Artículo publicado en
Investigación y Ciencia
n.o 415
BASES GENÉTICAS
LA
VIDA INTERIOR
DEL
GENOMA
La forma en que los genes se organizan y desplazan
en el núcleo celular determina en gran medida
el funcionamiento de los mismos, sea este normal o patológico
Tom Misteli
EN SÍNTESIS
Los cromosomas no se distri-
buyen de forma aleatoria en el
núcleo, sino que tienden a ocupar
posiciones concretas.
Esta organización nuclear re-
cromosoma y de los genes que
alberga. La organización puede
variar según la actividad de la
célula y durante la enfermedad.
La descripción de la posición de
los genes en el núcleo y la modi-
el funcionamiento de las células
normales y el origen de algunas
enfermedades, como el cáncer.
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LOS CROMOSOMAS de una célula
en división (izquierda) están duplicados y
ofrecen un aspecto compacto. Sin embar-
go, durante el resto del tiempo se hallan se-
parados y más expandidos (abajo). Hasta la
reciente llegada de las técnicas de «pintado
cromosómico» resultaba muy difícil distin-
guir un cromosoma expandido de otro.
ANATOMY BLUE
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H noma humano proporcionó al mundo las bases sobre las
que se construía un ser humano. Pero del mismo modo que
una lista de piezas de automóvil no nos indica el funcio-
namiento del motor, la secuencia genómica completa (la
-
-
nas) no nos reveló la manera en que el genoma dirige la actividad cotidia-
na de nuestras células o controla el desarrollo de un óvulo fecundado has-
ta convertirse en un adulto funcional.
Para abordar esa cuestión, junto con investigadores del nue- mas. Pero como resultaba difícil observar estos últimos —y dado
vo campo de la biología celular genómica, estamos estudiando que los gusanos cilíndricos de Boveri no constituían un sistema
la disposición de los cromosomas, y los genes que albergan, en experimental habitual—, su concepto de territorios cromosómi-
el espacio tridimensional del núcleo, así como el efecto de esa cos permaneció ignorado durante largo tiempo.
organización en su funcionamiento. Las pruebas experimentales que respaldaron la idea de los
Mediante nuevas técnicas de obtención de imágenes tridi- territorios cromosómicos no llegaron hasta que los hermanos
mensionales que nos permiten desentrañar el interior de la cé- Thomas y Christoph Cremer desarrollaron un método para mar-
lula viva, hemos descubierto un ecosistema tremendamente di- car y visualizar el material genético de una pequeña región
námico. En el núcleo, los cromosomas interaccionan físicamente del núcleo. A principios de los años ochenta, demostraron que
con cromosomas vecinos, los genes de esos cromosomas migran
a distintos lugares nucleares según su cometido y las moléculas región del núcleo, solo unos pocos cromosomas resultan mar-
que regulan la actividad génica se congregan en bulliciosas cen-
tralitas. Los hallazgos recientes nos ofrecen conocimientos de creía, cada pulso de rayo láser habría incidido sobre un núme-
primera mano sobre la función del genoma en el mantenimien- ro mucho mayor de cromosomas.
to de nuestra salud y el origen de algunas enfermedades, entre Pocos años después, los investigadores perfeccionaron un
ellas ciertos tipos de cáncer; también pueden dar lugar a nuevos método más colorido y mejor dirigido para marcar y visualizar
métodos para el diagnóstico de enfermedades. cromosomas enteros. Mediante la técnica de «pintado cromo-
CUESTIONES PRELIMINARES
Los recientes progresos son el resultado de descubrimientos lle-
vados a cabo en la década de los ochenta. Por aquel entonces, se determinar su ubicación. Estos estudios demostraron claramen-
sabía que los cromosomas sufrían una intensa condensación du- te que los cromosomas se presentaban en el núcleo como enti-
rante la división celular, momento en que adoptaban la forma dades discretas, ocupando un espacio separado de los demás.
característica de reloj de arena. También se había observado en Ese descubrimiento abrió numerosos interrogantes que hoy
ellos una estructura más relajada cuando las células realizaban en día se están abordando. ¿Se reparten los cromosomas de ma-
sus funciones normales y no se estaban dividiendo. Ese aspec- nera aleatoria por todo el núcleo? ¿O tienen un lugar asignado
to laxo hacía difícil la distinción entre cromosomas aunque se en el mismo? Y lo que es más importante, ¿afecta su posición a
utilizasen los mejores microscopios. Se aceptaba la idea de que, la actividad de los genes que albergan?
