup Tables (Tabla de búsqueda): Este submenú contiene una selección de tablas de
búsqueda de color que se pueden aplicar a la escala de grises. Imágenes para producir imágenes
Pseudocolor. Además, enumera todas las tablas de búsqueda instaladas en el directorio
ImageJ/luts.

- Invert LUT (Invertir LUT): Invierte la tabla de búsqueda para 8 bits y el valor de cada
entrada es remplazado por 255c, por lo cual la imagen se convierte a escalas de grises.
- Apply LUT (Aplicar LUT): Este comando hace que cada pixel de la imagen o sección se
restaura a la función de identidad predeterminada haciendo que cuando se vea con la
tabla de búsqueda la imagen siga viendo se cómo la original pero ahora en escalas de
grises.

37
 Menú Procesos: Este menú enumera todos los comandos relacionados con el procesamiento
de imágenes, incluidas las operaciones de puntos, los filtros y las operaciones aritméticas entre
varias imágenes

Figura 40. Menú de Process

Smooth (Liso): Este filtro reemplaza cada píxel con el promedio de los pixeles aledaños 3 × 3.
Desenfoca la imagen o sección que se este trabajando.

Aumenta el contraste y acentúa los detalles en la imagen o selección, pero también puede
acentuar el ruido. Maneja una matriz 3x3 el cual remplaza los pixeles por un valor ponderado.

Figura 40. Matriz Sharpen

Find Edges (Encontrar Bordes): Utiliza un detector de bordes para resaltar cambios bruscos
de intensidad en la imagen o selección activa. Maneja dos matrices de 3x3 las cuales se tabulan
para generar el efecto estas manejan los derivados horizontales y verticales.

38
Figura 41. Matrices Find Edges

Find Maxima (Maximos): Determina los máximos locales en una imagen y crea una imagen
binaria (similar a una máscara) del mismo tamaño. Tiene seis opciones las cuales son : puntos
individuales, máximo dentro Tolerancia, Partículas segmentadas, Selección de puntos, Lista y
conteo.

Figura 41. Opciones de Find Maxima.

- Single Points (Solo Puntos): Resultados en un solo punto por máximo.

- Maxima Within Tolerance (Máxima Dentro de la Tolerancia): Grafica todos los puntos

dentro de la tolerancia de ruido para cada máximo.

- Segmented Particles (Particulas Segmentadas): Asume que cada máximo pertenece a una
partícula y segmenta la imagen mediante un algoritmo de cuenca hidrográfica aplicado a
los valores de la imagen para procesar.
- Point Selection (Seccion de Punto): Muestra una selección multipunto con un punto en
cada máximo.
- List Displays (Lista de pantallas): Muestra las coordenas (X, Y) de los puntos máximos que
contiene la imagen.
- Count Displays (conteo de Maximos): Muestra el número de máximos con los que cuenta
la imagen trabajada.

39
Enhance Contrast (Mejoramiento de Contraste): Este comando mejora el contraste por medio
del estiramiento del Histograma o la ecualización del mismo.

- Saturated Pixels (Saturación de pixels): Aumenta el número de pixeles en la imagen

saturando a los mismos para generar un contraste en la imagen.
- Count Displays (conteo de Maximos): Muestra el número de máximos con los que cuenta
la imagen trabajada.
- Normalize Pixels (Normalizar): Vuelve a calcular los valores de los pixeles haciendo que
tengan el rango máximo de acuerdo al tipo de imagen si es flótate contara con un rango
de 0-1.0.
- Equalize Histogram (Eculizador del Histograma): Ecualiza el histograma de la imagen para
tener un mejor contraste de la imagen.
- Use Stack Histogram (Histograma de Pila): Ecualiza el histograma general en vez de usar
los cortes individuales, esto permite ajustes óptimos para cada corte. Es muy importante
cuando usamos mejoras ROI.

Noise (Ruido): Este Submenú nos permite eliminar o agregar ruido a las imágenes según sea
requerido.

Figura 42. Submenú Noise.

40
 Figura [Link] de los diferentes filtros de Noise.

- Add Noise (Agrerar Ruido): Se integra aleatoria mente Ruido gaussiano, distribuido con
una desviación estándar de 25 y una media de 0.
- Add Specified Noise (Añadir Ruido Especifico): Agrega ruido gaussiano con una media de
cero y una desviación que es escogida por el usuario.
- Salt and Pepper (Sal y Pimienta): Agrega ruido de sal y pimienta a la imagen o selección
reemplazando aleatoriamente el 2.5% de los píxeles
- con píxeles negros y 2.5% con píxeles blancos. Este comando solo funciona con imágenes
de 8 bits.
- Despeckle: Es un Filtro mediano que tabula los pixels remplazando el pixel del medio con
respecto a los pixeles aledaños en un rango de 3x3.
- Remove Outliers. (Eliminar Valores a Tipico): Toma la medida de los pixeles del entorno
para cambiar el pixel, se usa para corregir pixeles calientes o muertos.
- Remove NaNs (Eliminar NaNs): Este filtro solo maneja imágenes de 32bits haciendo
remplazando los pixeles NAN, no tiene la propiedad de desvanecer parches NaN mas
grandes que el núcleo, otros filtros pueden convertir el enforno de los pixeles NaN en Nan
y otros ser invalido para estos.

41
Shadows (Oscuridad): Los comandos en este submenú producen un efecto de sombra, y la luz
parece provenir de una dirección correspondiente al nombre del comando (East, North, Northeast,
Northwest, South, Southeast, Southwest and West).

Figura 44. Submenú Shadows.

Figura [Link] de los diferentes filtros de Shadows.

42
Binary (Binario): Este submenú contiene comandos que crean o procesan imágenes a blanco y
negro. Ponen el fondo blanco y los datos en negro.

Figura 45. Submenú Binary.

- Make Binary (Hacer Binario): Hace una imagen a blanco y negro, se despliega un cuadro
de texto en el cual tiene como primer plano el colore negro y de fondo Blanco por defecto
pero el usuario puede modificarlo.
- Convert to Mask (Convertidor de Mascara): Genera una máscara LUT invertida la cual
vuelve la imagen a blanco y negro.
- Erode (Erosionar): Elimina píxeles de los bordes de los objetos en una imagen binaria,
erosión en escala de grises en imágenes sin umbra.

Figura 46. Comandos Erode (Ferreira y Rasban, 2012)

43
-

Dilate (Dilatar): Agrega píxeles a los bordes de los objetos en una imagen binaria.
- Open (Abrir): Realiza una operación de erosión, seguida de dilatación. Esto suaviza los
objetos y elimina los aislados.
- Close (Cerrar): Realiza una operación de dilatación, seguida de erosión. Esto suaviza los
objetos y llena pequeños agujeros.
- Outline (Contorno): Genera un contorno de un píxel de objetos en primer plano en una
imagen binaria.
- Fill Holes (Llenar Agujeros): Llena los agujeros conectando 4 elementos de fondo.
- Skeletonize (Esqueleto): Repetidamente elimine píxeles de los bordes de los objetos en
una imagen binaria hasta que se reduzcan a formas de un solo píxel.
- Distance Map (Mapa de Distancia): Hace que cada píxel de primer plano en la imagen
binaria se reemplaza con un valor gris igual a la distancia de ese píxel desde el punto más
cercano, generando un mapa de distancia euclidiana (EDM).
- Ultimate Points (Puntos finales): Estos puntos erosionados son máximos del EDM. En la
salida, a los puntos se les asigna el valor EDM, que es igual al radio del círculo más
grande que se ajusta a la partícula binaria, con el UEP como centro.

Figura 47. Niveles Ultimate Points (Ferreira y Rasban, 2012)

- Watershed (Cuenca): La segmentación de cuencas hidrográficas es una forma de separar

o cortar automáticamente partículas que toque. La segmentación de cuencas
hidrográficas funciona mejor para objetos convexos lisos que no se superpongan
demasiado.

44
-

- Voronoi: Divide la imagen por líneas de puntos que tienen la misma distancia a los
bordes de las dos partículas más cercanas.
Options (Opciones): Especifica varias configuraciones utilizadas por Binary.
 Iterations (Interacciones): Especifica el número de veces que se realizan
erosión, dilatación, apertura y cierre.
 Count (Contar): Especifica el número de píxeles de fondo adyacentes
necesarios antes de eliminar un píxel del borde de un objeto durante la erosión
y el número de píxeles de primer plano adyacentes necesarios antes de agregar
un píxel al borde de un objeto durante la dilatación.
 Black background (Fondo negro): Si se marca, se crearán imágenes binarias
sin usar una LUT invertida.
 Pad edges when eroding (Bordes de la almohadilla al erocionar): Si está
marcado, binario. Erode no se erosiona desde los bordes de la imagen.
 EDM output (Salida EDM): Determina el tipo de salida para el binario. Mapa
de distancias, puntos finales y comandos Voronoi.
 Do (Hacer): Este menú desplegable le permite a uno probar la configuración
elegida al obtener una vista previa de cada operación binaria (Erode, Dilate,
Open, Close–, Outline, Fill Holes, Skeletonize) en la imagen activa.

Math (Matematicas): Este submenú tiene comandos que agregan una constante a cada píxel en la
imagen o selección activa por medio de resta multiplicación entre otros.

45
-

Figura 48. Submenú Math

Add (Añadir): Agrega una constante a la imagen o selección. Con imágenes de 8 bits, los
resultados superiores a 255 se establecen en 255. Con imágenes firmadas de 16 bits, los
resultados superiores a 65.535 se establecen en 65.535.
- Subtract (Substraer): Resta una constante de la imagen o selección. Con imágenes de 8
bits y 16 bits, los resultados inferiores a 0 se establecen en 0.
- Multiply (Multiplicar): Multiplica la imagen o selección por la constante real
especificada.
- Divide (Dividir): Divide la imagen o selección por la constante real especificada.
- AND, OR, XOR: Toman bit a bit de la imagen y encuentra la constante binaria
especificada en cada uno de sus comandos.
- Min: Los píxeles de la imagen que tengan un valor inferior a la constante especificada se
reemplazan por la constante.
- MAX: Toma los píxeles en la imagen con un valor mayor que la constante especificada
se reemplazan por la constante.
- Gamma: Aplica la función f (p) = (p / 255) γ × 255 a cada píxel (p) en la imagen o
selección, donde 0.1 ≤ γ ≤ 5.0. Para imágenes RGB. Esta función se aplica a los tres
canales de color.

