ECOLOGÍA MICROBIANA Y MICROBIOLOGÍA AMBIENTAL William Calero Cáceres, PhD
APLICADA AL SECTOR AGRÍCOLA Y VETERINARIO
WILLIAM CALERO CÁCERES, PHD
Investigador de la Universidad Técnica de Ambato.
PhD en Microbiología Ambiental y Biotecnología por la Universitat de Barcelona.
MSc en Microbiología Avanzada por la Universitat de Barcelona.
Químico de Alimentos por la Universidad Central del Ecuador.
Cursos en el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL)-Alemania
Universidad de Angers, Universidad de Nantes- Francia.
Líneas de investigación: Microbiología de aguas, microbiología ambiental, cambio climático,
resistencia a antibióticos, bacteriófagos y microbial source tracking.
Publicaciones en: Environmental Science and Technology, PLoS ONE, Environment International,
Environmental Pollution, Water Research, Journal of Antimicrobial Chemoteraphy, entre otras.
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OBJETIVOS DEL CURSO
Proporcionar una visión general del rol de los microorganismos en el mantenimiento
del equilibrio de los ecosistemas.
Entender la influencia del medio ambiente y sus cambios en las poblaciones
microbianas.
Conocer diferentes herramientas de análisis ambiental utilizando microorganismos
como indicadores de contaminación (Microbial Source Tracking).
Conocer diferentes aspectos biotecnológicos de la ecología microbiana.
Analizar diferentes casos de estudio.
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CONTENIDO DEL CURSO
Introducción a la ecología microbiana (3 horas).
Interacciones entre las poblaciones bacterianas (3 horas).
Comunidades y ecosistemas microbianos (3 horas).
Introducción a los virus bacterianos (2 horas).
Seguimiento de la contaminación microbiana (Microbial Source Tracking) (3 horas).
Aplicaciones biotecnológicas de la ecología microbiana (3 horas).
Estudio de casos (4 horas).
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EVALUACIÓN
Asistencia y participación activa: 50%
Evaluaciones: 25% (entre dos personas).
Proyecto: 25% (grupos de 5 personas).
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PROYECTO
Dos opciones
1) Elaboración de un ensayo académico.
Mínimo 5 referencias de artículos científicos en inglés.
Extensión máxima 3 hojas.
(Grupos desde 1 a 5 personas).
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PROYECTO
2) Presentación de un proyecto al concurso “Bayer Young Community
Innovators”.
Agropecuario: ¿Cómo alimentar a un planeta con hambre mediante
agricultura moderna y sostenible?, ¿cómo promover el bienestar
animal en los mejores amigos del hombre y en la producción
pecuaria?
Todos los proyectos, ideas, iniciativas que promuevan la seguridad
alimentaria, la producción y acceso a más y mejores alimentos,
proyectos de Buenas Prácticas Agrícolas (BPA), Buenas Prácticas
Ganaderas (BPG), la protección y uso racional de los recursos
naturales en el campo, entre otros.
Proyectos relacionados a Ecología Microbiana o Microbiología
Ambiental.
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BAYER YOUNG COMMUNITY INNOVATORS
» ¿Cuál es el premio?
El 1er puesto en cada país será acreedor de un reconocimiento económico que deberá ser
invertido en el desarrollo del proyecto:
• Ecuador US $4.000 primer puesto. US $2.000 segundo lugar
Además, el 1er y 2do puesto de cada país: se harán acreedores de un viaje académico a un
lugar de interés científico en Latinoamérica donde se reunirán los ganadores del encuentro
regional BYCI, Bayer Young Community Innovator.
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PROYECTO
2) Presentación de un proyecto al concurso “Bayer Young Community Innovators”.
[Link]/beja/
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INTRODUCCIÓN A LA ECOLOGÍA Parte 1
MICROBIANA
QUÉ FUE RESPONSABLE DE ESTO?
Epidemias por enfermedades infecciosas:
Caída Imperio Romano.
Conquista del nuevo mundo.
Peste negra.
Producción de productos:
Transformación azúcares a alcohol.
Fermentación cárnica y láctea.
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PRINCIPALES TEORÍAS
Generación espontánea.
