Kenya Yamileth Gil Santacruz B3B

BIOQUÍMICA ESTRUCTURAL Y METABÓLICA

EJERCICIOS TEMA III. ENZIMAS

1.- Responder si las siguientes cuestiones son verdaderas o falsas.

Explicar porqué

a) La velocidad inicial de una reacción catalizada enzimáticamente, es

independiente de la concentración de sustrato.
Falsa: La velocidad inicial cambia de acuerdo la cantidad de
concentración del sustrato
b) A niveles de saturación de sustrato, la velocidad de una reacción
catalizada enzimáticamente es proporcional a la concentración de
enzima.
Falsa: No es proporcional a la concentración de la enzima, sino que es
a la del sustrato
c) La constante de Michaelis, Km, es igual a la concentración de sustrato
para la cual v0=1/2Vmax.
Verdadera
d) La Km de una enzima varía con la concentración de enzima.
Falsa: La Km varía conforme la concentración del sustrato
e) La velocidad de una reacción catalizada por una enzima en presencia
de una concentración de sustrato limitante de la velocidad decrece con
el tiempo.
Verdadera
f) Adicionando suficiente cantidad de sustrato se puede obtener la
Vmax. en presencia de un inhibidor no competitivo.
Verdadera
g) La Km puede alterarse por la presencia de metabolitos
estructuralmente relacionados con el S.
Verdadera
2.- Para estudiar la dependencia de la v frente a [S] de una reacción
catalizada enzimáticamente, una cantidad constante de enzima se
adiciona a una serie de medios de reacción de 10 ml de volumen
conteniendo diferente [S]. Las velocidades iniciales de reacción se han
determinado midiendo el número de moles de producto formado por
minuto, obteniéndose los siguientes resultados:

[S] 5 x 10-2 5 x 10-3 5 x 10-4 5 x 10-5 5 x 10-6 5 x 10-7

moles/L
V0 0.25 0.25 0.25 0.20 0.071 0.0096
(μmoles/mi
n)

Empléese el cálculo numérico para responder a las siguientes

cuestiones:

a) ¿Cuál es la Vmax? para esta [E]?

𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉𝑀𝐴𝑋 = 0.25𝑥10−6
𝑚𝑖𝑛
b) ¿Cuál es la Km de esta enzima?
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉𝑀𝐴𝑋 [𝑆] (0.25𝑥10−6 ∗5𝑥10−5 ) 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝐾𝑀 = − [𝑆] = 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝐿
− 5𝑥10−5 =
𝑉0 0.2𝑥10−6 𝐿
𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
1.25𝑥10−5
𝑚𝑖𝑛
c) Demostrar si esta reacción sigue o no la cinética de Michaelis-
Menten.
Si sigue la cinética, porque su gráfica es una hipérbola
d) ¿Cuáles serán las velocidades iniciales a [S]=1x10-6 M y a [S]=1x10-
1
M?
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉𝑀𝐴𝑋 [𝑆] (0.25𝑥10−6 )∗(1𝑥10−6 𝑀) 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉0 = = 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠 = 1.85𝑥10−8
𝐾𝑀 +[𝑆] (1.25𝑥10−5 )+(1𝑥10−6 𝑀) 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑖𝑛
 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉𝑀𝐴𝑋 [𝑆] (0.25𝑥10−6 )∗(1𝑥10−1 𝑀) 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉0 = = 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠 = 2.5𝑥10−7
𝐾𝑀 +[𝑆] (1.25𝑥10−5 )+(1𝑥10−1 𝑀) 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑖𝑛
e) Calcular la cantidad total de producto formado durante los primeros
cinco minutos para [S]=2x10-3 M. ¿Se podría hacer lo mismo para
[S]=2x10-6 M?
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉𝑀𝐴𝑋 [𝑆] (0.25𝑥10−6 )∗(2𝑥10−3 𝑀) 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉0 = = 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠 = 2.48𝑥10−7
𝐾𝑀 +[𝑆] (1.25𝑥10−5 )+(2𝑥10−3 𝑀) 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑃𝑟𝑜𝑑𝑢𝑐𝑡𝑜 = (𝑉0 )(𝑇𝑖𝑒𝑚𝑝𝑜) = (2.48𝑥10−7 ) (5𝑚𝑖𝑛) =
𝑚𝑖𝑛
1.24𝑥10−6 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉𝑀𝐴𝑋 [𝑆] (0.25𝑥10−6 )∗(2𝑥10−6 𝑀) 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉0 = = 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠 = 3.45𝑥10−8
𝐾𝑀 +[𝑆] (1.25𝑥10−5 )+(2𝑥10−6 𝑀) 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑃𝑟𝑜𝑑𝑢𝑐𝑡𝑜 = (𝑉0 )(𝑇𝑖𝑒𝑚𝑝𝑜) = (3.45𝑥10−8 ) (5𝑚𝑖𝑛) =
𝑚𝑖𝑛
1.725𝑥10−7 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
f) Suponiendo que la [E] se incrementase en cada medio de reacción
multiplicando por un factor 4. ¿Cuál sería el valor de Km y de la Vmax?
Serían los mismos ya que esos valores se relacionan con la
concentración del sustrato, no de la enzima.
¿Cuál sería la velocidad inicial para [S]=5x10-6 M?
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉𝑀𝐴𝑋 [𝑆] (0.25𝑥10−6 )∗(5𝑥10−6 𝑀) 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉0 = = 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠 = 7.14𝑥10−8
𝐾𝑀 +[𝑆] (1.25𝑥10−5 )+(5𝑥10−6 𝑀) 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑖𝑛

3.- La cinética de una enzima viene medida como función de la [S] en

ausencia y presencia del inhibidor a una [I]=10-4 M. A partir de los
siguientes resultados:

[S] x10-5 M 0.3 0.5 1 3 9

V0 10.4 14.5 22.5 33.8 40.5
(μmoles/min)
sin Inhibidor
V0 2.1 2.9 4.5 6.8 8.1
(μmoles/min)
con Inhibidor

a) Representar v0 frente a [S] y 1/Vmax. frente a 1/[S].

 V0

1/VMAX

b) Calcular Vmax. y Km en ausencia y presencia de inhibidor.

Calculando VMAX sin inhibidor
1 1
𝑉𝑀𝐴𝑋 = = = 44.64𝜇𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠/𝑚𝑖𝑛
𝑉𝑀𝐴𝑋 0.0224
Calculando VMAX con inhibidor
1 1
𝑉𝑀𝐴𝑋 = = = 8.89𝜇𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠/𝑚𝑖𝑛
𝑉𝑀𝐴𝑋 0.1125

Calculando KM sin inhibidor

𝐾𝑀 = 𝑚 ∗ 𝑉𝑀𝐴𝑋 = 0.1108 ∗ 8.89 = 0.99 𝜇𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠/𝑚𝑖𝑛
Calculando KM con inhibidor
𝐾𝑀 = 𝑚 ∗ 𝑉𝑀𝐴𝑋 = 0.0224 ∗ 44.64 = 0.99 𝜇𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠/𝑚𝑖𝑛
c) ¿Qué tipo de inhibición es esta?
Viendo la gráfica podemos concluir que es una inhibición no competitiva
ya que se unen en el eje de las X.

d) Calcular la KI.
[𝑆]∗𝑉𝑀𝐴𝑋 [𝑆]∗𝑉𝑀𝐴𝑋
𝑉0 = [𝐼] → 𝑉0 = → (𝐾𝑖 + [𝐼] + [𝑆])𝑉0 = [𝑆] ∗ 𝑉𝑀𝐴𝑋 →
𝐾𝑖 (1+ )+[𝑆] 𝐾𝑖 +[𝐼]+[𝑆]
𝐾𝑖
[𝑆]∗𝑉𝑀𝐴𝑋 [𝑆]∗𝑉𝑀𝐴𝑋
𝐾𝑖 + [𝐼] + [𝑆] = → 𝐾𝑖 = − [𝐼] − [𝑆]
𝑉0 𝑉0

𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
[𝑆]∗𝑉𝑀𝐴𝑋 (0.3𝑥10−5 𝑀)∗(8.89𝑥10−6 )
𝐾𝑖 = − [𝐼] − [𝑆] = 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑚𝑖𝑛
− 1𝑥10−4 𝑀 −
𝑉0 2.5𝑥10−6
𝑚𝑖𝑛
0.3𝑥10−5 𝑀 = |−9.23𝑥10−5 | = 9.23𝑥10 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠/𝑚𝑖𝑛 −5
 4.- La enzima aspartato transcarbamilasa cataliza la primera reacción
propia de la síntesis de pirimidinas. En un estudio de ésta enzima,
utilizando aspartato como sustrato, en presencia de CTP 0,5 M y en
ausencia del mismo, se obtuvieron los siguientes datos:

Aspartato 1 2 3 4 5 7 9 10 12 15 16 17
(mM)
V0 sin 0.4 0. 1. 2.9 3.4 4.3 5.1 5.3 5.6 5.8 5.8 5.8
CTP (u.a.) 5 8 7
V0 con 0.2 0. 0. 1 1.4 2.4 3.7 4.2 4.8 5.5 5.6 5.6
CTP 0.5 M 4 7

