Polimorfismo de nucleótido único

Ir a la navegaciónIr a la búsqueda

La cadena de ADN en 1 difiere de la del ADN en 2 en un solo par de bases

Un polimorfismo puntual, también denominado de un solo nucleótido o

SNP (Single Nucleotide Polymorphism, pronunciado snip), es una variación en
la secuencia de ADN que afecta a una
sola base (adenina (A), timina (T), citosina (C) o guanina (G)) de una secuencia
del genoma. Sin embargo, generalmente se considera que cambios de unos
pocos nucleótidos, como también pequeñas inserciones y deleciones (indels)
pueden ser consideradas como SNP. 1 Una de estas variaciones debe darse al
menos en un 1% de la población para ser considerada como un SNP. Si no se
llega al 1% no se considera SNP y sí una mutación puntual. En ocasiones
estas variaciones de nucleótido único se asocian a otro término conocido como
SNV (Single Nucleotide Variant), que a diferencia de los SNPs carece de
limitaciones de frecuencia.
Los SNPs por sí mismos no proporcionan información sobre genes específicos;
simplemente indican una localización cromosómica que es probable que esté
estrechamente asociada con un fenotipo dado 2
Los SNP constituyen hasta el 90% de todas las variaciones
genómicas humanas, y aparecen cada 1,300 bases en promedio, a lo largo
del genoma humano. Dos tercios de los SNP corresponden a la sustitución de
una citosina (C) por una timina (T). Estas variaciones en la secuencia del ADN
pueden afectar a la respuesta de los individuos
a enfermedades, bacterias, virus, productos químicos, fármacos, etc..
Los SNP que se localicen dentro de una secuencia codificante pueden
modificar o no la cadena de aminoácidos que producen; se llama SNP no-
sinónimos a los primeros y SNP sinónimos (o mutaciones silenciosas) a los
segundos. Los SNP que se encuentren en regiones no codificantes pueden
tener consecuencias en el proceso de traducción, sobre todo en procesos
como el splicing, la unión de factores de transcripción o modificar la secuencia
de ARN no codificante. En cualquier caso, los SNP que alteren de algún modo
la expresión génica reciben el nombre de SNPe (SNP de expresión) y pueden
encontrarse tanto aguas arriba como aguas abajo de la secuencia codificante.
Por otra parte, aunque pueden estar tanto en regiones codificantes como en
regiones intrónicas o intergénicas, los SNP que afectan a las regiones
codificantes son los que más impacto tienen sobre la función de una proteína
(si bien podrían no alterar la secuencia aminoacídica como consecuencia de la
degeneración del código genético). Por otra parte, cualquier tipo de SNP puede
 estar relacionado con una enfermedad o tener asociado un fenotipo
observable, de forma que:

 Ciertos SNP en las regiones no codificantes de algunos genes correlacionan

con un aumento en la probabilidad de desarrollar cáncer.3
 Algunos SNP en regiones codificantes consistentes en sustituciones sinónimas,
pese a no modificar la secuencia aminoacídica de la proteína, podrían alterar su
función. Esto ocurre, por ejemplo, en el caso del receptor de resistencia múltiple a
drogas 1 (MDR1), donde un SNP de mutación silenciosa ralentiza la traducción del
péptido naciente, haciendo que se pliegue adoptando una conformación alternativa
menos funcional que la estructura tridimensional nativa.4
 Los SNP que implican una sustitución con cambio de sentido alteran la
secuencia aminoacídica y son los que más frecuentemente están asociados a la
aparición de enfermedades. Un ejemplo de esto es el SNP 1580G>T en el
gen LMNA, que provoca el cambio de arginina por leucina en la proteína, fenotipo
relacionado con enfermedades como la progeria o la displasia mandibuloacral.5
 Los SNP sin sentido provocan la aparición de un codón de stop prematuro que
trunca la proteína resultante, haciéndola incompleta y normalmente no funcional.
Esto se refleja en la mutación G542X en el gen CTFR, causante de la fibrosis
quística.6
Debido a que los SNP no cambian mucho de una generación a otra (se
heredan de forma muy estable), es sencillo seguir su evolución en estudios de
poblaciones. También se utilizan en algunos tipos de pruebas genéticas y su
estudio es de gran utilidad para la investigación médica en el desarrollo de
fármacos.
Los SNP se consideran una forma de mutación puntual que ha sido lo
suficientemente exitosa evolutivamente para fijarse en una parte significativa de
la población de una especie y existen marcadores SNP que detectan el cambio
de ese único nucleótido.

