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Procesamiento de Imágenes en Bio

Este documento presenta los protocolos para realizar mediciones y análisis de imágenes utilizando un microscopio óptico. Describe cómo estimar el tamaño de muestras de forma indirecta usando el diámetro del campo óptico y de forma directa utilizando el software Fiji ImageJ. El estudiante aprenderá a procesar imágenes microscópicas y establecer el tamaño de objetos u organismos para realizar estudios cuantitativos.
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Procesamiento de Imágenes en Bio

Este documento presenta los protocolos para realizar mediciones y análisis de imágenes utilizando un microscopio óptico. Describe cómo estimar el tamaño de muestras de forma indirecta usando el diámetro del campo óptico y de forma directa utilizando el software Fiji ImageJ. El estudiante aprenderá a procesar imágenes microscópicas y establecer el tamaño de objetos u organismos para realizar estudios cuantitativos.
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PROTOCOLO DE LABORATORIO 3

Laboratorio No. 3.
Procesamiento y análisis de imágenes.

FC BIOLOGÍA 1
PROTOCOLO DE LABORATORIO 3

I. Introducción
El microscopio óptico es un instrumento básico que con mejoras técnicas permite la
observación de detalles aumentados de la estructura celular. Los microscopios
contemporáneos son capaces de aumentar los objetos hasta unas mil veces. Dado que la
mayoría de las células se encuentran entre 1 y 100 µm de diámetro estas pueden ser
observadas con el microscopio óptico, como también algunos de sus orgánulos subcelulares
entre los que se encuentran el núcleo y los cloroplastos (Cooper & Hausman, 2011).
Además de permitir el análisis cualitativo de diferentes muestras también es muy útil para
efectuar estudios cuantitativos de las mismas. Es muy usual en el campo de la biología y la
microbiología utilizar el microscopio óptico para la medición de estructuras celulares, a lo que
se le ha denominado micrometría. La micrometría es la técnica que permite medir objetos
microscópicos (Sandoval, 2005 Martorelli, Bergamini & Paola, 2010)
Se han desarrollado diferentes técnicas para poder realizar mediciones con el microscopio
como son el empleo de reglillas micrométricas, oculares con retículos graduados, la
comparación directa de las dimensiones de la muestra a una escala del micrómetro en el
plano x-y del microscopio o el uso de imágenes digitalizadas en software especializados, entre
otros (Martorelli, Bergamini & Paola, 2010).
Uno de los parámetros relevantes para poder realizar mediciones con el microscopio es
conocer el área del campo visual que se observa para distintos aumentos del objetivo y del
ocular. Dependiendo de los instrumentos empleados para realizar la medición en el
microscopio, está se podría clasificar como medición directa o indirecta. En la medición directa
se emplean reglillas micrométricas, oculares con retículos graduados, en la medición indirecta
se tiene como base el diámetro del campo óptico para calcular el tamaño de una muestra
determina en un objetivo determinado.
Para las mediciones en el microscopio es necesario tener en cuenta que las medidas se
estiman en micras (µm), tanto en las mediciones directas como indirectas. La micra

II. Competencias de la práctica

 El estudiante adquiere comprenderá los conceptos de medida y estimación del tamaño


de los microorganismos.
 El estudiante será capaz de procesar imágenes con el programa de análisis Fiji y
establecer el tamaño de objetos u organismos.

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III. Metodología

Materiales
Microfotografía en aumento 10 x y 40 x (Grano de polen, ovocitos, bacterias,cristales de
permanganato de potasio, computador, software Fiji imageJ (https://fiji.sc/#download).
Actividad 1.- Estimación del tamaño de la muestra de forma indirecta usando papel
milimetrado.
Para realizar la medición aproximada de un objeto u organismo, es necesario primero estimar
el diámetro del campo óptico, que se podrá realizar ubicando el cuadrado en el plano
diametral y midiendo el diámetro con los objetivos de 4x y 10x. Para hallar el diámetro del
campo óptico se debe contar el número de cuadros del papel milimetrado de borde a borde
del campo óptico, cada cuadro equivale a 1 mm. Los resultados obtenidos se deben escribir
en la tabla 1 en el espacio correspondiente a diámetro aproximado en unidades de micra.

Para conocer el Φ en micras en los objetivos de 40X o 100X se debe aplicar la siguiente
formula. Remplazar en la fórmula los datos obtenidos con el papel milimetrado en unidades de
micras en el numerador, en el denominador se reemplaza el objetivo dependiendo del que se
quiera hallar.
(Φ diámetro del campo óptico a 40X) = (Φ diámetro del campo óptico a 10X) x 10X

40X

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PROTOCOLO DE LABORATORIO 3

Resultado 1

Los resultados se deben consignar en el espacio correspondiente a diámetro calculado.