46
-

Para 16 bits imágenes, la imagen min y max se utilizan para escalar en lugar de 255.
- Set (Conjunto): Rellena la imagen o selección con el valor especificado.
- Log: Para imágenes de 8 bits, aplica la función f (p) = ln (p) × 255 / ln (255) a cada píxel
(p) en la imagen o selección.
- Exp: Realiza una transformación exponencial en la imagen o selección activa.
- Square (Cuadro): Realiza una transformación cuadrada en la imagen o selección activa.
- Square Root (Raiz Cuadrada): Realiza una transformación de raíz cuadrada en la imagen
o selección activa.
- Reciprocal (Recíproco): Genera el recíproco (inverso multiplicativo) de la imagen o
selección activa, transformando cada píxel (p) en 1 / p. Requiere imágenes flotantes de
32 bits.
- NaN Background (Fondo NaN): Establece píxeles sin umbral en imágenes flotantes de 32
bits en el valor NaN.
Abs (Valor Absoluto): Genera el valor absoluto de la imagen o selección activa. Funciona
solo con imágenes de imagen flotante de 32 bits o de 16.
- Macro: Este comando realiza una aritmética de imagen utilizando una expresión
especificada por el usuario.

FFT: Los comandos de este submenú admiten la visualización, edición y procesamiento del dominio
de frecuencia.

47
-

Figura 49. Submenú FFT

- FFT: Calcula la transformación de Fourier y muestra el espectro de potencia. Analizar

registra las coordenadas polares de las selecciones de puntos medidos.
- Inverse FFT (FFT invertedo): Calcula la transformada inversa de Fourier. Puede filtrar o
enmascarar puntos en la imagen transformada y hacer una transformación inversa para
producir una imagen que solo contenga las frecuencias seleccionadas o que suprime las
frecuencias seleccionadas.

Figura 50. Ejemplos Inverse FFT (Ferreira y Rasban, 2012)

Redisplay Power Spectrum: Vuelve a calcular el espectro de potencia a partir de la
imagen del dominio de frecuencia (FHT de 32 bits). Este comando le permite comenzar
de nuevo después de editar mal la imagen del espectro de potencia de 8 bits.
- FFT Options (Opciones FFT): Muestra un cuadro de diálogo con Opciones FFT.

Figura 51. Cuadro de dialogo FFT Option.

48
-

 Display FFT Window (Mostrar ventana FFT): La salida estándar. Consiste en

una imagen de 8 bits del espectro de potencia y los datos reales, que
permanecen invisibles para el usuario
 Display Raw Power Spectrum (Mostrar el espectro de potencia sin procesar):
El espectro de potencia sin escala logarítmica
 Display Fast Hartley Transform (Mostrar la transformación rápida de Hartley):
El formato interno utilizado por el comando, que se basa en una
transformación de Hartley en lugar de una transformación de Fourier.
 Display Complex Fourier Transform (Mostrar transformada de Fourier
compleja): Una pila con dos rebanadas para lo real y lo imaginario.
 Do Forward Transform (Transformar hacia adelante): Si se marca, la imagen
actual se transforma inmediatamente al cerrar el cuadro de diálogo Opciones
de FFT.
Bandpass Filter (Filtro de Paso de Banda): Elimina frecuencias espaciales altas y
frecuencias espaciales bajas. También puede suprimir franjas horizontales o verticales
que fueron creado escaneando una imagen línea por línea.
 Filter Large Structures Down to (Filtrar Estructuras Grandes Hasta): Realiza
variaciones suaves de la imagen con el brillo o los parches oscuros los valores
mayores son suprimidos
 Filter Large Structures Up to (Filtrar Estructuras Grandes Hasta): Determina
la cantidad de suavizado. Objetos en la imagen más pequeños que este
tamaño están fuertemente atenuados.
 Suppress Stripes (Suprimir Rayas): Seleccione si desea eliminar las rayas
horizontales o verticales.

49
-

 Tolerance of Direction (Tolerancia de Dirección): Esto es para Suprimir

Rayas; los valores más altos eliminan franjas más cortas y franjas que se
ejecutan bajo un ángulo con respecto al eje.
 Autoscale After Filtering (Autoscale después del filtrado): Si se marca, pone la
intensidad más baja a 0 y la más alta a 255, preservando todas las intensidades.
 Saturate Image (Imagen Saturada): Cuando el Autoescalado Si está marcado,
permite que algunas intensidades entren en saturación y produce un mejor
contraste visual.
 Display Filter (Filtro de Pantalla): Si está marcado,muestra el filtro
generado.
Tenga en cuenta que esto deshabilita la operación de filtro en la imagen original

- Custom Filter. (Filtro Personalizado): Este comando realiza el filtrado de espacio de

Fourier de la imagen activa utilizando una imagen de dominio espacial (no FFT)
suministrada por el usuario como filtro.
- FD Math.: Este comando correlaciona, convoluciona o desconvoluciona dos imágenes.
- Swap Quadrants: Este comando se usa para la visualización "amigable para el usuario" en
vez de la forma de Fourier haciendo las frecuencias más bajas en el centro y la forma
"nativa" con las frecuencias más bajas en las cuatro esquinas.