Índice

 1Detección
 2Estudios con SNPs
 3Bases de datos
 4Predicción del efecto de los SNP
 5SNPs o STRs
 6Nomenclatura
 7Ejemplos
 8Referencias
 9Enlaces externos

Detección[editar]
Existen una gran variedad de métodos analíticos que permiten descubrir
nuevos SNP e identificar SNP conocidos en las secuencias de ADN. Entre los
más destacados, podemos encontrar los siguientes:

 Polimorfismo en la longitud de fragmentos de restricción (SNP-RFLP). Si

un alelo contiene un sitio de reconocimiento para una enzima de
 restricción mientras que otro no, la digestión de los dos alelos genera fragmentos
de diferente longitud. Si no existe este punto discriminatorio para la enzima de
restricción, a menudo puede introducirse mediante una reacción en cadena de la
polimerasa (PCR).
 Técnicas de secuenciación del ADN.7 Permiten determinar la secuencia de
nucleótidos del ADN y han evolucionado en gran medida desde los métodos
desarrollados inicialmente por Sanger o Maxam-Gilbert hasta las nuevas técnicas
de alto rendimiento (next generation), como Illumina o Ion Torrent, que aúnan una
elevada fiabilidad y un menor coste económico. Gracias a estas técnicas de nueva
generación también ha sido posible secuenciar genomas completos e incluso
identificar 150 millones de variantes de polimorfismo único no descritas, por
secuenciación profunda.8
 Espectrometría de masas.9 En concreto, la espectrometría de masas MALDI-
TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-Of-Flight), se está
desarrollando como alternativa a la electroforesis en gel para visualizar fragmentos
de ADN generados de forma análoga al procedimiento seguido en el método de
secuenciación Sanger y que pueden ser diferenciados en función de su masa, de
manera que los SNP pueden ser detectados por la diferente masa de los distintos
nucleótidos que formen la secuencia de ADN en cada caso.
 Electroforesis capilar.10 Esta técnica de separación se basa en la distinta
velocidad de migración a través de un fino capilar de las moléculas de ADN en
función de su longitud. Si se emplean fragmentos marcados con fluorocromos es
posible detectar diferencias de un solo nucleótido entre distintos fragmentos.
 Cromatografía Líquida Desnaturalizante de Alto Rendimiento (HPLC). Se basa
en la distinta capacidad de elución de moléculas de ADN bicatenarias a través de
una columna. Así, el gen de interés es amplificado por PCR y, a continuación,
desnaturalizado y renaturalizado en presencia de moléculas de ADN silvestre. De
este modo, si hay alguna mutación presente, se formarán heterodúplex menos
resistentes a las condiciones de elución (lo que implica que abandonarán la
columna antes que los homodúplex), dando lugar a tantos picos en el
cromatograma como SNP haya en la secuencia analizada.
 Polimorfismo de conformación de cadena simple.11 Esta técnica se basa en la
conformación tridimensional única que adopta una hebra simple de ADN, la cual
depende enteramente de su secuencia de nucleótidos. Así, tras desnaturalizar las
dobles hebras de ADN (con una movilidad electroforética prácticamente idéntica),
se obtienen hebras simples que, aunque difieran en un único nucleótido, podrán
diferenciarse mediante electroforesis en función de la movilidad que presenten
dada su conformación tridimensional.
Se nombran otros métodos de detección de SNP en el artículo publicado en
octubre de 2005 en Nature por el Proyecto HapMap. El proyecto HapMap tuvo
la finalidad de desarrollar un mapa de haplotipos del genoma humano.
Pretendían ver como se distribuyen los SNPs y así identificar trozos de
cromosomas comunes en la población. Estos SNPs se llaman tagging SNPs,
que tienen alto desequilibrio de ligamiento, razón por la cual son los
marcadores. Sirve para acotar alelos relacionados con enfermedades. [cita  requerida]

Estudios con SNPs[editar]