en las células que no se estaban dividiendo, los cromosomas se
entremezclaban igual que espaguetis amontonados en un bol. AFINIDAD ENTRE CROMOSOMAS
Esa era la opinión prevaleciente a pesar de que existían algu- Ahora sabemos que cada cromosoma tiende a ocupar una po-
nos indicios en contra. A principios del siglo , el citólogo Theo- sición concreta en el núcleo. En los leucocitos humanos, el cro-
mosoma 18 suele hallarse pegado a la pared externa del núcleo,
organización de los cromosomas. Basándose en estudios de un
gusano cilíndrico que infecta a los caballos, dedujo que, aunque
los cromosomas experimentan cambios de tamaño y forma du- dos. La predilección de cada cromosoma por una posición más
rante la vida de una célula, cada uno de ellos ocupa una región cercana o lejana a la periferia nuclear crea distintos grupos de
- -
mosómicos» a las regiones habitadas por los distintos cromoso- cinos que suele mantener en todas las células, siempre y cuando
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ASPECTOS BÁSICOS
Niveles de organización
Se sabe desde hace tiempo que el ADN de los cromosomas
se pliega de formas muy complejas. Ahora se ha demostrado
también que cada cromosoma ocupa un territorio especí-
micrografía) y que mientras algunos
-
den los cromosomas y la proximidad entre algunos de ellos
pueden afectar enormemente al funcionamiento
de las células.
Cromatina
Arquitectura
de un cromosoma Núcleo
El ADN de cada uno de nues-
tros 46 cromosomas se halla enro-
llado en un carrete formado por unas
proteínas denominadas histonas; el con- Carrete de histonas
junto se pliega aún más sobre sí mismo. El
complejo formado por el ADN y las proteínas
recibe el nombre de cromatina. Si se estirase en toda
su longitud, el ADN nuclear de todo el organismo
humano cubriría la distancia que hay entre el Sol y la
Tierra, ida y vuelta, unas 100 veces.
ADN
HYBRIDIZATION KARYOTYPING», POR KAROLY SZUHAI Y HANS J. TANKE, EN NATURE PROTOCOLS, VOL. 1, N. O 1, JUNIO DE 2006 (micrografía)
ANATOMY BLUE; DE «COBRA: COMBINED BINARY RATIO LABELING OF NUCLEIC-ACID PROBES FOR MULTI-COLOR FLUORESCENCE IN SITU
Arquitectura de un núcleo
En los últimos 15 años la microscopía avanzada ha refutado
la idea tradicional de que los cromosomas se amontonaban en el
núcleo de cualquier manera, igual que los espaguetis cocidos
en un bol. En esta imagen se observa, en distintos colores,
estas sean del mismo tipo. En estudios realizados con leucocitos -
- tiva. En mi laboratorio, Takumi Takizawa descubrió que normal-
ba con frecuencia a los cromosomas 14 y 15. mente la versión silente se ubica en la periferia del núcleo, mien-
Sin embargo, las posiciones de los cromosomas no son in- tras que la copia activa reside en el interior de este. Otros exper-
mutables. Mi laboratorio descubrió que los cromosomas se dis- tos han descubierto un posicionamiento similar en los genes que
tribuían de manera distinta en diversos tipos celulares. Otros -
investigadores han demostrado que esas posiciones varían du- gregan los leucocitos ante un organismo invasor. En los leuco-
rante el desarrollo y en la enfermedad. Y no solo eso, el lugar citos en estado de alerta por la presencia de células foráneas, la
región del cromosoma que alberga al gen IGH
desactivación de los genes que contiene. de los componentes de la inmunoglobulina) tiende a desplazarse
Tal efecto se dedujo tras observar un cambio de actividad de hacia el centro del núcleo. Estos descubrimientos han puesto de
el estudio del gen GFAP. Por lo general, los astrocitos, células del
cerebro con forma de estrella, poseen una copia activa de ese gen situados en la periferia del núcleo son inactivos.