50
Filters (Filtros): Este submenú contiene varios filtros que ayudan a mejorar la calidad de la
imagen.

Figura [Link]ú Filters.

- Convolve: Al marcar Normalizar kernel, cada coeficiente se divide por la suma de los
coeficientes conservando el brillo de la imagen esto se realiza con matrices de 3x3 o
5x5, estas también se le denominan mascaras. A continuación se mostraran las más
usadas:

51


Division::

Figura 53. Imagen con Mascara Desenfoque.

 Enfoque:

 Desenfoque:

Repujado:

52


 Detección de Bordes:

Figura 57. Imagen con Mascara Detección de Bordes.

Filtro de Sobel

53


Figura 58. Imagen con Filtro Sobel.

54


 Suavizado:

Figura 58. Imagen con Mascara Suavizado.

55
 - Gaussian Blur (Desenfoque gaussiano): Este filtro utiliza convolución
con una función gaussiana para suavizar.

- Gaussian Blur 3D (Gaussian Blur 3D): Este comando calcula un filtro

de paso bajo gaussiano tridimensional (3D) utilizando un gaussiano
tridimensional.

- Median (Mediana): Reduce el ruido en la imagen activa al reemplazar

cada píxel con la mediana de los valores de píxel vecinos.

- Mean (Media): Suaviza la imagen actual reemplazando cada píxel con

la media de los pixeles vecino en un rango 3x3.

- Minimum (Mínimo): Este filtro erosiona la escala de grises al

reemplazar cada píxel de la imagen con el valor de píxel más pequeño
con los pixeles aledaños a este píxel.

- Maximum(Máximo): Este filtro realiza la dilatación en escala de grises

al reemplazar cada píxel de la imagen con el valor de píxel más grande
con los pixeles aledaños a este píxel.

- Unsharp Mask (Máscara de enfoque): Agudiza y mejora los bordes

restando una versión borrosa de la imagen original.

- Variance (Diferencia): Destaca los bordes de la imagen reemplazando

cada píxel con la varianza de los pixeles aledaños.

- Show Circular Masks (Mostrar Mascaras Circulares): Genera una pila

que contiene ejemplos de las máscaras circulares utilizadas por la
medianas.

Batch (Lote): Este submenú permite la ejecución de comandos en una serie de imágenes sin
intervención manual.

56
 Figura [Link]ú Batch.

- Measure (Medida): Este comando mide todas las imágenes en una

carpeta especificada por el usuario.
- Convert (Convertir): El Batch cambia el tamaño de varias imágenes de
una carpeta especificada.

- Macro: Ejecuta un filtro de macro sobre una carpeta especifica.

- Virtual Stack (Pila Virtual): Este comando, comparte la misma interfaz

de Batch permitiendo la manipulación de pilas virtuales.

Image Calculator (Calculadora de Imagen): Realiza operaciones aritméticas y lógicas entre

dos imágenes seleccionadas.

PSubtract Background : Elimina fondos continuos suaves de gels y otras imágenes.

Repeat Command (Repita el Comando): Vuelve a ejecutar el comando anterior.

Menú Analizar: Este menú contiene comandos relacionados con mediciones

estadísticas en datos de imagen, perfil y trazado de histogramas y complementos relacionados
con el análisis de imágenes.

57
 Figura 61. Menú análisis.
Measure (Medida): Según el tipo de selección, calcula y muestra en la tabla de resultados las
estadísticas de área, longitudes de línea y ángulos, o coordenadas de puntos. Las estadísticas de
área se calculan para la imagen completa si no hay una selección o para un seleccionado
subregión definida por una de las Herramientas de selección de área.

Figura 62. Información suministrada por el comando Measure.

Analyze particles (Analizar Partículas): Este comando cuenta y mide objetos en imágenes
binarias o trilladas.
Funciona escaneando la imagen o selección hasta que encuentre el borde de un objeto. Luego
describe el objeto con la herramienta Varita, mide usando el comando medida, lo llena hasta

58
hacerlo invisible, luego reanuda el escaneo hasta llega al final de la imagen o selección. Presione
Esc para abortar este proceso.

Figura 63. Información suministrada por el comando Analyze Particles.

