UNIVERSIDAD SANTO TOMAS
FACULTAD DE INGENIERÍA AMBIENTAL
BIOTECNOLOGIA
María Fernanda Lache Melo
Código: 2183963
FUNDAMENTOS DE BIOLOGÍA MOLECULAR
Taller No. 1: Introducción A La Biología Molecular
1. Selecciona un personaje que haya realizado aportes significativos a la Biología Molecular.
Describe brevemente en que consistió su investigación.
Barbara McClintock: explicó cómo las células pueden responder a la presión ambiental a la
que se ven sometidos los organismos vivos mediante una reestructuración de su genoma;
estos mecanismos explicarían la formación de nuevas especies y serían la base de los
cambios evolutivos. McClintock realizó sus estudios genéticos fundamentalmente con maíz,
realizando numerosas hibridaciones entre diferentes variedades, lo que le permitió
asimismo describir la historia evolutiva y origen de esta planta.
En 1936, McClintock era profesora asistente en el Departamento de Botánica de la
Universidad de Missouri y vicepresidenta de la Sociedad Americana de Genética. En 1941
se unió al grupo de genetistas de Cold Spring Harbor, donde hizo su descubrimiento de la
transposición genética, las partes móviles de los cromosomas que más tarde se llamarían
«transposomas» o «genes saltadores».
Trabajando con plantas de maíz, más complejas, McClintock había identificado estos
elementos genéticos veinte años antes que los biólogos moleculares, que estaban
trabajando con formas de vida mucho más simples.
2. Consulta y resume un hecho reciente que haya significado un avance en biología molecular.
Artículo: El reto de la genética del siglo XXI en el Homo Sapiens – Rafael Santandreu Rámon
El procedimiento básico para reemplazar genes defectuosos específicos se realizará de la
siguiente manera: el alelo normal del gen defectuoso que tenga que ser reemplazado será
primeramente aislado a partir de las células de un donante o se obtendrá químicamente. A
continuación el gen normal se introducirá en células adecuadas del enfermo mediante la
ayuda de un virus adecuado u otras técnicas. Las células que hayan incorporado el gen y lo
expresen correctamente se reintroducirán en el paciente. Estas células se desarrollarán
mejor y remplazarán a las defectuosas.
3. Lee el artículo original en el cual se dio a conocer la escritura de doble hélice del ADN.
Resalta dos de las ideas que te parecieron más interesantes.
JD. Watson & F.H.C. Crick (1953). Molecular structure of Nucleic Acids. Nature.
171:737-738.
La estructura es abierta, y su contenido de agua es bastante alto. Con contenidos de
agua más bajos, esperaríamos que las bases se inclinaran para que la estructura se
hiciera más compacta.
La característica novedosa de la estructura es la manera en que las dos cadenas se
mantienen juntas por las bases de purina (adenina) y pirimidina (timina). Los planos de
las bases son perpendiculares al eje de la fibra. Se unen por pares, una base única de
una cadena está unida por hidrógeno a una base única de la otra cadena, de modo que
las dos se encuentran una al lado de la otra con coordenadas z idéntica.
4. Realizar un cuadro comparativo entre las moléculas de ADN y ARN.
ADN (Ácido desoxirribonucleico) ARN (Ácido Ribonucleico)
Contiene la información genética Transfiere la información
Posee Adenina, guanina, citosina y uracilo Posee Adenina, guanina, citosina y timina
Por lo general está constituido por una doble Por lo general están constituidos por sola una
cadena polinucleotidica cadena polinucleotidica
Su Azúcar es desoxirribosa Su Azúcar es ribosa
Se encuentra en el núcleo Se encuentra en el citoplasma
Constituye cromosomas, en sus moléculas se Al unirse las proteínas forman los ribosomas
encuentra información genética que tienen la función de leer los mARN
Posee puentes de hidrogeno No posee puentes de hidrogeno
Molécula Larga y estable Molécula corta e inestable
Taller No. 2: Estructura De Los Ácidos Nucleicos
1. Selecciona 5 palabras clave para la comprensión de este capítulo y utilizarlas en la redacción
de un texto breve que lo concluya
Los ácidos nucleicos son macromoléculas encargadas de almacenar y transferir información
genética, además de transportar y almacenar energía química mediante enlaces de alta
energía, combinación con otros grupos para formar coenzimas, moléculas señalizadoras
específicas de la célula; por otro lado en todo organismo vivo existe el Ácido
desoxirribonucleico (ADN) y el Ácido Ribonucleico (ARN) los cuales poseen una estructura
basada en pequeñas unidades manométricas, denominadas nucleótidos. Estos ácidos
poseen diferentes tipos, en el caso del ARN se ha evidenciado la presencia de ARN
ribosómico, ARN de transferencia, ARN de interferencia, ARN nucleolar, ARN nuclear
pequeño, ARN citoplásmico pequeño, Ribo-llave, ribozima, ARN heterogéneo nuclear
(hnARN), ARN mensajero (mARN) y ARN vírico; por el lado del ADN están ADN-B, ADN-A,
ADN-C, ADN-Z, ADN-H, ADN cuadruplexo, secuencias palindrómicas y ADN con
enrollamiento paranémico. To esto nos indica que la que la estructura de los ácidos
nucleicos y de la biología molecular en generas es muy compleja y posee diferentes
funciones y estructuras que generan un buen funcionamiento en cada uno de los
organismos existentes.