Teorías religiosas
Modificación química
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SIGLO XVII
Anton van Leeuwenhoek Animálculos
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DESMONTANDO LA GENERACIÓN ESPONTÁNEA
Francesco Redi
1626-1697
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SIGLO XIX
Louis Pasteur
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EL PROBLEMA DEL VINO EN EL SIGLO XIX
Mosto Etanol Ácido acético
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TRATAMIENTO
Saccharomyces cerevisiae Acetobacter aceti
(Levadura) (Bacteria)
Sacarosa y fructosa Etanol Ácido acético
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RELACIÓN MICROORGANISMOS/ENFERMEDADES
Creencia generalizada: Fuerzas sobrenaturales
Vapores venenosos (miasmas)
Desequilibrio en los cuatro humores.
Principios siglo XIX: Agostino Bassi
Gusano de la seda
1845, 1853 Berkeley, de Bary
Mildiu de patata (moho)/Enf. Cereales (hongos del tizón y roya)
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RELACIÓN MICROORGANISMOS/ENFERMEDADES
Pebrina
Pasteur Orugas sanas Huevos sanos
(Protozoo parásito)
Mortalidad en quirófanos
50%
J. Lister
Gangrena Fenol como desinfectante 6%
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POSTULADOS DE KOCH (1843-1910)
Relación entre Bacillus anthracis y el ántrax.
Bacillus anthracis
Ratón enfermo
Ratones enfermos
Ratones sanos
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POSTULADOS DE KOCH (1843-1910)
1) El microorganismo debe estar presente en todos los casos de la enfermedad, y
ausente en los organismos sanos.
2) Los microorganismos sospechosos deben ser aislados y cultivados en cultivo puro.
3) Debe producirse la misma enfermedad cuando el microorganismo aislado es
inoculado en un huésped sano.
4) El mismo microorganismo debe ser aislado de nuevo a partir del huésped enfermo.
PIEDRA ANGULAR EN EL ESTABLECIMIENTO DE LA RELACIÓN ENTRE ENFERMEDADES
Y AGENTES CAUSALES.
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DESARROLLO DE TÉCNICAS (GRUPO DE KOCH)
Es necesario contar con cultivos puros.
Medios de cultivo que semejen fluidos corporales (extractos de carne, proteínas).
Solidificación con gelatina (no ideal).
Uso de agar como solidificante (t.f. 50 ªC).
Placas Petri
(Robert Petri)
Walter y Fannie Hesse
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DESARROLLO DE TÉCNICAS (GRUPO DE KOCH)
El cultivo axémico permitió estudiar a los elementos de una
comunidad heterogénea de una manera exacta y
reproducible.
Transformó la microbiología, de un arte arriesgado, a una
ciencia exacta.
Oscar Brefeled (1881) “El trabajo con cultivos impuros no
produce más que confusión y Penicillium glaucum”
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SIN EMBARGO !
Se estima que menos del 2% del total de bacterias pueden
ser cultivadas en el laboratorio.
Las bacterias que pueden crecer en el laboratorio tan solo
representan una pequeña fracción de la diversidad que
existe en la naturaleza.
Las interacciones bacterianas continúan siendo una gran
incognita.
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NUEVAS TÉCNICAS DE ANÁLISIS
Año Descubrimiento
1933 Microscopio electrónico
1953 Watson, Crick, Franklin
Estructura de doble hélice del DNA
1959 Yalow
Radioinmunoensayo
1980 Microscopio electrónico de efecto túnel
1983 Mullis
Técnica de PCR
1996 Secuenciación de genomas de Methanococcus jannaschii
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IMPORTANCIA DE LA MICROBIOLOGÍA
Número total y masa: 50% del carbono biológico.
90% del nitrógeno biológico.
Son los organismos más antiguos sobre la tierra.
Se encuentran en todas partes:
Volcanes Suelo Agua Aire
Hielo
antártico Piel Plantas TGI
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MIEMBROS DEL MUNDO MICROBIANO
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IMPORTANCIA DE LA MICROBIOLOGÍA
Ciclos de
los Fuente de
elementos nutrientes
químicos
Digestión
Fotosíntesis de
alimentos
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BIOTECNOLOGÍA
Uso de sistemas biológicos para producir bienes y servicios.