Summarize (Resumir): Para cada columna en la Tabla de resultados, calcula y muestra la media,
la desviación estándar, mínimo y máximo de los valores en esa columna.
Distribution (Distribución): Produce un histograma de frecuencia relativa a partir de los datos de
una columna elegida de la tabla Resultados. Use los botones Lista o Copiar para guardar los datos
del histograma. Pase el mouse sobre las barras de histograma para leer los recuentos de cada
contenedor en la ventana baja
Label (Etiqueta): Este comando etiqueta la selección activa con el valor del contador de
medición actual, es decir, El número de filas presentes en la tabla de resultados.
Clear results (Resultados claros): Borra la tabla de resultados y restablece el contador de
medición. Este comando también está disponible por haciendo clic derecho en la tabla de
resultados.
Set Measurements (Establecer mediciones): Use este cuadro de diálogo para especificar qué
mediciones registra Analyze. Las mediciones se realizan en la selección actual, la imagen activa
completa si no hay una selección presente. El cuadro de diálogo contiene dos grupos de casillas de
verificación: el primer grupo controla el tipo de mediciones que se imprimen en la tabla de
resultados. El segundo grupo controla la configuración de medición.

59
 Figura 64. Información suministrada por el comando Set Measurements.

Set scale (Establecer escala): Utilice este cuadro de diálogo para definir la escala espacial de la
imagen activa. Antes de usar este comando, use la selección de línea recta herramienta para hacer
una selección Luego, abra la escala de ajuste y después el comando diálogo, ingrese el Distancia
conocida y unidad de medida, luego haga clic en “Aceptar”. La distancia en el campo Píxeles se
completará automáticamente en función de la longitud de la selección de línea.

Figura 65. Información suministrada por el comando Set Scale.

60
Calibrate (Calibrar): Use este cuadro de diálogo para calibrar una imagen a un conjunto de
estándares de densidad. Tenga en cuenta que, en general, las calibraciones no se pueden aplicar a
imágenes de 32 bits
Para realizar el procedimiento de calibración se utiliza “Analizar” para borrar resultados y así
restablecer el contador de medición. Cuando termine de realizar las mediciones, seleccione
Calibra

Figura 66. Información suministrada por el comando Calibrate.

Histogram (Histograma): Calcula y muestra un histograma de la distribución de valores grises en

la imagen activa o selección.
El eje X representa los posibles valores grises y el eje Y muestra la cantidad de píxeles
encontrados para cada valor gris. El recuento total de píxeles también se calcula y se muestra.

Figura 67. Información suministrada por el comando Histogram.

61
Plot porfile (Perfil de trama): Muestra un gráfico bidimensional de intensidades de píxeles a lo
largo de una línea o rectangular selección. El eje X representa distancia a lo largo de la línea y el
eje Y es la intensidad del píxel

Figura 68. Información suministrada por el comando Histogram.

Surface Plot (Parcela de superficie): Muestra un gráfico tridimensional de las intensidades de
píxeles en una escala de grises o color.

Figura 69. Información suministrada por el comando Surface Plot.

62
Gels (Geles): Estos comandos utilizan un método gráfico simple que implica generar diagramas
de perfil de carril, dibujar líneas para encerrar picos de interés y luego medir áreas de pico usando
la herramienta de varita

Figura 70. Herramientas desplegadas por el comando Gels.

Tools (Herramientas): Este submenú proporciona acceso a varios complementos de análisis de
imágenes.

63
 Figura 71. Herramientas desplegadas por la Función Tools.

- Save XY Coordinates (Guardar coordenadas XY): Escribe en un archivo de texto las

coordenadas XY y valor de píxel de todos los píxeles.
- Fractal Box Count: Estima la dimensión fractal de una imagen binaria. puede usarse como
una medida de la complejidad del patrón
- Analyze Line Graph (Analizar gráfico de líneas): Este comando utiliza el Analizador de
partículas para extraer conjuntos de datos de coordenadas de una línea digitalizada.
- Curve Fitting (Ajuste de curvas): Proporciona una herramienta simple para ajustar varias
funciones a datos X e Y. Esta estrategia es un tipo de procedimiento de “prueba y error”
en el que se ajustan los parámetros del modelo de adaptación de manera sistemática hasta
que la ecuación se ajuste a los datos lo más cerca posible.
- ROI Manager (Administrador de Región de interés): es una herramienta para trabajar con
múltiples selecciones. Trozos escogidos puede ser de diferentes ubicaciones en una
imagen, de diferentes partes de una pila o de diferentes imágenes Todos los tipos de
selección, incluidos puntos, líneas y texto, son compatibles.

64
 - Scale Bar (Barra de escala): Dibuja una barra de calibración espacial etiquetada.
- Calibration bar (Barra de calibración): Crea una copia RGB de la imagen actual y muestra
una barra de calibración etiquetada
- Synchronize Windows (Sincronizar Windows): Sincroniza el movimiento del mouse y la
entrada entre múltiples ventanas para que una división de ventanas sincronizadas se dibuje
en una la imagen que se replica en todas las demás ventanas sincronizadas. Un cursor de
sincronización indica la ubicación del mouse en el conjunto de ventanas sincronizadas.

Menú complementos: A través de esta herramienta relaciona con otra para agregarle una
función nueva y generalmente muy específica.

Figura 72. Menú Plugins.

Macros: Este submenú contiene comandos para instalar, ejecutar y grabar macros, así como
cualquier comando macro agregado por Plugins. Por diseño, solo se puede instalar un conjunto de
macros a la vez.

