TALLER PROTEÍNAS, ENZIMAS, CINÉTICA, CO FACTORES Y VITAMINAS.
BIOQUÍMICA QF CES.
Elaborado por: Diego F. Rodríguez Vélez; Profesor: José Fernando Patiño.
1. Explique por qué los residuos de glicina y de prolina no se encuentran con frecuencia en
las hélices a.
2. El veneno de la tarántula Rose chilena (Grammostola spatulata) contiene una toxina que
es una proteína con 34 aminoácidos. Se cree que es una proteína globular que se parte en
la membrana lipídica para ejercer su efecto. La secuencia de la proteína es:
ECGKFMWKCKNSNDCCKDLVCSSRWKWCVLASPF a) Identifique los aminoácidos
hidrofóbicos y los muy hidrofílicos que haya en la proteína. b) Se cree que la proteína tiene
una cara hidrofóbica que interactúa con la membrana de lípido. ¿Cómo pueden
interactuar los aminoácidos hidrofóbicos muy alejados en la secuencia y formar una cara
hidrofóbica?
3. La Hb Helsinki (HbH) es una hemoglobina mutante en la que se ha sustituido la lisina en la
posición 82 por metionina. La mutación se encuentra en la cadena beta y el residuo 82 en
la cavidad central de la hemoglobina. Las curvas de enlazamiento con oxígeno para la
hemoglobina de adulto normal (HbA, •) y de HbH ( ■) a pH 7.4 en presencia de una
concentración fisiológica de 2,3-BPG se ven en la gráfica siguiente. Explique por qué la
curva de HbH está desplazada respecto a la de HbA. Esta mutación ¿estabiliza el estado R
o el T? ¿Qué resultado tiene esta mutación sobre la afinidad hacia el oxígeno?
4. Se han medido las velocidades iniciales de la reacción entre a-quimotripsina y éster
bencílico de tirosina [S] a seis distintas concentraciones de sustrato. Use los datos
siguientes para llegar a una estimación razonable de los valores de Vmáx y Km para este
sustrato.
mM [S] 0.00125 0.01 0.04 0.10 2.0 10
𝑣0 (mM/mín) 14 35 56 66 69 70
*Estime al ojo porciento qué tipo de cinética tiene la reacción y por qué.
5. La anhidrasa carbónica (CA, de carbonic anhydrase) tiene una actividad 25 000 veces
mayor (kcat = 106 𝑠 −1 o todavía mayor) que la orotidina monofosfato descarboxilasa
(OMPD) (kcat = 40 𝑠 −1 ). Sin embargo, la OMPD tiene una “aceleración de velocidad” 1010
veces mayor que la CA (tabla 5.2). Explique cómo es esto posible.
6. El virus de inmunodeficiencia humana 1 (VIH-1) codifica una proteasa (Mr = 21 500) que es
esencial para ensamblar y madurar el virus. La proteasa cataliza la hidrólisis de un sustrato
heptapéptido con una kcat = 1000 s-1 y una Km = 0.075 M. a) Calcule la Vmáx para la
hidrólisis del sustrato cuando está presente la proteasa del VIH-1 a 0.2 mg*ml-1. b)
Cuando el —C(O)NH— del heptapéptido se sustituye por —CH2NH—, la proteasa del VIH-
1 no puede escindir el derivado que resulta y actúa como inhibidor. Bajo las mismas
condiciones experimentales que en la parte a) pero en presencia de 2.5 mM de inhibidor,
la Vmáx es 9.3*10-3 M s-1 . ¿Qué clase de inhibición sucede? Este tipo de inhibición ¿es de
esperarse para una molécula con esta estructura?
7. Las sulfonamidas (las sulfas) como la sulfanilamida son productos antibacterianos que
inhiben la enzima dihidropteroato sintasa (DS), necesaria en la síntesis del ácido fólico en
las bacterias. No hay inhibidor enzimático correspondiente en los animales porque el ácido
fólico es una vitamina esencial que no es posible sintetizar. Si el ácido p-aminobenzoico
(PABA) es un sustrato para la DS, ¿qué tipo de inhibición puede ser anticipada para la
enzima sintasa bacteriana en presencia de sulfonamidas? Trace una gráfica de doble
recíproco para este tipo de inhibición con ejes bien rotulados e identifique las líneas no
inhibidas e inhibidas.
8. La fumarasa es una enzima en el ciclo del ácido cítrico que cataliza la conversión de
fumarato en L-malato. Con las concentraciones de fumarato (sustrato) y las velocidades
iniciales que se ven abajo, trace una gráfica de Lineweaver-Burk y determine la Vmáx y Km
para la reacción catalizada por la fumarasa.
b) El peso molecular de la fumarasa es 194 000 y la enzima está formada por cuatro
subunidades idénticas, cada una con un sitio activo. Si la concentración de enzima es
1x10−8 M para el experimento de la parte a), calcule el valor de Kcat para la reacción de la
fumarasa con fumarato. Nota: las unidades de kcat son segundos recíprocos (𝑠 −1 ).
9. La reacción 2 que se indica abajo sucede 2.5 * 10^11 veces más rápidamente que la
reacción 1. ¿Cuál será la principal razón de este enorme aumento de velocidad en la
reacción 2? ¿Cuál es la importancia de este modelo para interpretar mecanismos posibles
para aumentos de velocidad por las enzimas?
10. Realice un cuadro comparativo entre las diferentes vitaminas y sus funciones. Busque sus
estructuras, sus otros nombres y sus derivados.
11. La proteasa del virus de inmunodeficiencia humana 1 (HIV1) posee una díada catalítica de
dos residuos de aspartato (un residuo en cada uno de los dos dominios idénticos: Asp-25,
pKa = 3.3, y Asp-25, pKa = 5.3). En el primer paso del hidrólisis del péptido, un aspartato
funciona como una base y acepta un protón de una molécula de agua; el otro aspartato
funciona como un ácido y dona un protón a un grupo carbonilo del péptido. El intermedio
tetraédrico que resulta no está unido covalentemente con la enzima. Escriba un
mecanismo para la HIV-1 proteasa.
b) Trace la curva pH-velocidad que es de esperar para la proteasa.
12. Un paciente que padece aciduria metilmalónica (altas concentraciones de ácido
metilmalónico) tiene elevadas concentraciones de homocisteína y bajas de metionina en
los glóbulos rojos y en los tejidos. Las concentraciones de ácido fólico son normales. a) ¿De
qué vitamina es probable que haya deficiencia? b) ¿Cómo podría esta deficiencia producir
los síntomas descritos anteriormente? c) ¿Por qué es más probable que esta deficiencia
vitamínica se presente en una persona que tenga una dieta vegetariana?
13. Diga qué tipo de mecanismo enzimático usa la siguiente reacción. Describa cofactor y
cosustrato si lo hay.
14. La wafarina se usa para matar roedores y es tóxica para los animales en general, porque
produce una hemorragia interna anormal. Puede interferir con la acción de cierta
coenzima derivada de una vitamina, debido a la semejanza estructural de sus sistemas de
anillos. Diga el nombre de la coenzima.
15. Dibuje las reacciones de reducción parcial y total de la coenzima Q. No olvide las
resonancias y sea muy específico.
16. Dibuje las reacciones de reducción parcial y total de la flavina (FAD ó FMN). No olvide las
resonancias y sea muy específico.
17. Para cada una de las siguientes reacciones catalizadas por enzimas, determine el tipo de
reacción y la coenzima que probablemente participe.
Extraído de Horton, H., Moran, L. and González y Pozo, V. (2008). Principios de bioquímica (4a.
ed.). Distrito Federal: Pearson Educación.
