UNIVERSIDAD AUTÒNOMA DE BAJA CALIFORNIA BIOINGENIERO FACULTAD DE INGENIERIA MEXICALI

GUÍA DE ESTUDIO: PROTEÍNAS Y ENZIMAS BIOQUÌMICA M,I. SUSANA NORZAGARAY PLASENCIA

Nombre del estudiante____________________________________________________________________________________fecha________________________
Instrucciones: Lea con atención cada cuestionamiento y atiéndalo correctamente, fundamentando sus respuestas en la bibliografía básica
y complementaria vigente.
ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL DE LAS PROTEINAS

1. Propiedades del enlace peptídico: En los estudios por rayos X con péptidos cristalinos, Linus Pauling y Robert Corey
encontraron que el enlace C-N del enlace peptídico tiene una longitud intermedia (1.32 Å) entre un enlace sencillo C-N típico (1.49
Å) y un enlace doble C=N (1.27 Å). También observaron que el enlace peptídico es plano (los cuatro átomos unidos al grupo C-N se
encuentran localizados en el mismo plano) y que los dos carbonos  unidos al C-N se encuentran siempre en posición trans (en
lados opuestos del enlace peptídico);
a. Explique qué es lo que indica la longitud del enlace C-N en el enlace peptídico sobre su fortaleza y su orden de enlace, es
decir, acerca de si es un enlace sencillo, doble o triple.
b. Exponga qué nos dicen las observaciones de Pauling y Corey acerca de la facilidad de rotación alrededor del enlace
peptídico C-N.

2. Relaciones estructurales y funcionales en las proteínas fibrosas. William Astbury descubrió que el patrón de difracción de
rayos X de la lana indica la presencia de unidades estructurales repetitivas separadas por una distancia de 5.2 Å en la dirección
de la fibra de lana. Cuando se sometía la lana a la acción del vapor y al estiramiento, el patrón de difracción de rayos X mostraba
una nueva unidad estructural repetitiva cada 7.0 Å. Si después de someter la lana a la acción del vapor y estirarla se la dejaba
encoger de nuevo, el patrón obtenido se correspondía al original, con una separación de aproximadamente 5.2 Å. A pesar de que
estas observaciones proporcionaron claves importantes acerca de la estructura molecular de la lana, Astbury no pudo
interpretarlas en aquel momento.
a. Interprete las observaciones de Astbury a la luz de nuestros conocimientos actuales sobre la estructrua de la lana.
b. Cuando se lavan suéteres o calcetines de lana en agua caliente o se calientan en una secadora, se encogen, Por otro
lado, y en las mismas condiciones, la seda no encoje. Explíquelo.

3. Velocidad de síntesis de la -queratina del cabello. El cabello crece a una velocidad de 15 a 20 cm/año. Todo crecimiento se
concentra en la base de la fibra del cabello, donde los filamentos de -queratina se sintetizan en el interior de las células
epidérmicas vivas, para ser luego ensambladas y formar estructuras en forma de soga. El elemento estructural fundamental de
la -queratina es la hélice , que tiene 3.6 residuos aminoácidos por vuelta y un desplazamiento de 5.4 Å por vuelta.
Considerando que la biosíntesis de las cadenas -helicoidales de la queratina es el factor limitante de velocidad en el crecimiento
del cabello, calcule la velocidad a la que deben formarse los enlaces peptídicos de las cadenas de -queratina (enlaces peptídicos
por segundo), para justificar el crecimiento anual del cabello.

