1 – Introducción
Modelado Molecular: “Tratamiento de moléculas o sistemas moleculares en base a Modelos
(simplificaciones) obtenidos de la conjunción Química Teórica y Experimental”.
Simulación y modelo no son lo mismo. Un Modelo es utilizado en combinación con Muestreo, Mecánica
Estadística, Extensión del muestreo. Mientras que hacer una simulación es como hacer experimentos in
silico. Por lo tanto, se requiere tanto conocimiento de la teoría como si se hicieran experimentos “reales”.
Experimentos Observaciones
SISTEMA REAL
experimentales
Modelización:
Aproximación Correlación,
simplificación comparaciones
MODELO Predicciones
Métodos de Cálculo
La Superficie de energía Potencial (SEP)
Supongamos que existe una forma de calcular la energía potencial de un sistema molecular conociendo
sólo las posiciones y la naturaleza (masa) de cada núcleo. Sin embargo, a escala molecular, las ecuaciones
de Newton no funcionan, y es el dominio de la Mecánica Cuántica donde hay que trabajar.
Se comienza con la Aproximación de Born-Oppenheimer, que dice que como los electrones 1840 veces
más ligeros que el núcleo más ligero, se pueden desacoplar los movimientos electrónico y nuclear.
En la escala de tiempo de los núcleos, los electrones son una nube de carga negativa. Se puede predecir el
movimiento de todos los núcleos, y por lo tanto predecir la evolución de un sistema molecular, sabiendo
la “energía potencial” que experimentan. Los núcleos
experimentan un potencial repulsivo núcleo-núcleo
que tiende a alejarlos y un potencial atractivo, debido
a la carga negativa de la “nube” de electrones, que evita
que se alejen.
Toda la información del sistema está en la SEP:
estructura y propiedades (mínimos), termodinámica
(diferencia de energía entre mínimos, estados de
equilibrio), cinética (caminos de reacción, barreras,
estados de transición, el mecanismo en sí).
Un mínimo en una SEP corresponde a una estructura estable a una cierta T.
Aplicado a la SEP, un modelo es una receta (simplificaciones, aproximaciones) para resolver el problema
electrónico (calcular E(Q) conociendo Q), y existen distintos tipos de modelos como clásicos, cuánticos e
híbridos. Ahora, una simulación es una estrategia utilizar el modelo solo en zonas relevantes de la SEP.
Por ejemplo, la minimización es la búsqueda de mínimos, la dinámica molecular involucra moverse a
través de la SEP integrando las ecs. de Newton, y Monte Carlo genera al azar configuraciones Q, para
evaluar su energía.
Antes de comenzar: hay que plantear cual será la configuración o geometría inicial y qué modelo es más
conveniente utilizar. A su vez que es la información que uno deseas y qué simulación es la correspondiente
para ello. Y por último algunos aspectos estadísticos (termodinámica estadística) y criterios para analizar
los resultados de la simulación.
Modelos Cuánticos
Se basan en la Ecuación Schrödinger y aplican la aproximación básica: Born-Oppenheimer (en su
mayoría). Existen distintos niveles aproximación: semiempíricos, HF, DFT; y son indispensable para
procesos reactivos, estados excitados. Son aplicable a la mayoría de los sistemas, aunque si tienen
limitaciones computacionales por tamaño molecular. Pueden explicar estructura y propiedades
electrónicas responsables de la reactividad, actividad biológica, naturaleza de las interacciones.
La Ecuación Schrödinger está compuesta por una función de onda (Ψ) que describe el estado del sistema
y todas sus propiedades (BO permite distinguir parte nuclear y electrónica), un operador hamiltoniano,
independiente del tiempo que opera sobre Ψ e incluye términos de energía cinética (T) y potencial (V),
H=T+V (BO permite separar hamiltoniano nuclear del electrónico H=Hn+H), y la Energía del sistema, que
corresponde a un autovalor de la función de onda y se encuentra cuantizada.
Aplicables a:
Geometría molecular Polarizabilidades
Energías/Termoquímicas Espectroscopía IR, Raman, NMR, UV, etc.
Orbitales moleculares y energías orbitales Potenciales electrostáticos moleculares
Afinidades electrónicas y potenciales de (ESPs)
ionización Cargas atómicas parciales
Densidad electrónica Estados electrónicamente excitados
Propiedades íntimas del enlace químico y Mecanismo de reacciones químicas
topología
Simulaciones involucrando 1-1000 átomos, minimizaciones, eventualmente dinámicas cortas. Costo
computacional alto.
Modelos Clásicos
Se basan en la mecánica clásica, la cual representa las moléculas como conjunto de esferas de diferente
masa y volumen, conectadas por resortes. Sistema elástico (ley de Hooke).
Energía potencial molecular es estos modelos se calcula como sumatoria de energías potenciales de
tensión y términos de interacción no enlazados.
E(Q)=ΣU BL+ΣU BA+ΣU +ΣU
TA ..
NB+
Algunos modelos clásicos son: AMBER, CHARMM, MM2,
MM3, entre otros.
La energía potencial del sistema se calcula a partir de campos de fuerza que corresponden a partir de un
conjunto de ecuaciones y parámetros. Solo se tienen en cuenta las interacciones entre núcleos. Cada
término de energía potencial tiene una forma funcional y una gran cantidad de parámetros que deben
ajustarse para reproducir medidas experimentales.
Aplicables a:
Geometría molecular
Energía conformacional y Barreras de Torsión
Energía de interacción intermolecular
Frecuencias vibracionales (IR)
Calor de formación y otras magnitudes termodinámicas
Simulaciones: docking molecular, dinámica molecular, Monte Carlo.
Sistemas biológicos, incluso muy grandes 1000 - 108 átomos, debido al bajo costo computacional.
No pueden:
Romper o formar enlaces químicos
Describir con facilidad enlaces de coordinación (metales de transición)
Procesos que impliquen cambio del estado electrónico (Estados excitados, transferencia de
electrones)
Diferentes propiedades que se obtienen del análisis de la densidad electrónica (ej.
Polarizabilidades)
Para superar las limitaciones de los métodos clásicos se pueden combinar simulaciones con modelos
cuánticos o emplear modelos híbridos cuántico/clásico.
