Ejercicios de Aminoácidos

0. En cuanto a las fórmulas imprescindibles de este tema, debéis:

a) Conocer la clasificación de los 20 Aa, según los grupos funcionales que poseen
b) Conocer la fórmula de Gly, Pro, Tyr, Ser, Thr, Cys, Asn, Gln, His, Asp, Glu.

1. His tiene 3 grupos funcionales ionizables. Escriba las ecuaciones de equilibrio pertinentes para sus 3
ionizaciones y asigne el pK adecuado de cada ionización ¿Cuál es la carga neta de His en cada estado
de ionización? ¿Cuál es la carga neta de His a pH 1, 4, 8 y 12?

2. Las histonas son proteínas que se encuentran en el núcleo de las células eucariotas, fuertemente unidas
al DNA, el cual tiene muchos grupos fosfato. El punto isoeléctrico de las histonas tiene un valor de
10,8 ¿Qué residuos aminoácidos deben estar presentes en número relativamente elevado en las
histonas? ¿En qué forma contribuyen estos residuos a la fuerte unión entre las histonas y el ADN?

3. Dada la siguiente secuencia,

Glu–Asp–Glu–Glu–Gln–Tyr–Asn–Cys–Cys–Val–Ile–Ala–Pro–Ala–Trp–Met–Gly–Cys–Ser–Asn–Arg–Lys–Arg
Contesta razonadamente
a) Indica las partes polares y apolares de esta proteína. Señala 2 aa que establezcan puentes de
hidrógeno con el agua y dibuja esta interacción.
b) ¿Podría esta proteína interaccionar con un éster de colesterol? Si es posible indica mediante qué
interacción.
c) Indica la carga de la proteína a pH fisiológico.
d) A pH fisiológico esta proteína tiene afinidad por un tetrapéptido básico; siendo ésta su principal
función. Indica mediante qué tramo de la proteína interacciona y el tipo de interacción.
e) Cuando se acidifica el pH del medio se observa que la proteína ya no es capaz de realizar su
función. Da una explicación razonada a esta observación.
f) Indica un aa que pueda forsforilarse y señala mediante qué tipo de enlace puede hacerlo.
g) ¿Varía la carga de la proteína cuando está fosforilada? Sabiendo que los valores de PKa de los
grupos ionizables de los aa básicos son cercanos a 10 y los de los aa ácidos cercanos a 4. Los
valores de PKa del grupo fosforilo son PKa1: 1 y PKa2= 6. ¿Cómo será el pI de esta proteína
fosforilada, mayor, menor o igual que 7?
h) Indica el producto de degradación después de que actúe una proteasa que hidrolice los enlaces
peptídicos solo cuando el grupo amino del enlace lo aporta un aminoácido aromático.

4. Dada la siguiente secuencia:

Gly–Tyr–Asn–Cys–Ser–Phe–Glu–Asp–Glu–Glu–Cys–Thr–Val–Ile–Ala–Pro–Ala–Trp–Met–Gly–Cys–His–His–His–Gly
Contesta razonadamente:
a) ¿Podría esta proteína estar insertada en la membrana?¿Qué aminoácidos sustituirías para que la
proteína fuera soluble? ¿Qué características tendrían que cumplir los nuevos aminoácidos?
b) Si fuera una proteína transmembrana ¿Se puede establecer algún puente di sulfuro? En caso
afirmativo señala dónde y en qué condiciones
c) Se ha observado que esta proteína está N‐glucosilada y O‐glucosilada, sabrías decir en qué
aminoácidos.
d) Esta proteína tiene dos sitios de unión: uno extracelular que une un ligando básico, y otra porción
intracelular que en determinadas condiciones se une por interacciones débiles a un GTP. La unión
a GTP solo ocurre cuando el pH citosólico baja de 7 a 6. Sin embargo si se modifica el pH

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 extracelular de la misma forma no se observa ningún cambio en la unión del ligando. ¿Podrías dar
una explicación a esta diferencia de comportamiento?
e) Se sabe que la acción de una proteasa rompe esta proteína en dos partes liberando la parte
extracelular del resto. Señala el enlace que rompe esta enzima y escribe la fórmula de los dos
aminoácidos unidos, indicando qué producto resultaría después de la digestión (rotura).

5. La siguiente secuencia corresponde a la estructura primaria de un proteoglucano de membrana que

conecta las células con una proteína (W) de la matriz extracelular de un tejido humano:
Gln–Asp–Asp–Glu–Glu–Val–Pro–Trp–Ala–Phe–Ala–Met–Pro–Cys–Gln–Cys–Ser–Ser–Lys–His–Lys–Arg
Este proteoglucano atraviesa una sola vez la membrana plasmática y lleva dos residuos unidos a
glucosaminoglucanos. Explicar de forma razonada:
a) ¿Cuál es la porción extracelular, transmembrana y citoplásmica de la proteína?
b) ¿Qué residuos están unidos a mucopolisacáridos?
c) Cuando el proteoglicano se une a la proteína W de la matriz extracelular, su porción citoplásmica
capta calcio. ¿Qué residuos de esta proteína están implicados en la interacción con calcio
citoplásmico?
d) Esta proteína es de estructura terciaria, pero una forma mutante (en la que sólo una cisteína se
cambia por una lisina) da lugar a una estructura cuaternaria, formando dímeros. Explicar la razón
de este cambio estructural.
e) De las siguientes secuencias, ¿cuál podría ser con mayor probabilidad la que corresponda a la
estructura primaria de la zona de interacción de la proteína W, con la proteína de arriba?:
His–Arg–Arg–His; Trp–Ile–Phe–Val; Asp–Glu–Asp–Glu ; Val–Gly–Arg–Arg