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DESCUBRIMIENTOS
Nuevas pistas sobre la activación de los genes
arriba
abajo).
Región reguladora
Aspectos básicos
de la activación génica
Un gen se activa, o se expresa, después
de que ciertas proteínas, los factores de trans-
cripción, se reúnan en las regiones regula- ARN polimerasa
doras del gen. Ello permite a las enzimas
ARN polimerasas transcribir las letras
del código genético, los nucleótidos, a
copias de ARN móviles. En el caso de Factores de transcripción
-
culas de ARN mensajero migran hacia el
Gen
citoplasma, donde los ribosomas las tra-
Ribosoma
Proteína incipiente
ARN mensajero
Cromosoma
reprimido
Nuevos conocimientos
Hoy en día, se sabe que la periferia nuclear ejerce un
efecto de silenciamiento sobre los genes y que el centro
promueve la activación. Cuando se necesita un gen que
está silenciado, se cree que el ADN implicado forma
un bucle que se separa del resto de su cromosoma
(izquierda). Cuando el gen entra en una fábrica
de transcripción (una zona bulliciosa
que contiene factores de transcripción
y polimerasas) se vuelve activo.
A veces, los factores de transcrip-
ción unidos a un gen de un cromo-
soma pueden ayudar a activar
un gen situado en un cromo-
soma vecino (no se indica en
).
Núcleo
Gen
Lamina
Fábrica
de transcripción
ANATOMY BLUE
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¿Habrá algo en las regiones externas del núcleo que favo- -
rezca el silenciamiento génico? Uno de los primeros indicios de rencia de las células totalmente diferenciadas, las células madre
que podría ser así se remonta a los años treinta, cuando se ob- embrionarias carecen de las amplias regiones de heterocromati-
servó que la periferia del núcleo se hallaba revestida de hetero- na donde los genes se encuentran silenciados. Tampoco poseen
cromatina (regiones cromosómicas muy condensadas). Un cro-
periferia del núcleo. Como resultado, casi todos los genes de una
especie de carrete formado por unas proteínas, las histonas; el célula madre presentan un nivel de actividad reducido.
Cuando las células madre embrionarias reciben una señal
para diferenciarse, por ejemplo, en células óseas o en neuronas,
más, con lo que se vuelven más condensadas. La heterocroma-
tina representa una forma de cromatina con un enrollamiento Aparecen las laminas, que se unen entre sí y forman un manto
muy compacto, una disposición que tiende a evitar que las pro- estrechamente entrelazado, la lamina nuclear, que se sitúa por
debajo de la membrana nuclear. Se cree que esta lamina de
Por supuesto, esa observación preliminar no permitía escla- soporte mantiene la forma del núcleo y protege a los cromoso-
recer si la periferia favorecía el silenciamiento o si la cromatina mas de la presión mecánica externa. Pero también parece estar
compacta resultaba atraída hacia esas regiones por otros mo- implicada en la regulación normal de los genes. Los segmentos
tivos. Pero una serie de experimentos llevados a cabo por di- cromosómicos con menos genes activos contienen cierta pro-
teína estructural que comprime esas regiones y las convierte
los investigadores apartaban a los genes activos de sus posicio- en heterocromatina; a continuación las une a las laminas de
nes habituales en el núcleo y los anclaban a la la periferia del núcleo. Ese secuestro hace que
membrana nuclear, su actividad se veía, por lo las regiones ricas en genes se sitúen más cerca
general, reducida. Por tanto, la periferia del nú-
Los cromosomas del interior y de la maquinaria que los activa.
