Páramo:

El páramo es el ecosistema mejor conservado, con un 100% de cobertura vegetal

natural, por tanto, es el ecosistema menos intervenido por la actividad humana. El
páramo de la provincia de San Ignacio, se encuentra protegido por el Santuario Nacional
Tabaconas Namballe, el páramo de la provincia de Jaén, de los distritos de Chontalí,
Sallique y Pomahuaca corresponde a las Lagunas de Palambe y las Montañas de Manta,
Quismache y Páramo.
Bosques secos del Marañón:
El siguiente ecosistema mejor conservado en Cajamarca son los bosques secos del
Marañón, en la vertiente oriental de la región, contemplan un 75% de su superficie con
cobertura vegetal natural. El bosque seco peor conservado es el de la provincia de San
Ignacio, con un 42% de intervención por cultivos agrícolas y permanentes, le sigue el
bosque seco de Chota y Cutervo con el 30% de intervención. La parte mejor conservada
es la correspondiente a las provincias de Cajabamba, San Marcos y Celendín, con más
del 80% de su extensión conservada. A lo largo del Marañón existen zonas de interés
para la conservación que podrían constituir un corredor biológico, a pesar de eso, este
ecosistema está escasamente representado a nivel nacional en el SINANPE.
Actualmente se cuenta con un ACM en Celendín, Huacaybamba-Cedro Pata y el IBA
del Marañón.
Bosques secos del Pacífico:
Los bosques secos del Pacífico, en la vertiente occidental de la región, presentan un
70% de cobertura vegetal natural. Las provincias más intervenidas en este ecosistema
son Contumazá y San Pablo, con un 40% de intervención del bosque seco. La provincia
que presenta menor intervención es Contumazá con el 85% de cobertura vegetal de
bosque seco. Este ecosistema no está protegido actualmente por ningún área de
conservación de categoría nacional o local.
Bosques montanos de neblina:
Los bosques montanos de neblina de Jaén y San Ignacio presentan un 70% de cobertura
vegetal natural. Estos bosques contemplan mayor intervención en la provincia de Jaén,
con un 60% de vegetación natural, en comparación con San Ignacio, que tiene un 74%
de vegetación natural, teniendo en cuenta que el bosque montano de neblina representa
el 86% del territorio de San Ignacio. Existen varias iniciativas locales de conservación
de este ecosistema, como son las ACM Bosque de Huamantanga, Huaco-Chorro Blanco
y Unión las Minas-San Miguel, además de otros espacios considerados para la
conservación de la biodiversidad como los bosques de Manchara y Torohuaca, los
bosques de Cunia y Chinchiquilla, los bosques de las comunidades nativas y algunas
IBA como San José de Lourdes y La Cocha, ambos, altamente amenazados por las
actividades humanas.
Jalca:
La jalca de las zonas altoandinas al sur de la depresión de Huancabamba, presenta un
65% de cobertura vegetal. La jalca mejor conservada es la presente entre Chota y
Cutervo, en los distritos de Querocoto, Querocotillo, San Juan de Lupis y Miracosta, ya
que presenta tan solo un 8% de intervención y no se encuentra fragmentada, teniendo en
cuenta que se trata de una jalca discontinua. La jalca peor conservada es la que se
encuentra en la intersección de las provincias de Cajamarca, Celendín y San Marcos.
San Marcos presenta el 60% de su jalca intervenida y Celendín el 57%. La jalca al norte
de la provincia de Cajamarca, la de Hualgayoc, San Pablo y el este de San Miguel se
encuentra bastante fragmentada, no obstante, existen en esta zona áreas de interés para
la conservación de la biodiversidad, como son las lagunas de la Encañada, las lagunas
de Alto Perú, las lagunas de Sorochuco, Coimolache y Chugur. El ACM Pozo Seco de
San Pablo presenta una jalca muy intervenida y totalmente rodeada por la actividad
humana, al igual que el ACM Muyoc de la provincia de San Marcos.
Bosques andinos estacionales:
Es el ecosistema peor conservado, presenta un 46% de cobertura vegetal y teniendo en
cuenta que es el ecosistema de mayor extensión en la región el nivel de intervención es
muy alto. Presenta áreas de bosque muy reducidas y discontinuas, a manera de islas. La
provincia que presenta bosques andinos estacionales mejor conservados es Santa Cruz,
con un 70% de cobertura vegetal natural. Las provincias con mayor alteración de estos
bosques por actividades humanas son San Pablo, San Marcos y Cajabamba, con menos
del 30% de cobertura vegetal natural. Espacios que presentan un alto grado de amenaza
por la intervención humana son el Parque Nacional Cutervo; Miravalles y el Prado en
San Miguel; y Pagaibamba en Chota.
Desierto:
El desierto, presente en las provincias de Contumazá y San Miguel, contempla un 45%
de cobertura vegetal natural, sin embargo, presenta muy reducida extensión en la región.