Continuando con el proceso descrito anteriormente, se trabajó con el programa
Autodock. A partir de esto, se ejecutó como administrador en Powershell el
programa “autogrid4”, ubicado en la carpeta de trabajo. Se colocaron los
respectivos códigos y comandos, y se dio en Enter para que el programa realizara
los correspondientes cálculos.
Por otro lado, se dio a conocer algunas características de las proteínas. En primer
lugar, una proteína es un polímero orgánico, el cual ésta compuesto por
aminoácidos. En la naturaleza podemos encontrar alrededor de veinte
aminoácidos, los cuales existen de manera natural y que se unen para formar una
gran cadena, adquiriendo una forma particular. Podemos encontrar dentro de la
proteína unos niveles de información, el primer nivel o estructura primaria es la
representación de la secuencia ordenada de los aminoácidos que conforman la
proteína. El segundo nivel de información o estructura secundaria hace referencia
al lugar donde podemos obtener información acerca de los plegamientos que
están presentes en la estructura que tiene la proteína. Los principales
plegamientos de las proteínas son en forma de espiral (llamada hélice alfa) y en
forma plana (llamada hoja plegada beta). También se pueden encontrar zonas
donde no están definidas ninguna de estas dos estructuras, a estas zonas se le
conoce como lazos o loops. Son zonas de unión entre las diferentes hélices u
hojas betas presentes en la estructura. El tercer nivel de información hace
referencia a la posición o a las coordenadas en el espacio de los aminoácidos (ej.
los archivos PDB que se han estado trabajando). Esta es la representación
tridimensional de los aminoácidos en la proteína o enzima. Existe también un
cuarto nivel de información o estructura cuaternaria, en donde, para que una
proteína funcione o cumpla su actividad para la cual está diseñada, tienen que
reunirse varias estructuras terciarias. De modo que, éstas se aglomeran formando
un conjunto de varias estructuras terciarias y es a eso que se le conoce como
estructura cuaternaria, ej. la hemoglobina.
Entonces, se trabajo con las estructura terciaria de una Xilanasa, es información
tridimensional. Pero como se puede identificar o descubrir cómo es la forma del
plegamiento de la enzima si cuando se ve su estructura primario lo podemos hacer
por espectroscopía. Qué es lo que hace que una proteína adquiera una forma
característica O quien da las órdenes de doblarse en un sentido u otro para que la
proteína adquiera una forma particular. Ya que debido a que la información que se
encuentra de primera mano de las proteínas en la secuencia primaria, escoge una
proteína, se degrada y se somete a espectroscopía o a diferentes análisis
espectroscópico, y puedo identificar la composición de la proteína y puede
dilucidar la secuencia primaria.
Por qué una secuencia lineal de aminoácidos, cómo puede pasar una secuencia
primaria a adquirir una forma definida (secuencia terciaria). Entre las fuerzas de
interacción presente en las biomoléculas de solvente acuoso están: Puentes de
hidrógeno entre aminoácidos. Interacciones iónicas, interacciones hidrofóbicas
(Vander Vals), fuerzas de dispersión de London. Esto ayudaría a explicar las
diferentes formas que tienen las proteínas. Va a depender del espacio donde se
esté construyendo la proteína, el ambiente químico (pH) o las concentraciones de
iones presentes dentro de la célula., la temperatura, las sales.
Siguiendo nuevamente con el programa, revisamos que los cálculos estén
realizados. Tendiendo la información del espacio de búsqueda, en donde se
calculó los posibles campos de fuerza. Entonces, se prosiguió a hacer el Docking.
Se selecciona en archivo rígido ya que no se realizó la parte de hacer aminoácidos
flexibles, por lo que solamente se tiene la información de la estructura rígida y está
se busca en la respectiva carpeta de trabajo. Se escoge el ligando y observamos
sus características. Luego, se seleccionan los parámetros de búsqueda utilizando
el método de algoritmo genético. En este método el programa evalúa una cierta
cantidad de individuos o población, tomando a los 10 mejores. Luego, esos 10
mejores generan un número de generaciones en una gran cierta cantidad de
veces. Después se escogen los parámetros del Docking y en archivos de salida se
escoge el método Lamarckian, que es un método de selección de algoritmos
genéticos donde seleccionan la estructura, en este caso, con mejores propiedades
o con mejores características y a partir de esta se comienzan a hacer pequeñas
modificaciones. Entonces de las 10 evaluación se toma la mejor y se hace un
pequeño cambio en el ángulo de torsión. A partir de ese pequeño cambio,
generan las nuevas estructuras y comienza repetidamente a evaluar.
Finalmente se guarda en la carpeta correspondiente en formato DPF. Nuevamente
se regresa a la ventana de Windows PowerShell, en donde se colocan otros
códigos y comandos, y se ejecuta el “autodock4”, el cual realiza el cálculo del
acoplamiento enzima-sustrato, y finalmente se dió Enter.
El plegamiento de una proteína comienza con la formación espontánea de un
núcleo estructural que consiste de unas pocas regiones particularmente estables
de estructura secundaria y a medida que otras regiones adoptan la estructura,
estas se estabilizan a través de interacciones. Entonces, el plegamiento continúa
hasta que la mayor parte del polipéptido alcanza una estructura secundaria
termodinámicamente estable.