cleo ayuda a mantener el estado silente, por lo se distribuyen de Por tanto, la aparición de las laminas durante
menos en algunos genes. el desarrollo embrionario permite a las células
El interior del núcleo, por su parte, tam-
manera diferente desactivar los genes que ya no hacen falta, que
bién podría contribuir a la función de los cro- en distintos
mosomas y genes, cuya actividad se necesita
de forma rápida y frecuente. Esa zona apor-
tipos celulares Al observar lo que ocurre cuando hay un
defecto en la laminas se refuerza la importan-
ta conjuntos de conglomerados proteicos, las y a lo largo del cia de la descentralización de determinadas re-
fábricas de transcripción. Entre ellos se inclu- desarrollo. El giones cromosómicas para el funcionamiento
yen las polimerasas (enzimas que transcriben correcto de los genes en las células diferencia-
- lugar que ocupa das. Las mutaciones en las laminas dan lugar
ce en una proteína), así como factores de trans- un cromosoma a una serie de enfermedades, como la distro-
cripción (proteínas que se unen a las regiones -
reguladoras de los genes y ponen en marcha cimiento prematuro. Esas laminopatías resul-
las polimerasas). en la activación
Peter Cook, de la Universidad de Oxford, la mayoría de las enfermedades, en las que una
propuso en 1993 la existencia de esas fábri-
o desactivación mutación en un gen da lugar a un trastorno
cas, tras darse cuenta de que, en todo momen- de los genes concreto, las mutaciones en las laminas origi-
to, el número de genes activos en el núcleo su-
peraba en gran medida al número de lugares
que contiene se sabe con exactitud la manera en que las la-
en los que las polimerasas se hallaban leyen- minas defectuosas provocan estos trastornos.
do genes. Esa pauta podría interpretarse como la agrupación Tal vez den lugar a una debilitación de la lamina nuclear, lo que
de múltiples genes en centralitas de actividad transcripcional dejaría vulnerable al núcleo frente a fuerzas mecánicas. Como
donde se compartirían las polimerasas y los factores de trans- consecuencia, el genoma resultaría dañado y la célula podría
- perecer. Otra posibilidad sería que las laminas defectuosas per-
- dieran la capacidad de organizar el genoma, con lo que coloca-
lar que sintetiza las proteínas) se transcriben de forma conjun- rían genes en los lugares erróneos y alterarían su función.
ta en el nucleolo, una subestructura nuclear lo bastante grande -
para observarse al microscopio. mosomas en células de pacientes con laminopatías tienden a
respaldar esta última idea. Se ha demostrado así la reubicación
INFLUENCIA EN LA SALUD aberrante de los cromosomas 13 y 18 (desde la periferia hacia
La biología celular genómica aún no conoce todas las reglas el interior) en células con una mutación asociada a esas pato-
que gobiernan la actividad de los genes en distintas partes del logías. Pero todavía no se ha aclarado si la redisposición de los
núcleo. Sin embargo, se ha demostrado que la ubicación de cromosomas es consecuencia de la enfermedad o constituye uno
los genes en el núcleo tiene relevancia en el desarrollo nor- de los factores que contribuyen a ella.
mal y la salud. En algunos tipos de cáncer resulta más claro el papel cru-
Un ejemplo llamativo de la reorganización génica durante el cial de la posición cromosómica. A menudo, las células malignas
desarrollo embrionario procede de los estudios de células madre presentan «translocaciones» cromosómicas, una aberración que
embrionarias. Estas células son «pluripotentes», es decir, poseen aparece cuando un fragmento se desprende de un cromosoma
la singular capacidad de diferenciarse en cualquiera de los aproxi- y acaba uniéndose a otro. En algunos casos, esas translocacio-
nes provocan un cáncer porque la fusión da lugar a un gen mu-
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tante que favorece una proliferación celular excesiva; en otros Se ha planteado que las secuencias cromosómicas podrían
casos, resultan intrascendentes.
El hecho de que un cromosoma se combine con otro y for-
me una translocación parece depender de la ubicación de los reconoce una secuencia génica determinada, se una a esta úl-
- tima y, a continuación, con la ayuda de una proteína que ac-
tos tienden a fusionarse con mayor frecuencia. Consideremos túe como un motor molecular, arrastre esa región del cromoso-
el linfoma de Burkitt. Muchos pacientes con esa enfermedad ma hacia un lugar concreto del núcleo. Pero hasta ahora nadie
presentan una translocación entre el gen MYC, alojado en el -
cromosoma 8, y el gen IGH, en el cromosoma 14; en contadas nar un mecanismo de señalización que indique un conjunto
ocasiones, MYC - -
IGK; y aún ja un gen hacia el centro del núcleo o hacia su maquinaria de
más raramente se fusiona con el gen IGL, situado en el cromo- transcripción favorita.