Pan Queso Cerveza Antibióticos
Vacunas Vitaminas Enzimas
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MICROORGANISMOS Y SERES HUMANOS
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MICROORGANISMOS DEL SUELO
5,000 and 2,000 especies diferentes por gramo de suelo
(Schloss & Handelsmann, 2006; Torsvik et al., 1990)
Únicamente el 1% del total de especies puede ser cultivable
(Vieira & Nahas , 2005; Taylor et al., 2002)
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ECOLOGÍA MICROBIANA
Ecología: oikos: casa logos: estudio
Parte de la biología que estudia las relaciones de los seres vivos
entre sí y con el medio en el que viven.
Estudio de las relaciones entre los microorganismos y sus
componentes vivos e inertes de sus hábitats.
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ECOLOGÍA MICROBIANA
Biótico
Estudio de la aportación de todos
los organismos, incluidos los
microorganismos, al mantenimiento
M.O. del equilibrio ecológico.
Abiótico
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INICIO DEL ESTUDIO DE LA E. MICROBIANA
Macroecología de inicios del siglo XX
No consideraba el estudio de microorganismos como elementos críticos en los ecosistemas.
Trabajos de Pasteur
Importancia de los microorganismos en la degradación de sustancias
orgánicas.
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ESTUDIO DE LA ECOLOGÍA MICROBIANA
Schloesig y Muntz, 1879
NH4+ a NO3-
NO3-
NH4+
NH4+ Columna de arena NO3-
Agua residual
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COLUMNA DE WINOGRADSKY S. Winogradsky
1856-1953
Algas
Diatomeas
Cianobacterias
Bacterias púrpura Sulfo oxidadores
del azufre aerobios
Bacterias púrpura
Bacterias verdes
no del azufre
del azufre
Sulfato reductores
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M. Beijerinck
1856-1953
TRABAJOS DE BEIJERINCK
“La forma en la que yo enfoco a la microbiología, puede exponerse brevemente
como el estudio de la ecología microbiana, es decir, de la relación entre las
condiciones ambientales y las formas especiales de vida que le corresponden” (Van
Iterson et al., 1940).
Trabajos sobre la fijación del nitrógeno por bacterias.
N2
N2 NO3- NO3- NO3-
N2
N2 N2 NH4+ NH4+ NH4+
N2
M. Beijerinck
1856-1953
TRABAJOS DE BEIJERINCK
Aislamiento de bacterias reductoras de sulfato
SO42-
Reducción
SO42- S 2- S2-
Oxidación
SO42-
S0 S0
SO42-
TRABAJOS DE BEIJERINCK Y WINOGRADSKY
Contribuyeron enormemente a la comprensión del papel de las transformaciones
microbianas, las reacciones de los ciclos biogeoquímicos y el papel de los
microorganismos en la transformación de los elementos.
SO4 S NH4 N2
NO2 NO3
¡UN HOMBRE DE
SO2
CIENCIA NO SE
Reacciones cíclicas mediadas por
CASA! son necesarias
microorganismos
para mantener la calidad ambiental
S. Winogradsky y escenciales para soportar la vida
M. Beijerinck
en la tierra.
UBICUIDAD DE LAS FORMAS MICROBIANAS
Beijerink: “Todo está en todas partes, el ambiente selecciona”.
Medios de cultivo de enriquecimiento
Aislamiento selectivo de microorganismos
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INVESTIGACIONES SUCESIVAS
Reducción de nitrato (Deherain, 1987).
Metanogénesis y metanotrofia (Söhngen, 1906).
Aislamiento de bacterias del hidrógeno (Kaserer, 1906)
Reciclado geoquímico (Doestch, 1960; Brock, 1961; Doelle. 1974).
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DESARROLLO DE LA ECOLOGÍA COMO RAMA DE LA CIENCIA
Década de 1960: Era de preocupación por la calidad ambiental y por el
impacto de la contaminación ambiental.
Desde 1970: Crecimiento de la investigación en el área de ecología.
Nuevas tecnologías: Microscopía.
Sondas génicas fluorescentes.
Secuenciación masiva.
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AL DÍA DE HOY
Los microorganismos son esenciales en los procesos globales que contribuyen a
mantener el estado de salud de los humanos, animales y la calidad ambiental.
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PREGUNTAS?
