Rodney Boyer Hope CollegeGAPITULO bleciendo las baseses importante conocer la estructura de la célula porque muchos ‘van a cabo en diferentes compartimientos; es decir, suceden sélo en la (en organelos detimitados por membranas). ~Ademas de la estructura, la funcién y la relacién entre estas ca quimicos les interesa mucho la bioenergética —el estudio del flujo de las vivas (figura 1.1)—. Algunos eventos moleculares en la célula necesitan energia (proceso endergénico) y otros la liberan (proceso exergénico). La Jas células utilizan las reacciones quimicas para transferir energia entre ambos ser de mucho interés en nuestros estudios. ‘Segiin algunos cientficos, la bioquimica se divide en dos niveles de estudio: 1. Estructural: el descubrimiento de las estructuras quimicas y la disposicién sional de las biomoléculas. 2. Informativo: que define un lenguaje para la comunicacién al interior de las & organismos, Las propiedades tinicas de una célula estin determinadas por los genes ella, La informacién genética en forma de DNA es descifrada para formarlas p ‘son las principales moléculas estructurales y funcionales de las células, El informacion seré importante en las discusiones sobre la comunicacién ‘reconocimiento molecular. g W>CAPITULO 1 lege aser 6 no un bioquimico, exisien muchas razones para estudiar bioquimica, Ts Los estudios bioquimicos permiten una mejor comprensién de los procesos funda Gietales de Ta vida. Todos tenemos una curiosidad natural acerca de como funciona nues- Holenempo, {Como una célula del cerebro almacena fGrmulas quimieas o matemé {8 Weudlesson tas similitudes y diferencias bioquimicas entre las distintas formas de vida? ;De J Qué manera los organismos almacenan y transfieren la insormacisn 1 reprodu Gise? {Qué moléculas primitivas estuvieron implicadas en el origen de la vide? ;Cémo se 4B digiere ellalimento para dar energia a las células? Estas son algunas de las preguntas que los bioquimicos tratan de responder. [Rei iteatintes ene tna profinda inttuencia en nuestro conocimiento de la medicina [PPBsald ta nutricién. Los resultados que han arrojado los estudios bioquimicos, han per Milido enfender a un nivel molecular las enfermedades como: la diabetes, anemia de eélu Tisfaleiformes, fenilcetonuria, fibrosis quistica e hipercolesterolemia. El sioa, el cancer, la Sifermedad de Alzheimer y la esquizofrenia son algunos padecimientos que en el futuro Seri objeto de estudio desde el punto de vista bioquimico y biomédico. La tecnologia del SN iadioara explora: regioncs cromosmicas con mutaciones ‘enéticas, desempefiardn un papel importante en el diagndstico y tratamiento de estas enfer~ ‘edades. EI DNA recombinante servira también para diseniar nuevas plantas con fines agri- ‘Colts, que ayudardn a resolver algunos de los problemas sobre alimentacién y nutricién que ‘uejan al mundo, Bl estudio de las enzimas (catalizadores biolégicos) y del metabolismo bases para el disefio racional de nuevos firmacos y el conocimiento preciso de nologia, el empleo de eélulas biol6gicas. componentes celulares y procesos para evar a eabo operaciones técnicamente titles, también progresaré gracias a ientos bioquimicos. La industria farmacéutica ya utiliza enzimas para sinteti- 0 smo se han seleccionado y modificado varias cepas de nol partir del maiz.y otros vegetales, para lim- -depésitos de desechos téxicos y la obtencién domes Bioquimica: Estableciendo las basesbioguimicos estudian las moleculares de -vivos en la tierra as raices de la bioquimi a La historia antigua de la bioquimi Los habitantes de las antiguas civilizaciones de Eeipto,, deseonocian los fundamentos bioquimicos que Figen en a eae la fermentacién de los jugos de fruta 0 el tratamiento de e obtenidos de plantas y animales, Sin embargo, la falta de ese conocimiento personas disfrutar de los resultados de esos procesos bioquimicos, Los primeros; y mantener una buena salud, la biologia, coneretados a tratar las enfermedades fuertemente enraizados en la filosofia y la religion. En el siglo 1 a.C., los chinos crejan que los humanos contenian cinco elementos: fuego, madera, metal y tierra. Cuando estos elementos estaban adecuadamente balancea habia salud; en caso contrario provocaba enfermedad. Los médicos chinos descubrieron el siglo vit, que la ceguera nocturna podia tratarse con higados de cerdo y de oveja. Los; dicos y los bioquimicos modems saben que este mal se debe a una deficiencia de Vitam, na A, un compuesto bioquimico que abunda en el higado, Los griegos de la Antigiiedad, incluyendo a Platén, intentaron explicar el cuerpo en i minos de teorias cosmolégicas y hacian hincapié en la dieta para el tratamiento de en medades. EI término griego para la digestién, pepsis, que significa salud interna, €s el ag) gen de la palabra pepsina, una enzima digestiva. El médico griego Galeno (129-199) eq Partidario de emplear un enfoque farmacolégico para estar sano, tratando las enfermedad con productos derivados de plantas y animales. a biologia drabe, que florecié después de la fundacién de Bagdad en el aflo 762, ext vo muy influenciada por la antigua literatura cientifica griega. Sin embargo, los Arabes a estaban satisfechos con la naturaleza abstracta de la ciencia griega, asi que introdujent IIL ILLS LOE aD ae11 Las races de la bioquimica moderna 7 CCsecha de Ia wva y produccién de vino representados Hleyana cabo Ia fermentacién de los carbohidratos del 18 antiguo mural egipcio, Las levaduras 0 de uva en et ase iejoras en el empleo de las recetas farmacéuticas gricgas, para lo cual determinaron y clasfcaron la fuerza y la naturaleza quimica de los fi natura Wien grega y frabe Hleg6 a Europa occidenta el sig esiablecieron escuelas de medicina en Bolomia, Paris onde prevalecieron las tikeianzas de los griegos. Paracelsus (1493-1541), una figura clave en la eiencia europea, }) MiciGeldistanciamiento de las antiguas doctrinas med Aristteles, Galeno y Avice- (680-1057), este timo un cientifico arabe. Paracelsus estudio medicina en varias uni Weisidedes de Europa, pero no se sabe con certeza si terminé los requisitos liesasAtes, Pasé su vida escribiendo y viajando de ciudad en ciudad exponiendo sus ideas Feiolicionatias acerea de la medicina y la biologia. Sus conceptos de bioquimica han sido Assertos por Pachier de la siguiente manera: “Como bioquimico (Paracelsus), afirmaba que thombre esta hecho del mismo material que el resto de la creaciGn, se alimenta de las sus: Teas que forman el universo, y esta sujeto a las leyes que gobieman su crecimiento y dFralencia, Al mismo tiempo, cada ser vivo es tinico, constituido de manera individual y Beteapropiodestino, Incluso ahora, después de 450 afios de a muerte de Paracelsus, ‘os impresiona la certidumbre de su visién. Tnfluenciados por Paracelsus, los bidlogos de Jos siglos xvi y xvi comenzaron ya en. Serio un enfoque més molecular para estudiar los materiales y los procesos biolbgicos. El SERINE tere idelfas temas favoritos de muchos cicntificos, quienes 0 Stipezaron a dar cuenta que lo podrian expticar por medio de principios quimicos. Durante Meer fenalqicr proceso biolSgico que no pudiera entenderse en términes quimicos, e€xplicaba con la doctrina del vitalismo, Los vitalistas argumentaban que la presencia de terza vital (de la vida o del alma) eF3lo que distinguia e! mundo orgénico vivo del inorgénico inanimado.(El experimento que destruy6 las ideas del vitalismo fue la ‘urea, un compuesto orgénico localizado en las eélulas naturales, Feo Slee, Henry Sthuman, Nueva Yor, 1951,IDNA en el tribunal Reaccién en cadena de la polimerasa (Mullis) RNA catalitico (Cech, Altman) DNA recombinante (Berg Boyer, Cohen) Enzimas de restriceién (Smith) Cédigo genético (Nirenberg) Cristalografia de rayos X en proteinas (Perutz) re etarona La doble hélice del DNA ( (Hershey, Chase, Ave - Invencidn dl microseo- proteinas ‘Pio eletrnico (Ruska) Castin “a Genética de la Drosophila (Morgan) Descubrimiento del DNA. (Miescher) Leyes de la genética (Mendel)al 1.1 Las raices de Ia bioquimica moderna /6lulas biol6gicas) lograda por Wohler. La importancia de este suceso se con- ‘memor6 con la emision de una estampilla postal en el centenario de la muerte de Wabler. El camino hacia la ioquimica moderna ‘Desde aquellos primeros indicios hasta la bioquimica actual, exite algo n sino, Dos apartadas y distintas vias de investigacion cientfica permitieron el estado actual Ning de nuestro conocimiento bioquimico (figura 1.2). Una de las vias se puede trazar con las ri Me; gurosas ciencias fisicas y enfatizar las caracteristicas estructurales de las biomoléculas, Es {eenfoque ha aplicado Tas leyes basicas de la fsica y la quimica para explicar los procesos de lacélula viva. Asi, por ejemplo, en el siglo xx Linus Pauling wtilizé la cristalografia de rayos X como herramienta para estudiar la estructura de las proteinas, La otra via, earacte- tizada por el estudio de la organizacién y la funcié lula, la recorrieron los bilo: 0s, en particular los microbidlog netistas. La primera yer que se empled el término bioguimica no esta especificado; sin embargo, los primeros Clentifics eonsiderados bioguimicos viajaron sobre la ruta de las ciencias fisicas. Las dos is de estudio convergieron en 1952, cuando James estructura de la doble hélice del DNA. Aqui se unieron la aplicacién de la fisiea (la erista Jografia), Ia quimica (estructura y enlace) y la biologia (almacenamiento y transferencia de Ia informacion genética) para ayudar a resolver lo que en esa época era el problema biol ico mis excitante y complejo: la estructura del DNA, el material genético, Desde enton ets, ¢| crecimiento del conocimiento en la ciencia bioquimica ha sido enorme. En la f 1.28 sefalan algunos de los eventos mis sobresalientes Eltémino biologia molecular se utiliza a menudo para describir los estudios en los que onvergen la quimica y la biologi. Se consolidé en 1938 por direetivos de la Fundacién Rockefeller para describir un nuevo progr 3s, bidlogos celulares, fisidlogos ‘on y Franeis Crick anuneiaron la et pilla postal alemana para cconmemorar a Wahler su James Watson (a la eguierda) y Francis Crick discuten un ‘modelo rudimentario de la doble hélice del DNA.cn las plantas y los animales. Como se muestra en Ia figura ‘ran en el material biolégico se dividen en tres eategorias:13. Macromoléculas biolégicds 19 y hemoglobina, ransportadas de oxigeno, en proteinas respiratorias como 4€y en enzimas como fa catalasa. La clorofila es un complejo de magnesio y gura 1.5b) muy abundante en las plantas verdes, donde funciona como receptor Tuminosa, " Macromoléculas biolégicas de las molculas presentes en las células biol6gicas son muy grandes para los es de la quimica orginica e inorginica,Los tres tipos principales de macromoléculas atures encontradas en las células biologieas son: los icidos nueleieos, las proteinas y jospolisnchridos) Estas moléculas participan en una serie de procesos bioldgicas comple- {jstales como almacenamiento y transferencia de la informacidn genética (Acids nuclei- os), catélsis dereaccTones bioquimicas (proteinas llamadas enzimas), unin entre células {yortanismos fprotcinasesiructurales y polisacéridos), transporte de moléculas pequefas a jravésde membranas celulares o desde un sitio del organismo a otto (proteinas de transpor- {e)yproteeci6n del organismo contra agentes infecciosos (anticuerpos). Aunque sus estruc- turasy funeiones son muy distintas, todas las macromoléculas tienen caracteristicas simi- fares son polimeros formados por la combinacién de cientos, miles e incluso millones de ‘molésulas prefabricadas mas pequefias llamadas monémeros (figura 1.6). El producto for- ‘nado por Ia polimerizacién de miles de mondmeros de glucosa puede ser almidén 0 celu- Joss, dependiendo del tipo de enlace quimico que se forme entre los residuos de glucosa Glucose Gincosa Gilucosa Amino Amini Amino fcido fcido feido (© Proteina Cm CL Nuclestido Nuclestido _-Nucledtido ——_Nucledtido (a) Acido nucleico FIGURA 1.6 “os de potinerosnatarates: )< almidines un homopolimero fom por a unin de muchas Aa tens ceca, ) Le ckelosa es un bomopoliner fonnsdo pot a wiin de Hae eee ar qlucora. Observe fs tpos dst de elaces en el amido y la Hc opolimers fermacks por uniém de amincidos.€) Los fcidos gee e distintos miclestidos,de informacién genética y en la catilisis bioldgic ‘sina S*-monotosfato (AMP), guanosina 5’-monofosfato (GMP). | (CMP) y uridina 5*-monofosiato (UMP). La informacién gené inucleieos es codificada por la secuencia de mucleétidos. Las sin requieren de una eompleja maquinaria celular, con un control preciso para as ductividad y preservar la enorme cantidad de energia quimica. Toda la inforr poreionar las enzimas para proveer la maquinaria molecular para des controlar y regular la produccién de biomolécula 1.4 Organelos, células y organismos etapa de organizacién -cl autoensamble de las macromoléculas en nit fordenacién-. Nuestra discusion sobre biomoléculas ha procedido en ~ comenzando con los elementos quimicos y continuando con la combit+ Bioquimica:Extablaciondo las bases ooo Capsimera (6) Virus del mosaico del tabsco (cilindrico) DNA} Cabeza Cuerp d) Bacter Jn forma comple} Después de los ensamb! es guramolecilares cl siguiente nivel mas alto de i Rg cién es la uniad fundamental de la vida, la célua, Durante mucho tiempo, los cient han re ificaciones basicas de organismos, 1) Los eucariotas, que incluyen alas plantas v animales, cuyas células tienen um nleo delimitado pr membrana y compartimientos interos bien definides: y 2) los procariotas, organs unicelulares simples, principalmente bacterias y algas azul-verde, lular bien diferenciado y de compartimientos intemos. Esta primera elasifieacién st Por observacin al microscopio de la ella y basada en su anatomia y entrts gica. En cambio si las células se clasficaran por el anilisis genético (seeueneias de DNA RNA), se reconocerian tes tipos distintos, En 1977, Carl Woese, dela Unive tos descr, através del aniisis genético del RNA ribosomal, que las arquenbade Son diferentes de as procariotas las euariotas. Ellas son dnicas porav edt de vali den ereceren ambientes muy dios, con alias concentraciones de sa, temperate mnocido dos cl das y en ausencia de oxigeno; abundan en los manantiales calient ion lo ientes del Parque Nacio Ae ees an acts Yellowstone o en eas volcdnicas en la tierra 0 en el mar. Su capacidad de evecer a ‘extremosos como los de estas femperaturas (algunas bacterias erecen a temperaturas por atriba de los 110°C) es de / ‘fuentes termales de cular interés dado que os écidos nucleieos y muchas proteinashabitualmente ce desi lizan a temperatura por ariba de 60 0 70°C. Los quimicos y los, bioguimicosCAPITULO 1 Bioquimica: Estableciendo las bases ‘2..Los componentes celnlares se encuentra ated celular rigida. En ocasiones, 1a MeN: eters de vari capes Hamad eS cubierta por flagelos, © ap teristicas estructurales responsables de sexual y su adherencia a las superficies interior dela tua 0 citoplasna 68 consistencia similar al gel, que incluye mol ‘mas (particulas supramoleculares de RNA nucleoide 4. Cada célula tiene un eromosoma, una sol momento dado pueden estar presentes var dices para la 106% bles de la transferencia del Kéculas pequ ') protefnas) y DNA enrollado en ta ia copia de jas copias