a) Calcule el valor de KM

Sin CTP:
𝑉𝑀𝐴𝑋 = 5.8 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠/𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝐾𝑀 = 𝑚 ∗ 𝑉𝑀𝐴𝑋 = 2.2584 ∗ 5.8 = 13.1
𝑚𝑖𝑛
Con CTP:
𝑉𝑀𝐴𝑋 = 5.6 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠/𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝐾𝑀 = 𝑚 ∗ 𝑉𝑀𝐴𝑋 = 5.2414 ∗ 5.6 = 29.4
𝑚𝑖𝑛
b) Utilizando la ecuación de Michaelis-Menten, calcular V0 para una
[S]=3 mM. ¿Existe alguna discrepancia entre estos datos y los
experimentales? Justificarlo.
Estos resultados son aproximados ya que la Km se debió obtener por la
VMAX que se obtuvo mediante el experimento, por lo tanto, debe ser más
real ese resultado, así que por eso los resultados son similares, más no
iguales.
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉𝑀𝐴𝑋 [𝑆] (5.8 )∗(3𝑥10−3 𝑀) 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉0 = = 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠 = 1.33𝑥10−3
𝐾𝑀 +[𝑆] (13.1 )+(3𝑥10−3 𝑀) 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉𝑀𝐴𝑋 [𝑆] (5.6 )∗(3𝑥10−3 𝑀) 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠
𝑉0 = = 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠 = 5.91𝑥10−4
𝐾𝑀 +[𝑆] (29.4 )+(3𝑥10−3 𝑀) 𝑚𝑖𝑛
𝑚𝑖𝑛
c) ¿Qué efecto tiene el CTP sobre la actividad enzimática?
Analizando la variación de V0, observamos que el CTP debe ser un
inhibidor por el cambio negativo en la velocidad de reacción.

5.- Completar las siguientes frases:

a) La región de una molécula de enzima con la cual debe interaccionar

el sustrato se llama _centro activo_______________
b) La especie química de vida corta que se forma después de que
enzima y sustrato interaccionen se llama _complejo Enzima-
Sustrato____________
c) Debido a su estructura, un inhibidor __competitivo___ se une al
centro activo de una enzima.
d) Un inhibidor que no altera la KM de una enzima es un inhibidor de
tipo _no competitivo_
e) A mayor valor de KM, __menor__ es la afinidad de una enzima por
su sustrato.

6.- Explicar cuál será la ocupación del centro activo de una enzima en
las siguientes situaciones:

a) En presencia de sustrato a una concentración muy inferior a la KM

del enzima.
Es mayor la afinidad cuando la 𝐾𝑀 es menor. El centro activo se
adapta fácilmente al sustrato.

b) En presencia de sustrato a una concentración 100 veces superior a

la KM.
Es menos la afinidad cuando la 𝐾𝑀 es mayor. El centro activo no se
adapta al sustrato.
c) En presencia de un inhibidor competitivo a una concentración de
sustrato muy inferior a la KM
𝑉𝑀𝐴𝑋 no cambia, pero la 𝐾𝑀 es mayor. El centro activo no cambia su
estructura ya que el inhibidor competitivo toma el lugar del sustrato.

d) En presencia de un inhibidor no competitivo a una concentración de

sustrato muy inferior a la KM.
La reacción alcanza la mitad de su nueva 𝑉𝑀𝐴𝑋 en la misma
concentración de sustrato, por lo que 𝐾𝑀 no cambia, por lo tanto, refleja
que el inhibidor no afecta la unión de la enzima con el sustrato, solo
disminuye la concentración de enzima utilizable. El centro activo cambia
su estructura para impedir que el sustrato llegue al centro activo.

7.- Los moduladores de los enzimas alostéricos pueden ser inhibidores

o estimuladores. ¿Qué efecto tiene (aumenta o disminuye) cada clase
de moduladores sobre el valor de K0,5 (es similar a kM en modelo de
Michaelis-Menten), Vmáx y cooperatividad?

Modulador K0,5 Vmáx Cooperatividad

Estimulante disminuye aumenta aumenta

Inhibidor aumenta disminuye disminuye

8.- Indicar si las siguientes afirmaciones son ciertas o no. Justificar la

respuesta.
 a) En una ruta metabólica en la que participan diferentes enzimas, el
producto final puede controlar la ruta mediante retroalimentación
PORQUE en estos sistemas el producto final siempre es un
análogo estructural del sustrato inicial.
Verdadero: En la retroalimentación el producto final puede
colocarse en el centro alostérico, siendo así, un modulador
negativo, para controlar la ruta

b) En la regulación enzimática mediante modificación covalente

pueden participar quinasas, fosfatasas, adenilaciones y
mutilaciones.
Asumiendo que la palabra mutilaciones es metilaciones, es
Verdadero: si pueden participar porque son modificaciones que se
llevan a cabo en ese proceso.
9.- Decir si son verdaderas o falsas las siguientes afirmaciones sobre
las isoenzimas:

a) Son enzimas idénticas que catalizan la misma reacción química

y presentan la misma secuencia de aminoácidos. Falso: no
tienen la misma secuencia de aminoácidos
b) Son enzimas que catalizan la misma reacción química y suelen
mostrar diferentes parámetros cinéticos (i.e. diferentes valores
de KM), o propiedades de regulación diferentes. Verdadero
c) La existencia de las isoenzimas permite el ajuste del
metabolismo para satisfacer las necesidades particulares de un
determinado tejido o etapa del desarrollo. Verdadero