2. Mediante una referenciación de una publicación científica, relaciona la triple hélice de ADN
y la terapia genética
Artículo: Ética científica de la terapia génica de individuos. Urgencia de la Cirugía Génica
del ADN - Carlos Valenzuela
CIRUGÍA GÉNICA POR MEDIO DE OLIGONUCLEOTIDOS INDUCTORES DE TRIPLE HELICE
(TFOs)
Intenta realizar una conversión génica por una conversión de base. Como se ha
dicho, para las quimeras ARN/ADN, todos los métodos introducen un
oligonucleótido de ARN o ADN bifilar o monofilar que incluye la secuencia con la
base normal. Estos segmentos nucleotídicos introducidos reconocen por su
secuencia el sitio de apareamiento en el locus ADN preciso y se hibridan con una
de las hebras del ADN dando un híbrido molecular que se repara como se ha
descrito. Para garantizar un alto porcentaje de reparación o conversión a la
normalidad habría que hacer varias terapias o bien desarrollar técnicas que
aseguren que la secuencia del ARN o ADN de reemplazo va a ser la copiada.
3. Responda:
3.1. ¿Qué son los ácidos nucleicos y cuál es su importancia en los organismos?
Son moléculas en forma de cintas de gran longitud. Cada unidad que compone un ácido
nucleico se denomina nucleótido y se constituye de un grupo fosfato, una pentosa y una
base nitrogenada; tienen un carácter acido que exhiben en una solución acuosa y por
haber sido aislados inicialmente del núcleo celular, son importantes en los organismos
debido a que son macromoléculas encargadas de almacenar y transferir la información
genética.
3.2. ¿Qué es una secuencia palidromica? Diseña un ejemplo de mínimo seis nucleótidos
Son regiones de ADN que presentan la misma secuencia en ambas hebras, aunque en
sentido contrario. Constituyen un sitio blanco para las enzimas de restricción, actúan
como estructuras de regulación genética y dan origen a conformaciones
tridimensionales especiales de ADN y ARN.
Cuando la secuencia de bases de una hebra sencilla está cercana a su secuencia
complementaria, la molécula se pliega y forma un dúplex anti paralelo llamado
horquilla.
G T C T A G A C
C A G A T C T G
3.3. ¿Cuáles son los ARN informacionales? Describe uno de ellos
Son los ARN que llevan información genética, por consiguiente, son traducidos
posteriormente a proteínas. Estos son: ARN heterogéneo nuclear (hnARN), ARN
mensajero (mARN) y ARN vírico.
El ARN heterogéneo nuclear (hnARN): Solo está presente en el núcleo de las células
eucariotas. Es el ARN recién transcrito, correspondiente al pre mARN o transcrito
primario. Es procesado antes de convertirse en el mARN maduro que, posteriormente,
se traslada al citoplasma para ser traducido a proteína.
3.4. ¿Qué son las ribozimas?
Molécula de ARN que actúa como catalizador especifico. Al igual que una enzima
proteica, cuenta con un centro activo que se une específicamente a un sustrato y facilita
la conversión de este en un producto. Algunas son intrones que tienen la capacidad de
autoeliminarse mediante la unión de los dos exones adyacentes.
Taller No. 3: Organización y empaquetamiento del ADN. Estructura de los genes
1. Selecciona 5 palabras clave para la comprensión de este capítulo y utilizarlas en la redacción
de un texto breve que lo concluya
La cromatina está constituida por ADN y diversas proteínas, llamadas histonas (Principales
proteínas asociadas al ADN eucariota) y no histonas, que se asocian para lograr la
compactación, en las células eucariotas existen diferentes niveles de compactación estas
son el nucleosoma o fibra de 10 nm, solenoide o fibra de 30 nm, asa, bucle y cromosoma
metafásico; para la condensación del ADN en procariotas el cromosoma circular único de
cadena doble se retuerce sobre sí mismo, con esto logra compactarse y define una zona
altamente densa denominada nucleoide. Un gen es una secuencia del genoma de carácter
esencial para la realización de funciones específicas durante el desarrollo o mantenimiento
de un mecanismo fisiológico, el gen eucariota poseen tres clases las cuales dependen del
tipo de ARN polimerasa que efectué la transcripción; por otro lado el gen procariota posee
un cromosoma circular el cual está constituido por una región codificante y otra reguladora.
2. Consulta algunas secuencias consenso que cumplan la función de regiones promotoras en
la transcripción eucariota y describe el sitio donde se ubican dentro del gen.
