IBIO3204- BIOLOGÍA MOLECULAR III
TALLER INTEGRADOR # 3: Yo estudio para salvar al mundo
El objetivo de este taller es que puedas aplicar tus conocimientos
como Ingeniero en Biotecnología en formación para contribuir en
proponer una vacuna efectiva para el SARS-Cov2, así como
comprender y analizar lo que se está desarrollando hasta el
momento.
La actividad deberá realizarse en tres grupos por paralelo por
afinidad. Si bien el taller escrito así como la presentación n ser
entregado únicamente por el líder del grupo, las actividades deberán
realizarse de manera grupal a conciencia (asegurándose que todos
puedas resolver cualquier parte), ya que el día de la defensa además
de presentar los resultados más importantes, la profesora pedirá de
forma individual la demostración de uno de los resultados obtenidos
por el grupo en tiempo real a cada integrante. La rúbrica que se
utilizará para la calificación estará disponible en el aula y los alumnos
podrán observar los criterios de evaluación grupales individuales en
la misma.
ACTIVIDADES PROGRESO 3
Usted se acaba de unir al grupo de investigación de Virología
y Biología Molecular de la UDLA, que investiga la producción
de una proteína recombinante como candidata para vacuna
de SARS-Cov2 para Ecuador. La investigación se basa en el
conocimiento que se posee acerca de la proteína Spike del
virus y su alta capacidad inmunogénica. Para esto, usted
realizará las siguientes actividades durante el Segundo
progreso:
Parte 1: ANÁLISIS in silico (todos los detalles
solo registrarlos en el documento escrito)
Como grupo y con base a la investigación realizada en
progreso 1 escojan una estrategia para el desarrollo de su
vacuna basada en la proteína S del virus, sabiendo que
algunas utilizan la proteína S completa, otras la proteína de
fusión, otras solo la región RBD de la proteína, otras una
mezcla de epítopos de la proteína S. En función de la decisión
que tomen, responda la pregunta ¿Cuál será su enfoque y por
qué lo escogen frente a otras alternativas? Pueden basarse
en resultados de otras investigaciones de las distintas fases
que ya estén publicados de las distintas vacunas. Una vez
escogida la estrategia, realice las siguientes actividades con
la secuencia de interés:
a. Predecir si existe glicosilación en el fragmento de
interés utilizando el programa NetNGlyC:
[Link] Presente los
resultados con impresiones de pantalla y la
interpretación que usted le da al resultado.
b. Predecir si existe la presencia de péptido señal
empleando el programa: SignalP 5.0 Server:
[Link] Presente los
resultados con impresiones de pantalla y la
interpretación que usted le da al resultado.
c. Predecir la presencia de puentes disulfuro utilizando el
programa Disulfind:
[Link] Presente los
resultados con impresiones de pantalla y la
interpretación que usted le da al resultado.
d. Prediga si se podría tener algún riesgo de sesgo de
codones al producir esta proteína en Escherichia coli,
Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris, Nicoatiana
tabacum, Homo sapiens y Mus musculus, usando el
programa: [Link]
Presente los resultados con impresiones de pantalla y la
interpretación que usted le da a este análisis.
e. Habiendo ejecutado los literales a-d escoja ¿qué
organismo (s) es o serían los más idóneos para la
producción de esta proteína de acuerdo a la información
obtenida cuando la síntesis química, y por tanto la
optimización de codones es una opción? Como en esta
materia solo profundizamos en los microorganismos,
explique dentro de este grupo cuál sería la mejor opción
de organismo hospedero.
f. De acuerdo a lo respondido en el literal e, escoger un
vector de los disponibles en la lectura 10 o 17, o a su
vez cualquier vector que su grupo considere de las
diferentes bases de datos de las casas comerciales
disponibles online, el cual le permita la adecuada
producción de la proteína de interés en grandes
cantidades. Expliqué el ¿por qué escogió ese vector de
manera específica? Enliste las partes del vector y
explique cada una.
g. En la base de datos GISAID descargue las secuencias
correspondientes a Ecuador y realice un alineamiento
local de la secuencia génica que codifica para el
segmento de interés escogido por el grupo de cada una
de ellas. ¿Qué tan conservada esta esta región en las
cepas que circulan en Ecuador? Dependiendo de su
respuesta ¿Qué consideraciones debería tener su grupo
para su propuesta de candidato vacunal? Incluya estos
criterios en las actividades que realizará a continuación.