En vez de ello, hemos propuesto la idea de una autoorgani-
que, dentro del núcleo, la distancia media entre MYC y los tres zación de la posición nuclear, algo parecido a lo que ocurre con
genes con los que se translocaba se correspondía de manera los estudiantes de secundaria, que forman pandillas porque se
precisa con la frecuencia de la alteración. Ello indica que exis- sienten atraídos por intereses comunes, no porque sus padres o
te una relación entre la distancia entre los genes y la probabi- -
lidad de translocación. A partir de entonces se ha observado mo modo, la localización de los genes y de los cromosomas en
esta relación en otros tipos de cáncer. el interior del núcleo surge como resultado de su actividad y no
Mi laboratorio también ha demostrado que cuando un cro- está determinada por ningún mecanismo de organización exter-
mosoma se rompe, los extremos dañados permanecen cerca de
su sitio y no se alejan mucho de la región donde se situaban ¿Cómo funcionaría esa autoorganización? Veamos lo que su-
antes de la rotura. Esta observación explica la cede en un núcleo cuando el gen de una célula
mayor probabilidad de fusión de los cromo- Uno de los avances diferenciada se activa en respuesta a una señal,
somas agrupados en la misma vecindad con como la de una hormona. Antes de que la señal
respecto a la de los cromosomas distantes. más fascinantes ha llegue a la célula, el gen se halla inactivo; pro-
También aclara el hecho de que determina- sido darse cuenta bablemente se oculte en una región de cromati-
das translocaciones se observen en un cáncer na condensada, quizás en un bloque de hetero-
de un tejido pero no de otro, ya que los cromo-
de que cromatina asociado a la periferia nuclear. Cuan-
somas están distribuidos de distinta forma en el conocimiento do la señal llega al núcleo, ciertas moléculas,
los diversos tejidos. Por tanto, resultará más los remodeladores de la cromatina, desenrollan
probable que los cromosomas próximos entre
de la posición
sí en las células renales experimenten translo- habitual de los hacen esa zona más accesible a la maquinaria
cación en los tumores renales que en el cán-
cer de otros tejidos, como los leucocitos, don-
cromosomas en transcripcional. En un núcleo autoorganizado,
esta relajación permitiría la formación de un
de esos cromosomas se hallan más apartados el núcleo podría bucle de cromatina que sobresaldría de la he-
unos de otros. contribuir a terocromatina ubicada en la periferia. El bucle
Uno de los avances más fascinantes en este errante merodearía por nuevas regiones del nú-
campo ha sido darse cuenta de que el conoci- detectar el cáncer cleo y acabaría estableciendo contacto con una
miento de la posición habitual de los cromo- fábrica de transcripción.
somas en el núcleo podría contribuir a detectar el cáncer. Los Hay que señalar que este movimiento del gen —desde las
experimentos preliminares han demostrado que la ubicación afueras del núcleo hacia el centro, donde se desarrolla la ac-
de los genes podría indicar si una célula es cancerosa. En un ción— tiene lugar sin la ayuda de ninguna maquinaria de trans-
estudio piloto sobre el cáncer de mama realizado en mi labora- porte diseñada al efecto y está dirigida totalmente por la activi-
- dad del gen. Este modelo presenta una interesante consecuen-
sición distinta entre las células tumorales y las células de teji-
do mamario normal. Esos genes resultaron unos buenos mar- aleatoria, la forma de llegar hasta allí sí puede serlo.
cadores del cáncer de mama, ya que nos permitieron reconocer El concepto de autoorganización concuerda con numerosos
las muestras de tejido canceroso con una precisión muy eleva- resultados de experimentos de rastreo genético. Los genes pue-
da. En las células malignas, algunos genes cambian de posición den formar bucles que se alejan del cromosoma y se desplazan
incluso antes de que las células empiecen a funcionar mal. Por por todo el núcleo. Algunos de ellos incluso llevan al extremo
tanto, esperamos que algún día los análisis de la posición de estas escapadas transcripcionales. Cuando las hormonas deno-
los genes se conviertan en una poderosa herramienta molecular minadas citocinas estimulan los leucocitos, los genes que co-
que ayude a diagnosticar el cáncer en etapas muy tempranas.
del complejo mayor de histocompatibilidad de clase II) se ale-
EL NÚCLEO AUTOORGANIZADO jan bastante del cuerpo del cromosoma en el que se ubican, y
El enigma fundamental de la biología celular genómica es sa- en ocasiones se extienden por medio núcleo.