65
 Figura 73. Herramientas desplegadas por la función macros.

- Install (instalar en el pc): Agrega uno o más macros contenidas en un archivo al final de
este submenú. Para instalar un conjunto de macros, y al mismo tiempo ver su código
fuente, abra el archivo macro con File. Abrir y usar Macros del editor.
- Run (Correr): Carga y ejecuta una macro sin abrirla en el Editor. Para ejecutar una macro,
y al mismo tiempo ver su código fuente, ábralo con Archivo. Abra y use las macros del
editor. Ejecute el comando Macro.
- Startup Macros (inicio de marcos): permite ejecutar los marcos instalado
- Record (Grabar): Para crear una macro, abra la grabadora, use uno o más comandos
ImageJ, luego haga clic en Crear. Cuando la grabadora está abierta, cada comando de
menú que utiliza genera una llamada a la función macro run.

Shortcuts (Atajos): Este submenú contiene comandos para crear atajos de teclado y para instalar
y eliminar complementos.

66
 Figura 74. Herramientas desplegadas por la función shortcuts.

- List shortcuts (lista de atajos): Este comando genera una tabla con los atajos de teclado en
una columna y los comandos que llaman en otra.
- Add Shortcuts/ Add shortcut by name (Crear accesos directos): Asigna un atajo de teclado
a un comando de menú y enumera el acceso directo en el submenú “Accesos directos”.
Seleccione el comando del menú emergente e ingrese El acceso directo en el campo de
texto.
- Remove shortcut (Eliminar): Elimina los comandos agregados al submenú “Accesos
directos”. Los menús no se actualizan hasta que se reinicia ImageJ.

Utilities (Utilidades):

Figura 75. Herramientas desplegadas por la función Utilities.

67
- Control panel (Panel de control): Este comando abre una ventana que contiene comandos
en una estructura de árbol jerárquica. Haga clic en un nodo de hoja para iniciar el comando
correspondiente.
- Find Commands (Buscar comandos): La forma más rápida de encontrar un comando sin
tener que navegar por todos los menús es utilizando el mensaje presionando L. Si escribe
parte de un nombre de algún comando, la lista mostrará comandos que coinciden con esa
subcadena.
- Search (Buscar): La búsqueda se realiza de forma recursiva y los resultados son mostrados
en la ventana de registro
- Monitor Memory (Monitor de memoria): Muestra un gráfico actualizado continuamente
de la memoria que puede ser útil para detectar pérdidas de memoria. El uso de la memoria
y los hilos en ejecución se muestran arriba de gráfico. En cuanto a la barra de estado, al
hacer clic en la ventana aparecerá reclamar memoria no utilizada ejecutando el recolector
de basura de Java. Idealmente, debería poder abrir varias imágenes, procesarlas, cerrarlas y
la cantidad de la memoria utilizada será la misma que cuando comenzó.
- Capture screen (Captura de pantalla): Copia la pantalla a una imagen RGB y muestra esa
imagen en una nueva ventana.
- Capture image (Capturar imagen): Copia una versión de texto de la imagen activa a una
imagen RGB y muestra esa imagen como nueva ventana.
- ImageJ Properties (Propiedades de ImageJ): Este comando muestra varias propiedades de
ImageJ en una ventana de texto.
- Threads (Hilos): Este comando enumera, en una ventana de texto, los hilos que se ejecutan
actualmente y sus prioridades.
- Benchmark (Punto de referencia): Ejecuta 62 operaciones de procesamiento de imágenes
en la imagen actual y muestra el tiempo transcurrido en el Barra de estado de ImageJ. Los
puntos de referencia adicionales, los resultados de las pruebas y el código fuente están
disponibles en el paquete de puntos de referencia de complementos.
- Reset (Reiniciar): Use este comando para desbloquear una imagen bloqueada o para
reclamar memoria utilizada por el portapapeles y las memorias intermedias de deshacer

68
New (Nuevo): Este submenú contiene comandos que abren ventanas del editor que se pueden usar
para editar y ejecutar macros, scripts y complementos. También tiene un comando que abre una
ventana de texto de un tamaño específico y un comando que abre una tabla en la que las macros
pueden escribir.

Figura 76. Herramientas desplegadas por la función new.

- Compile and Run (Compilar y ejecutar): Compila y ejecuta un complemento.

Menú Ventana: Este menú contiene cuatro comandos más una lista de todas las ventanas
abiertas.

69
 Figura 78. Herramientas desplegadas por la función Window.

Show all (Mostrar todo): Hace visibles todas las ventanas asociadas con ImageJ.

Put behind (Poner detrás): Muestra la siguiente imagen abierta. Presione repetidamente la tecla
de tabulación para recorrer todas las imágenes abiertas. Tenga en cuenta que, al presionar Entrar
en cualquier imagen, la ventana de Imagen principal J aparecerá en primer plano.

Cascade (Cascada): Mueve todas las imágenes abiertas al lado izquierdo de la pantalla,
ligeramente desplazadas una de la otra, y se muestra en el orden en que aparecen en la parte
inferior de este menú.

Tile (Azulejo): Reduce todas las ventanas de imagen abiertas y las reposiciona para que quepan
en la pantalla sin superponerse.

