QUIMICA COMPUTACIONAL
TUTORIAL 2
JENNIFER MARTINEZ
QF: FERNANDO CASTRO GÓMEZ
UNIVERSIDAD DEL ATLÁNTICO
BARRANQUILLA-COLOMBIA
27 DE SEPTIEMBRE DEL 2019
2019-II
QUIMICA COMPUTACIONAL
TUTORIAL N 2
BARRERA TORSIONAL
1. Abrimos el programa Spartan14v114.
2. Construimos la molécula de etano, está la podemos construir
en 2D y luego de construirla se visualiza o la
construimos directamente en 3D
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Molécula de etano en 2D
Para realizar la molécula en 3D nos vamos a la barra de
herramientas de arriba y le damos clic en el botón new build
Inmediatamente se nos despliega en la parte derecha del
spartan un sub menú y ahí le damos clic en Csp3.
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Arrastramos la opción csp3 luego se da clic en la pantalla 2
veces y con esta podemos dibujar la molécula de etano en 3D.
3. luego minimizamos la energía para esto nos vamos a ir a la
parte derecha de la pantalla en la parte de abajo y vamos a
encontrar este símbolo con el cual realizaremos este
paso. Y visualizamos la energía en la parte de abajo.
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Visualización de la energía
4. para activar las etiquetas atómicas le damos clic en model y
luego en labels.
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5. El siguiente paso es la optimización de la energía para
calcularla damos clic en setup en la opción calculations
6. Calcularemos el equilibrio de la molécula de etano en este
caso con semi-empirical AM1. Y se guarda dando clic en la
parte de abajo en submit
7. Posteriormente se da clic en la opcion “geometry” y luego
en “measure diedral”, para señalar 4 atomos de la molecula
de etano estos los seleccionamos en el orden de H1 –C1-C2-
H6
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8. en la parte de abajo nos va ha dar un angulo de 1800
Señalamos el Angulo y se llevó a 0, para tener una mejor
conformación de la molécula.
9 .seleccionamos nuevamente la opción “geometry”, clic en
la opción “contrains diedral”, se señalaron nuevamente los 4
átomos para la formación del Angulo diedro nos mostrara
esto.
10.le damos clic en el candado para cerrar el bloqueo y
se activa profile.
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11. En la parte inferior izquierda del software, aparece un cuadro
pequeño para activar el “profile”, para colocar los valores indicados
(primera casilla 0 grados, segunda casilla 360 grados).
12. posteriormente se dA clic en la opcion “setup” luego opción
“calculation” se hizo el cálculo de la “energy profile” utilizando el
método semi-empirical en el campo de fuerza AM1 y finalmente se
se da clic en la opción “submit”,y la molecula empieza a calcular el
perfil de energía automáticamente.
13. el siguiente paso es el perfil de energía, para esto utilizamos la
molécula del ejercicio anterior.
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14.nos vamos a la parte de arriba y seleccionamos display y le
damos clic en spreadsheet.
Con esto se abrirá una ventana en la cual le daremos clic en add
para que se agreguen los datos
Clic
Cuando le demos clic en add enseguida le daremos en rel---E y le
damos ok y nos arrojara otro cuadro.
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15. Nos vamos nuevamente a la barra de arriba y le damos clic en
display pero esta vez seleccionamos plots.
16. en la parte derecha del software se abrirá una ventana.
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17. daremos clic en si seleccionamos la opciónYAxes: rel.E
(KJ/mol)
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18. Automáticamente aparecerá una grafica
Y le daremos clic en la llave al darle clic se desplegara una
ventana en la cual seleccionaremos en donde dice curve la
opción que dice smooth y le daremos clic en done.
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Enseguida se guardaran los cambios y nos saldrá una grafica
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Damos clic en la y automaticamente nos saldrá el perfil de
energia.
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