Para el estudio de enfermedades complejas se pueden estudiar los
polimorfismos de un solo nucleótido. Hay que mencionar que los análisis de
ligamiento están abriendo paso a los análisis de asociación (GWAS), donde
estudiamos SNPs que no varían de generación en generación. En este caso,
no se parte de la hipótesis de que la enfermedad sea heredable, se parte de la
pregunta de si en la población en general existe una asociación positiva (o lo
que es lo mismo, una predisposición) o, por el contrario, una asociación
negativa (protección) de determinado haplotipo con la enfermedad. Los SNPs
tienen el mismo origen, lo que no se puede afirmar de los microsatélites. Los
SNPs pueden estar en regiones codificantes o intergénicas. Se dice que tienen
más impacto aquellas que se encuentran en las regiones codificantes aunque
todas pueden tener relación con la enfermedad. Si una enfermedad
multifactorial es heredable, muchas de sus variantes estarán asociados a SNPs
específicos. La ventaja con estos estudios es que como existe una media de 1
SNP cada 200 pb, podemos mapear muy estrechamente dónde se encuentra
nuestra mutación.
En estudios de metilación del ADN humano, se ha observado un
enriquecimiento significativo en SNPs en regiones diferencialmente metiladas
(DMRs) en comparación con el fondo genético. Además es específico para
cada tipo celular, demostrando una distribución no aleatoria de los SNPs. 12
Otros estudios basados en la localización de nuevos SNPs a lo largo del
genoma por técnicas de secuenciación de alto rendimiento han permitido, por
exploración de patrones de variación y construcción de metaperfiles, acotar
zonas del genoma de alto contenido en posiciones potencialmente intolerantes
al cambio que podrían verse alteradas aumentando el riesgo a padecer una
situación patológica.8
Algunas de las aplicaciones actuales de los SNPs son:
- Los estudios de asociación que pueden determinar si una variante genética
está asociada con una enfermedad o un rasgo. 13
- El mapeo de haplotipos: conjuntos de alelos o secuencias de ADN que
pueden agruparse para que un solo SNP pueda identificar muchos SNPs
vinculados.
- Linkage Disequilibrium (LD): es un término utilizado en la genética de
poblaciones, indica la asociación no aleatoria de alelos en dos o más loci, no
necesariamente en el mismo cromosoma.
- Una etiqueta SNP es un polimorfismo representativo de un solo nucleótido
(SNP) en una región del genoma con alto desequilibrio de ligamiento (la
asociación no aleatoria de alelos en dos o más loci). Estas etiquetas permiten
que miles de SNPs sean genotipados. 14
- Estudios de asociación que pueden ser muy útiles para analizar cuales de las
enfermedades en el adulto (tanto metabólicas como cardiovasculares)
presentan correlación con valores bajos de peso al nacer mediante el estudio
de estas variaciones en la secuencia de DNA.15

Bases de datos[editar]
Existen bases de datos bioinformáticas de SNPs al igual que la hay de genes o
proteínas. Las más importantes son:

 dbSNP: base de datos global de todos los SNPs. Está contenida en NCBI (del
inglés, National Center for Biotechnology Information).
 HapMap: mapa de SNPs marcadores, también conocidos como tagging-SNPs.
 SNP500: base de datos de SNPs relacionados con cáncer. Se pretende
conocer el suficiente número de SNPs implicados en esta enfermedad para
diseñar un microarray que permita estudiar la predisposición al cáncer de forma
más económica.
 EGP (del inglés, Environmental Genome Project): esta base de datos contiene
SNPs que se saben relacionados con la interacción con estímulos ambientales.
 Seattle SNPs: relacionados con la inflamación, coagulación y enfermedades
cardiopulmonares.
 HGMD (del inglés, Human Gene Mutation Database): recoge SNPs asociados
a enfermedades en general.
 SNPedia: es una base de datos de estilo similar a la Wikipedia que aporta
información, interpretación y análisis sobre los SNPs.

Predicción del efecto de los SNP[editar]

Un importante grupo de SNP son aquellos que corresponden a mutaciones con
cambio de sentido que modifican la secuencia aminoacídica. Las mutaciones
puntuales con cambio de residuo pueden tener distinto efecto en la función
proteica (desde ninguna alteración hasta pérdida total de función). De esta
manera, lo más habitual es que la sustitución de un aminoácido por otro de
similar tamaño y propiedades fisicoquímicas (como el cambio de leucina por
valina) tenga un efecto atenuado sobre la funcionalidad proteica, mientras que
si el SNP afecta a los aminoácidos clave en el mantenimiento de la estructura
secundaria (como el cambio de una prolina en una α-hélice), suele tener graves
consecuencias. Sobre la base de ello, resulta interesante predecir los efectos
que un determinado SNP tendrá sobre la correspondiente proteína a la hora de
diseñar experimentos de ingeniería genética o técnicas de diagnóstico
molecular. De esta forma, se han desarrollado con dicho objetivo una serie de
programas y aplicaciones informáticas entre los que destacan los siguientes:

 SIFT
 PolyPhen-2
 PredictSNP
 MutationTaster

SNPs o STRs[editar]
A pesar de su elevado costo de detección, los marcadores STR (Short Tandem
Repeat) han permanecido como uno de los principales métodos en todas las
áreas de genética molecular durante la década de los 90, así como a principios
del siglo 21. Sin embargo, durante los últimos 5 años, la hegemonía de esta
técnica se ha visto perjudicada por los marcadores SNPs. Algunas de las
ventajas que presenta esta técnica incipiente frente a su predecesora serían
que presenta mayor rapidez y resolución, es más simple y más fácil de puntuar
(3 posibles genotipos por ensayo frente a los 40 posibles genotipos por ensayo
de los STR). Además, los marcadores SNPs suponen una técnica más barata
que su competidor.

Nomenclatura[editar]
Debido a la gran cantidad de posibles variantes que pueden existir de un único
SNP, su nomenclatura es bastante confusa. Una aproximación es escribir el
SNP con un prefijo seguido de un punto y de un signo "mayor que" separando
la versión silvestre del nucleótido o aminoácido mutado; por ejemplo, c.76A>T.
De todos modos, en la mayoría de los casos cuando se hace referencia a un
SNP es sobre la base de su número rs de la base de datos dbSNP rs number.