Bioinformática
08/Septiembre/2021
Lluvia de ideas:
Alineamiento de secuencias biológicas
- Numero de secuencias a analizar
- Lenguaje
Secuencias
- Orden de nucleótidos
- Características similares
- Lenguaje diferente (4 unidades por 20 unidades)
- Estructura química
- Especificidad química
- Lenguaje
- Flujo de información universal
- Diversidad = en función de las mutaciones y adaptación (selección)
Mutación puntual
DNA
- A = T -
- UV Esta C cambia por
- G = C -
- Químicos ROS cualquier base y en total
- T = A -
- Comida son dos mutaciones
- G = C -
o Carbón
- A = T - Ej. C cambia a T y la G
- T = A - o Enlatada complementaria de la C
- A = T - cambia a A
- T = A -
Información estructural funcional se descubrió gracias al alineamiento de las
secuencias.
Similitud:
Preguntas relacionadas con las secuencias:
- ¿Qué tan similares son los genomas de los humanos y los chimpancés?
o Computacionalmente, cuando queremos estudiar este tipo de
preguntas esencialmente estamos comparando dos secuencias y se
quiere calcular una puntuación de similitud entre ellas.
- ¿este gen causa obesidad en ratones, los humanos tienen el mismo gen?
o Preguntas computacionales: brinda una secuencia r (gen del ratón) y
una base de datos D (todos los genes humanos) se encuentran
secuencias r en D con similitudes
La alineación es una parte importante cuando queremos estudiar enfermedades
que causan mutaciones
Alineamiento de secuencias: cuando te dan un set de secuencias, un
alineamiento es el mismo set de secuencias con uno o más brechas (‘_’)
insertadas en el set para que:
1. Después de agregar los espacios todos deben tener la misma longitud
2. Para que una columna (o también llamada posición o sitio) tenga al menos
una de las secuencias resultantes no tenga una brecha – no queremos
tener una sola posición que solo tenga espacios en blanco en todas las
secuencias, porque eso no tiene sentido,
Ejemplo:
Mach= coincidencia (cuando se observan dos secuencias y estas dos tienen el
mismo carácter se llama match)
Mismatch= sustitución (cuando se observan dos secuencias y estas dos tienen
diferentes caracteres se llama match)
Gap (“indel”)= hueco que se da por delesion (segunda secuencia) o inserción
(primera secuencia)- indel significa inserción y eliminación
Un buen alineamiento es aquel que tiene algunas sustituciones e indels
- El problema del alineamiento de secuencias es averiguar la alineación con
puntuación de alineación más alta
Clasificación de alineamientos con base al número de secuencias:
- 2 secuencias: alineamiento en parejas
- > 2 secuencias: alineamiento múltiple
Clasificación de alineamientos con base a la parte de las secuencias:
- Todas las secuencias: alineamiento global
- Partes de las secuencias: alineamiento local
Como calcular la similitud
- Formas de calcular las puntuaciones de sustitución
- Formas de calcular las sanciones por brecha
09/Septiembre/2021
- La homología no se puede cuantificar, es decir es o no es homologo, no
existe un % de homología.
- Secuencias ortologas: se originan a través de un evento de especiación
- Secuencias paralogas: no tienen la misma función pero están en el mismo
organismo
- Similitud: grado de parentezco
- Secuencias conservadas tienen una alta similitud y por lo tanto se dice que
son homologas
15/Septiembre/2021
¿Por qué realizar alineamientos?
- Para comparar patrones de secuencias de nucleótidos o aminoácidos
- Se compara información secuencias bilógicas global o linealmente
- Se comparan las secuencias biológicas para evaluar su función con base a
su información.
- Si una porción de secuencia es homologa con otra es que son homologas,
es decir, son emparentadas entre sí, tienen un ancestro en común y por lo
tanto tienen una función similar.
Tipos de homología:
- Ortologa en diferentes especies con misma función misma función
diferente organismo surge de un proceso de especiación
- Paraloga diferente función mismo organismo surge de la duplicación
de genes
- En DNA similitud no existe
- En proteínas hay similitud basada en sus propiedades fisicoquímicas y el
código genético que lo respalda
Concepto de alineamiento emparejamiento de secuencias, se ven residuos
conservados y no conservados.
Residuos conservados para ver patrones, estos patrones tienen significado
biológico.
Posibilidades que pueden haber a partir de un alineamiento de secuencias
- Las bases que coinciden no cambian desde su divergencia
- Las bases que no coinciden si cambian (hay mutaciones puntuales-
sustitución de base) desde su divergencia
- Hay una base en una secuencia pero no en la otra si cambia, hay una
eliminación o una inserción (Indel) desde su divergencia
Ancestro en común
TACGGCTTTACCGA
Descendientes
1. TAACGGCTTTACCGA
2. TACGGGTGTACGA