4. Efecto del pH sobre la conformación de las estructuras secundarias -helicoidales. El despegamiento de la hélice  de un
polipéptido para dar lugar a una conformación desordenada viene acompañado por un gran descenso de una propiedad que se
denomina rotación específica, una medida de la capacidad de una disolución para hacer girar el plano de la luz polarizada. El
poliglutamato, un polipéptido formado únicamente por residuos L-Glu, tiene una conformación helicoidal a pH 3. Sin embargo, al
aumentar a pH 7 se observa un gran descenso en la rotación específica de la disolución. De manera similar, la poli lisina (residuos
de L-Lys) es una hélice  a pH 10, pero su rotación especifica
también desciende al cambiar a pH 7, tal como se muestra en el
gráfico de la primera columna,
a. ¿Cuàl es la explicacion del efecto de los cambios de pH
sobre las comnformaciones de poli(Glu) y poli(Lys)?
b. ¿Por què se produce la transiciòn en un marqgen tan
estrecho de pH?
5. Los enlaces disulfuro determinan las propiedades de muchas proteínas. Una cierta cantidad de proteínas naturales son muy
ricas en enlaces disulfuro, y sus propiedades mecánicas (resistencia a la tensión, viscosidad, dureza, etc.) se correlacionan con
el grado de formación de enlaces disulfuro.
a. La glutenina, una proteína del trigo rica en enlaces disulfuro, es la responsable del carácter cohesivo y elástico de la
masa elaborada con harina de trigo. De manera similar, la dureza y resistencia de los caparazones de la tortuga es
debida a la presencia muy abundante de ensalces disulfuro en su -queratina. ¿Cuál es la base molecular de la
correlación existente entre el contenido de enlaces disulfuro y propiedades mecánicas de la proteína?
b. La mayoría de las proteínas globulares se desnaturalizan y pierden su actividad cuando se calientan brevemente a 65 oC.
Sin embargo, a menudo se observa que las proteínas globulares que contienen muchos enlaces disulfuro deben ser
calentadas durante más tiempo y a mayor temperatura para desnaturalizarlas. Una de estas proteínas es el inhibidor
pancreático bovino de la tripsina (BPTI), que contiene 58 residuos aminoácidos en una sola cadena y contiene tres
enlaces disulfuro. Al enfriar una disolución de BPTI desnaturalizado, se recupera la actividad de la proteína, ¿cuál es la
base molecular de esta propiedad?

6. Secuencia de aminoácidos y estructura proteica. Nuestro conocimiento cada vez mayor de cómo se pliegan las proteínas ha
permitido a los investigadores establecer predicciones acerca de la estructura proteica basándose en los datos de la secuencia
primaria de aminoácidos. Considere la siguiente secuencia de aminoácidos:

a. ¿Dónde podría haber giros ?

b. ¿En qué posiciones se podrían formar enlaces disulfuro intracatenarios?
c. Teniendo en cuenta que esta secuencia es parte de una proteína globular más grande, indique la posible localización, ya
sea en el interior de la proteína o en su superficie externa de los siguientes residuos de aminoácidos: Asp, Ile, Thr, Ala,
Gln, Lys. Explique su razonamiento.

7. La bacteriorrodopsina en las proteínas de membrana púrpura. En condiciones ambientales apropiadas, la arquea halófila
denominada Halobacterium halobium sintetiza una proteínas de membrana (M,26 000) conocida como bacteriorrodopsina, que es
de color purpura porque contiene retinal. Las moléculas de esta proteína se agregan formando “manchas purpura” en la
membrana celular. La bacteriorrodopsina actúa como una bomba de protones activada por la luz que proporciona energía para
las funciones celulares. El análisis de esta proteína por rayos X indica que está formada por siete segmentos de hélice  paralelos,
cada uno de los cuales atraviesa la membrana de la célula bacteriana (de un grosor de 45 Å).
a. Calcule el número mínimo de residuos aminoácidos necesario para que un segmento de la hélice  atraviese
completamente la membrana.
b. Calcule la fracción de proteína bacteriorrodopsina que está implicada en las hélices que abarcan la membrana (utilice
una masa media por residuo aminoácido de 110)

8. Terminología de estructura de proteínas. La mioglobina, ¿es un motivo, un dominio o una estructura tridimensional completa?
Fundamente su respuesta.

9. Efecto patogénico de la bacteria que provoca la gangrena gaseosa. La bacteria anaeróbica Clostridium perfringens es
altamente patogénica siendo responsable de la gangrena gaseosa, un estado que destruye la estructura del tejido animal. Esta
bacteria secreta unja enzima que cataliza con eficiencia la hidrolisis del enlace peptídico indicado en rojo en la secuencia(X-Gly)
donde X e Y son cualquiera de los 20 aminoácidos estándar.

a. ¿De qué modo

contribuye la
secreción de esta enzima a la invasividad de esta bacteria en los tejidos humanos?
b. ¿Por qué esta enzima no afecta a la propia bacteria?
10. Número de cadenas polipeptídica en una proteína multisubunidad. Una muestra (660 mg) de una proteína oligomérica de Mr
132 000 se trató con un exceso de 1-fluor-2,4-dinitrobenceno (reactivo de Sanger) en condiciones ligeramente alcalinas hasta que
se completó la reacción. Los enlaces peptídicos de la proteína se hidrolizaron a continuación completamente a ebullición en HCl
concentrado. Se encontró que el hidrolizado contenía 5.5 mg del compuesto siguiente.