ber lo que determina la posición de un gen o de un cromoso- El mismo principio puede gobernar el posicionamiento de
ma en el núcleo ¿Cómo saben los genes y los cromosomas ha- cromosomas enteros. Aunque la mayoría de los genes se des-
cia dónde ir? y ¿cómo consiguen llegar hasta allí a medida que plaza poco, cada uno de ellos contribuye a que su cromosoma
las células donde residen se van diferenciando y especializan- -
do en los diversos tejidos? ganización es la norma, un cromosoma que contenga en su ma-
10 TEMAS 81
T R A N S L O CAC I O N E S
Una característica distintiva de cáncer
causa de radiaciones o de toxinas) y posteriormente se unen entre sí de manera inapropiada
-
MYC del cromosoma 8 y el gen IGH del cromosoma 14
translocaciones solo tenían lugar en determinados tipos celulares. Pero estudios recientes
-
los cromosomas 8 y 14 suelen ser vecinos.
Cromosomas Ruptura del ADN Unión incorrecta Translocación
vecinos de los extremos causante de un cáncer
yor parte genes inactivos se verá empujado hacia las regiones La elaboración del primer borrador de la secuencia del ge-
más represivas de la periferia nuclear, mientras que un cromo- noma humano supuso unos diez años de esfuerzo enorme. La
soma con una mayoría de los genes activos será arrastrado ha- biología celular genómica, al intentar ir más allá de la infor-
cia el centro del núcleo. mación que aporta la secuencia por sí sola, está empezando a
Para comprobar tal predicción, el grupo de Mark Groudine, del desentrañar el modo en que se comportan los genomas en la
Centro de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson, en Seattle, célula, su hábitat natural. Esta tarea, aunque estimulante, es
obtuvo células precursoras de la sangre y, a continuación, provocó
su maduración. Las células se recogieron en distintos momentos ocupados a los biólogos mucho más tiempo del que se empleó
y se midió en ellas la actividad de varios miles de genes. Al mis- para secuenciar el genoma humano.
mo tiempo, determinaron la posición de los cromosomas donde
-
tenían el mayor número de genes cuya actividad variaba al ma- Tom Misteli es investigador del Instituto Nacional del Cáncer en Bethes-
durar las células fueron los que más se desplazaron. da, Maryland.
Aunque representan un buen punto de partida, esos expe-
-
PARA SABER MÁS
genómicas a la vez. Puede que una técnica revolucionaria ali- The cell nucleus and aging: Tantalizing clues and hopeful promises. Paola
vie pronto este problema. El método Hi-C, desarrollado por PLoS Biology, vol. 3, n.o 11, pág. e395,
noviembre de 2005.
Cell biology: Chromosome territories. Karen J. Meaburn y Tom Misteli en
Massachusetts, permite obtener en poco tiempo una instantá- Nature, vol. 445, págs. 379-381, 25 de enero de 2007.
nea de la arquitectura tridimensional del genoma al enlazar Beyond the sequence: Cellular organization of genome function. Tom
químicamente todas las regiones cromosómicas que se hallan Misteli en Cell, vol. 128, n.o 4, págs. 787-800, febrero de 2007.
en contacto en el núcleo. Mediante esa técnica pronto se po- Dynamic genome architecture in the nuclear space: Regulation of gene
expression in three dimensions. Christian Lanctôt et al. en Nature Reviews
drá determinar la localización de los cromosomas en núcleos Genetics, vol. 8, n.o 2, págs. 104-115, febrero de 2007.
de distintos tejidos, a diferentes tiempos y sometidos a condi- Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding
ciones diversas. Tras la comparación de esos patrones con los principles of the human genome. Erez Lieberman-Aiden et al. en Science,
conjuntos de genes activos e inactivos, se podrán adquirir nue- vol. 326, págs. 289-293, 9 de octubre de 2009.
The nucleus. Dirigido por Tom Misteli y David L. Spector. Cold Spring Harbor
ANATOMY BLUE
vos conocimientos sobre el efecto de la organización nuclear Laboratory Press, 2010.
en la función de la célula y el modo en que su alteración pue-
de contribuir a la enfermedad.
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