Por ejemplo si su grupo decide que va a clonar varios
segmentos RBD de cepas distintas en el mismo vector
pero en distintas células, especificar este tipo de
detalles.
2. Para la siguiente parte del taller, escoja una de las 2
opciones que le planteó y resuélvalas. ¿Por qué escogió
ese camino? ¿Qué ventajas presenta frente al otro en la
producción de esta proteína en particular
OPCIÓN 1
Considerando un diseño de propuesta con base a la
generación del ADN de interés por PCR, responda los
siguientes literales:
a. Diseñar (primer blast) y analizar (oligoanalizer IDT) los
cebadores que le permitan obtener el fragmento de
interés WT, de acuerdo a lo aprendido en el taller # 1.
Presentar la tabla resumen de lo obtenido y argumentar
el ¿por qué se escogen ese par de primers de acuerdo a
los valores obtenidos?.
b. Diseñar (primer blast) y analizar (oligoanalizer IDT) los
cebadores que le permitan obtener el gen de interés, de
acuerdo a lo aprendido en el taller # 1, y que posean lo
necesario para clonar en el vector escogido. Presentar
la tabla resumen de lo obtenido y argumentar el ¿por
qué se escogen ese par de primers de acuerdo a los
valores obtenidos? (en algunos casos estos primers será
los mismos que en el literal g).
c. Realizar la PCR in silico en SnapGene que le permita
obtener el gen de interés, de acuerdo al diseño de
primers del literal g, realizar además una simulación del
gel de agarosa correspondiente. Nota: guardar todos los
archivos en una carpeta que deberá traer el día de la
defensa con nombres adecuados.
d. Realizar la PCR in silico en SnapGene que le permita
obtener el gen de interés, de acuerdo al diseño de
primers del literal h, realizar además una simulación del
gel de agarosa correspondiente. Nota: guardar todos los
archivos en una carpeta que deberá traer el día de la
defensa con nombres adecuados.
e. Realizar la clonación del amplicón correspondiente en el
vector usando Snap Gene y mostrar el mapa de
restricción general del vector recombinante.
f. Realizar el análisis a nivel de ADN del vector
recombinante en SnapGene, escogiendo una enzima
que corte en el gen de interés y otra en el vector, y
simular un gel de agarosa, tanto para la inserción
del gen en posición correcta como para la incorrecta
(de ser el caso). Si su vector realiza clonación
direccional, solo realizarlo con el gen en posición
correcta y con varios cortes para verificar la
integridad de la secuencia.
g. Dentro del paso de análisis de ADN, investigue con que
proveedor se podría realizar la secuenciación de ADN, y
en función de la tecnología escogida y el alcance en pb
de la misma, decida si es necesario diseñar más pares
de cebadores para la secuenciación, o si se puede
mandar un amplicón de los ya obtenidos por su grupo
en literales anteriores para este fin.
h. Diseñar y analizar (con los programas aprendidos)
cebadores que permitan la cuantificación vía qPCR con
SYBRGreen del ARN de interés producido por la célula
de expresión. Correr la PCR in silico y simular el gel de
agarosa utilizando SnapGene.
i. Realizar el análisis in silico a nivel de proteína, verificar
que no se haya corrido el marco de lectura y que la
traducción se dé correctamente en SnapGene. Comparar
la secuencia proteica recombinante obtenida con la
secuencia de la proteína nativa usando BLASTp,
comprobando así que la secuencia de la proteína está
intacta.
Parte 2: Propuesta de proyecto (documento escrito)
1. Redacte los antecedentes de su propuesta de proyecto
con las correcciones indicadas en la retroalimentación de
progreso 1 (no más de 10 carillas), en donde hable
acerca de: Generalidades de SARS-CoV2, mecanismo de
infección, situación actual de la pandemia, tipos de
vacunas que existen y explicación breve de cada una,
resumen breve de vacunas que se están
desarrollando/usando para combatir SARS-CoV2
actualmente (puede usar la información del archivo Excel
del progreso 1 como base), explicación más puntual del
uso de la estrategia de vacuna de subunidad basada en
la proteína S del virus.
2. Con base a lo que ha leído y a los analizado en el taller
del progreso 1 (incluyendo el enfoque de candidato
vacunal escogido por el grupo), redacte la problemática,
justificación, el objetivo general, específicos y el tema
de su propuesta de proyecto.
3. Después de leer el manual del vector escogido por el
grupo a profundidad, redacte la metodología de su
propuesta de investigación incluyendo TODAS las etapas
aprendidas de IG así como las subetapas más
importantes dentro de cada una. Esta metdología deberá
ser similar a la de un artículo científico, no es necesario
que coloque todos los detalles del protocolo en esta
sección (esto irá en anexos).
4. Redacte los anexos de su documento en donde deberá
incluir TODOS los protocolos necesarios a utilizarse en el
proyecto, adecuadamente enumerados y en orden
cronológico de flujo.
NOTA: las partes 1 y 2 deberán ser subidas como un solo
documento en la actividad taller integrador # 3.- documento
escrito.
Parte 3: Presentación para defensa (archivo
power point)
Realice una presentación de 30 minutos en donde exponga en
el siguiente orden los puntos de su propuesta de proyecto,
deberán demorarse no más de 20 minutos en los puntos 1-6 y
dejar 10 minutos ara u explicación del taller in silico (punto
7):
1) Tema
2) Antecedentes
3) Problemática
4) Objetivo general y específicos
5) Justificación
6) Metodología COMPLETA (presentarlo a manera de
diagrama de procesos con los pasos generales de IG y las
subetapas macro, no a nivel de lisis, centrifugación, etc)
7) Resultados y breve discusión del objetivo específico 1
(análisis in silico, no el paso a paso solo el resultados y
discusión)
NOTA: Esta presentación deberá ser subid únicamente por el
líder del grupo en la actividad llamada taller integrador # 3.-
defensa de taller.
INDICACIÓN FINAL:
La presentación será llevada a cabo por todos los integrantes
en el orden designado, y la respuesta de preguntas y defensa
se llevará a cabo de la misma forma. La defensa podrá incluir
repetir ensayos llevados a cabo en su taller en tiempo real,
por lo que se recomienda tener ese día acceso a una
computadora y de ser posible buena señal de internet. Las
preguntas también podrán ser de análisis o profundización de
escenarios. La nota será parcialmente grupal y parcialmente
individual de acuerdo a lo explicado en la rúbrica
correspondiente.
Para poder evaluar el trabajo colaborativo de forma objetiva,
el líder del grupo deberá grabar TODAS las reuniones que
realicen como grupo por teams, grabarlas y presentar al final
del documento escrito las tablas 1 y 2 en donde se muestre lo
especificado en cada una. Recuerden que solo se toman en
cuenta las reuniones grabadas, y la evaluación de la nota de
trabajo colaborativo será individual en cuanto al porcentaje
de participación de cada participante en las reuniones. Se
espera que este trabajo les tome mínimo 12 horas
(correspondiente a 4 horas semanales de trabajo autónomo),
de las cuales solo 10 horas deberán ser grabadas por teams
para llenar las tablas, y 2 horas serán de trabajo individual
previo a la reunión (lectura previa, redacción, investigación),
las cuales también debe ser registradas por el líder en la
tabla de acuerdo a la tarea pactada y el cumplimiento de la
misma que se evidencia en los productos y en la reunión.
Tabla 1.- Detalle
FECHA LINK DURACI NOMBRES OBSERVA
ÓN EN DE CI ONES
DE DEL HORAS INTEGRA (Integrante
REUNIÓN VIDEO NT
DE
LA
REUNIÓN
ES QUE que no
PARTICIPA se
R ON EN conecta,
LA MISMA baja
participación
de alguno
de los
miembros
comprobable
en el
video,
etc)
Tabla 2.- Resumen para nota asignada por el líder
MIEMBR # # TOTAL (#HORAS NOTA
O HORAS DE ACTIVAS/ SOBRE 5
DELGRUP ACTIVAS HORAS (REGLA
O DE TRABAJADAS # TOTAL
TRABAJO POR EL DE 3)
POR GRUPO DE
PARTICIPAN HORAS)*1
TE 00
(DEMOSTRA
BL ES EN
EL
VIDEO)
Miembro 10 Mínimo 12 =(6/12)*10 2.5/5
1 0
(ejempl =50%
o)