6. Considerar el siguiente fragmento de proteína:

Glu–Asp–Asp–Glu–Asp–Glu–Glu–Asp–Asn–Ser–Thr–Thr–Asn–Thr–Asn–Thr–Tyr–Asn–Gln–Ser–Thr–Asn
La secuencia corresponde a la estructura primaria de una proteína de la matriz extracelular de uno de
los tejidos dentales: la dentina. Esta proteína es necesaria para la formación de los cristales de apatito
(Fosfato cálcico) al favorecer la precipitación de Ca2+. Está glucosilada por la acción de una enzima
que sólo glucosila los residuos aminoacídicos que tengan un carbono asimétrico en su cadena lateral.
Responder a las siguientes preguntas dando una explicación de forma razonada:
a) Si colocamos esta proteína dentro de un campo eléctrico a pH 2, ¿hacia dónde se moverá: hacia el
electrodo +, hacia el ‐, o no se moverá?. ¿El pI (punto isoeléctrico) de esta proteína es igual, mayor
o menor que 7?
b) ¿Qué residuos estarán glucosilados?
c) Hay una enfermedad genética asociada con esta proteína en la que los pacientes carecen de una
adecuada mineralización de la dentina al no formarse bien el cristal de apatito. La causa es que
carecen de esta proteína, o solo tienen una forma mutante en la que les falta (por deleción) un
fragmento. En este segundo caso ¿qué fragmento de la proteína han perdido más probablemente?
d) Algunos investigadores han propuesto que otra función de esta proteína es la captación de ésteres
orgánicos de colesterol (por ejemplo acetato de colesterol). ¿Es verosímil esta idea? y ¿qué zona de
la proteína estaría implicada en esa actividad?
e) Si la proteína glucosilada se trata con una glucosidasa (enzima que rompe enlaces glucosídicos) de
amplio espectro, se obtiene la proteína de arriba sin glucosilar y una serie de monosacáridos. Uno
de ellos es el monosacárido Z, que por reducción se convierte en glucosa. ¿Qué compuesto es Z?

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7. Investigadores han identificado un nuevo receptor de membrana en tejido cardiaco. Las características
de este nuevo receptor son:
 Contiene un dominio transmembrana.
 Contiene un dominio citosólico con actividad enzimática. El centro activo de esta enzima se
une a su sustrato, el lípido fosfatidil inositol, y rompe el enlace éster que une glicerol y fosfato.
En este centro activo se encuentran tres residuos que pueden ser fosforilados.
 Contiene un dominio extracelular cuya función es unirse al ligando que activa a dicho
receptor, la etanolamina. Además este dominio presenta un puente disulfuro y un residuo N-
Glucosilado. Es en este dominio donde encontramos el extremo C-terminal de la proteína.
 En ausencia de ligando el dominio citosólico presenta una estructura que es incapaz de unirse
a su sustrato. La unión del ligando al dominio extracelular provoca un cambio conformacional
en la región citosólica y es ahora cuando puede unirse a su sustrato y llevar a cabo la ruptura
del enlace éster.
 Tiene un punto isoeléctrico igual a 7.
a) Diseña una estructura primaria que contenga 20 residuos y cumpla las características de este
receptor.
b) Los investigadores que han descubierto este receptor aseguran que presenta al menos una región
cuya estructura secundaria es un α-hélice ¿Están en lo cierto o no podemos conocer como es la
estructura secundaria según la información dada?
c) Dibuja un esquema de la estructura terciaria de esta proteína, señalando el tipo de interacciones
que surgen en la unión con el ligando y en la unión con el sustrato.
d) En condiciones normales la presencia de etanolamina 10mM en el exterior celular activa al receptor
con lo que éste comienza a procesar el fosfatidil inositol que se encuentra en el lado citoplasmático
de la membrana ¿Qué productos se generan entonces en el citosol?
e) Pacientes con problemas cardiovasculares presentan en su tejido una versión mutante de este
receptor, que sigue manteniendo la capacidad de unirse a su ligando (etanolamina) por la región
extracelular pero esta unión no conduce a la activación del dominio enzimático intracelular. Indica
una posible mutación que tuviera como consecuencia esta falta de actividad enzimática.
f) Recientemente se ha identificado otra versión mutante que se encuentra activa constitutivamente,
es decir, hay actividad enzimática en ausencia de ligando. ¿Qué ha podido cambiar en esta proteína
mutante?
g) En pacientes sanos se observa que en determinadas condiciones el receptor se encuentra
fosforilado en su centro activo. En este caso el receptor tampoco responde a la presencia de
ligando ¿Cuál puede ser el motivo?

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