Objetivo Diámetro aproximado
4X
10X
Objetivo Diámetro calculado
40X
100X

Tabla 1. Diámetro aproximado y calculado de los objetivos de 4X, 10X, 40X y 100X.
Se puede observar que a medida que el tamaño de la imagen aumenta, el campo óptico se
reduce proporcionalmente al objetivo empleado. Después de haber determinado el Φ del
campo óptico a menor aumento y haberlo calculado a mayor aumento, utilicé las
microfotografías que te damos a continuación y determiné el tamaño de la célula o del objeto
muestra, a menor y mayor aumento, dependiendo de la muestra.

Actividad 2.- Estimación el tamaño aproximado de las muestras:


1. Con la proporción aproximada, realizar una regla de 3 donde se considera el diámetro
del campo óptico el 100%
2. Utilizando las imágenes calcule el tamaño aproximado de las células u objetos.
3. Comparar la medida obtenida en menor aumento con la medida a mayor aumento
(hallar la diferencia entre ambas medidas)
4. Recuerde que cada cuadro tiene 1mm2 y que un 1mm= 1000 µ

A-4x B-10x

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A-4x B-10x

Resultado 2

Tabla 2. Estimación aproximada del tamaño de la muestra.


Muestra Objetivo Tamaño aproximado Diferencia

Actividad 3.- Estimación del tamaño de muestras mediante el Programa Fiji ImageJ
(medición directa).
1. Seleccionar fotografías de la galería que se adjunta en el link ( ), tenga en cuenta el
aumento de la imagen.
2. Descargue el programa Fiji imageJ utilizando el ink https://fiji.sc/#download y abrir el
programa.
3. En la interfase del programa ir a la pestaña File y buscar la opción Open, buscar la
ubicación de la fotografía en el computador y abrirla.

4. Una vez abierta la fotografía, activar la herramienta línea recta y señalar el diámetro del
campo óptico.

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5. A continuación, se debe introducir la escala al programa para realizar la medición en


micras y no en pixeles, en la pestaña Analize y buscar la opción Set Scale. En el
recuadro que aparece, en la opción Known distance se debe escribir el diámetro del
campo óptico que corresponde a la fotografía, en el recuadro Unit of lenght escribir la
letra m de micras y pulsar Ok.

Señalar con la herramienta línea recta la muestra de interés, en la pestaña Analize, elegir
la opción Measure, inmediatamente se despliega un cuadro de resultados donde se puede
ver la medida del objeto u organismo en la última columna (Length).

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6. Escribir los resultados obtenidos en la siguiente tabla 1.


7. Comparar la medida obtenida en menor aumento con la medida a mayor aumento
(hallar la diferencia entre ambas medidas).

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Resultados 3

Tabla 1. Estimación del tamaño de la muestra mediante el programa Fiji ImageJ


Muestra Objetivo Tamaño Diferencia

IV. Conclusiones.
___________________________________________________________________________________
___________________________________________________________________________________
___________________________________________________________________________________
___________________________________________________________________________________
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_____

Autoevaluación.

a) Rellene la tabla según corresponda

Unidades En Micras (µ)


0,1 cm
40 nm
1000 mm

50 dm

b) Calcule el tamaño de un grano una célula que ocupa el radio del campo óptico 40X,
como dato adicional se conoce que Φ diámetro del campo óptico a 10X es de 1,8 mm.

3.- ¿Cuáles son las características y parámetros adicionales que se pueden determinar con el
programa ImagenJ Fiji?

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PROTOCOLO DE LABORATORIO 3

Bibliografía y Webgrafía.

Sandoval, Estela. 2005. Técnicas empleadas al estudio de la anatomía vegetal. Cuadernos


del Instituto de Biología Vol. 38. UNAM. ISBN 9703231314, 9789703231317.
https://books.google.com.co/books?id=5aD01sQ9v3wC&dq=micrometria&hl=es&source=gbs_
navlinks_s
Martorelli, Luis C; Bergamini, Javier R y Paola, Alejandro. 2010. Evaluación de la
incertidumbre en la determinación del campo visual de un microscopio óptico compuesto.
Centro Nacional de Metrología SM2010-Car-13.

Webgrafía datos importantes.

Tutorial Image J https://www.youtube.com/watch?v=X67v0axNhC8


¿Cómo calcular área foliar con Image J? https://www.youtube.com/watch?v=k5HXnuy-bks
Conteo de células empleando Image J https://www.youtube.com/watch?v=9KrF__o61K4

Webgrafía imágenes

https://ivf.mx/fertilizacion-in-vitro-fiv-intro/
https://www.clinicabaviera.com/membrana-epirretiniana
https://br.pinterest.com/pin/602215781410573609/
https://www.emaze.com/@AOQTQLQT
http://contenidos.creavalencia.com/landing/producto-visita

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