Menú Ayuda: Muchos de los comandos en este menú usan el Navegador de ImageJ para
abrir una página web usando el navegador predeterminado del usuario para dar respuesta a las
necesidades del usuario

70
 Figura 79. Herramientas desplegadas por la función Help.

ImageJ Website (Sitio web de ImageJ): Abre la página de inicio de ImageJ.

ImageJ News (Noticias ImageJ): Abre la sección de Noticias del sitio web de ImageJ.

Documentation (Documentación): Abre la sección de documentación del sitio web de ImageJ.

Installation (Instalación): Abre la sección de Instalación del sitio web de ImageJ específicamente
dedicado al sistema operativo en el que ImageJ se está ejecutando

Mailing List (Lista de correo): Aquí puedes buscar en archivos de la lista de correo, publicar un
mensaje en la lista, unirse o abandonar la lista, o actualizar opciones.
Dev Resources (Dev. Recursos): Abre la sección Recursos para desarrolladores del sitio web de
ImageJ.

Pligins (Complementos): Abre la página de complementos en el sitio web de ImageJ, que

enumera más de 500 complementos de ImageJ.

71
Macros: Abre el directorio de macros en el sitio web de ImageJ, que contiene más de 400 macros
de ImageJ.

Macro Functions (Funciones macro): Abre la página de referencia de Funciones de macro, una
guía indispensable para las funciones integradas que se puede invocar desde el lenguaje de macro
ImageJ.

Update ImageJ (Actualizar ImageJ): Actualiza ImageJ al último [Link] en http: //[Link].

gov / ij / upgrade /

Refresh menus (Actualizar menús): Use Este comando para actualizar los menús de ImageJ
después de agregar (o eliminar) complementos o macros a la carpeta de complementos

About plugins (Acerca de los complementos): Este submenú muestra información sobre algunos
de los complementos en la carpeta de complementos de ImageJ.

About ImageJ (Acerca de ImageJ): Abre una imagen que contiene información sobre la versión
de ImageJ, el autor, el sitio web, versión Java y memoria disponible.

Barra de Herramientas

Herramienta de selección rectangular: esta herramienta permite crear una zona de

selección rectangular sobre la imagen, o con clic derecho se despliega la opción de
seleccionar una zona rectangular con esquinas redondeadas

Herramienta de selección ovalada: esta herramienta permite crear una zona de

selección ovalada sobre la imagen, o con clic derecho se despliega la opción de crear una
zona de selección con forma elíptica

Herramienta de selección poligonal: esta herramienta permite crear una zona de

selección con forma poligonal sobre la imagen.

Herramienta de selección a mano: esta herramienta permite crear una zona de

selección con la forma dada por el mouse sobre la imagen

72
 Herramienta de selección: Use estas herramientas para crear selecciones de línea,
además con clic derecho se despliegan la opción de crear flechas, líneas a mano y
fragmento de línea

Herramienta de ángulo: Esta herramienta le permite medir un ángulo definido por

tres puntos. Haga doble clic en la herramienta de ángulo. El ángulo se muestra en la barra
de estado mientras la selección se está creando o ajustando.

Herramienta de puntos: Use esta herramienta para crear una selección de puntos,
contar objetos o registrar coordenadas de píxeles, o para crear un solo punto seleccionar
clic derecho y cambiar a la herramienta de punto

Herramienta varita: Crea una selección rastreando objetos de color uniforme u

objetos trillados. Para rastrear un objeto, haga clic dentro cerca del borde derecho o afuera
a la izquierda del objeto.
Tenga en cuenta que la herramienta de varita puede no rastrear de manera confiable
algunos objetos, especialmente líneas de un píxel de ancho.
Herramienta de texto: Use esta herramienta para agregar texto a las
imágenes.
Lupa: Aumenta y reduce la vista de la imagen activa. Active la herramienta
y haga clic en la imagen. para acercar haga clic derecho para alejar. El aumento actual se
muestra en la barra de título de la imagen. Haga doble clic en el icono de la lupa para
volver al original de la imagen.

Herramienta de desplazamiento: Le permite desplazarse por una imagen que es más

grande que su ventana. Puede temporalmente active esta herramienta manteniendo
presionada la barra espaciadora.

Selector de color: Establece el color de dibujo en primer plano al “recoger” los

colores de cualquier imagen abierta.

Menú de desarrollador: Es un menú desplegable que recopila varios recursos y

comandos en línea que son útiles al escribir macros, complementos o solución de
problemas de operaciones ImageJ.

73
 Figura 80. Herramientas desplegadas por el menú del desarrollador.

Menú de pilas: Un menú desplegable que recopila varios comandos relacionados con
Pilas e Hiperstacks, de lo contrario Se accede a través de la jerarquía de la imagen. Pilas,
Imagen. Hiperstacks. y archivo. Muestras Abiertas. Submenús La lista hace un énfasis
particular en los comandos que no tienen atajos de teclado asignado.

74
 Figura 81. Herramientas desplegadas por el menú de pilas.

Cepillo de recubrimiento: Un pincel a mano alzada que dibuja en una superposición

de imagen no destructiva, en lugar de Herramienta de pincel que dibuja de forma invasiva
Sobre el lienzo. Haciendo doble clic en el icono de la herramienta. abre su cuadro de
diálogo en que es posible especificar el Ancho del pincel, Transparencia y Color.