Secuencias consenso cortas o elementos de respuesta que se ubican antes del punto de
inicio de la transcripción. Están presentes en los genes inducibles, pues requieren una
regulación adiciónala a la de los genes constitutivos. Actúan en respuesta a las condiciones
específicas.
3. Analiza y resuelve:
3.1. Mediante un gráfico, diferencia los procesos de empaquetamiento del ADN en células
eucariotas y procariotas.
PROCARIOTA
EUCARIOTA
3.2. Selecciona la frase correcta que complemente las siguientes afirmaciones:
Un intrón es un segmento del gen que:
a. No se transcribe ni se traduce
b. Se transcribe y posteriormente se traduce
c. Es codificante de una región de aminoácidos
d. Se transcribe pero no se traduce
e. No se transcribe pero si se traduce
Justifica tu respuesta.
Debido a que son retraídas postranscripcionalmente en un proceso denominado
splicing de este modo se asocian a procesos de regulación de la expresión génica.
La Eucromatina es una estructura que:
a. Contiene genes que no se expresan
b. Contienen ADN poco condensado
c. Es inactiva transcripcionalmente
d. Aparece en los cromosomas, en forma de bandas teñidas intensamente
e. No requiere la unión de proteínas
Justifica tu respuesta.
La Eucromatina se encuentra en gran medida en la interfase y es transcripcionalmente
activa, debido a que su baja condensación permite la accesibilidad de los elementos
necesarios para el desarrollo de esta etapa.
Taller No. 4: RCSB PDB (Protein Data Bank)
1. ¿Con cuántos registros cuenta actualmente de PDB? R/ 142.602
2. ¿Cuál es el total de estructuras obtenidas por cristalografía de rayos x y microscopia
electrónica en el PDB hasta este año?
Rayos x: 127.626
Microscopia electrónica: 2.286
LUCIFERASA
3. ¿En qué fecha fue depositada esta estructura?
31 de agosto de 2005
4. ¿Cuál fue el método experimental mediante el que se obtuvo?
Difracción de rayos X
5. ¿Qué significado cree usted que tienen los rotulos: “Blue-Primary data” y “Red—Derived
Data” que se encuentran en la parte superior iz quierda?
No aparece
6. Pestañas de navegación:
Structure Summary: Muestra datos breves y concisos de la estructura, dando un abre
bocas a la información.
3D view: Muestra la estructura en 3D, dando oportunidad para detallarla y ver sus
componentes (átomos y enlaces)
Annotations: Muestra diferentes funciones moleculares, procesos biológicos y el
componente células de la estructura, por otro lado muestra la modificación de sus
proteínas.
Sequence: Muestra la información de la cadena y sus secuencia y estructura.
Sequence Similarity: Muestra la similitud de secuencia entre diferentes grupos y su
porcentaje.
Structure Similitary: Muestra la similitud con otras estructuras expuestas en la página.
Experiment: Muestra datos experimentales para llevar a cabo el método.
7. ATOM: Proveen información acerca de cada uno de los átomos utilizados en el método, este
archivo se divide en diferentes observaciones dentro de la elaboración del procedimiento e
informa la cantidad de átomos de proteína, de ácido nucleico y de disolvente, su longitud,
su perioso y muestra resultados acertados y fallidos.
8. GRAFICO: No pude descartar documento.
Taller No. 5: UNIPROT (The Universal Protein Resource)
9. Divisiones:
UniParc: Base de datos completa y no redundante que contiene la mayoría de la
secuencia de proteínas disponibles públicamente en el mundo.
UniProtKB: Centro para la recopilación de información funcional sobre proteínas, con
una anotación precisa, consistente y rica.
UniRef: Proporcionan conjuntos agrupados de secuencias de la base de conocimiento
de UniProt y los registros de UniPrac seleccionados. Esto oculta secuencias redundantes
y obtiene una cobertura del espacio de secuencia en tres resoluciones:
UniRef100: Combina secuencias y subfragmentos idénticos con 11 o más residuos de
cualquier organismo en una sola entrada de UniRef
UniRef90: Se crea al agrupar secuencias de UniRef100 de modo que cada clúster se
compone de secuencias que tienen al menos un 90% de identidad de secuencia y una
superposición del 80% con la secuencia más larga.
UniRef50: Se crea al agrupar secuencias de inicialización UniRef90 que tienen al menos
un 50% de identidad de secuencia y una superposición del 80% con la secuencia mas
larga del clúster.
10. Luciferase
Entradas: 131.733
Paper Title (Nombre de entrada): 0
UniProtKBAC: 0
Nombre de la proteína: 26.699
Función: 99
Recurso Web: 1
11. Luciferin-binding protein
Función de la molécula: Esta proteína dependiente del calcio se une a luciferina y son
capaces de reaccionar con luciferasa y oxigeno solo cuando el calcio está unido.
Nombre: Proteína de Unión aLuciferasa (LBO).
Organismo al que corresponde: Renilla Reniformis (Sea pansy)
Peso molecular: Da: 20,539
