TRABAJO DE LABORATORIO DE BIOQUÍMICA
TALLER 2
ESTUDIANTES: Laura Valentina Varela Joyas
Laura Juliana Rocha Reyes
1. Abra su navegador, y vaya a la página web del Banco de Datos de
Estructuras de Proteínas, conocido como PDB ([Link] ).
Explore la página, su contenido, y escriba un resumen de las funciones y
opciones que puede ver, y del potencial que puede usted encontrar en este
Banco de datos de estructuras proteicas.
RESUMEN
Inicialmente al ingresar a este sitio Web, se puede notar claramente la
intencionalidad de mostrarnos a fondo el tema que se llevará a cabo, las
estructuras de las imágenes, los artículos muy bien relacionados, todo está
muy bien citado y realmente da confianza al momento de querer hallar
información.
Inspira eso, confianza; tiene datos curiosos en los cuales quisiéramos
escabullirse más.
Tiene funciones: como dije anteriormente de tener artículos citados y
relacionados con el tema, los cuales nos ayudarán a llevar más a fondo
nuestra investigación.
Otra función es la visualización animada, que nos permite leer recreadamente,
lo cual nos ayuda a que no solo sea un artículo de lectura, sino más bien, nos
inspira ánimo.
2. Lea sobre la molécula del mes, y procure comprender la importancia de
esta sección para el conocimiento general de una proteína en particular.
MOLÉCULA DEL MES DE OCTUBRE: Receptor de capsaicina TRPV1
TRPV1 es un canal de iones que detecta el calor y contribuye a la sensación
de dolor.
contribuye a nuestra capacidad para sentir tanto el calor como la comida
picante, lo que provoca sensaciones similares.
3. En la barra de búsqueda (la que dice “Enter search term(s)”)
introduzca el nombre de una proteína. Por
ejemplo, busque una proteína de la envoltura del coronavirus SARS Cov2
(introduzca el término “Spike protein SARS Ccov2”. Puede ser una
proteína cualquiera que sea de su interés. Entre las proteínas a analizar en
esta práctica, se sugieren la siguientes (cada individuo o grupo de trabajo,
escogerá una sola):
Human insulin
Human Myoglobin
Human Hemoglobin
Human IgG
Human BMP2
HIV protease
Phospoholipase A
Green Fluorescent Protein
Human leucine zipper
R//Tomamos la proteína llamada: Human insulin, ( Insulina humana.)
4. Después de realizar la búsqueda, le aparecerá un pantallazo como el
siguiente:
Como puede notar, las proteínas encontradas en la búsqueda, aparecen en
fondo azul claro intercalado con fondo blanco. A la izquierda, aparece en
color azul el código pdb de la proteína (el nombre de la misma en la base de
datos). También aparece una casilla que puede marcar ó desmarcar, para
seleccionar las proteínas que seleccione para su descarga.
5. De la lista de proteínas de los resultados de su búsqueda, identifique la
proteína que más se acerca a los requerimientos de esta práctica, en estos
términos: que no tenga ligandos, que sea la proteína del organismo que
busca, que no esté modificada (no recombinante), que la resolución esté
suficientemente alta para observar enlaces de H (resolución menor ó igual a
2.5 Angstroms), que sea una proteína poco compleja, etc. Para esto, debe
usted mirar los encabezados de las proteínas que le ha arrojado su
búsqueda, y los comentarios de los autores del artículo donde se reportó la
proteína, además de la información general sobre la misma, que aparece
allí. Esto le permite hacer una selección de sus datos, para los objetivos
que se haya planteado antes de su búsqueda.
En el caso de la búsqueda por el criterio “Spike protein SARS Cov2”, el
resultado
obtenido, luego de seleccionar la primera proteína, nombrada con el código
6LVN
R// La proteína que escogimos fue: 5JYQ
6. Explore la información que la base de datos le da para la proteína que
usted ha seleccionado.
7. Mire cuál es el organismo del que proviene la proteína, en la línea
“Classification” u “Organism”. Identifique la fecha en que se depositó la
información de su proteína en la base de datos. Identifique el método por el
cual se resolvió la estructura 3D de la proteína, en la línea “Method”.
Plasme esto en el archivo Word que usará como informe de esta práctica.
R//
Organismo del que proviene: Conus geographus, HORMONA.
Fecha en que se depositó la información: 2016-05-15
Lanzamiento: 2016-09-07
Método por el cual se resolvió la estructura 3D: DIFRACCIÓN DE RAYOS
X
8. Baje en la misma página, hasta la sección “Protein Feature View”. Este es
el mapa del gen de la proteína. Cuando pase el cursor, le aparecerán
enlaces a otra información. Continúe explorando la página hacia abajo.
Copie la resolución a la que fue resuelta su proteína (Línea “Resolution”).
Haga una captura de pantalla y anéxela a su informe.
R// SOLUCIÓN DE LA BÚSQUEDA DE NUESTRA PROTEÍNA
-Macromolecules
9. Ahora, regrese al inicio de la página, y pulse en la línea que dice “3D View:
Structure”.
R// 3D VIEW.
10. Observe qué información puede leer sobre la proteína. Identifique dónde
está la secuencia de la misma, los autores del artículo y de la resolución de
la estructura de la proteína.
R//
AUTORES DEL ARTÍCULO:Mol * (D. Sehnal, AS Rose, J. Kovca, SK
Burley, S. Velankar (2018) Mol *
RESOLUCIÓN DE LA ESTRUCTURA:
