Modelado Molecular.
Trabajo Practico N° 2:
Estudios conformacionales
empleando Mecánica
Molecular
Alumna: Albornoz, Macarena
Objetivo: Aplicar Mecánica Molecular para obtener las energías de confórmeros
representativos de distintos compuestos y calcular y analizar las diferencias la energía
necesaria para transición de un confórmero a otro.
Introducción:
La mayoría de los sistemas moleculares presentan diferentes mínimos locales
distinguible o no, correspondientes a diferentes conformaciones cuyas energías pueden
ser iguales o muy similares o bien diferentes.
Los confórmeros son las dos posibles estructuras de una misma molécula, tal que
pueden interconvertirse entre sí mediante reacomodamientos de las coordenadas
nucleares sin que ello implique la formación o ruptura de enlaces.
La exploración del espacio conformacional de la superficie de energía potencial puede
realizarse empleando Mecánica Molecular lo que permite obtener la optimización de la
geometría empleando métodos de Mecánica Quántica con la certeza de estar
calculando el confórmero de interés.
Resultados y discusión
Barreras rotacionales de compuestos alifáticos:
Obtención manual del perfil de E () para la barrera rotacional del etano:
Atreves del programa Avogadro se dibujó y optimizo la estructura de la molécula de
etano. Luego se genero la matriz con el programa molden y por ultimo se genero un
input en el cual se utilizó como funcional el PM6
Figura 1: grafico teórico de energía potencial en función del ángulo diedro para el etano
Figura 2: resultado del cálculo de la energía potencial en función del ángulo diedro para
el etano.
A partir de este resultado puede verse que la conformación más estable posee una
energía de 0,82 kcal/mol mientras que la menos estable tiene una energía de 3,55
kcal/mol lo que da una barrera rotacional de 2,73 kcal/mol.
Perfil rotacional del 1,2-dicloroetano y 1,2-diiodoetano
Figura 3: grafico teórico de
energía potencial en función
del ángulo diedro para diedro
para el 1,2-dicloroetano.
Figura 4: resultado del cálculo de la energía potencial en función del ángulo diedro para
el 1,2-dicloroetano. Barrera ∆E
A partir de este grafico puede verse que el mínimo de energía está en 3,18 kcal/mol
esta será la energía para la forma trans mientras que el máximo en ~8 kcal/mol es el
confórmero cis lo que da una barrera de ~4,8 kcal/mol. Además, puede verse una
diferencia de energía (∆E) entre conformeros de ~1,5 kcal/mol.
Figura 5: grafico teórico
de energía potencial en
función del ángulo diedro
para diedro para el 1,2-
diiodoetano.
Figura 6: resultado del cálculo de la energía potencial en función del ángulo diedro para
el 1,2-diiodoetano.
En este caso se ver que el mínimo de energía está en 7,13 kcal/mol, esta será la energía
para la forma trans mientras que el máximo en ~11 kcal/mol es el confórmero cis lo que
da una barrera de ~3,9 kcal/mol. Además, puede verse una diferencia de energía (∆E)
entre conformeros de ~1,5 kcal/mol.
Por último, al comparar el 1,2 dicloroetano y el 1,2 diiodoetano podemos ver que las
barreras entre conformeros cis y trans difieren levemente en energía, siendo mayor
para el 1,2 dicloroetano; pero no así el ∆E que es igual por lo que puede concluirse que
el comportamiento es similar y que la barrera se verá afectada ligeramente por el peso
del halógeno.
Como acomodar un metilo y un sistema
Se buscaron las conformaciones de menor energía para el metilo rotando el enlace
RCH3 en propeno, tolueno y metilnaftaleno dando los siguientes resultados
Propeno:
Figura 7: resultado del cálculo de la energía potencial en función del ángulo diedro para
el propeno.
En la figura 7 puede verse que la conformación de menor energía del propeno se
alcanza cada 120° y el valor del ∆E es de 2.08 kcal/mol
Tolueno:
Figura 8: resultado del cálculo de la energía potencial en función del ángulo diedro para
el Tolueno.
En esta figura puede verse que la conformación de menor energía del tolueno se
alcanza cada 60° y el valor del ∆E es de 0.01 kcal/mol
Metilnaftaleno:
Figura 9: resultado del cálculo de la energía potencial en función del ángulo diedro para
el metilnaftaleno.
En este caso puede verse que la conformación de menor energía del metilnaftaleno se
alcanza cada 120° y el valor del ∆E es de 2.82 kcal/mol
Perfiles para la posición del metilo vecino al carbonilo en el etanal, acetona y
progesterona
Etanal
Figura 10: resultado del cálculo de la energía potencial en función del ángulo diedro
para el etanal.
Acetona:
Figura 11: resultado del cálculo de la energía potencial en función del ángulo diedro
para la acetona.
Progesterona:
Figura 12: resultado del cálculo de la energía potencial en función del ángulo diedro
para la progesterona.
Para estos casos, el Etanal presenta la conformación de menor energía cada 120° y con
un ∆E de 0,0016= 1.004 kcal/mol; la Acetona también tienen su mínimo cada 120° y ∆E
de 0.74 kcal/mol por último, la Progesterona al ser una molécula más compleja
presenta un perfil rotacional más variado ya que exhibe mínimos y máximo tanto
relativos como absoluto: el mínimo absoluto está en 43,56 kcal/mol, el mínimo relativo
en ~43,6 kcal/mol, el máximo absoluto en 48,8 kcal/mol y el máximo relativo en 43,81
kcal/mol por lo cual también presentara distintos ∆E para cada la interconverción entre
cada confórmero:
1: 0,62 kcal/mol
2: 0,25 kcal/mol
3: 0,04 kcal/mol
4: 0,19 kcal/mol
Compuestos con O y N
Para esta práctica se estudió se utilizaron el acetato de metilo y la etilamina los cuales
se muestran a continuación:
Figura 13: Acetato de metilo Figura 14: Etilamina
Compuesto Conformeros ∆E (HF) Barrera (HF)
Acetato de metilo E,Z 6,27 15,17
Etilamina g, a 5,72 10-5 -
Tabla 1: Valores de la barrera y ∆E para compuestos con O y N
Compuestos conjugados
Además, se estudiaron los enlaces que al rotarlos rompen y luego regeneran el sistema
π para las moléculas de butadieno, acroleína y metacloroacetofenona:
Figura 15: Butadieno Figura 16: Acroleína Figura 17: m-cloroacetofenona
Compuesto Conformeros ∆E (HF) Barrera (HF)
butadieno s-cis, s-trans 0,00472 0,0095
0,00492 0,0139
m-Cl-acetofenona 8,1.10-5 9,46.10-3
Tabla 2: Valores de la barrera y ∆E para compuestos conjugados.
Compuestos cíclicos
Los confórmeros son estereoisómeros que se caracterizan por poder interconvertirse
(modificar su orientación espacial, convirtiéndose en otro isómero de la
misma molécula) a temperatura ambiente, por rotación en torno a enlaces simples.
Para esta práctica se estudiaron las siguientes estructuras para determinar si son
conformeros:
Figura 18: Estructuras moleculares de: (1) -(D)-glucosa; (2) -(D)-glucosa; (3) -(L)-
glucosa; (4) 1,2-diclorociclohexano (ax;eq); (5) 1,2-diclorociclohexano (eq;eq); (6) trans-
1,2-dicloroeteno; (7) cis-1,2-dicloroeteno
Para el caso de la -(D)-glucosa y la -(D)-glucosa se puede decir que no son
conformeros ya que para interconvertirse uno en otro es necesario el rompimiento y
regeneramiento de un enlace.
El compuesto -(D)-glucosa y el -(L)-glucosa si son conformeros ya que en estos casos
los sustituyentes se encuentran en posiciones opuestas.
Para los isómeros del 1,2-diclorociclohexano solo serán conformeros serán las
estructuras en las cuales los halógenos se encuentren ambos en posición axial o ambos
en posición ecuatorial.
Por último, el trans-1,2-dicloroeteno y el cis-1,2-dicloroeteno no son conformeros
debido a que para interconvertirse de una estructura a otra debe romperse el doble
enlace.
Comparación de los conformeros
Se estudiaron los conformeros del ciclohexano, metilciclohexano y clorociclohexano de
manera cuantitativa y se buscó el E para cada uno:
Compuesto Confórmero ∆E (HF)
Ciclohexano Bote distorsionado, silla 0.011
Metilciclohexano ax,eq. 0.797
Clorociclohexano ax,eq. 0.737
Tabla 3: Valores de ∆E para compuestos cíclicos.
A partir de estos resultados podemos ver que cuando se trata de la interconversión en
un compuesto sin sustituyentes, la energía necesaria es mucho menor que cuando se
requiere modificar la posición de grupos voluminosos como son el metilo o el cloro.
También se puede notar que cuanto mas grande es el grupo, el E es mayor.
Minimización de un péptido
Como ultima practica se realizaría la minimización de la estructura de rayos X PDB entry
10MB en el programa gabedit.
En la siguiente figura se muestran las diferencias entre la estructura inicial y final luego
de la minimización.
(1) (2)
Figura 19: Estructuras de rayos X del péptido antes (1) y después (2) de la minimización.
Parámetros utilizados: 10000 iteraciones; = 0.0001 y 25 maximun lines searches.
Conclusión
Durante este trabajo practico se pudo obtenerse diferentes perfiles rotacionales de
numerosos conformeros además de calcular tanto la barrera rotacional como el ∆E para
varios de ellos además de poder observar como varia la distribución espacial para un
péptido luego de su minimización.