Sin embargo, no se encontraron derivados 2,4 dinitrofenilicos de los grupos a amino de los aminoácidos.
a. Explique de qué modo puede usarse esta información para determinar el número de cadenas polipeptídicas en una
proteína oligomérica.
b. Calcule el número de cadenas peptídicas de esta proteína
c. ¿Qué otra técnica de análisis se puede utilizar para determinar si las cadenas polipeptídicas en esta proteína son iguales
o diferentes?

11. Predicción de la estructura secundaria. ¿En cuál de los siguientes péptidos es más probable que se observe un plegamiento
en hélice  y por qué?
a. LKAENDEAARAMSEA
b. CRAGGFPWDQPGTSN

12. Fibras amiloides y enfermedad. Se ha observado que varias moléculas aromáticas pequeñas, como el rojo de fenol (usado como
modelo farmacológico no toxico), inhiben la formación de amiloide en modelos de laboratorio. Estos compuestos se investigan con
el objetivo de encontrar un fármaco que pueda inhibir eficientemente la formación de amiloide en el cerebro de personas con
enfermedad de Alzheimer incipiente.
a. Sugiera una razón por la que las moléculas con sustituyentes aromáticos podrían impedir la formación de amiloide
b. Algunos investigadores han sugerido que un fármaco que se usa en tratamiento del Alzheimer también podría ser
efectivo en el tratamiento de la diabetes mellitus tipo II (de aparición tardía). ¿Cuál podría ser la razón de que un mismo
fármaco pudiera ser efectivo en el tratamiento de enfermedades distintas?
 FUNCION DE LAS PROTEINAS
13. Relación entre las constantes de afinidad y de disociación La proteína A tiene un sitio de fijación para el ligando X con una Kd
de 10-6M. la proteína B tiene un sitio de fijación para el ligando X con una Kd de 10-9 M.
a. ¿Qué proteína tiene mayor afinidad para el ligando X? explique el razonamiento. Convierta Kd en Ka para ambas proteínas.

14. Cooperatividad negativa ¿Cuál de las siguientes situaciones daría una curva de Hill con h < 1.0? Explique su razonamiento en
cada caso:
a. La proteína tiene múltiples subunidades, cada una con un único sitio de fijación de ligando. La unión del ligando a un sitio
disminuye la afinidad de unión de los otros sitios de fijación de ligando.
b. La proteína es un único polipéptido con dos sitios de fijación de ligando, cada uno de ellos con una afinidad diferente para
el ligando.
c. La proteína es un único polipéptido con un único sitio de fijación de ligando. Una vez purificado, el preparado proteico es
heterogéneo y contiene algunas moléculas de proteína que están parcialmente desnaturalizadas, por lo que poseen una
menor afinidad de unión para el ligando.

15. Afinidad por el oxigeno en la hemoglobina ¿Cuál es el efecto de los siguientes cambios sobre la afinidad de la hemoglobina por
el O2?
a. Un descenso del pH del plasma sanguíneo de 7.4 a 7.2
b. Un descenso en la presión parcial de CO2 en los pulmones de 6 kPa (aguantando la respiración) a 2 kPa(normal
c. Un aumento del nivel del (2,3-bifosfoglicerato, BPG) de 5 mM (altitud normal) a 8 mM (grandes altitudes)
d. Un incremento en CO desde 1.0 ppm en una atmosfera interior normal hasta 30 ppm en una casa en la que el horno de
gas funciona mal o tiene pérdidas.

16. Unión reversible de ligandos La proteína calcineurina se une a la proteína calmodulina con una velocidad de asociación de
8.9x103 M-1s-1 y una constante de disociación global, kd de 10 nM. Calcule la velocidad de disociación kd y exprésela en las unidades
adecuadas.

17. Cooperatividad en la hemoglobina En circunstancias adecuadas, la hemoglobina se disocia en sus cuatro subunidades. La
subunidad  aislada une oxígeno, pero la curva de saturación de O2 es hiperbólica en lugar de sigmoidea. Además, la unión de
oxígeno a la subunidad  aislada no se ve afectada por la presencia de H+, CO2 o BPG. ¿Qué indican estas observaciones sobre el
origen de la Cooperatividad en la hemoglobina?

18. Comparación de las hemoglobinas fetal y materna. Los estudios sobre transporte de oxígeno en mamíferos en estado de
gestación han demostrado que las curvas de saturación de O2 de las sangre materna y fetal son claramente diferentes cuando se
miden en las mismas condiciones. Los eritrocitos fetales contienen una variante estructural de la hemoglobina. La HbF, que
consisten en dos subunidades  y dos subunidades g (22), mientras que los eritrocitos maternos contienen la HbA (22).
a. ¿Cuál de las dos hemoglobinas tiene una mayor afinidad
por el oxígeno en condiciones fisiológicas, la HbA o la HbF?
Explíquelo.
b. ¿Cuál es el significado fisiológico de la diferente afinidad
por el oxígeno?
c. Cuando se retira todo el B PG presente en muestras de
HbA y HbF las curvas de saturación de O2 (y como
consecuencia las afinidades por el O2) se desplazan hacia
la izquierda. No obstante, en esta situación la HbA tiene
una mayor afinidad por el oxígeno que la HbF. Cuando se
introduce el BPG las curvas de saturación de O2 vuelven a
la normalidad, tal como se muestra en el gráfico.

i. ¿Cuál es el efecto del BPG sobre la afinidad por el O2 de la hemoglobina?

ii. ¿Cómo puede utilizarse esta información para explicar las diferentes afinidades por el O 2 de las hemoglobina
fetal y materna?
 19. Variantes de la hemoglobina. En la naturaleza se presentan casi 500 variantes de la hemoglobina. La mayoría son el resultado de
un único cambio de aminoácido en una cadena polipeptídica de globina. Algunas variantes provocan enfermedades, aunque no
todas tienen efectos negativos. A continuación, se presenta una breve muestra.
o HbS: (Hb de la célula falciforme) sustitución de un Glu por una Val en la superficie.
o Hb Cowtown: Eliminación de un par iónico implicado en la estabilización del estado T.
o Hb Memphis: Sustitución de un residuo polar no cargado por otro de tamaño similar en la superficie.
o Hb Bibba: Sustitución de una Leu por una Pro implicada en una hélice .
o Hb Milwaukee: Sustitución de una Val por un Glu
o Hb Providence: Sustitución de una Lys por una Asn que se proyecta normalmente hacia la cavidad central del tetrámero.
o Hb Philly: Sustitución de una Tyr por una Phe, que rompe el enlace de hidrógeno en la interfase 11.
Explique su elección para cada una de las siguientes situaciones:
1. La variante de Hb que tendrá menor probabilidad de provocar síntomas patológicos.
2. La variante o variantes que tengan más probabilidad de mostrar valores de PI diferentes a los de la HbA al analizarlas
en un gel de enfoque isoeléctrico.
3. La variante o variantes que tengan más probabilidad de mostrar una disminución en la unión de BPG y un aumento de la
afinidad global de la hemoglobina por el oxígeno.
20. Explorando las interacciones reversibles de proteínas y ligandos con gráficos animados,
a. Unión reversible de un ligando a una proteína simple sin Cooperatividad. Para la ecuación 5.8 genere un gráfico de T vs frente a
[L] (ejes horizontal y vertical, respectivamente). Examine las gráficas generadas cuando Kd se ajusta a 5,0, 10, 20 y 100 mM. Una
mayor afinidad de la proteína por el ligando significa mayor fijación a concentraciones menores de ligando. Suponga qwue cuatro
proteínas diferentes presentan estos cuatro valores diferentes de Kd para el ligando L. Qué proteína tendrá mayor afinidad del
LQ:
b. Enumere la gráfica generada cuando Kd =10mM. ¿Cuál es el incremento de teta cuando L aumenta desde 0.2 a 0.4mM
c. ¿Cuál es el incremento de teta cuando [L] aumenta desde 40 a 80 m
d. Puede realizar el mismo ejercicio para la ecuación 5.11. Convierta [L] a pÓ2y Kd a P50. Examine las curvas generales
e. Examine las curvas generadas cuando P50 se ajusta a 0.5, 1.2 y 10 kPa.. Para la curva generada a p50=1 kPa, ¿Cuál es la variación
de teta cuando la PO2 aumenta desde 0.02 a 0.04 kPa? Y desde 4 a 8 kPa.
f. Unión cooperativa de un ligando a una proteína múltiples subunidades. Utilizando la ecuación 5.14 genere una curva de fijación de
una proteína y un logando con una Kd=10mM y n=3. Observe el matiz de la definición de Kd en la ecuación 5.16. En la misma grafica