Llenadora de inundaciones: Una herramienta de cubo de pintura que se llena con los
píxeles adyacentes de color de primer plano actuales que tienen el mismo valor que el
píxel en el que se hizo clic. Haga doble clic en el icono de la herramienta para especificar
el tipo de inundación en términos de conectividad de píxeles

75
 Flecha: Instala una copia de la herramienta Flecha en la primera ranura disponible de
la barra de herramientas, para que se pueda acceder sin necesidad de seleccionarlo en la
Selección de línea.

Barra de Estado (BAR):

Esta es una herramienta que permite mostrar al momento de ubicar el cursor sobre una imagen
las intensidades de píxeles y las coordenadas. También después de ejecutar un filtro, se muestran
el tiempo transcurrido y la velocidad de procesamiento.

Al hacer clic en la barra de estado se presenta la versión de ImageJ, la versión de Java, la

memoria en uso y el porcentaje de memoria utilizada. (Ferreira y Rasban, 2012)

Cuadro de Control:

Está ubicado en la esquina superior derecha de la ventana de ImageJ y contiene los comandos
útiles para controlar la ventana en ejecución. Estos son minimizar, cerrar, y maximizar. (Apoyo
educativo virtual, 2020)

Para el desarrollo del taller aplicando image j utilizamos las imágenes de refencia de
la carpeta del aula.

IMAGEN 19r donde podemos observar que la imagen presencia bastante ruido para lo cual
fue necesario realizar el proceso de Noise con el comando Despeckle donde se logro
dispersar el ruido mediante una tabulación de los pixeles remplazando el pixel del medio con
respecto a los pixeles aledaños. como se muestra en las imágenes:

76
Ahora bien es necesario trabajar el histograma dejando el mayor número de datos y también dejar
la zona del contorno utilizandro la herramienta Threshold con la cual se va a aislar los pixeles
correspondientes al marco asi.

Ahora decidimos aplicar Enchace Contrast normalizando y ecualizando el histograma de esta

forma:

77
Debido a que la imagen quedo muy clara y no se puede distiguir la informacion fue necesario
ajustar el brillo y contraste hasta asi:

78
Como la imagen no es clara se le aplico un filtro en este caso fue el de Smooth.

Para finalizar tenemos que debido a que algunas partes de la imagen presentan saturación de brillo
es necesario aplicar el filtro de Minimum (2.0) en el cual se resaltaran los bordes,para las partes
opacas de la imagen se aplico Maximum (20), como se observa en la imagen obteniendo un
comportamiento del histograma con una distribucion en forma gaussiana lo cual indica una ardua
mejeoria de la imagen como se puede observar.

79
IMAGEN 20r
Para iniciar acontinuacion obseravaremos la imagen inicial con su respectivo histograma.

80
Lo primero que realizamos fue aplicar un filtro de mediana conun respectivo radio de 2.0 pixeles
con el fin de reducir el ruido que precenta la imagen como se observa en la figura.

81
De esta forma se logró mejorar la calidad de la imagen alterando la distribución de los pixeles
como se muestra en el siguiente grafico

Para aislar los pixeles que corresponden al borde de la imagen que no contiene información de la
zona a estudiar se utilizó la herramienta Threshold en una cantidad de 15 al 5,77% de esta forma
se trabaja la zona a estudiar sin despreciar ninguna información suministrada por la foto y así el
histograma se trabajara en la zona de estudio

82
Próximamente se aplicó una ecualización del histograma y una normalización con una saturación
de pixeles al 0,4% para mejorar el contraste de la imagen

Debido a la claridad de la imagen que dificulta la apreciación de la información se realizó una

modificación en brillo 20 y luego reducir el contraste al 10

83
Con esta alteracion hay modificaciones en el histograma, sin embargo estas alteraciones mejoran
la vision en la informacion y se debe tener en cuenta que los bordes hacen que la informacion
suministrada por el histograma alteran la informacion que suministra el mismo

Despues, para mejorar aumentar la nitides de la imagen se aplico un filtro Sharpen

Como ya se había mencionado estas acciones alteran la información suministrada por el

histograma.

84
En la parte urbana se encontraba una zona con mayor brillo en donde no se apreciaba bien la
información entregada por eso fue necesario aplicar un filtro mínimo con un radio de pixeles de
1.0 solo sobre esta zona

Imagen Final :
Se analiza el histograma final para rectificar la forma con la que se distribuyen los pixeles y ver
que tiene sesgos a los extremos por ende se asume que la imagen tiene un buen contraste.

85
Por último, se hace un comparativo de la imagen inicial respecto a la imagen tratada con
los diferentes procesos.

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 REFERENCIAS

Ferreira, T. y Rasban, W., 2012. ImageJ User Guide. [PDF] págs. 39-120. Disponible en:
<[Link] [Consultado el 3 de abril de 2020].

cgfie. 2020. Apoyo Educativo Virtual. [en línea] Disponible en:

<[Link]
[Consultado el 3 de abril de 2020].

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