del DNA en una eélula g encapsul Ta membrana puede fa ‘omas. La superficie ; ‘omocidn: ¥ por Pil lio vellosidad 4) DNA durante la feftas, enzimas sotubles, DNA (el genoma); sin embargo | ‘pidamente por division simple. cién ime célula de £. coli con fo En la figura 1.9 se ilustra una efialan tres regiones: a) el citopla Cada una de estas regiones se amplifica ot Goodsell, ¢ primeras imégenes Fe ran parte de los estudios bioqulmieog nos més biogulmica de este organismg jusive de los humanos. Come ente se lograron elaborar imag del Research Institute of Sedgy ¢ composicién molecular eon infom es de una célula viva, Ei por 0.64 yim. Cada ole en ellas entre 4000 on proteinas (s6l0 ular veces en las fi dibujos reales muestran una eélula con una ampli presentar éstas en perspectiva, se necesitarfan representar el volumen total del ei por la eélula y observar més de ce genes son foios de un instante en el tiempo las en el citoplasma de consi FIGURA 1.9 Esquema de una célula de E colt es la pared celular y ta region c mpliicada 50000 veces, 3 la region nucleoide que La region a es el citoplasma, la regid® contiene el DNA1.4 Organelos, células y organismos 19 —-FIGURA 1.10 {as sntas formas de las biomoléeulas se muestra en el e6igo. De a figura 1.9 {2 sieplasma amplticado 20 veces, b) la region bes la pared celular ampli ye) Msb6n ces In regién del nuleoide amplificada 20 veces. Fuerte: Adaptado de Goodsel, 1991,20 CAPITULO 1 Bioguimica: Estableciendo las bases .dio de una proteina ¢oi FIGURA 1.17 Ings cts (ori) toogatas rsp enc oho a) Imagenes de una célula. ; trim) each vege Faeme Basi en Wale «la velocidad prome n Et doctor Goose ha estima que velocidad pr cul ‘molecular de 160000 kilodaltons es de croaiis una digineia de 10 nanémeios (um, su tamelio SProRintsdo) Sella 9. Sin wvocarfa demasiados em ins (ns). Sin embargo, aun ese pequefio movimiento Pro porque los cuartos estin muy apretados dentro de la célula Retfeulo Complejo d . ‘endoplasméticg i liso (RE) Golgi (Go) Ribosomas (Rj Naceo 3 Se Complejo det poo neler (Ce Mitocondria (M) Nueléolo (N)1.4 Organelos, células y organismos 27 ms celulas eucariotas Laplase eucariote incluye a las plantas, animales, hongos, protozooarios, levaduras y al- guns lets. Las eSlulas que encontramos en estos organismos tienen poco en comiin con Jasprocariotas. Las complejas células eucariotas son mucho mis grandes, con didmetros que van de 10 jim a 100 jum; se rodean de una membrana plasmética formada por protei- aas lipids (véase la figura 1.11). Esta es una barvera quimica a través de la cual deben pasar fis moléculas que entran o salen de la célula, Una caracteristicatinica dela célula eu ‘ates es la separacion de sus componentes en compartimientos y, ei consecuencia, sus fiuciones bioldgicas tambien estén separadas. Esos compartimientos, Iamados organelos son on ealidad paquetes de macromoléculas organizadas, rodeados por una membrana, que horopastos (C) Nicleo (N) Ribosomas (R) Mitocondria (M) ———————— FIGURA 1.11—(continvacion)Membrana celular Raticulo endoplismico forman una extensa red en el citoplasma, de una pare del citesquseto de una cul renal de himster Le aetna se must en blanco. te24 CAPITULO 1 Bioquimica: Estableciendo las bases Tubo de centrifuga con la muestra aque se va a analiza Centeifuga en repo FIGURA 1.14 ——_. 