UNIVERSIDAD DE LAS FUERZAS ARMADAS – ESPE
FACULTAD DE CIENCIAS DE LA VIDA Y LA AGRICULTURA
INGENIERIA EN BIOTECNOLOGIA
BIOINFORMÁTICA
Nombre: Calvopiña Jonathan Materia: Bioinformática
Fecha: 11/06/2020 NRC: 6662
INSTRUCCIONES:
Se ha aislado un hongo de importancia biotecnológica y se lo quiere identificar. Para poder
identificar a este hongo se extrajo ADN y se amplificó el gen del factor de elongación 1 alfa
(TEF1). Una búsqueda en bases de datos indica que, de acuerdo a la secuencia del TEF1, el
hongo aislado es una especie nueva. Para poder describir al hongo como una nueva especie es
necesario subir la secuencia del TEF1 con anotaciones al GenBank. Debido a que no existe
información sobre este hongo es necesario realizar un alineamiento múltiple para identificar la
presencia de intrones y exones y anotarlos en la secuencia.
DESARROLLO:
Alinear secuencias utilizando programas en MEGAX.
o Alinear las secuencias utilizando ClustalW.
Se utilizo el parámetro de alineación sin respetar codones, esto quiere decir que
existen gaps dentro de los codones y es muy probable que no se puedan
identificar muy bien los intrones ni mucho menos exones, en el (TEF1) de la nueva
especie.
Además, el gap opening penalty por default es de 15, quiere decir que, se penaliza
por abrir un hueco en la alineación, si se aumenta este valor hace que las brechas
sean menos frecuentes. La penalización por extensión de gap es de 6.66, esto
quiere decir que, serán más cortos los gaps si es aumentado este valor.
La penalidad por gap es mayor cuando no se toman referencia de los codones y
aparece una alta zona de conservación de nucleótidos entre las especies conocidas
y la nueva.
Se hizo un alineamiento múltiple respetando los codones y se encontró inserciones
en la secuencia de la nueva especie, así como homología en ciertos nucleótidos,
esto es debido a que el gap opening penalty por default es de 10 y que la
penalización por extensión de gap es de 0.20.
También se pudo encontrar zonas menos conservadas de nucleótidos que otras en
referencia con el (TEF1) de la nueva especie vs las otras 4. Es evidente que
presenta mutaciones la nueva especie en referencia de las otras 4, ya que la
citosina y timina presentes en el resto de especies muto por la adenina de la nueva
especie.
o Alinear las secuencias utilizando MUSCLE.
Se puede observar que existe gran conservación de nucleótidos entre las 5
especies, así como se verifica que la 5 especie tiene una inserción dentro de las 5
secuencias analizadas.
Alineando por codones podemos observar zonas conservadas que posiblemente
codifiquen proteínas, ya que después de estas se encuentran gaps y luego vuelven
a formar zonas altamente conservadas.
Se verifica inserciones en la secuencia por parte de la 5ta especie con respecto de
las restantes. La nueva especie tiene mutaciones, ratificando que es la citosina la
que entro en ves de una timina, además la adenina se ve muy conservada con
respecto de la alineación ClustalW.
Conclusión:
Se puede analizar varias secuencias y relacionar las regiones conservadas, la similitud que
presentan estas especies puede variar dependiendo de los parámetros que nosotros
seleccionemos; con MUSCLE respetando los codones observamos que posiblemente hay
exones conservados en las 5 especies, mientras que los intrones tienen poca conservación, es
decir son pocos o están reemplazados por gaps.