7 7.5 La bioquimica y la centrifugacion bioguimica es una ciencia experimental, El conoeimiento de los procesos|biolealaa vel molecu fc as observaciones realizadas en el laboratorio, de Celulas7/s componente cas biomoléculas. Antes de aplicar la bioguimiea experiaay al el objeto que se desea estudiar debe separarse de su entomo natural, Una Henini muy ail para a celulates y biomoléculas, es la 128, con Ia Ee Jos bioquimicos ap lulas, los organelos celulares y las macromoléall) jy, nas, Al someter una muestra biologiea a una few Itas velocidades, los componentes de la must de su masa, tamaio y forma. Asi pata ai entacion o eritrocitos (células rojas dela sant) RE) ntrifugan a una velocidad de 1000 a 200078 (igura 1.14). La centrifugacién genera un campo di (1000 veces la gravedad). Las células i queda un liquido sobrenadant de oélulas enteras. Los bioguimicos trabajan mu wvedad de aproximadamente L005 as ve depositan en el fondo del tubo y en éste se decanta, y en el tubo queda una pastilla 0 “Pell jy sy esti poco con él intatas, més ben uilizan extras ae jxato de elulis procariots o eueariots, as elas omogencizan en una solucién acvosa; con esto se rompe la membrana plaSmanca parcel eter oy Soa todos los componentes internos de Ia e8t ise ona olin Fl rosso de homogsniacin se pede fet po a8 do en un mortero con pistilo y utilizando una sustancia abrasiva, COm0 romplendo Ins cul bao lla presion; o empleando Consists dou pistlo defen y un bode do, tise ame tee Ta ina vez que el citoplasma y como el mostrado en la figura 115, linscz acl lv components ud ies» spent ——— ilingie 16 so mcs a suseasiéa deed eee ea FIGURA 1.15 Domoginized clay sr om a yas SU a a ie a rias centrifugaciones s1 a vez mas altas. El sobrenadante de cada sucesivas a velocidades ee oa aac ae a ‘extracto celular empleando un se centrifuga a una velocidad mayor. Cada tipo de Bese mn se decanta en otro BE a:los eelulares mediante centrfugacion diferencial. Cada paso se eft ifugacion distnta, {sora fuerza de aravedad. Por ejemplo, las mitocondrias se sedimentan en un '# tna fuerza de gravedad de alrededor de 20000 x g. Después de esta etapa, ade desechar el sobrenadante y guardar las mitocondtias para estudiarlas fe Para Ia eentrifugacién final, a 100000 x g, se requiere de una ultracenttifiga qe leanza velocidades muy altas. El sobrenadante obtenido contiene el citoplasma y sus proteinas Solubles, ademas de otras moléculas. Muchas de las en nen el citoplasma soluble. de centrifugacién también se pueden separa éculas con distals densidades (masa por unidad de volumen). Una muestra de macromoléculas, por Os nucleicos, se deposita en la parte superior de un tubo de centrifuga que con- Wiente de densidad creciente de arriba a abajo. Durante la centrifugacién, las @ asientan en el tubo hasta que encuentran una zona con la misma densidad, sla diseiplina que trata de la quimica de la (ongénica) poseia una “fuerza vita eal de Ios bioquimicos-es descri- teria ‘no viva (inorgénica). Los :nivel molecular; pata hacerlo, se a biologia y Ia fisica tuvi Ilo de la bioquimica modks Biomolculas 1. Hemoglobina ‘m, Organelo celular toplasma. Describa como para preparar una fraceién eel 4.4.08 . C\H.O, ima y esté libre de organelos eet © GHN; h. 10, 1.11 La proteina eitocromo ¢ es nce £. CHNO.S i, HPO, la energia del transporte de ele ‘energia de enlaces quimicos del. considera que es mas abundante el 1.12 Describa las diferencias entre Ia bi bioguimica, ; 1.13 Mencione por lo mene Hidrdgono ios clase 1 Autre 2 Fésforo 5 DNA. D.RNABioquimica: Estableciendo las bases TAREAS EN LA RED 1.1 Introducci6n a 1a biocomputacién hnanjlonvn.chom purdue.edulcoursesichmS3e/ndexim! Haga clic en el término here que esti al final del tema “instructor” p BS to, Estudic los temas 1-6 para Ia informacién general en la red y eémo emplearia quimica y bioteenologia 1.2 Repaso de introduccién a la biologia hetp://es9-wwvw.it.edu:800 /esgbio/ Lieve el cursor hasta Table of Contents y haga lic en The Biology Hipertextbonk Gh Haga clic en Cell Biology y estudie los temas 1, 2-y 3. Realice el problema de practiea) 1.3 Animaciones /ttp:/ull. chemistry. wakron.edu/genobo Avanee el cursor hasta View, haga clic y vea las animaciones relacionadas con este curso} clic en 20. Protein coating of Bushy Tomato Virus para ver las rotaciones,